5P45A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 194
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p45A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p45A01
5P2NA 5P4OA 5P5YA 5P0QA 4YD7A 5P83A 2I4WA 2RSPA 2VS2A 4Y56A 3B7VA 1KJFA 4LBTA 4LXAA 5P1RA 5P7FA 5P8LA 2P83A 3NU9A 2QZXA 2BPYA 5P8FA 1PPLE 4ZPGA 4J55A 5P63A 3EL4A 5P7OA 3CIDA 5P45A 1VIKA 4IVTA 3I25A 5P5ZA 3MXEA 3PEPA 4DJOA 3T3CA 3IA9A 4YD5A 3LNKA 2AOGA 3IAWA 5JFUA 5OZXA 3ZOVA 1XS7D 3BVAA 1HXWA 5P5BA 2AOEA 4DJYA 5COPA 3RTMA 1UH9A 5P8NA 4I0EA 4EXHA 2PK6A 4I0GA 2QZWA 5OZDA 2AZCA 5P5WA 3SKGA 2PQZA 4QJ2A 4ZSQA 2I4VA 3WZ6A 5P09A 3L5DA 2FNTA 3S54A 1LF4A 5P20A 2QMGA 4Y4AA 1LYWA 5AH7A 3WZ7A 5OZNA 4ZSPA 2ZJJA 5P0CA 5P78A 4EWOA 4AUCA 1HPOA 5DR8A 4A6BA 3N3IA 4DI2A 4DQFA 5P7BA 1W6HA 5ISKA 5P6FA 4Y5KA 2B7FA 4DQHA 2OHSA 1FGCC 5IS4A 5OYQA 5P1LA 5DR3A 3DOXA 3LZUA 1XN3A 5P4RA 3T11A 4ZPFA 4Y3QA 3IN3A 5P0BA 5P3UA 3UDPA 3S53A 5P3NA 5OZTA 4AA8A 5OZBA 3NWQA 4Y3JA 3OQFA 1FQ6A 3EKXA 3APPA 5P5AA 1T7KA 5OZ0A 3D20A 4K4QA 1EBKC 4Y58A 2IEOA 4BELA 4ER1E 3OHFA 2B8VA 1FMXA 2ER0E 5P1XA 3TPLA 3HAWA 4Y5BA 3M9FA 3NU6A 4RRNA 3ZLQA 3DM6A 3F9QA 5DPZA 5P1MA 2QAKA 1META 3NUOA 4ZIPA 4UPJA 3OXVA 5P0DA 2PYNA 2BJUA 1MTRA 2IQGA 4L7GA 3UDYA 5DR1A 5KQFA 1YT9A 3VV8A 3VV7A 4EP2A 3PGIA 1F7AA 4OBZB 5P2LA 3ZKNA 2CENA 1HIIA 2IS0A 5OZEA 5I3WA 1GVVA 1HIHA 3WSJA 4DQBA 1D4HA 1SMRA 5P4EA 2G1RA 4OBDA 3OK9A 5BS4A 1D4SA 1TZSA 5SY3A 5P3SA 5P1PA 4K8SA 1SBGA 1BDQA 5P0UA 4XX3A 1QRPE 3TOFA 1TW7A 1FEJC 4FE6A 4F76A 5P3WA 4DQGA 6UPJA 2AVVA 4PEPA 3H5BA 1N49A 3QRMA 3RTHA 2PH6A 4JPEA 4ER4E 2OHPA 1ZPKA 4Y43A 3HVGA 5P85A 2WF0A 5HE7A 4Y4EA 5IVQA 5I3YA 2VA6A 5OZ7A 4JECA 7HVPA 1T6EX 2P3DA 5P04A 4HEGA 5P2RA 5P1AA 8HVPA 5P30A 5P5GA 1ME6A 2AOCA 1FMBA 1W5YA 1KJGA 4MC1A 1MIQA 1EPRE 5OZKA 3CMSA 5P33A 2QI1A 2HPEA 3PBZA 5P7XA 2I4QA 2B8LA 2PSGA 2XFJA 5P0TA 1BXQA 5HCOA 4QGIA 2G1SA 5DQ2A 2WEDA 4DJXA 5OZGA 4J0PA 4CMSA 1HVJA 2Z54A 2QI3A 3O9LB 2P3CA 3D1ZA 5P06A 1YTIA 5P4XA 3RVIA 5P2HA 5OZ6A 3UQUA 5P2VA 3GGVA 4I8WA 2V11C 3PVKA 4Y3FA 3G72A 1ZLFA 2WF1A 3CKRA 3SA8A 5P68A 5P2AA 5P7EA 5P5MA 4YD6A 5P3KA 3UDJA 2FXDA 5P8MA 1HTGA 5KQYA 3NDTA 5P0LA 1NPAA 1RPIA 6APRE 1ZPAA 2O4SA 5P48A 4Y3PA 5OZHA 4EJKA 1EPLE 5P22A 3PSYA 2NMZA 2I4UA 4K4PA 5P2KA 1A8GA 4DUSA 3NU3A 1HRNA 1HIVA 5P4CA 5P7MA 3VYDA 4NPUA 5P8RA 1TSQA 2PSVA 1HTFA 4GJ9A 3OQKA 3ECGA 2VKMA 4ZSMA 3VF5A 2AVOA 5AHBA 5P8HA 1FQXA 2IDWA 3LZYA 4CP7A 5HCTA 1AJXA 3S43A 4I0FA 1XL5A 5AH9A 2NR6A 3BVBA 3IVIA 2NXDA 1ENTE 4YBIA 5P3LA 5P1SA 3K4VA 3NDXA 1M0BA 3EMYA 4XXSA 4YD3A 4R93A 5P0FA 1YX9A 4Y4XA 1W51A 5P8PA 5T4SA 5P3VA 1D4KA 4Z2ZA 4DJPA 1YM2A 3K5FA 2VJ9A 3TH9A 2VJ6A 5P41A 5P8QA 4Y57A 3T6IA 2QMPA 2AZBA 1MVPA 4TVGA 4H3JA 2PK5A 1GNNA 3NDUA 4H3FA 3KYRA 5P3JA 3PSUA 5P6KA 2BQVA 5P1OA 1FFFC 4KE0A 2XYFA 5P7DA 5P18A 2OHUA 4DJUA 1XDHA 5P1GA 3MSLA 3SLZA 1IZDA 3HW1A 5P3PA 5P7HA 3Q6YA 3KFNA 9HVPA 3O9IA 4RROA 4JOOA 1LF3A 4FRJA 3SA9A 2OHTA 1LYAA 5FIVA 3L5FA 3SO9A 2F8GA 5P26A 3DJKA 3SACA 5OYZA 2OHKA 5P2TA 5P7ZA 3OAGB 2QK5A 5P3DA 2MIPA 1ZP8A 5P42A 2AQUA 4DQEA 1QBUA 3D91A 1BV9A 3L5CA 1K2CA 3EBZA 2QI6A 1ZBGA 2PWRA 3OU4B 1W5VA 4M8XA 3S2OA 3S85A 5P79A 1PPME 2QMDA 4H1EA 2I4XA 3URIA 2G94A 3BGBA 5IVSA 2R43A 3BGCA 3R0WA 3QROA 3BXSA 5P8AA 2NTRA 5P13A 4B00A 4TRYA 2NXMA 5P2CA 1B5FA 5P65A 4CPQA 3LZSA 5P0YA 5OZ4A 1SGUA 1TCWA 3RTNA 2FS4A 4HDPA 3OU4A 1K2BA 3OUCA 4Y5GA 4Y4WA 1B6LA 2V10C 1W50A 1LYBB 3R1GB 2XYEA 4OD9B 5P1CA 5CLMA 2V12C 5IVRA 2QD6A 1K6CA 5P1JA 5P38A 3NU5A 3O9CA 5HE5A 5P88A 2BPXA 5P4NA 2BKTA 1D4JA 3O9GA 5OZ2A 4D89A 3L3AA 1K1UA 2F81A 3K5DA 5P0HA 5ER1E 5P84A 5E5JA 3GGUA 2JJIA 5P77A 4H3IA 4J0VA 3UQRA 1CZIE 5P6IA 3VYFA 5ENKA 3VLAA 1OEWA 5P0AA 4B78A 3IXOA 5OYRA 4Y3YA 3PLLA 4J1FA 2IGYA 4GYEA 1XL2A 2AOIA 5P5FA 5P4ZA 1EEDP 3QIHA 2BBBA 1NPWA 2EWYA 3CICA 4J0ZA 2G24A 2Q3KA 4HDFA 1IIQA 2V0ZC 3PWMA 5P6DA 4D88A 5P1ZA 3QBFA 5P50A 3VEUA 5P08A 3HVPA 1DPJA 5P0SA 5OZVA 4Z4XA 3VSXA 4I10A 5DQ4A 4A4QA 2QP8A 2AVSA 3LINA 4FAFA 4B72A 2QI0A 5KOQA 3O9AA 5P58A 3OU1A 5P7LA 3IGBA 1EC2A 3APRE 5P7SA 1IDAA 2QNNA 5DQ5A 5HU0A 5P6XA 1SDUA 5EZXA 2WJOA 4Y6MA 2HM1A 5P5TA 5CONA 1HWRA 5P0ZA 2IL2A 2J9JB 5P62A 4RGHA 4DJQA 3VG1A 2R5QA 2I0DA 2B7ZA 4U8WA 2P3BB 4Y3HA 3TL9A 1G2KA 5P23A 4QJ6A 5P01A 5P6SA 1DMPA 2BB9A 3BUGA 2J9KA 4RYCA 1T7IA 5IE1A 2VJ7A 4RLDA 5P8IA 1QBTA 1BWAA 4GZFA 5P5CA 3QN8A 3FNTA 1HOSA 5OZ5A 5P2EA 2WEZA 4DV9A 2QCIA 2RMPA 3NU4A 4TVHA 5P74A 1FQ8A 5P0RA 2FDDA 3SKFA 4DPFA 4I1CA 5P6HA 3PLDA 3UPJA 5JODA 5P4KA 5P6YA 2J9JA 2V13A 4GJ8A 5HDVA 5P6WA 4GJBA 5P4YA 1APVE 1FQ7A 1K6TA 2CEMA 2G20A 4Y3LA 1HPSA 1HSIA 3ZKMA 4LP9A 1B6KA 2P3BA 2FDEA 3DV1A 2O4KA 1RNEA 5P6AA 2PYMA 5P82A 2O4PA 1WBKA 1AZ5A 1IZHA 1XE6A 4JP9A 2H6TA 5P0WA 5P8KA 4K4RA 5OYUA 4CPUA 1PSAA 5P2UA 2G69A 5I3VA 5OZ3A 1BBSA 2G27A 4MC9A 1ZJ7A 2Q55A 1WKRA 1BV7A 3SA3A 4AMTA 1HTRB 2Q15A 3KMYA 5AH8A 5DGWA 1AAQA 3OADB 5P5QA 5P25A 3OXXA 1OD1A 3NUJA 5P55A 3MXDA 1FFIC 5P8CA 2BPVA 3GI5A 4L6BA 2VIEA 2ZHRA 1K6PA 5P12A 1C6YA 4RCFA 4Y44A 3PWRA 5OZFA 2WEBA 1FG8C 1LZQA 2AOFA 5P4JA 3EL5A 4B1CA 5HDUA 3MSJA 2O4NA 3NWXA 2ZDZA 3CYWA 4LHHA 1Z1RA 3GI0A 4KUPA 3Q3TA 4DJVA 2RKGA 5SY2A 3OQ7A 3ZPSA 5HTZA 5P2GA 1ZSRA 5P8VA 5P5IA 4OBHA 5P27A 4IVSA 5JFPA 2VNMA 4AA9A 1SMEA 5P4BA 4PZWA 1FB7A 3OWNA 3PJ6A 5P7RA 5OZCA 3ZKIA 1YG9A 4JPCA 1D4IA 5HDXA 2O4LA 5DQ1A 5P0EA 4Z22A 4YDFA 5P6GA 4J1EA 2Q64A 2FNSA 5P5SA 4B1EA 2ASIA 3DCRA 3MWSA 2F3FA 4LAPA 3VLBA 5P3IA 5P7VA 1LF2A 1FQ4A 3RSXA 3NYGA 3LPKA 3VFBA 2ZJNA 4OBZA 3AUPA 3PMUA 3PRSA 5OZOA 4F73A 5P7NA 5P5UA 3SM1A 2G21A 3OQDA 2ZHUA 4RVJA 3WB4A 1A30A 2NNKA 1EBZA 2PSUA 4Y36A 4FM8A 1PROA 5P7KA 4LXMA 5P4QA 2ZHSA 1BDRA 5P2IA 5P2XA 1MT8A 5P1BA 1BAIA 4DJRA 3FIVA 2HB3A 1EC1A 3ZKGA 2B60A 4L1AB 4EXGA 3AIDA 5I70A 3RSVA 3S8IA 1BIMA 3KDDA 5P5OA 4DVFA 3SFCA 4Y3NA 1G6LA 3SAAA 3OY4A 3I8WA 5P0VA 5P7AA 5P40A 3HAUA 3OUAA 1UPJA 1EPNE 5OYXA 5OZUA 5JG1A 3EKQA 1EBWA 3LPIA 5P07A 3SA6A 2G26A 1A9MA 5OZ8A 5P34A 1J71A 4CPRA 5OZPA 2B42A 4CPWA 3HLOA 3K5CA 2OHLA 5P39A 5P5JA 1HPVA 3EC0A 4Y5AA 4YOBA 1HXBA 4HA5A 2PMAA 1ER8E 3O9DA 2OHNA 1HVRA 3R0YA 2G1OA 1QBRA 4X2LA 4TRZA 3OUDB 4Y4TA 4LXKA 3GGXA 3EKWA 4NJSA 3TNEA 2JXRA 4CPXA 5P81A 5P2QA 2I0AA 3GGAA 1IVQA 5P6LA 4BEKA 4YCYA 5HU1A 4YDGA 3FNUA 5BRYA 4PPHA 1MSNA 5P6QA 5C9FA 5J25A 5PEPA 4Y9WA 3O9LA 1QDMA 3IVHA 2ZJIA 1A8KA 3DV5A 4I8ZA 4M8YA 4I0JA 5P6VA 5P75A 5P59A 1G0VA 5P1FA 4Z50A 4Y3RA 3Q5HA 5P51A 4KB9A 3OGPA 5P72A 5DR0A 5OZWA 4GJ7A 5P2OA 5C9BA 2AVMA 4B05A 3OUDA 2QI5A 5AHAA 3L5EA 1HHPA 5ENMA 1AVFA 5COKA 4CPSA 3INEA 4I0ZA 3OUBA 1IZEA 5P0IA 2ZJLA 5P8GA 5P8BA 1T3RA 4DFGA 2UY0A 3PI0A 4F74A 5P1KA 3LZVA 3O9BA 5OZYA 4Y5MA 4RZ1A 4RYGA 5P7PA 3B80A 6FIVA 5P7JA 4EPJA 2QD8A 3LITA 4EJDA 4Q1XA 5KQZA 4OBKA 2PC0A 4BFDA 4Y4JA 5P1EA 5OYWA 5P2SA 2H6SA 1HBVA 3KT2A 1MESA 3PM4A 3VYEA 4YE3A 4FSEA 4Y3MA 1FMUA 1CPIA 5P16A 4EQJA 4YHQA 1IBQA 2FIVA 1HVIA 2G22A 3T7QA 5OZQA 5P80A 2AZ9A 5P03A 2HB4A 2WF2A 3GI4A 4J1KA 4HE9A 4Y5NA 2WKZA 3QRSA 5P1YA 5P4IA 3CYXA 1WBMA 1UH8A 4Q1WA 3U71A 2F3EA 1TQFA 1EC0A 4J5JA 3DK1A 3LIVA 2QNPA 5P1WA 1ZSFA 3BUHA 7UPJA 5P4AA 1DIFA 1B6PA 5OYSA 5P3RA 5OZMA 5P1NA 3WZ8A 2FMBA 5P5NA 5P52A 3SABA 4GB2A 4HVPA 3TLHA 3N4LA 1TSUA 2VA5A 3BHEA 2BKSA 1XN2A 5P36A 5SXNA 1B6MA 5P7TA 4F75A 3KF0A 2RENA 5P53A 3FX5A 2G1YA 5P61A 1HEFE 3KFSA 2WEAA 2FGUA 3TOHA 3CKPA 4U7VA 1Q9PA 4RRSA 4D8CA 1EPME 3KT5A 5P86A 5B18A 2ANLA 3O9FA 1YTGA 2VIYA 2I4DA 5P17A 5P87A 2R5PA 4Y3SA 5C9DA 4Y3DA 3UTLA 5P02A 3OAGA 3UFNA 5P2WA 1D4YA 2AVQA 1E80E 1QBSA 5P57A 3R4BA 2VA7A 1FLHA 3LPJA 5OZJA 3IXJA 3DCKA 5P3QA 1FKNA 3KM4A 1C6XA 4HZTA 2RKFA 3ZKSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2N A;  5P4O A;  5P5Y A;  5P0Q A;  4YD7 A;  5P83 A;  2I4W A;  2RSP A;  2VS2 A;  4Y56 A;  3B7V A;  1KJF A;  4LBT A;  4LXA A;  5P1R A;  5P7F A;  5P8L A;  2P83 A;  3NU9 A;  2QZX A;  2BPY A;  5P8F A;  1PPL E;  4ZPG A;  4J55 A;  5P63 A;  3EL4 A;  5P7O A;  3CID A;  5P45 A;  1VIK A;  4IVT A;  3I25 A;  5P5Z A;  3MXE A;  3PEP A;  4DJO A;  3T3C A;  3IA9 A;  4YD5 A;  3LNK A;  2AOG A;  3IAW A;  5JFU A;  5OZX A;  3ZOV A;  1XS7 D;  3BVA A;  1HXW A;  5P5B A;  2AOE A;  4DJY A;  5COP A;  3RTM A;  1UH9 A;  5P8N A;  4I0E A;  4EXH A;  2PK6 A;  4I0G A;  2QZW A;  5OZD A;  2AZC A;  5P5W A;  3SKG A;  2PQZ A;  4QJ2 A;  4ZSQ A;  2I4V A;  3WZ6 A;  5P09 A;  3L5D A;  2FNT A;  3S54 A;  1LF4 A;  5P20 A;  2QMG A;  4Y4A A;  1LYW A;  5AH7 A;  3WZ7 A;  5OZN A;  4ZSP A;  2ZJJ A;  5P0C A;  5P78 A;  4EWO A;  4AUC A;  1HPO A;  5DR8 A;  4A6B A;  3N3I A;  4DI2 A;  4DQF A;  5P7B A;  1W6H A;  5ISK A;  5P6F A;  4Y5K A;  2B7F A;  4DQH A;  2OHS A;  1FGC C;  5IS4 A;  5OYQ A;  5P1L A;  5DR3 A;  3DOX A;  3LZU A;  1XN3 A;  5P4R A;  3T11 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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