5P3EA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 167
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3eA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3eA01
4RCFA 1LZQA 5P5WA 4GJBA 4XXSA 5P32A 3K5CA 4I0IA 1FG8C 5P8DA 4Y5EA 5P12A 3UF3A 3SM2A 1SIVA 1GVTA 3OXWA 4GJ6A 5P1TA 3UDRA 1HPOA 2B8VA 1LYAA 1XL5A 1RPIA 4HA5A 5P27A 3UPJA 4ACXA 3CICA 5HE7A 5OZVA 3KDBA 2G21A 2RSPA 1MTRA 2QI6A 4L1AB 5P69A 3VSXA 4YBIA 4OBFA 3UDNA 4U7VA 4Y44A 2WJOA 1EBZA 2PQZA 5P5OA 1SGUA 3B80A 2BPYA 3EKVA 4YHQA 5P4MA 4APRE 1NPWA 3RSXA 3VF5A 1ODWA 5IVRA 1G2KA 4AMTA 3K4VC 1LYWA 3GGVA 3GGAA 7HVPA 5P7TA 3ZL7A 5OZ8A 3S43A 5OYYA 3BVAA 3QVCA 5HDUA 5P7RA 4DQGA 1TQFA 5P6FA 5P50A 1A8GA 5OZPA 2AODA 2Q11A 4Y5LA 5P82A 1HPSA 3BGCA 1BDLA 5DR3A 5BRYA 4CKUA 4Y6MA 1HVKA 5P33A 1HSHA 2NMZA 5P1IA 4OBZB 5P0JA 5P8JA 3CMSA 4I0JA 5P04A 3NSHA 3NR6A 4DJVA 5COPA 4HDBA 3OGPA 4AA8A 4D83A 4JP9A 5P61A 2WL0A 4ER4E 5P8SA 1RQ9A 3T7PA 2VA6A 5SY2A 2VIEA 4Y3NA 3NDXA 3L58A 5P43A 1APUE 2AVVA 4CP7A 4PPHA 5P7UA 1YTJA 3IAWA 5P4FA 5P78A 2PSGA 5P59A 3KT2A 1K6CA 5P6RA 2FNSA 5I3WA 7UPJA 3ZPTA 2F3FA 5P7AA 3H5BA 1WBKA 2J9JB 5KQZA 2AZ8A 3GI6A 1SP5A 5HE4A 4EWOA 5TOLA 2JXRA 4R93A 2QCIA 2V00A 2NXMA 5P2RA 3CYWA 4D85A 3QS1A 5EZZA 1AZ5A 4Y4UA 5OZYA 5P57A 3UDQA 5COKA 5P6AA 2IRZA 5P1BA 5ISKA 5P2UA 1TSUA 3IGBA 1GVVA 3I25A 4Q1NA 4TVGA 5DQ2A 2FDPA 3OADA 3S2OA 4JOOA 2G24A 4TRYA 1D4YA 4NKKA 3NLSA 2I4DA 5P1HA 4Y45A 2WKZA 5P36A 5P0MA 3O9BA 4I0DA 3WSJA 5OZ1A 3MSKA 4DJYA 4MC9A 4GJ5A 1T3RA 5P3VA 2P3CA 4RROA 3QRVA 1ZTZA 4GZFA 1MRXA 5OZAA 4BFBA 5P3LA 1YM2A 1Q9PA 4Q1WA 3UFLA 4LBTA 2QI5A 2I0AA 3TL9A 3HW1A 4Z2ZA 1HPVA 2IEOA 3PM4A 5P2JA 4ZPEA 5DR4A 1DW6C 1W5WA 5P5ZA 4H3GA 5P2XA 2HPEA 3RVIA 2AOEA 4OC6A 1IBQA 1QBRA 2O4NA 1D4LA 3OOTA 5P34A 3KMYA 6APRE 5KAOA 3OQ7A 1B11A 2R5QA 2CEJA 4B1DA 1RNEA 5JFPA 1HWRA 2V10C 3OUAA 4EJDA 1FQ6A 3LZYA 2J9KA 4RVXA 2VKMA 2QMFA 1ZBGA 5OZ6A 5P4IA 1LS5A 3NDTA 3OU3A 3NU9A 4Y3SA 4IVSA 5P8QA 4EQ0A 5P1NA 4XX4A 1ZJ7A 3PEPA 3SM1A 4I8WA 4D88A 1HRNA 3LIQA 3LITA 4EYRA 1ZAPA 5P5MA 3SAAA 4Y5KA 3L59A 4FIVA 1MT8A 4DQCA 3GGUA 2O4KA 2VIZA 2Z54A 4YDGA 3O9CA 1T6EX 3UTLA 5P3QA 3UQWA 2VIYA 3PCZA 2QMPA 2QU2A 5P6JA 2IGXA 4Y5BA 3KFNA 2Z4OA 2G1SA 5DGWA 2H6SA 3PI5A 1YG9A 3TKWA 4JECA 3EKPA 5AHAA 4YDFA 3NWXA 4D89A 5OYQA 2ZJIA 1IDAA 1RL8A 4OD9A 5P5KA 1FQ8A 1IVQA 2G1NA 2UY0A 3WZ6A 4MC1A 5OZLA 2OHNA 4WY6A 1PSAA 4J1HA 4Y9WA 3VYFA 2AOJA 3S7MA 3OADB 2G94A 5P37A 5P66A 4H3FA 5P89A 3O9AA 5OZCA 2ZJNA 3BXRA 3OOZA 4RGHA 1AVFA 4J5JA 5P5JA 1B6KA 4J54A 1C6YA 2I4QA 1E5OE 2QI1A 4FS4A 1FF0C 3SACA 3KM4A 2ZHRA 2VJ7A 4CPXA 5P3FA 1B6MA 5P4TA 3IVIA 5HTZA 4KB9A 3TNEA 4DQHA 5SXNA 2AZCA 4D8CA 2PC0A 2IL2A 1B6PA 3RSVA 5P1AA 1CPIA 3O9DA 5P87A 1HTEA 3KFRA 2ASIA 5P0GA 4GJ9A 2NXLA 2QU3A 2ZJHA 2V11C 4B77A 2B7FA 5P16A 4Y56A 5P3PA 2WEDA 3MXDA 3NDUA 3VYDA 5P26A 4Y3QA 4Z22A 5P5NA 1HEFE 5P2EA 5P0XA 5P3IA 1HVSA 2B8LA 4YD6A 3URJA 3L38A 1W5XA 5OYXA 1D4KA 4U8WA 1W6IA 5C9DA 5P6LA 3QRMA 2BJUA 3S8IA 1ZSFA 4YOAA 2WF4A 1PROA 5P0DA 5P7HA 4FGXA 1HVJA 1UH9A 4XKXA 4F74A 1B5FB 1AJVA 3L5DA 5P7YA 1APWE 3TKGA 4QJ8A 4TRWA 4DFGA 2JJJA 4Y4ZA 5P22A 1BIMA 3NWQA 4ZIPA 5P2AA 4Y4JA 1SGZA 5BS4A 4CPUA 4ER2E 1WBMA 3ZOVA 5P62A 3QN8A 2VS2A 5OZUA 5P3GA 5P14A 3CKTA 1W6HA 4YCKA 2AOIA 4S1GA 2G20A 4DJRA 3LPIA 3EL1A 1MESA 2HS1A 3KT5A 4Y4TA 4QJ2A 3O9IA 4R95A 2WHHA 3N3IA 1KJHA 4RCEA 3IXJA 5P0VA 3N4LA 5P68A 1HSGA 5OZZA 2QZLA 5ER1E 4ZSQA 4B05A 2FXDA 4R8YA 3GI5A 5P23A 3MSJA 1MPPA 5P7JA 1PPLE 3B7VA 3I8WA 2QHZA 2P3BB 5P8TA 1B6LA 5OZWA 3VYEA 5ENMA 1META 3OXVA 3LZUA 3SA5A 5P1EA 3UDHA 2F3KA 4Y39A 2PSUA 3L5CA 3VF7A 3OQKA 5P6HA 5P55A 5OZOA 4Y3YA 1K6TA 1TZSA 5P5FA 3S53A 1EPRE 3I7EA 2FLEA 3MWSA 1IIQA 4OBKA 4DQEA 1FQ4A 1MIQA 1ENTE 1EPOE 5P77A 5P03A 1FEJC 1ZP8A 1QRPE 5P65A 1BBSA 3T7QA 5P4UA 3ZPSA 3Q3TA 5P18A 4J1EA 5JG1A 2OAHA 5P8LA 4F73A 2QMGA 2G27A 5P0BA 2IQGA 5P0PA 3WB5A 1CZIE 1LYBA 1UH7A 4B1EA 5P3UA 5P6XA 1BXQA 1EEDP 2QI4A 4Y5PA 1FQXA 5KQYA 5P8IA 2WF2A 4PHVA 5AHBA 5P2SA 3VV7A 5P84A 4HDPA 1HVCA 2G1YA 4K4PA 4RVIA 2R38A 2F80A 2Q5KA 5HD0A 1TSQA 3UQUA 5P13A 5P19A 5P3CA 5P3BA 4GJDA 1IZEA 3EM3A 5P8MA 5P4EA 3OQAA 5AHCA 1KJ7A 4ZSPA 3HLOA 4Q1YA 1BAIA 4BELA 1AIDA 1QDMA 4Y3EA 4GJ8A 1SMEA 5P0KA 5KR2A 1XN3A 5P7NA 1HBVA 2I0DA 4I1CA 3FX5A 3SA6A 2VJ9A 2XYFA 4NPUA 2ER0E 4JPEA 2OF0A 4J0VA 3VEUA 4PEPA 1DP5A 1GVXA 2O4LA 5I3YA 5P4DA 5OZNA 4EP3A 5DR8A 3S7LA 5OZIA 3LIVA 1J71A 5T4SA 3IN4A 2WF0A 3KFSA 4RLDA 5P1PA 3FNTA 3EBZA 3OK9A 4I8ZA 4EJLA 5P67A 5OYSA 4NJSA 5HDZA 5P3AA 4Y51A 2ZJKA 4Y3RA 3HBOA 2RKGA 3O9LB 1E80E 4J0YA 4I12A 5P7OA 4QJ7A 1Z8CA 3ECGA 5OZBA 1B6JA 5P7FA 2I1AA 4IVTA 2HC0A 5P8OA 5P4AA 3G6ZA 5E5KA 5JODA 2RKFA 5P0IA 1GKTA 5P2KA 5UPJA 4Y47A 5OZ4A 1C6XA 3EKXA 3SFCA 1HIIA 1VIKA 5P5HA 5P3XA 5P6NA 3OGQA 1FQ7A 2QD6A 3KF0A 1EPPE 4TVHA 5P44A 5P6YA 5P1JA 4DJUA 3IVHA 5P07A 5P3JA 5I3VA 4FRIA 4QGIA 3SA7A 3UHLA 3PGIA 1Z1RA 4PZXA 1EBYA 2V13A 4QLHA 1GNNA 5P2ZA 2XFJA 4FSLA 4LHHA 5P2HA 4I11A 5P42A 3AIDA 3PBZA 5P3MA 5B18A 2G69A 3UQXA 3UQPA 2OHUA 3C9XA 2PK6A 4HEGA 2V16C 3UFNA 4DV9A 4NPTA 1BWAA 2QI3A 5HU1A 5OYZA 5DR1A 2I4UA 2Q54A 5P0SA 1MUIA 5OZFA 4WY1A 4Y41A 1UH8A 5OZ3A 1XL2A 2VNNA 2OHLA 1LYAB 4DJOA 5P8CA 2VA5A 4EXGA 5P3HA 2O4SA 2OHRA 2ZGAA 1QBTA 4A6CA 5P4KA 5HVPA 4FM6A 3O99A 1AM5A 1MSNA 4Y38A 1FFIC 3INEA 1K2BA 1EC2A 2R3WA 4LXMA 4DJWA 5OYVA 3Q6YA 2JYSA 4J17A 4Y5AA 1IVPA 2BPZA 5P09A 1FLHA 4RRNA 1LYWB 5P4HA 3QI1A 5P49A 3S43B 3DV5A 2JJIA 4X2LA 3G72A 5P39A 5P1MA 3OU4A 3LZVA 5OZ2A 3TTPA 5P8NA 3SA9A 3CYXA 2HB4A 5OZEA 3SA3A 5OZSA 2F81A 1LF3A 1HIVA 4I0FA 4APEA 3EL4A 2Q63A 5P1CA 5P40A 5P0ZA 5P3TA 5P6BA 5P8RA 2O4PA 5P1ZA 4FM7A 3PLDA 4B00A 3D1ZA 3S45A 5IVTA 5P63A 3VFAA 5P7GA 4LXKA 5AH9A 2QZWA 1EPLE 1A30A 5P1RA 3ZKXA 4FCOA 3UQRA 3BGBA 2ZHTA 5KQXA 4J0PA 5P5YA 3TPRA 4Y3AA 5OZXA 5P5DA 1SH9A 2IDWA 1MTBA 5P6MA 5OZJA 2XYEA 1HPXA 2B60A 1LF2A 5HDXA 1ZSRA 1YTHA 5P6PA 4DJPA 3IN3A 2WF3A 1TCXA 3OHFA 3ER3E 5CLMA 5P30A 5P8AA 4LAPA 5P7IA 1HVRA 1IZDA 3O9GA 5P3RA 3VUCA 3TPLA 5P1SA 3K1WA 2UPJA 5P3WA 4Y53A 2Q55A 4Y5GA 5P3SA 3SLZA 4AZYA 5P76A 3NXNA 2AOGA 3A2OA 2XFIA 4CPRA 4Y43A 3PBDA 5OZGA 5P0LA 3OAGA 1FKNA 1KJ4A 1N49A 3S85A 3SPKA 4EP2A 3ZLQA 4Y3FA 1NPAA 1FMUA 5ER2E 1TCWA 3LNKA 4FE6A 5P01A 2PH6A 5JFUA 2ER6E 5P4CA 4RVJA 3BVBA 5AH6A 3PVKA 5OZHA 3EXOA 5P72A 3Q70A 2FNTA 4GJCA 4ZLSA 1D4JA 1HSIA 5P3ZA 2A1EA 2G1OA 5P08A 2PMAA 1OEXA 5OZQA 3UDPA 3PB5A 2ZE1A 4OC6B 4EQJA 5P5IA 2ANLA 3OU4B 2NNKA 4H3JA 2BQVA 3NU4A 5P35A 4CPWA 3PWWA 5P2TA 4HZTA 1APTE 3INFA 3OHHA 3ZKGA 5P74A 5DQCA 1SDVA 3PWRA 3I2LA 1EC0A 3M9FA 2HPFA 1PPME 5P41A 4F75A 1BDRA 5P64A 1K2CA 1MT7A 5OZRA 5P7XA 2PYMA 3EM6A 5P2BA 1DPJA 3PI0A 1W5VA 5P2OA 1DMPA 3OUDA 5P0UA 1EPME 1MT9A 4MC6A 5P3YA 3T3CA 4GJAA 1PSNA 3IA9A 4FAFA 1EAGA 2JE4A 4HVPA 5P5CA 3BRAA 5P2CA 4ZEAA 4KE1A 4Y36A 2P8HA 5P1XA 2VIJA 5IVSA 5P6OA 5P1FA 5P51A 4DPFA 3VFBA 4EXHA 6FIVA 5P1YA 4ACUA 5BWYA 4GYEA 5P7DA 5P8VA 4B1CA 3EC0A 2ZHSA 1HVLA 5OZMA 1BWBA 5P0QA 2QHCA 1FGCC 5P2QA 5DPZA 1WKRA 5P71A 1HXWA 4XX3A 3KFPA 3KN0A 3QAAA 4OD9B 4J1FA 1ZPAA 4CPQA 2WEZA 5P2YA 3HAWA 5P4BA 1ODYA 5P15A 3K5GA 4Y58A 5E5JA 3CIDA 3INHA 1MVPA 5P4QA 5P7EA 3INDA 5P6KA 1W50A 5P7SA 2R9BA 4YD3A 1YX9A 3OAGB 3GW5A 4L1AA 4FLGA 1FMXA 2R5PA 3KMXA 5P7MA 5P5LA 3O9FA 4Y54A 3URIA 2VJ6A 3HDKA 1OHRA 3D1YA 3U71A 1DIFA 3CKRA 4Y5NA 1KJFA 2FMBA 3AUPA 2AZBA 4NJTA 4RZ1A 5P54A 1LF4A 4I0ZA 2SAMA 1PFZA 5P56A 5P6QA 4R5NA 2FIVA 4EJKA 1EPNE 5P8KA 5DGUA 5AH8A 4B70A 3PMYA 2OHSA 5SY3A 4R92A 4COEA 4JPCA 4OBZA 3LIZA 3QVIA 4FRKA 4OBHA 2Q3KA 2QD7A 1KZKA 3H0BA 1AJXA 4DQBA 3OQFA 1BVEA 5P5PA 5P4JA 3FNSA 2I4WA 2OHQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RCF A;  1LZQ A;  5P5W A;  4GJB A;  4XXS A;  5P32 A;  3K5C A;  4I0I A;  1FG8 C;  5P8D A;  4Y5E A;  5P12 A;  3UF3 A;  3SM2 A;  1SIV A;  1GVT A;  3OXW A;  4GJ6 A;  5P1T A;  3UDR A;  1HPO A;  2B8V A;  1LYA A;  1XL5 A;  1RPI A;  4HA5 A;  5P27 A;  3UPJ A;  4ACX A;  3CIC A;  5HE7 A;  5OZV A;  3KDB A;  2G21 A;  2RSP A;  1MTR A;  2QI6 A;  4L1A B;  5P69 A;  3VSX A;  4YBI A;  4OBF A;  3UDN A;  4U7V A;  4Y44 A;  2WJO A;  1EBZ A;  2PQZ A;  5P5O A;  1SGU A;  3B80 A;  2BPY A;  3EKV A;  4YHQ A;  5P4M A;  4APR E;  1NPW A;  3RSX A;  3VF5 A;  1ODW A;  5IVR A;  1G2K A;  4AMT A;  3K4V C;  1LYW A;  3GGV A;  3GGA A;  7HVP A;  5P7T A;  3ZL7 A;  5OZ8 A;  3S43 A;  5OYY A;  3BVA A;  3QVC A;  5HDU A;  5P7R A;  4DQG A;  1TQF A;  5P6F A;  5P50 A;  1A8G A;  5OZP A;  2AOD A;  2Q11 A;  4Y5L A;  5P82 A;  1HPS A;  3BGC A;  1BDL A;  5DR3 A;  5BRY A;  4CKU A;  4Y6M A;  1HVK A;  5P33 A;  1HSH A;  2NMZ A;  5P1I A;  4OBZ B;  5P0J A;  5P8J A;  3CMS A;  4I0J A;  5P04 A;  3NSH A;  3NR6 A;  4DJV A;  5COP A;  4HDB A;  3OGP A;  4AA8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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