5P40A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 189
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p40A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p40A01
4OD9B 2ZYEA 5P54A 2OHSA 3SA5A 2RKFA 2FIVA 1DW6C 4OBDA 5P82A 2I4WA 3LHGA 4Y45A 3TH9A 2Q3KA 4Y4JA 5P4ZA 3O9BA 2V12C 5E5JA 3GI4A 1KJFA 5P48A 3KFNA 5E5KA 2PMAA 4U8WA 1DMPA 4RCEA 1MTRA 3MWSA 4I0JA 3OHHA 4KE1A 5SZ9A 1TSQA 2PH8A 3INEA 5P1AA 4QJ2A 3TPPA 5P5PA 5IS4A 4DFGA 1HHPA 4MC1A 3EKYA 3DK1A 4DJOA 1M43A 1SIVA 4H3GA 3UCBA 3SM1A 2Q11A 2AOGA 4FSLA 5P18A 4Y3YA 4CKUA 2ER0E 2NTRA 3UDPA 1ZBGA 4Y41A 5OZ3A 1D4LA 1ZPKA 3UF3A 5P4PA 2QK5A 3ST5A 4OBZB 3DCKA 3OGPA 4CPUA 5P62A 1LV1A 3LIYA 3QIHA 5P2GA 5P1RA 2IEOA 5P19A 5P5YA 5KAOA 2R3TA 4DUSA 2G1OA 2WKZA 3FSMA 1EPOE 4ZSPA 5P0NA 3LZVA 4Y3LA 4OBHA 3OU1B 2G24A 5P0JA 2O4NA 1EPLE 5P72A 1D4JA 5KR0A 4ER4E 4U7QA 3RSVA 5HDVA 4B1DA 3KT2A 5B18A 5ENKA 5OZDA 4GJAA 2O40A 2Q5KA 2G1NA 4ZIPA 2IGXA 5OYWA 2O4LA 5P7PA 5P45A 2IS0A 1W5YA 5P68A 5P4JA 2VIJA 4J54A 5P4NA 1HSIA 5P6MA 2PWCA 4U7VA 4F73A 1FQ5A 5P1LA 4DVFA 3ZPTA 3O9DA 2P8HA 2AVSA 1BDQA 2PH6A 2P83A 2HB4A 1MRWA 1HPXA 4FAEA 5OYZA 5P6GA 2QHYA 2VIZA 2B7ZA 5P7NA 4Y5BA 4YCYA 1T3RA 1HIHA 3NWXA 4HA5A 5HE5A 1HPSA 1XDHA 3SKGA 3APRE 1Z8CA 1C6XA 1K1UA 2ER7E 4I8ZA 5J25A 4COEA 5P09A 5P8MA 1FFIC 1HVKA 4CPSA 1NPVA 4HZTA 3IVHA 5P02A 4E43A 3KF0A 3PRSA 5OZTA 4OBGA 3RTNA 2QD6A 3JW2A 5P69A 3CMSA 1BXQA 4R5NA 4Y4TA 1BILA 3UTLA 5HDZA 1HTRB 4CP7A 3PCZA 3EL4A 4ZLSA 4FRIA 5P5HA 3FKTA 3NSHA 1QBTA 5UPJA 5P2NA 4CPTA 4EJ8A 1FF0C 4FE6A 4Y6MA 2ASIA 3K1WA 5JFPA 5KQXA 2F81A 4H1EA 4FM8A 5OZMA 5P2DA 4Y4EA 3CYXA 4Y4DA 4YD6A 5OZPA 3UFNA 5P2XA 5P2LA 2UPJA 3PEPA 3S53A 1QBUA 5P87A 4YBFA 3OU4B 5P2OA 3HD8A 3TPRA 4Y3FA 3K5GA 5DPZA 1GVXA 5P7SA 4H3FA 2QMPA 2WF4A 1AVFA 1TSUA 5P2KA 3DV1A 3K5CA 5P6HA 4RGHA 1YTIA 3M9FA 4Z22A 5P0OA 3F9QA 5P4WA 5HE4A 5P4BA 2ZJNA 4EQ0A 4FRSA 4DJUA 1GVVA 3SA8A 4J1CA 3HAUA 2HB3A 5P0ZA 3DCRA 1OEWA 2PSGA 3VFAA 4ER1E 4L7HA 3PHVA 5P4RA 2Q54A 3KMYA 3BXSA 3I2LA 5P29A 4CMSA 2IKUA 1T7KA 5OZNA 4LC7A 4EWOA 5P8LA 4Y3DA 1YTJA 2G94A 1NPAA 5P4XA 5KQZA 1IZDA 4AZYA 4Y3JA 1TW7A 1LYAA 1MIQA 1FFFC 5P8GA 5JG1A 5COPA 5P67A 5P78A 3WZ6A 5P2BA 1HTEA 4Y43A 2I0AA 1HBVA 4A6BA 4J0ZA 4GB2A 3OQKA 3O99A 5P0CA 1QS8A 3MXDA 2AZ8A 5I3VA 2VA7A 5OZ4A 2HIZA 2QZLA 3QS1A 5P3YA 2UY0A 3IVIA 5OZOA 5P5TA 3QI1A 4OC6A 3KMXA 2ZHSA 5P28A 4N00A 4LXMA 1Z1RA 1EPNE 5OZRA 1EPPE 3PWWA 5P5ZA 1KJHA 1LYBB 3I7EA 1ZSRA 1BV7A 3Q5HA 3QPJA 5P5MA 2G20A 3EM6A 5P30A 5JFUA 4PZWA 4Y5NA 5P6KA 5P51A 2QU3A 4Y4AA 5OZIA 5OZCA 5P79A 5P7AA 3S43A 3OOZA 3EL9A 4Y39A 3L5FA 2JJJA 5P3PA 3T7XA 1GVTA 2G69A 5OZZA 1SP5A 2V00A 2IKOA 5P77A 4Y4GA 2AZCA 1FQ4A 1F7AA 5P2RA 2RENA 5P2IA 4TVHA 3NUJA 5P4LA 2R8NA 3NXNA 3ZKNA 1TZSA 3VSWA 5P2VA 3S45A 1A9MA 4NJVA 4AMTA 2UXZA 5P7BA 5P7QA 3RVIA 1SDVA 3LIVA 1BIMA 3VLBA 3PB5A 1AAQA 3OUBA 5P5XA 4Z50A 4Y3ZA 2R9BA 4HEGA 5P8FA 3NDTA 1XS7D 3QRSA 4B70A 3O9GA 3HAWA 3OADB 2P3DA 5P71A 1YTGA 3BHEA 4I0DA 3O9CA 3RTMA 5AH7A 1ME6A 5P4MA 5OYSA 5P3UA 5P20A 4Y5EA 4Y50A 5P5FA 5OZ0A 5P1VA 3WZ8A 3UQUA 5OZVA 3VYDA 4I0HA 4QLHA 8HVPA 1C70A 5P1XA 5P3QA 1Q9PA 5P0IA 3NU3A 5OZ1A 2VJ6A 1K6VA 4B78A 4YE3A 4A6CA 2QNQA 2I4UA 5P0SA 5P53A 5P3TA 3B7VA 1META 3S54A 3VYFA 4DJQA 3IAWA 3URJA 1HIIA 3VG1A 4CPQA 3GGAA 1RL8A 4J17A 4LL3A 5OZFA 5P6CA 1IDAA 3VFBA 5BRYA 1MT7A 1ZP8A 5I3WA 4APRE 1SGUA 5P4UA 4Y56A 1HOSA 4Y3NA 5P80A 4Y58A 1HTGA 4J1EA 3OXXA 2XFKA 4X7IA 5P8NA 6FIVA 2FDEA 3OQ7A 1EC1A 4J0VA 2ANLA 3L3AA 3SACA 5P50A 5OZXA 1BAIA 3L38A 1QRPE 3MSLA 1ODWA 5OZJA 1HXBA 1EPME 1WBMA 1IZEA 5P2UA 3QBHA 2ZE1A 5P4FA 3ZPUA 1PPME 4D8CA 2BKTA 5P1SA 4NJTA 4Y4UA 2BPWA 4DQGA 3RU1A 4Y35A 2QP8A 3TPLA 2FXEA 5P2ZA 2FDDA 2QMGA 1HVHA 4J0PA 5P8TA 5P76A 2IDWA 3FX5A 4F74A 5P0MA 1IZIA 1D4IA 5P7DA 1K6PA 1CPIA 2AZBA 1OHRA 3BUHA 3VF3A 4Y3AA 3NLSA 5P3DA 3SA4A 3SO9A 5P4GA 2I4XA 4DJVA 2IGYA 1GKTA 1NH0A 2IENA 5HDXA 5P8PA 2OHTA 1IBQA 3O9FA 2NMYA 1FB7A 3OXVA 3L5CA 1LYWA 3PVKA 5P7ZA 5P6WA 4QJAA 3EBZA 5P7HA 3VV7A 3EL1A 3LZYA 3SAAA 1HVSA 3NDUA 1K2CA 1IDBA 4EP2A 4TRWA 4Y5PA 4Y38A 1HVLA 5P6DA 3PWMA 3PBZA 5P3BA 1LZQA 5COKA 1LYWB 4PHVA 5P14A 5P70A 5P3CA 1AJXA 5P8DA 5DR4A 5P5JA 3SKFA 1YG9A 5P1QA 3ZKQA 5P7GA 2HM1A 5P1UA 2PK5A 1EPQE 3K5DA 4FLGA 3EKVA 1RQ9A 5P2AA 3FIVA 5OZWA 2AOHA 5P44A 5P1CA 4RVIA 3UDNA 5SXNA 5OZGA 3T7QA 3OTSA 2R5PA 4M8YA 3PLLA 1E81E 2ZGAA 1MESA 5OZHA 5P41A 2HC0A 5ER1E 4DJRA 4DQHA 5APRE 3LNKA 1W5XA 3EMYA 4L1AA 5P5AA 4DH6A 5P7WA 5OZ8A 5P7KA 5P89A 3UDQA 3OAGA 4I0FA 2ZDZA 1VIKA 1ZJ7A 4QJ9A 2JE4A 5ENMA 3URLA 5P81A 3VV8A 4Y57A 1LF4A 2O4PA 3VSXA 3OUCA 5P0WA 3H0BA 5P03A 3D1XA 1J71A 3SPKA 3R0WA 2JYSA 3TNEA 2AOFA 3GGUA 1FGCC 4Y3HA 1E80E 1FG8C 3HW1A 3PBDA 4IVSA 3BXRA 1FMBA 2Q64A 4MC6A 2P3BA 5P88A 2AOIA 3EKPA 4Y47A 2I0DA 2OHQA 3T6IA 1PSNA 1HVIA 3SA9A 1A30A 1LF3A 4GJ6A 2AQUA 2O4SA 5OZBA 1FQXA 1W50A 1PSOE 4HDFA 1D4HA 1YM4A 5P4CA 3LZSA 4YD3A 4I11A 1W6IA 5P6QA 2NXDA 4LXAA 3UQRA 5P3XA 3OU3A 5I3YA 5P7FA 3U7SA 3RSXA 1FG6C 3UFLA 2BPYA 1K6CA 1GVUA 1XN3A 1HSHA 3K4VA 2VS2A 2OHMA 1W51A 5P33A 4GZFA 4KB9A 4Y53A 2PWRA 5TOLA 4Y3GA 3FV3A 5P8KA 2QI1A 2V13A 5P86A 1SDTA 5P7XA 2BKSA 3HVPA 4B1CA 5P55A 4ZPGA 3WSJA 3ZOVA 5P1DA 2OHRA 1HWRA 2QZWA 1KJGA 2EWYA 1MEUA 1B11A 1XL2A 5P2FA 5AHBA 9HVPA 3OUAA 5P5CA 1BVGA 5P1OA 2QI5A 5P7UA 3ECGA 5P42A 3FNTA 4LXKA 1NPWA 2PSUA 3Q3TA 2A4FA 1EBYA 3AIDA 5P0UA 5P6IA 1EBWA 1W6HA 5P8OA 5P24A 2WJOA 4Y3MA 5DQ4A 5P11A 2XFIA 4RRNA 4OBFA 5P6BA 4ACUA 3WB4A 5T4SA 5P0KA 2PK6A 2MIPA 5P6EA 5P00A 5DQ1A 2R43A 4LHHA 3PSUA 4HE9A 1ZTZA 3ZKSA 4R93A 5P66A 5P1IA 5P3HA 2APRA 1JLDA 5P63A 1MSMA 2VA6A 3PI5A 4J0TA 3UQPA 1HTFA 3DJKA 4Y5MA 3PI0A 5P4HA 2G1SA 4Q1XA 2VIYA 3KN0A 2AZ9A 5P27A 3SLZA 3B80A 4WTUA 2AOEA 1M4HA 2RKGA 3QVCA 3APPA 5P1HA 1KJ4A 1T6GA 3PGIA 4B05A 4DJPA 2H6SA 1FQ8A 2P3CA 3NU6A 4B00A 5PEPA 2WF3A 4I0EA 4JPCA 3D3TA 5OZKA 5P0AA 5AHAA 1MERA 3VF7A 4GJDA 4ZPFA 1G35A 3U71A 4YDGA 1KJ7A 4PZXA 1BWBA 3QN8A 4FL8A 1W5VA 3GW5A 4GJBA 3INHA 2BB9A 4Q1WA 2XYFA 4PPHA 2WF2A 5KOSA 1BV9A 2HB2A 1T6EX 4QGIA 2Q63A 1LYAB 5CONA 1KZKA 4Y5KA 4TRYA 5P8UA 4ACXA 3N3IA 4J0YA 5HE7A 1D4KA 5P06A 2XFJA 1IVPA 2WEAA 4HVPA 5P5BA 1C6ZA 5P8EA 1D4SA 5AH9A 5P6LA 5IVQA 3ER3E 4I8WA 1SMEA 3BUFA 3NR6A 5P5SA 5F01A 3L58A 4OC6B 4FSEA 4YCKA 5P4OA 5P56A 4H3IA 2QZKA 4ZSRA 3UDRA 4RCDA 1SH9A 2AVOA 5ISJA 3G6ZA 1HVRA 3OQAA 4FS4A 5P4AA 5P6TA 3VCMA 4DQFA 2QMFA 4DQCA 5P7VA 5OYXA 5OZ6A 4Y5AA 5DGWA 1E82E 1PFZA 3PMYA 5P35A 5DR1A 5P0GA 3QRMA 5P3IA 4BFBA 4QJ6A 3I25A 5F00A 5OZ2A 3S43B 7UPJA 5P10A 1PROA 1D4YA 1XL5A 3ZKXA 5HTZA 5KOQA 3EL5A 5C9FA 2G27A 2V16C 2FDPA 2PYNA 5EZZA 2OF0A 5P47A 1HEFE 5P6FA 5P5QA 3OK9A 4Y54A 5DR0A 3IXKA 3SQFA 3VLAA 5P75A 5P08A 2QHZA 4MC9A 4H3JA 4RRSA 2NMZA 2PYMA 3OOTA 3T11A 5DQCA 5P5WA 2FS4A 3IXJA 1HSGA 3DV5A 3VF5A 5P3EA 2NPHA 3INDA 4ZPEA 1T7IA 3VEUA 3ZKGA 5P7TA 1TCWA 3QP0A 1RNEA 2QAKA 4EXHA 2ZJMA 4BELA 1FEJC 2VJ9A 1B5FA 5OZ7A 5P1ZA 5P1NA 1MSNA 4ZEAA 1RPIA 2B60A 4ZE6A 3S85A 3UQXA 3HZCA 3A2OA 2OHPA 1GNMA 3O9HA 3MXEA 2IL2A 1BBSA 4D89A 5P0TA 3O9AA 4EYRA 5P3AA 4FAFA 1HVJA 1APUE 3LINA 5DGUA 4EXGA 5HU1A 4K8SA 3LPKA 5OZSA 1G6LA 3ZMGA 1B5FB 3KFRA 1ZAPA 2HPEA 5P6XA 5P7JA 3TLHA 1UH9A 3MSJA 5JODA 1UH8A 4XX3A 1AIDA 4QJ8A 4Y5GA 3C9XA 1K1TA 2JJIA 3OUDA 3ZL7A 2AODA 1HIVA 1E5OE 2Q15A 1LEEA 2ZJJA 4J1HA 5P60A 1BXOA 4GMIA 1BDRA 2J9JA 1BDLA 4FCOA 5P5DA 5P3FA 3PSYA 2R38A 5P0VA 2AVVA 1ENTE 5P4IA 5OZ5A 2ER6E 1CZIE 1MT9A 3G70A 5P1WA 1B6JA 3EM4A 5BS4A 4Y44A 5C9BA 1FQ7A 3IN4A 5P5IA 1YX9A 5P17A 4KE0A 5P3ZA 5KR2A 5P34A 5P7RA 4Z4XA 4I0GA 2IQGA 5OZLA 5P0HA 5P8IA 3UQWA 4Q1NA 1UPJA 3KYRA 1MTBA 3R1GB 4JOOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OD9 B;  2ZYE A;  5P54 A;  2OHS A;  3SA5 A;  2RKF A;  2FIV A;  1DW6 C;  4OBD A;  5P82 A;  2I4W A;  3LHG A;  4Y45 A;  3TH9 A;  2Q3K A;  4Y4J A;  5P4Z A;  3O9B A;  2V12 C;  5E5J A;  3GI4 A;  1KJF A;  5P48 A;  3KFN A;  5E5K A;  2PMA A;  4U8W A;  1DMP A;  4RCE A;  1MTR A;  3MWS A;  4I0J A;  3OHH A;  4KE1 A;  5SZ9 A;  1TSQ A;  2PH8 A;  3INE A;  5P1A A;  4QJ2 A;  3TPP A;  5P5P A;  5IS4 A;  4DFG A;  1HHP A;  4MC1 A;  3EKY A;  3DK1 A;  4DJO A;  1M43 A;  1SIV A;  4H3G A;  3UCB A;  3SM1 A;  2Q11 A;  2AOG A;  4FSL A;  5P18 A;  4Y3Y A;  4CKU A;  2ER0 E;  2NTR A;  3UDP A;  1ZBG A;  4Y41 A;  5OZ3 A;  1D4L A;  1ZPK A;  3UF3 A;  5P4P A;  2QK5 A;  3ST5 A;  4OBZ B;  3DCK A;  3OGP A;  4CPU A;  5P62 A;  1LV1 A;  3LIY A;  3QIH A;  5P2G A;  5P1R A;  2IEO A;  5P19 A;  5P5Y A;  5KAO A;  2R3T A;  4DUS A;  2G1O A;  2WKZ A;  3FSM A;  1EPO E;  4ZSP A;  5P0N A;  3LZV A;  4Y3L A;  4OBH A;  3OU1 B;  2G24 A;  5P0J A;  2O4N A;  1EPL E;  5P72 A;  1D4J A;  5KR0 A;  4ER4 E;  4U7Q A;  3RSV A;  5HDV A;  4B1D A;  3KT2 A;  5B18 A;  5ENK A;  5OZD A;  4GJA A;  2O40 A;  2Q5K A;  2G1N A;  4ZIP A;  2IGX A;  5OYW A;  2O4L A;  5P7P A;  5P45 A;  2IS0 A;  1W5Y A;  5P68 A;  5P4J A;  2VIJ A;  4J54 A;  5P4N A;  1HSI A;  5P6M A;  2PWC A;  4U7V A;  4F73 A;  1FQ5 A;  5P1L A;  4DVF A;  3ZPT A;  3O9D A;  2P8H A;  2AVS A;  1BDQ A;  2PH6 A;  2P83 A;  2HB4 A;  1MRW A;  1HPX A;  4FAE A;  5OYZ A;  5P6G A;  2QHY A;  2VIZ A;  2B7Z A;  5P7N A;  4Y5B A;  4YCY A;  1T3R A;  1HIH A;  3NWX A;  4HA5 A;  5HE5 A;  1HPS A;  1XDH A;  3SKG A;  3APR E;  1Z8C A;  1C6X A;  1K1U A;  2ER7 E;  4I8Z A;  5J25 A;  4COE A;  5P09 A;  5P8M A;  1FFI C;  1HVK A;  4CPS A;  1NPV A;  4HZT A;  3IVH A;  5P02 A;  4E43 A;  3KF0 A;  3PRS A;  5OZT A;  4OBG A;  3RTN A;  2QD6 A;  3JW2 A;  5P69 A;  3CMS A;  1BXQ A;  4R5N A;  4Y4T A;  1BIL A;  3UTL A;  5HDZ A;  1HTR B;  4CP7 A;  3PCZ A;  3EL4 A;  4ZLS A;  4FRI A;  5P5H A;  3FKT A;  3NSH A;  1QBT A;  5UPJ A;  5P2N A;  4CPT A;  4EJ8 A;  1FF0 C;  4FE6 A;  4Y6M A;  2ASI A;  3K1W A;  5JFP A;  5KQX A;  2F81 A;  4H1E A;  4FM8 A;  5OZM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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