5P2LA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 139
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2lA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2lA01
5IVRA 3L58A 2WEZA 2QD8A 1HSGA 2QNNA 5DR8A 5P3NA 5P22A 3VV8A 4Y4TA 8HVPA 3BUHA 2AODA 4APRE 4LXKA 3DM6A 5P5HA 4B70A 2J9KA 3OGQA 2IGYA 5JG1A 3GI4A 1BILA 5SZ9A 4B1DA 1M0BA 3CYXA 3SPKA 2WF2A 5P7NA 5P6BA 1HVKA 4FRKA 4RVJA 3MSJA 3OUBA 5P3YA 5ISJA 3PLDA 4DJVA 5P05A 1K2BA 4J1FA 4X2LA 4KE0A 5P20A 3EC0A 3NYGA 3SA6A 5P88A 3SAAA 3PWWA 4DQFA 3MSLA 2QZXA 4FAEA 5P84A 3B80A 1FB7A 1LF4A 4GYEA 1F7AA 1HPSA 2P3BB 3VV7A 5ER1E 4DQBA 5P40A 3UDQA 3NLSA 5DQ1A 5P13A 1FMXA 1A30A 4H3JA 5P0HA 5P8BA 3UTLA 3K5GA 4J0PA 1KZKA 4Y3FA 3Q4BA 2QI7A 3VFBA 1RV7A 3C9XA 2ZYEA 3O9BA 4OC6A 4DI2A 2ER6E 3PEPA 5P3IA 2ZHRA 3U6AA 1YG9A 2WL0A 3F9QA 2ZE1A 1NPAA 2Q11A 5P3AA 2PSUA 5OYVA 5BS4A 2F3EA 3O9DA 2NXDA 3PGIA 4APEA 1TCWA 4I0HA 1IVPA 2Q55A 1B6JA 2B8VA 4K4RA 3SM2A 3SA9A 3URLA 2O4PA 4ACUA 3UDRA 1QBUA 2OAHA 5DR4A 5ER2E 1KJFA 3A2OA 5P11A 1HPVA 4FLGA 4CKUA 3FV3A 1E82E 2I1AA 5P82A 4ZSRA 2QP8A 5P4GA 4QJ9A 5P8VA 3PLLA 3S43B 1B5FA 1A8GA 4RRNA 5OZJA 2PQZA 2PC0A 4Y9WA 1SIVA 1APVE 3O9IA 4ZPGA 2QAKA 1EPLE 5P36A 3D20A 3NUOA 4X7IA 3IGBA 3ZPTA 5IVSA 2BPXA 1LYAB 5SY2A 2ZJNA 2ZJHA 3OUAA 4L7JA 2V12C 3S53A 4FL8A 3BGBA 4RGHA 5P4YA 5P6YA 2QU2A 3K4VC 5P4DA 3MSKA 2FNTA 1LYWB 1PSAA 2R3TA 1EC0A 3NU9A 5P5EA 3WZ7A 5P7CA 3T3CA 4J17A 4Y3MA 5P1TA 2G1OA 4EYRA 5OYQA 5OZ4A 1F34A 4IVTA 4YBIA 4B05A 3SA8A 5P5NA 3OUCA 5OZRA 5P2WA 2G20A 2PWCA 5HCTA 5P2VA 5P1LA 4FCOA 4Y54A 4Y3HA 4Y43A 5AH7A 4D85A 3M9FA 4FRIA 1W6IA 3K5CA 5P6CA 2O4NA 3G6ZA 5P1XA 3HAUA 5P18A 2AVMA 2FDEA 4WTUA 4CPUA 4BEKA 4ZE6A 4YD6A 4HVPA 5P6RA 5AHBA 4GJ8A 1T7IA 3UDMA 4NKKA 1TZSA 2ZJMA 2HIZA 4MC9A 3OAGB 3ZPSA 5P7RA 4Y3PA 2O40A 4RZ1A 5P8GA 5P5IA 3G72A 2G22A 5P1BA 3EKPA 3GI6A 3KFNA 5P2FA 2A1EA 2ZDZA 4Y45A 1BDRA 2QD6A 3LZVA 3OU4A 5P0XA 3I2LA 4U7VA 2QHYA 4Q1WA 3FSMA 1LZQA 5P3XA 5P4OA 3PI5A 1MTRA 5P02A 4L1AA 2VIYA 5P2SA 3I7EA 4H3FA 4E43A 2QHZA 4HLAA 2QNQA 3KDBA 5P79A 4DJUA 4QJ7A 4GJAA 5P8IA 3OOTA 5OZ0A 5DQ5A 4RYCA 1BDLA 4J0VA 2QMDA 1ODWA 1FEJC 4GJ7A 2CENA 3SO9A 3CYWA 4FGXA 1TW7A 4YCKA 4HDFA 2HPFA 4Y4WA 2Q64A 1EBKC 4CPSA 5P39A 5SY3A 2Q5KA 3LZYA 1EPQE 4Y5EA 5P08A 5OZIA 5P6UA 5P8PA 4Y4EA 4Y3YA 5P8SA 1MSMA 1Z1HA 2APRA 3MWSA 2UXZA 5P23A 4EP2A 1W5VA 4OBDA 5HD0A 3UPJA 4Y3NA 4DJXA 5P15A 1ZAPA 1HBVA 2ER7E 1M4HA 2QMGA 2FXEA 3RTMA 3WB4A 5P19A 2FDPA 3ZKIA 4EXGA 4Y3EA 5P4UA 3PMYA 5P2UA 4Q1NA 5KQFA 3EL1A 5P1NA 2G27A 3QAAA 5P4BA 2J9JA 4AA9A 2FGVA 4YOBA 2QI3A 3OOZA 3KF0A 5P8AA 5P57A 3VSWA 3CMSA 1LYBA 5P2JA 1B6KA 3O9LB 4U7QA 3L5CA 4KB9A 3L38A 1SDUA 2AOJA 1T7KA 3G70A 3OQFA 4DUSA 1FQXA 4DJPA 4Y3LA 4K9HA 4RROA 2WKZA 4R95A 2PSVA 1VIJA 3SA5A 2CEMA 1EPNE 3QVCA 4COEA 1W5XA 4B0QA 4EXHA 3QVIA 3VG1A 4FSEA 2IRZA 2VJ9A 5P5WA 4MC2A 3O99A 3TL9A 1RL8A 4ER4E 3KDDA 3R0YA 5P1JA 5ENKA 4DPFA 3VSXA 3LINA 3SKGA 4Y39A 3EKWA 3GGVA 5P7IA 1EPPE 4FRJA 3OHFA 5I3VA 5KR1A 3KYRA 1NPWA 2B42A 1ZP8A 3RVIA 3LIVA 4DJQA 4K4PA 1BXOA 1PFZA 2AOGA 5HDVA 4TVHA 2AIDA 2ZGAA 1PSNA 4AZYA 5P5YA 3OUDA 5P6PA 2BJUA 3OGPA 2QNPA 5OZDA 4HDPA 3EM4A 5P4MA 3BUGA 5P75A 3IXJA 5P2QA 2WF0A 2AOHA 5P5RA 1QS8A 2VNNA 3KT2A 5P5KA 4DJRA 7HVPA 6APRE 1K6CA 1UH7A 5KR0A 5P0OA 4AUCA 1A94A 1G35A 1LS5A 3MXDA 3VF7A 4CP7A 5P2YA 2OHKA 1EBWA 5P7UA 4DQCA 4Y47A 1KJ4A 3O9FA 5P0MA 4DPIA 3IXKA 1QBTA 2XYFA 3SABA 3UFNA 4ACXA 1FQ8A 1YTHA 3R1GB 4OBFA 1HSIA 4Y36A 2QI4A 4I0GA 2HM1A 4YE3A 4OBKA 5P6ZA 5P51A 1ZTZA 2XYEA 2QHCA 2R9BA 5P31A 2F80A 3SFCA 3IAWA 4YD4A 4FAFA 1GVWA 5AHCA 2VNMA 5P0WA 2V11C 2BB9A 1NPVA 4ZPEA 2UY0A 3TNEA 1E5OE 1AZ5A 3INDA 2PK5A 4I8ZA 5P3EA 5P3MA 2F3KA 5APRE 1HTEA 4EJ8A 1HEGE 2WEBA 3INFA 2R5PA 2WEAA 4F73A 5P66A 3S8IA 5OZOA 3ZLQA 1ER8E 3PJ6A 5AH8A 4L6BA 5P4IA 5AH9A 2ZHTA 3INHA 5P4QA 3TOHA 1XL5A 3ST5A 3VUCA 4BELA 5P2NA 3QP0A 3PVKA 5IVTA 5P4TA 5T4SA 3O9EA 1HEFE 1YM2A 5P6IA 2Q54A 4TVGA 5OZSA 3UQRA 4GJ5A 2P3BA 3CIBA 1HVRA 2VA5A 1FIVA 5P1QA 4J0ZA 1HXWA 2OF0A 5P1CA 4F76A 5OZQA 4GZFA 5P5VA 5P5FA 5P58A 2NNPA 4B77A 3PBDA 3PMUA 2HPEA 1U8GA 1E80E 5P2AA 1C70A 4YHQA 3NU6A 5P12A 5P7WA 3HD8A 5P4PA 2B60A 2IGXA 4S1GA 4D89A 3B7VA 2WHHA 4NJVA 5P1KA 1B6LA 1HIHA 2PMAA 3UFLA 1T6EX 2WF4A 3UQPA 2QI5A 1BIMA 2G1YA 4LP9A 4Y5NA 5P8NA 3KMXA 3PI0A 4FIVA 5P3JA 1D4JA 1BVGA 4FSLA 2HAHA 5OZ7A 1G6LA 2WF3A 1PPKE 2HS2A 5P2KA 4K8SA 3L5FA 4LL3A 5P1MA 3ZKXA 1SBGA 1IZDA 3EKYA 1K6PA 4RCEA 4GMIA 5BRYA 1MTBA 1T7JA 5DQ4A 4Y48A 5KQZA 1YX9A 3NUJA 3N4LA 2P3AA 3BHEA 5CLMA 5P55A 3ZPUA 1FLHA 3OU1A 5PEPA 3WSJA 4EHCA 2BBBA 2F81A 4Y38A 5OZMA 1WKRA 1EC3A 5P5MA 4YCYA 4WY6A 2AOEA 2G1NA 5P2IA 3APRE 3MXEA 3EKVA 5P6VA 3UQUA 4J1KA 4GJCA 3KA2A 3OQKA 3KFSA 4OBGA 3QBFA 5F00A 3VF5A 1NSOA 1HHPA 5P8FA 2CEJA 3OTSA 5DR3A 5HVPA 1YTGA 2R38A 2MIPA 3PWRA 1FF0C 1EPME 1GNOA 4JP9A 2QU3A 1AXAA 1MT8A 5KR2A 1ZPKA 4R8YA 4I0ZA 1KJGA 3KMYA 1IDBA 2PSGA 4PZWA 4J55A 1KJ7A 1FQ6A 3QPJA 5P6HA 2G94A 5P5ZA 3U71A 4Y5CA 3VCMA 1ME6A 1K6VA 2O4SA 3T11A 1BXQA 1MRWA 4Y5AA 5P3WA 1MESA 1ZBGA 5P6MA 4I0FA 4RYGA 5P1AA 1FG6C 3CICA 5P4HA 4YOAA 5P0BA 5P6TA 4B1CA 2VJ7A 4A6CA 5P4ZA 5P74A 2ZHVA 3EXOA 4CMSA 1APTE 4DVFA 4ZEAA 2FNSA 5P25A 1IBQA 4OC6B 4YBFA 3NDTA 4B72A 2Z4OA 4Y3QA 3QI1A 3L5EA 5P2GA 4AMTA 3TOGA 4DQEA 1AAQA 3BC4A 3DCRA 3UDPA 2AVSA 3SLZA 3HZCA 3FX5A 3URIA 3LIQA 5P3QA 5P2EA 3SQFA 5P42A 3UDJA 3OADA 3OAGA 4LXAA 5P7GA 2WF1A 3I8WA 5P8TA 1HTRB 2FDDA 3QRMA 2SAMA 4FM6A 3O9HA 4YD5A 5HCOA 2G1SA 5P77A 1APWE 1SMEA 3QS1A 3DJKA 4F75A 4Y3RA 4M8XA 3S2OA 5P7JA 2PH6A 5P8LA 3S45A 5F01A 2QI1A 5P0LA 1B5FB 5P1OA 5P0ZA 5P71A 4Y56A 5P4XA 5P4FA 5SXNA 5OYXA 4DH6A 3BUFA 3D1XA 2QMFA 1SDVA 3D3TA 4QJ6A 1EEDP 3CIDA 5EZZA 3PCZA 5B18A 3LIZA 5P10A 3KT5A 5P0CA 4JPCA 2H6TA 1NH0A 4Y4JA 5HE5A 5P7OA 5P6DA 3EM6A 4JPEA 2IS0A 5P7HA 2NR6A 5P7MA 4Y3GA 5P30A 5P5PA 3OXVA 1UH9A 1BAIA 3BGCA 3KN0A 1GVUA 4ER1E 5P7EA 5P61A 1Z1RA 5P4CA 2FS4A 1Q9PA 3ER3E 5HDXA 3IXOA 3RSXA 3SA3A 1D4KA 5DR7A 3LNKA 1HVLA 5P27A 3BXRA 5FIVA 4LBTA 1FG8C 4M8YA 5P3RA 5OYSA 3U7SA 5P4JA 3RSVA 3IN4A 5P52A 4Y4XA 4AA8A 5P7SA 3S7LA 4Z2ZA 1AJXA 5P1HA 3JW2A 4HZTA 5OYUA 2OHRA 4Y50A 4CPXA 2VJ6A 5P37A 5P7PA 4XXSA 5P26A 6UPJA 2BQVA 3T7QA 2OHUA 3UQXA 3K5FA 5P8RA 2OHNA 2BKSA 2NMZA 1XE6A 2QZWA 4H1EA 1CPIA 3DUYA 4XKXA 5P6QA 3VLAA 3L3AA 5P14A 4DJWA 5P0GA 5P17A 4ER2E 5AHAA 7UPJA 2PK6A 5P07A 1D4LA 5P65A 1FGCC 3KDCA 5OZ1A 5P2ZA 4Y4UA 2ZJLA 1W5YA 1EPOE 1W6HA 3O9CA 1OEXA 1OEWA 2IENA 4H3IA 2I0DA 2A4FA 5P5SA 1UH8A 1HIVA 4EQJA 4Y3ZA 5P2OA 3LPKA 5IS4A 1WBKA 5OZ2A 2WJOA 3GGUA 4DFGA 1EBYA 2AVQA 2IL2A 5P3SA 3UDKA 3NXEA 3OU4B 3R2FA 5P1ZA 3VEUA 1GVXA 4CPTA 4L1AB 5P6KA 5P7AA 3NWQA 3HDKA 5I3XA 4R93A 2OHQA 1MEUA 4NJUA 1HSHA 5KR8A 4Y4DA 1IDAA 2Q63A 3H5BA 5P49A 5I3WA 1B11A 3R0WA 4Y57A 4KUPA 2G69A 3DV1A 3SKFA 5P3HA 5P5AA 4YDFA 1ZSFA 2V16C 3AUPA 2IKOA 2VIEA 2OHLA 5P54A 4PPHA 1XN3A 5P86A 4HDBA 5P8QA 4R92A 5P45A 5P4EA 4I0DA 1TSUA 2AZ8A 3EL0A 3LHGA 3FIVA 2QCIA 5P7KA 5P0EA 3TTPA 3VYDA 3K4VA 5CONA 3FNSA 2HC0A 4ZPFA 3PBZA 5P2XA 5P81A 2UPJA 2AOFA 2ZHUA 1HVHA 3QRSA 5P28A 4YDGA 3DK1A 5P80A 5P1UA 5P85A 5P0IA 1BWBA 5P7VA 4ZSQA 1QRPE 3SM1A 5P63A 3QRVA 4Z22A 2J9JB 1MT7A 4DQHA 3ZKNA 3DCKA 3LITA 5P3VA 5HE4A 1QBRA 5P50A 1LYBB 4ZIPA 3SACA 5P0TA 5P6LA 2I4UA 2P83A 5OYRA 5P5QA 2AZCA 2AOIA 1MSNA 5TOLA 5HU0A 3NDXA 1IIQA 5P43A 5P5DA 4Y4BA 2ER9E 5P87A 3Q3TA 5P3LA 5P4KA 1QBSA 1C6YA 1D4HA 4Y3TA 5DPZA 2P4JA 1FQ5A 4LAPA 4I10A 5AGZA 5P68A 3L5DA 4UPJA 3VYFA 5P5XA 5KQYA 2FGUA 5P7ZA 5P4LA 4I0EA 4FRSA 3LPIA 2OHPA 2JJJA 3T6IA 4YCTA 3Q5HA 1TCXA 3HVGA 1DMPA 5E5JA 1BWAA 5OYYA 1BDQA 3TKGA 4Y5KA 3IN3A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5IVR A;  3L58 A;  2WEZ A;  2QD8 A;  1HSG A;  2QNN A;  5DR8 A;  5P3N A;  5P22 A;  3VV8 A;  4Y4T A;  8HVP A;  3BUH A;  2AOD A;  4APR E;  4LXK A;  3DM6 A;  5P5H A;  4B70 A;  2J9K A;  3OGQ A;  2IGY A;  5JG1 A;  3GI4 A;  1BIL A;  5SZ9 A;  4B1D A;  1M0B A;  3CYX A;  3SPK A;  2WF2 A;  5P7N A;  5P6B A;  1HVK A;  4FRK A;  4RVJ A;  3MSJ A;  3OUB A;  5P3Y A;  5ISJ A;  3PLD A;  4DJV A;  5P05 A;  1K2B A;  4J1F A;  4X2L A;  4KE0 A;  5P20 A;  3EC0 A;  3NYG A;  3SA6 A;  5P88 A;  3SAA A;  3PWW A;  4DQF A;  3MSL A;  2QZX A;  4FAE A;  5P84 A;  3B80 A;  1FB7 A;  1LF4 A;  4GYE A;  1F7A A;  1HPS A;  2P3B B;  3VV7 A;  5ER1 E;  4DQB A;  5P40 A;  3UDQ A;  3NLS A;  5DQ1 A;  5P13 A;  1FMX A;  1A30 A;  4H3J A;  5P0H A;  5P8B A;  3UTL A;  3K5G A;  4J0P A;  1KZK A;  4Y3F A;  3Q4B A;  2QI7 A;  3VFB A;  1RV7 A;  3C9X A;  2ZYE A;  3O9B A;  4OC6 A;  4DI2 A;  2ER6 E;  3PEP A;  5P3I A;  2ZHR A;  3U6A A;  1YG9 A;  2WL0 A;  3F9Q A;  2ZE1 A;  1NPA A;  2Q11 A;  5P3A A;  2PSU A;  5OYV A;  5BS4 A;  2F3E A;  3O9D A;  2NXD A;  3PGI A; 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 4K4P A;  1BXO A;  1PFZ A;  2AOG A;  5HDV A;  4TVH A;  2AID A;  2ZGA A;  1PSN A;  4AZY A;  5P5Y A;  3OUD A;  5P6P A;  2BJU A;  3OGP A;  2QNP A;  5OZD A;  4HDP A;  3EM4 A;  5P4M A;  3BUG A;  5P75 A;  3IXJ A;  5P2Q A;  2WF0 A;  2AOH A;  5P5R A;  1QS8 A;  2VNN A;  3KT2 A;  5P5K A;  4DJR A;  7HVP A;  6APR E;  1K6C A;  1UH7 A;  5KR0 A;  5P0O A;  4AUC A;  1A94 A;  1G35 A;  1LS5 A;  3MXD A;  3VF7 A;  4CP7 A;  5P2Y A;  2OHK A;  1EBW A;  5P7U A;  4DQC A;  4Y47 A;  1KJ4 A;  3O9F A;  5P0M A;  4DPI A;  3IXK A;  1QBT A;  2XYF A;  3SAB A;  3UFN A;  4ACX A;  1FQ8 A;  1YTH A;  3R1G B;  4OBF A;  1HSI A;  4Y36 A;  2QI4 A;  4I0G A;  2HM1 A;  4YE3 A;  4OBK A;  5P6Z A;  5P51 A;  1ZTZ A;  2XYE A;  2QHC A;  2R9B A;  5P31 A;  2F80 A;  3SFC A;  3IAW A;  4YD4 A;  4FAF A;  1GVW A;  5AHC A;  2VNM A;  5P0W A;  2V11 C;  2BB9 A;  1NPV A;  4ZPE A;  2UY0 A;  3TNE A;  1E5O E;  1AZ5 A;  3IND A;  2PK5 A;  4I8Z A;  5P3E A;  5P3M A;  2F3K A;  5APR E;  1HTE A;  4EJ8 A;  1HEG E;  2WEB A;  3INF A;  2R5P A;  2WEA A;  4F73 A;  5P66 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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