5P3DA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 166
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3dA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3dA01
2R9BA 4TVHA 3TOGA 1MSNA 5I70A 2AZBA 2FIVA 4EQJA 2PSGA 5OZ0A 3SA5A 3OOTA 3O9BA 5P2OA 3O9GA 4ER2E 3MSKA 3VYEA 5P1NA 4EQ0A 5T4SA 4H3IA 5OZMA 1TSUA 3IA9A 3LPJA 4QGIA 5SXNA 5P36A 2AOGA 4K9HA 3MXEA 5P4SA 1Q9PA 4Y5AA 3EL5A 2ZGAA 2ZHSA 4CPRA 2QD8A 5P0LA 5AHCA 5OYWA 5P16A 5P5OA 5CONA 4FM8A 4FS4A 2QHZA 5OZXA 3EM4A 4OD9A 2AOHA 5TOLA 4Q1YA 5P4GA 3S54A 4LL3A 2QMFA 1D4IA 5P6OA 3TKGA 4CP7A 4FRIA 4I0FA 5P8FA 1ZAPA 1W5VA 5P44A 1EPOE 3VFBA 1AZ5A 1RQ9A 2QI7A 1EC1A 1B6PA 2MIPA 5P7HA 5P1HA 5P1FA 5E5JA 5P53A 2AOFA 3PB5A 4Z50A 1SDVA 5P1QA 3VF5A 1XN2A 5P5FA 2J9JB 1M43A 3PMUA 5P42A 3OADA 4Z4XA 5OZQA 4PPHA 3NYGA 3RSXA 1FFFC 5P78A 2HB2A 2JJIA 2NNKA 5P0HA 5P1AA 3L59A 5P27A 1HVJA 5EZXA 3HD8A 1LZQA 4ZSRA 1FGCC 5P4BA 5B18A 3NLSA 4R5NA 5OZ7A 1T7KA 3PSUA 1YTHA 5HE7A 4YBFA 4DVFA 3WZ7A 4XX3A 2F3FA 1APVE 5P7PA 5P3FA 3OHHA 2V16C 5P54A 2R43A 3UDPA 3TH9A 3Q70A 4JPCA 3NR6A 5COPA 3K4VA 5OZRA 5P7WA 2ER6E 1A8KA 3OU4A 1MPPA 3FKTA 1QDMA 1Z8CA 2PYMA 3FSMA 4Y3ZA 3LIQA 4NPUA 2HPEA 4FSLA 6FIVA 3VCMA 2QNPA 3OQKA 5P60A 3EC0A 5HDXA 4L7GA 1FG6C 1UH8A 4Y3SA 1MRWA 3SKFA 1ZPKA 1BAIA 2O4SA 4I0GA 1K2BA 5P1WA 4DJVA 5P76A 1ZTZA 3N4LA 1PSOE 3R1GB 3R0YA 3D3TA 1ZPAA 2FXDA 4PZWA 5OZLA 5P5MA 3F9QA 2NMZA 2FDDA 5P6RA 4Y3QA 2IL2A 3HLOA 5BRYA 4GMIA 4E43A 1B6JA 4ZSPA 3EKXA 3Q3TA 1SIPA 5P2EA 2VNMA 1GVTA 4DJUA 5HTZA 5P77A 4Y4XA 4CPXA 5DR0A 5P75A 5P1JA 5P4WA 5P1EA 3OXXA 3QS1A 1LYBA 1DMPA 2B8LA 2IKUA 4Y4BA 2G94A 5AH9A 4WY6A 5P43A 5P13A 1FQ5A 1GNMA 4NJUA 2F81A 3OWNA 5P23A 5P4EA 1CZIE 3G6ZA 2QI3A 3PWMA 5P51A 3SA9A 5P0XA 4KE1A 5P0UA 4ZPFA 2XFJA 5DGUA 1QBTA 1E5OE 4J1CA 5P2SA 3BUGA 4EP2A 2RKFA 3ZKGA 3CICA 3QVCA 1FQ8A 3WZ8A 4WTUA 3IN4A 1AVFA 2OHUA 2PK6A 3T11A 5P50A 1BWAA 3Q4BA 3S56A 5P7MA 5OYTA 5P6SA 4Y3YA 5P29A 1OHRA 4QJ6A 5BS4A 3KN0A 1J71A 4CPUA 5OZIA 5P0PA 3LZVA 2F3EA 3ST5A 4OBGA 1OEWA 1PSNA 2IENA 3AUPA 5P4LA 1DW6C 5P5EA 4K4PA 3S2OA 1VIKA 2WF2A 3MSLA 5P4VA 4I0EA 5P6QA 4Y3MA 4RYGA 1C6ZA 4FM6A 5HVPA 5P6DA 4Y4DA 5P5BA 4DI2A 5P05A 1FEJC 4YHQA 3QAAA 2VJ9A 2PH6A 5EZZA 2IDWA 1DPJA 3PSGA 1BBSA 5DGWA 2O4LA 5P07A 5P6KA 1LYAB 3IXKA 3QBFA 2ZDZA 3IVHA 5P35A 2WHHA 2B60A 4L7HA 1EEDP 5P2FA 2QZLA 4FIVA 5P8QA 3APRE 4R92A 4J0ZA 3O9LA 4EJDA 3VF7A 2Q54A 4H1EA 3TPPA 3BRAA 1D4HA 1MIQA 3OXCA 3HBOA 5KR1A 3KFRA 2UPJA 5P1ZA 3KT2A 1W5XA 5P8HA 4F75A 1TCXA 3ECGA 1TCWA 5P4JA 1SGZA 3KDCA 5P4HA 5OZCA 4BFBA 2XYEA 5F00A 2R5QA 1FIVA 2AVSA 3HDKA 4Y4WA 1HPXA 3OUDA 3EBZA 4Y3NA 3K1WA 5P8SA 3OUBA 4Q1NA 4DQBA 4Y5KA 5AH6A 5P3GA 1FMXA 4CPSA 2HS1A 2VA7A 2IGXA 4Y38A 2RSPA 3IN3A 3DCRA 5P0KA 5P57A 4B1EA 5HE5A 5KQZA 4GJ8A 3OU1A 3SACA 4R91A 4RROA 5P8GA 4I1CA 4MC1A 3UQWA 5OYXA 5P11A 4LHHA 2PH8A 1IVQA 3NWXA 5OZNA 5P55A 5DQ1A 5P5DA 3LZYA 1PROA 1EPRE 3MWSA 3S7MA 4Y36A 1EBYA 5ISJA 5P6YA 4DUSA 4CPTA 4Y3XA 2CEJA 5P4CA 5P5PA 4Z2ZA 1UH7A 3ZKXA 4U8WA 5ER1E 3GGUA 2O4KA 5P79A 3O9AA 3L3AA 5JFPA 1WBMA 1ZLFA 5P48A 3IGBA 5P1CA 3OUCA 1G35A 2AQUA 3PWWA 5KQFA 3TOHA 3PCWA 5OZJA 5P8DA 1GNOA 2J9KA 5P6JA 3LIVA 1U8GA 5P0SA 1HVLA 3PRSA 5P1LA 4GJDA 4GB2A 4IVTA 3KYRA 3PM4A 1SBGA 4NKKA 4J0PA 3G72A 5P7XA 2PQZA 5P81A 1PPKE 1HPOA 3O9EA 3UFLA 1ODWA 3Q5HA 2ZJKA 3DV1A 2QI5A 3CKTA 2QZXA 2SAMA 4MC6A 3IXOA 5P4KA 3KF0A 1MTRA 4KB9A 5P3UA 4M8YA 5I3XA 2ER7E 1A30A 1DIFA 5IE1A 3I7EA 5P7VA 3EM6A 1IDAA 4JECA 4LBTA 3HW1A 3S8IA 1E82E 2BKSA 5P2VA 1HTRB 1ZSRA 3TLHA 4X7IA 8HVPA 4JP9A 5P06A 5P1XA 3PVKA 1RL8A 3HAUA 4EHCA 5HU0A 1FF0C 5P5GA 5P69A 2QI0A 2NTRA 3T3CA 4B77A 2FXEA 4ZLSA 3GI5A 5P52A 1FMUA 4YBIA 1K6PA 5OZZA 4B0QA 4I8ZA 5P8TA 2R3TA 2H6SA 2NXLA 5P0MA 2IS0A 5DR7A 2QU3A 3KFNA 1YTJA 3URJA 5P40A 5P4PA 5P8LA 4APEA 3OY4A 1K6CA 3OQ7A 3BHEA 3EKWA 4OBKA 4LXAA 4OBZB 1EAGA 2G1NA 4J54A 1BDQA 3NDUA 1ODYA 3NU4A 4RRSA 4RCDA 4QLHA 5P0AA 1FB7A 1YTGA 5DPZA 3SM2A 3PGIA 5OZHA 4I0DA 4H3JA 4D8CA 4KUPA 5OZ5A 1T6GA 2R3WA 2Q15A 5P87A 1D4SA 4Y4UA 5P49A 3L5FA 1Z1RA 2A4FA 1A9MA 1EPME 5P3ZA 5KQXA 5P5AA 6UPJA 3LPKA 4Y43A 4DQCA 2VIYA 3DJKA 1XDHA 1MSMA 3BC4A 5P7YA 4Y48A 2BPZA 2QHYA 4PYVA 3CIBA 5HDZA 3RTHA 2R5PA 2R8NA 1FFIC 1W50A 5OZAA 3OOZA 5P2IA 5OZTA 5P8KA 4RRNA 2V00A 5P66A 2B42A 4RGHA 3CKPA 1IIQA 4D89A 3ZKSA 3SM1A 4DJRA 3BVBA 4GJAA 4QJ7A 4UPJA 3EKQA 2G22A 5P5TA 4FM7A 4NJVA 5P45A 1ZSFA 3H0BA 3PMYA 1LF3A 1MERA 4BFDA 3O9IA 3SA7A 4ZPEA 1FLHA 1PPME 5P5NA 6APRE 5HCTA 5OZ3A 2AVQA 5P8CA 1EPNE 2VA6A 3DOXA 1APUE 3UTLA 4COEA 4CPWA 2WF3A 3RVIA 5OZ8A 2IEOA 5P04A 2BPWA 4Y4JA 5P5WA 4R8YA 4A6CA 5KR8A 3K4VC 2I0DA 1K6TA 4Z22A 4HDFA 3S45A 5P0EA 2ZJMA 1KJFA 5P20A 1HXBA 1CMSA 4ZIPA 3S43A 2APRA 3B7VA 3L58A 1LYBB 2O40A 3ZPUA 4CKUA 4PEPA 3LPIA 2NXMA 3NWQA 5P7KA 4XXSA 2JYSA 4NJTA 3URIA 3ZKNA 5J25A 1FQ4A 4YD4A 4DQFA 3VLBA 5P1BA 1LF2A 5IS4A 3GI4A 1IZEA 2ZHUA 1SMRA 1BDRA 3KFPA 2HS2A 3URLA 2Q3KA 4FCOA 5P3AA 2HM1A 1ZBGA 1TW7A 5KQYA 4LXMA 3T7QA 3DM6A 1ZP8A 3LNKA 2QZKA 1ENTE 4RZ1A 5P4TA 5P3MA 1TSQA 1T7IA 3FNUA 1FQXA 1EC0A 4YD7A 1HVKA 4HVPA 3RU1A 4OBHA 5P1RA 5P25A 4OC6B 4B72A 4XKXA 3RTMA 3VV6A 4DH6A 2UY0A 4IVSA 3PBZA 4U7QA 3DV5A 4BELA 3VV7A 3EKPA 5P2AA 4U7VA 3M9FA 5P4UA 2JXRA 5P5JA 1HRNA 3UQPA 2OHMA 2WECA 2IKOA 2G26A 3WB4A 1HIVA 4S1GA 3A2OA 5P8UA 1SDUA 3WZ6A 1B5FB 1K6VA 2V10C 5P46A 3PI5A 2HC0A 3TNEA 3TPJA 5P09A 1W51A 3I8WA 3U6AA 3INDA 4DJXA 2J9JA 2P3AA 3BXRA 3ZKIA 1UH9A 5HU1A 2JJJA 3L5EA 2G20A 2FDEA 4GZFA 3CMSA 5C9FA 2O4PA 3KMYA 4HEGA 1A8GA 2ZJJA 3SA3A 7HVPA 3U71A 5P8AA 5OYVA 2QI1A 3SLZA 5P7QA 5JG1A 4J5JA 5P8RA 4Y58A 5AHAA 1HVHA 3NUJA 2VA5A 4Y3DA 4Y3AA 2JE4A 5P8BA 1GVWA 3UDKA 5P10A 7UPJA 5P58A 1SIVA 2AVVA 1HSHA 3QRSA 5P33A 3LITA 5E5KA 3T6IA 3OXVA 1HPVA 5P47A 2QAKA 4L1AB 2QMPA 3NDXA 3VG1A 4Y53A 2AOEA 5P6GA 5P24A 2QK5A 2OHPA 4ZSMA 2OF0A 5P0FA 5P5QA 3PBDA 4PZXA 3D1XA 2Q64A 1T6EX 1N49A 1DAZC 2ZYEA 5OYZA 5P7AA 4TRZA 2QMDA 3EXOA 1K1TA 5SY2A 1FKNA 1K2CA 5OYUA 4YE3A 3NU9A 1BV7A 3O9HA 1QBSA 5P3NA 5P6XA 4I10A 5P1OA 4GJ6A 2QD6A 2QNQA 1HSGA 5P5VA 4Y47A 3CYXA 1KJHA 3O9FA 3L5CA 1MRXA 5P84A 5P7NA 5P18A 4CPQA 3LIXA 4Y54A 1HPSA 4JPEA 1EBZA 1FG8C 5P2JA 1D4KA 3GI6A 3NXEA 1HIHA 3SFCA 3UQXA 4J1IA 4Q1XA 5OZYA 2ASIA 4FRSA 5P5KA 3D20A 3G70A 4I0IA 4Y39A 1RV7A 5P7LA 3UF3A 4Y5NA 4DQEA 5P5CA 3OK9A 4FSEA 3VV8A 1AXAA 2IGYA 5JFUA 5HCOA 3JW2A 4FRJA 4YOBA 5AGZA 5P0WA 4Y3HA 3OGPA 4ER1E 5P34A 3GI0A 4B1DA 1EPPE 3TOFA 2UXZA 2BPYA 3VYDA 5OZ1A 1HVSA 2CEMA 1YG9A 2V0ZC 4AUCA 5P63A 3N3IA 1HOSA 3IXJA 5P6AA 2AOIA 5P6HA 3EKVA 4Y3GA 1LF4A 2P3BB 5P6MA 4B05A 4YD5A 3EKTA 1XN3A 1LYWA 4AZYA 4YOAA 3TKWA 3TL9A 5HDUA 5P6VA 2P4JA 4TVGA 1DP5A 2Q11A 5P7EA 1D4YA 1PSAA 3CKRA 3GGAA 3B80A 5P86A 5OZ6A 2BKTA 2WEAA 3FNTA 5P2DA 3Q6YA 3ZPSA 3ZOVA 2FMBA 3EL1A 3LZUA 3BUHA 4RCEA 3NXNA 4J1HA 5P62A 1BVEA 1KZKA 1HSIA 3BGCA 1LYAA 1PFZA 4Y3EA 4Y56A 5P3DA 4APRE 4MC2A 1APTE 5P2UA 4RLDA 4QJ8A 3PWRA 3LIYA 1SH9A 4B70A 5OZSA 2FS4A 3TPLA 2AZCA 3OQFA 3UDQA 5P6EA 1HTEA 4EP3A 2Z4OA 3L5BA 5P12A 4Y3LA 3BVAA 1MT8A 5P2XA 4A4QA 1OEXA 3VSXA 5P0DA 5DQCA 1C6YA 3RSVA 2QCIA 5P2RA 3D1YA 1AM5A 2I4VA 4YCTA 5P7ZA 2ER9E 4K8SA 5P6ZA 1HEFE 5CLMA 4Y3RA 5P17A 5KR0A 5P6BA 1WBKA 5P28A 5FIVA 5P82A 2A1EA 1SDTA 5P8MA 1LV1A 1NPWA 2I0AA 1IBQA 1SMEA 4Y3JA 1NSOA 3L38A 3VUCA 4Y5EA 5P3JA 1RPIA 2B7FA 2HB3A 4ZEAA 2NXDA 5P26A 5P7FA 1MUIA 2AODA 1EPQE 3ZL7A 2P3DA 4DJYA 1XL2A 3UDNA 3UDHA 4BEKA 5ER2E 2QHCA 5P8NA 1OD1A 2RKGA 5AH7A 5DQ4A 5P61A 5BWYA 5ENKA 1W5WA 2QD7A 3WB5A 4F76A 3QRVA 2PSUA 3VFAA 4DJWA 1NPAA 4L6BA 3LZSA 5SY3A 3O99A 3S7LA 2OHKA 3SA8A 2XFKA 5P22A 1YM2A 3GGXA 3FNSA 4RCFA 3BUFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2R9B A;  4TVH A;  3TOG A;  1MSN A;  5I70 A;  2AZB A;  2FIV A;  4EQJ A;  2PSG A;  5OZ0 A;  3SA5 A;  3OOT A;  3O9B A;  5P2O A;  3O9G A;  4ER2 E;  3MSK A;  3VYE A;  5P1N A;  4EQ0 A;  5T4S A;  4H3I A;  5OZM A;  1TSU A;  3IA9 A;  3LPJ A;  4QGI A;  5SXN A;  5P36 A;  2AOG A;  4K9H A;  3MXE A;  5P4S A;  1Q9P A;  4Y5A A;  3EL5 A;  2ZGA A;  2ZHS A;  4CPR A;  2QD8 A;  5P0L A;  5AHC A;  5OYW A;  5P16 A;  5P5O A;  5CON A;  4FM8 A;  4FS4 A;  2QHZ A;  5OZX A;  3EM4 A;  4OD9 A;  2AOH A;  5TOL A;  4Q1Y A;  5P4G A;  3S54 A;  4LL3 A;  2QMF A;  1D4I A;  5P6O A;  3TKG A;  4CP7 A;  4FRI A;  4I0F A;  5P8F A;  1ZAP A;  1W5V A;  5P44 A;  1EPO E;  3VFB A;  1AZ5 A;  1RQ9 A;  2QI7 A;  1EC1 A;  1B6P A;  2MIP A;  5P7H A;  5P1H A;  5P1F A;  5E5J A;  5P53 A;  2AOF A;  3PB5 A;  4Z50 A;  1SDV A;  5P1Q A;  3VF5 A;  1XN2 A;  5P5F A;  2J9J B;  1M43 A;  3PMU A;  5P42 A;  3OAD A;  4Z4X A;  5OZQ A;  4PPH A;  3NYG A;  3RSX A;  1FFF C;  5P78 A;  2HB2 A;  2JJI A;  2NNK A;  5P0H A;  5P1A A;  3L59 A;  5P27 A;  1HVJ A;  5EZX A;  3HD8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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