5P32A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 155
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p32A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p32A01
4OBGA 3BXRA 1TQFA 1FF0C 2CEMA 2B8VA 3DM6A 1BVGA 2QCIA 2Q54A 4GIDA 5P1IA 1E81E 5DR4A 3I7EA 4Y58A 1G2KA 5P0WA 5JFUA 2FDDA 4KE0A 4I10A 3Q5HA 3EKWA 5P4PA 3IA9A 3QS1A 5P6FA 3T3CA 3G70A 3VF7A 5P2XA 4DQEA 4B00A 4QLHA 5P3WA 1C6YA 1BVEA 5P3ZA 5OZBA 2B7ZA 5SXNA 1BV7A 5P20A 4Y41A 4GJ8A 1D4YA 5OYRA 2WF3A 4LAPA 2OHSA 5P3NA 3FV3A 3CIDA 5P49A 1FLHA 2OHPA 1D4IA 1SH9A 5P5GA 4RCFA 5JG1A 4Y3DA 2PQZA 3CYXA 3NR6A 5P8PA 2QMFA 4YD4A 1FQ7A 4PZWA 2QMDA 5P6EA 4Y50A 3NDUA 2IGYA 4Y3GA 1FFIC 5P8CA 3PM4A 1FMXA 5P06A 4DQBA 5SZ9A 3LPKA 2VKMA 5OZNA 3QVCA 4EQ0A 4FRJA 3S56A 1HVSA 4BELA 2QI3A 3FKTA 1GNOA 2R38A 4E43A 1M0BA 5P53A 4Y4ZA 5KOSA 2FGVA 2ZJKA 1LV1A 1DPJA 4B1EA 3O9LB 1K6TA 3L3AA 2WEDA 1FQ6A 5P4WA 2ZHRA 5P7GA 1GKTA 1NH0A 4FLGA 1MEUA 2G26A 5P76A 4HZTA 3T11A 4HE9A 2P8HA 5P5TA 4K4QA 3EBZA 4EJ8A 2WECA 4Y38A 2PH6A 2BPXA 4I0HA 3IXOA 3S43B 1FB7A 3SA8A 2ZGAA 3O9AA 3VYEA 3PCZA 5P2RA 5P6DA 4TRYA 2NXMA 2V10C 1QRPE 2Q11A 5P71A 5BS4A 4GB2A 3VF5A 1YTGA 4FM8A 5P4OA 2WHHA 1EPME 3WZ8A 3SLZA 1QBTA 2FGUA 5OZQA 3ST5A 1IVQA 1G35A 1T3RA 4CPWA 5P2LA 2Z4OA 3EM4A 5P7VA 3KMYA 3NU5A 2PSUA 4A6CA 4K4PA 3CKTA 5IS4A 2O4LA 5P3MA 5P52A 5P1EA 1HTFA 2F3KA 3OXVA 2QZLA 1B6MA 5HE4A 5P3OA 5P7PA 5OZDA 1HVLA 3O9CA 3O9LA 1SGZA 3UHLA 2G69A 1K1UA 3AIDA 5P8RA 3O9GA 1HVIA 1A8KA 2MIPA 1ZLFA 2SAMA 1F34A 1KJ4A 1KJHA 4Q1WA 4LP9A 2JJJA 3S43A 4NPTA 4Y3MA 2AZ8A 5P8OA 1LZQA 3K4VA 5ENKA 3FIVA 4U8WA 4GZFA 4Y54A 5P2MA 3RTHA 3C9XA 5P2EA 5P69A 1N49A 1W51A 4DJVA 1SIVA 1DAZC 3JW2A 2IENA 2G27A 3QPJA 1XS7D 4DJUA 4LBTA 5P4ZA 2G94A 1PSOE 2RENA 5P8BA 1HHPA 5EZZA 3JVWA 5OZLA 2I4QA 1K6CA 5SY3A 5P5CA 4OBKA 2FNTA 5P40A 2J9KA 3WSJA 3SA3A 2PWRA 3PLDA 1HPSA 4Y37A 5P14A 4ACUA 3OY4A 3SM2A 2UY0A 4J1CA 3ER5E 4H3GA 4DJQA 1IZHA 3OTYA 5TOLA 3LZSA 5P6IA 1MIQA 4HA5A 5P1KA 3NLSA 5P0DA 3EL9A 5P87A 3BGCA 4ER4E 3M9FA 2ZJLA 4PHVA 3R0WA 5DR8A 4APEA 4Y3LA 3OQ7A 1HVJA 3ZPUA 4LL3A 1A30A 1ODWA 3L5BA 2AVVA 5P7QA 1C70A 2BBBA 1BXOA 2IKUA 3BUHA 2ASIA 3PB5A 5P1OA 3PHVA 3NU9A 5OZGA 5P57A 4R91A 1W5YA 2NXDA 3PSUA 5OZTA 5P5AA 5JODA 4B05A 3NXEA 3TLHA 1HEGE 3IGBA 1ODYA 2ER0E 2VIJA 4CPTA 1MT7A 4DJPA 3VSWA 3UQWA 2I4UA 5AHBA 2OHNA 1GNMA 3FNTA 1XN2A 5HDVA 5OZSA 5KR2A 4R8YA 1LF3A 5P5XA 3L5EA 5P8LA 3DK1A 3WZ6A 4KB9A 3UDJA 1HOSA 4U7QA 4K8SA 2IL2A 1AJVA 4ZEAA 5P43A 1C6XA 5OZFA 4D83A 1QBUA 3ZKMA 2APRA 4Y4DA 5P7UA 2VIEA 1IIQA 3VV6A 3UQPA 3EM6A 5P8IA 3EC0A 3PEPA 5P5QA 4NJSA 5HD0A 4TVGA 1NPWA 2WF4A 3PWRA 5OZVA 2ZJNA 2HB4A 4NKKA 5P8GA 1AVFA 5P47A 5P08A 5P8TA 3LIXA 5P5KA 5AH9A 4J55A 1META 5P2VA 5P8SA 3QBHA 3EKXA 2IQGA 4K4RA 4ACXA 3D1XA 5P77A 1A9MA 1CPIA 3UDKA 2G1SA 2XFKA 2Q55A 2O4SA 5KOQA 5OZJA 4FRSA 3UTLA 3KFRA 1SDUA 5OZWA 1HIIA 2Q63A 4BFBA 5P1PA 5P2TA 4Y5BA 4ZLSA 4D8CA 3OXWA 5P8JA 5P1XA 1RPIA 4Y3ZA 5DPZA 1WBKA 3H0BA 1Z1RA 4YCTA 1SIPA 5AHAA 3DJKA 2V12C 1NSOA 4Y5AA 1VIKA 5P12A 3HDKA 3DOXA 4YDGA 5P0VA 5P3RA 2B8LA 5P59A 3EM3A 4OBZB 2VS2A 1F7AA 3PWMA 5P61A 5P29A 2OHUA 3OWNA 5P37A 2G1NA 4DH6A 4LHHA 2Q5KA 5DGUA 5P6RA 2IRZA 4EPJA 2A1EA 4EWOA 4QJ8A 3WB4A 4MC6A 1FG6C 5OZAA 1LYWB 3VYFA 2AOHA 5C9DA 5P0XA 1D4HA 1YM4A 2PC0A 4RYGA 3PMUA 2VIZA 5HE7A 1SDVA 3GGUA 3MSKA 5P4BA 2R9BA 4Y43A 1DP5A 3QI1A 4DJYA 2P3AA 1XL2A 5P7YA 4DPFA 5P1VA 5P33A 1AZ5A 2FXEA 1GVVA 4HVPA 5P6MA 5P74A 2OF0A 3RSXA 5P03A 5P39A 5P6NA 3INFA 4YBFA 1A8GA 5P8DA 4J1IA 1K2BA 3DCRA 3FSMA 3SA4A 4OBFA 3SKGA 4YD7A 4L1AB 5P1NA 4Y5KA 3NU3A 4OBZA 3VLAA 5P28A 2CEJA 1XE5A 4Y35A 5P8NA 2QI6A 4YBIA 1MRXA 3KDCA 5P00A 3OUDB 2P3DA 5P4SA 1SMEA 3KT2A 1RNEA 4Z22A 1G0VA 2VA5A 5P0QA 2QI4A 5P36A 5P1MA 2NXLA 3IN3A 3UDRA 3QRSA 3BXSA 3Q6YA 2AVMA 1UPJA 4RRSA 1ZSRA 3NSHA 4FRKA 3U71A 3PSYA 4U7VA 4Y3JA 3ZKNA 4DQHA 1LF4A 4J17A 5SY2A 2HS1A 5P0GA 7UPJA 3TL9A 3OTSA 2HPFA 1SBGA 2Q3KA 4UPJA 1MERA 3APRE 2IKOA 4Y5NA 1JLDA 4APRE 4A4QA 5OYXA 3D20A 4GJ7A 5P2FA 3BC4A 3UCBA 4RRNA 1ZPAA 5P3SA 5P7CA 1EPRE 3R1GB 2G24A 3IN4A 4EXGA 5P81A 4L1AA 4FRIA 3SA9A 1AXAA 5KQYA 3OADB 3OHFA 2RSPA 5OZOA 3TOGA 3OXCA 3OUDA 5P5IA 2BKTA 2R43A 5DQ2A 1TSQA 1MUIA 4FCOA 5P25A 2P3BB 2Q15A 8HVPA 3TPPA 4I11A 2RKGA 4Z50A 5P66A 4CP7A 4GJDA 4ZPGA 3KT5A 1E5OE 3WB5A 3LZVA 3IXJA 3OOTA 5I3XA 3UQXA 5P6XA 4OD9B 3KA2A 4Y4WA 4JPEA 3PMYA 2FDEA 1HPXA 2I0DA 2QNPA 3S53A 4LXKA 5OZ2A 3LINA 4YDFA 5CLMA 3KDBA 3R0YA 5OZ8A 4J0YA 4J1EA 1HSHA 2QU2A 5P26A 5P34A 1YTJA 1TZSA 1MT9A 5P7OA 5P4UA 5P6ZA 1TSUA 2PSGA 4Y3SA 1DMPA 1IZDA 3DUYA 1IDBA 5P6UA 3KN0A 5P0LA 3IVHA 3OADA 1BDLA 3DV1A 4B72A 4WY1A 3B80A 3Q3TA 4DFGA 2B42A 2P3BA 2O4KA 1W5WA 5KQFA 1EBZA 5J25A 5HU1A 4OC6B 4ZPFA 3UFLA 4H3FA 4J1FA 5P5YA 3NDTA 5P2WA 2PSVA 2F8GA 2ER7E 3URLA 5P85A 5HVPA 4OD9A 2HPEA 4GJ6A 3EL5A 2O40A 5P6OA 2OHRA 3L38A 5P7LA 2IEOA 4FL8A 4FS4A 5P3LA 1G6LA 5OZYA 3BHEA 2QAKA 4DQGA 2PH8A 1Q9PA 1FMBA 2FMBA 3NUOA 4Y44A 3GI6A 2V00A 3LZYA 4ZSPA 1DW6C 2ER9E 1CZIE 1K6PA 5P7EA 2R5PA 3OUAA 5APRE 5OZ0A 5P6HA 5P2CA 4Y3XA 5P4KA 4YD3A 4Y5LA 1E80E 4HDFA 5P1AA 4FSLA 5E5KA 1FQ4A 5P1LA 4B1DA 3HVGA 5P63A 4GMIA 4CPSA 2UXZA 1ZSFA 5P7JA 3ZKQA 1KJGA 5P7MA 5P22A 5P5LA 1FQ8A 5P4CA 2B60A 4L7HA 3RTMA 4Y5GA 2NNPA 2QD8A 3DV5A 4OC6A 2BQVA 2BPZA 3ZKXA 4DI2A 1RQ9A 2O4PA 5P0BA 5P5HA 4MC2A 2VNMA 4PZXA 5OZ9A 3ZKGA 2OHLA 4XX3A 1B6LA 4Y3NA 3ZOVA 4J54A 4QJ6A 5T4SA 1SP5A 5P7XA 2QD6A 5P44A 2AOFA 1HPOA 4Y36A 5OYYA 5P3JA 3UDPA 1HSIA 2NMZA 2NMYA 5P30A 4OBDA 2VJ9A 4Y47A 3AUPA 3HAWA 1B5FB 5P19A 4LXAA 3GGXA 4EHCA 3HW1A 5P3FA 4F74A 5KAOA 3VSXA 4EYRA 1C6ZA 4H1EA 4I12A 3VFAA 5P7FA 3B7VA 4CPXA 5HCOA 5P2IA 3EMYA 1MRWA 4Y3AA 3VUCA 1APWE 1MTRA 4GJ9A 3SACA 2XFIA 1FEJC 3GI4A 2NNKA 5P1UA 5P6VA 3ZPSA 2FNSA 4Y3TA 1GVXA 5P31A 5EZXA 1NPVA 5IVQA 1W6HA 5P65A 1EPPE 4I0EA 4EXHA 2H6SA 2AOIA 2QK5A 1IDAA 2WKZA 5P7HA 3U7SA 4Y4TA 3ER3E 4D85A 1IVPA 4CKUA 2G20A 5P4LA 1T7JA 3OK9A 3SAAA 5AH6A 3CICA 3K4VC 3EKQA 5P3VA 3KM4A 4DVFA 5P18A 4JPCA 5DQ1A 5OZXA 5P80A 5P3UA 5P5MA 3BUGA 3O99A 5I3YA 1ER8E 5P15A 3PGIA 5P6JA 4F76A 4KUPA 5P4XA 5OYWA 1YTIA 3BRAA 4Q5MA 4X7IA 1FG8C 3TH9A 3BUFA 1B5FA 1NPAA 5OZKA 3TOHA 5IVTA 5I3WA 1PSAA 4Y4EA 3INHA 5P0IA 3N4LA 3OQAA 2QZXA 5DQ5A 3PBDA 4Y4XA 2BJUA 4TRZA 3UPJA 5P0FA 3HZCA 3T7PA 3A2OA 1YG9A 5ER2E 5P1HA 3LIYA 2ZHVA 4YCKA 1EC3A 1MTBA 5P8FA 5KR1A 3O9IA 4B78A 4KE1A 4B0QA 3OQFA 5E5JA 1ENTE 3RVIA 4HEGA 4Y4AA 5P0CA 5P32A 3VFBA 1HSGA 2CENA 3UDHA 5BRYA 3I8WA 4GYEA 2RKFA 3EKYA 2Z54A 1CMSA 4DJXA 4HDBA 5OYUA 3SM1A 3EL1A 1K6VA 4Y5EA 4AUCA 4AZYA 3PSGA 3SQFA 5P79A 4X2LA 4D88A 4B77A 5P86A 4Y4JA 4FM7A 3GGAA 5AH8A 5C9FA 5P3HA 3TKWA 4Y39A 1BWAA 4FSEA 1PROA 3S7LA 5ER1E 4RYCA 5P3PA 4DPIA 2BPVA 5P2UA 4FAEA 5IVRA 3NWQA 1IZEA 5HE5A 4I0GA 5I3VA 3KFSA 2QNQA 5P83A 5P2BA 2WF1A 5P7BA 1T6GA 1HTEA 5UPJA 3INEA 5P1WA 1B6PA 5P0PA 1TCWA 1T6EX 1AAQA 3MXEA 3QBFA 4J0TA 2VJ6A 5KQXA 5P5VA 1GVWA 1ZBGA 4Y3RA 5AGZA 1BWBA 5OZMA 4RVIA 5P6CA 5P0OA 1PPME 2HB3A 3H5BA 1UH7A 3HLOA 4I8WA 2NR6A 1B6KA 5HCTA 1APVE 3SKFA 2IGXA 4Y3FA 4J0ZA 1BV9A 2WEZA 2WF0A 5P55A 3BVAA 2AVOA 5P6KA 3UDYA 6UPJA 4I0ZA 3KFNA 3PJ6A 3NU6A 4AMTA 1WKRA 2BPWA 4ER1E 3K5GA 4YCYA 2AIDA 4RLDA 4Y56A 4R93A 5P72A 5OZ4A 5P27A 3S45A 2ZHSA 3DCKA 4R95A 2OHQA 3ZKSA 5IE1A 3GI5A 3VYDA 3WZ7A 3GW5A 3URIA 5P7RA 1GNNA 2AZ9A 4YA8A 1WBMA 4I0FA 3L5CA 5P6PA 5P35A 5P5WA 5OZUA 4JP9A 4R92A 2QI1A 5DQ4A 1DIFA 1EPOE 4Y57A 5OZPA 5P1RA 1SGUA 2J9JB 4DJOA 3OUCA 2UPJA 4TRWA 2G22A 1ZP8A 4Q1XA 5P1CA 1TW7A 5P2SA 3CMSA 4YD5A 5P7KA 5P7IA 4K9HA 4QGIA 3G72A 2XFJA 3O9DA 5P13A 5P7ZA 4YD6A 1QS8A 5F00A 5P1JA 3EXOA 2FLEA 3TOFA 4RCEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OBG A;  3BXR A;  1TQF A;  1FF0 C;  2CEM A;  2B8V A;  3DM6 A;  1BVG A;  2QCI A;  2Q54 A;  4GID A;  5P1I A;  1E81 E;  5DR4 A;  3I7E A;  4Y58 A;  1G2K A;  5P0W A;  5JFU A;  2FDD A;  4KE0 A;  4I10 A;  3Q5H A;  3EKW A;  5P4P A;  3IA9 A;  3QS1 A;  5P6F A;  3T3C A;  3G70 A;  3VF7 A;  5P2X A;  4DQE A;  4B00 A;  4QLH A;  5P3W A;  1C6Y A;  1BVE A;  5P3Z A;  5OZB A;  2B7Z A;  5SXN A;  1BV7 A;  5P20 A;  4Y41 A;  4GJ8 A;  1D4Y A;  5OYR A;  2WF3 A;  4LAP A;  2OHS A;  5P3N A;  3FV3 A;  3CID A;  5P49 A;  1FLH A;  2OHP A;  1D4I A;  1SH9 A;  5P5G A;  4RCF A;  5JG1 A;  4Y3D A;  2PQZ A;  3CYX A;  3NR6 A;  5P8P A;  2QMF A;  4YD4 A;  1FQ7 A;  4PZW A;  2QMD A;  5P6E A;  4Y50 A;  3NDU A;  2IGY A;  4Y3G A;  1FFI C;  5P8C A;  3PM4 A;  1FMX A;  5P06 A;  4DQB A;  5SZ9 A;  3LPK A;  2VKM A;  5OZN A;  3QVC A;  4EQ0 A;  4FRJ A;  3S56 A;  1HVS A;  4BEL A;  2QI3 A;  3FKT A;  1GNO A;  2R38 A;  4E43 A;  1M0B A;  5P53 A;  4Y4Z A;  5KOS A;  2FGV A;  2ZJK A;  1LV1 A;  1DPJ A;  4B1E A;  3O9L B;  1K6T A;  3L3A A;  2WED A;  1FQ6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1GVT A;  1A94 A;  2AVQ A;  2ER6 E;  3K1W A;  1LF2 A;  2F80 A;  3L5D A;  1KJF A;  4LXM A;  5P5P A;  4Y3H A;  3LPJ A;  5P1B A;  2AQU A;  2ZJI A;  5P0J A;  3ZL7 A;  2ZE1 A;  3IND A;  2G21 A;  2FIV A;  1EBK C;  1APT E;  1W5V A;  2QNN A;  5P41 A;  4EP2 A;  5OYT A;  4BEK A;  3VV8 A;  4Y5M A;  4BFD A;  5P4M A;  1T7I A;  3CYW A;  3F9Q A;  3NYG A;  3PVK A;  2OHM A;  2R3T A;  3QVI A;  5P4Y A;  3I6O A;  1KJ7 A;  3NWX A;  5P56 A;  5P5D A;  2QZK A;  1MVP A;  5OZ5 A;  2EWY A;  5COO A;  1HVC A;  1YTH A;  1UH8 A;  5P10 A;  2G1R A;  2IS0 A;  1VIJ A;  3KDD A;  4RVJ A;  5ISK A;  5COP A;  4PYV A;  2AVS A;  2I4X A;  4Y5P A;  2PMA A;  5P4J A;  3T7X A;  3SA6 A;  4N00 A;  2R3W A;  1KZK A;  3EL4 A;  2ZYE A;  3NDX A;  5P54 A;  1ME6 A;  3I2L A;  5P3K A;  5B18 A;  1MPP A;  3OOZ A;  2PK5 A;  5P0M A;  2V0Z C;  4FAF A;  5P5E A;  4Z2Z A;  4NJU A;  5P01 A;  3K5F A;  4J1K A;  3LIQ A;  4DQC A;  5P4A A;  4GJB A;  5P6Q A;  4HLA A;  3R2F A;  5DR1 A;  1PFZ A;  1XDH A;  5P62 A;  5P5U A;  2WF2 A;  1Z8C A;  5P0N A;  3NUJ A;  5P05 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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