5P39A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 162
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p39A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p39A01
5P3GA 1C6ZA 4ACUA 1DIFA 5P1TA 1C6YA 4HDFA 2BPXA 1ER8E 3TOGA 3NU6A 3LZSA 5P1BA 3TKWA 3EL5A 4K4QA 2JYSA 3U71A 2QI7A 2WF1A 1PPLE 1HPSA 5ISJA 5P53A 5KR1A 2P4JA 4ZPGA 3QI1A 1MT7A 4DQGA 3VEUA 5P75A 5UPJA 4L1AA 4GJ7A 4DJVA 3OUAA 2QZKA 5P66A 5P7GA 1OHRA 2A4FA 5P4YA 5P7LA 5P0CA 3DM6A 5F00A 1XL2A 1MT9A 4ER2E 4DFGA 1AJVA 3KT2A 1EEDP 3UHLA 4JPCA 5P6VA 4L7GA 5I3YA 3L5FA 2HPEA 2PWRA 5P1RA 1FB7A 5P4ZA 2BQVA 5DPZA 4GYEA 1G0VA 1D4SA 1JLDA 2G69A 5IS4A 5P40A 6UPJA 5P2NA 1RPIA 2Q11A 4DJYA 4TRYA 1HEFE 5KQFA 5P2BA 5SXNA 3S56A 1SDTA 4Y4EA 5P7TA 2H6SA 1B6LA 4DQHA 3OWNA 3ZOVA 3RTNA 4CPUA 4K4PA 2EWYA 3KDBA 4Y9WA 4OBFA 5P5FA 2AIDA 5P2YA 6APRE 5OZSA 5P29A 5OZHA 3UQPA 1APWE 4CPQA 5P0IA 1W50A 5OZ7A 3OGPA 3OHHA 4QJ8A 5HE5A 3KT5A 4Y5GA 1W5WA 4J1EA 1D4IA 5P37A 3FSMA 5P03A 3B7VA 3OU4B 3CKPA 5P4BA 5P2XA 4RROA 3VSXA 4RYGA 1KJFA 4DQBA 5P79A 1HEGE 5P8FA 3TKGA 4HVPA 4DVFA 3ZKIA 5DQ4A 3PWMA 1DP5A 3QROA 2O4NA 1HPXA 5P0DA 5HDUA 4Y4DA 1PSAA 2O4SA 5P13A 5P3ZA 1BILA 5KQZA 2Q64A 1A30A 5P4SA 5SY2A 4Y58A 3ZKMA 3PSGA 3PHVA 2WKZA 3O9IA 4D85A 3NU5A 4KE1A 4DJRA 2OHRA 3SA3A 1ZLFA 4XX3A 4CPRA 5OZ5A 5HDXA 4GJ5A 1K6PA 2WL0A 3QVCA 1KJ7A 1EPQE 2VA6A 4R92A 4DJXA 5P3YA 1AXAA 2ZGAA 1DAZC 1FQ8A 2HB4A 3QVIA 3K1WA 5P39A 3PI5A 5OZNA 4X2LA 5P60A 5AH6A 3H5BA 1W6HA 2F80A 4B05A 4LHHA 2B60A 5P0LA 3WSJA 4HLAA 4HE9A 2NR6A 1MTRA 5P7NA 1LEEA 4I11A 4K4RA 1B6PA 3UDJA 3ST5A 1MTBA 1PPKE 2JE4A 5P3DA 4APRE 1GNOA 1T6GA 5P24A 3MSJA 2IKUA 5P35A 2WJOA 2R5QA 4Y56A 5P2TA 5EZZA 1HVLA 5P7EA 1QBUA 2RMPA 2PSVA 2F81A 4BFBA 3ZMGA 1HXBA 5P8HA 2I4WA 4RGHA 5P73A 2JXRA 1B6KA 2F8GA 4YD4A 1HSIA 3BXSA 3LIXA 5P3JA 3LZYA 2QI4A 2WF3A 4DQCA 3HBOA 5P3PA 4AZYA 1YT9A 5AH8A 5P8MA 1TSQA 2F3KA 3TTPA 3OQFA 5P3KA 4YA8A 4EJKA 5DR1A 3PEPA 1IZIA 2AVOA 5IVQA 3JVWA 2P83A 1EC3A 1BXOA 3CKTA 3EL1A 2HIZA 4FCOA 3S45A 4ZE6A 5OZAA 4YBIA 5P5JA 2QI6A 4DJOA 6FIVA 2WHHA 3I7EA 2RSPA 1HTFA 3URIA 4L7JA 3ZPTA 5P0GA 4K8SA 2WF2A 1KZKA 2QI3A 2IGYA 3G72A 5P1EA 5P8UA 5P5BA 5P30A 2VNNA 1BV7A 3KM4A 1AVFA 4YCKA 3OXXA 2AVSA 1GVTA 3BVAA 2AVMA 1APVE 3FNUA 3HDKA 3IXKA 1NPWA 5P02A 4J54A 4YD7A 5P5QA 1LYBA 4GJAA 2FS4A 1W5XA 3KMYA 5DQ2A 2IKOA 1ZSRA 5P5AA 3O9AA 5P2JA 5P3VA 2AOFA 3UDQA 4YE3A 5DGUA 1N49A 3IXOA 2G1RA 1D4JA 3BGBA 4XXSA 5P1AA 4QGIA 5P6CA 5P3NA 4TVGA 5P3QA 2OHTA 1YM4A 3OXCA 2A1EA 1IZDA 3VFBA 3NU9A 2BJUA 2QNNA 4PYVA 1T7KA 3TL9A 4DH6A 4D89A 1EPLE 4GZFA 5P2VA 3UDHA 1XL5A 2I4QA 5P6IA 3SM1A 5P4MA 2QU3A 4YD6A 2XFKA 5AHAA 3LIVA 1HSGA 3TPJA 4DUSA 3PRSA 1FLHA 5P57A 1SMRA 5P0UA 5P50A 3T7QA 5P7JA 2QD8A 2Q15A 5P65A 2ER6E 5P7HA 4Z22A 5BRYA 5P2IA 1EBWA 3PBDA 1MUIA 3VV7A 3VF5A 5ENKA 4FL8A 1T7IA 5P5YA 2PYNA 5P8DA 4Y48A 3UDRA 3KDCA 1K2BA 4GIDA 5P80A 3ZPUA 3LPIA 5P0BA 5P26A 1LYWB 3EBZA 3HVPA 4YDGA 4Y5AA 1E82E 3S7MA 2OHQA 2UY0A 3BUFA 4Y5CA 3TOHA 4GB2A 3PLLA 3LIZA 5P3SA 5P5ZA 4TVHA 5KOSA 3OTYA 5P7IA 2HM1A 5P33A 4QJ7A 1FMUA 5P2FA 5P16A 5E5JA 3ZKQA 3K4VA 5P1NA 3SABA 2HB2A 4BFDA 1EBYA 5P1CA 3URLA 5OZOA 5F01A 5OYWA 3Q5HA 2Q54A 3D20A 1B5FA 5HDZA 5DR4A 2QMPA 3DK1A 1DPJA 3L38A 3IVIA 1UH9A 3AIDA 2WEAA 4F75A 2FXDA 1MT8A 3NR6A 2NTRA 2P3BB 2J9JA 5P7YA 5P7PA 3EKVA 4PPHA 4U7VA 1C6XA 4Y3ZA 3UDPA 3SKGA 1W5YA 2VJ6A 2UXZA 1BV9A 1HTGA 5P2GA 8HVPA 3D1XA 3RSXA 5AHBA 1AM5A 4KB9A 1HWRA 3WB5A 1HVSA 1WBKA 2BPVA 2WF0A 5P0VA 3OQAA 3ZKGA 4NJUA 4OBHA 1AIDA 4YCTA 5P82A 3INDA 5P2DA 2QZWA 3S2OA 5JFPA 1MSNA 1HVRA 1FMXA 3ECGA 5P6WA 3S54A 1HVHA 3EC0A 3QBHA 3GGXA 3TPLA 3OADA 5P5TA 1TCXA 3SA7A 5DR8A 2AOJA 3VF7A 4GJDA 2G21A 1GVVA 3S53A 5P78A 4QJAA 1T3RA 5DR7A 4EWOA 5P10A 2R8NA 4K9HA 2F3FA 4LP9A 5P1KA 1KJGA 4CP7A 1BDQA 1SGZA 3DUYA 3PLDA 1B6MA 2G1OA 3OOZA 2I4XA 5P2QA 4B78A 4RRSA 2QD7A 5P68A 1CMSA 4Y50A 3ZKNA 5P2UA 5P5CA 1LYBB 3N3IA 3H0BA 3VG1A 4Y5NA 3LHGA 2NXDA 2VA7A 2VIEA 4R95A 3T6IA 5P8CA 1W51A 2IDWA 4OD9A 1YX9A 5P0KA 3WB4A 3INFA 3I25A 5P89A 3SFCA 5HU0A 3PSYA 1FIVA 1ZPAA 3IVHA 4M8XA 4ZEAA 1YTIA 3MSKA 3KN0A 2V11C 3QRVA 4J0TA 2OHLA 5P17A 2UPJA 5KQXA 5P77A 4J0PA 2FDDA 1E80E 5AH9A 5P4AA 5P3BA 3BUHA 3PMYA 4B1CA 5P71A 4WTUA 4Y3QA 2AODA 4I12A 1IDAA 4Y6MA 2Q3KA 5BS4A 4QJ6A 1HSHA 1XE6A 5P59A 3Q3TA 1HTEA 3TNEA 4Y3PA 2ZHVA 5OZPA 5P6ZA 3FNTA 2WEZA 2OAHA 3IN3A 3Q6YA 4FRSA 2FMBA 4WY6A 4B00A 2I0AA 2AVVA 4F74A 5P8GA 4Y3HA 4Y3EA 5JG1A 2B7ZA 5HCTA 1ZJ7A 2PWCA 1FFIC 2JJJA 5P11A 5P1QA 3NDXA 4DJWA 3GI4A 2G94A 5P2EA 4EYRA 4R93A 4RCEA 4J55A 3PSUA 3L5BA 5P5NA 5P8QA 4EJLA 5P1SA 3EKXA 5P7RA 4L7HA 1D4YA 5P4PA 1M4HA 2HS1A 4A4QA 3OTSA 3LNKA 4FRIA 1G35A 1HXWA 4Y41A 2NXLA 4I0DA 1PSOE 1Z1RA 4JP9A 5P86A 4EXGA 5P6JA 3APPA 5P6UA 3L59A 4AMTA 3HVGA 5IVTA 3QBFA 3D1YA 4FIVA 3UTLA 5OZ4A 5OZ6A 3EXOA 3DCRA 1GKTA 1AAQA 4J17A 5P0HA 5P44A 1BIMA 1W6IA 5P5LA 4Z2ZA 3OHFA 5P0AA 1AJXA 3U7SA 2XYFA 4Y4JA 5P7KA 3R2FA 1T6EX 5OZ9A 5P8LA 3UF3A 5ISKA 5P4TA 4Y36A 1IDBA 1QS8A 5P8RA 2QK5A 1XN3A 5P52A 2FIVA 5P7XA 5P3OA 3GI0A 3LINA 5P1MA 1FQ6A 3PI0A 1TZSA 2ZJHA 1G2KA 4Y3XA 5P07A 2V16C 5P7VA 5P05A 5BWYA 2HAHA 1FG6C 2PSGA 5P36A 3OU1B 2R9BA 5SY3A 3LPKA 4Y5EA 2O4PA 1LYAA 3AUPA 5OZFA 4GMIA 4U7QA 2Q63A 3L58A 2G1NA 5P62A 3IA9A 3EKYA 2B7FA 5EZXA 5P5EA 4YCYA 1IVQA 5P4JA 2QHZA 5P5DA 4Y43A 1LS5A 4D88A 1QRPE 2J9KA 1ODWA 1WKRA 5P51A 2G20A 5P3TA 3WZ6A 1BDLA 1APTE 1XE5A 2OF0A 3QAAA 4MC2A 4DQEA 4YD3A 5HVPA 5T4SA 3SA9A 2VKMA 3OQ7A 5COOA 2QCIA 5P7SA 3GI5A 5P32A 4B77A 3IGBA 3BUGA 1PROA 5P4GA 4Y4XA 2PYMA 1BWBA 5OYYA 5P1YA 4Y3TA 3O9CA 5P0YA 1NH0A 2IGXA 2PMAA 4I0EA 3MXEA 4LXMA 2ER0E 2ZYEA 5I3VA 2QZLA 3PMUA 2FLEA 4COEA 3EL0A 2AVQA 4LXAA 4R5NA 3NUOA 1TQFA 1XDHA 3INHA 2QI5A 2QI1A 2ZE1A 3KFRA 3O9EA 5P18A 5P41A 5OZBA 1HTRB 3KYRA 4YDFA 4Y3WA 3UDNA 3K5DA 4I8ZA 2FXEA 5P4HA 4L1AB 4D83A 4Y3LA 5P5MA 5OZVA 3K5CA 1HIHA 4Y5PA 1Z1HA 4J5JA 4FM8A 2VA5A 5P2HA 4JOOA 3OAGA 5P7ZA 1MPPA 5P0NA 3CICA 3HLOA 5OZ0A 5P4OA 3VYFA 4GJ6A 5P1WA 3CIDA 4FLGA 1UH7A 1LZQA 2G27A 2QZXA 3CYXA 3PBZA 5KQYA 3EL9A 1EPPE 5P6HA 4OBJA 4BELA 4Q5MA 3SAAA 3GGUA 5P1DA 5P28A 4M8YA 1IBQA 1RQ9A 1Z8CA 5P58A 4Y4UA 3VFAA 5P8SA 5P76A 1HVJA 2BB9A 3BC4A 1QDMA 5P4LA 2NNPA 1K6CA 5P42A 3LITA 1T7JA 7HVPA 4J0VA 3I8WA 4ER4E 2QNPA 3I6OA 3OXVA 1NPAA 1LF3A 2ZJNA 5P6DA 3SKFA 5HE4A 1XS7D 2IENA 4R8YA 4Q1WA 4Y4WA 2QD6A 1MIQA 5P8JA 3IN4A 4EP3A 5P34A 3QIHA 4NKKA 2I4UA 2O40A 1BBSA 2B8LA 2AOHA 2ER7E 5P1XA 5P4IA 3PVKA 1M0BA 3HD8A 4TRZA 4NJVA 5P0RA 3VYEA 4DPIA 2V12C 4EQJA 3BVBA 4Y57A 4Y47A 1MESA 5P1VA 5IE1A 5P2CA 3NDUA 3SA8A 2R3WA 4MC1A 3JVYA 5SZ9A 5HD0A 4Y3AA 2QHYA 1LF4A 3BRAA 5P2OA 2P3AA 4R91A 4ZPEA 1ZP8A 2R43A 4FM6A 2VJ9A 5P5PA 5I70A 2QMDA 2RKGA 3SO9A 5P20A 4A6BA 4CPWA 3HW1A 4YOAA 3OGQA 1CPIA 4OBKA 3UQWA 1LF2A 4RCDA 3FX5A 1D4HA 4EJDA 3QRSA 5OYZA 1LYAB 5P0MA 3SA6A 2NMZA 4Y3DA 3CIBA 4JECA 3HAWA 1QBTA 2R5PA 5P4NA 1HVKA 4IVTA 4J1FA 4TRWA 1HBVA 3PCZA 5HE7A 5OYTA 3PB5A 3EM3A 2O4KA 1FQ5A 2R38A 2HC0A 2OHSA 1SMEA 2PK6A 2ANLA 5P2KA 5KAOA 3KFPA 4QJ2A 1EPRE 4KUPA 5P64A 3G70A 2Q5KA 3CYWA 5AHCA 2ZJKA 3O9BA 4J0YA 3QN8A 1IZEA 4ER1E 3UDYA 4Y3SA 5P8KA 4HDPA 4Y39A 5P6FA 5P7BA 3S85A 5OZ2A 3B80A 4DJPA 3T7PA 1B11A 5P0FA 5C9FA 3TLHA 1BAIA 3UQUA 5P5SA 5OZQA 2AZCA 5TOLA 3VYDA 5P01A 2APRA 1ENTE 5P6LA 5P23A 1ME6A 5OYQA 3QP0A 2RENA 5P61A 5P6YA 1F34A 4BEKA 4Y35A 4OBGA 3WZ8A 3JW2A 5B18A 3SACA 2ZJLA 5P46A 1EC2A 3SLZA 1ODYA 2V10C 4FAEA 3OU4A 2ZJJA 3KMXA 1SDVA 4H3FA 1META 2BKTA 2B42A 5P25A 4RYCA 2AOEA 1F7AA 2PH6A 3LIQA 4D8CA 5P3UA 5DR0A 5P3MA 5JFUA 3NUJA 5P4RA 4I0JA 1YTGA 2IQGA 1E5OE 4KE0A 4GJ8A 2BPYA 4I0GA 5OZTA 1GNMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3G A;  1C6Z A;  4ACU A;  1DIF A;  5P1T A;  1C6Y A;  4HDF A;  2BPX A;  1ER8 E;  3TOG A;  3NU6 A;  3LZS A;  5P1B A;  3TKW A;  3EL5 A;  4K4Q A;  2JYS A;  3U71 A;  2QI7 A;  2WF1 A;  1PPL E;  1HPS A;  5ISJ A;  5P53 A;  5KR1 A;  2P4J A;  4ZPG A;  3QI1 A;  1MT7 A;  4DQG A;  3VEU A;  5P75 A;  5UPJ A;  4L1A A;  4GJ7 A;  4DJV A;  3OUA A;  2QZK A;  5P66 A;  5P7G A;  1OHR A;  2A4F A;  5P4Y A;  5P7L A;  5P0C A;  3DM6 A;  5F00 A;  1XL2 A;  1MT9 A;  4ER2 E;  4DFG A;  1AJV A;  3KT2 A;  1EED P;  3UHL A;  4JPC A;  5P6V A;  4L7G A;  5I3Y A;  3L5F A;  2HPE A;  2PWR A;  5P1R A;  1FB7 A;  5P4Z A;  2BQV A;  5DPZ A;  4GYE A;  1G0V A;  1D4S A;  1JLD A;  2G69 A;  5IS4 A;  5P40 A;  6UPJ A;  5P2N A;  1RPI A;  2Q11 A;  4DJY A;  4TRY A;  1HEF E;  5KQF A;  5P2B A;  5SXN A;  3S56 A;  1SDT A;  4Y4E A;  5P7T A;  2H6S A;  1B6L A;  4DQH A;  3OWN A;  3ZOV A;  3RTN A;  4CPU A;  4K4P A;  2EWY A;  3KDB A;  4Y9W A;  4OBF A;  5P5F A;  2AID A;  5P2Y A;  6APR E;  5OZS A;  5P29 A;  5OZH A;  3UQP A;  1APW E;  4CPQ A;  5P0I A;  1W50 A;  5OZ7 A;  3OGP A;  3OHH A;  4QJ8 A;  5HE5 A;  3KT5 A;  4Y5G A;  1W5W A;  4J1E A;  1D4I A;  5P37 A;  3FSM A;  5P03 A;  3B7V A;  3OU4 B;  3CKP A;  5P4B A;  5P2X A;  4RRO A;  3VSX A;  4RYG A;  1KJF A;  4DQB A;  5P79 A;  1HEG E;  5P8F A;  3TKG A;  4HVP A;  4DVF A;  3ZKI A;  5DQ4 A;  3PWM A;  1DP5 A;  3QRO A;  2O4N A;  1HPX A;  5P0D A;  5HDU A;  4Y4D A;  1PSA A;  2O4S A;  5P13 A;  5P3Z A;  1BIL A;  5KQZ A;  2Q64 A;  1A30 A;  5P4S A;  5SY2 A;  4Y58 A;  3ZKM A;  3PSG A;  3PHV A;  2WKZ A;  3O9I A;  4D85 A;  3NU5 A;  4KE1 A;  4DJR A;  2OHR A;  3SA3 A;  1ZLF A;  4XX3 A;  4CPR A;  5OZ5 A;  5HDX A;  4GJ5 A;  1K6P A;  2WL0 A;  3QVC A;  1KJ7 A;  1EPQ E;  2VA6 A;  4R92 A;  4DJX A;  5P3Y A;  1AXA A;  2ZGA A;  1DAZ C;  1FQ8 A;  2HB4 A;  3QVI A;  3K1W A;  5P39 A;  3PI5 A;  5OZN A;  4X2L A;  5P60 A;  5AH6 A;  3H5B A;  1W6H A;  2F80 A;  4B05 A;  4LHH A;  2B60 A;  5P0L A;  3WSJ A;  4HLA A;  4HE9 A;  2NR6 A;  1MTR A;  5P7N A;  1LEE A;  4I11 A;  4K4R A;  1B6P A;  3UDJ A;  3ST5 A;  1MTB A;  1PPK E;  2JE4 A;  5P3D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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