5P2UA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 147
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2uA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2uA01
5P6VA 2NPHA 5P0FA 4QJ7A 5P4NA 5OYXA 1HHPA 3R2FA 2R8NA 3NUJA 4RRSA 1E82E 5P2LA 5HDZA 3RTNA 4MC6A 3ZOVA 2I1AA 3VEUA 3PRSA 5P5VA 2BPZA 5P2FA 5ISJA 2AVMA 2G20A 4K4QA 3IXKA 5P1OA 4MC9A 5OZMA 4K4PA 4QJ8A 4Y3MA 4A6CA 3IN3A 5P17A 2IEOA 5P8BA 4HVPA 1DIFA 5APRE 5P32A 3TOHA 3B80A 1IZIA 5P0VA 3VLAA 3DV1A 3EKXA 4L1AA 2AOCA 5OZIA 2AVQA 1APUE 5CLMA 3L5FA 3S54A 3BXRA 4MC1A 2PH8A 3NDUA 4YCTA 2QMFA 1TCXA 4D85A 3PJ6A 4B00A 5OZXA 1D4KA 3UDQA 2AOHA 1D4JA 4U8WA 1ZLFA 2UXZA 5P3AA 1KJHA 5P3OA 2V10C 5OZGA 3BUGA 2JE4A 3NWXA 3KT2A 1FKNA 4QJ6A 5P43A 3QRMA 3WB5A 5TOLA 4Z2ZA 5OZKA 5P28A 5P5AA 3EKYA 5P68A 1EC1A 3PMYA 4I8ZA 4Y5KA 3LZYA 2WECA 1A94A 1HVRA 5P7TA 2R3WA 1WBKA 1G6LA 2A4FA 1TCWA 5OYUA 4GJ9A 3OU1A 4FSEA 1A8GA 3TOFA 3Q3TA 5OZ9A 2H6TA 4YBFA 2O40A 2OHKA 4QJAA 1SDVA 5DR4A 5DQ1A 3Q6YA 3BC4A 1BILA 5P6UA 4J5JA 4J1FA 2QMGA 1HSHA 1VIJA 3LNKA 4HE9A 5P5RA 3QS1A 3AUPA 4Y47A 3D3TA 1EC2A 2JXRA 2O4SA 4RRNA 4ZPEA 6FIVA 3LZVA 3PCWA 1G35A 1XE5A 3RSVA 5KR8A 4I0ZA 3NSHA 5P8KA 4EJDA 3S7LA 5P4KA 2QI3A 4YD6A 5P85A 1HEGE 4J1CA 5P7UA 5OZ2A 4I0EA 4CPWA 5HDVA 5P6CA 4DQGA 4RYCA 3OQ7A 5P5PA 5P1CA 2WF2A 1G0VA 1AAQA 5OZJA 3GGXA 5P0WA 4Y3LA 5P51A 4EQ0A 1RQ9A 2Q64A 3TPPA 3KDBA 1TQFA 5P09A 2AVVA 5P3GA 2AQUA 5AHCA 1RV7A 3CKTA 5C9DA 5P4PA 5P54A 4R5NA 5P8NA 3TOGA 4EQJA 1YT9A 1PSAA 5UPJA 4DJXA 2BB9A 4FGXA 2Z54A 5P2WA 1IZDA 5P1GA 1ZP8A 1YTJA 1T6EX 5C9FA 5P3PA 1BWAA 3KM4A 4ZPGA 3HVGA 3DM6A 1AJXA 3OUDA 3SKGA 4M8YA 1APVE 4ACUA 2HIZA 4TRWA 5P46A 5PEPA 5SY3A 1HOSA 1D4LA 3TPLA 3WB4A 5P7WA 1AVFA 3ZMGA 5IS4A 2RENA 3UDPA 2BKSA 3O9LB 2NXDA 3UDHA 2WL0A 5E5JA 3VYEA 5KQFA 5P67A 2BJUA 1SH9A 5P3IA 3DV5A 3KDCA 3QROA 3FNTA 3KYRA 3SM1A 4Z22A 3MXEA 5HD0A 5OZFA 4B1CA 4Y3TA 2O4LA 4GJBA 2PMAA 5P1JA 2AOGA 1CPIA 3GI6A 3I25A 5P1XA 2Q55A 4YCKA 4AA8A 4ER1E 1NH0A 1PPME 5P5DA 2J9JB 2VNMA 4Y4ZA 4H3JA 5P4BA 2QD6A 2WF3A 1HPOA 5P7YA 5OZ8A 3VFAA 3U6AA 3HBOA 3BGCA 3UQRA 1FLHA 1HEFE 4Y58A 3DK1A 5P0CA 1AJVA 4I0GA 1GVTA 3KDDA 3Q70A 4WTUA 3CKRA 1K6VA 5I3WA 3ZLQA 2RKGA 4CMSA 2QNQA 5P0SA 3ECGA 5P1VA 2NXMA 2CEMA 1MT9A 1TSQA 5P1LA 3CYWA 4GJ6A 1CMSA 5KAOA 2Q5KA 5OZZA 1ZBGA 4N00A 5P39A 1G2KA 4CPTA 3PSGA 3Q5HA 5JFUA 3SFCA 4Y39A 1KJGA 5P6IA 3CKPA 3OXXA 5I70A 3UQUA 2AZBA 3ER3E 5P4IA 1M4HA 5P4AA 5P6ZA 1EPNE 5P2EA 1DP5A 4DJRA 3T7PA 4R8YA 4Y50A 2QNPA 3OU4B 5P6KA 5P8TA 4GJ5A 7HVPA 2G26A 5P1EA 4FM8A 3K5GA 1HVCA 5P0LA 1DW6C 4B05A 3BUFA 5KQZA 4AUCA 4JP9A 3EC0A 4GJ7A 2WEAA 3K5FA 3OXCA 4IVTA 4J54A 3KFSA 4YA8A 3GI0A 5P37A 4Y9WA 3EKQA 2IKUA 4D88A 1XDHA 5P8PA 5AHBA 2QK5A 4HEGA 5P7NA 2ZJMA 4Y45A 5SZ9A 2PSVA 1MERA 3HD8A 2OAHA 5P87A 1HVIA 1ZPAA 2UPJA 5JG1A 2ZHRA 3OADA 5HDUA 5HU0A 4AMTA 3S43B 3PI5A 3OXVA 2HS2A 4LL3A 2O4PA 2ZGAA 5P6YA 2QZKA 4FAFA 3OWNA 4YOBA 3SLZA 3TPJA 1K2BA 1LZQA 4L7HA 3TL9A 2V13A 5P6BA 4YOAA 4A6BA 2B60A 4AZYA 3T7QA 3S8IA 3GGVA 5P5LA 1LYBA 2RSPA 3K4VA 5P14A 5P7MA 5P0MA 4EYRA 2OHSA 3B7VA 5P50A 3G70A 4ZSRA 5P4GA 4FE6A 2QI1A 2P3DA 2R5QA 1QBSA 1HVKA 4TVHA 2OF0A 3GI5A 5P5ZA 5P3WA 4RCFA 4J1KA 4HDFA 5P2GA 1MESA 3QN8A 1W6HA 4B72A 1QDMA 4CPRA 3ER5E 3O9CA 3ZL7A 1E81E 5P00A 3I7EA 5KR0A 1QBUA 1EAGA 5P29A 3BRAA 3LITA 3ZKQA 3O9GA 2HB2A 5P1PA 4RVIA 1IVPA 4B1EA 2QCIA 1FQ5A 5P4TA 4YDFA 3VCMA 2OHRA 1EBWA 4B0QA 3IXJA 4U7QA 3TTPA 1HWRA 5SY2A 1F7AA 3SA3A 4HDPA 2NNPA 2PH6A 4DQFA 2JJIA 5P74A 3ZKNA 5P2NA 4Y4JA 5P2BA 3OOTA 2ZDZA 3H0BA 5OYQA 1MT7A 5P12A 2XYFA 5P7KA 2BKTA 4Y48A 2ZYEA 5P8FA 5P7FA 5ENKA 4OBZA 3LPIA 5P27A 3VSWA 5P5JA 3UFLA 1ODXA 4DV9A 1HPSA 4J55A 2HB4A 2FXDA 5P40A 1YTGA 5OYVA 5P2SA 4XX4A 5P8SA 3PVKA 3IAWA 4TRZA 3RVIA 2ASIA 3HDKA 1FG6C 5OYWA 3LHGA 3KMXA 5P3YA 1PPLE 3F9QA 2MIPA 2G94A 1GNNA 3BUHA 3BVAA 5OZ1A 5OZ4A 5P61A 5P7DA 2RMPA 4B78A 1HSIA 2G21A 3K5DA 4Y41A 3H5BA 5P79A 5P1RA 3WZ7A 4OBFA 5ER1E 3URIA 5P03A 5P2IA 5P0BA 3I2LA 5P4LA 1IIQA 5P7HA 5T4SA 3PB5A 2SAMA 1YTHA 3IGBA 3KF0A 5P5EA 1BDQA 2B7FA 4PYVA 3OTYA 4Y3SA 1W5WA 4DPIA 4DJOA 4DUSA 3NXNA 5DR0A 1MUIA 3OQDA 2G1NA 4CPXA 1W5YA 2AVOA 2CENA 2OHMA 4Y3AA 4JOOA 4TRYA 4HZTA 3OAGA 2QD8A 4DQHA 4I0FA 5P5WA 1BDRA 2FNTA 3QRVA 1T7IA 2FDDA 4Y5BA 1BBSA 5P77A 2F3EA 1FG8C 4LXKA 3I6OA 3L38A 3NU5A 3R1GB 5P3NA 2IKOA 3O99A 4KE1A 1ODWA 5BWYA 5P70A 3JVWA 5P3KA 3SA5A 5OYYA 1T7JA 1B6MA 2P83A 5P10A 2QI7A 3DJKA 1K6TA 1D4SA 2G1SA 3SABA 1OEXA 1ER8E 3K4VC 1PPKE 3L59A 1UH8A 1EBKC 4L6BA 2BBBA 3L5CA 3AIDA 3M9FA 4LC7A 5P41A 1GKTA 2G69A 2I4DA 2VA6A 5P6PA 3TH9A 3GGAA 5P1SA 1LYAA 2I4QA 5P72A 1HXBA 5P19A 4GYEA 2ER9E 5P7OA 1SP5A 1BXQA 2XFJA 3EKVA 1FFIC 3HLOA 1EPLE 5P2ZA 5I3XA 4Q1YA 4LBTA 5KQYA 3VF5A 3SA7A 3TPRA 4F76A 2XFKA 5OZWA 2PK5A 3RTMA 3D1XA 5OZ3A 1ZTZA 5OYRA 5OZ6A 3T6IA 2B42A 1SBGA 3TLHA 4RCDA 2A1EA 3U7SA 3INHA 5HCTA 2AODA 2P8HA 5P33A 1TW7A 3IVIA 2VJ6A 2ZHUA 3PWMA 3PM4A 4F74A 6APRE 1FFFC 2ZHVA 4BEKA 5P1UA 2IS0A 1ZJ7A 5OZAA 1B11A 4EXGA 2B7ZA 3UQXA 4QJ2A 1AM5A 5P7XA 5E5KA 2FIVA 4J0ZA 1MEUA 4DJVA 3EL4A 3SPKA 4KE0A 5P2JA 4JECA 5P6RA 1IVQA 5P38A 5P5TA 1OD1A 1Z1RA 3PMUA 5OZ0A 5P18A 3ZKMA 5P31A 5P1ZA 5P2HA 3L5BA 3SAAA 5P3MA 1T3RA 2ER6E 2PSUA 3LZUA 3VF3A 1GVXA 1QRPE 5EZZA 2HB3A 5P1QA 4Y43A 5P3JA 5DQCA 4YDGA 3O9IA 3NU4A 5P8OA 1XN2A 3R4BA 2WEZA 3T7XA 4RVXA 1ZAPA 1U8GA 5AH8A 1YM4A 5P05A 5P6DA 2QHYA 5P66A 3MSLA 2QI0A 1WKRA 5P8JA 1C6XA 3NUOA 4YD4A 4APEA 2F8GA 4NJUA 4FM6A 4APRE 3N3IA 5P8IA 5BS4A 5P6FA 3PLDA 5AGZA 1DPJA 4OC6A 4L1AB 5HU1A 5DR7A 5AHAA 3EL9A 5P7RA 2IENA 2VIJA 5I3VA 4EJKA 1IBQA 5AH7A 1FQ8A 3OTSA 3PSYA 3ZKGA 3OU4A 4Y4TA 5P45A 3HVPA 5P3FA 4RROA 3OUBA 2PSGA 2AZCA 5P7VA 1HTRB 1W6IA 1AZ5A 5J25A 3QBHA 5P8AA 5P0JA 5OZHA 2QZWA 2R9BA 4NJSA 4Y3DA 1FF0C 5P8UA 5P7QA 4Y5GA 4DJYA 5P0YA 2NMYA 2FNSA 3LIXA 3S2OA 1F34A 1YTIA 5P4OA 2QI6A 4PZWA 4Y5CA 2P4JA 5P06A 2WF4A 4D83A 5P4QA 5HE4A 2Z4OA 5P1TA 3LPKA 5COKA 4DQCA 4NJTA 4OBHA 4Y5LA 5OZNA 5P4EA 3UDMA 3UDNA 1YG9A 2F81A 3IN4A 5P4ZA 3OU1B 5P1KA 3UPJA 6UPJA 5P2TA 5HVPA 2G24A 5P0OA 3EXOA 5P8MA 4OBKA 4WY6A 1FEJC 3G6ZA 5OZRA 2PYMA 2HM1A 2ER0E 2QI4A 5HE7A 4I8WA 4NKKA 5P1NA 5P4SA 5KQXA 3KMYA 2ZJHA 1A8KA 4YD3A 2QZXA 3SO9A 4RZ1A 5COOA 5P0DA 1ODYA 1LYWB 2BPYA 5P13A 5P5XA 2P3BA 4ER2E 3EL5A 5P01A 5P36A 1KJFA 5P58A 3IXOA 1HVLA 2Q15A 9HVPA 5P80A 2VS2A 1FMXA 5P57A 5IVTA 5P1YA 1NSOA 5P5CA 4RCEA 5P3TA 1BAIA 3KT5A 5AH6A 1FQ6A 3OQFA 3ZPUA 4Y3YA 3O9EA 2AOIA 2QU2A 3EKWA 1SMRA 4Z4XA 4GJCA 4F73A 2FGVA 5OZ7A 2APRA 5P16A 5P0IA 4OD9A 3FNUA 3QP0A 3BHEA 2BPVA 5B18A 5P2QA 4EP3A 1B5FA 5P0XA 2PWCA 1IDBA 2PC0A 4LHHA 4ZIPA 3JW2A 1PSNA 4Y3FA 5P6TA 5P6HA 3OUDB 5DPZA 4J17A 1MTBA 2ZJKA 2PYNA 2ZJNA 1UH9A 1FMBA 1EC0A 1JLDA 3IA9A 4D89A 2WEBA 5P1IA 2G1RA 2ZJIA 3PSUA 2OHUA 4M8XA 1EPRE 4Y4UA 1TZSA 3APRE 5P7AA 5OZQA 3ZPSA 5IVSA 5P76A 2FLEA 4TVGA 4ZE6A 2RKFA 2I0AA 5P6GA 4CKUA 1FIVA 3S7MA 2G22A 4DJQA 5P3RA 3S85A 3HW1A 2WKZA 5AH9A 2VKMA 5P0KA 4RYGA 2R5PA 2UY0A 2ZE1A 4Y3NA 5P6WA 1MIQA 5P7GA 4H3FA 4U7VA 3LIVA 2I4UA 3EL1A 2V00A 2ZHTA 5P5GA 1EBZA 2OHTA 4FSLA 4J0TA 5KR1A 2AOJA 5P65A 1B6KA 4ZPFA 3LIQA 1N49A 2Q63A 3UQPA 3MSKA 1WBMA 5P6XA 5DR3A 4R95A 1K2CA 1DAZC 3OU3A 4EHCA 1SDUA 5ENMA 5HE5A 1HVHA 4EJ8A 5P42A 3HAWA 1META 1EPQE 5P20A 2ZJLA 5OZSA 5P1WA 4GMIA 2G27A 1UH7A 1BV9A 4I10A 1D4IA 5OZDA 3VF7A 3L5EA 3OGPA 5OZ5A 3ST5A 3WZ8A 1FQXA 4L7JA 4DQEA 4K9HA 4HDBA 2AZ8A 2VIZA 5P0EA 4YBIA 2I0DA 3D1YA 3UFNA 4LAPA 4WY1A 5OYTA 5P5UA 5P3CA 1LF2A 3DUYA 4GB2A 5P84A 4J1IA 4JPEA 5P6AA 5P11A 5FIVA 5IVQA 1EPPE 2AIDA 1HTFA 3URJA 5P0ZA 4AA9A 3O9HA 3QPJA 2JJJA 3QVIA 3UDYA 5P47A 3UDKA 2F80A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6V A;  2NPH A;  5P0F A;  4QJ7 A;  5P4N A;  5OYX A;  1HHP A;  3R2F A;  2R8N A;  3NUJ A;  4RRS A;  1E82 E;  5P2L A;  5HDZ A;  3RTN A;  4MC6 A;  3ZOV A;  2I1A A;  3VEU A;  3PRS A;  5P5V A;  2BPZ A;  5P2F A;  5ISJ A;  2AVM A;  2G20 A;  4K4Q A;  3IXK A;  5P1O A;  4MC9 A;  5OZM A;  4K4P A;  4QJ8 A;  4Y3M A;  4A6C A;  3IN3 A;  5P17 A;  2IEO A;  5P8B A;  4HVP A;  1DIF A;  5APR E;  5P32 A;  3TOH A;  3B80 A;  1IZI A;  5P0V A;  3VLA A;  3DV1 A;  3EKX A;  4L1A A;  2AOC A;  5OZI A;  2AVQ A;  1APU E;  5CLM A;  3L5F A;  3S54 A;  3BXR A;  4MC1 A;  2PH8 A;  3NDU A;  4YCT A;  2QMF A;  1TCX A;  4D85 A;  3PJ6 A;  4B00 A;  5OZX A;  1D4K A;  3UDQ A;  2AOH A;  1D4J A;  4U8W A;  1ZLF A;  2UXZ A;  5P3A A;  1KJH A;  5P3O A;  2V10 C;  5OZG A;  3BUG A;  2JE4 A;  3NWX A;  3KT2 A;  1FKN A;  4QJ6 A;  5P43 A;  3QRM A;  3WB5 A;  5TOL A;  4Z2Z A;  5OZK A;  5P28 A;  5P5A A;  3EKY A;  5P68 A;  1EC1 A;  3PMY A;  4I8Z A;  4Y5K A;  3LZY A;  2WEC A;  1A94 A;  1HVR A;  5P7T A;  2R3W A;  1WBK A;  1G6L A;  2A4F A;  1TCW A;  5OYU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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