5P2NA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 141
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2nA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2nA01
5P2KA 4OBHA 1K6TA 1MTBA 5P6AA 2RKFA 5OZ7A 4DQCA 3UDJA 2FXEA 3BUHA 3UQPA 4LAPA 3Q3TA 4ZPEA 2WF1A 5P1SA 2PK5A 3NU6A 5P4QA 5P5HA 5P54A 1DAZC 3VF7A 3IN3A 4K9HA 4U7VA 5DGUA 5ER2E 3ER5E 4I0HA 5P7PA 5P0FA 1ZBGA 5F01A 5P1RA 5IS4A 4ACUA 3NU4A 4RVXA 1K6PA 3RSXA 2Z4OA 2WHHA 3CIDA 1MERA 5P7NA 3OY4A 3TL9A 4NJUA 1C6ZA 2NPHA 5OZ2A 2ZJNA 4FRKA 1TQFA 2QD8A 3LPKA 5P3YA 2V11C 5P4RA 4GJBA 1FKNA 5P7EA 1T7JA 5P4KA 5COPA 3UHLA 4E43A 1SDUA 5P5QA 2FNSA 4FRJA 1HVJA 4DJOA 4AZYA 5P77A 2ZDZA 3O9CA 5IVTA 2G20A 5P0KA 5P4OA 1DP5A 2Q5KA 4DPFA 2BJUA 4Y38A 5P5XA 5P1GA 2JXRA 3UDPA 3ZMGA 5JG1A 5EZXA 1DIFA 3JVWA 5IVRA 3OU1B 3QPJA 5KR8A 3VFBA 1LYBB 3OU4B 3EKVA 4RROA 3TPRA 5P4HA 5J25A 3R1GB 4J1FA 1APUE 5P13A 5P0XA 5P70A 5UPJA 3ZKNA 5HU1A 3EL1A 5I3WA 5OZDA 1LYAB 2P83A 5P5TA 2HPEA 1IZIA 2PYNA 1TZSA 5T4SA 1M0BA 3KFPA 5P1HA 3CYXA 4X2LA 5P73A 1C6XA 2I0AA 4KUPA 4ZSPA 5P3XA 1J71A 1OEXA 2BPYA 2WEAA 5OZNA 5P7VA 4YD5A 5P2RA 5P7OA 4ER4E 5APRE 4Y50A 1E81E 4J0VA 4Q1NA 3EMYA 2AOFA 3MXEA 3R4BA 3O9LB 3BVBA 3OXVA 3OUAA 5ER1E 4K8SA 4Y51A 5P87A 4Y3MA 3PI5A 3D1ZA 1SIVA 4AUCA 4RRSA 5AH8A 3L59A 4UPJA 4YA8A 2Q11A 3OHFA 1LF4A 4J1EA 1GNNA 1B6LA 1PSNA 1HVLA 4L7JA 3HVPA 5P5NA 4DVFA 4Y3ZA 5P0SA 5C9DA 4GZFA 3L38A 4MC2A 1E82E 1M43A 3O9FA 2UY0A 1EC0A 3NDTA 3URLA 1YTGA 1LV1A 3I25A 2BQVA 3SKFA 4COEA 5KR0A 5OZJA 5OZAA 3PMUA 4TRZA 2BPWA 5P34A 5P3SA 3INEA 5P4JA 1QBUA 1FIVA 5P7TA 1IZEA 5P1EA 5OYWA 2HPFA 3VV6A 1SGZA 2QMPA 5P6QA 4J1IA 2R3WA 5P8QA 3CKTA 4NJTA 3R2FA 4RYGA 4B1EA 1TW7A 2HB4A 3UDQA 2OHSA 5P08A 3NR6A 2WEBA 5P1ZA 3GI0A 3VSWA 3H0BA 3AIDA 3SO9A 2R5QA 4OBJA 1EPOE 3KMXA 7UPJA 1XL5A 3Q4BA 5DPZA 5P32A 5KQZA 3KF0A 5OZMA 6FIVA 1AAQA 1MEUA 3OUCA 3LPIA 4RGHA 4DJVA 5P30A 4HDBA 5P1NA 4Y4EA 4J0PA 4OC6B 3IXOA 1HTRB 3UPJA 2R8NA 5P7HA 1SDVA 3TH9A 3LIYA 2Q55A 4Y4GA 2VIEA 2QI7A 5BRYA 2Q3KA 4FLGA 1GVUA 3KN0A 5P8KA 4F76A 4OBZB 3K5CA 4MC9A 1Z8CA 2V00A 3VCMA 5P8HA 2J9KA 5HU0A 1HVHA 1IBQA 4Y36A 1LYWB 4Y4DA 3L5BA 4Y44A 2ER7E 1D4SA 3ZKIA 5P51A 4OD9A 1HPSA 5P1LA 1QBRA 5P2WA 4FM7A 4NJVA 2PYMA 3DCKA 4Y5KA 4CPTA 3H5BA 2WL0A 4ZSQA 4BFBA 2V16C 3K5FA 5IVSA 5P0YA 5P2OA 4EJLA 3N3IA 4Y3SA 2A4FA 3KFRA 1EC2A 3S54A 4X7IA 4Y4UA 1PROA 5OZ0A 3B7VA 2XYFA 4Y3NA 1W6HA 4Y45A 3SLZA 1BXQA 3FSMA 3LIQA 3FKTA 3HBOA 3GI5A 3BC4A 5P2MA 3SA4A 5P8SA 3EL5A 4ZIPA 4GJ8A 5HTZA 1QRPE 1W5WA 3GI6A 2NXDA 5P5JA 4PHVA 1GVVA 4Y6MA 2WF4A 3RVIA 1EBZA 2F3EA 2NTRA 1KJHA 5P1WA 3K1WA 4ZSMA 5P0VA 1PPME 4DJQA 5ISJA 1F7AA 4KE1A 1QBTA 1Z1RA 3OWNA 4FSLA 5P2IA 1B5FA 3EKPA 1K2BA 5P2YA 3LZYA 5P27A 3UQUA 2IGXA 5OZFA 1ODWA 4B78A 3IXKA 3MSJA 3GW5A 3NDWA 1FFFC 5P3JA 5P8TA 3SA7A 5OZ8A 2AZ8A 2IKUA 1K2CA 5P68A 4FIVA 4CPUA 4DUSA 1APWE 1ODYA 3OQDA 2VS2A 1DPJA 2OHLA 5P79A 1FG8C 3SA6A 5OZTA 4DJRA 4QGIA 3KFNA 4DJPA 2FDEA 5P47A 3UDYA 3KT2A 1HWRA 5P0HA 1IVPA 5P62A 4K4QA 2WF3A 3BUFA 4KB9A 3L5FA 3CKPA 3UDRA 1XE5A 1APVE 4ZPGA 2QZWA 3CICA 1B6PA 5P3TA 4F73A 3S8IA 5P02A 5P6CA 3CMSA 2G27A 1AJVA 1UPJA 2CEJA 2QZKA 5OZOA 2OHRA 5P6SA 1YM4A 4EPJA 1EPLE 5KQFA 2AQUA 4FGXA 5P33A 5P0CA 5P3KA 5P8RA 2AOEA 3MXDA 5SXNA 2ZHTA 3LIXA 5P03A 5P0QA 2I4DA 2ER0E 5P37A 1B6JA 3NDUA 3OQAA 2BPXA 4J54A 5P6PA 1T6GA 5P8FA 5P2GA 2B60A 2RENA 5KR1A 3WB5A 4Y37A 5P4YA 3PCWA 3VF5A 4APEA 4Y56A 2UXZA 5OZPA 5SY3A 3NLSA 2BKTA 2PWRA 5P2TA 2QI5A 3EKYA 5P3NA 5P1BA 3EM4A 1GVTA 5P2DA 3OOTA 5P8DA 5P78A 3NYGA 3PSYA 4FAEA 2AVOA 1FMUA 1TSQA 1VIJA 5OZ4A 1N49A 3I7EA 4Y41A 3LINA 1IDBA 3INHA 3OUDB 1D4JA 2ZJLA 4Y4XA 2ZHSA 3VLBA 1WBKA 1LF2A 3Q6YA 3IXJA 4LL3A 5P3RA 3C9XA 2CENA 4ACXA 3BHEA 5P5SA 4HEGA 3KT5A 5OZ3A 4GMIA 5P0LA 5P5VA 1C70A 5P4CA 4QJ6A 3K4VC 5P12A 3QS1A 5P1DA 1HIIA 3D3TA 4L1AB 2V13A 2O4LA 3NU9A 3R0YA 3PM4A 1YTIA 1W6IA 5KAOA 5P6ZA 2G1SA 2G21A 1HIHA 3QVCA 1SBGA 2AVVA 1TCWA 3S56A 6UPJA 4D8CA 2OF0A 3K4VA 3I2LA 3ZPSA 3BGBA 4DQEA 3L58A 5P1MA 3UCBA 3SACA 1BIMA 2VA6A 5P5CA 3QI1A 3OQKA 5AH6A 3PHVA 4DJXA 2G22A 4B77A 2PSGA 5HE7A 5P8LA 2AZCA 4FS4A 3JW2A 4R93A 5P6JA 5OZSA 3SA9A 3ZKMA 2QD6A 4H3FA 4FE6A 5AH7A 2HM1A 6APRE 5P22A 4XX4A 5P05A 4Y39A 3NDXA 1G35A 4CPWA 2NMZA 1ZAPA 4D83A 3APRE 5P67A 4GYEA 5P3CA 5OZEA 2OHQA 4EJ8A 2Q64A 1APTE 1DMPA 5P18A 3BGCA 5P11A 5P66A 5BWYA 2QZXA 5P6VA 5DR8A 1SIPA 3HW1A 2R38A 4R95A 4N00A 4HLAA 1RNEA 2PSUA 3OXXA 3SA8A 4FL8A 2P3DA 3KFSA 5JFPA 2AVMA 2B8VA 5P61A 5P5YA 4GJCA 2I4XA 2QD7A 3LHGA 1XN2A 4PPHA 2NNKA 4JOOA 4Y4BA 4J5JA 5P43A 1HVCA 3DV1A 2I4QA 3GGUA 2HB3A 2HS2A 1FB7A 1LS5A 5P85A 5P31A 3K5DA 3LITA 3VFAA 4Z2ZA 1M4HA 1HVSA 2AODA 1FG6C 3PBDA 5P0EA 1AXAA 3SA5A 2QAKA 5P6MA 5P41A 5P4TA 5P8EA 4YBIA 4I0IA 3IN4A 2HB2A 3T7XA 5P57A 4I0GA 5P1YA 1RQ9A 5P72A 3KDBA 3LZSA 5P4AA 4GJ7A 3VV7A 5P1TA 3ZKGA 5C9BA 5P8OA 5DR1A 3M9FA 1XN3A 2CEMA 3EM3A 4Y43A 3PLLA 2ZJKA 5P10A 2R5PA 3QRVA 5P0JA 4WY1A 1G2KA 2VJ6A 3L5DA 4R92A 3ZOVA 3OK9A 2AOJA 2MIPA 3S2OA 5P4PA 1MESA 4B1CA 1UH8A 5P35A 1FQ4A 2FLEA 4RZ1A 2FMBA 2OAHA 2IL2A 2ZYEA 4Q5MA 4Y3XA 2O4NA 2QHYA 1HXWA 1NPVA 3APPA 5P1OA 1LZQA 4AA8A 5P2VA 2ZJHA 4Y5EA 2WF0A 5P0ZA 1NPWA 5OZ9A 3VLAA 4GIDA 2B42A 5OZGA 3SFCA 5P8MA 3O9DA 3ZLQA 1SMRA 3L3AA 4ZLSA 3OU1A 1HPVA 2O40A 5P42A 1CMSA 5P0BA 4U7QA 1HSIA 3OU4A 3T3CA 4DPIA 3PWWA 3D1YA 5OYSA 2RMPA 3TNEA 1CPIA 3HDKA 3AUPA 5P2NA 1D4YA 4K4RA 3R0WA 5P89A 2P3CA 1W5VA 4Y35A 3OQFA 5P6OA 4J1CA 4JP9A 1RV7A 5P6NA 4EJKA 3OQ7A 2OHKA 3BXSA 3PSGA 3O9LA 1FQ6A 4F75A 5P5LA 1B11A 5P8IA 1HIVA 3Q70A 5P1CA 4DQFA 8HVPA 4MC1A 3LPJA 4Y3JA 4RLDA 3OXCA 1B6MA 4J1KA 5AHAA 5OZLA 2Q54A 4Y58A 2J9JA 5P4GA 1ZPKA 3FX5A 2SAMA 3UDKA 4Y4AA 4Y5AA 5P2ZA 5TOLA 5P6EA 5HE5A 2APRA 4YBFA 3QRMA 1W5YA 2PH6A 5P7RA 5P8AA 3O9AA 1META 3NWXA 4I0FA 4LXKA 2F80A 5ISKA 4QJ2A 4Q1XA 5P6UA 1D4LA 3VG1A 2FS4A 5P6DA 5P86A 1HEGE 4I0EA 4Y5CA 4Y54A 5P49A 3LZUA 1EPQE 4Q1YA 5P81A 1HPOA 1SH9A 3O99A 3L5CA 5P6FA 5P1UA 1UH7A 3DM6A 3ZPUA 5P7UA 3U7SA 3WZ6A 5COKA 1EC3A 4Y3QA 1HTGA 4OD9B 5P4UA 2AZBA 5P7BA 1HTFA 3FIVA 5P1XA 2NXMA 5OZCA 2Q15A 5HDXA 2FGVA 2P3AA 2QNNA 3EKXA 2QP8A 2WF2A 2IDWA 3MWSA 2V0ZC 3OHHA 3VUCA 5OYYA 3DCRA 3TTPA 4K4PA 2WKZA 2F3FA 1KJ7A 3RU1A 5ENKA 3FNSA 4OC6A 3CYWA 3NSHA 4ZEAA 4Y48A 1SP5A 4OBFA 5EZZA 5DR3A 2FIVA 3ER3E 4Y3RA 5P00A 3HZCA 5P8NA 2P3BA 4OBZA 4U8WA 4ZPFA 4Y3YA 5P52A 3I8WA 1LYWA 2V10C 4JECA 3EC0A 5OYQA 4Y5PA 1BVEA 4YDGA 3URJA 2XFIA 3S43B 3SM2A 5KR2A 4DQGA 2R43A 4Q1WA 5P09A 4DQHA 4PEPA 5P7CA 2XYEA 5P7SA 5P16A 1AJXA 2R3TA 3FNTA 1HOSA 5P5WA 1K6VA 3EKTA 2AOGA 5P8GA 4TRYA 4FM6A 3TPLA 5OZXA 9HVPA 4H3JA 5P7LA 4EP3A 5P06A 5P7JA 2AVQA 3QROA 5P07A 1HSHA 5P58A 4YE3A 2QMGA 1OHRA 2FDDA 5P53A 5P0GA 5P64A 1BWAA 1EPPE 5P0PA 1QBSA 3DJKA 2OHPA 5P3OA 3EM6A 5P5RA 2NR6A 4XX3A 3OADB 2I4WA 4LP9A 1YTHA 3DK1A 3OTSA 5P5ZA 4B05A 5P7AA 4EXGA 2XFJA 2PWCA 2QI6A 4AA9A 3QVIA 5P0UA 3PRSA 5P38A 4RCDA 4LHHA 3INDA 2QMDA 1NH0A 5P5FA 4EWOA 2ZHVA 1HBVA 1T6EX 5OZBA 4EXHA 1ER8E 1ZSRA 3O9HA 3VEUA 2A1EA 3HAUA 5AH9A 3L5EA 3FV3A 3NU5A 2G1NA 4Y57A 4TRWA 2IRZA 5P45A 5P0MA 4I0JA 5P4IA 5DQ5A 1XDHA 1AZ5A 3PWRA 2ANLA 5P6RA 2NXLA 1U8GA 4RYCA 4YD4A 4Y3LA 3LZVA 3TOGA 1W51A 3B80A 4EQJA 4I0DA 4HDPA 5OZUA 4PZXA 3RSVA 1W50A 5P23A 1FGCC 5AHBA 5CONA 5OZKA 3G72A 5I3XA 3EL9A 4OBKA 1SMEA 5P2LA 3T6IA 1FQXA 1LEEA 2O4PA 4ZSRA 2ZE1A 4BFDA 3LIZA 4B70A 5P6BA 5F00A 3OOZA 3PBZA 4RVIA 1HVIA 1EBKC 3S85A 4QJ9A 2QU3A 2B8LA 3URIA 5P0RA 4Y9WA 2XFKA 5DGWA 5DQCA 4Y3TA 3OAGB 1OD1A 2VIZA 3IAWA 3PGIA 4CPRA 3ZKSA 3TKGA 5P4FA 4H3IA 5OYXA 3G6ZA 1ODXA 1Z1HA 5P7GA 3VYFA 5B18A 2F8GA 5P46A 3IGBA 3O9GA 4Y4ZA 5OZRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2K A;  4OBH A;  1K6T A;  1MTB A;  5P6A A;  2RKF A;  5OZ7 A;  4DQC A;  3UDJ A;  2FXE A;  3BUH A;  3UQP A;  4LAP A;  3Q3T A;  4ZPE A;  2WF1 A;  5P1S A;  2PK5 A;  3NU6 A;  5P4Q A;  5P5H A;  5P54 A;  1DAZ C;  3VF7 A;  3IN3 A;  4K9H A;  4U7V A;  5DGU A;  5ER2 E;  3ER5 E;  4I0H A;  5P7P A;  5P0F A;  1ZBG A;  5F01 A;  5P1R A;  5IS4 A;  4ACU A;  3NU4 A;  4RVX A;  1K6P A;  3RSX A;  2Z4O A;  2WHH A;  3CID A;  1MER A;  5P7N A;  3OY4 A;  3TL9 A;  4NJU A;  1C6Z A;  2NPH A;  5OZ2 A;  2ZJN A;  4FRK A;  1TQF A;  2QD8 A;  3LPK A;  5P3Y A;  2V11 C;  5P4R A;  4GJB A;  1FKN A;  5P7E A;  1T7J A;  5P4K A;  5COP A;  3UHL A;  4E43 A;  1SDU A;  5P5Q A;  2FNS A;  4FRJ A;  1HVJ A;  4DJO A;  4AZY A;  5P77 A;  2ZDZ A;  3O9C A;  5IVT A;  2G20 A;  5P0K A;  5P4O A;  1DP5 A;  2Q5K A;  4DPF A;  2BJU A;  4Y38 A;  5P5X A;  5P1G A;  2JXR A;  3UDP A;  3ZMG A;  5JG1 A;  5EZX A;  1DIF A;  3JVW A;  5IVR A;  3OU1 B;  3QPJ A;  5KR8 A;  3VFB A;  1LYB B;  3OU4 B;  3EKV A;  4RRO A;  3TPR A;  5P4H A;  5J25 A;  3R1G B;  4J1F A;  1APU E; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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