5P3DA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 166
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3dA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3dA01
1PPKE 5DQ2A 5P5QA 3BGBA 5P2AA 5P11A 1FQ7A 1BAIA 1FFIC 4RCDA 3OADA 4GZFA 5OZGA 3PM4A 4ZSMA 4YHQA 1FKNA 2Q55A 5P0NA 3ZKMA 5P06A 5P3LA 5AH6A 5P3SA 5P2QA 1E81E 5P7DA 1CMSA 4EPJA 5P0SA 5ER1E 1QS8A 4FIVA 4J1FA 4RRSA 2I4UA 3PGIA 1ZBGA 3CICA 3HDKA 5OZEA 4I0IA 1YT9A 3T7PA 5P1VA 5ENKA 4L1AB 3ZKGA 1MUIA 2RMPA 2UY0A 3Q5HA 5P79A 4Q5MA 5OYXA 3SKGA 3OXVA 3R1GB 4I0EA 3N3IA 5OZWA 2R3TA 5P0EA 5P7TA 5P5KA 1HVJA 2NXMA 1SBGA 5P55A 1PFZA 5DR8A 5P1WA 5OZ0A 3SACA 2QZWA 5P1QA 3O9GA 1LYBB 3QAAA 5P0FA 3K5FA 1TCXA 1NPAA 4MC6A 5P85A 1AM5A 3GGXA 4CPSA 1D4YA 1HPOA 5P5DA 5P0DA 1IZDA 4Y4DA 1W5XA 1U8GA 5P6HA 5KR1A 3PB5A 4LC7A 4OBZB 2OHNA 2ER6E 5P8BA 1AJVA 3CIDA 1BDLA 5OZSA 5OZ5A 3UQWA 4FM8A 1KJ7A 3SA3A 1B5FA 4FLGA 1Q9PA 3ER3E 2XYFA 5P3QA 3WB4A 4LXAA 3KFRA 4XXSA 4R95A 5P0CA 3PEPA 5OYRA 2HB3A 4Y47A 1DIFA 1EC2A 5P87A 2PWRA 5P8SA 4EXGA 5P7OA 5DQ4A 5P7UA 5OYUA 4DJWA 5P6TA 2R5QA 3LPKA 4FSLA 3OTYA 1BV9A 5OZPA 1YTHA 4YD3A 1D4KA 4Y57A 5P6YA 4Y3MA 3EM4A 5P8JA 5P7EA 5P2XA 4Q1WA 2NTRA 2OF0A 5P0ZA 3UTLA 1D4LA 1LEEA 3KT2A 3B80A 2OHLA 3Q70A 4M8YA 4Y4XA 3SAAA 4QJ8A 1ZAPA 7HVPA 3EKPA 1ZPAA 4COEA 2RSPA 5DR1A 2IGXA 3I6OA 3O9DA 3LIXA 1HSIA 4J55A 5P13A 3PJ6A 4Z2ZA 3QRSA 2B8LA 5CONA 2QI5A 2QMPA 3NU5A 3EKWA 1FMXA 2G22A 2NMZA 3TOHA 5P57A 5P3NA 1PROA 4PHVA 1EC1A 4YCYA 4Y5CA 3CKTA 5DQ1A 3VV8A 4DV9A 5P38A 5OZQA 2G1SA 5P4EA 1MERA 1IBQA 1EPME 4RZ1A 4J0ZA 4D88A 3U6AA 5P1PA 4DQCA 1D4HA 5JFUA 2ZDZA 5P00A 5P1CA 4DVFA 5KR0A 4A6BA 3OUCA 3UQRA 3DCRA 3JW2A 2G27A 5P7SA 1W51A 2PWCA 4QJ6A 3IXJA 1W50A 2IENA 2ZE1A 2VNNA 3DV1A 5P5UA 5P7WA 1W5YA 4GJAA 1MSMA 3R0WA 3S8IA 5OZCA 5HDZA 3UDKA 3OQ7A 5P76A 4L1AA 2B60A 5P48A 4GJ8A 3PLLA 4KE0A 3TTPA 2QHZA 5UPJA 3M9FA 2BPXA 4U7VA 5P14A 2XFKA 1KZKA 1GNOA 5PEPA 2WF3A 5P34A 1SIPA 1KJ4A 3KMYA 5P4SA 5P09A 1DP5A 1K1TA 3URLA 2P4JA 2WF4A 4WY1A 1ZSFA 2AZBA 3KDBA 4Y3FA 2WEAA 1YM2A 3BRAA 4GJ9A 5P16A 1HPSA 2BPZA 1HSHA 5P36A 3L38A 1K6CA 2H6SA 4OBZA 3OHHA 5P1IA 5P0JA 3S85A 5P7IA 3PVKA 4HA5A 5IE1A 5P7LA 4DJVA 3R0YA 2G1RA 3PBZA 3PCZA 4HVPA 2VIZA 5P5BA 3FSMA 2BB9A 4ACUA 5EZZA 5F00A 3RTHA 4R93A 2ZHVA 2AVVA 4D89A 3UQPA 4OBHA 5P7PA 4FM7A 4ZPFA 4J0VA 4D85A 4GJ6A 2AQUA 4DJOA 2FGUA 5OZZA 3TNEA 5P3WA 3FNUA 1LYWB 1M43A 3KM4A 3SABA 2UPJA 7UPJA 1LF3A 2R5PA 4JP9A 3KMXA 1AIDA 4FRJA 2OHTA 1MTRA 3SFCA 2NPHA 4Y4ZA 1KJFA 2QK5A 2CEJA 5P1RA 4Y37A 2JYSA 3SA6A 3OADB 2R43A 3K1WA 4GJBA 5P6DA 4NJTA 2A1EA 3VYFA 1BVGA 3NDUA 3NR6A 4Y4UA 2OHKA 5P5PA 3HZCA 4Y3SA 4FAFA 5P7YA 4J1KA 3NU6A 3VF7A 4S1GA 5E5JA 4RRNA 3TLHA 5P6WA 3OGQA 5P7XA 4B70A 5P5XA 4DQHA 2Q64A 5P83A 3SA4A 1XDHA 1MEUA 5P41A 2ZJHA 1ME6A 3EM3A 5I3XA 3OU1A 4CMSA 5P37A 1EBYA 2ZJLA 4Y4GA 2XFJA 5P4XA 4Y3QA 3I8WA 4GYEA 4DJRA 2ZHRA 4J1IA 5P89A 2O4KA 2IQGA 5P39A 5DPZA 3SA9A 2AIDA 3VUCA 1HXBA 2B8VA 4YD7A 4QJ9A 5AH8A 3UDYA 5E5KA 2AZCA 3S7MA 5HCTA 3GGVA 3BXSA 1G35A 5P52A 4NJUA 1MT9A 5P4ZA 3MXEA 3HD8A 1IDAA 2A4FA 1K2CA 3WSJA 2V00A 4CPUA 1T6EX 5P8RA 3WZ7A 5P77A 3GI4A 2HAHA 5P8HA 1B5FB 3SA5A 2QNQA 1VIKA 3O9LA 5P3MA 4DQEA 4GJ7A 5JFPA 3AIDA 5P2EA 4Q1XA 2O40A 1C6ZA 1FMUA 2AOEA 3QS1A 4Z50A 3UHLA 5P4KA 2P3AA 3QBFA 4Y3EA 5P4DA 3DV5A 3O9IA 5AH9A 1E80E 3VYDA 5KR8A 4K4PA 2WEZA 1RV7A 3BVBA 2VS2A 1WBMA 5P62A 1IDBA 3DJKA 3JVYA 4BFBA 3OHFA 4LL3A 1FMBA 5P5IA 1K1UA 5P5ZA 4X7IA 3VCMA 1GVWA 2F3KA 4DQBA 1HIHA 3PCWA 4HDPA 2ANLA 5DQ5A 5P5EA 4CPTA 1Z1RA 5P12A 5DR0A 1B11A 2Q54A 4L7GA 5OYQA 5P6QA 3ZMGA 3VFBA 4FE6A 5P46A 2HS2A 4EQ0A 5IVSA 3GI0A 1W5WA 5HU0A 4N00A 1RQ9A 5P07A 3FV3A 5P3EA 1HEGE 1LYWA 3U71A 4X2LA 3BXRA 2BJUA 4J1HA 5P30A 3SLZA 3PI5A 1OEWA 2IKOA 4RYCA 4EP3A 3LIQA 4Y50A 2RKFA 2QU3A 1HVRA 3T6IA 4K4RA 4Y41A 2Q15A 5OZMA 3A2OA 4NJVA 5P29A 5P7CA 3OOZA 3OWNA 1EEDP 1HVCA 2JJIA 2WHHA 5P6MA 2QHCA 2I0DA 5P67A 1QBRA 1HVLA 1XL5A 3QVCA 3LHGA 1PPME 1SDTA 1C6YA 5CLMA 2VJ7A 3BUGA 3UQUA 5HTZA 2WL0A 4B00A 4AUCA 3CMSA 5P5GA 5P3RA 3F9QA 3ZOVA 5P50A 1APWE 3D3TA 4CP7A 2I4WA 2OHSA 1G0VA 3NU9A 3EXOA 5HE4A 5P69A 3QN8A 5P1OA 5T4SA 3TPLA 1OEXA 2QI6A 3QBHA 5P7GA 3EMYA 3I7EA 3PSYA 2P83A 3OQAA 5P7HA 5P73A 4QJ2A 4I8WA 5P4BA 1BILA 3IA9A 1XS7D 5HE7A 5P5YA 4HZTA 5P2LA 2AVOA 4CPXA 1PSOE 1EPRE 2AOFA 4FSEA 1B6JA 5P1KA 2AZ9A 4XX4A 2ZHSA 5P3TA 3T3CA 3DUYA 2F81A 5P7KA 2AVQA 3OK9A 2IRZA 5P5RA 4OBJA 4J54A 1SGUA 1PSAA 3MSKA 3K5GA 4CKUA 3U7SA 3Q6YA 4EQJA 3CYWA 4F75A 4GJDA 5P49A 5P1TA 1FF0C 2F3EA 5P0IA 3CIBA 5P64A 3SM2A 4FRKA 5P2RA 5P6JA 5P47A 5P1EA 5OZFA 1EAGA 4Q1NA 5HD0A 3ECGA 1ZSRA 3VEUA 5DQCA 2PSUA 3VSXA 3TOGA 3S54A 3BGCA 5P65A 1QBTA 4YA8A 4HDFA 4D83A 2VA6A 4H3FA 4A4QA 4Y45A 1EBKC 5P58A 2ZHUA 4GJCA 3OQKA 2QI1A 4HE9A 5B18A 5P33A 4JECA 1MT7A 4Y5AA 3KN0A 5P2VA 4Y3ZA 5J25A 3LITA 5KQYA 5P32A 1HTRB 1T7IA 5P7FA 5P18A 2O4NA 2IDWA 5OZYA 6FIVA 4U8WA 3BC4A 4Y4TA 1VIJA 2V0ZC 1DPJA 4YE3A 3N4LA 5HCOA 4Y54A 5P0RA 4DJPA 3GI5A 4Y3NA 5P4PA 4J5JA 4J0YA 1EPPE 3HW1A 1BVEA 1ZTZA 5P60A 5P3VA 2QAKA 2G21A 1TW7A 2Q3KA 1A8GA 3INHA 3EBZA 2PYNA 4Y4BA 4Y3WA 3LINA 1APVE 3FX5A 4Y43A 4H1EA 2PSVA 2SAMA 3S43B 3LPJA 1ZP8A 4K9HA 5P0UA 4H3GA 4I0GA 4JPEA 4DUSA 1A9MA 1OD1A 5OZTA 5P1BA 5P31A 5P4YA 4BFDA 4Y4AA 1HEFE 2HM1A 1SIVA 1HTGA 4Y9WA 5JODA 5KOQA 4F73A 5P1NA 5P1MA 5P8VA 1GVXA 4L6BA 3NDTA 1NSOA 3NYGA 4Y5PA 5P6AA 1FIVA 4RYGA 1LF4A 2G1YA 4KUPA 3OU1B 5SY3A 5P2JA 4Y5MA 5P4NA 4ZSRA 3RSXA 4I12A 1GNMA 1K6TA 2CENA 3PMUA 5P4JA 3OQFA 3FIVA 2VIEA 5P3FA 1EBWA 5P1XA 2QNPA 4OBDA 5P59A 3VF5A 5P04A 2H6TA 5BWYA 1LZQA 2NXDA 3K4VA 5P2DA 5P43A 1GVUA 4Y3TA 4QJAA 3WZ6A 5P7MA 5I3VA 3NWQA 3OOTA 3ZKIA 3KFPA 5P6EA 1NH0A 3TKGA 3I2LA 5P6IA 1APUE 4Y5KA 1B6KA 4GB2A 4K4QA 1ODYA 5P2YA 3GI6A 4YDFA 2QZXA 1GVVA 2AOHA 5DR4A 1QBSA 4GJ5A 3IVHA 5P3GA 5P82A 5IVQA 3QP0A 3O9LB 1HOSA 2PYMA 4DQFA 5ISJA 1HIVA 2R3WA 2HB2A 5SZ9A 4LXKA 1FLHA 2FNSA 4MC1A 3TL9A 5P5FA 4EXHA 3EKXA 5P2NA 3TPPA 4Z22A 1HPVA 4DPFA 1A30A 4NJSA 1HVIA 3OQDA 3T7QA 1IIQA 3UFNA 4CPWA 5P6NA 5KOSA 1EBZA 5P4UA 3KFNA 2VJ9A 1HBVA 2QP8A 5P3XA 3LPIA 2QMDA 4I0ZA 1XE6A 1G6LA 4PZXA 1W6IA 2G20A 5P6RA 2OAHA 5OYYA 4I10A 2B7FA 2MIPA 4WTUA 2I4XA 2ZJMA 2BKTA 5P6GA 1UPJA 3K4VC 2Z54A 5P5HA 3RSVA 3L3AA 4CPQA 3VV6A 5OZDA 3OXWA 2IKUA 4EJDA 3UDJA 5ER2E 5P5SA 1K6VA 3NU4A 3K5DA 2AVMA 2VIJA 5KQZA 3OXCA 4Y5LA 5P0WA 3R4BA 3APPA 5OZBA 4KB9A 2AVSA 1FQ6A 2IS0A 2IL2A 1ODWA 3IAWA 4ZE6A 5P0VA 5P2TA 5P74A 2JE4A 5P03A 2HB4A 2PK5A 2NMYA 5P63A 3NU3A 2WKZA 4U7QA 1F34A 5P1UA 1BXOA 2R9BA 5P6SA 5P2IA 1TSUA 3S53A 5P20A 4DJUA 1IVQA 4Y38A 4B1EA 4Y56A 5P8TA 5OZ7A 5P6UA 1F7AA 5KQFA 1WBKA 3S43A 2BKSA 5P6PA 3EM6A 5OYSA 3AUPA 5P25A 2F3FA 5P4MA 4R91A 2VA5A 1MESA 4MC2A 4A6CA 5P2CA 5P26A 1GNNA 2OHQA 5P3OA 3NDWA 4APEA 5P3IA 3TOFA 3EKVA 5P2ZA 2V11C 3KFSA 2ER7E 2ZJKA 4I0HA 1YTIA 5P7ZA 5I3YA 2G1OA 1HRNA 4H3JA 4I8ZA 2BQVA 5P6OA 5P2BA 4OD9B 5P7JA 5BS4A 5P3DA 3FNSA 5AGZA 3UDPA 5HE5A 3NXEA 4JPCA 1HWRA 5P3KA 5P2HA 4BELA 2VKMA 5P2OA 3UCBA 1FQ4A 1BIMA 5ENMA 4PYVA 4Y5EA 5P86A 2J9JA 3UDNA 3OUBA 1E82E 4WY6A 5HDUA 5P1JA 1CPIA 1LYAB 5P8MA 3HVGA 3SM1A 3L5BA 3INEA 2QI4A 5P84A 1XN3A 3APRE 2ZJJA 4Y3JA 2I4QA 4ZPEA 5OZJA 4D8CA 4Y3AA 5OYTA 5FIVA 3Q3TA 3LZVA 5P68A 1HVHA 5OZ8A 5OZNA 5P0YA 5P75A 4B05A 5P3JA 5P8PA 5TOLA 3ST5A 1B6PA 2R38A 2AOCA 2HS1A 5OZVA 1EPNE 5P66A 2V12C 1MRXA 3MXDA 1RNEA 5P6FA 4F74A 1EC3A 3SPKA 1BDRA 3WZ8A 1FEJC 3L5FA 5COOA 5P22A 5P5LA 3L59A 3CKRA 1HTEA 3ZLQA 4FGXA 5P0TA 1LF2A 3QIHA 5P4CA 3O9HA 2F80A 2AODA 2VNMA 1M4HA 4RROA 4ER2E 1MRWA 2PH8A 3ZPTA 1SGZA 2Q11A 4J1EA 1K2BA 3EL9A 4FL8A 2FDDA 3DCKA 5P1LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1PPK E;  5DQ2 A;  5P5Q A;  3BGB A;  5P2A A;  5P11 A;  1FQ7 A;  1BAI A;  1FFI C;  4RCD A;  3OAD A;  4GZF A;  5OZG A;  3PM4 A;  4ZSM A;  4YHQ A;  1FKN A;  2Q55 A;  5P0N A;  3ZKM A;  5P06 A;  5P3L A;  5AH6 A;  5P3S A;  5P2Q A;  1E81 E;  5P7D A;  1CMS A;  4EPJ A;  5P0S A;  5ER1 E;  1QS8 A;  4FIV A;  4J1F A;  4RRS A;  2I4U A;  3PGI A;  1ZBG A;  3CIC A;  3HDK A;  5OZE A;  4I0I A;  1YT9 A;  3T7P A;  5P1V A;  5ENK A;  4L1A B;  3ZKG A;  1MUI A;  2RMP A;  2UY0 A;  3Q5H A;  5P79 A;  4Q5M A;  5OYX A;  3SKG A;  3OXV A;  3R1G B;  4I0E A;  3N3I A;  5OZW A;  2R3T A;  5P0E A;  5P7T A;  5P5K A;  1HVJ A;  2NXM A;  1SBG A;  5P55 A;  1PFZ A;  5DR8 A;  5P1W A;  5OZ0 A;  3SAC A;  2QZW A;  5P1Q A;  3O9G A;  1LYB B;  3QAA A;  5P0F A;  3K5F A;  1TCX A;  1NPA A;  4MC6 A;  5P85 A;  1AM5 A;  3GGX A;  4CPS A;  1D4Y A;  1HPO A;  5P5D A;  5P0D A;  1IZD A;  4Y4D A;  1W5X A;  1U8G A;  5P6H A;  5KR1 A;  3PB5 A;  4LC7 A;  4OBZ B;  2OHN A;  2ER6 E;  5P8B A;  1AJV A;  3CID A;  1BDL A;  5OZS A;  5OZ5 A;  3UQW A;  4FM8 A;  1KJ7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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