5P2RA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 144
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 81
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2rA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2rA01
1M4HA 3L5EA 2Q64A 3UDMA 1U8GA 1HVJA 4J1EA 4FRKA 1GNNA 3KDDA 5HE4A 5OZQA 3OOZA 3APRE 4F73A 5P7OA 2P3CA 5P6XA 5P1NA 3UDPA 3OQAA 2VIJA 1YTJA 4Y58A 5SY2A 4Y5NA 4N00A 2V16C 1GNMA 3IAWA 3S43B 3KA2A 2AOJA 5P8BA 3CIBA 3CKRA 5P8MA 4XXSA 5P4EA 4K4PA 4YD4A 3RU1A 4RGHA 1UH8A 5P31A 2OHRA 1AZ5A 4ZLSA 3UDHA 5P6UA 5P2UA 2R8NA 5P6AA 3NU5A 2B42A 2OHQA 1XL2A 3TKGA 3BGBA 3Q4BA 3CYWA 2AZBA 2NXDA 1N49A 2ZGAA 5P7XA 2A4FA 2ZHTA 3DOXA 5P2OA 2QI5A 3Q3TA 5OZAA 4Y4ZA 2ZHSA 4L7JA 2QI4A 5P1HA 4RYCA 4XX3A 1CZIE 5P10A 5P79A 4Y47A 3VF5A 5P1ZA 3O9GA 6FIVA 3VSWA 2R3TA 5P07A 1HTFA 3Q5HA 5P2RA 5SZ9A 5P3EA 3NLSA 3BXRA 3UDJA 3LPJA 1SIPA 1W6IA 2QHCA 5HCTA 4MC2A 1BIMA 1FF0C 1SDUA 5P77A 2NR6A 2NXLA 1A8KA 4Q1YA 2ZJHA 5P0UA 4Y39A 5P6MA 1XL5A 5P24A 5P0FA 3G70A 5P16A 4ZPEA 5P7KA 5P7LA 2G1SA 1FQXA 3Q6YA 3SA8A 4IVTA 3EL5A 2IENA 5P6HA 4EPJA 1K2CA 2OHPA 1HXBA 3BVBA 5P84A 5E5JA 1FFFC 5P64A 5P6NA 2A1EA 5P27A 1EPQE 4EJKA 2QNQA 5P62A 5OZ3A 1PROA 2Z54A 3U71A 4NJSA 4UPJA 5OZRA 1AJVA 4YE3A 2Q3KA 3UQWA 1MT7A 3PMYA 4B77A 2ZJKA 5P7JA 3INDA 3VEUA 3MXDA 4ER1E 1D4IA 3QPJA 3PEPA 4AMTA 5P7EA 3ZKQA 5P8UA 4Y48A 3CIDA 4EQJA 5KQFA 5P08A 3TPPA 1KJ4A 4DQBA 1TSUA 4Y4WA 5P5WA 1PFZA 5P6RA 1DP5A 1YX9A 1EPNE 4LAPA 5P0WA 2G22A 5P6QA 3ZKMA 4A4QA 5BRYA 2HB4A 3BXSA 1QBRA 5P2YA 3O99A 5TOLA 5P12A 3PBZA 4FAEA 4YDGA 5OZ2A 5P5BA 5P0HA 4COEA 5KAOA 1FIVA 5ISJA 3RTMA 4L1AA 2I0DA 3O9BA 1EPME 5OZGA 1SGUA 1YT9A 3OQFA 4FS4A 2WEAA 3TNEA 6UPJA 5P83A 1GVTA 4RCFA 2VJ9A 1ZBGA 1IVPA 5P7DA 2Q5KA 2QNNA 4B78A 4AZYA 4Z22A 5DQ1A 4K9HA 3L3AA 5P1PA 4Y3PA 1K6PA 5P8QA 3B7VA 4GJ7A 3UDQA 1AVFA 4YHQA 3RSXA 1AJXA 3U7SA 4MC1A 1HPVA 1QS8A 3ZL7A 5P7NA 4FIVA 3PCZA 5P3JA 5P72A 5OZWA 5I3WA 4K4QA 4GJAA 5P1EA 2O4KA 5OZ1A 5P2DA 3MSKA 1IZHA 1ME6A 8HVPA 4OBDA 1FG8C 3BRAA 3ZKSA 3VLBA 5P0TA 2ZJIA 2NXMA 3ST5A 1MIQA 4OC6A 4RVIA 4YA8A 3LZYA 5HDUA 3I6OA 3QP0A 3WB4A 4HVPA 2PH8A 3TOFA 1HVLA 2VJ7A 3KT2A 2Q63A 5P75A 1D4LA 4KE1A 1EC2A 5HDZA 5P7RA 1PPLE 5P2BA 4QLHA 2R5QA 2ZE1A 1TQFA 3HVGA 5P0IA 3BUHA 4DQHA 5P7WA 4L1AB 2QP8A 1HIVA 4RVJA 3JVWA 1OEXA 3WSJA 3JW2A 3NDWA 4PHVA 1HWRA 1G2KA 1IZIA 5P00A 5P5IA 5DQCA 5P2KA 4ZSRA 1MERA 2Q15A 5OYQA 3VCMA 5P3DA 1ZJ7A 2G27A 5P2CA 3IN3A 2XFIA 5P2MA 5P39A 4EWOA 2WJOA 2QI3A 1IZDA 1D4KA 2QCIA 3OOTA 3BVAA 3OGPA 4L6BA 3K5FA 3NUJA 2APRA 3PGIA 3L5CA 1AAQA 4I0IA 2G94A 4DPIA 1UH9A 2H6SA 1EBKC 3VF7A 4FSEA 3NWQA 1K1TA 4DQEA 5P3UA 2AOEA 2NPHA 5P82A 4OC6B 3HVPA 4QJ7A 3VF3A 2QI6A 3S53A 5P5VA 3LHGA 2P3BA 2P83A 5OYRA 5P5SA 4CPUA 1BXOA 2O4SA 4EJ8A 1PSAA 5P2AA 2P4JA 3LZUA 5P86A 5HD0A 4J1KA 3FX5A 3ZKGA 2VKMA 5P6PA 5P3SA 5C9FA 3MSJA 4Y5PA 4Y3YA 5P0NA 4PZWA 5P59A 2QHYA 4X2LA 2FXDA 3SA3A 4XX4A 4Y3SA 1BILA 5OYUA 1BVGA 1F7AA 4FL8A 4ZPFA 5E5KA 5OZOA 2G1NA 3LZSA 2OHSA 3SFCA 2OHLA 1HSGA 4GYEA 2XYEA 5P02A 3EMYA 4PPHA 5P81A 3NR6A 3IXOA 5HTZA 2BJUA 4J54A 2FXEA 4Y45A 3UDNA 2BBBA 3SACA 5P8HA 4CPXA 1MUIA 5P30A 1LYBA 4YOAA 5JFUA 5DR3A 3ZLQA 4RVXA 5P8CA 1C6XA 2QMFA 3T11A 5DGUA 1HXWA 5P43A 1Z1HA 4K8SA 4DJUA 4Y35A 1HTEA 5DR7A 4HEGA 4Y4AA 3EKYA 3OXCA 3TOHA 3D1XA 2P3BB 4Q1XA 5P53A 2QI0A 3QIHA 4WY1A 1YM4A 1ODWA 3KN0A 2JJIA 1G0VA 1ZPAA 4R93A 2VA7A 5P52A 5EZZA 5P26A 3ZPUA 3GGVA 5P7PA 4D89A 4NPTA 5P0RA 2G1YA 3K5GA 4KE0A 4S1GA 4I0DA 3T7QA 4DUSA 5KR2A 5P3CA 4DFGA 4YD3A 5P50A 5P5KA 5OZKA 4WY6A 2ZDZA 3ZKXA 4Y57A 3O9CA 4M8XA 2IQGA 1T6EX 3VSXA 2WECA 2HB2A 2AZ9A 4CPTA 3UF3A 5P3FA 1HPSA 2QZKA 4A6BA 3LPIA 1TZSA 5I3YA 3NU3A 3R4BA 1HBVA 3SABA 4TRYA 1EPOE 5ISKA 5P4TA 2HPFA 4ACXA 3TKWA 1LYBB 4HDBA 1SDTA 3URIA 4Y4JA 3PB5A 4EXHA 1KJGA 2WEDA 3OGQA 4GJ5A 2IEOA 3SM1A 5SY3A 2IS0A 2FNSA 1F34A 4GIDA 4Y3QA 4GJDA 5P4SA 5AHBA 5P6CA 1RL8A 1MPPA 2QMDA 3IN4A 5P6FA 3NDUA 2ZJMA 3OQDA 1FG6C 1KZKA 1HSIA 5P2FA 2AODA 5DR4A 1PPKE 3ZOVA 1A8GA 4Y4XA 4ZPGA 4YBFA 4Y6MA 1FQ8A 3KFRA 3QBFA 2QI7A 5P5TA 1BDRA 1MTBA 4J0VA 5P4VA 3AUPA 2BB9A 1HHPA 5P8IA 4A6CA 2BPWA 3CKTA 3R0WA 4EP2A 1LZQA 3ZPSA 5P6OA 2VA6A 3ZMGA 2PH6A 4EP3A 2F8GA 4I12A 3G72A 1ZAPA 5P2SA 3LIQA 3TLHA 2NMZA 4Y3WA 5P3WA 1BWAA 1ZTZA 5P7UA 5P3HA 3GGAA 1ZP8A 3SA7A 5P4RA 5P0XA 1APTE 1BWBA 3DK1A 2RKGA 5OZBA 4BFBA 1MSMA 1FB7A 5P5FA 3UDYA 4OD9A 3FV3A 2JXRA 4FRJA 5P1OA 5P8NA 4I8ZA 3PSGA 1ODXA 5P13A 3OXWA 4Y5GA 4D85A 2OHUA 3PWRA 4EJDA 3DUYA 3EM3A 4YDFA 2PSVA 5JG1A 4OBKA 4I10A 2FIVA 2VIZA 5DQ4A 1T6GA 1HVSA 1K6TA 1EC1A 3DM6A 3NXNA 5OZFA 5P4CA 5P4MA 2ZHVA 5P76A 2G26A 2F3EA 5P3VA 1KJHA 4Q1WA 2PWCA 1GVUA 2ER9E 4FSLA 2MIPA 1RNEA 3L58A 3TL9A 3Q70A 3PLDA 2PK5A 3OAGA 4CPWA 1BAIA 5P6WA 3O9HA 3O9IA 1YG9A 1EPLE 1SBGA 4APEA 1NSOA 3IVIA 2O4LA 5P78A 5P35A 2B60A 4FRIA 4YD6A 2I4WA 5P2IA 1GNOA 5P40A 5P1IA 3O9FA 3HBOA 5P6KA 4GZFA 1FMUA 3EKWA 1MVPA 3EL4A 2VJ6A 4GB2A 4OD9B 2BPVA 5OZPA 5P87A 3EL1A 5KQYA 2B8LA 4J1IA 1EAGA 1QDMA 1APVE 5P05A 4AUCA 4XKXA 2IDWA 5P5PA 3R0YA 4LXMA 5P4HA 4PZXA 3EKPA 4Y9WA 3UCBA 5PEPA 5P4AA 1EBYA 2CEJA 2H6TA 3L5BA 2B8VA 4QJ9A 2BKSA 5P36A 3EL0A 4J1CA 4QJ2A 1ZPKA 5P5JA 2QMGA 5P17A 5P0SA 4CMSA 4EQ0A 1MT9A 1QRPE 2R43A 5P1JA 2WL0A 5OYWA 3S54A 2WF0A 2CEMA 4LP9A 5P3BA 2OHKA 5DQ5A 3OAGB 2RSPA 6APRE 4D88A 5AHCA 1QBTA 3EBZA 4K4RA 3JVYA 3WZ7A 1FKNA 4I0EA 2F3KA 5P42A 3UFLA 3VYEA 4RROA 5OZZA 5P0JA 5C9DA 4I0JA 3FSMA 3LITA 1SH9A 3R1GB 3T3CA 4Y5BA 3GI6A 4CKUA 1W51A 5P1QA 5P68A 4CPQA 3AIDA 5P8AA 2JYSA 2QI1A 5P51A 1KJ7A 5P49A 4JOOA 1HTRB 3URLA 5P2ZA 2J9KA 3EKTA 1D4YA 2HS1A 4J55A 1MT8A 3PRSA 5IVQA 1DMPA 1B6PA 2AZ8A 5P66A 4YCYA 4Y51A 2BPYA 5IVSA 5IVTA 3NDTA 1HSHA 1FMXA 3NU4A 1B6LA 1MSNA 5P3ZA 4Y4GA 5P6YA 5P0LA 4DQCA 5I3VA 5P4IA 5P5RA 3SA5A 1TCWA 5P1CA 4YD7A 2O4PA 5P65A 1D4HA 4HLAA 5P4KA 3DCKA 3EC0A 5P69A 4GJ8A 2PK6A 1ODYA 3PHVA 5P4JA 2FDDA 3O9EA 3PWMA 1RQ9A 3LZVA 5P33A 1W5WA 5KR8A 2VNNA 4J1FA 4Y3XA 1FEJC 3KFPA 1DW6C 1EPRE 1K2BA 4YOBA 5AGZA 5P38A 2QHZA 5P7GA 4Y3AA 1W6HA 5P54A 5P2LA 1OD1A 5P8PA 3SA6A 4F76A 1FLHA 4ER2E 2ASIA 2Q11A 2I4UA 3KFSA 2VNMA 5HE7A 4QJAA 4APRE 1IDBA 1M0BA 1HIIA 3KDBA 3S7LA 1FQ6A 3GI4A 5P5XA 1LF3A 3PSUA 3TPLA 1M43A 1HVCA 2QD8A 4GJBA 4Z4XA 3IGBA 3D3TA 4HZTA 3ZKNA 3KFNA 3C9XA 4Y5CA 3D1YA 2B7ZA 5BWYA 5I3XA 3OWNA 5P3GA 4Y3GA 2QZXA 4Y3FA 2OHMA 5HU1A 5P2EA 1XN3A 2PMAA 4JP9A 4I1CA 5P4LA 4I0FA 2QZWA 1HTGA 3L5DA 2IKOA 1J71A 3IXKA 3QRMA 1BDQA 4YCTA 3D91A 2AOIA 4J1HA 2EWYA 1QBUA 5P2QA 1HEGE 4LXKA 5P22A 4TVHA 3S7MA 5ER1E 5P6TA 3CKPA 1SGZA 5P4ZA 3IA9A 5P5NA 2PQZA 5P4DA 5P48A 2WF1A 4Y4EA 3HLOA 5AH6A 5P0QA 3N3IA 3TH9A 4YCKA 5P5UA 3K5DA 3OU4A 4HE9A 2J9JA 5P70A 3QRVA 1HEFE 1ZSFA 4FE6A 5APRE 5P5ZA 2V13A 3D20A 5P06A 2OF0A 4J0YA 5P7AA 1T7IA 5OYZA 5P0KA 3SKFA 4J5JA 4HDPA 3FNSA 4LXAA 3FNTA 2UPJA 1T7KA 1EC0A 2SAMA 3TPJA 2PC0A 2WEZA 2RENA 4J0ZA 5P5EA 5P4WA 3PI5A 3TPRA 5P0BA 5OZ6A 2UY0A 3K4VA 4FM6A 3UQRA 4Y3ZA 3PWWA 4R5NA 5P4NA 4Y50A 5HE5A 3O9AA 5P6DA 2BPXA 4Y3TA 3RVIA 4F75A 1IDAA 3VFBA 4U8WA 4NJUA 1LV1A 3MXEA 4RLDA 3RSVA 5OZMA 1Q9PA 5P56A 1A30A 3SA4A 2ZJLA 5OYXA 4Y56A 5P4BA 5P8SA 3VG1A 1MTRA 3HAWA 5OZYA 2VIEA 5P5QA 4Y5AA 1RPIA 3UTLA 3OU1A 1TCXA 2QMPA 1WBMA 3OADA 3KF0A 3EKXA 2CENA 5P7MA 2R5PA 2HAHA 5P4UA 2J9JB 3S85A 3I2LA 3PJ6A 3LNKA 1LEEA 3DV1A 3PMUA 4TRZA 2Z4OA 5P1AA 3OTYA 3WZ8A 3KYRA 3SQFA 2WEBA 1FGCC 5P80A 3OHFA 1T3RA 3NU6A 5P1VA 5CLMA 1G35A 3PCWA 4U7QA 5P29A 5P4FA 5KR0A 1TSQA 2V10C 4AA8A 1AXAA 3OUAA 5P1KA 5P57A 5OZHA 1MEUA 5P3AA 2FGUA 5P6IA 4HDFA 1B6JA 3CMSA 3GW5A 5OZ4A 1GVXA 4B00A 1APWE 3QS1A 1NPVA 5P0DA 2V00A 4NKKA 5P2HA 3UQPA 1GVVA 1A94A 4Y37A 1HIHA 1GKTA 1SDVA 5P7ZA 5EZXA 5F01A 4ZIPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1M4H A;  3L5E A;  2Q64 A;  3UDM A;  1U8G A;  1HVJ A;  4J1E A;  4FRK A;  1GNN A;  3KDD A;  5HE4 A;  5OZQ A;  3OOZ A;  3APR E;  4F73 A;  5P7O A;  2P3C A;  5P6X A;  5P1N A;  3UDP A;  3OQA A;  2VIJ A;  1YTJ A;  4Y58 A;  5SY2 A;  4Y5N A;  4N00 A;  2V16 C;  1GNM A;  3IAW A;  3S43 B;  3KA2 A;  2AOJ A;  5P8B A;  3CIB A;  3CKR A;  5P8M A;  4XXS A;  5P4E A;  4K4P A;  4YD4 A;  3RU1 A;  4RGH A;  1UH8 A;  5P31 A;  2OHR A;  1AZ5 A;  4ZLS A;  3UDH A;  5P6U A;  5P2U A;  2R8N A;  5P6A A;  3NU5 A;  2B42 A;  2OHQ A;  1XL2 A;  3TKG A;  3BGB A;  3Q4B A;  3CYW A;  2AZB A;  2NXD A;  1N49 A;  2ZGA A;  5P7X A;  2A4F A;  2ZHT A;  3DOX A;  5P2O A;  2QI5 A;  3Q3T A;  5OZA A;  4Y4Z A;  2ZHS A;  4L7J A;  2QI4 A;  5P1H A;  4RYC A;  4XX3 A;  1CZI E;  5P10 A;  5P79 A;  4Y47 A;  3VF5 A;  5P1Z A;  3O9G A;  6FIV A;  3VSW A;  2R3T A;  5P07 A;  1HTF A;  3Q5H A;  5P2R A;  5SZ9 A;  5P3E A;  3NLS A;  3BXR A;  3UDJ A;  3LPJ A;  1SIP A;  1W6I A;  2QHC A;  5HCT A;  4MC2 A;  1BIM A;  1FF0 C;  1SDU A;  5P77 A;  2NR6 A;  2NXL A;  1A8K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1LS5 A;  5P04 A;  4Y54 A;  5P19 A;  5P3O A;  3BGC A;  5P5L A;  1DIF A;  3S2O A;  2AZC A;  2VA5 A;  4Y43 A;  5P1W A;  1W50 A;  3UDR A;  4Y4B A;  5P46 A;  3VV6 A;  4Y3D A;  1YTG A;  5P0C A;  2FDE A;  2R38 A;  4X7I A;  4ZE6 A;  2BKT A;  3DV5 A;  3L5F A;  5OZD A;  1E81 E;  5P34 A;  5P6S A;  1TW7 A;  2PSG A;  4Y3M A;  1MRX A;  4RZ1 A;  4RYG A;  5P2W A;  4LC7 A;  4H3I A;  5P8L A;  1YTH A;  5OZJ A;  4LL3 A;  2IKU A;  5P4Y A;  1C6Y A;  3TTP A;  3EKQ A;  3ECG A;  5P14 A;  5P44 A;  1ER8 E;  5P5A A;  4DI2 A;  3LPK A;  3WB5 A;  5P1R A;  5P6E A;  1FMB A;  7HVP A;  4L7G A;  3OQK A;  3U6A A;  3IVH A;  5P85 A;  3SLZ A;  3NUO A;  3EXO A;  2HS2 A;  3OUD B;  5P0A A;  3VYD A;  1E82 E;  5P1S A;  3NXE A;  5JOD A;  5P6G A;  3FIV A;  1ENT E;  1EC3 A;  1HPX A;  5DQ2 A;  5P88 A;  3GI5 A;  1UH7 A;  3QI1 A;  2R9B A;  1D4J A;  5OZU A;  5P5D A;  4GMI A;  1LYW A;  1BDL A;  3OK9 A;  3ZKI A;  3LIN A;  4B1E A;  3D1Z A;  1YTI A;  5OZI A;  2QD6 A;  3KM4 A;  1K6V A;  3KMY A;  4Y41 A;  5DR1 A;  3FNU A;  1HRN A;  3QRS A;  2HM1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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