5P3WA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 185
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3wA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3wA01
3LZSA 4Y4TA 1MTBA 2H6TA 4BELA 4Y4ZA 5P27A 2RMPA 3VF3A 3PM4A 2PK6A 2AVOA 3O99A 1SDTA 5OZDA 4CPWA 2ZYEA 5P38A 3QI1A 5AH9A 2B60A 2QMGA 2WEDA 5P3MA 3LIZA 3T7QA 2ZE1A 4I0GA 3LITA 5P0TA 2I4WA 5P7NA 1T6GA 3Q6YA 2ZJKA 1YTJA 4F75A 5P3AA 4QGIA 1OEWA 3OHFA 1UPJA 3L3AA 5I3VA 5P12A 5P75A 3OTSA 4B77A 3D3TA 5P6LA 1VIKA 3K4VA 3IXKA 2VJ9A 3O9EA 1A30A 1WBKA 1ZJ7A 2G21A 5HU0A 1EC3A 1FFIC 5C9FA 2WEBA 1PSAA 4A6CA 5P4UA 1LF2A 1DMPA 4RLDA 1HVIA 1K1TA 4D8CA 3L5BA 3ZKNA 3MWSA 5P0XA 4YDGA 1K6PA 2WF4A 2ZHRA 3UQPA 4H3JA 4Y4XA 3INEA 5DGWA 3K4VC 3MXEA 1F7AA 5P3RA 3L58A 5KOSA 1ZAPA 4I11A 5P5MA 1E81E 1WBMA 1HIIA 1UH9A 3UQRA 5P02A 4ZE6A 1EBKC 3N4LA 1XS7D 4ACUA 3HZCA 5OZGA 5P7DA 4B1DA 3DV1A 6FIVA 5COOA 3ZPSA 2P3CA 1FB7A 3ZMGA 1BIMA 3R1GB 5P3SA 4LAPA 2VJ6A 4Y6MA 3I25A 1HSGA 4Z22A 1FGCC 5CONA 1GKTA 4RCDA 3PCZA 2AZCA 5P19A 2AOCA 1HBVA 4YD6A 4PZWA 5OZKA 3KFSA 5P2RA 2NMZA 5I3XA 4J0ZA 4NJTA 4J17A 2VA7A 4LXAA 3URJA 1NPWA 5KR1A 3IN3A 3L5CA 2Q3KA 5P2TA 1OHRA 5P7XA 1SGUA 2ZDZA 3EC0A 4GJ8A 4DQGA 1PPKE 1GVTA 1AIDA 2ASIA 3S53A 1K2CA 2BQVA 3L38A 3QP0A 5I3WA 3OU3A 3BRAA 5P5WA 2AODA 5P6XA 1TQFA 3LIXA 4Y4AA 2J9JA 4TVGA 3KN0A 4FGXA 3D91A 4Y3WA 4K8SA 1N49A 2RENA 4PPHA 5P77A 1HEFE 1W6HA 3ZLQA 5P2NA 2AIDA 5P28A 1APWE 3S7MA 4HEGA 5P5VA 5C9BA 3UTLA 3GW5A 1ER8E 3BUGA 4Y41A 1IZDA 4UPJA 2G1RA 1M43A 1W51A 4OC6A 2NPHA 3L5DA 3OGPA 2HC0A 5P81A 1T3RA 5DR1A 4A4QA 5P0LA 4L7GA 1ZSFA 3ZL7A 4ZSRA 1IBQA 5P2XA 2R38A 3OWNA 5P0WA 5P8RA 4BEKA 4TRZA 2XFKA 1Z1HA 5OZSA 3OXVA 1BVEA 3WZ8A 3KFNA 5P0HA 2FDPA 5OZCA 2I0AA 5P62A 5P6UA 4OBZA 1HTEA 3OU1A 2WECA 1LS5A 5P52A 3QAAA 4Y51A 2QAKA 2IRZA 2HIZA 1K1UA 4J0VA 1HVHA 5AH8A 2BB9A 5P5GA 1QRPE 3UCBA 3S7LA 5APRE 3M9FA 1EC0A 4Y3FA 3CYWA 4WTUA 2APRA 3EXOA 3FKTA 1GNNA 2QMDA 5OZ9A 3PI0A 2WKZA 3O9FA 4PZXA 5P0SA 5OYRA 3BVAA 5EZZA 5P2LA 5KR0A 4OD9B 4B72A 1YG9A 3IGBA 1A8GA 2P3DA 2OHNA 2VKMA 3HDKA 2EWYA 3VCMA 5P1GA 4YBFA 3S8IA 2QHYA 1EPLE 4J1IA 2AVVA 5OZUA 4GJBA 1FQXA 2XFIA 1HPSA 2R3WA 4JPEA 4GJCA 5AH7A 1MT7A 4DQFA 1XE6A 1MEUA 3O9LA 5P7SA 3S56A 5P16A 3LZYA 5P26A 5P3YA 4OBFA 2QNPA 4Y38A 3PWMA 5P5EA 3EKVA 3FNSA 5P2YA 2PSVA 3DCKA 1GNMA 4EXGA 1KJ7A 2FNTA 3TPJA 3QRMA 4Y3NA 3T7XA 3L59A 1MVPA 3OOTA 2AVSA 2VNNA 3D1XA 3I8WA 2PSGA 4H3GA 3SA3A 1SBGA 3T11A 2AQUA 4WY1A 5P3UA 3PGIA 3UDKA 5P8KA 4Y5AA 4GJ9A 5HDVA 5P2AA 3MSLA 3IVHA 4E43A 2QZLA 5P72A 2BPZA 3KT5A 4XKXA 5OZHA 2ZJNA 3NXEA 5P7ZA 2NMYA 5P4VA 5P4AA 5P3WA 3CKRA 2PWCA 5AHCA 4DPFA 3O9IA 1ZBGA 3UPJA 1EPNE 5P47A 5DQ5A 3VYEA 5UPJA 4JPCA 1B6JA 2XYEA 4H1EA 1UH7A 1HIVA 3GI0A 1ZPAA 4ZPGA 4J1EA 1FKNA 5P6JA 2P4JA 4YCYA 3SO9A 4I0IA 5P2MA 1E5OE 1HHPA 5P74A 3Q5HA 5P89A 2G1OA 5P3LA 2PWRA 3KDCA 4DJYA 1B6LA 4Y48A 2UPJA 2WF2A 5P59A 5HTZA 5I70A 4FRSA 4ZPEA 3NYGA 3U6AA 2B7ZA 2V12C 1E80E 3LINA 1GVXA 3OADA 4RVJA 5P2KA 5OZ0A 2P3AA 3T6IA 5OZ6A 3NU9A 4DJRA 5P7OA 1KZKA 4L6BA 3CKPA 2PSUA 3URLA 3S43B 1PPME 1MUIA 3PSYA 3KA2A 1CMSA 1BXOA 2NNKA 3QVCA 4Y4DA 2IKOA 3PRSA 5P53A 2R5QA 3PHVA 3RSVA 1QS8A 2AZ8A 3BGCA 1QBSA 2G94A 4CP7A 1HSHA 3OAGB 5P3TA 5P79A 4RGHA 5HE7A 5HE5A 5P57A 3U71A 1CPIA 4D88A 2AOJA 5DR8A 5P7HA 3QPJA 5P41A 1OEXA 4R5NA 3UQUA 2FNSA 2NXLA 2P3BA 3INDA 3OTYA 5OZ2A 3K1WA 2J9KA 1HRNA 2I4UA 5BRYA 2VIJA 5P39A 3PB5A 1TW7A 5P18A 5P0NA 5OZZA 2AOGA 3CICA 3MXDA 4Y4EA 3QVIA 4Y3AA 3JVWA 1ZP8A 2Q5KA 5P6CA 4J0YA 5P63A 2B8VA 4RZ1A 1HVJA 1EPME 5AH6A 3KFRA 3O9AA 2OHLA 5P3VA 5P4HA 2QI5A 3NLSA 3NSHA 5P6BA 5P78A 1AJVA 1HPVA 4OBJA 4R95A 4GMIA 4J1FA 4Y5NA 2ZGAA 4DPIA 5P4IA 4Q5MA 5P15A 5P8HA 1C70A 4Y39A 3PVKA 5P2VA 5OZ7A 2Q55A 5P6RA 1YT9A 1ZSRA 5PEPA 4EQ0A 3TOHA 3TTPA 3L5FA 5KR8A 1T6EX 4RYCA 5P51A 4FS4A 5P1NA 5P1JA 3PCWA 3ER5E 2NXDA 3SM1A 4F74A 4Y3GA 3S85A 3S2OA 1MSNA 4B00A 3WZ6A 4Q1NA 5P1HA 2WF3A 5P5XA 3UDPA 1D4HA 1LYWA 3VLAA 4Y3ZA 5P33A 5P24A 5P0RA 3EKWA 4I10A 2IGXA 5T4SA 5P1VA 5P2FA 5P5IA 4DUSA 3SQFA 3AUPA 5P3NA 3PI5A 2VIEA 2QI4A 5P0FA 1HVSA 3PLLA 4FLGA 4Y5LA 5P0PA 5P4XA 3SA7A 1QDMA 1B11A 1BV9A 2ZJIA 1META 3OXXA 4EP2A 1B5FB 1T7IA 5TOLA 1XDHA 5P32A 1MRXA 5P0UA 2F3FA 5P4PA 1RPIA 5P6YA 1XN2A 2R3TA 5OZVA 5ER2E 6UPJA 3NXNA 1FQ5A 3HAWA 4PYVA 4FCOA 1BDLA 3NU6A 2Z54A 5P69A 2QI1A 1Z8CA 2I4QA 1W50A 2G26A 3APRE 4KE1A 2VA6A 2R43A 3WSJA 3GGAA 4Y5PA 5P42A 2QD7A 3NU5A 5P8UA 3QN8A 2B7FA 2IQGA 3PBDA 5P13A 3RU1A 4FE6A 3EL5A 5P76A 5P5BA 4R92A 3Q4BA 2G1NA 4RVIA 5P7CA 3O9CA 5P8TA 4LHHA 1OD1A 5KQXA 5P08A 5P7EA 3R0YA 4FRIA 1HVKA 5OYXA 2ZJHA 4ZSMA 4HDBA 1Q9PA 3IXOA 1W5YA 3LNKA 2AOEA 4DH6A 1D4JA 4Y3HA 5OZWA 1A9MA 5P07A 1MT8A 4Y37A 1C6ZA 1XE5A 1CZIE 1LYBB 5OZPA 5P5UA 5P2WA 1BAIA 4HVPA 3G6ZA 2AOFA 3FX5A 3VFAA 5P1UA 4GZFA 2R9BA 4EQJA 2H6SA 4B1CA 5P5YA 3OU4B 5P3BA 5P50A 4Y3PA 1EPPE 4Y3RA 4K4RA 5KAOA 2BPVA 4DJPA 4XX4A 1J71A 1FFFC 1MPPA 2R5PA 4KUPA 5HE4A 5P55A 3KMYA 2ER9E 3K5DA 4EYRA 3EL9A 3KF0A 4Y9WA 4N00A 2VS2A 5P56A 1BBSA 4L1AA 2ER0E 5P2SA 3ZKQA 4CMSA 3BXRA 1BV7A 4Y3DA 1IDAA 5P1FA 2O40A 4J1CA 4EP3A 2G1SA 4CPRA 4J55A 2ZJMA 3QRVA 2HAHA 2XFJA 4AA8A 4QJAA 5P0AA 3NWQA 4Y3LA 4YD4A 5DR7A 3EM4A 4YDFA 1Z1RA 3HVGA 2I4DA 5P7AA 5P10A 2WF1A 4ZPFA 4DQHA 5OZ3A 3K5CA 1DW6C 5P1ZA 1BVGA 3FIVA 3EKTA 1FMBA 3TKWA 3LIYA 4FM6A 5P43A 3SACA 1SH9A 1YTHA 1F34A 4DJUA 1SMEA 5P1RA 5IVSA 4Y5KA 4U7QA 2ZHUA 5P31A 3OUDA 5P2ZA 5P87A 3H0BA 2AOHA 1BXQA 4ZSQA 1EPOE 3ER3E 5P0JA 4LBTA 4CPSA 5HCOA 3VV7A 2V13A 4DQEA 5OZYA 5P84A 3JVYA 3R0WA 3B80A 3Q70A 5P5OA 3UDRA 5P2UA 2VA5A 2A1EA 2QHZA 4DJXA 1FQ7A 3NDUA 3ZPTA 5P5RA 5P3EA 1GVWA 3CMSA 3HW1A 3QBHA 3OXWA 4EWOA 2AZ9A 4I0JA 4Y5BA 3ZKIA 2FGVA 3SA5A 5P80A 1YM4A 3IN4A 5P0KA 4J5JA 5KOQA 2HM1A 5P3ZA 3TOFA 3RVIA 5P1AA 3VF7A 5P48A 3PJ6A 2QU3A 4QJ9A 3RSXA 5SY3A 4Z4XA 1UH8A 4MC2A 2OAHA 5P8OA 3SA6A 1B6PA 3LIVA 5P04A 5DPZA 3EM3A 3PBZA 2IS0A 4GJ5A 3GI6A 3LPKA 1LF4A 5HD0A 4I8ZA 4EPJA 5P8CA 1YTGA 3VG1A 2OHKA 2QI7A 4I8WA 1EPRE 5P22A 4X2LA 4IVTA 2HPEA 3VV8A 5P0ZA 3EL0A 2R8NA 4YD7A 3O9HA 5P3XA 5P34A 1DAZC 3UDYA 1PFZA 1EAGA 2NR6A 2I4XA 1HVCA 2NXMA 5P4RA 1YX9A 5P00A 2BJUA 4J1HA 5P1PA 5DR0A 5P25A 5P0BA 1TSUA 1HTRB 3VF5A 4BFBA 3MSJA 3CYXA 3NR6A 3R4BA 1APVE 1FMXA 4NPTA 3ZKGA 5P8PA 5P5NA 1MESA 3ST5A 4LP9A 1LYAA 5P70A 3BVBA 5OZ1A 3PMYA 2ER6E 5P0EA 4KE0A 5P1LA 5P1OA 2RKGA 5P6FA 5P0YA 2G69A 5FIVA 2G20A 2MIPA 3NDTA 2PK5A 3OGQA 3BUFA 4Y4UA 5OZNA 4GJDA 3EM6A 3S43A 1MSMA 4I1CA 5P3CA 3SABA 4NKKA 4U7VA 4OC6B 4YCKA 2QNNA 5P1YA 3KDDA 5P4MA 3UDMA 4QLHA 3OQFA 3KYRA 4Y3YA 5P4CA 3VYFA 4RCFA 1FEJC 3IAWA 5P7TA 5P8JA 4CPQA 4B70A 2Q15A 1K2BA 3EBZA 5P3JA 2FLEA 3K5FA 1HIHA 5P6OA 4TVHA 2OHQA 3OU1B 4YCTA 4BFDA 3HAUA 1EBYA 2F3EA 3Q3TA 2BPXA 4ER4E 5OYQA 5SZ9A 4DI2A 5JFUA 3NWXA 4PHVA 1QBUA 4EJDA 5P0VA 3T7PA 1HXBA 4ZLSA 4M8YA 5P65A 5P6VA 1AVFA 1HTFA 3BUHA 4ER2E 4YHQA 5JFPA 2FDEA 1PPLE 5P0MA 5P64A 1TSQA 3EMYA 5P5KA 5P6PA 5P4WA 4F76A 4H3FA 1ODYA 4ZIPA 2PYMA 3EKXA 5P2IA 3DV5A 3VYDA 2O4SA 4APRE 5P3GA 1M4HA 2XYFA 3D20A 3OQKA 3GI5A 5P8GA 5P45A 2B8LA 3HVPA 4NJVA 2SAMA 1LZQA 4OBGA 2QI3A 5HU1A 2O4LA 1W5WA 3SA4A 5P05A 3A2OA 1GNOA 4GJ7A 4MC6A 4S1GA 3RTHA 3KFPA 4D83A 2F80A 5P4FA 3WB5A 2V0ZC 4ACXA 5P5LA 5HCTA 4D89A 6APRE 5OYSA 3SFCA 3GGUA 1D4LA 2RSPA 4J1KA 2QD8A 3UFNA 2FMBA 5P8SA 3U7SA 4RRNA 2BPYA 5P6TA 3D1YA 3O9LB 4HA5A 3APPA 1FQ4A 5P2OA 4Y50A 5P7BA 4COEA 2CEMA 3PLDA 5CLMA 1APTE 1IDBA 3O9DA 3I7EA 1D4YA 1KJFA 1U8GA 2QZWA 4OBKA 3KM4A 5B18A 1RV7A 1B6KA 5P7VA 2FS4A 1ODXA 3RTNA 2IEOA 5P3FA 1MIQA 5P5DA 3C9XA 3TPRA 4I0HA 5P3KA 3O9BA 5P0GA 5KQZA 1QBRA 4TRWA 3DJKA 1RQ9A 2G1YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LZS A;  4Y4T A;  1MTB A;  2H6T A;  4BEL A;  4Y4Z A;  5P27 A;  2RMP A;  3VF3 A;  3PM4 A;  2PK6 A;  2AVO A;  3O99 A;  1SDT A;  5OZD A;  4CPW A;  2ZYE A;  5P38 A;  3QI1 A;  5AH9 A;  2B60 A;  2QMG A;  2WED A;  5P3M A;  3LIZ A;  3T7Q A;  2ZE1 A;  4I0G A;  3LIT A;  5P0T A;  2I4W A;  5P7N A;  1T6G A;  3Q6Y A;  2ZJK A;  1YTJ A;  4F75 A;  5P3A A;  4QGI A;  1OEW A;  3OHF A;  1UPJ A;  3L3A A;  5I3V A;  5P12 A;  5P75 A;  3OTS A;  4B77 A;  3D3T A;  5P6L A;  1VIK A;  3K4V A;  3IXK A;  2VJ9 A;  3O9E A;  1A30 A;  1WBK A;  1ZJ7 A;  2G21 A;  5HU0 A;  1EC3 A;  1FFI C;  5C9F A;  2WEB A;  1PSA A;  4A6C A;  5P4U A;  1LF2 A;  1DMP A;  4RLD A;  1HVI A;  1K1T A;  4D8C A;  3L5B A;  3ZKN A;  3MWS A;  5P0X A;  4YDG A;  1K6P A;  2WF4 A;  2ZHR A;  3UQP A;  4H3J A;  4Y4X A;  3INE A;  5DGW A;  3K4V C;  3MXE A;  1F7A A;  5P3R A;  3L58 A;  5KOS A;  1ZAP A;  4I11 A;  5P5M A;  1E81 E;  1WBM A;  1HII A;  1UH9 A;  3UQR A;  5P02 A;  4ZE6 A;  1EBK C;  3N4L A;  1XS7 D;  4ACU A;  3HZC A;  5OZG A;  5P7D A;  4B1D A;  3DV1 A;  6FIV A;  5COO A;  3ZPS A;  2P3C A;  1FB7 A;  3ZMG A;  1BIM A;  3R1G B;  5P3S A;  4LAP A;  2VJ6 A;  4Y6M A;  3I25 A;  1HSG A;  4Z22 A;  1FGC C;  5CON A;  1GKT A;  4RCD A;  3PCZ A;  2AZC A;  5P19 A;  2AOC A;  1HBV A;  4YD6 A;  4PZW A;  5OZK A;  3KFS A;  5P2R A;  2NMZ A;  5I3X A;  4J0Z A;  4NJT A;  4J17 A;  2VA7 A;  4LXA A;  3URJ A;  1NPW A;  5KR1 A;  3IN3 A;  3L5C A;  2Q3K A;  5P2T A;  1OHR A;  5P7X A;  1SGU A;  2ZDZ A;  3EC0 A;  4GJ8 A;  4DQG A;  1PPK E;  1GVT A;  1AID A;  2ASI A;  3S53 A;  1K2C A;  2BQV A;  3L38 A;  3QP0 A;  5I3W A;  3OU3 A;  3BRA A;  5P5W A;  2AOD A;  5P6X A;  1TQF A;  3LIX A;  4Y4A A;  2J9J A;  4TVG A;  3KN0 A;  4FGX A;  3D91 A;  4Y3W A;  4K8S A;  1N49 A;  2REN A;  4PPH A;  5P77 A;  1HEF E;  1W6H A;  3ZLQ A;  5P2N A;  2AID A;  5P28 A;  1APW E;  3S7M A;  4HEG A;  5P5V A;  5C9B A;  3UTL A;  3GW5 A;  1ER8 E;  3BUG A;  4Y41 A;  1IZD A;  4UPJ A;  2G1R A;  1M43 A;  1W51 A;  4OC6 A;  2NPH A;  3L5D A;  3OGP A;  2HC0 A;  5P81 A;  1T3R A;  5DR1 A;  4A4Q A;  5P0L A;  4L7G A;  1ZSF A;  3ZL7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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