5P3KA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 173
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3kA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3kA01
5OZEA 5P02A 3VV6A 5P60A 2CENA 3SO9A 2AODA 3NLSA 4Y3AA 4KB9A 1LS5A 3NDXA 1HVKA 3K5DA 3SA5A 4GJAA 1K6VA 4NJUA 3IN4A 4J54A 2H6SA 3WZ8A 5P1MA 5ER2E 5P6NA 5P09A 4FM6A 5DQ5A 5P2TA 3I2LA 3HW1A 1QBSA 2Q3KA 5P5IA 5DR7A 2HS2A 4ZIPA 2AVOA 1IZDA 3MSKA 4Y3SA 5I70A 2OHTA 5P3UA 2B8LA 2WECA 3G70A 5P2SA 4LXAA 5P53A 1LYWA 1F7AA 4J0ZA 5P5CA 3OQDA 1U8GA 1YTIA 2OHRA 7UPJA 1G35A 4Y5EA 3OGPA 3IN3A 4J1EA 3F9QA 3H5BA 2BKTA 1EPQE 1PPKE 4GB2A 3K5GA 4DJPA 4Y4GA 4L7GA 2FDPA 1DPJA 3GGXA 1G6LA 1LV1A 5P8BA 6UPJA 5P6BA 4R8YA 1HVLA 3LPIA 3VFBA 3D3TA 5P2QA 1FMUA 4YD6A 2ZE1A 3QBHA 5P8LA 3QROA 1LZQA 1AZ5A 4MC9A 4M8XA 3URIA 4I11A 4AUCA 2XYFA 5P64A 4DQEA 4RGHA 5P3LA 3VV8A 1IZIA 3FNTA 1APVE 5P88A 5J25A 4QJAA 5P5MA 2Z4OA 1FLHA 1FQ4A 2XFKA 5DPZA 4J1HA 4CMSA 2MIPA 2QD8A 5P7LA 2VKMA 4DQHA 4KUPA 2IGXA 4R5NA 3O9BA 4Y4WA 4R95A 4Y3DA 4YD3A 4LP9A 1MERA 5P7EA 1HTEA 1W5VA 1XDHA 4GJ5A 2PSVA 3Q4BA 1LYBA 1SMRA 5OZDA 4B1EA 2QHYA 5P2HA 3UQPA 3WZ6A 4B1CA 3BHEA 5CLMA 2I4UA 4A6CA 2QZLA 2Z54A 1BVGA 3O9HA 5ER1E 4QJ6A 2PSUA 2CEMA 1W5XA 2ANLA 5OZKA 5OZ8A 1MPPA 2Q55A 3U6AA 4Y5KA 5P1NA 3TOFA 4I0GA 2FNTA 1GVWA 4CPXA 3EKXA 3S53A 4AA8A 1BILA 5P6ZA 2QCIA 5P2VA 5OYZA 5P7MA 5P5OA 3QRVA 3EMYA 5P2CA 3L3AA 5P6QA 7HVPA 3PWRA 4Y3JA 4DVFA 4YBFA 4Z50A 1A30A 2JXRA 3I8WA 3K1WA 2BKSA 5KR8A 1T7KA 3OUDB 1C6ZA 4HZTA 2QU2A 4EJKA 5P7FA 2NMYA 5P2JA 1OEWA 4Y9WA 3GGUA 4L1AB 4I0HA 1GVXA 3LIYA 1BV7A 4RCDA 5P1LA 2R43A 5P1TA 1IBQA 5P6VA 1E80E 5P6CA 3UDJA 5P7RA 3DCKA 2PK5A 1KJFA 2P3DA 2PMAA 1AVFA 1JLDA 4Y37A 5OZJA 1Z1HA 5P8DA 1SDTA 2VA6A 3UFLA 3OHFA 1LF4A 5KR0A 3RSVA 5P3XA 4CPUA 3VF5A 2ZGAA 3RU1A 3S43B 3ZPTA 3APRE 4NPUA 5P0GA 5P6YA 2VS2A 2FGVA 2ASIA 2XFIA 4Y3LA 4BELA 4I0DA 5P19A 5P4SA 1ZJ7A 3NXNA 4Q1NA 5P2WA 4U8WA 4A4QA 5P6DA 3ER5E 4Y3PA 3UDMA 5P0CA 5P2LA 1BXOA 1UPJA 5P4LA 4UPJA 5P4IA 1MIQA 5P81A 5P4DA 1WBMA 4R92A 1K6PA 2XYEA 3PSUA 3R4BA 3UDQA 5KQZA 5P8IA 5P2AA 3LPJA 3TKWA 3KDDA 3PI5A 5OZ2A 3TPJA 1YX9A 2BBBA 5AH7A 3MWSA 3NDUA 3PMYA 5PEPA 5KOQA 4HDBA 3T7PA 5OYQA 5P44A 4I8ZA 2VIYA 4HDFA 5P40A 4D85A 2UY0A 3PWWA 5P54A 5P39A 3QN8A 2XFJA 5OZOA 1T7JA 5P4GA 5P1WA 2F3FA 1FQ5A 3IGBA 3SA7A 3T3CA 1IZEA 5P3GA 2WF1A 1T6EX 5COPA 3OAGA 3OTSA 5I3VA 1MRXA 5P57A 1ME6A 1HSGA 5EZZA 4AZYA 2P3BB 2PC0A 3EL0A 5P36A 5OZRA 2I4QA 2ZJMA 3ZL7A 3JVYA 5C9DA 4Y4AA 2F3KA 3K5CA 4B0QA 1DMPA 5ENMA 3UDYA 5P87A 1PPME 2WF3A 1AXAA 5P18A 5KQXA 3M9FA 5OZ1A 3QPJA 3T6IA 3OK9A 3LHGA 2G1RA 2QMGA 3PCZA 3S54A 4CPWA 5P3WA 3NUOA 1FQXA 3O9EA 1PROA 2BPVA 2QNNA 2RKGA 5P3RA 4FAFA 3DUYA 5HE7A 2QD6A 5P6EA 1MT8A 2QAKA 2QZKA 3IA9A 5P77A 3TH9A 3KM4A 2J9KA 5P3MA 1MT9A 3LIVA 3OUAA 4RRSA 2NNPA 2FLEA 5P6OA 5P7NA 3QI1A 4CPTA 4K4QA 5P0VA 4ZPFA 2G20A 5P8JA 4XX4A 3VSWA 4Y44A 4FIVA 3VF7A 1ZPAA 4NPTA 5TOLA 3TPRA 2I4VA 3ECGA 4Y3HA 1B11A 2QI0A 2OF0A 1EPME 5DGUA 5P7WA 4Y6MA 2NMZA 2AVMA 2I0AA 5P4PA 3FSMA 1W5YA 3KT2A 2WF0A 5P2GA 4DV9A 2ZHUA 4OBFA 5OZ7A 5OZ3A 4Y3YA 3GGVA 2I4DA 1GVVA 1MRWA 3HZCA 3O99A 5P4YA 4Y56A 1QRPE 3QVIA 2ER9E 5P1AA 2VIZA 5OYXA 5P6TA 5P5BA 2PK6A 5KOSA 4RLDA 4Y57A 5P16A 3KFSA 1GNMA 4S1GA 4FM7A 1TSQA 2G1NA 4Y4JA 5SXNA 5COKA 5P1OA 2BJUA 1EC0A 3PMUA 3T7QA 2OHKA 1K2CA 5EZXA 2FXEA 4ZSRA 3FV3A 4PEPA 3OU4B 4H3JA 4YD5A 1A8KA 1CMSA 3QS1A 1HBVA 3OQFA 5P15A 4YA8A 1ZLFA 3NU9A 1HVRA 4J0VA 4X7IA 5P82A 3HD8A 3EKVA 3UFNA 3S7MA 5AH6A 5IVSA 2AOEA 2QMDA 5I3YA 2OHMA 3G6ZA 5P7JA 5P04A 5P4AA 3BUGA 5P7UA 4H1EA 5P5VA 2SAMA 4Q1WA 3IXKA 2QNQA 3UQUA 5OZGA 4DPFA 3VYEA 2RKFA 5HCTA 1D4YA 4RYGA 5P1ZA 5P5FA 3VYFA 4M8YA 5SY2A 5P84A 2PYNA 4GJCA 5HDUA 2VA7A 4ACUA 5P6IA 2VNMA 1HVSA 4B00A 3OQAA 4Q1XA 3OXCA 4EJLA 3EXOA 4CPSA 5P7BA 3OUBA 4OC6B 1OHRA 3LIXA 3ZLQA 2IS0A 5P30A 1ZPKA 5P6UA 2NR6A 1LEEA 5P63A 2QI6A 5P37A 3OOTA 2FXDA 4Y50A 3URLA 4DJOA 4LAPA 5P3QA 5P2ZA 5P61A 5P8MA 3UHLA 2JJJA 1WKRA 5P0DA 4FL8A 2R38A 1KJGA 5DGWA 3D20A 4L7HA 1ODXA 2WJOA 5HE4A 4I1CA 3OQKA 5P1SA 3EKTA 1APTE 4FGXA 5P28A 5P4NA 4WY6A 4B72A 4J0PA 1B6MA 5AH8A 2QMPA 5P2IA 3OUDA 2ZJJA 5P4HA 5P72A 4QGIA 5P8VA 3HLOA 1BVEA 5P7TA 4B77A 2IKOA 3GW5A 4L1AA 5P1VA 1XN3A 3BRAA 3H0BA 5OYSA 5P0YA 1MT7A 4IVSA 1PSOE 1Q9PA 5P75A 5P71A 4DUSA 5P59A 5OZWA 3S7LA 4QJ8A 2R3WA 5OYTA 4NJSA 2G1YA 3Q5HA 5P5JA 5P4MA 2ZHRA 1BBSA 3RVIA 5HE5A 4Y4XA 4GJ8A 2HB3A 4Y5GA 2QZXA 2CEJA 3SA6A 5E5KA 3SKGA 4TVHA 3S43A 1C70A 2FIVA 2IGYA 1AM5A 1EBWA 2QK5A 3PBZA 5B18A 5HVPA 1YT9A 2F81A 4GJ7A 1META 3L5CA 3TL9A 2V12C 2WF2A 1ODYA 5P1EA 4OBGA 5P7QA 3G72A 3PGIA 3LZUA 4FM8A 4QJ7A 5P86A 1YTHA 5P42A 4Y53A 2R5QA 1B6JA 5P8CA 5P0EA 3D1XA 3BXRA 1HTGA 2BQVA 5APRE 4HVPA 5P46A 2G22A 4Y3MA 4ZEAA 5P0KA 2PWCA 5FIVA 1EC1A 4I8WA 5P3ZA 5P4FA 5P49A 5COOA 4ZPEA 1RNEA 3PM4A 1BXQA 4TRZA 1K6TA 3INEA 4Y3QA 4L7JA 4RRNA 1HSHA 2OHLA 3L5EA 4OBKA 5P1XA 4J55A 5OZPA 2G24A 3OADB 3Q70A 2V16C 2ZDZA 4K9HA 5P3TA 3TNEA 3NSHA 5OYRA 2PH6A 5P1BA 2G1OA 4R93A 1YM4A 2AOGA 2FS4A 3URJA 3NR6A 1SP5A 5P48A 3PI0A 3BUHA 2P3BA 2RMPA 3O9DA 3EKPA 4Z22A 3BVAA 4DJWA 4YCYA 3UDPA 1HTFA 1G0VA 2VA5A 1HVHA 3K5FA 3BVBA 4DJYA 4GZFA 2FDEA 3ZKMA 9HVPA 2QI3A 3NU4A 4Y45A 5P0UA 5DQ1A 3SA4A 2ZHTA 5P2YA 5P6PA 5E5JA 1UH7A 3WZ7A 2F3EA 5P8KA 2ER6E 3OGQA 1T6GA 3GI4A 4B70A 5P4EA 3OWNA 5P1DA 3JVWA 5P47A 3ZKXA 1EAGA 1NPVA 5P66A 5P7CA 5P5UA 3VSXA 3PWMA 2V0ZC 5P52A 3SKFA 3NDWA 5HCOA 1ZP8A 5P8AA 4Y5NA 4X2LA 2PWRA 4I0FA 1BAIA 4J1KA 2P4JA 3OTYA 3Q6YA 5OZ5A 5P1IA 3VF3A 5IVRA 5DR8A 4ER4E 4APRE 2AOFA 1PFZA 1HXWA 2R8NA 1IDAA 3OXWA 3VYDA 4D83A 3UDNA 2O4LA 4DJUA 1W6HA 3I7EA 4N00A 3D91A 5JFUA 3HAWA 2QI5A 3R1GB 5P8NA 1MSMA 5P14A 1N49A 3R0YA 2O4NA 4KE0A 5P17A 5P8RA 3SQFA 3T7XA 1LF3A 3N3IA 3L5DA 1M43A 1RPIA 2A4FA 2P3CA 3INHA 3B80A 4ER2E 4RROA 1SDUA 4OBDA 1GNNA 2VJ6A 5OZMA 5P5RA 3D1YA 1FGCC 2IDWA 3OU4A 3VFAA 5P0JA 2QD7A 1DW6C 2QU3A 3O9IA 4YE3A 5P1QA 5P1JA 2AIDA 4H3FA 4DQFA 1EEDP 5P03A 5P0ZA 5P1KA 3DM6A 5P2KA 5P6XA 2Q64A 2F80A 4NKKA 1IDBA 3AUPA 3UQRA 1SIVA 1ZAPA 4HE9A 3QBFA 5P7ZA 5HTZA 2G69A 2BPYA 2AZ9A 3CYXA 5P7GA 5P2OA 3I25A 5P29A 5P5LA 2IQGA 1KZKA 1A94A 1KJ4A 4Y4BA 4TVGA 2IENA 5P0NA 4BFDA 3VEUA 3NDTA 5KR2A 3IAWA 2OHQA 5P5NA 4EJDA 5P70A 2ZYEA 3SPKA 4NJVA 3VCMA 3BUFA 4J17A 1W50A 5P2MA 1GVUA 4OC6A 1FF0C 1D4IA 5AHBA 4EQ0A 3SA3A 3QVCA 5P35A 5P8HA 2WEBA 5OZLA 4E43A 1W5WA 3LZSA 4FS4A 5P1FA 5P3AA 2AZCA 4ZLSA 3CKPA 4YBIA 5P27A 3K4VC 4JECA 5P2BA 4Y47A 1XS7D 8HVPA 5P3YA 5P8UA 2PYMA 5P74A 3RTMA 4GMIA 5P23A 4Y5CA 2PQZA 1HTRB 3MSJA 4Y36A 5P7SA 5JG1A 3R2FA 5P1YA 2HC0A 2HS1A 1TCWA 5F00A 3L5FA 3HDKA 1AIDA 3PLLA 3OHHA 1LYAB 5P6GA 4B78A 4J5JA 2ZJNA 3HBOA 3TOGA 5P3SA 5IVTA 3UTLA 3GI0A 2WF4A 3OXXA 5P7YA 2FNSA 4F73A 2JYSA 5IE1A 3WSJA 1HVCA 4TRWA 2IKUA 4OBJA 3FNUA 5P31A 5C9FA 1OEXA 2VJ9A 1CZIE 1SBGA 3NU3A 1FB7A 5KQFA 1HSIA 1SIPA 2AVSA 4K4PA 3L59A 1OD1A 1SDVA 5DQCA 5DR0A 5P0PA 2OHSA 4A6BA 1TSUA 1FMBA 3ZPSA 1GNOA 4XXSA 4ZSMA 5P0LA 5OZXA 5HDXA 5P69A 4KE1A 4I0EA 1ZSRA 5P1HA 5DQ2A 1EPRE 3MXEA 4Y43A 2WEZA 3D1ZA 5P5SA 5P50A 3GGAA 3KFNA 3OUCA 4L6BA 1XL5A 5P5KA 2HPFA 4RVIA 2ZHVA 2O4SA 4YHQA 1NH0A 1A8GA 1ODWA 5P4TA 4OBZB 5P0OA 4AA9A 2FMBA 2HIZA 1FQ8A 5P7PA 2AZBA 4I12A 3S8IA 5P08A 1SH9A 4I10A 3DV1A 3BGBA 5P3FA 4Y39A 5P3DA 5P2NA 2Q11A 3ER3E 4YOBA 3SAAA 1E81E 5P00A 3QRSA 3OADA 2ER7E 4Y4DA 3S85A 1C6YA 4Y48A 5P8FA 2IRZA 1FQ6A 3DCRA 2R3TA 3LIQA 1IZHA 1B5FB 4ACXA 5P5YA 2AZ8A 4Y3RA 5P8SA 5P3IA 5P4VA 3UDKA 3OU1B 5P62A 5UPJA 2PSGA 5P8GA 5KR1A 5IS4A 3FNSA 5T4SA 3KMYA 2Q5KA 4YCKA 3EL1A 2Q54A 2G94A 3VUCA 1D4JA 2G26A 5P24A 1VIJA 5P83A 5P25A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZE A;  5P02 A;  3VV6 A;  5P60 A;  2CEN A;  3SO9 A;  2AOD A;  3NLS A;  4Y3A A;  4KB9 A;  1LS5 A;  3NDX A;  1HVK A;  3K5D A;  3SA5 A;  4GJA A;  1K6V A;  4NJU A;  3IN4 A;  4J54 A;  2H6S A;  3WZ8 A;  5P1M A;  5ER2 E;  5P6N A;  5P09 A;  4FM6 A;  5DQ5 A;  5P2T A;  3I2L A;  3HW1 A;  1QBS A;  2Q3K A;  5P5I A;  5DR7 A;  2HS2 A;  4ZIP A;  2AVO A;  1IZD A;  3MSK A;  4Y3S A;  5I70 A;  2OHT A;  5P3U A;  2B8L A;  2WEC A;  3G70 A;  5P2S A;  4LXA A;  5P53 A;  1LYW A;  1F7A A;  4J0Z A;  5P5C A;  3OQD A;  1U8G A;  1YTI A;  2OHR A;  7UPJ A;  1G35 A;  4Y5E A;  3OGP A;  3IN3 A;  4J1E A;  3F9Q A;  3H5B A;  2BKT A;  1EPQ E;  1PPK E;  4GB2 A;  3K5G A;  4DJP A;  4Y4G A;  4L7G A;  2FDP A;  1DPJ A;  3GGX A;  1G6L A;  1LV1 A;  5P8B A;  6UPJ A;  5P6B A;  4R8Y A;  1HVL A;  3LPI A;  3VFB A;  3D3T A;  5P2Q A;  1FMU A;  4YD6 A;  2ZE1 A;  3QBH A;  5P8L A;  3QRO A;  1LZQ A;  1AZ5 A;  4MC9 A;  4M8X A;  3URI A;  4I11 A;  4AUC A;  2XYF A;  5P64 A;  4DQE A;  4RGH A;  5P3L A;  3VV8 A;  1IZI A;  3FNT A;  1APV E;  5P88 A;  5J25 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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