5P3PA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 178
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3pA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3pA01
5P58A 1D4HA 2BPXA 5P5UA 1B11A 5P3EA 5P4SA 5P2UA 1HVKA 1SMEA 5OZ6A 4LBTA 1ZTZA 4CPUA 5P54A 2MIPA 4RROA 5OYTA 2BQVA 1GVVA 4J55A 1KZKA 2R5QA 5OYVA 5P5HA 4Y57A 4DI2A 3TNEA 3HLOA 4Y4JA 1HVJA 2B7FA 5P74A 3SA4A 3INHA 5P7FA 5P3AA 2QI1A 5P1EA 5P0SA 2J9KA 1XL5A 2FS4A 1C6YA 1CPIA 1W5YA 5P6NA 5P5XA 5P6BA 4DVFA 4L1AA 2QI3A 3S53A 5P8TA 1NPVA 2AVQA 3DV1A 4CKUA 4Q1WA 4ZLSA 2V13A 2UY0A 3U7SA 2A1EA 2BPYA 4EQJA 4L7JA 5P12A 4HE9A 1IDBA 1SDTA 1B6KA 4Y3AA 2WL0A 3BHEA 5P5ZA 4NJSA 5AH9A 1MSNA 5I3VA 3L5CA 4Y44A 2XFIA 1FG6C 4QLHA 1YT9A 1WKRA 1ER8E 4LL3A 1QDMA 3K4VC 4ZSQA 5P66A 1BXOA 2H6SA 2XFKA 3S43A 1BVGA 3K5FA 4WY1A 2PH8A 4Y50A 5P3DA 1BAIA 2PYMA 3DK1A 4APRE 1SDVA 5P04A 2HS1A 1EPOE 2O4LA 5HDVA 2R38A 5AH7A 5P13A 2QU3A 5OYZA 4Q1XA 5P8GA 4Q1NA 5P6UA 5SZ9A 2QK5A 1FQ5A 2VA7A 3UQUA 1Z1HA 2AOIA 3EMYA 5OYQA 5P1LA 4Y5KA 5P8MA 1FQ6A 5ENKA 4Y3LA 3VF5A 1BDLA 5P6CA 5P5QA 4J1HA 1EC3A 2WJOA 4X2LA 4I0DA 3PJ6A 3VFBA 5KOQA 3ZPUA 1A9MA 5HD0A 3FKTA 4Y39A 4TVHA 5SY3A 4DJXA 1SP5A 5P17A 3NUOA 1NPAA 5P0YA 3APRE 3LNKA 4TRZA 1LYWA 5P3VA 3IXKA 4RLDA 3SQFA 4Z50A 3IXJA 4NJUA 1APWE 2HB3A 4YD6A 2PWCA 1NSOA 4D88A 5P0NA 1K2CA 5IVRA 3OUDB 5OZ9A 5P8JA 4Y4WA 2WF0A 1F34A 4FSEA 5C9DA 4DH6A 1MEUA 3PCWA 2VNNA 5OZ8A 9HVPA 3LZSA 2ZJLA 4RYGA 1HPXA 4Y3HA 1T3RA 5P0HA 4Y6MA 4JOOA 3CYWA 3QRMA 1ZJ7A 2I0AA 5KR2A 3NDTA 5P1JA 5P5TA 5KQXA 3EKVA 5DR7A 1ODYA 4ZPEA 2QHYA 5P5BA 3OXCA 1EC2A 2HS2A 4EWOA 1BDRA 1EPQE 2OHKA 3Q4BA 2Z4OA 2P83A 3VYFA 3UQXA 5P59A 5TOLA 2OHQA 1ZPKA 4FL8A 4RYCA 3T6IA 3TPJA 5OZ1A 5P42A 5P5LA 1SGUA 5P0UA 4RCDA 2AZ9A 1PFZA 4OC6B 3D91A 5OZOA 5P6TA 5C9BA 5P6XA 1IZIA 5P8LA 1HIHA 4Y3FA 5P7WA 5E5JA 4IVSA 3OY4A 2QI4A 3I2LA 3EC0A 2BB9A 5P50A 1A94A 5JFUA 3PSYA 2OHUA 1HVIA 3ZKQA 3OU1B 5P8PA 5OZAA 3FNUA 5OZ4A 4Y5BA 2IS0A 5P5AA 4LHHA 1QRPE 5P1XA 5P78A 3HW1A 3UDHA 4PYVA 5P39A 4I12A 4DQBA 2PSGA 2ZJJA 3ZLQA 1DAZC 5OZ7A 5P7HA 2G27A 3VLAA 5P7NA 5PEPA 1BV9A 5P57A 5P29A 5P5PA 3NU3A 4Y4GA 3K1WA 4Y5GA 2QD6A 3FSMA 5P83A 5P6HA 1HIIA 3APPA 6APRE 5P1KA 4YDGA 2ZYEA 3VCMA 4DJPA 2AOGA 2ZE1A 4I0ZA 5P51A 3SKFA 3K5GA 4M8XA 5P2CA 5P3CA 5P3MA 2Q11A 3NU6A 2G1SA 4YD5A 1B6JA 4U8WA 3SA3A 3QRSA 5P4EA 4Y4XA 4R95A 1D4YA 5P5JA 1K6VA 1MPPA 1BBSA 4MC2A 4M8YA 1FMBA 3O9HA 2Q5KA 5OYSA 5P8EA 3T7QA 5P8IA 5B18A 1XE6A 3K4VA 2R8NA 3EBZA 4ZE6A 1N49A 4QJ6A 1B6PA 1CZIE 2PYNA 2RKGA 5P3QA 5P7PA 5COPA 4FGXA 5P3PA 1OEWA 4RRSA 1IZDA 5P3LA 3UFNA 1YTIA 2I4WA 2BKSA 5P4KA 3WB5A 1B6LA 1JLDA 4GJ6A 2FDPA 5P6VA 5P72A 5P06A 3MSJA 4Y4EA 4S1GA 4CPXA 3O9DA 4FE6A 3RVIA 4OD9A 3LIZA 5HVPA 4Y3JA 5P27A 3PLLA 3OQDA 3EL1A 5KQYA 5P4UA 5P67A 1M43A 1APVE 3NXNA 5OZMA 2IL2A 4L7GA 4EJLA 5P38A 1UH9A 3ZKSA 5P0VA 5P0EA 1WBKA 3OTYA 5P6YA 1ODXA 5OZPA 2O4PA 4HZTA 5P46A 2V16C 3INFA 1FKNA 1HPOA 2ZHSA 4Y3QA 3OOTA 4HVPA 4K4QA 3PVKA 3SABA 5OZYA 3KFRA 2G21A 5COOA 1SDUA 4BEKA 4L7HA 1BWAA 3UQWA 5KR8A 3WB4A 1BWBA 3ZPTA 2WF4A 2WHHA 4DJVA 7UPJA 2ZDZA 3D3TA 3NDUA 4Y3NA 4YOBA 1F7AA 4I10A 4D85A 2NR6A 3UFLA 3ZL7A 5P2SA 3ZMGA 4YD3A 5HE5A 5IVQA 1MERA 3TKGA 2NXLA 3GI0A 4I0IA 5AHBA 2Q15A 5DQ5A 5P52A 3URIA 2O4SA 5P4OA 5P30A 1IDAA 5P8OA 4CPRA 3S54A 5P2WA 3G70A 2B8LA 5P45A 2QI5A 1EPNE 2VIZA 1MSMA 1XN3A 2OF0A 1NPWA 4N00A 4R93A 2V10C 1XN2A 3EKWA 5P8SA 1U8GA 2ASIA 1GVXA 5P0XA 1HSHA 5P2TA 2FGVA 2BKTA 2PWRA 3KT2A 5P0DA 1HPVA 3VUCA 1HTGA 1UPJA 4F74A 2ZGAA 4RGHA 2VS2A 5P64A 1K6TA 3UDKA 1SBGA 2NNPA 5JG1A 4L6BA 5AHAA 5P0TA 4F75A 4Y3ZA 2WECA 5P6WA 1K1UA 3OAGB 2FXEA 3VYDA 1BDQA 5P81A 4ZSPA 3R2FA 1J71A 2NTRA 5P8BA 5P6QA 1FEJC 5P4BA 1EBKC 3B7VA 5AH8A 5P6AA 3TH9A 3OQAA 5P0JA 4Y3GA 4QJ2A 4I8ZA 5P87A 3EL5A 5P1SA 5P03A 5BRYA 5BS4A 3OQKA 4Y5MA 4DQHA 4EQ0A 3QP0A 3QVCA 4J1KA 2PK5A 5T4SA 1D4JA 3CYXA 3OADB 3DCKA 4B0QA 4E43A 5P5FA 4DPFA 4R92A 3R0WA 4J0VA 1EBWA 1FMUA 5P0GA 3WZ7A 5P6EA 2HPFA 4XKXA 1SH9A 5EZZA 4Y9WA 3INEA 1D4SA 3LPIA 5DGWA 5P1NA 3ZKGA 4GYEA 5P7ZA 8HVPA 3I25A 2RENA 4RCFA 2BJUA 1MT7A 3I8WA 4NJVA 5OZQA 5P56A 4I0FA 2FNSA 3CIBA 3UF3A 4MC6A 3INDA 3M9FA 1AIDA 2QHZA 5P10A 3PB5A 2JE4A 3Q70A 5P1BA 5P24A 5P3ZA 1YTJA 3PWMA 1BVEA 4Y58A 2ER9E 3L38A 2QU2A 3O9IA 3EM4A 5P53A 1YTGA 5P0WA 1DP5A 5KR0A 4I0JA 2G1OA 2VJ6A 4RCEA 5ER1E 4Y3MA 3CKRA 3IVHA 5P4RA 4KE0A 3SPKA 4YE3A 4BELA 4I0EA 3UQPA 5P33A 1MIQA 3UDYA 3JW2A 3ER5E 3UTLA 1RL8A 1AVFA 3KFNA 1C6XA 5HTZA 5DQ1A 2AODA 5P22A 3NU5A 2R3WA 3QRVA 5P8DA 4HDPA 4AUCA 1DW6C 5P3SA 2QI6A 3AIDA 4J1EA 2APRA 4J1FA 3VLBA 3HDKA 4TRWA 5P7GA 3SACA 5P0LA 2QI0A 6UPJA 4YBIA 2ZJHA 4YDFA 3D20A 4CP7A 5P4ZA 6FIVA 1W6HA 4WY6A 1FFFC 2IENA 4OBZB 4FRKA 3UPJA 3LITA 2IEOA 2QZXA 3O9LB 3D1ZA 5KQFA 3UHLA 3NU4A 2QP8A 2R5PA 1TW7A 2OHMA 5JFPA 5P43A 5P0RA 4X7IA 1XS7D 1LV1A 3O9CA 5P6MA 3GI6A 4YBFA 4Y47A 2QMDA 5DQ2A 1GVTA 1EPME 5P5WA 3BRAA 5HCOA 1BIMA 5P1HA 3NWXA 5P2OA 4ACUA 1HXWA 3GI4A 5P4PA 3DUYA 4TVGA 1E5OE 5P7AA 5P84A 3KF0A 4J1CA 5DR0A 5P1OA 1HVHA 5KR1A 4J17A 5P1CA 1LF4A 3LHGA 3LZVA 2IKOA 3CMSA 5P4IA 3ZPSA 1PPLE 4RVJA 4GJAA 2QAKA 5COKA 5HU0A 3GGXA 2AZBA 5P2BA 3NWQA 3R4BA 5P6ZA 1ZP8A 4F73A 2P3BB 3EM3A 3GI5A 4Y36A 5P2NA 3OU4B 1G0VA 4Y54A 4D83A 5P31A 2ZHUA 3S45A 4ZIPA 4B78A 1YTHA 4Y5CA 4DJQA 4GJ7A 4R91A 5SY2A 1ZSRA 3QIHA 4HDBA 2IRZA 4JPCA 5P1GA 2I4VA 5P2ZA 5P6LA 3PBDA 4R5NA 2H6TA 5OZ0A 2G69A 4Y3SA 3PM4A 1PPKE 5OYXA 4Y5AA 3PSUA 1LYAB 4QGIA 1EEDP 5P76A 5I3WA 1LYBB 3HZCA 5P62A 2UPJA 2I4DA 4Q5MA 5HCTA 5P1WA 3S85A 5P3TA 1A8GA 2PC0A 1M0BA 5P5OA 2IGYA 1HHPA 2WEAA 3TLHA 2VIYA 2ZHTA 3FNTA 5P32A 1MT8A 4Y56A 5SXNA 3WZ6A 2G26A 2A4FA 2Q54A 2ZHRA 4B1CA 5P5YA 1EAGA 5IVSA 1SIPA 2V00A 1YM2A 1XE5A 1HWRA 2IQGA 2ZJIA 5P05A 1TSQA 3KA2A 1G6LA 3SM1A 2ZHVA 5OZ2A 3EM6A 1FGCC 5KAOA 3KMYA 2OHLA 3UCBA 5P2FA 3GGVA 3IGBA 4Y4DA 2UXZA 3OQ7A 5HDXA 5P3KA 4FRIA 2ZJKA 5OZ3A 2QNNA 3NDWA 2AQUA 4IVTA 3TOFA 2PSVA 3TL9A 5P68A 4NPUA 3NXEA 3FV3A 1HVRA 3QBFA 1HRNA 4DV9A 3FNSA 5I70A 5P36A 5P2HA 4B72A 4JPEA 2NXDA 2QNQA 5P7CA 1M4HA 2F3KA 5OZIA 3DJKA 4LP9A 4L1AB 5OYWA 1CMSA 1KJ4A 3PSGA 4GZFA 5DR4A 3NLSA 1Z1RA 2NNKA 4Y4UA 3PWWA 1HTEA 1OHRA 3EL0A 2OHNA 4A4QA 2B8VA 2I4UA 2NXMA 3KDDA 4OBDA 5P6GA 2B60A 1Z8CA 2HB4A 3EKQA 1B5FA 4Y4AA 1HVSA 3CKPA 5OYRA 4D89A 1AXAA 3S43B 4I1CA 5P4AA 3R1GB 4CPTA 5P00A 4K4PA 1UH7A 2I1AA 4Y3EA 2BPWA 5P1FA 5P7KA 3WSJA 2I0DA 2G1YA 3CIDA 4RRNA 3LIXA 4J0YA 3R0YA 1VIKA 3EL4A 1GNNA 5P4HA 5P08A 2QZKA 2XFJA 2P4JA 3L59A 4Y5EA 3KN0A 3JVYA 5P3WA 5HDZA 5OZDA 4FM8A 5HE7A 5P5VA 5P61A 5P1AA 3OXVA 3ST5A 4U7VA 2F80A 5P1ZA 3SA7A 5P1IA 4K4RA 3D1XA 3EKYA 5JODA 1K6CA 3TOHA 2ZJMA 4I8WA 4J54A 2R9BA 4YCYA 4YD7A 3PBZA 1HVLA 1HTFA 5ER2E 5P25A 4LXMA 4R8YA 1T7KA 3T7PA 2QD7A 5P0FA 3IA9A 3PWRA 5P48A 4EP2A 3NDXA 1LYWB 5P2EA 3DM6A 2J9JA 3TPPA 5P80A 5P5DA 3L58A 4QJ9A 3DCRA 1GNMA 4DFGA 5P8FA 5P37A 4GJ9A 3O9GA 5OZSA 3N3IA 4NKKA 3MSKA 5P75A 5P4LA 5IVTA 2VKMA 3L5BA 5P3YA 4J1IA 1A8KA 1FQ4A 2O4NA 1T7JA 3BVBA 4Y41A 3KMXA 3TKWA 3QN8A 2RMPA 4NJTA 5P19A 4J5JA 5P8HA 4DQFA 5ISKA 5P1RA 3JVWA 3VG1A 2I4QA 5P11A 4EJKA 4I11A 5P3NA 5P0ZA 4ER1E 1DIFA 3HAWA 1FQXA 1HEFE 3DV5A 1IZHA 3VSWA 3FX5A 3LPJA 4XXSA 3KDBA 5P18A 5P5IA 4Y53A 5P2JA 3TTPA 4DPIA 1HEGE 2IDWA 5P4TA 3UDRA 4EJ8A 3EKPA 2ER7E 5P1QA 2WF1A 5DQCA 3UDQA 5P1MA 4UPJA 4KE1A 2OAHA 2G1NA 3KFSA 4GIDA 2QD8A 5HE4A 5P8RA 3VYEA 5P1VA 3QAAA 5P2IA 5P26A 1MUIA 3LINA 3TOGA 1AM5A 1IIQA 1ZSFA 5P23A 3SM2A 1FFIC 2Q64A 4J0TA 5E5KA 3A2OA 3Q6YA 3ECGA 4FCOA 1E80E 4FM7A 5P5NA 4FAFA 3PI5A 3I7EA 2NMZA 4HDFA 5P6RA 5FIVA 3OGPA 3B80A 4A6CA 5P0KA 1HVCA 5APRE 3BXSA 5P3HA 4GJ5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P58 A;  1D4H A;  2BPX A;  5P5U A;  1B11 A;  5P3E A;  5P4S A;  5P2U A;  1HVK A;  1SME A;  5OZ6 A;  4LBT A;  1ZTZ A;  4CPU A;  5P54 A;  2MIP A;  4RRO A;  5OYT A;  2BQV A;  1GVV A;  4J55 A;  1KZK A;  2R5Q A;  5OYV A;  5P5H A;  4Y57 A;  4DI2 A;  3TNE A;  3HLO A;  4Y4J A;  1HVJ A;  2B7F A;  5P74 A;  3SA4 A;  3INH A;  5P7F A;  5P3A A;  2QI1 A;  5P1E A;  5P0S A;  2J9K A;  1XL5 A;  2FS4 A;  1C6Y A;  1CPI A;  1W5Y A;  5P6N A;  5P5X A;  5P6B A;  4DVF A;  4L1A A;  2QI3 A;  3S53 A;  5P8T A;  1NPV A;  2AVQ A;  3DV1 A;  4CKU A;  4Q1W A;  4ZLS A;  2V13 A;  2UY0 A;  3U7S A;  2A1E A;  2BPY A;  4EQJ A;  4L7J A;  5P12 A;  4HE9 A;  1IDB A;  1SDT A;  1B6K A;  4Y3A A;  2WL0 A;  3BHE A;  5P5Z A;  4NJS A;  5AH9 A;  1MSN A;  5I3V A;  3L5C A;  4Y44 A;  2XFI A;  1FG6 C;  4QLH A;  1YT9 A;  1WKR A;  1ER8 E;  4LL3 A;  1QDM A;  3K4V C;  4ZSQ A;  5P66 A;  1BXO A;  2H6S A;  2XFK A;  3S43 A;  1BVG A;  3K5F A;  4WY1 A;  2PH8 A;  4Y50 A;  5P3D A;  1BAI A;  2PYM A;  3DK1 A;  4APR E;  1SDV A;  5P04 A;  2HS1 A;  1EPO E;  2O4L A; 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 1BDR A;  1EPQ E;  2OHK A;  3Q4B A;  2Z4O A;  2P83 A;  3VYF A;  3UQX A;  5P59 A;  5TOL A;  2OHQ A;  1ZPK A;  4FL8 A;  4RYC A;  3T6I A;  3TPJ A;  5OZ1 A;  5P42 A;  5P5L A;  1SGU A;  5P0U A;  4RCD A;  2AZ9 A;  1PFZ A;  4OC6 B;  3D91 A;  5OZO A;  5P6T A;  5C9B A;  5P6X A;  1IZI A;  5P8L A;  1HIH A;  4Y3F A;  5P7W A;  5E5J A;  4IVS A;  3OY4 A;  2QI4 A;  3I2L A;  3EC0 A;  2BB9 A;  5P50 A;  1A94 A;  5JFU A;  3PSY A;  2OHU A;  1HVI A;  3ZKQ A;  3OU1 B;  5P8P A;  5OZA A;  3FNU A;  5OZ4 A;  4Y5B A;  2IS0 A;  5P5A A;  4LHH A;  1QRP E;  5P1X A;  5P78 A;  3HW1 A;  3UDH A;  4PYV A;  5P39 A;  4I12 A;  4DQB A;  2PSG A;  2ZJJ A;  3ZLQ A;  1DAZ C;  5OZ7 A;  5P7H A;  2G27 A;  3VLA A;  5P7N A;  5PEP A;  1BV9 A;  5P57 A;  5P29 A;  5P5P A;  3NU3 A;  4Y4G A;  3K1W A;  4Y5G A;  2QD6 A;  3FSM A;  5P83 A;  5P6H A;  1HII A;  3APP A;  6APR E;  5P1K A;  4YDG A;  2ZYE A;  3VCM A;  4DJP A;  2AOG A;  2ZE1 A;  4I0Z A;  5P51 A;  3SKF A;  3K5G A;  4M8X A;  5P2C A;  5P3C A;  5P3M A;  2Q11 A;  3NU6 A;  2G1S A;  4YD5 A;  1B6J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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