5P38A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 161
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p38A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p38A01
5P5GA 1BILA 5P1ZA 3S56A 3D1XA 2HB3A 2Z4OA 1YTGA 1FGCC 5OYRA 2OHPA 4I11A 2HPFA 1SMRA 3OXVA 1SIVA 1QRPE 3B80A 3QRMA 5P72A 3KM4A 5P1DA 2F3KA 2RENA 2APRA 4B00A 1HVIA 3PJ6A 1APWE 5P2UA 5P4HA 4ZPFA 5P5DA 5OYZA 2P3AA 3LITA 5P8PA 3IAWA 4Y54A 2Z54A 5HDZA 4Y3QA 1IZHA 3QIHA 5KR8A 1FIVA 5P77A 3LIQA 4Y48A 3U71A 3QPJA 3T6IA 5SY3A 2R5PA 1W5WA 1K1UA 4FRSA 5P11A 4YD3A 1FG6C 5P1FA 1HTRB 3APPA 5P6JA 2QU3A 5AH9A 3CKTA 1NH0A 1HTGA 2BKTA 5P7WA 3OHFA 5OZOA 5P3VA 5ISJA 5SY2A 5P2BA 3EL9A 1VIJA 3O9EA 5P2GA 2V12C 1K6VA 4ZEAA 4Z22A 2R38A 3VLAA 3WB4A 4LAPA 2QK5A 4GJ6A 5P8VA 5P01A 2WF1A 1B11A 3DM6A 5P0IA 1BWBA 3T7PA 4Y43A 3TTPA 5P2VA 5P4XA 5E5KA 5P3KA 1IDBA 4RRNA 3UQPA 3DOXA 3HVPA 3OU4B 5DR1A 2ZHSA 3OU3A 1FQ7A 3NXEA 3SA4A 5P8BA 3DV5A 4YOBA 4D89A 5P52A 5OZAA 3MSKA 5P28A 2QAKA 2FIVA 4QGIA 4PYVA 2JYSA 3DUYA 1FQ8A 2RMPA 4Y5AA 5P86A 4COEA 2A4FA 3RSXA 3VLBA 1KJFA 4Y57A 2FGVA 2FNSA 3O9LA 5KQYA 3NDXA 2J9JB 2QI3A 4DQFA 5P2ZA 2IEOA 5KQXA 3UQXA 4DPFA 1EPNE 4OD9A 5P45A 5P6WA 1XE5A 1GNMA 1IIQA 3N3IA 5P2FA 1IBQA 4ZIPA 3KA2A 4PHVA 5P2SA 4EJDA 5P1IA 3SKGA 2FDEA 4DQGA 1HXWA 4L1AA 1HPOA 4F76A 1AZ5A 2Q55A 3EKYA 2HPEA 5P30A 5P6RA 3OY4A 5P0XA 4FE6A 4OBZA 2Q15A 3GGAA 5ENKA 5P0OA 1XN3A 1MPPA 1IZIA 4LP9A 2P3BB 5P0MA 3I8WA 4J54A 5P17A 4YD6A 2VJ9A 5P6PA 3G72A 5OZRA 4GJ5A 4MC9A 5ER2E 3BUGA 4EHCA 1KJGA 1HSHA 1SDTA 3DK1A 5P2WA 4YBIA 2VNMA 1C70A 1XL2A 5EZXA 4Y4BA 5P2DA 5P2MA 4RGHA 1LEEA 1MTRA 2QI5A 3OTSA 4L7JA 1YTJA 4FM8A 2NMZA 1HWRA 5P3WA 1DIFA 3VFAA 4Z2ZA 4J0VA 3URJA 2P83A 3HBOA 2PH6A 5P3IA 5P5KA 2FLEA 5P0DA 5P48A 1HVRA 2ANLA 3PHVA 5KAOA 3ZKSA 3PSGA 5P8MA 3PB5A 4RZ1A 3VV7A 2G26A 2ZJNA 1MERA 4M8YA 3NU4A 5P2CA 3URIA 3PCWA 1HBVA 2B7FA 1FQ6A 3BC4A 4OBJA 5P1YA 2QP8A 5P2EA 5P2YA 1YG9A 5P42A 5P7IA 4Y3AA 3PGIA 4YDGA 5P20A 1UPJA 5P4JA 4Y3ZA 5P7GA 4EQJA 5P58A 6FIVA 5P6OA 3T7QA 1DPJA 3VCMA 3ZPSA 3VF3A 3QN8A 5OZYA 4FIVA 5EZZA 5DR8A 5P8DA 4DQEA 5OYTA 1TQFA 3FNTA 3KDCA 1PSOE 5OZXA 5HU1A 5P59A 1QS8A 4ACXA 4OC6A 1PSAA 5P66A 3ZPUA 3NU3A 5P12A 4BFBA 4RRSA 5P85A 4R8YA 2P4JA 3NU6A 5P65A 2B42A 3HAWA 4AMTA 2AVQA 2NR6A 2IS0A 4KE0A 5P23A 1MIQA 2V13A 5P43A 3QROA 4B0QA 1EC0A 4RVIA 5AHAA 3N4LA 3R4BA 5HDUA 5P54A 1EBZA 4NPTA 1D4JA 3PCZA 5P26A 4AA9A 4I1CA 3PWMA 5P1EA 3ST5A 5P6VA 3CIBA 1W6HA 3S7MA 3UCBA 2FXEA 5P5FA 4Y4TA 4HA5A 4Y3NA 1PPLE 1N49A 2AVSA 1OEXA 1K6CA 5P51A 3ZKQA 2BPVA 3SO9A 4Y4GA 2IL2A 4B1CA 4DV9A 4J0TA 5P8IA 3OOZA 5P1OA 4Y3EA 1A9MA 2ZDZA 3TL9A 3MSJA 5P81A 1A8KA 5KR2A 4EJLA 4CPWA 2QI6A 5AH7A 1Z8CA 1PROA 3TPJA 5P0JA 5P7FA 2VIZA 3SKFA 3HLOA 3OUDA 5DR7A 4Y39A 4QJ6A 5P71A 3O9FA 2F8GA 5P4NA 4LBTA 3IXJA 5P3ZA 2HIZA 3NDWA 1SMEA 5P3LA 3TPRA 1SIPA 5IVSA 5P7QA 3PBDA 4NJSA 4ZPEA 2QNQA 1RNEA 4H1EA 9HVPA 5P0LA 1HSIA 3PM4A 5P87A 4Y4DA 5APRE 3S45A 4I8WA 5JFPA 4ER4E 1RL8A 3LINA 4I0IA 1LS5A 2B8LA 5P7JA 3GI4A 5P2LA 4RYCA 5P1KA 5P8FA 4B77A 2BBBA 1GKTA 4CPXA 3BXRA 3L5DA 1C6YA 5P6QA 1TSUA 5P7LA 3LZYA 1LYAB 5P5BA 5HDVA 3L5BA 5F00A 2H6TA 4X7IA 5OZFA 3INFA 4DJPA 2OHSA 1BWAA 1YM2A 3TH9A 2CENA 5P8TA 3NDTA 2QD7A 1W5YA 1EC1A 1HIVA 4NJVA 5P82A 3JVWA 3L59A 3L5EA 1LYBB 5P2AA 3SACA 4GYEA 1QBTA 2XFKA 5P4GA 5P0HA 3PEPA 2IKOA 3MXEA 3EKWA 1SDUA 1EEDP 5P1NA 2QI0A 4BFDA 3O9CA 5P6XA 3C9XA 4EP3A 1LV1A 4YD5A 3QS1A 4QJ9A 4X2LA 2PC0A 1TCWA 3TKWA 3OADA 4WY6A 5P2KA 3FNSA 5P0AA 1E80E 1BXOA 3MSLA 5BRYA 2V16C 3VV6A 3VYEA 3FNUA 4YHQA 4Y3XA 5P6GA 5OZ5A 3QP0A 3HD8A 4Y9WA 3SABA 1XDHA 5P0WA 4DJRA 4L7GA 3LIVA 4CP7A 1B5FA 3KFRA 1UH9A 2R3WA 2F3EA 3UQWA 2BPWA 3BUFA 3NWQA 5OZJA 4LXMA 1PPKE 5P41A 2VA5A 4PPHA 2I4VA 5P8JA 5OZGA 4Y3GA 2G1RA 4DQHA 2ZHUA 3UQRA 5P2RA 2I4UA 3GI5A 5DR0A 5P2OA 4DQBA 3AIDA 4J55A 1IZEA 4MC2A 3O9HA 5OZKA 4Y5PA 5P4RA 2Q11A 2R5QA 1GVUA 4JOOA 4OBKA 2Q3KA 3LPIA 5HU0A 5P74A 1W5VA 2AOCA 3UF3A 1HVKA 5P5ZA 5P5IA 4F75A 2XFJA 5P1HA 2QNPA 2AZCA 5P5CA 2I4WA 4DVFA 3KN0A 5P1TA 4DJXA 2ZYEA 3UDJA 5P4OA 3NDUA 3NU5A 3PBZA 2G20A 4UPJA 3CICA 1EPPE 4Q1NA 1FB7A 3BHEA 4EJKA 1GNNA 2ZJLA 1HIHA 3OU1B 5P79A 3I6OA 3KFSA 4Y3MA 1SDVA 4NKKA 2AQUA 1QDMA 3Q4BA 3ZKGA 3ZPTA 4DUSA 5P60A 5P7TA 1EAGA 5OZ4A 5P6TA 1TW7A 5P5UA 4D83A 5P76A 1HSGA 2BJUA 3S8IA 4YCYA 1GVWA 1DP5A 5P0CA 3OTYA 5P7MA 1FFIC 1FF0C 3OAGB 5OZZA 3FX5A 3L5CA 5HD0A 5P7PA 5F01A 1T3RA 3CYXA 5BWYA 2OHNA 5P5WA 4TRZA 4DJQA 3VYDA 3EM3A 5P3DA 1TZSA 5P56A 4M8XA 1BV9A 2O4LA 4Y3YA 5P1CA 2QD6A 2CEJA 1META 3RTMA 1HHPA 5OZ1A 5P8SA 2WEBA 1XL5A 3S7LA 3ER3E 4TRYA 5P7VA 4HVPA 3UDMA 5P6YA 2B8VA 3L5FA 2ZJKA 5DPZA 2HAHA 3QBFA 2QZKA 3RU1A 3PLLA 4MC6A 5P3UA 3B7VA 1VIKA 3OWNA 3R0YA 5OZUA 3TOFA 1YX9A 2OHTA 2PH8A 3URLA 2RSPA 2FS4A 1KJ4A 4OBZB 5COOA 4RCFA 5P4IA 4Y3TA 4RVXA 3VV8A 4H3JA 2AOEA 1ZPAA 3EKXA 5OYWA 3KT5A 5P6BA 3EKQA 3IN4A 2WF2A 4GIDA 2JJIA 5P7UA 1FQ4A 1GNOA 3NR6A 2AZ9A 5OZLA 5P7AA 4H3IA 3IXKA 1QBRA 4Y5GA 5OZHA 4Y3RA 3O9AA 3SFCA 2I4QA 2AVVA 1Z1RA 3OUBA 5P22A 2P3CA 1WBMA 2R3TA 2AODA 2Q5KA 5P3HA 5KQFA 4Y51A 1MESA 4XXSA 4Y3JA 3T3CA 5P15A 5IVTA 4DI2A 3NLSA 3PWRA 2PSVA 4ZE6A 4EPJA 3UDYA 4GJCA 3G6ZA 5P4LA 2VKMA 1DW6C 5P8EA 5P27A 3OU4A 4Y58A 3Q3TA 4Y3PA 5P62A 5P35A 3IVIA 5P61A 2PYMA 3O9DA 4GJDA 5OZNA 5OYUA 4QJ7A 1K2CA 1A30A 2PYNA 4Y56A 2UXZA 1LF4A 3EKTA 4CPTA 4TRWA 5P13A 2PWRA 2XYFA 5P4AA 1FLHA 1G2KA 2WEDA 4YOAA 3WB5A 2WF3A 2J9JA 3RVIA 3NWXA 3ZL7A 5CLMA 5OZDA 4DFGA 4K4QA 5HDXA 1KZKA 4QJ8A 2I4XA 3UFLA 4PEPA 4FRKA 3PLDA 3F9QA 1GVTA 3VUCA 1OHRA 4ZSRA 3NUOA 2G21A 5P7YA 3Q6YA 5P1QA 1W51A 5P7CA 5P68A 4L7HA 2G1YA 1PFZA 3EBZA 5P5LA 1EPQE 2AOHA 5P6FA 3PSUA 3GI0A 5P6ZA 2IGXA 2VA7A 5P8QA 3VEUA 3UDPA 2BKSA 2CEMA 1MEUA 4YE3A 1T7IA 2Q54A 4JPCA 5IVQA 1B6JA 3EKVA 1T6GA 2RKFA 5P5SA 2QI7A 2OHUA 1W5XA 4LL3A 1HIIA 3TPLA 3L58A 4LXKA 2P3BA 1WKRA 5P1BA 2F81A 1APTE 5P73A 5P25A 1BVEA 2BPYA 5P8OA 5P4WA 4ER2E 5P8NA 4FS4A 5P3CA 2ZJJA 5P7OA 4FAEA 5I3XA 3BUHA 3O9BA 4Y45A 1ZTZA 1HTEA 5P4MA 1OD1A 1HPXA 2AOFA 5IE1A 3Q5HA 2WEZA 2PMAA 5P63A 3SA3A 1FG8C 3D1YA 2H6SA 5P0EA 5I3WA 4RROA 3MWSA 4EQ0A 2HB2A 1WBKA 3VF7A 3EL4A 5HE7A 1ODYA 2ASIA 3VSXA 2PSUA 5OZ2A 3K4VA 4DQCA 3HAUA 1NPVA 3LPJA 4FL8A 1DMPA 3CIDA 5P5XA 4I0ZA 4Z50A 1T7KA 5P6MA 3EC0A 3LNKA 2IDWA 4FSEA 4GJBA 3A2OA 4J1FA 5P08A 1ZSRA 4OBHA 4APEA 5P5PA 4AZYA 2G1NA 3HDKA 3KDDA 5OYSA 5P80A 3INHA 5OYQA 3LZUA 4EP2A 4R93A 3K5DA 3UFNA 5DQ5A 5P3FA 4AA8A 5P3AA 2ER6E 3EM4A 3S2OA 1BDLA 1YT9A 1D4HA 4Y5KA 2I4DA 4HEGA 1F34A 2VJ6A 5JG1A 2WEAA 3ECGA 5P5EA 3VSWA 2ZHVA 1Z1HA 1FQ5A 3I25A 1SBGA 2FGUA 3IVHA 4LHHA 3OXXA 4FRJA 4Y5LA 5P3JA 4I0JA 5P53A 2VNNA 5OYVA 2VIEA 4QJ2A 4K4RA 4KB9A 4HZTA 4FM7A 2AOJA 2R43A 5P1JA 3VYFA 4J0ZA 3EL5A 4Y4JA 3QVIA 5OZSA 4U8WA 5P6UA 3SA6A 4J17A 4B70A 1NPAA 1UH7A 5OZEA 3OGQA 3U6AA 5P1PA 2AVOA 3BGBA 5P4VA 1FMUA 4FGXA 5P6LA 3BVBA 5T4SA 5P0UA 1EBWA 1K2BA 2V10C 4IVSA 1EC3A 1F7AA 4HDFA 5OZ7A 1MVPA 5P3BA 5P3TA 1W6IA 4Y38A 5OYXA 1MT8A 3TLHA 5AHCA 1EPLE 2AIDA 4KE1A 4A4QA 1LYWB 2ZJMA 2V11C 5KOSA 1EPRE 2PK5A 2AVMA 2F80A 2QCIA 3GI6A 4JECA 5P0TA 1ME6A 3DCRA 3INEA 5P4QA 4Y5MA 5P1LA 2ZHRA 3RTHA 4Y4UA 3VG1A 3OXCA 3DV1A 3S43A 1MRWA 1DAZC 4JPEA 3TOHA 5I3YA 5DR3A 5TOLA 2B7ZA 3RSVA 3APRE 3RTNA 1IDAA 3QAAA 5P0SA 3SPKA 5OZBA 5P2HA 2P3DA 1A94A 3Q70A 3UDNA 2FNTA 2ZJHA 5P84A 3UDQA 4Y3WA 4RCDA 4Y4EA 4NJTA 5ENMA 5P4EA 2O4PA 2P8HA 4I0HA 4J5JA 1SH9A 3BRAA 4U7VA 3GW5A 5CONA 1K6TA 2ER0E 5P16A 2G24A 3KMXA 4GMIA 4Q1XA 2WECA 1MRXA 2NTRA 7HVPA 5AHBA 2IRZA 3SLZA 2OHQA 3IA9A 5P32A 4I0GA 5P7SA 5SXNA 3ZLQA 1YTIA 3OQFA 5P5RA 1G35A 5OZ6A 4QJAA 5DQ1A 5P14A 2HS2A 4ER1E 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5G A;  1BIL A;  5P1Z A;  3S56 A;  3D1X A;  2HB3 A;  2Z4O A;  1YTG A;  1FGC C;  5OYR A;  2OHP A;  4I11 A;  2HPF A;  1SMR A;  3OXV A;  1SIV A;  1QRP E;  3B80 A;  3QRM A;  5P72 A;  3KM4 A;  5P1D A;  2F3K A;  2REN A;  2APR A;  4B00 A;  1HVI A;  3PJ6 A;  1APW E;  5P2U A;  5P4H A;  4ZPF A;  5P5D A;  5OYZ A;  2P3A A;  3LIT A;  5P8P A;  3IAW A;  4Y54 A;  2Z54 A;  5HDZ A;  4Y3Q A;  1IZH A;  3QIH A;  5KR8 A;  1FIV A;  5P77 A;  3LIQ A;  4Y48 A;  3U71 A;  3QPJ A;  3T6I A;  5SY3 A;  2R5P A;  1W5W A;  1K1U A;  4FRS A;  5P11 A;  4YD3 A;  1FG6 C;  5P1F A;  1HTR B;  3APP A;  5P6J A;  2QU3 A;  5AH9 A;  3CKT A;  1NH0 A;  1HTG A;  2BKT A;  5P7W A;  3OHF A;  5OZO A;  5P3V A;  5ISJ A;  5SY2 A;  5P2B A;  3EL9 A;  1VIJ A;  3O9E A;  5P2G A;  2V12 C;  1K6V A;  4ZEA A;  4Z22 A;  2R38 A;  3VLA A;  3WB4 A;  4LAP A;  2QK5 A;  4GJ6 A;  5P8V A;  5P01 A;  2WF1 A;  1B11 A;  3DM6 A;  5P0I A;  1BWB A;  3T7P A;  4Y43 A;  3TTP A;  5P2V A;  5P4X A;  5E5K A;  5P3K A;  1IDB A;  4RRN A;  3UQP A;  3DOX A;  3HVP A;  3OU4 B;  5DR1 A;  2ZHS A;  3OU3 A;  1FQ7 A;  3NXE A;  3SA4 A;  5P8B A;  3DV5 A;  4YOB A;  4D89 A;  5P52 A;  5OZA A;  3MSK A;  5P28 A;  2QAK A;  2FIV A;  4QGI A;  4PYV A;  2JYS A;  3DUY A;  1FQ8 A;  2RMP A;  4Y5A A;  5P86 A;  4COE A;  2A4F A;  3RSX A;  3VLB A;  1KJF A;  4Y57 A;  2FGV A;  2FNS A;  3O9L A;  5KQY A;  3NDX A;  2J9J B;  2QI3 A;  4DQF A;  5P2Z A;  2IEO A;  5KQX A;  3UQX A;  4DPF A;  1EPN E;  4OD9 A;  5P45 A;  5P6W A;  1XE5 A;  1GNM A;  1IIQ A;  3N3I A;  5P2F A;  1IBQ A;  4ZIP A;  3KA2 A;  4PHV A;  5P2S A;  4EJD A;  5P1I A;  3SKG A;  2FDE A;  4DQG A;  1HXW A;  4L1A A;  1HPO A;  4F76 A;  1AZ5 A;  2Q55 A;  3EKY A;  2HPE A;  5P30 A;  5P6R A;  3OY4 A;  5P0X A;  4FE6 A;  4OBZ A;  2Q15 A;  3GGA A;  5ENK A;  5P0O A;  1XN3 A;  1MPP A;  1IZI A;  4LP9 A;  2P3B B;  5P0M A;  3I8W A;  4J54 A;  5P17 A;  4YD6 A;  2VJ9 A;  5P6P A;  3G72 A;  5OZR A;  4GJ5 A;  4MC9 A;  5ER2 E;  3BUG A;  4EHC A;  1KJG A;  1HSH A;  1SDT A;  3DK1 A;  5P2W A;  4YBI A;  2VNM A;  1C70 A;  1XL2 A;  5EZX A;  4Y4B A;  5P2D A;  5P2M A;  4RGH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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