5P3CA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 165
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 81
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3cA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3cA01
4YE3A 3UDJA 4MC1A 4R95A 3HW1A 5HCOA 4H3GA 5P1QA 4Y4XA 3R0WA 5P51A 2B42A 5I3VA 1HIVA 2P3DA 1AJXA 2OAHA 1E81E 4ZE6A 2P3BB 5P3LA 2HB4A 3BHEA 5P0FA 3D20A 2B8LA 5OZGA 3URLA 5P13A 4DI2A 2JYSA 5HDUA 1ENTE 4J0VA 2WEZA 5HTZA 1BIMA 3F9QA 3EM4A 4J55A 1PFZA 3K5FA 1HVKA 3LIZA 1U8GA 4EP2A 4Z4XA 5P5RA 2OF0A 4YD3A 3TPRA 3EL5A 2HB3A 5P3WA 4EJDA 1DIFA 1MTBA 1UH8A 3SM1A 5P86A 5C9FA 2QP8A 1D4LA 2I4WA 2V00A 4LHHA 4PYVA 3NR6A 3IAWA 3SM2A 2OHQA 1MTRA 4Y3AA 1SIPA 2PYMA 3KM4A 2I0DA 3O9AA 3NUOA 3LZVA 2QI4A 1E80E 3Q3TA 2OHMA 4AA8A 2F3EA 4F75A 1B6PA 1ZP8A 1FEJC 3S43B 5DGUA 2I4DA 5P2RA 1APWE 3TKWA 5P28A 3O9EA 1DW6C 2VA5A 5OZ0A 4XX3A 3GW5A 5P7VA 3SKFA 4DJYA 5P76A 2ER0E 2G94A 3EM6A 1HTEA 4DPFA 3RU1A 5P6KA 5P66A 1EPLE 5P5AA 5P1ZA 3DM6A 3NXNA 2VNNA 5P5EA 3SA4A 2OHNA 5OYSA 4NJSA 4AZYA 1GNOA 1APTE 5P7OA 1D4YA 3TL9A 4LP9A 3HLOA 5AH8A 5OZNA 4B72A 5OZLA 2F81A 5P37A 5ENMA 1EPQE 1BV7A 2IEOA 5HDZA 5OZ4A 3L38A 5F01A 5P2WA 4X2LA 2ASIA 5P53A 1T7KA 4Y51A 5P88A 3HDKA 4Y3HA 3WZ6A 4ZEAA 5P8KA 2IS0A 3TPLA 2R8NA 5DQ2A 4I11A 5P08A 5P0EA 3TOFA 1ZTZA 2V13A 2VIJA 2PWCA 2P4JA 2ER7E 5P3PA 2G1SA 1Z1RA 5P7WA 5OZ7A 1LYWA 1HPXA 5P7FA 3ZKMA 3L5BA 5P36A 1IDAA 2RKFA 1MIQA 1LYBB 2AOCA 5APRE 5P6QA 5P8SA 4J1CA 1QDMA 5T4SA 1SDTA 5P3ZA 4QLHA 4EQ0A 5P2JA 1D4SA 1LYAB 1T6GA 1SBGA 5P2CA 5P6EA 1FQ6A 3PBZA 3MSKA 2O40A 5P6CA 5OZZA 4KUPA 4DJQA 3EL4A 1YTHA 5P52A 1EPNE 2FLEA 2I4XA 2WL0A 2IRZA 5OZXA 5P45A 3UF3A 5P2FA 2J9JA 4J0ZA 3K4VA 2VJ7A 1QBUA 4RCFA 2R5QA 3KMXA 4L1AA 4ZSRA 2H6TA 1VIJA 5COKA 5P3YA 2H6SA 2G21A 2JXRA 2BPZA 5P06A 5P1IA 1NPAA 3EKYA 1QS8A 5P18A 5OYYA 3DV5A 2AOFA 5P4UA 4DJRA 5P50A 5P4KA 5P5IA 2AOJA 5P46A 2AVSA 3GGXA 3TTPA 5OZAA 3GI6A 1MPPA 5P62A 4R92A 5P1VA 4DVFA 2P3BA 2NNPA 2OHPA 5P4HA 1GVUA 5P69A 5HE7A 2AIDA 4B78A 5P73A 2FDPA 4RLDA 4FGXA 1BWBA 2HM1A 5P2UA 4KB9A 2IENA 3AUPA 3OUAA 5P44A 4LXAA 5P4TA 4DJWA 3OK9A 4HZTA 5P8OA 4DJUA 1RL8A 3U7SA 5P4VA 3I2LA 2IL2A 5P19A 5OZ1A 2UXZA 2V12C 4Y3ZA 4OBKA 5SXNA 1IVPA 5CONA 5P4QA 4Y3EA 2AZCA 2QHCA 5P2ZA 4N00A 3MSJA 2I0AA 1QBRA 3PSYA 4OBJA 5P3JA 2QI3A 2ZJIA 5P4AA 2VA7A 3TLHA 5OZEA 2NPHA 3FV3A 2QI6A 5P2QA 6APRE 3G6ZA 5P5HA 3APRE 2NMYA 2O4LA 4Y3PA 5P01A 3BUHA 3I6OA 1G6LA 1JLDA 4GYEA 3UCBA 3S43A 3UDYA 1HPVA 2QMFA 4I0DA 5P3CA 4EJLA 5DR7A 4Y4AA 2OHUA 3IXJA 3ZMGA 5P54A 2FNTA 2VJ6A 5I3WA 3SFCA 5P7JA 4APEA 3S2OA 2QZKA 4FE6A 3PWRA 3LIXA 1MVPA 3EL9A 5KOSA 4R93A 5OYWA 2ZGAA 3G70A 4OBGA 4YD6A 1C6YA 4B1CA 3OQ7A 2O4NA 3T11A 3NDUA 2WF0A 2IQGA 4OBHA 2I4VA 5P6YA 3OXXA 4RGHA 4J1IA 2R43A 3KFRA 4OC6B 2HS2A 4ZSQA 5P27A 1AVFA 1LF4A 5P2TA 4GJDA 3TKGA 5DQ1A 5P3SA 5HU1A 2XFKA 5P38A 4M8YA 3CMSA 3IXKA 4J1EA 2F3KA 3TOGA 1OEWA 5P0DA 2R5PA 2QZWA 5P35A 2HS1A 3RTHA 3U71A 3LZUA 3HBOA 7HVPA 4RROA 4DJPA 3Q5HA 5P3HA 3TPPA 5BRYA 3FNUA 3PHVA 3KDDA 1TSQA 5UPJA 5P3MA 5P5KA 1K6VA 1K1TA 1LS5A 2QHZA 5P1LA 3GI0A 1LYBA 5BWYA 5P26A 1N49A 3DK1A 5P39A 3O9DA 3S8IA 2RKGA 4LC7A 3VLAA 1LYAA 3KFPA 4Y48A 1HVSA 3HD8A 3CIDA 5P07A 5OYZA 5IE1A 1D4KA 3Q6YA 3OXVA 5COOA 2ZJHA 5ENKA 5FIVA 3GGVA 3ECGA 1FKNA 2P83A 5P31A 4YDGA 3UHLA 5IVRA 2F80A 4YD5A 5P6BA 4D8CA 3UDHA 5P64A 4ER1E 1K2BA 5P03A 3ZKGA 5OZIA 1FQ7A 3K5GA 3PRSA 4QJ6A 2G1RA 1SMRA 5AH7A 4Y35A 5P8EA 4Q1YA 4CPTA 5P7EA 1YM2A 4A6BA 4Y54A 4XXSA 4DV9A 1CMSA 2V11C 2G24A 5OZDA 1PSOE 4PPHA 1MT7A 1ZLFA 1ODXA 5P6MA 2HIZA 5P5DA 5P8QA 2QNQA 2ZHUA 5P7HA 4MC2A 1KJ7A 1IZHA 3D1ZA 4H3JA 3IN4A 5P8RA 5P2HA 6UPJA 3N3IA 5P87A 1D4HA 1FF0C 5P70A 1PROA 4RVJA 4I8WA 2QD6A 3AIDA 4Y41A 1DP5A 3PI0A 4HDPA 2QU2A 2AOHA 3EKWA 3EKTA 1EC2A 4Y5AA 1FQ5A 3D91A 4Y3QA 1K2CA 5P2GA 3T3CA 2NNKA 1EBWA 3O9BA 1FFIC 1A94A 5P0NA 4ACXA 3INDA 5P04A 5P8CA 1AIDA 4FS4A 5P6XA 1MERA 5P7KA 4HE9A 3KDBA 1AAQA 5ISJA 3CICA 3SA7A 4QGIA 1XDHA 3EC0A 5P75A 5ER1E 1QBTA 2G1NA 4Y57A 5OZKA 3S7MA 5P23A 5P7IA 5P7SA 1YG9A 4MC9A 1T3RA 1GVWA 1HVIA 5P25A 5P8IA 1BBSA 1GVXA 3QN8A 3BXSA 1T7JA 3LNKA 1RNEA 3QVCA 4RCEA 3I7EA 1AM5A 4B00A 4EJKA 3VSWA 4YA8A 2AOGA 2WEAA 3OADB 3O9LB 3ZPUA 5OZPA 4I0HA 3FX5A 4RZ1A 3SAAA 5ISKA 1HOSA 5P02A 5OZOA 5P68A 1ZBGA 2G1YA 4Y53A 4YOBA 5P1PA 3SA8A 1HTGA 4OC6A 5P5YA 3KT5A 2OHLA 5P0MA 5P7UA 5P0UA 4EJ8A 3PMUA 3ZKXA 3K5DA 2WF1A 1BILA 3LINA 2PK5A 1NH0A 4I0GA 3UPJA 4Y3FA 3CIBA 3Q70A 1SH9A 3O9IA 2JE4A 5IVQA 5HU0A 1E5OE 2QI5A 4I0IA 4J1KA 2HB2A 3SABA 4Y4TA 2ZYEA 2Q64A 1D4JA 2ZJNA 3UDPA 5SZ9A 5P6SA 1TQFA 3DV1A 2R3WA 3OOZA 5P0PA 3UDRA 1GNMA 1A8KA 1HSGA 3M9FA 3VG1A 4J5JA 1B6MA 3ZL7A 4TRYA 3NWXA 5P6RA 5P6WA 2Z4OA 4J0TA 3URJA 2EWYA 1EPME 3SLZA 5C9BA 3RTNA 3PM4A 5P8TA 2UPJA 3B80A 3PSGA 3SO9A 1ZAPA 2XFJA 5P14A 2I4QA 5P3QA 4AA9A 1RPIA 5DQ5A 4Y3GA 5OZJA 5KQZA 1ODWA 5OZ8A 5P1NA 5F00A 3KF0A 4D85A 4DQFA 4E43A 5OYUA 1G2KA 5P3FA 3EL0A 3TPJA 1EAGA 1MRWA 1W6HA 4GJ7A 3PMYA 3OY4A 3O9CA 3PJ6A 5P0CA 5KR0A 4ZPGA 5P1KA 5P5WA 1ZJ7A 4ZPEA 3HAUA 5P2LA 5P5PA 1GVTA 1SIVA 1IBQA 2QMDA 2FS4A 4YD4A 4ZLSA 2VIYA 4GB2A 1UPJA 4RRSA 5P3BA 1AJVA 1TCWA 5KR2A 5J25A 2APRA 2WHHA 3DUYA 4A4QA 4LAPA 3GI5A 5P29A 4R91A 4EWOA 5P7NA 3BUFA 3PEPA 5P2IA 4EQJA 2QD7A 5C9DA 3OQFA 4Y4UA 4GJ8A 4Y3SA 3L58A 4WY6A 5P58A 1HXWA 3QPJA 4XKXA 1BDLA 1UH9A 4Y3YA 5KQFA 1Z1HA 4PHVA 4ZPFA 1HIHA 5P2KA 2R9BA 3ZOVA 2JJJA 2G20A 3NXEA 2R3TA 2F3FA 2Q54A 3QI1A 5P0LA 5P3TA 3KFSA 1LF3A 2QNPA 1PSAA 3PWMA 1HRNA 2BKTA 5P0GA 5SY3A 4JPCA 2O4PA 3LITA 4EYRA 8HVPA 1MSMA 5DPZA 5TOLA 3EKQA 5P1DA 3NU9A 3VYEA 4F73A 5P32A 2AQUA 4RRNA 5AHCA 5P8GA 5P8FA 1SMEA 3FKTA 3KFNA 5OZ6A 4PZWA 3LPJA 4Y3MA 5P47A 5P4IA 2BPWA 2A1EA 5IVTA 3JVYA 4YHQA 4TRWA 2B60A 4H1EA 5P1CA 3OADA 5P1TA 4Y3XA 3O9LA 5P67A 3NYGA 5DQ4A 1W51A 1MRXA 2BB9A 5P6LA 3KN0A 3IXOA 4K9HA 3A2OA 2CENA 1SP5A 2NR6A 5KR1A 2Q5KA 5P7XA 4ZIPA 1FMBA 2G27A 2IDWA 3PLDA 4TRZA 5P2SA 5OZCA 1YTGA 4J1FA 4CPSA 1G0VA 2V10C 5P43A 3LHGA 5P8UA 5P7TA 2WJOA 2BPVA 4EHCA 3BUGA 3ZKIA 4RYCA 3VF7A 5B18A 1HEGE 3QRVA 2HC0A 3L5FA 3BC4A 1ZPAA 2PC0A 3VFAA 4B77A 4TVHA 5P42A 1OD1A 5DR1A 1YT9A 4HA5A 5EZXA 2BPXA 5P1MA 4I0JA 3VSXA 4FSEA 1GNNA 3NLSA 3EKVA 4Y5EA 5P3IA 1FG6C 3PGIA 5P0ZA 5AHBA 4GJ9A 4Y3LA 4B0QA 4FRIA 2QMPA 2IKOA 1IZDA 5P80A 4OBDA 4FCOA 5OYQA 2AVQA 1XN2A 4JOOA 5OZ5A 1K6TA 4L7GA 2NXLA 1A30A 2AZ9A 5P77A 2ZDZA 5P2EA 4AUCA 5P8VA 3OQAA 1KJHA 4FLGA 4FM7A 2P3AA 3BGCA 2ZJLA 5P7RA 5HDXA 4Y36A 5P5FA 5CLMA 2ZHRA 5P8AA 1EC3A 3B7VA 5P0VA 5P5BA 1OHRA 4DQHA 2BQVA 4CPUA 2Q63A 5DQCA 5P49A 1XE6A 5P4EA 2A4FA 5DGWA 1NPVA 2ZJJA 3UFNA 4QJ8A 4KE1A 3D3TA 5P63A 5P5NA 3EL1A 3QP0A 3O9HA 4H3IA 3VYDA 4FM8A 3L5EA 4Y5KA 2HPFA 4R8YA 3ER3E 4CKUA 1D4IA 3VV6A 5P4OA 2XFIA 1HVJA 5P5OA 5P1GA 2OHSA 3S54A 3QBFA 1HVHA 3GGAA 1FB7A 3PSUA 5P5UA 3EM3A 3KA2A 3UTLA 5P48A 1SGUA 4Y3RA 5P33A 4YCTA 1EPOE 3IVHA 3HVGA 4Y4JA 5P6GA 4CPWA 5P4CA 4DFGA 3NDXA 5P2XA 5P84A 1MT8A 1IDBA 2SAMA 4QJAA 1HTRB 3ZKSA 4B70A 5P1XA 5P7QA 5P0RA 3LIQA 3Q4BA 2VA6A 4RCDA 1KZKA 4DJOA 5P4BA 5AHAA 2QK5A 3ST5A 3IVIA 4JECA 4Y4WA 3OAGB 4S1GA 4Y4ZA 3S45A 4R5NA 5OYTA 3D1XA 3L5DA 3PCWA 1W6IA 1MUIA 3FSMA 3CYWA 3QAAA 4GZFA 5P5QA 2FGVA 4Y47A 2QCIA 5P4GA 4Z22A 3UDMA 4BFBA 2BPYA 3WZ7A 1TSUA 5P7ZA 3CKTA 1E82E 4HDBA 5HDVA 4IVSA 2FIVA 5DR4A 1XN3A 3PVKA 5P6DA 2QU3A 2IGXA 2PSGA 3OXWA 4DH6A 4F74A 3EKXA 1BXQA 5OZSA 2FDDA 4Y5NA 5P4JA 5OZFA 3S56A 3OHHA 1EC1A 4JPEA 1PPME 1HVRA 3UFLA 1NPWA 5P4FA 5P5TA 5P4NA 5P1RA 1PPLE 1LEEA 3ZPSA 5HE5A 3WB4A 1BWAA 1HSHA 1HVLA 3INFA 3FIVA 4ER2E 5P11A 2VJ9A 4Y5CA 4J0PA 2ZJKA 5P5VA 5P7PA 1SDVA 3KMYA 2WEBA 1DAZC 5P6JA 1AXAA 3R1GB 2ANLA 4FRKA 1LF2A 4K4RA 2WF3A 4Y38A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YE3 A;  3UDJ A;  4MC1 A;  4R95 A;  3HW1 A;  5HCO A;  4H3G A;  5P1Q A;  4Y4X A;  3R0W A;  5P51 A;  2B42 A;  5I3V A;  1HIV A;  2P3D A;  1AJX A;  2OAH A;  1E81 E;  4ZE6 A;  2P3B B;  5P3L A;  2HB4 A;  3BHE A;  5P0F A;  3D20 A;  2B8L A;  5OZG A;  3URL A;  5P13 A;  4DI2 A;  2JYS A;  5HDU A;  1ENT E;  4J0V A;  2WEZ A;  5HTZ A;  1BIM A;  3F9Q A;  3EM4 A;  4J55 A;  1PFZ A;  3K5F A;  1HVK A;  3LIZ A;  1U8G A;  4EP2 A;  4Z4X A;  5P5R A;  2OF0 A;  4YD3 A;  3TPR A;  3EL5 A;  2HB3 A;  5P3W A;  4EJD A;  1DIF A;  1MTB A;  1UH8 A;  3SM1 A;  5P86 A;  5C9F A;  2QP8 A;  1D4L A;  2I4W A;  2V00 A;  4LHH A;  4PYV A;  3NR6 A;  3IAW A;  3SM2 A;  2OHQ A;  1MTR A;  4Y3A A;  1SIP A;  2PYM A;  3KM4 A;  2I0D A;  3O9A A;  3NUO A;  3LZV A;  2QI4 A;  1E80 E;  3Q3T A;  2OHM A;  4AA8 A;  2F3E A;  4F75 A;  1B6P A;  1ZP8 A;  1FEJ C;  3S43 B;  5DGU A;  2I4D A;  5P2R A;  1APW E;  3TKW A;  5P28 A;  3O9E A;  1DW6 C;  2VA5 A;  5OZ0 A;  4XX3 A;  3GW5 A;  5P7V A;  3SKF A;  4DJY A;  5P76 A;  2ER0 E;  2G94 A;  3EM6 A;  1HTE A;  4DPF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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