5P38A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 161
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p38A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p38A01
3RTMA 1J71A 1HXBA 4FIVA 4Y44A 3BC4A 2R5QA 5IVSA 5KR0A 2RSPA 3PI5A 5P1OA 1T6EX 5HE4A 5J25A 4Q1NA 5HD0A 4Y5CA 1AJXA 5P4MA 2BPVA 2ZHSA 5P8KA 1LYBA 2BPZA 1B6JA 3OWNA 4Y3LA 3R1GB 3K5FA 1APTE 1E82E 3OUBA 4X2LA 5I3XA 4D89A 2QNPA 3O9AA 5P2CA 1C6ZA 5P3IA 1T7JA 1IZDA 6FIVA 4AUCA 5P5KA 5P7KA 3UDQA 4DH6A 5P7MA 2XFJA 5P6OA 5P2WA 1KJFA 2J9KA 5P4TA 1A9MA 2QZKA 1TSQA 1FMUA 4YD6A 3HZCA 1MT7A 4RYCA 5P8FA 5OZCA 5P76A 3I6OA 4J1EA 1MPPA 2BBBA 1MESA 1YX9A 5P71A 2R5PA 3INEA 5P2IA 1EPPE 4I0JA 2AOFA 2Q15A 3VSWA 2I4UA 4Y4JA 3VG1A 5OZEA 4EXGA 5B18A 5P6GA 4EQ0A 2AZBA 3TNEA 5P88A 2NXLA 1ODXA 4DUSA 4DJVA 3HD8A 5P06A 3AIDA 5P7RA 3NWQA 3K5GA 1MRWA 3GI4A 3LZUA 3OADB 5P6ZA 5OZLA 4FAEA 2QI4A 5OZ0A 5P2DA 4A6CA 2AVQA 3CIBA 5P2MA 4A4QA 2RKFA 5OZ8A 5P5YA 3QI1A 5P7HA 3EL4A 1D4YA 1MSNA 4GIDA 3NYGA 5FIVA 5P4WA 5P3MA 2JYSA 1G2KA 1AXAA 3H5BA 4FCOA 2ZJIA 4CPQA 5P47A 4EXHA 5P81A 4Y5BA 5SXNA 3I2LA 1K1TA 1G0VA 5P8AA 3OQAA 4CPRA 4HEGA 3ZKGA 2XFKA 5P7UA 3NU4A 4BFDA 5P69A 4EJLA 5P68A 5P6IA 2CEMA 5OZ5A 5P8PA 5ISKA 1G6LA 5KQXA 2OHMA 5P1PA 4Y3TA 3SLZA 1HEGE 3GGVA 3L5BA 4DQFA 4JOOA 2Q63A 1FMBA 3O9LB 5P2TA 3NXNA 1TZSA 1BWBA 4OD9B 3DV1A 3DJKA 5KQZA 2RENA 2NR6A 3KDBA 5P5VA 5OZ3A 2QI3A 3EKQA 3NU5A 3QS1A 9HVPA 3OU4A 5P5NA 2BPXA 1OEXA 3VF7A 5HE7A 2ZJHA 5DGWA 4F74A 3ZL7A 4Y4WA 3KMXA 1HIVA 3Q3TA 5P1UA 3VUCA 3FSMA 3OTYA 5P5MA 3ER5E 3LIXA 5P3AA 5ENMA 3G70A 5P1YA 1DIFA 4YBIA 4KUPA 3PCWA 5P4JA 2RMPA 5P7GA 5P6SA 3OUDA 5P8TA 2IDWA 4FSEA 5P4OA 2Q55A 5P34A 4B1DA 1M0BA 4YOBA 5P6CA 3D91A 1NH0A 2QHZA 4AA9A 1YM4A 4Y4DA 1FFFC 5I70A 4XKXA 3OOTA 4LBTA 1T6GA 1XL2A 2WEZA 1EBKC 3BGCA 1BDLA 3QVIA 5P6PA 1ZLFA 2R43A 2OHPA 5P5HA 4Z4XA 2PSVA 5P0RA 3LITA 2NNPA 5P19A 3PJ6A 5OZTA 4Y4AA 3LZYA 4U8WA 5EZZA 3R0YA 5I3VA 1W6HA 4KE0A 4LAPA 1MEUA 2I4DA 1FQ6A 4APRE 5P5RA 5HDZA 2R9BA 2O4PA 5P22A 1M43A 1QBRA 5P2GA 5P7VA 2A1EA 2F8GA 1MVPA 3OXCA 3CKPA 1FEJC 5P89A 5P0IA 2FS4A 5P1IA 3PGIA 3D1YA 2VNMA 2P4JA 3L3AA 1BAIA 5COOA 2J9JB 3TH9A 1NPWA 4RZ1A 1MTBA 5P86A 4WTUA 4K4RA 4J1CA 5ER1E 5P1XA 4LXMA 4Y35A 5HVPA 2BB9A 4OBKA 1N49A 5P7YA 3D3TA 1A8GA 2G69A 3S56A 3EL5A 1FFIC 3VF5A 1EPME 1MT9A 2I4VA 3KFNA 2BJUA 5P4VA 2UY0A 5P5PA 1IVQA 4Y9WA 5OYYA 5P6JA 3LIVA 5P03A 1WBKA 3B7VA 3KT5A 4Y38A 4YD7A 1GVTA 4YDFA 3O9BA 5P2KA 3HBOA 4ZE6A 4B00A 2QZXA 4M8XA 2AZ8A 2PK6A 3IA9A 4J0TA 1XN3A 4OBJA 3KFPA 2F3FA 4I11A 4LXAA 4XX3A 2XFIA 2QD6A 5P0HA 3O9CA 1HWRA 2QMPA 3QAAA 3Q5HA 2AVOA 5P1QA 2AVSA 2VIJA 4FM6A 5P5SA 5OYTA 4DPIA 5P40A 5P84A 4Y5EA 5P3GA 4KE1A 5P6YA 3BRAA 4FS4A 4EJDA 3NXEA 1WBMA 5P0CA 5P45A 4Y5NA 2PH8A 3KA2A 4CPUA 2AZCA 2FNTA 5P8GA 5P7QA 4IVTA 3VEUA 1FB7A 2HS2A 5P82A 5OZQA 3KF0A 5OZXA 5P8LA 2AVVA 3EKXA 6UPJA 3OY4A 3TKWA 2JXRA 3S43A 4RVXA 1SMEA 2VIEA 5I3YA 4Q1YA 1YG9A 4GJ6A 3HDKA 5P7EA 2F81A 5P26A 2G1NA 5SY3A 4K9HA 4Y3HA 5P2UA 2IGYA 4F73A 2BQVA 2QI1A 1DP5A 3BHEA 4LL3A 2NXMA 2V10C 5P10A 5P0WA 3O9HA 3HAUA 4L7JA 1RQ9A 5OZYA 4D83A 3OXWA 3OU1A 1GNOA 5P49A 1ODWA 5F00A 4ZPGA 2WEAA 5P1RA 4F75A 3OXVA 4Y41A 3R0WA 1D4IA 1F7AA 5P6MA 5P2SA 2H6TA 1DAZC 3GI0A 5P59A 5SZ9A 5OZ2A 3CMSA 5BS4A 1ZPAA 4I8WA 5P1LA 1IDAA 3GGUA 3RTNA 3WZ6A 2QK5A 3O9IA 5P3OA 5P0DA 4Y3MA 1PROA 3VSXA 2VJ9A 5P4DA 2OHSA 1HOSA 3UCBA 3VFAA 3OXXA 3N3IA 1EPLE 1B11A 4WY1A 5P6AA 4TVHA 2VKMA 1GVWA 5DQ1A 3SA3A 5P8JA 2R38A 4I0EA 5P5CA 1EC2A 5P0JA 1B5FB 4RROA 3O99A 1FGCC 2HIZA 3OQKA 3OAGB 3UDRA 5P7JA 3DCRA 3EM4A 5ER2E 1EPQE 1MERA 5P31A 1APWE 3G6ZA 5P1HA 4Y3WA 1XE5A 5P0ZA 1FKNA 4Y3FA 5IVRA 3UDHA 3VV6A 5OZAA 2BPWA 5P42A 5P56A 3TPPA 3TTPA 4XX4A 1BDQA 2FNSA 2HPFA 5P2OA 2NNKA 2QP8A 3INDA 1XN2A 2FGVA 5KQFA 3TPLA 4MC9A 2HPEA 5JODA 3BVAA 3VF3A 5DR4A 1IZEA 1HPXA 5P1TA 3GGAA 4L7HA 1TCWA 3GI6A 2VNNA 3OHHA 1FMXA 2NTRA 3ZKIA 5IE1A 2G1SA 1GVUA 3ZKNA 3TKGA 3IVHA 2PC0A 3RSVA 4EJKA 4ZPFA 2B7FA 4J1IA 3LPJA 4X7IA 5P5EA 3D1ZA 1KJHA 5P3EA 4DV9A 1OHRA 4EWOA 2WL0A 2I0AA 3EKPA 1HVSA 3SM2A 1ZP8A 4RLDA 5P0FA 3LPIA 3L5FA 2WEDA 4RCEA 2JJIA 1YTHA 2QI6A 4CP7A 1BVEA 5P2VA 3INHA 2VIYA 3URIA 4I0GA 3APRE 5T4SA 4TRWA 3FNSA 3NDUA 5P3SA 1VIKA 1TSUA 2ZHRA 2ZJMA 2PYMA 4LHHA 5P3NA 5P5UA 4GJ8A 7HVPA 3PB5A 4R95A 1LYAA 5DQCA 1E5OE 5P46A 5JFPA 1W6IA 3QRMA 5HDUA 1RL8A 4GMIA 3EC0A 2I4QA 1GNNA 3UQRA 3IXJA 2G1OA 2G22A 3NLSA 5P2QA 3PI0A 1GVXA 2BKSA 5P0UA 4DFGA 3ZMGA 3N4LA 1HEFE 2EWYA 4L1AA 5AHBA 5P57A 1EC1A 1BILA 5P3XA 4DPFA 4HLAA 2ER6E 2WECA 1SIPA 5E5JA 5P01A 1PSNA 3SA7A 1DPJA 4CPXA 3VLAA 2FXDA 3SPKA 3VFBA 4ER1E 3K5DA 2WF3A 1EBWA 5JFUA 5OYVA 2CENA 5P7BA 4B72A 5P0TA 5AGZA 4Z50A 5HTZA 2P8HA 1FLHA 3OADA 4HDPA 3KDCA 2V0ZC 3C9XA 5P0YA 4OBGA 4Y3XA 4LXKA 3TOHA 4Y3ZA 5P60A 5HCTA 1VIJA 2VJ6A 5HU0A 5P41A 3EM3A 4Y51A 5P32A 1FQXA 1C6XA 3ZPUA 5P7SA 4Y3PA 5P5LA 2SAMA 4B78A 5AH8A 1W5XA 2ZJKA 3LPKA 5P16A 3T6IA 2WF4A 3WZ7A 3EKTA 2V16C 4Q1XA 3HLOA 4Y5LA 5OYSA 4M8YA 2F3KA 4Y4UA 2ASIA 3NDXA 4R92A 3GGXA 3FKTA 1W5YA 1IIQA 3KM4A 2ZYEA 2AOHA 4FM8A 5P3JA 5OYQA 5P5XA 3O9LA 4DQCA 4YD5A 4Y43A 1ZTZA 4APEA 5ENKA 1TW7A 4Y56A 2QI7A 4DI2A 2I1AA 5P6RA 5P6FA 4QJ8A 1XDHA 5P50A 5P3HA 4OD9A 1GNMA 5P4HA 5AH6A 2VJ7A 2IL2A 2ZE1A 2AOIA 3S2OA 2FIVA 3IXKA 1BVGA 2I4XA 5OZIA 4GJ5A 2RKGA 4B1CA 4QLHA 4I12A 5P28A 3PLLA 3KMYA 4Y53A 4Y39A 3OHFA 2BPYA 2PYNA 2G1YA 5P0EA 5P1EA 2QHYA 4FSLA 3PSUA 5P04A 5P61A 4Y57A 5KAOA 4DJXA 2VA5A 3S45A 4CPWA 3ZKMA 2IEOA 4OBDA 3JVWA 4J17A 5OZHA 5P3UA 5P2JA 4K8SA 2A4FA 2QD7A 5P7FA 1ZBGA 3PWWA 5OZJA 3T7XA 5P07A 5ISJA 5P8DA 1C70A 3LZVA 3FX5A 4ZPEA 1D4HA 5P36A 4QJAA 3MXEA 5P4RA 3R2FA 4Y54A 3L5CA 3EXOA 1EC3A 3S7MA 5P7PA 3KYRA 3Q70A 2WEBA 4U7QA 1TCXA 5P15A 4EP3A 5P5WA 5P7AA 3CYWA 1C6YA 7UPJA 4CPTA 3O9FA 5P0XA 1B6MA 1YM2A 3KDDA 5P7NA 2HS1A 3SA5A 1QBTA 1U8GA 4YBFA 1W5WA 1HPOA 5DR0A 2MIPA 1EBYA 3SA8A 2ER9E 3VYDA 3SA4A 4I1CA 3DV5A 3SO9A 1HVRA 3L59A 1IZIA 3VYEA 4BELA 5P38A 2P3BB 2QZLA 5P6TA 2UPJA 5P1AA 4I0ZA 2P3DA 2I4WA 5P87A 5P2FA 3EBZA 5P3QA 2ZHUA 4Y37A 4HE9A 2HM1A 4H3GA 5OZWA 4Y3GA 2G26A 2ANLA 3UQUA 1QBUA 2QMGA 4B1EA 3PEPA 5C9DA 3K1WA 3T7PA 1KJ4A 3QRVA 4FRKA 5I3WA 1ZSRA 2J9JA 2PK5A 4D88A 5P3VA 3UFLA 5P6QA 4J55A 5P8HA 3VYFA 3UF3A 2QI5A 1D4SA 5E5KA 3K4VA 2ZDZA 3QBFA 5P39A 5P4AA 5P73A 2OHUA 3IVIA 5P5ZA 4DJUA 3TL9A 6APRE 1HSGA 3D1XA 5P6KA 3NU3A 3FIVA 5P8RA 2PSUA 4COEA 1LF4A 2FGUA 3RTHA 2V13A 3L5EA 3S85A 5OZOA 1AIDA 5P5BA 4YCKA 5IS4A 1ODYA 3ST5A 2R8NA 1D4LA 1MT8A 1IBQA 3PRSA 2QAKA 4Y4EA 3SM1A 2ZHTA 4I0DA 1PPME 3KT2A 3RSXA 3UQPA 5P4BA 5P80A 1HIIA 5P54A 1HSIA 2OHKA 5IVQA 3TOFA 2P3CA 1A94A 4NJVA 5P6HA 2VA7A 5P4ZA 4Q1WA 4Y3AA 4Y4XA 1KJ7A 2VS2A 3QN8A 2NXDA 5DPZA 1K6TA 1UPJA 2FMBA 5BWYA 4RGHA 1LS5A 3BVBA 5P2ZA 2V12C 2B8VA 3TOGA 3HAWA 1AVFA 5P6WA 4NPUA 5P55A 5AHAA 3UQXA 1B6LA 3BUGA 5P7CA 3ZOVA 3PM4A 1EC0A 2V11C 5KOQA 1BDRA 4Y5PA 3CKTA 3NU6A 5OZ9A 2Q54A 3SFCA 3URJA 2G1RA 2OHLA 4I10A 5P4UA 3NUJA 1PSAA 1HTEA 3TPRA 1KZKA 4CPSA 3EMYA 5OZVA 4Q5MA 3K4VC 4FRSA 2Z54A 4NJUA 3OQ7A 4JECA 3DOXA 1FQ5A 1HIHA 5P5JA 1HVKA 1FIVA 1Q9PA 5P0OA 5P3DA 5P5FA 2QU3A 4RRNA 1UH7A 2ER0E 5P1BA 5P4EA 3WZ8A 5JG1A 1LYWA 5P53A 2PH6A 2AOCA 3BUHA 5P43A 4Y45A 3S43B 1T7IA 5COKA 1SDUA 4FAFA 1HVLA 4QGIA 5P17A 3S8IA 5P1SA 1EEDP 4HDBA 5P4YA 3NU9A 4Y5GA 5DQ5A 4DVFA 5P18A 5OYRA 4DQHA 5P00A 5P8OA 5P8UA 2OHNA 5P8QA 1PPLE 1AAQA 3LNKA 3LIYA 5P23A 2ZHVA 5P4PA 1FQ8A 4GJDA 3SABA 4EP2A 1W50A 1NPVA 3CKRA 1GKTA 5P5TA 5P08A 4CMSA 4EQJA 1NPAA 5OZDA 4OC6B 1PFZA 5P70A 4JPEA 3UTLA 1K2BA 5P27A 1W51A 3ZKSA 5P3YA 1BV7A 1EPNE 2WKZA 5P4LA 3SAAA 3MSLA 4R91A 5DQ4A 5HDVA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RTM A;  1J71 A;  1HXB A;  4FIV A;  4Y44 A;  3BC4 A;  2R5Q A;  5IVS A;  5KR0 A;  2RSP A;  3PI5 A;  5P1O A;  1T6E X;  5HE4 A;  5J25 A;  4Q1N A;  5HD0 A;  4Y5C A;  1AJX A;  5P4M A;  2BPV A;  2ZHS A;  5P8K A;  1LYB A;  2BPZ A;  1B6J A;  3OWN A;  4Y3L A;  3R1G B;  3K5F A;  1APT E;  1E82 E;  3OUB A;  4X2L A;  5I3X A;  4D89 A;  2QNP A;  3O9A A;  5P2C A;  1C6Z A;  5P3I A;  1T7J A;  1IZD A;  6FIV A;  4AUC A;  5P5K A;  5P7K A;  3UDQ A;  4DH6 A;  5P7M A;  2XFJ A;  5P6O A;  5P2W A;  1KJF A;  2J9K A;  5P4T A;  1A9M A;  2QZK A;  1TSQ A;  1FMU A;  4YD6 A;  3HZC A;  1MT7 A;  4RYC A;  5P8F A;  5OZC A;  5P76 A;  3I6O A;  4J1E A;  1MPP A;  2BBB A;  1MES A;  1YX9 A;  5P71 A;  2R5P A;  3INE A;  5P2I A;  1EPP E;  4I0J A;  2AOF A;  2Q15 A;  3VSW A;  2I4U A;  4Y4J A;  3VG1 A;  5OZE A;  4EXG A;  5B18 A;  5P6G A;  4EQ0 A;  2AZB A;  3TNE A;  5P88 A;  2NXL A;  1ODX A;  4DUS A;  4DJV A;  3HD8 A;  5P06 A;  3AID A;  5P7R A;  3NWQ A;  3K5G A;  1MRW A;  3GI4 A;  3LZU A;  3OAD B;  5P6Z A;  5OZL A;  4FAE A;  2QI4 A;  5OZ0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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