5P30A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 153
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p30A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p30A01
4APEA 2G20A 1C6XA 3OU1A 5P2EA 4L7HA 2Z4OA 5P4EA 4I0IA 5P7QA 1FB7A 5P4RA 2AOIA 5UPJA 1W5WA 1MRWA 2P3BA 4F74A 4UPJA 2HS2A 2QCIA 4FSLA 3ZLQA 1C70A 2QI0A 3IVIA 1GNOA 3EL1A 1UH9A 5OZGA 3O9LB 3OXCA 4QLHA 5P3GA 3DV1A 5DR4A 2HPFA 1HVLA 1QBTA 5HU0A 4KE1A 3SPKA 4Y54A 5OZWA 4LHHA 1LF3A 3I2LA 5P1QA 4HEGA 5P3LA 4CPSA 1HPXA 3JVWA 4H1EA 5ENKA 2J9JA 5P4XA 4FL8A 1CMSA 4NPUA 4PEPA 2QMPA 5J25A 2BPZA 3LZSA 2G1YA 3U71A 2OHLA 1BDQA 2AOCA 5P2NA 5P1KA 1XL5A 4JPEA 5OYXA 4DQHA 1HPVA 3APRE 3FX5A 2PK5A 1YM4A 4NJUA 2AZ9A 4ER1E 3KFRA 3Q3TA 1T7IA 2QMFA 4I10A 5P2ZA 3URJA 5P2KA 1FEJC 3S7MA 2ER6E 5P44A 4YCTA 3A2OA 1YTIA 5KOSA 5P09A 3T7QA 5P8KA 4Y37A 4EQ0A 4OBJA 5P60A 4I11A 2R43A 3ZKSA 2HIZA 2NMYA 3GGUA 3HLOA 5DQ2A 3OUCA 1A9MA 5P5IA 1TSUA 2QD8A 4OBKA 1DP5A 5P3JA 3NU5A 3WZ7A 4K8SA 5P78A 3T7XA 4ZLSA 5P7AA 5P4TA 2O4KA 1YX9A 5P6WA 3UPJA 2I0AA 3AUPA 3KDDA 3OU3A 4LC7A 5P4OA 5DR3A 2G27A 3BC4A 1FQ4A 5ER1E 2VIZA 5FIVA 1EBYA 3QN8A 5P0HA 3OOTA 5P11A 4DQFA 3HBOA 4YD6A 1ENTE 5OYSA 5OZYA 3BXSA 4Y44A 5OZ2A 1B6MA 3PB5A 3PMYA 4GJ7A 5P3TA 2WHHA 1Q9PA 5P71A 2Q15A 5P7PA 1D4LA 5P3AA 4Y5PA 5P8FA 1FQXA 1ZBGA 5P6BA 4B0QA 2CEJA 5P6QA 4DPFA 5E5KA 5P5LA 3ZPUA 1MIQA 3Q4BA 2VIJA 4YD5A 1XE5A 1T7KA 4RCDA 5DQ4A 5OZQA 2BKTA 2BB9A 4F75A 3OUBA 5P6CA 1G0VA 3S43A 1HVKA 4Y4ZA 4OBFA 3VF7A 2I1AA 4Y4DA 4OD9B 3H0BA 1MTRA 3TNEA 4BFBA 2V12C 3PRSA 5P53A 5P5FA 1IVQA 5P3KA 5P7NA 1ZJ7A 2QHZA 5P34A 3NXEA 2P3AA 5E5JA 1T3RA 1B5FB 4R93A 3DJKA 5I3WA 3WZ8A 5P14A 5P8DA 1IZIA 5P33A 1K1TA 3CMSA 3LPKA 2QI5A 1Z1HA 3KM4A 1ZTZA 4DI2A 4Y5LA 1GVVA 3DM6A 1SIVA 4Y4UA 5OYWA 3S53A 4EQJA 5P0WA 2QP8A 4A6BA 3BUGA 3OAGB 5OZVA 2ZHTA 2OHUA 5P61A 2VNMA 1FIVA 5HE5A 2FGVA 5P2JA 1DIFA 5C9DA 5P76A 3T3CA 4QJ8A 5P0PA 5P3MA 3CKTA 3OXVA 3O9BA 3FNUA 2FLEA 5P36A 1HVIA 1AAQA 5OZ5A 3OUAA 8HVPA 1BV7A 1QBUA 3GI5A 2FNSA 4ER2E 5P3IA 2QHYA 5OZRA 2V10C 4GZFA 4GJAA 2HC0A 5P43A 1HIIA 4PZWA 5P7JA 3UFNA 1GVTA 1UPJA 3R4BA 3MXEA 1LYWB 5DQ1A 2VJ9A 4Q1WA 5P30A 2WF1A 5P27A 2ZDZA 2P4JA 1G2KA 3JW2A 2G22A 3L58A 3UQRA 2PC0A 4CPWA 2F3KA 4Q1XA 3RTHA 3EL5A 5P5KA 3SO9A 5HE7A 3PSGA 5P4QA 3LITA 1B6KA 5P2TA 5P8BA 1BV9A 5AGZA 3GI0A 4FE6A 3DK1A 4AZYA 3VF3A 1LYBA 1SGUA 3JVYA 5P0FA 4Y4JA 1AJVA 2A4FA 5P68A 2FMBA 5P03A 2G26A 5P4JA 2V11C 3OU1B 1QBSA 4Y4XA 2I4WA 1F7AA 1BWBA 5OZSA 2IENA 2P3BB 3NUJA 3LIQA 3KDBA 5P0XA 4HLAA 4Y3MA 4DJYA 3R1GB 1GVWA 2V00A 3D3TA 4J1HA 4J1IA 1FQ5A 5OZPA 5P6PA 3BVAA 4EJ8A 5P2MA 2FNTA 5P6DA 1EBZA 4LL3A 3UDKA 4I8WA 5P02A 3EMYA 4PZXA 1FGCC 1K6TA 3G72A 5P85A 1BDLA 5TOLA 3TOFA 5HCOA 4D83A 1W6IA 2J9JB 3LIXA 3PCZA 3PMUA 4FM6A 3QBHA 1CZIE 4Y6MA 5P6OA 3KYRA 1FQ8A 4YD4A 4TVHA 2PQZA 3OADA 1LF4A 2IL2A 1LYAA 5C9FA 3KMXA 5P40A 2HB2A 2AOEA 1HEGE 1BXQA 4Y9WA 3T6IA 5OZCA 3MXDA 5APRE 3OTSA 4DJQA 2NTRA 2APRA 1BILA 3QPJA 4RRNA 3UDPA 3SAAA 2PMAA 5P48A 3PM4A 5ER2E 5P4AA 4R91A 4NKKA 2R3WA 4Y3RA 5P62A 1B5FA 5P3ZA 1ZP8A 5P88A 1XL2A 4J17A 5OZ4A 3BGBA 5P5MA 4R95A 5KQZA 5P4ZA 5P7WA 1A8GA 3VCMA 1C6ZA 4R92A 1QRPE 4B1DA 3OQDA 4I8ZA 4AA8A 2PWRA 4X2LA 4IVTA 3VSWA 3NU3A 3GGAA 1ZSRA 4KE0A 3TPRA 3CYXA 3OHFA 4Y36A 2QHCA 5ISJA 5P0MA 3FV3A 4NPTA 5P1BA 3GI6A 5P70A 2HM1A 1IDBA 3LZUA 5OZMA 3FKTA 2QZWA 5IS4A 5P8SA 3MSJA 5P5UA 2UXZA 2NXDA 3KT2A 5P6EA 5P3BA 5P6XA 3K1WA 3O99A 4AMTA 5P49A 1HPOA 4DJVA 1EAGA 5BRYA 2QI7A 2QZKA 4ZE6A 4RVXA 1CPIA 3BVBA 3TL9A 2P83A 2RENA 3EL0A 4Y3XA 3K4VC 5P18A 3SQFA 1WBKA 3L5DA 4DJXA 3UFLA 5P8TA 2V13A 4R5NA 4L6BA 5P2QA 3S43B 2AVOA 4F73A 2IS0A 2VJ6A 3VEUA 3APPA 4Y4TA 3OQKA 3MWSA 5P0UA 3BGCA 2BPYA 2AOJA 5P01A 5P4HA 1W50A 2G1RA 5P8CA 4GMIA 5OZ9A 1ZAPA 4N00A 5P6RA 3O9AA 5P0DA 3OQFA 5P2IA 5P2OA 1SDVA 5P3YA 2UY0A 1MRXA 4YDGA 1APUE 4DQBA 4Y5CA 3PHVA 3EKWA 3DV5A 5P2RA 2AZ8A 2O40A 1D4IA 2JYSA 5P1NA 5DR0A 2V0ZC 5P7UA 5JFUA 2VIYA 4XX3A 5P6TA 3DUYA 5OYVA 5P0CA 4AUCA 4B70A 3SFCA 5P1JA 5P4DA 3B80A 2B42A 3TPPA 2FGUA 1E82E 3CIDA 1HVSA 1PPME 4Q1NA 2I4QA 5KQYA 3VYEA 5P6VA 5P5SA 3VFBA 4EXGA 2WF2A 3UDMA 1IVPA 5P8NA 1HTFA 2QMDA 2JE4A 5P65A 1KJHA 4I0GA 3O9DA 5AHAA 3OXXA 5DQ5A 1TCXA 3QP0A 3Q70A 5P0YA 2OAHA 1MUIA 1SMEA 3FSMA 1KJFA 2ANLA 3NU6A 3B7VA 5C9BA 4GJCA 4Y5AA 4ZPGA 3RTMA 1EPOE 4FS4A 4J0TA 1DAZC 5P1YA 5OZDA 1J71A 3LPIA 5P7IA 4QJ9A 5P2SA 1HSHA 2Q5KA 5P7OA 3EKTA 2Q54A 3K5CA 1HXWA 1DW6C 1FKNA 1EBKC 4JP9A 5P6ZA 1FFIC 1K6VA 4HZTA 4Y3SA 1RPIA 5P8OA 1BVEA 5P87A 3C9XA 2ZYEA 4I0FA 2XFKA 2NR6A 5P0QA 1IZDA 1OD1A 3I25A 2BBBA 5P5BA 3OY4A 4NJTA 1Z8CA 1NPWA 5P8LA 3IAWA 5P7ZA 5P7VA 1DMPA 1NSOA 2ZJHA 4QJ7A 3QRVA 5P37A 1APVE 1LYBB 1TZSA 1ME6A 2O4LA 4YE3A 5P26A 5KR1A 2PSUA 7HVPA 4YBFA 5BWYA 3IA9A 3VUCA 3PBDA 4ACXA 3SA6A 5BS4A 3CKRA 3VV7A 4GJ6A 5P8HA 1EPPE 3NSHA 4I12A 3T7PA 4CPQA 1GVXA 1HTRB 1ZSFA 5AHCA 3QVCA 4FIVA 5PEPA 5P5JA 5P6UA 2I4DA 1EC3A 4X7IA 5P0KA 3ZKGA 5P50A 5P57A 5P5HA 3UQWA 5KQFA 5P4NA 5P0BA 1FFFC 3L5CA 3O9GA 2ZJIA 3SA9A 1YM2A 4EHCA 3R0YA 3EM3A 4LP9A 3WB4A 3PWRA 2WL0A 2NXMA 3EC0A 4H3GA 4OC6B 5P19A 4OBHA 2NMZA 5P64A 1TQFA 5B18A 2RMPA 2Q55A 5OYYA 5OZIA 2PH6A 3ZPTA 3U6AA 3EKPA 3SM2A 5P5XA 1HVCA 1META 5AHBA 2PH8A 2F80A 3VFAA 5P2VA 2FS4A 5I3XA 5P67A 3OADB 4MC9A 4Y53A 1LYAB 4B77A 2QAKA 2IDWA 2BPXA 3EKQA 2G94A 2O4PA 2PSVA 3D1YA 5P41A 3UDQA 1SP5A 3G6ZA 4L1AA 4D8CA 3K5GA 4Z2ZA 3ZOVA 2QI3A 2I0DA 3NYGA 1B6LA 3CICA 4B78A 2F3EA 1W5YA 3QAAA 2AQUA 1T6GA 5P2LA 2FDDA 5OZ0A 4JECA 3NDTA 5P0SA 1BDRA 3ZKQA 1YTHA 1AXAA 4Y56A 5P4BA 5P79A 2FXEA 5P29A 3VYFA 5P05A 5P6GA 1BIMA 1HIHA 3SKFA 3SA3A 5KR2A 1LEEA 1NPAA 3NR6A 4APRE 3IXKA 4J0PA 4J5JA 1K2CA 3O9CA 1EC2A 5P31A 4A6CA 3RSVA 3FNTA 1SH9A 5P2WA 4GYEA 2OHPA 5P1PA 5P5CA 4WTUA 2Z54A 3OQ7A 1C6YA 5P0ZA 3IVHA 3WSJA 5P7FA 4K9HA 3K5DA 1HWRA 3PJ6A 4ZPEA 4Y3WA 1SIPA 3BUFA 5P38A 3VG1A 3K5FA 1FG6C 4NJVA 5AH9A 5P1MA 1YT9A 3G70A 3PEPA 3O9FA 5P7TA 2B8VA 2JXRA 1K2BA 4QJ6A 3BHEA 2QNNA 4FM8A 3UF3A 4LAPA 4Y35A 3TKWA 1UH7A 3CIBA 2B7FA 5DGUA 2EWYA 5P1TA 1IBQA 4D85A 4Y5BA 1EC1A 2ER0E 4U8WA 1IZEA 4ZSPA 4ACUA 4FCOA 4DJRA 4Y5NA 2WEZA 5P5OA 2BKSA 6APRE 3PLLA 1OEXA 2UPJA 1ZPKA 4DJUA 4XKXA 4TVGA 5P69A 1BXOA 2BPWA 5HCTA 3NUOA 5OZEA 4Y51A 4ZSRA 5P1LA 3QI1A 3OU4A 4Y3FA 4DQEA 1FMBA 4L7JA 5IVSA 2VKMA 2G1SA 3PI5A 5P5QA 1E5OE 4Z22A 4ZEAA 5P7YA 1GNMA 3HW1A 2QU2A 4LXKA 3EL9A 4WY1A 5P4KA 4S1GA 4DUSA 4YA8A 1EPQE 5P3UA 5P08A 1HOSA 5IE1A 2IEOA 5P1WA 3QIHA 3R0WA 3ECGA 5P4VA 2VA6A 3OWNA 2Q63A 1YTGA 5P5AA 5P1EA 4RYCA 5P7RA 2P8HA 1EPLE 2R38A 1B11A 3PSYA 3PI0A 4RROA 3VLAA 5OZXA 4Y4WA 3HVPA 2QU3A 4Y3JA 4WY6A 5P3WA 3UDRA 1FLHA 5P7MA 2PSGA 1E80E 1K1UA 4PHVA 5P0VA 1D4JA 1TCWA 3OHHA 1QS8A 5P46A 5P66A 4RLDA 4Y3YA 2WF3A 2ZJMA 2F3FA 4RVIA 2VA5A 5SZ9A 5DQCA 4OC6A 5KR0A 4QJ2A 1BVGA 4YD3A 2B7ZA 5P59A 5P89A 5P2XA 4Y3GA 2Q64A 4I0HA 3EM6A 3OTYA 4YCKA 3S45A 2HB3A 5P1AA 1HPSA 1NPVA 4GJ8A 1RV7A 4Y3PA 2R3TA 4HDPA 1KZKA 2HPEA 5P2HA 4JOOA 1MTBA 5P6HA 4J0VA 2CENA 2OHTA 4B1EA 4GJBA 4ZSMA 5CONA 3S85A 2AODA 1IIQA 1FQ6A 5I70A 5P75A 5OYTA 3INEA 3EKVA 5P3VA 5P12A 1OEWA 4HDFA 2R5QA 1BBSA 5P82A 5P86A 1HTGA 3KT5A 4M8XA 5P0EA 1N49A 5P2AA 3ST5A 5P00A 5P2FA 3LZYA 2G1OA 3INHA 5T4SA 3HDKA 3VV8A 4RYGA 1MERA 4Y3NA 2QMGA 4D89A 2ZHVA 5P16A 2PWCA 5P3PA 4I1CA 4D88A 5P6IA 5OZBA 3L59A 4RCEA 3NDWA 2G24A 2QI1A 5P23A 5P6FA 1DPJA 3SA5A 6FIVA 3UDJA 3OQAA 1XN2A 4Y5MA 4J1CA 5P5WA 5P74A 2QI6A 2ER7E 1YTJA 1HBVA 2OHNA 2QD6A 4Y4GA 4MC2A 4RRSA 2CEMA 3INDA 4EJDA 3D91A 4Y4AA 4QGIA 2JJJA 3EBZA 2AVMA 1PFZA 5P0LA 4PPHA 2HB4A 2SAMA 5P2CA 4XXSA 3ZKXA 5OYQA 2Q11A 3LIZA 3NU4A 1AVFA 4ZPFA 4FRJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4APE A;  2G20 A;  1C6X A;  3OU1 A;  5P2E A;  4L7H A;  2Z4O A;  5P4E A;  4I0I A;  5P7Q A;  1FB7 A;  5P4R A;  2AOI A;  5UPJ A;  1W5W A;  1MRW A;  2P3B A;  4F74 A;  4UPJ A;  2HS2 A;  2QCI A;  4FSL A;  3ZLQ A;  1C70 A;  2QI0 A;  3IVI A;  1GNO A;  3EL1 A;  1UH9 A;  5OZG A;  3O9L B;  3OXC A;  4QLH A;  5P3G A;  3DV1 A;  5DR4 A;  2HPF A;  1HVL A;  1QBT A;  5HU0 A;  4KE1 A;  3SPK A;  4Y54 A;  5OZW A;  4LHH A;  1LF3 A;  3I2L A;  5P1Q A;  4HEG A;  5P3L A;  4CPS A;  1HPX A;  3JVW A;  4H1E A;  5ENK A;  2J9J A;  5P4X A;  4FL8 A;  1CMS A;  4NPU A;  4PEP A;  2QMP A;  5J25 A;  2BPZ A;  3LZS A;  2G1Y A;  3U71 A;  2OHL A;  1BDQ A;  2AOC A;  5P2N A;  5P1K A;  1XL5 A;  4JPE A;  5OYX A;  4DQH A;  1HPV A;  3APR E;  3FX5 A;  2PK5 A;  1YM4 A;  4NJU A;  2AZ9 A;  4ER1 E;  3KFR A;  3Q3T A;  1T7I A;  2QMF A;  4I10 A;  5P2Z A;  3URJ A;  5P2K A;  1FEJ C;  3S7M A;  2ER6 E;  5P44 A;  4YCT A;  3A2O A;  1YTI A;  5KOS A;  5P09 A;  3T7Q A;  5P8K A;  4Y37 A;  4EQ0 A;  4OBJ A;  5P60 A;  4I11 A;  2R43 A;  3ZKS A;  2HIZ A;  2NMY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1HHP A;  4ZSQ A;  5AH6 A;  4LXM A;  5F01 A;  3ZKM A;  4Y3H A;  2PYN A;  4M8Y A;  5P5V A;  4Y57 A;  4H3I A;  5OYU A;  5P3R A;  4OD9 A;  5P8E A;  5P8U A;  4FAE A;  1W51 A;  3WB5 A;  1UH8 A;  2I4X A;  3TTP A;  5P3C A;  2QNQ A;  4FGX A;  3KN0 A;  1WBM A;  5P8A A;  3NWQ A;  4Z4X A;  1EED P;  5P47 A;  4J0Y A;  5P2Y A;  5KOQ A;  5JG1 A;  2OHR A;  3L5F A;  5P20 A;  5SY3 A;  4FLG A;  1MSN A;  3TPJ A;  1MEU A;  3IN4 A;  5P5P A;  5P39 A;  5P6M A;  5EZZ A;  5P5G A;  2AOF A;  2QD7 A;  2P3D A;  2XFJ A;  3PBZ A;  4GJ9 A;  3S2O A;  5KR8 A;  4DJO A;  3RTN A;  2FDE A;  5P0R A;  3LIY A;  5HD0 A;  5P22 A;  3S8I A;  5KAO A;  3OAG A;  4YDF A;  4YBI A;  5P4U A;  4Y3D A;  3GI4 A;  1Z1R A;  2BQV A;  2VA7 A;  3TH9 A;  5P1I A;  2ZHU A;  5P10 A;  3SLZ A;  5P1D A;  5DPZ A;  5P0N A;  1GNN A;  2RKF A;  4MC1 A;  3DCR A;  5DGW A;  5OZH A;  1EC0 A;  1PSA A;  3OXW A;  4J54 A;  5P83 A;  4Y58 A;  5P7H A;  5COO A;  3Q6Y A;  4FSE A;  3CKP A;  3DCK A;  3CYW A;  5OZA A;  3NDX A;  3OOZ A;  2QZL A;  5COK A;  2JJI A;  3PLD A;  3OUD B; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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