5P3OA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 177
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3oA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3oA01
2O4KA 4FRSA 3LPJA 1T7KA 3HAUA 5P7FA 4ZE6A 5P8HA 4YD4A 1HVLA 5C9DA 1A9MA 5P7AA 5HVPA 2ZHUA 2JYSA 3CMSA 5P5XA 5ER1E 4MC6A 2V0ZC 3VYDA 3UFNA 1HTFA 3VCMA 2QHCA 1WBKA 3NU3A 3WSJA 1GNNA 4D88A 1GVUA 3EM6A 4Y5AA 5P19A 3PGIA 3QIHA 3KDCA 2AOGA 5P6HA 4GB2A 4EWOA 2VA5A 5OYXA 4RZ1A 3S53A 5P6KA 5P32A 5P1FA 5P5SA 5OZ6A 3LIXA 3OQFA 5P4YA 3EBZA 1Q9PA 3N4LA 4H1EA 1QBRA 3GI0A 1W50A 5P0WA 4RVIA 4Y3TA 3OOTA 3CYWA 3L5EA 3OXWA 4Y3PA 5P13A 5P45A 5SY3A 4Y5MA 5P3NA 2ZHRA 4QJAA 1EPOE 4K4QA 5P8PA 3EL9A 3ZKMA 3TLHA 5DR7A 1HVKA 4RVJA 5P6TA 4DJYA 4I1CA 5P1VA 3OADA 1HEFE 5HE7A 3EC0A 4Y4ZA 3D3TA 5P3ZA 1HIIA 1G0VA 3WB5A 2IRZA 3Q70A 4GJ7A 3ZKSA 2I4WA 1C6YA 5E5KA 2G1YA 3QBHA 3CKTA 3IVIA 5P35A 3TKWA 3SA6A 5P1QA 5DPZA 3PB5A 5P1IA 2QMDA 1EPLE 4FM8A 5APRE 5ISKA 4Y3SA 1D4YA 2AZBA 5P0BA 4CPQA 3L3AA 1ODWA 2CEJA 3VYEA 1FKNA 4Y5CA 5P3MA 5DGUA 4B00A 3UQXA 2Q64A 5P6EA 2IDWA 2FNSA 4Y5GA 3HD8A 1XL5A 3UTLA 2OAHA 4LXAA 5P8TA 3QPJA 5P4WA 4TRZA 3UFLA 1G2KA 1MRXA 4DJOA 4BFDA 2QAKA 3U71A 3B80A 5P0CA 1HVRA 5DQ2A 1CZIE 3KT2A 4ZLSA 2F80A 3OADB 1ZSFA 3QVIA 2Q55A 4LXMA 1GNOA 1SP5A 3GW5A 4Q1NA 1GNMA 1FFFC 4Y4DA 1MVPA 3D20A 4HDFA 5P05A 1UH7A 3UF3A 3EL1A 3O9GA 3OXCA 2OHSA 2AIDA 4HA5A 2G69A 2ZYEA 3ZPUA 1C6XA 1MTBA 3MSKA 4YD7A 5P4OA 3I8WA 1SDTA 4DPFA 4CP7A 1LV1A 5P4FA 3SPKA 3VG1A 1HIHA 1HPVA 3R0YA 3CKPA 2QZKA 3T11A 8HVPA 3KM4A 4GIDA 2QCIA 3S43A 3HLOA 4FLGA 2Q15A 5P1LA 2QMGA 5IS4A 4TVGA 4EJKA 5P0UA 2NTRA 3PMYA 5P78A 5P1HA 4Y5PA 3U6AA 2ZGAA 3PVKA 5P8EA 2FIVA 3SA3A 4DJRA 4NJUA 4Y4TA 5B18A 1QBTA 4H3FA 2I4XA 5OZBA 3LITA 5P3QA 1IDAA 5P8CA 5P5WA 2OHQA 5P4SA 5OYTA 2V13A 1ENTE 4NPUA 5P6FA 1LF3A 3TH9A 5P3HA 5KQFA 3NWXA 1BAIA 1PPLE 1TQFA 5P7CA 3WZ6A 2B8LA 5OYZA 2O4SA 5P0RA 2A4FA 3AIDA 3OHHA 4H3JA 3VFBA 2ZJLA 4DI2A 1UH9A 4Y51A 2VA7A 2ZJHA 3LZVA 5P53A 3D91A 3PSYA 4EQJA 1W6IA 3BVAA 4APEA 2NNPA 2RMPA 5P4BA 4KE1A 1HVHA 3ZL7A 5P5QA 1W51A 2ZE1A 5P14A 4DV9A 1E80E 2PSVA 5PEPA 2AQUA 1FEJC 5P5FA 3GGXA 3INFA 3IAWA 3PCWA 4J1EA 1B6JA 4KB9A 5P2OA 3UQRA 4BFBA 1F7AA 5P5GA 1NSOA 3R0WA 5P7QA 4JPEA 1BVGA 4K8SA 3VEUA 4BEKA 4LL3A 2NMYA 1T7IA 2UY0A 5P5MA 1SBGA 3L38A 3IXKA 3WZ7A 3ST5A 5P2KA 2P83A 3HBOA 1JLDA 1D4LA 5P2MA 5P0AA 4LXKA 4Y4EA 5P5OA 3OUCA 3VSWA 2V11C 3EL0A 5P6QA 3I2LA 4I0HA 2QZXA 1EPNE 5DR0A 3HZCA 4LHHA 1AAQA 2OHUA 5P2ZA 5P2XA 4EJ8A 5HE5A 2IGXA 5P7LA 2V12C 1PPKE 1IZEA 2WF3A 4YCTA 2WEAA 5P28A 3O9HA 3KMYA 4A4QA 5TOLA 4J55A 4Y5KA 3A2OA 5P4GA 5P8DA 2Q54A 5P3EA 2VNMA 3B7VA 2AOEA 2ZDZA 5OYUA 1RNEA 2PWCA 2QU2A 5I3XA 2R8NA 5OZVA 4DQGA 3LPIA 1ZBGA 2BPYA 4HDPA 5OYSA 3APRE 5P5RA 5P2LA 5P08A 3LNKA 1AJXA 2BB9A 1DP5A 3N3IA 5OZXA 5P5EA 5P5TA 5SZ9A 1D4HA 1FF0C 3OOZA 3OAGA 1IIQA 1EBYA 5OYWA 3G6ZA 4NKKA 1ZLFA 2WEBA 5OZMA 5P30A 3T6IA 4GMIA 1XE6A 5P6UA 2WHHA 5P0PA 4LP9A 1RPIA 3FNUA 3NU9A 4X7IA 5P2FA 3RTNA 5P4PA 1E5OE 3FNTA 2XFJA 5P4CA 1EPRE 3I25A 3TPJA 2AODA 2G20A 1LF2A 5P3RA 2VKMA 4QGIA 1B5FA 4S1GA 2CEMA 3OUBA 3GI4A 5P1YA 1FQ6A 5P24A 1OEWA 3O99A 2AVSA 3BC4A 3VFAA 4FGXA 1HWRA 3KA2A 2BPVA 5OZWA 5OZ9A 1SMEA 4CPRA 1DIFA 1HPSA 2I1AA 5IE1A 2I0DA 3OQDA 1APVE 4J1FA 1QS8A 3OAGB 2QI1A 4FE6A 1K2CA 5P1CA 1BXOA 3S7MA 1MTRA 3NWQA 2ZJIA 2APRA 1C6ZA 3O9AA 2WKZA 4Z2ZA 2BPZA 1XS7D 5P4TA 4RLDA 5P80A 3SO9A 2AVVA 2R5PA 3VV8A 5P54A 5P1RA 5P6DA 4BELA 3CKRA 1G6LA 2G24A 1B5FB 3LZSA 5P16A 1KJ7A 3VYFA 4Y4JA 4QJ9A 1MT9A 4RCFA 2OHKA 4DVFA 4YBIA 3EKQA 3PWMA 3MXEA 2ER0E 5P4ZA 4A6BA 4OC6A 5SXNA 4J54A 5P3BA 3DV5A 1IZHA 3ZMGA 3SKGA 1CMSA 3NU4A 5P2CA 3UQWA 1FMUA 4RYGA 4Y44A 5P71A 4B0QA 2O4LA 4AZYA 1K6CA 4LC7A 3PEPA 1ZPKA 2SAMA 5OZ5A 5P52A 2VIYA 4XX4A 5BRYA 4Y35A 5P5UA 2UPJA 3T7PA 6APRE 4DJPA 2HIZA 7HVPA 1UH8A 4J1HA 2HB4A 3NU6A 1XN3A 3OGQA 5P47A 5P6JA 1HSIA 1B6KA 4L7GA 1MT8A 3EMYA 5OYRA 5P63A 1YTHA 4Z4XA 3SA4A 1DMPA 5J25A 5P5IA 5P2UA 4OC6B 3UDYA 3URLA 2PMAA 5P1PA 3QRMA 5BS4A 5KQXA 3OGPA 5P2JA 4MC1A 5P0VA 5JFPA 3S85A 1ODYA 1APWE 1W5VA 4L7JA 5UPJA 4Y9WA 5OZTA 2G1RA 3KMXA 3OQKA 3S2OA 2Q5KA 2WF2A 2ER6E 3BGCA 4D89A 4JOOA 2ZHTA 1A8GA 1LF4A 1LS5A 1TSQA 2P3CA 1SDVA 3FV3A 5CONA 2FDEA 2BBBA 5P1EA 3VF5A 1W5XA 5AH9A 2QI4A 4EXHA 4WY1A 3UDHA 4Y48A 5KOQA 1PFZA 5P23A 5P5KA 2VA6A 1BDQA 5HDXA 4YE3A 3TPRA 3EM3A 5P3IA 3EKXA 5P1BA 3GGAA 5P2VA 5P8VA 2CENA 5E5JA 5P3XA 4J0PA 2OHNA 5P8MA 4ZIPA 1RV7A 4Y3ZA 3NLSA 3RSXA 3AUPA 1EC1A 5ENKA 5I70A 3TOGA 2IKOA 2QD8A 3NSHA 1HOSA 5P74A 4FRIA 5P5AA 4RYCA 3UQPA 3KF0A 1KZKA 1FIVA 5P4QA 3L5CA 4YBFA 1FB7A 4Y39A 4I11A 5P6BA 1IBQA 3TOHA 2QP8A 5P5PA 3O9DA 5P2RA 5P3KA 5P42A 4Y37A 1WBMA 4DUSA 5P8OA 5P44A 3OK9A 5AH8A 2AZCA 7UPJA 1EC2A 1A94A 3NUOA 4QJ2A 1D4IA 2HM1A 2AVMA 4NJVA 2BQVA 3SQFA 1K1UA 3ZKGA 4I0IA 5KQYA 5P2YA 5P43A 4PZWA 3LIVA 3NR6A 5OZHA 2I4DA 5P6ZA 3ER3E 4L6BA 1ZAPA 5P4NA 2G94A 1IZIA 5COPA 2WJOA 3ZKNA 3IA9A 3KDBA 5P1DA 3QN8A 1AM5A 3RVIA 1LEEA 3FKTA 5P00A 5P7PA 1PSOE 2B7ZA 5P4MA 1WKRA 3FSMA 1EBZA 4TRYA 3NU5A 3KDDA 1MUIA 2F3FA 5P1AA 2G1OA 4FAEA 4Y53A 4PPHA 4DJXA 5CLMA 3PRSA 2P4JA 4FRJA 2BKSA 4J0YA 4Y4XA 5P83A 5OZRA 3OU4A 4B72A 4ZSMA 1AJVA 1K2BA 1MEUA 5P3PA 4N00A 5P2DA 1UPJA 4FS4A 4TRWA 5P4AA 2HAHA 2QZWA 4EPJA 4U7VA 3CIDA 5P6WA 3RSVA 4Y45A 2NNKA 3EL5A 5P6IA 1EPPE 3SM2A 5P2IA 4EP2A 5SY2A 4Y3EA 5P1XA 3OUAA 1U8GA 4J0TA 1F34A 3UDNA 2UXZA 2R38A 5P4VA 1PROA 4Y50A 4K4RA 4RRSA 1HVIA 2QU3A 1T7JA 4J17A 5P0EA 3ZKIA 1MIQA 4Y3YA 4Y3HA 4YDGA 4YD5A 4RCEA 1ZSRA 4EYRA 5P4KA 3PCZA 2ZJNA 3LHGA 4RCDA 5P1SA 5P40A 1BV7A 1OD1A 1ZTZA 1ER8E 5P3WA 1EC0A 5OZAA 5P7KA 3NYGA 4Y57A 1B6PA 5DGWA 1BWBA 3OU4B 4FM7A 4CMSA 5P59A 3KFSA 2HPFA 3INDA 3S56A 3EKTA 3HVPA 5P3OA 4A6CA 1IDBA 5P3VA 1XL2A 5P4UA 5P36A 3D1ZA 5P6XA 2VJ7A 1HRNA 3PJ6A 5DQ4A 2FLEA 4GJ9A 5OZOA 5P73A 5P0DA 1YM2A 5HTZA 1K1TA 3ECGA 3QROA 1FMBA 4YCKA 3QP0A 2ZJJA 5OYQA 3HW1A 3TPLA 5P2HA 2O40A 5P6SA 3QAAA 1SGUA 3S43B 2P3DA 1EAGA 2ZJKA 4APRE 3RTHA 1SIPA 2ZHVA 2JE4A 5P1NA 2QD6A 2ER9E 2IEOA 4QLHA 3K4VA 1LYAA 1META 5P8RA 3PSGA 3UDPA 5KR0A 3IN3A 5P7XA 2FXEA 4CPXA 5T4SA 4ZSQA 1SGZA 3DM6A 4I0DA 2OHPA 5P20A 3D1XA 4ZPGA 5P0KA 5KR1A 3PWWA 4I8WA 4RRNA 3DJKA 4AA8A 2I4VA 3DUYA 2V00A 3VF3A 1YTJA 2PWRA 4Y5NA 4OD9A 3T3CA 5P18A 4I8ZA 3ER5E 5P7UA 2A1EA 5HDZA 3DV1A 4B70A 2BPXA 1HEGE 2BPWA 1DAZC 1LYWA 2AOCA 5DR8A 3WZ8A 5P0SA 5P12A 1AXAA 3T7QA 5P6LA 1C70A 1ODXA 1KJFA 5P0LA 1KJHA 3JW2A 4ER4E 5P7EA 1BDLA 1EC3A 2I4UA 5P0TA 3NDUA 5HCOA 5P1TA 5P84A 5P6RA 5P2TA 3K1WA 1FQ5A 5P8LA 4Y5BA 1RL8A 5P6AA 4JP9A 5P4IA 3Q3TA 4FRKA 3OXXA 2J9JA 3S8IA 2AZ9A 5HU0A 4CPWA 5P4XA 4I12A 5P4RA 4Y54A 2RSPA 5P3TA 4OD9B 4I0FA 5P0QA 3T7XA 3QS1A 5C9BA 5P79A 3LZYA 1LYWB 1FQXA 1D4SA 2QD7A 4F74A 5KR8A 4YHQA 4EHCA 4AUCA 5OZ8A 5P5LA 5IVSA 5P5DA 5AHAA 4FSLA 3MWSA 4ER2E 3F9QA 2QK5A 1FQ7A 5C9FA 4Y6MA 2R3WA 1GVTA 1M4HA 3PMUA 4I10A 1HSHA 2G27A 5AHCA 5OZ7A 4KE0A 2R9BA 2VJ6A 3INHA 2ER7E 3QRVA 3FNSA 4OBZA 4Y3WA 5P0HA 2J9JB 3VV6A 5P3JA 3UPJA 1SH9A 2Z54A 4Y38A 1HTRB 4Y3NA 4Q1XA 5P7SA 1HPXA 1SDUA 3K5FA 3IXOA 4ZPEA 5P1KA 4B78A 3HVGA 2VIEA 5OZIA 3JVWA 4U7QA 1GVVA 4Y41A 4Y3FA 3UCBA 2XYFA 2O4NA 5P0IA 2XFKA 4ZSRA 4LAPA 1QBSA 1EBKC 2AOFA 2HS1A 2HB3A 5JFUA 1HHPA 1ME6A 2PSGA 5P1MA 3PI5A 4Y3DA 1EBWA 5P3FA 3C9XA 5P2QA 2Q63A 2AOJA 4DJQA 4GJBA 4FL8A 5P3YA 3INEA 3LINA 4OBZB 5COKA 2FDDA 1TCXA 2O4PA 5P49A 5P8QA 2VJ9A 3G70A 4OBJA 2G1SA 5P27A 4COEA 1M0BA 5P7RA 3SAAA 1AZ5A 4NJSA 3BGBA 5OZNA 3Q4BA 4Y43A 1HTEA 4HVPA 5OZDA 3NDWA 4XX3A 5P26A 1GVWA 3H5BA 4YD6A 5OZ4A 4Y3GA 1IZDA 2R3TA 5P67A 1MSNA 2PH6A 1N49A 3OQAA 4PZXA 4Y3JA 1AIDA 1LZQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2O4K A;  4FRS A;  3LPJ A;  1T7K A;  3HAU A;  5P7F A;  4ZE6 A;  5P8H A;  4YD4 A;  1HVL A;  5C9D A;  1A9M A;  5P7A A;  5HVP A;  2ZHU A;  2JYS A;  3CMS A;  5P5X A;  5ER1 E;  4MC6 A;  2V0Z C;  3VYD A;  3UFN A;  1HTF A;  3VCM A;  2QHC A;  1WBK A;  3NU3 A;  3WSJ A;  1GNN A;  4D88 A;  1GVU A;  3EM6 A;  4Y5A A;  5P19 A;  3PGI A;  3QIH A;  3KDC A;  2AOG A;  5P6H A;  4GB2 A;  4EWO A;  2VA5 A;  5OYX A;  4RZ1 A;  3S53 A;  5P6K A;  5P32 A;  5P1F A;  5P5S A;  5OZ6 A;  3LIX A;  3OQF A;  5P4Y A;  3EBZ A;  1Q9P A;  3N4L A;  4H1E A;  1QBR A;  3GI0 A;  1W50 A;  5P0W A;  4RVI A;  4Y3T A;  3OOT A;  3CYW A;  3L5E A;  3OXW A;  4Y3P A;  5P13 A;  5P45 A;  5SY3 A;  4Y5M A;  5P3N A;  2ZHR A;  4QJA A;  1EPO E;  4K4Q A;  5P8P A;  3EL9 A;  3ZKM A;  3TLH A;  5DR7 A;  1HVK A;  4RVJ A;  5P6T A;  4DJY A;  4I1C A;  5P1V A;  3OAD A;  1HEF E;  5HE7 A;  3EC0 A;  4Y4Z A;  3D3T A;  5P3Z A;  1HII A;  1G0V A;  3WB5 A;  2IRZ A;  3Q70 A;  4GJ7 A;  3ZKS A;  2I4W A;  1C6Y A;  5E5K A;  2G1Y A;  3QBH A;  3CKT A;  3IVI A;  5P35 A;  3TKW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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