5P3AA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 163
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3aA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3aA01
3K4VC 3O99A 3U7SA 4DVFA 5P3QA 4YCYA 2ZDZA 2V0ZC 4OBZB 2PK6A 3EL9A 3PGIA 3M9FA 4QJAA 5HE7A 2P3DA 5P6MA 2V16C 1HSHA 1HWRA 5P5ZA 3AUPA 3SA9A 4TVGA 4I8ZA 4B1CA 4ZSRA 5P0YA 3HD8A 1MT9A 1WBKA 3ZMGA 1PSOE 4LC7A 3FKTA 5P56A 2HM1A 2O4KA 4OBGA 1EBWA 3KT2A 5P5XA 1EBKC 5P8HA 5P2IA 6APRE 1BVEA 4JPCA 1HVLA 3GI4A 4FRKA 5P2CA 2FDEA 5P3ZA 4Y58A 2QU3A 2HAHA 4EP2A 4LXMA 2BB9A 4XKXA 2AOJA 5P83A 4OD9A 3HDKA 3KA2A 2OHUA 5OYSA 5P0MA 4B1EA 3PEPA 1QBTA 4HDBA 4DQHA 5P3RA 5AGZA 5P2KA 1DW6C 1MT8A 1EC3A 4TRWA 4UPJA 3I25A 3NU3A 1FFFC 1HPOA 1BXOA 5P1VA 8HVPA 3PSUA 4J0TA 1ZBGA 5P0RA 1EPNE 5P77A 3SA5A 1ZSFA 2QMFA 5OZXA 2IRZA 3PVKA 5P1WA 4MC9A 3DJKA 1WKRA 3IA9A 1ZPKA 5P01A 5P6AA 3BGBA 4PZXA 4I0FA 5P2HA 4WY1A 1K1TA 4Y3FA 5P4WA 5P1LA 1TSUA 5P67A 5P7UA 2OHRA 3O9EA 5P6HA 2PSGA 3F9QA 5P30A 2AVOA 1MUIA 1C6YA 4Y4EA 1HVIA 5P71A 1K6VA 5P7AA 5P4AA 3TKWA 1BV9A 5OZRA 5P34A 3URIA 3OHFA 1ODXA 2QP8A 3LPIA 3SO9A 1XN3A 2J9KA 3IVHA 3VLBA 5P2BA 2WF3A 4Y4WA 2WF0A 2ZJNA 5KQYA 3ZKIA 3NYGA 5P6LA 4S1GA 2ZYEA 5OZWA 1ZPAA 3B7VA 4YD5A 1BWAA 3SKFA 5P0HA 5OYXA 5P4DA 3APRE 5P4SA 1EC0A 1RNEA 2RMPA 4HVPA 4CPTA 5P07A 3TPLA 4DFGA 2ZGAA 4DJPA 5P8TA 3FX5A 5P5EA 5P4XA 1OHRA 3K5GA 5P1AA 1ZTZA 1EBZA 2O4NA 1MSMA 3GGVA 5DR7A 5P5FA 3UDPA 3SA8A 1HIHA 1XL2A 4Z4XA 4Y3DA 4DJUA 2R9BA 5P4GA 4OBZA 4I0JA 5P1ZA 1PPME 5IVSA 2V00A 1OEXA 5P36A 5OZPA 1GKTA 5P3JA 4I0EA 4DJVA 2ZJJA 4D85A 3JVYA 3SA6A 2NPHA 5P0DA 5P5KA 3S54A 3UHLA 1HVKA 5JFUA 3NWXA 1MTRA 3LIZA 5IS4A 4H3IA 1ZP8A 4ZE6A 3ST5A 4ACXA 2FNTA 1HIIA 3FIVA 2OF0A 5OZIA 1RL8A 5P2VA 3BUFA 5P1FA 3NWQA 3OUBA 3HAWA 1MRWA 3ZKGA 4R8YA 1UH7A 3U71A 1A9MA 4RCEA 5OZ0A 4XX3A 5P58A 1EPQE 5P4OA 4E43A 2PH6A 4Y54A 4Y9WA 5OZGA 1HSGA 5APRE 5P0UA 3QRMA 5HE4A 4OBFA 3QS1A 1T7IA 4LXKA 4Y5AA 2B7FA 3GGAA 4K4QA 2OHTA 2FS4A 5P8QA 3I6OA 2FGUA 3PMYA 4YOAA 1T7JA 3L5BA 4Z22A 4ZLSA 5I3VA 2R5PA 3WB5A 4GJ5A 3BHEA 2ZHUA 1SGZA 2QHZA 2BPXA 4DQFA 5P27A 1PROA 2F3EA 4K8SA 4D88A 3VF7A 1W5XA 1FFIC 4ZPGA 3O9LB 4NPTA 4Y5EA 5P2LA 5P61A 1Z1RA 5P1XA 5F00A 2G22A 1OEWA 2F8GA 1B6JA 4LHHA 5P63A 1IDBA 3RTHA 4B0QA 1LYWB 2ZJMA 2FNSA 5DQCA 5P06A 3L5FA 5P3TA 2R8NA 5OYRA 5P10A 2P3AA 2QMPA 5P17A 3UDYA 4XX4A 1SP5A 5ENKA 3B80A 1NPVA 5P35A 5DPZA 6FIVA 1MPPA 5P5LA 3APPA 2VJ7A 3UDNA 5P5UA 1DIFA 2NMZA 3OHHA 3SFCA 2G1YA 5DGUA 5AHCA 4MC2A 4DQCA 3EKTA 1DP5A 5P59A 2J9JB 3LPJA 2APRA 4Y57A 5AH9A 5P4MA 3TTPA 3LZSA 5P2UA 2NNPA 2XYEA 2ER7E 4Y3RA 3L59A 3OY4A 1SDVA 1FGCC 2OHMA 5EZZA 5DQ5A 5P68A 1EAGA 2I0AA 2WF4A 5P1QA 3EKVA 2ER0E 5P3LA 3OOZA 5P3NA 5P0XA 1BWBA 4YCTA 1B11A 3FNUA 3VFBA 5P8PA 1K6TA 2RKGA 4FE6A 2Q63A 1Z1HA 2QI6A 5P8CA 4B72A 3Q6YA 4A6CA 5P8AA 2ZJKA 2PMAA 4LXAA 3MXDA 1T6GA 5P8LA 4Y4GA 4BFDA 1GVVA 4Q5MA 3NU5A 1SGUA 4RZ1A 5P2XA 5P7RA 2WF1A 5P42A 1LS5A 5P49A 4NPUA 1GNMA 4J1KA 3PCZA 5P08A 2VJ6A 3OADB 3HLOA 3IXKA 1EPPE 5P8IA 5P12A 1AM5A 5I3XA 3L3AA 5OZ6A 1LEEA 4B1DA 3TLHA 2HIZA 1HOSA 4H3FA 3NU6A 2VNNA 4ACUA 2IKOA 5P3XA 4EQ0A 4Y44A 1HVRA 2FDPA 4CKUA 7HVPA 5P2TA 3KFNA 4PPHA 5OZCA 2B42A 1APTE 2NXDA 5P6TA 2G1RA 2CEMA 1BDQA 4YD4A 4I10A 4RRSA 2IS0A 2NXLA 4GJ9A 1TW7A 5P3KA 3UDKA 1QBRA 3OTSA 1ER8E 2WJOA 5HDVA 5P7KA 3ECGA 4H1EA 5COOA 4RYCA 5TOLA 1VIKA 5P78A 3DV5A 1TQFA 3D1ZA 3EM3A 3O9GA 4L1AB 5P8MA 1B6MA 3MXEA 1A8KA 3RTNA 4EYRA 5P33A 4Y3JA 2I4XA 2HB3A 3DCRA 4Q1YA 2R5QA 1SIVA 3EXOA 3INEA 3OXCA 3IAWA 3T7XA 3O9DA 4GJ8A 3SQFA 5P29A 3O9LA 2VS2A 5P74A 1CMSA 4DJRA 4J1HA 1LYWA 1YM2A 5C9DA 3TPPA 4NJTA 5ISKA 3EM6A 4GJAA 2HS2A 4JOOA 4EHCA 1D4LA 5CONA 3LIQA 4I0GA 5P5CA 3ZPSA 1AJXA 1HVCA 5P6CA 2I4VA 4ZPFA 2AOHA 4TVHA 1FMBA 2F3FA 2WEAA 5P7YA 5BRYA 1NSOA 2JJIA 5P28A 2HPFA 5BS4A 2XYFA 2ZJIA 3URJA 3GGXA 5OZNA 5OYTA 3S85A 2Q54A 3OQ7A 2J9JA 3Q3TA 3A2OA 1IVQA 4Y3GA 3BUGA 5SY3A 4TRYA 4YD3A 5P1MA 1LF4A 1N49A 3IN4A 2AVMA 4HDPA 1APVE 1BAIA 5P7MA 4LL3A 1RPIA 5OZHA 5I3WA 2BPVA 5OZ5A 3O9AA 4Y38A 5HU1A 4DJYA 5P5SA 3CIBA 1SMRA 2MIPA 2Q3KA 2VA6A 1HXWA 2QCIA 1LYAB 2QI7A 1C6XA 4R91A 2RENA 2QNNA 3WSJA 1FQ8A 1B6LA 3OQFA 3PCWA 5P3IA 2OHNA 3IXOA 5P5YA 5P40A 5B18A 1XDHA 3L5CA 5P5QA 1HBVA 2QI1A 4WY6A 5P4PA 5P4LA 4B77A 3TKGA 3S43B 1FMUA 2WECA 4QJ7A 3UFLA 5P6SA 3OADA 1Z8CA 4GJ6A 3OUDB 5OZQA 3T11A 2OAHA 3QBFA 4B70A 1ODWA 3VV6A 3VYDA 1KJHA 3TPJA 1ZSRA 5OYVA 4J55A 3VV7A 5P3AA 5P6BA 5P6ZA 4CP7A 1BVGA 1W6IA 4GIDA 3VV8A 5AHBA 1MTBA 4I1CA 4Y3LA 5P6QA 4CPQA 4I0HA 4FAEA 4U7QA 4ZIPA 4ZSPA 5P2NA 4RGHA 5P1YA 1LF3A 2I4QA 2G94A 1EPRE 3QAAA 2G21A 1K6CA 4KUPA 3UQUA 5P7IA 3ZLQA 3DM6A 3QVIA 5P8SA 5P7LA 5P82A 2I4WA 2PSVA 2WEDA 1KJ4A 1FIVA 5F01A 3URLA 3T7PA 4YCKA 5OZDA 4FSEA 2Q64A 3PLLA 4L1AA 2FXDA 3WZ8A 5P89A 2QI4A 4TRZA 4RCFA 4OBDA 2XFKA 4OBJA 1T7KA 4YD7A 4QGIA 4MC6A 4YDFA 3PJ6A 5P7OA 1B5FB 2FGVA 3S7LA 2WKZA 1MT7A 3LITA 5P0SA 1GVXA 4DH6A 3O9HA 1F34A 2G1NA 3SM1A 5DQ1A 4BEKA 1CPIA 4R92A 2PK5A 5P5AA 5OYUA 5IE1A 4GB2A 1DPJA 5P6DA 3PSGA 5P38A 1GNNA 4ZPEA 2QI0A 4APRE 5P2SA 2Q5KA 3PI0A 4EQJA 5P44A 3KDDA 1IDAA 2B7ZA 1FB7A 5P4RA 1FG8C 5P6EA 3UQPA 1QBUA 4Z2ZA 5P09A 4EJLA 3LNKA 1HVHA 5KQZA 1ENTE 5P6IA 5P4BA 3BGCA 5P7QA 1NPAA 4FM8A 4CPXA 5P0GA 2NR6A 1G35A 3EKPA 3PWMA 3VG1A 1FF0C 5HE5A 3UPJA 3UQRA 5P8VA 2Q55A 5P2DA 4LBTA 5P0QA 5P43A 3NSHA 4GYEA 3KM4A 4YHQA 5P3YA 3UCBA 2BJUA 5P73A 5OZYA 3INDA 5DGWA 3BXRA 4F73A 4J0PA 3SLZA 5P47A 1A94A 5P5OA 3OXVA 2PYMA 3SAAA 2HC0A 1LYAA 2AODA 3GI0A 5P6FA 4R93A 2G27A 2IEOA 2ZHSA 2WF2A 3RSXA 4Y5LA 3UDJA 5SY2A 3TOHA 3VF5A 1K2BA 4F74A 4CPWA 3HVGA 3KF0A 5P2QA 3S43A 3VYEA 2ZJHA 1ME6A 3OUCA 5P04A 4Y53A 3R0YA 2B60A 5EZXA 2QNQA 3OUDA 5P15A 2NMYA 3L5DA 3JVWA 4GJ7A 5P3WA 4AUCA 4Y48A 5P0TA 5OZJA 5P57A 3CYXA 5P7VA 1ODYA 4H3JA 4LAPA 2V12C 3VEUA 4FCOA 5P1TA 1E81E 1YTHA 2BPWA 3KT5A 4U8WA 3ZKSA 1EPME 4FRSA 5HCTA 1SBGA 5P0OA 4EJKA 1IIQA 4RCDA 5P1DA 1BDLA 3G72A 1FQXA 1EPOE 5E5KA 5P76A 5P53A 1HTEA 5HCOA 1MERA 2JE4A 3NXNA 4QJ8A 5P19A 4Y36A 5OZFA 4CPSA 5HTZA 1U8GA 5P3DA 1B5FA 4L6BA 5P05A 2H6TA 2FIVA 1XN2A 4L7HA 5P0CA 1BXQA 3OOTA 2PH8A 3NDWA 3TL9A 3I2LA 4GJCA 4YBIA 4GZFA 3QRSA 4J0ZA 3GI6A 3H5BA 2SAMA 4RYGA 5P81A 2UY0A 3NXEA 5P0JA 3EKQA 3N4LA 3QI1A 3O9BA 2I4UA 2IQGA 5HVPA 4HDFA 4DJQA 1FKNA 4YBFA 4L7GA 1T3RA 3NDUA 5HD0A 4APEA 3NUJA 3BVAA 3NDTA 3T7QA 5KR1A 2IKUA 4FM6A 3ZKMA 5P75A 5P7NA 4EP3A 5J25A 2NXMA 2ER9E 5P48A 3ZPUA 3ZKXA 4NJSA 5DR3A 5C9FA 1ZJ7A 4OBKA 5P8FA 1XE6A 5KR0A 4N00A 4HE9A 5P1KA 5P6KA 5P6RA 5HDUA 3DV1A 1XL5A 5P2JA 1EEDP 5OZ9A 1D4KA 3VLAA 2FDDA 4Y4AA 2XFIA 3FSMA 5E5JA 3K5FA 5P7TA 5P1BA 4Y3NA 5P7FA 4FRJA 5P1CA 3L58A 3D1YA 5OZ4A 2G1SA 4F76A 5P85A 4Y35A 5P20A 1PFZA 2IENA 5P5JA 3D20A 3WZ6A 5DR0A 2VIZA 2HB4A 3LINA 4RVXA 6UPJA 5P11A 3QP0A 5C9BA 5SZ9A 5P1PA 4KB9A 2OHQA 3Q5HA 5DQ4A 3K5CA 4B00A 1VIJA 5OZBA 5P50A 3AIDA 2CEJA 5P4IA 2ZJLA 5P52A 2AZ8A 1MVPA 4R5NA 5COKA 2JXRA 5P7CA 3G6ZA 3QBHA 4RVJA 4HZTA 2QI5A 5KQFA 5JFPA 2JYSA 1IZIA 5OZKA 3OUAA 2ZHTA 4DQEA 2ZHRA 4DJXA 3BUHA 1META 4U7VA 3EL4A 1C70A 1Q9PA 1HVSA 2VIYA 2WEBA 5OZVA 3OQKA 3OWNA 5P25A 2Z54A 5P02A 2F81A 3S45A 5P4EA 5P4KA 5OZ8A 4FSLA 4OC6B 5P6JA 1SDUA 5P8BA 5P6VA 5P51A 5P0EA 5P4JA 1HTRB 5P8NA 4J0VA 2P83A 1KJGA 1RV7A 5P2FA 4K9HA 2PSUA 4K4RA 3I8WA 3D1XA 5P60A 5P66A 5P1GA 5P2GA 3UF3A 5P4QA 1AAQA 3IVIA 1APWE 4J17A 1PPKE 1YTGA 2AOGA 1E5OE 5P5MA 1E80E 4X2LA 1KZKA 1FQ6A 1UH8A 4J0YA 4A6BA 4AMTA 1AIDA 5SXNA 4FAFA 4EWOA 1YTIA 5ISJA 5P0KA 1M4HA 1TCXA 2R3WA 3BXSA 1APUE 5P22A 1M0BA 1LZQA 5P2RA 1IZEA 1AJVA 3UQWA 3Q4BA 5P8GA 5P1OA 2G20A 2F80A 4DQBA 3GGUA 1K1UA 4Y56A 3LZYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3K4V C;  3O99 A;  3U7S A;  4DVF A;  5P3Q A;  4YCY A;  2ZDZ A;  2V0Z C;  4OBZ B;  2PK6 A;  3EL9 A;  3PGI A;  3M9F A;  4QJA A;  5HE7 A;  2P3D A;  5P6M A;  2V16 C;  1HSH A;  1HWR A;  5P5Z A;  3AUP A;  3SA9 A;  4TVG A;  4I8Z A;  4B1C A;  4ZSR A;  5P0Y A;  3HD8 A;  1MT9 A;  1WBK A;  3ZMG A;  1PSO E;  4LC7 A;  3FKT A;  5P56 A;  2HM1 A;  2O4K A;  4OBG A;  1EBW A;  3KT2 A;  5P5X A;  1EBK C;  5P8H A;  5P2I A;  6APR E;  1BVE A;  4JPC A;  1HVL A;  3GI4 A;  4FRK A;  5P2C A;  2FDE A;  5P3Z A;  4Y58 A;  2QU3 A;  2HAH A;  4EP2 A;  4LXM A;  2BB9 A;  4XKX A;  2AOJ A;  5P83 A;  4OD9 A;  3HDK A;  3KA2 A;  2OHU A;  5OYS A;  5P0M A;  4B1E A;  3PEP A;  1QBT A;  4HDB A;  4DQH A;  5P3R A;  5AGZ A;  5P2K A;  1DW6 C;  1MT8 A;  1EC3 A;  4TRW A;  4UPJ A;  3I25 A;  3NU3 A;  1FFF C;  1HPO A;  1BXO A;  5P1V A;  8HVP A;  3PSU A;  4J0T A;  1ZBG A;  5P0R A;  1EPN E;  5P77 A;  3SA5 A;  1ZSF A;  2QMF A;  5OZX A;  2IRZ A;  3PVK A;  5P1W A;  4MC9 A;  3DJK A;  1WKR A;  3IA9 A;  1ZPK A;  5P01 A;  5P6A A;  3BGB A;  4PZX A;  4I0F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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