5P2ZA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 152
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2zA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2zA01
3VG1A 5HE5A 1XS7D 4UPJA 2R5PA 3VCMA 5P71A 1DMPA 2RSPA 5OZPA 4GYEA 4E43A 1HXBA 3SA4A 2XFJA 4K4PA 5P4ZA 1K1UA 4KE1A 3GI6A 5P1OA 2HM1A 3SM1A 2PH6A 5P5AA 5P7GA 2IRZA 4D83A 1HVRA 3SA3A 3NXNA 5P6YA 3WZ6A 2WEDA 2ZHRA 5P41A 3BUFA 2BQVA 3IN4A 2I4QA 4EQ0A 2FGVA 1ZTZA 5P7WA 3OXCA 1FMUA 3O9CA 2AOJA 5OYXA 2I0DA 1XN3A 3INDA 5P56A 4Y5AA 4YHQA 5P0PA 1WBMA 2ZJKA 2BPXA 3PWMA 3EBZA 3IVHA 1U8GA 1HPOA 1FQ7A 1ODWA 4OBFA 5P0AA 1A30A 4OD9B 4FRJA 3KFRA 4Y54A 4ZSMA 4J54A 3PSGA 5OYZA 2VIZA 5OZDA 5P7EA 1KJ4A 5P7KA 1K6PA 3O9IA 4FE6A 5P3PA 2VIYA 4RRSA 1HEFE 4Y5MA 5P30A 5P3EA 2VJ9A 2OHMA 4I0DA 4EHCA 3NDUA 4GJ7A 4Y44A 2XFIA 1MT8A 4EP3A 1A8KA 3QI1A 1FQ5A 5P1UA 2OHTA 5P2QA 2VA6A 5KAOA 1UH7A 1K6VA 5P77A 3IXJA 3PI5A 5P3AA 3DOXA 3U6AA 4PPHA 2R9BA 3SA7A 3OAGA 5P3IA 3L5BA 3ZL7A 3UQRA 1EPME 5P6OA 5P0XA 5ISKA 2G1OA 3NYGA 3OXXA 5P3XA 3FNTA 4HEGA 2IENA 5P10A 4X7IA 4JP9A 5AHBA 5P29A 3ER3E 4QJ6A 2WL0A 1KJGA 4K4RA 3K5DA 1QDMA 1K2BA 5HD0A 1LYAB 5OYSA 4WY1A 5P5RA 1EBYA 1PFZA 2IL2A 5P1LA 2AIDA 2R8NA 1GVWA 4J1FA 5P5OA 1GVVA 3S43B 1UH9A 3TPLA 5P8MA 2NNKA 3PVKA 3U71A 4Y5KA 3I8WA 4RVJA 3NXEA 3EL1A 5P72A 2J9JA 5OYTA 4IVSA 2IEOA 1FFIC 3IA9A 1IVQA 5CONA 1SMRA 1GNOA 4EXGA 4YD6A 3BC4A 3KDCA 2PWRA 3DUYA 4J1KA 3G72A 3PCZA 4B78A 3ZMGA 3OQDA 4I0IA 5P8BA 1T6EX 3UDJA 5P85A 1LF3A 1GNNA 5P7SA 5HU1A 4AA9A 4YD4A 5P3JA 4L7HA 4Y48A 5P20A 3PLDA 1HTEA 3SA6A 2XYEA 3HBOA 4Y5LA 3HVPA 5P5IA 4Y37A 2B7ZA 3ZLQA 2ER7E 4QGIA 2ZHTA 3LZUA 1G0VA 2R38A 1NPWA 4Y4DA 3SKGA 2Q5KA 5P64A 5P2UA 5P8CA 2P3BB 4ACXA 4OBKA 5P6HA 2O4KA 2NR6A 5P15A 4L1AB 5P0EA 1ODYA 1HTFA 3OOTA 2AVMA 4I1CA 4I8WA 5OZ9A 5P3CA 2WEBA 1MSMA 4YBIA 5KR2A 3RTNA 1XDHA 3L5EA 5DR8A 3O9AA 3LIZA 5P1MA 1C6ZA 5OZUA 2G69A 5P88A 2VNNA 3S56A 1EPQE 3OUDA 4LL3A 3PMYA 3SPKA 5P5NA 5DQ5A 2NXMA 3H5BA 2V10C 5KQXA 2QP8A 2ZE1A 1LYBB 2WF4A 4Y38A 4ZSRA 3UDYA 3OTYA 5OZOA 4FAFA 2EWYA 2WHHA 2QNPA 1QBTA 5P8JA 2AZBA 1BAIA 3CKTA 5OZ7A 5T4SA 4Y3EA 4Y3DA 1LYWA 2PSVA 4H1EA 4DJVA 4Y53A 4DH6A 3L58A 2SAMA 4R92A 1EC1A 4OBHA 3I25A 5P1EA 5P19A 2ZJIA 3KMYA 4Y35A 3IAWA 5P7RA 3TL9A 3BHEA 3NDWA 2G94A 4J0TA 5P46A 4H3IA 4Z4XA 5P5LA 3DK1A 2Z54A 5KOQA 5P2GA 5P1YA 3CKRA 2H6TA 2WF0A 5AHCA 1IZDA 3QVIA 3NUJA 4Y47A 1BDRA 5P6QA 5DQCA 3UFNA 1XL2A 5P1WA 3MXEA 5B18A 4K4QA 5P3BA 5P7IA 3EM4A 5P3MA 3D20A 1DPJA 4TRWA 3VYDA 2ZJNA 5P5QA 4ER2E 4L7GA 4RCEA 3CIDA 1HPVA 4I0GA 3ZOVA 4YBFA 2AVOA 2F80A 3KFPA 4J1EA 1HPSA 2FXEA 4Q5MA 2G21A 5P3QA 5P00A 4KB9A 5P69A 3QBFA 5P4RA 1HIIA 2CEJA 2R3TA 3HAWA 4YOAA 1B6LA 4HZTA 1MT7A 3EL5A 5P2EA 2NXLA 2O40A 3EL0A 4JECA 1HPXA 3OADB 2ZHVA 1IZEA 3LPJA 3H0BA 4Y5GA 3ZKGA 2HC0A 3LPKA 2G27A 3QRMA 4GB2A 5PEPA 5P40A 5P6EA 3OU3A 3T3CA 5P6SA 4Y3SA 3TPJA 3NR6A 3QRSA 2QI5A 5APRE 4R95A 3OAGB 4Y3NA 1APWE 1RPIA 4IVTA 3I6OA 5P1QA 1NPAA 1EAGA 3NU6A 5P76A 1IZHA 3EMYA 5KOSA 4DQFA 5P6FA 3EKVA 2AOEA 4Y36A 5P0MA 5COPA 1SMEA 5P57A 1UH8A 2ZJJA 2OHPA 3OHFA 3OHHA 2OHKA 5P59A 4Y43A 3VLBA 3QROA 2J9JB 3O9HA 5P5UA 5P1FA 3SM2A 3R4BA 4FRIA 2HPFA 3K5CA 4LP9A 1MESA 1EEDP 5DQ1A 4A4QA 4HLAA 5P5XA 4HDBA 4B77A 5OZJA 4LC7A 1ZJ7A 4FIVA 4RZ1A 5P8FA 1HTRB 1FGCC 1MUIA 3LZSA 5P4QA 4Y4JA 6APRE 4Y45A 4FCOA 3URLA 5DR0A 4Y3LA 3BGCA 5P39A 5P83A 2AOCA 4H3JA 2VA5A 4YDFA 4LBTA 5DR3A 4NJUA 1RQ9A 3ER5E 5P02A 3NLSA 5E5JA 1A9MA 5P65A 1B6PA 3T11A 4BFDA 2AZCA 5P3NA 1B6KA 2WEAA 3TKGA 2OAHA 1Z1HA 5P67A 4Z50A 3T6IA 3VEUA 2UPJA 2AVQA 5P3HA 1QBRA 3EKXA 4Y4XA 3S7MA 5P52A 3HZCA 5P0ZA 5P1PA 2F3KA 1D4HA 5P2CA 3FSMA 5P1TA 1FQ8A 1TW7A 3D1XA 1PROA 5P4GA 2I4VA 4CPRA 1K6TA 5OYYA 3MXDA 3U7SA 5P25A 3LINA 5P7NA 3UQUA 5KR1A 5OZCA 1HBVA 3OUDB 2IS0A 5P75A 2ZJLA 3KA2A 3FNUA 5P82A 3BRAA 3LIQA 2CENA 4EJKA 4B05A 4Y4TA 3EL4A 1RNEA 3CYXA 2AZ9A 2FNSA 3DV5A 5P68A 2QNQA 3LZVA 4AA8A 1M0BA 1FQXA 1EC0A 3PRSA 2JYSA 2PK5A 4QJ7A 3ZKSA 5FIVA 5P6GA 4OBZA 3L3AA 3URJA 5P6UA 1NH0A 3HAUA 5P0IA 4MC6A 1BDLA 1DP5A 4U7VA 4Y3JA 3GW5A 4Q1NA 4DPIA 3VYEA 1DIFA 5P7CA 2BPYA 1B6MA 1RL8A 3MSJA 3UHLA 4F75A 3T7PA 5OZBA 3SAAA 5OZWA 1BWAA 3FKTA 5P2ZA 2FIVA 4CKUA 5HE4A 1YT9A 6FIVA 4Y3QA 3SA8A 1CMSA 1Z8CA 5P8RA 5HVPA 5C9DA 5P78A 2H6SA 4JOOA 3VFBA 2QI1A 5OZ8A 1T7KA 3VF5A 1W5XA 2IGXA 1IVPA 1K1TA 2G1RA 4GJ5A 5P0OA 2I0AA 1LF4A 5P4EA 4QJAA 3PCWA 1BV9A 1E81E 3OGPA 3B7VA 5P6LA 5P7BA 4LAPA 4ZE6A 5P70A 3T7QA 5ER1E 1ZPKA 3EKYA 5P4DA 2A4FA 5DQ4A 4KE0A 3BUHA 5P66A 5SY3A 5P1AA 4Y5PA 5DR7A 2HIZA 5P6RA 5OZ4A 2PMAA 4Q1XA 1SP5A 4J0YA 4RLDA 3VFAA 1W51A 3QP0A 1BILA 2O4NA 5P6ZA 2ZJMA 4PEPA 4ZPEA 5P3GA 4D8CA 3OQAA 3INHA 5I3VA 3RTHA 5P7TA 2BKSA 2Q55A 5DR4A 5P5PA 5P5TA 1FLHA 1ODXA 4DQHA 5P2SA 2Z4OA 4FLGA 1HRNA 5P0LA 2WF2A 5F00A 1GVUA 5P3UA 1IBQA 5P6MA 4J17A 3ZKQA 4ACUA 3EKWA 2J9KA 4I0ZA 5P8KA 2QHZA 5P0DA 5P2YA 3OXWA 4Y4UA 5P5WA 5P4PA 4GMIA 5P4HA 2ZDZA 3L5DA 2F81A 2OHQA 5OZFA 5HE7A 5P1KA 5SY2A 4FL8A 2V0ZC 2Q3KA 3IVIA 3PBDA 2ANLA 3KM4A 5P7MA 1D4KA 4I0JA 4DFGA 1BDQA 5P03A 4F73A 5P06A 1C6YA 1OEXA 5P79A 4I10A 5P7XA 3VLAA 3F9QA 1DW6C 5P0VA 2QI3A 3KT2A 4NJVA 1AJXA 4AMTA 5P6AA 5P4TA 1ZBGA 5HDUA 4I8ZA 5P14A 1YTJA 5P8IA 5AH6A 3R1GB 5P2AA 1W5VA 4NKKA 3L5FA 2XYFA 4OC6A 2WECA 3PM4A 5P0SA 3Q4BA 3OWNA 5P5ZA 5P2IA 4Y51A 3SQFA 1EPLE 2JXRA 1HOSA 5P0BA 3UCBA 5P11A 5P31A 2NMZA 1AAQA 3WB5A 2OHUA 3LPIA 3S45A 1XE5A 7HVPA 4GJBA 4OBDA 5P16A 5ISJA 5P0CA 1K2CA 3OUCA 2V13A 1W6IA 1BV7A 2QMDA 2HB4A 3FV3A 1QBUA 2V00A 1HVIA 5P4FA 4RROA 5P7ZA 2UY0A 3S54A 1ZSRA 5OZ3A 3C9XA 4R5NA 3K1WA 5IVSA 4TRZA 3UDKA 4I0HA 3UDQA 4L6BA 1F7AA 2QI4A 4ZPFA 5OZ1A 1META 3HD8A 4DJXA 2AOHA 3SA5A 4NJSA 1HSGA 3Q70A 4Y4EA 5DGUA 5OZGA 1NSOA 3TOGA 1MERA 2PQZA 4J0ZA 3S8IA 3LIYA 4DPFA 2B60A 2G26A 1TCXA 1YTGA 2NNPA 3EXOA 4I0EA 4WY6A 3NU9A 3CMSA 1AJVA 4RVXA 3NDTA 5OZMA 5P08A 4DJOA 3L59A 5P47A 4EJLA 2O4PA 2IGYA 1BXQA 5UPJA 1D4SA 5OZEA 5P4JA 5P1XA 5P3SA 5P2FA 4D89A 4EYRA 5COKA 4Y4ZA 5P2TA 2APRA 2BKTA 3S85A 5P73A 5OYRA 3ZPTA 8HVPA 5P6TA 5P8TA 4Y3YA 4CPUA 1Z1RA 4Y3ZA 3OQ7A 5P1BA 1HVSA 1IDAA 3LIVA 5CLMA 4FSLA 2QMPA 5P09A 4GJDA 3TKWA 4DQCA 1C70A 3TOHA 5J25A 4B0QA 5HTZA 1YG9A 5P2JA 2ER6E 5P0UA 2QD7A 4XX4A 1FG6C 3PB5A 5C9FA 3EM3A 3KFNA 4EPJA 4LHHA 5P27A 4PHVA 2VJ7A 5P8DA 3QAAA 2ZHSA 5P5EA 1ENTE 1XE6A 5P5JA 2FDPA 3JVWA 1G2KA 5P4NA 3PJ6A 5BWYA 5OZLA 2HB3A 1G35A 1T7JA 3PMUA 3DCRA 2BPZA 4RCFA 4XX3A 5P2XA 1SDUA 1HVKA 2UXZA 2P83A 4J1CA 3OU1A 5P0QA 1KJ7A 5P34A 1PSAA 3WSJA 5OYWA 1SGUA 2QHCA 5P4BA 1IDBA 2B8LA 5P7JA 5DGWA 3VYFA 5P6DA 4GJAA 1HEGE 1KJHA 2P3AA 4DJPA 1EBZA 4EP2A 1QBSA 1D4YA 3GI0A 5P5VA 5P2BA 3BXSA 2WF1A 1W5YA 1YTHA 3FIVA 3Q6YA 5P05A 2PYMA 1HTGA 2VA7A 4M8YA 2ZHUA 5KQYA 1ME6A 3MSKA 5BRYA 5P4SA 2OHLA 3S2OA 5P07A 4FSEA 1FMXA 4OD9A 4H3GA 1T6GA 2BBBA 3CICA 5OZ2A 2HS1A 4Y3FA 6UPJA 3GGVA 5P0KA 1FIVA 1C6XA 4RRNA 5F01A 4Y39A 5P43A 1AZ5A 3ZKXA 1HSIA 5P84A 5P0GA 5P0JA 4YCYA 3DCKA 5SXNA 1PPLE 5AGZA 1APTE 4B1DA 2IQGA 4D85A 2AQUA 4CMSA 3LNKA 1FQ4A 2RKFA 1MRXA 3OU4A 5P1ZA 2G1SA 5P38A 5OYUA 5P7FA 1BVEA 1VIJA 3IGBA 4OC6B 4BELA 3NDXA 4ZLSA 2VIJA 2G24A 1OD1A 3NWQA 5P60A 4Y3RA 3TPRA 5P1RA 1AVFA 3UDMA 4ZPGA 1HHPA 2QU3A 4L7JA 4Y3GA 1AXAA 1EBWA 3M9FA 3JVYA 4KUPA 5KR8A 5P61A 1B5FA 5P4MA 5P12A 3RVIA 2FMBA 2O4SA 3O9LA 5AH9A 1TSUA 4EJ8A 3SLZA 5P3DA 2QMGA 2R43A 5P0FA 3DM6A 3BVBA 3TOFA 4I0FA 3RSVA 1FQ6A 5P8PA 3D1ZA 1XN2A 4Y4BA 3HW1A 5P1CA 4DVFA 3N3IA 1CZIE 1HVLA 1LZQA 4ER4E 1TSQA 2FLEA 3EC0A 4GIDA 1HVCA 3VSWA 5P4CA 2I1AA 3G6ZA 5P4XA 4DV9A 4RVIA 3R0YA 1IZIA 4Q1YA 2I4WA 2B8VA 1APVE 5I3WA 2FXDA 5I3YA 2JJJA 5OZTA 3K4VC 5BS4A 2PK6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VG1 A;  5HE5 A;  1XS7 D;  4UPJ A;  2R5P A;  3VCM A;  5P71 A;  1DMP A;  2RSP A;  5OZP A;  4GYE A;  4E43 A;  1HXB A;  3SA4 A;  2XFJ A;  4K4P A;  5P4Z A;  1K1U A;  4KE1 A;  3GI6 A;  5P1O A;  2HM1 A;  3SM1 A;  2PH6 A;  5P5A A;  5P7G A;  2IRZ A;  4D83 A;  1HVR A;  3SA3 A;  3NXN A;  5P6Y A;  3WZ6 A;  2WED A;  2ZHR A;  5P41 A;  3BUF A;  2BQV A;  3IN4 A;  2I4Q A;  4EQ0 A;  2FGV A;  1ZTZ A;  5P7W A;  3OXC A;  1FMU A;  3O9C A;  2AOJ A;  5OYX A;  2I0D A;  1XN3 A;  3IND A;  5P56 A;  4Y5A A;  4YHQ A;  5P0P A;  1WBM A;  2ZJK A;  2BPX A;  3PWM A;  3EBZ A;  3IVH A;  1U8G A;  1HPO A;  1FQ7 A;  1ODW A;  4OBF A;  5P0A A;  1A30 A;  4OD9 B;  4FRJ A;  3KFR A;  4Y54 A;  4ZSM A;  4J54 A;  3PSG A;  5OYZ A;  2VIZ A;  5OZD A;  5P7E A;  1KJ4 A;  5P7K A;  1K6P A;  3O9I A;  4FE6 A;  5P3P A;  2VIY A;  4RRS A;  1HEF E;  4Y5M A;  5P30 A;  5P3E A;  2VJ9 A;  2OHM A;  4I0D A;  4EHC A;  3NDU A;  4GJ7 A;  4Y44 A;  2XFI A;  1MT8 A;  4EP3 A;  1A8K A;  3QI1 A;  1FQ5 A;  5P1U A;  2OHT A;  5P2Q A;  2VA6 A;  5KAO A;  1UH7 A;  1K6V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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