5P4BA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 200
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4bA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4bA01
2ZJHA 4CPQA 4FM8A 4DVFA 4Y3AA 2IQGA 1PSOE 3NU3A 5P3UA 5P37A 5P5FA 1MRWA 4GJ6A 2PK5A 5P7PA 1RL8A 3R4BA 2J9KA 2ER6E 1SDTA 2BQVA 5P2DA 5P29A 4FIVA 3KMYA 5P03A 3OOTA 2WEDA 5P47A 3S7LA 3VF3A 1FQ8A 2AOFA 2XFJA 3D1YA 5P22A 2QNPA 1KZKA 3UDRA 4LP9A 4EWOA 1APUE 1RNEA 4KE0A 5CLMA 2QI1A 5KOSA 1U8GA 4U8WA 4FSLA 4Y4WA 5P8MA 2WECA 4Y4BA 4LHHA 2WHHA 5P8GA 4Y35A 4J1EA 4JP9A 5P5NA 3F9QA 1NPAA 5DGWA 2AODA 5P6PA 2ER9E 3DCKA 3ZKQA 2RMPA 3PWMA 1C6YA 4DJXA 2HPFA 5OZSA 3NXEA 5COOA 3KMXA 3UDYA 2G1RA 1EPLE 4CPSA 1MT9A 1GVWA 3SA9A 5HCOA 2BPXA 2G1NA 2OHTA 3UPJA 4DQHA 3SA5A 4LBTA 3TOFA 2HC0A 3ZKMA 5P11A 3SABA 4ER4E 3LIXA 5P8UA 1LYBB 2NTRA 4EYRA 2I4UA 2O4SA 5P4EA 3O9LA 5P8LA 2QP8A 1MTRA 3ST5A 4ZSQA 1MRXA 5P3GA 1KJ4A 4YA8A 3UQPA 4TRZA 2R5QA 5OZ9A 3OXWA 4X7IA 3UFLA 3L5DA 4J17A 5SXNA 2PH8A 1ZPKA 3IXKA 4Y5CA 3CICA 4FRJA 4Y3WA 5E5JA 1FMBA 3R1GB 5P7KA 3NLSA 1IZHA 5P80A 3WZ6A 3OWNA 3I2LA 4QJ2A 2BB9A 2OHNA 3ECGA 5DR3A 3QIHA 2FGVA 5HE4A 2ZHVA 1MT8A 4RVIA 2F3KA 3HZCA 5P3YA 4GYEA 5AGZA 4B05A 2QI7A 3PBZA 4Q5MA 4Y58A 3SACA 5P87A 5OZ0A 1DP5A 5P1LA 3UQWA 2FMBA 2WEBA 5P36A 2H6SA 2ZJNA 3KA2A 1D4HA 5OZFA 2QHZA 2IL2A 1WBMA 5P6QA 1G35A 5KQYA 3LHGA 5P5ZA 2CEJA 2ZHTA 1C70A 5P5RA 3R0WA 4YBFA 3CYXA 4YDFA 1HSHA 4GJ7A 5P2XA 5P8OA 2APRA 4Q1YA 4AA8A 1TCWA 3OUDA 4OBFA 3QI1A 3VFBA 2Q55A 5P0YA 4Y5PA 1GKTA 4AZYA 5OZXA 3K4VA 5P4MA 1YX9A 1UH8A 2Q63A 2F8GA 2IS0A 3HW1A 5P3HA 5P6HA 1F34A 2BKSA 4J55A 3TOGA 3ZKGA 4B1DA 1VIKA 1SGZA 4Y3HA 4QGIA 3OXVA 3KFSA 3LPIA 1LYAB 5OZPA 5P1SA 3PSUA 3Q70A 3OUCA 4R93A 4OBDA 4J1IA 3U6AA 4I8WA 2WJOA 2NXDA 2BBBA 5P4HA 1LEEA 3OU4B 3KFNA 4DPFA 1BXOA 1RPIA 2MIPA 5HE5A 2AOGA 3S8IA 5BS4A 5P6LA 1LF4A 2R9BA 3SKGA 4ER2E 4R5NA 1W5VA 3D1ZA 1PPKE 2JE4A 2G94A 5P00A 3GGXA 5P49A 4DJUA 4X2LA 1B11A 3S45A 2I4XA 1SMRA 2QU2A 2R43A 1HTFA 3B7VA 2IRZA 3L3AA 5P7MA 5I3WA 5P07A 4QLHA 5P2RA 5C9DA 1Z8CA 1T6EX 1YTIA 3RTMA 2IGYA 5E5KA 1LF2A 3FNSA 3TKGA 2ZJIA 5P2HA 4ZLSA 1K6CA 1FLHA 1QBUA 3OHHA 4B1CA 4YD6A 3GI4A 5P0QA 5P1JA 5P67A 4Z2ZA 1HVSA 3O9HA 1PPME 3BHEA 1HVHA 2Q64A 1YM2A 5KR2A 5IVTA 1OHRA 3UDJA 2Z4OA 5HVPA 3LPKA 4FSEA 2I4QA 3JW2A 5P6KA 3QP0A 3DV5A 2PSVA 1MSMA 5P3IA 5P7NA 3O9LB 5P53A 5P27A 1HVKA 2AOEA 5OZLA 3ZKXA 5AHAA 4Y3MA 5P2YA 5P8EA 3T7PA 3TOHA 1XL5A 4XX4A 4Y3GA 4Y3JA 2RKGA 5P04A 4LXMA 5P8JA 3D20A 4CPWA 3EKXA 5P3ZA 5P4XA 5P6DA 4NJSA 1SIPA 4L1AA 3VYEA 5P28A 3UFNA 4IVSA 4DUSA 2ZDZA 5P7CA 3UDMA 1EC1A 1EEDP 5OZRA 1ODXA 2P3AA 1LV1A 3OU1A 5OZUA 5P0HA 3OQDA 2QZXA 4MC6A 3VG1A 5P38A 5C9BA 1BILA 5DR8A 3PI5A 2FS4A 5P0IA 5P25A 2WL0A 3MSLA 1LYWA 4Y3SA 3UDNA 2OHQA 2JJIA 3OXXA 5AHBA 5P78A 5P85A 4I1CA 2NR6A 1HVRA 2O4KA 5P1DA 3PSGA 3IXOA 4RROA 4Y3NA 4OBKA 5OZ2A 4KB9A 4J0YA 4DH6A 4I0JA 3LPJA 2P3BA 4DJOA 5P8RA 5TOLA 2O40A 3DV1A 5OZKA 5P5MA 2OAHA 4I11A 5P1PA 4EPJA 5DQ1A 5ENMA 3VEUA 1FFFC 2QHYA 4XX3A 5P51A 5P8QA 2VKMA 1HPVA 5P4IA 3OUDB 1NPWA 3KT2A 5P06A 5SY3A 2QU3A 3HAUA 4Y5GA 5P63A 5P12A 2VA5A 5P2AA 3EKQA 4ZSMA 5F00A 1HVCA 1MUIA 3INHA 3QBFA 4CMSA 3FNTA 1ZP8A 3QVCA 5P4LA 5P81A 2IKOA 4R91A 2BJUA 3C9XA 5P4GA 3FNUA 1A94A 4OC6A 4FL8A 3GI6A 3UCBA 3OAGB 3OGPA 1HIVA 1EBWA 3L5BA 5P0SA 5P7ZA 1ZBGA 1SBGA 5P6MA 5P2UA 1E82E 5HDVA 5P5AA 4YCKA 1T3RA 1HTRB 4CPRA 2A1EA 3WZ7A 1A8GA 2G69A 5P1ZA 2WF3A 1BAIA 5OZEA 1XN2A 1EPRE 5OZMA 5FIVA 5P0WA 2PSGA 3D91A 3N3IA 3UQXA 2HB4A 3O9BA 1ZLFA 4HZTA 3L5FA 3TPJA 3GW5A 3S43A 1B6JA 1HSGA 5SZ9A 2QMFA 1HVIA 2WKZA 5P1TA 5P8BA 5P1QA 1ENTE 5JFPA 2QZKA 2VA6A 3PLLA 3T6IA 5I3VA 3LITA 5KR8A 5P16A 4OBJA 3SLZA 5P6FA 5P8TA 3K4VC 5P62A 2AQUA 5P7AA 5ER2E 1DAZC 5P1FA 2ZE1A 1YT9A 5P8NA 3EBZA 1FIVA 2AVVA 1OD1A 5P2ZA 2QMPA 2VJ7A 1IZEA 5P82A 4LL3A 3O9EA 1KJ7A 5P55A 4HDBA 4Y47A 4FGXA 3N4LA 5P70A 5OYUA 2G21A 3PWRA 1OEXA 2ZHUA 5P13A 2G1SA 3Q4BA 2R3WA 3K5GA 5OZ8A 5P6SA 5P6UA 2AOCA 5P3EA 5P0DA 4ZE6A 1EAGA 5P1KA 4CPTA 3GGAA 2PYNA 4OBGA 5DR4A 3OUBA 4R92A 5P0ZA 3O9DA 4I0HA 1KJFA 5ENKA 4M8YA 1NPVA 3NUOA 2FDPA 5P4VA 5ER1E 5P0CA 5P3SA 5P7TA 3OU1B 4Y3EA 5OZHA 3MXDA 5P3NA 5P46A 1QBTA 3DUYA 4AUCA 3LIVA 4MC9A 2V0ZC 1SH9A 1LS5A 1TQFA 1LYWB 5OZIA 2BPZA 4Y57A 5DQ2A 5COPA 1ZSFA 4F76A 4RYCA 1TCXA 2P3BB 1BWAA 1D4LA 1AIDA 5OZOA 1GNOA 2OHSA 1Z1RA 3GI0A 3ZOVA 4QJ9A 1BIMA 1HPSA 2PK6A 4YD7A 5F01A 3KDCA 4RGHA 3VYDA 3NDTA 3I6OA 4PPHA 4APEA 5P1RA 1CPIA 3TPPA 2XFKA 1IVQA 1XL2A 5JFUA 4N00A 4OBHA 4Y9WA 1F7AA 5HDZA 5P5GA 3NU9A 1NSOA 2IDWA 3VV7A 4BFBA 5P09A 3GGVA 1BDRA 5AH8A 3EL0A 3HDKA 3SA7A 1IDBA 5APRE 2QZWA 3BGBA 5P3QA 3SA6A 1XE5A 5P1VA 1HSIA 4ACUA 1HVJA 4Y3YA 4OBZB 3TH9A 3NUJA 2FLEA 1HPXA 5P1IA 2QMGA 2JXRA 3L5CA 4CPXA 4OC6B 5P5SA 2CEMA 5P7WA 2BKTA 4Y4DA 3O9IA 4B00A 5P48A 3NWQA 4Y4ZA 1T6GA 3ZKIA 5P0RA 5P43A 5P0TA 2BPVA 5P33A 3EM6A 1VIJA 3G70A 3QRMA 4Y41A 5P8IA 1N49A 1SGUA 3NDWA 5P5JA 1IVPA 1BVGA 5P3OA 3VLBA 5P39A 3S43B 5P69A 3ZKNA 3URIA 4RZ1A 4J5JA 3CMSA 3BUHA 3B80A 5P10A 1HXBA 5P30A 1KJGA 5P6IA 5OYZA 2ZJMA 5P50A 3UDPA 3UTLA 3K5DA 1QBRA 1ZPAA 4DJQA 5P0FA 1GVUA 5P2BA 3S7MA 3NSHA 3IA9A 2RENA 4QJAA 3G6ZA 3EKWA 4YCYA 5P6JA 2WF0A 2ANLA 4HEGA 3PEPA 3EC0A 3EM3A 2BPYA 2AIDA 4H3GA 5P84A 5P2GA 4U7VA 5OZ5A 5P7YA 1HIIA 3OQKA 4A6BA 1A8KA 1K1TA 4HDPA 2V12C 3RTNA 2IENA 2NXLA 3EL5A 1HTGA 3NWXA 5HDUA 5P4YA 4Y3QA 3EXOA 3ZPSA 3INFA 5P2WA 5P60A 5P31A 4HE9A 4APRE 3OHFA 2QZLA 5P8AA 3PB5A 4JOOA 4GB2A 5P1OA 1BDQA 5DR0A 4Y3RA 4RCDA 2J9JB 1YTHA 5OYXA 3S53A 4JPEA 4J0ZA 5P4FA 4ZSRA 1RQ9A 1SIVA 1ZJ7A 3O9FA 1G6LA 2ASIA 3QPJA 2I4WA 2RSPA 3KYRA 3QN8A 2O4LA 5P3VA 2QK5A 3H0BA 5P4JA 6APRE 5P5HA 4I0GA 3NU4A 1B6LA 3IAWA 5P4ZA 3VYFA 5OZYA 4GJ8A 2Z54A 1HIHA 4AMTA 1C6XA 5P02A 5P6TA 1C6ZA 5P0XA 3NYGA 3TPRA 5P2CA 4UPJA 2XYEA 3OK9A 3ZPTA 4DQCA 5P76A 3L58A 4Y4TA 2I4DA 4Y50A 3I8WA 2B7FA 4XXSA 4FE6A 3TLHA 8HVPA 5BRYA 5P8DA 4Y5EA 1MIQA 1WKRA 5P0BA 5P7OA 1K2BA 3G72A 3UQUA 1MSNA 3GGUA 1T7IA 4TVHA 4CP7A 4A4QA 4D88A 2FIVA 2QNNA 5EZXA 2B8VA 2FXEA 1DPJA 4ZEAA 4NJVA 3AUPA 2PQZA 4DJVA 4I0EA 3BVAA 2VA7A 4BEKA 1ER8E 4Z22A 4E43A 2QD6A 4J1HA 3DOXA 4DQBA 3EL1A 5P72A 5OYTA 3INDA 5P4OA 4H3FA 2CENA 3KFPA 1EPQE 3BXRA 4EJKA 4H1EA 3L38A 3U7SA 4Y4AA 2QMDA 3EL4A 5I70A 3ZMGA 3KDDA 3RU1A 5AH7A 1APVE 1QDMA 3AIDA 4Y4GA 1ODWA 2PYMA 4FM7A 1FQ6A 3SM2A 3TL9A 3ZKSA 2QI3A 4TRYA 1OEWA 2G20A 5DPZA 2FNTA 3BUGA 3BXSA 5I3YA 1MESA 1FQ7A 1QBSA 4I0ZA 3CIBA 2R5PA 1PSNA 4YD4A 4H3IA 5OZ7A 5P3RA 5P1CA 4DJRA 3PGIA 4WY6A 3UDQA 5P5VA 5KOQA 5OYYA 1MT7A 5P0LA 2QI6A 5P2FA 2RKFA 1WBKA 4YHQA 5P0KA 4JECA 4HDFA 4GJ5A 4Z50A 3PWWA 5OZ3A 5OZJA 4HA5A 5P4QA 4Y38A 2OHLA 5P7BA 2FNSA 3MSJA 1D4IA 3KFRA 5OYVA 3SO9A 3TTPA 3NXNA 3RSVA 2Q3KA 4Y43A 4DPIA 4DFGA 1KJHA 5DQ5A 3UHLA 4B70A 4I8ZA 5DQ4A 5P01A 2WEAA 1M4HA 3S54A 3BGCA 3EKVA 5IVQA 3DJKA 3VUCA 4HVPA 5P0JA 2AZBA 2HB2A 5P0PA 1HBVA 2XFIA 2VS2A 2AZ8A 3ZLQA 4Y3TA 4EJLA 3VV8A 4EHCA 4GJCA 1YTJA 1UPJA 4YCTA 4DJWA 5P3MA 4B0QA 4Y56A 3SPKA 3OQ7A 1ME6A 2HIZA 1W51A 4EXHA 5P61A 1UH9A 1BXQA 2Q15A 4FAEA 1EC2A 1XS7D 1AJXA 4Y3FA 3BUFA 5P5KA 2Q5KA 3SKFA 1ZAPA 4TRWA 1W5WA 5P15A 3FSMA 5P5YA 1SP5A 5J25A 3T3CA 4Y3XA 1MVPA 5P2QA 4Y39A 3VF5A 1W50A 1HWRA 3FIVA 5OZ6A 4RRSA 3O9GA 2QAKA 5P26A 5P14A 3CKPA 5P3TA 3UQRA 3K1WA 1PSAA 3VV6A 1J71A 1AXAA 4ACXA 3GI5A 3O9CA 2QI0A 5P1XA 2NNKA 3PI0A 1Q9PA 1HOSA 1MPPA 2R3TA 3BRAA 5P75A 3INEA 5P59A 4DJYA 1LYBA 5P4BA 4Y48A 7UPJA 3S56A 2O4NA 1K2CA 4Q1NA 4J0VA 2AVSA 4H3JA 2I0DA 4FRIA 3QBHA 2OHPA 4DI2A 3SAAA 3T7XA 5P2EA 5P3LA 5P4RA 4Y37A 1CMSA 4YD5A 1XDHA 5P2IA 1SMEA 5JODA 5P6BA 1TSUA 2I4VA 5BWYA 5P2JA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJH A;  4CPQ A;  4FM8 A;  4DVF A;  4Y3A A;  2IQG A;  1PSO E;  3NU3 A;  5P3U A;  5P37 A;  5P5F A;  1MRW A;  4GJ6 A;  2PK5 A;  5P7P A;  1RL8 A;  3R4B A;  2J9K A;  2ER6 E;  1SDT A;  2BQV A;  5P2D A;  5P29 A;  4FIV A;  3KMY A;  5P03 A;  3OOT A;  2WED A;  5P47 A;  3S7L A;  3VF3 A;  1FQ8 A;  2AOF A;  2XFJ A;  3D1Y A;  5P22 A;  2QNP A;  1KZK A;  3UDR A;  4LP9 A;  4EWO A;  1APU E;  1RNE A;  4KE0 A;  5CLM A;  2QI1 A;  5KOS A;  1U8G A;  4U8W A;  4FSL A;  4Y4W A;  5P8M A;  2WEC A;  4Y4B A;  4LHH A;  2WHH A;  5P8G A;  4Y35 A;  4J1E A;  4JP9 A;  5P5N A;  3F9Q A;  1NPA A;  5DGW A;  2AOD A;  5P6P A;  2ER9 E;  3DCK A;  3ZKQ A;  2RMP A;  3PWM A;  1C6Y A;  4DJX A;  2HPF A;  5OZS A;  3NXE A;  5COO A;  3KMX A;  3UDY A;  2G1R A;  1EPL E;  4CPS A;  1MT9 A;  1GVW A;  3SA9 A;  5HCO A;  2BPX A;  2G1N A;  2OHT A;  3UPJ A;  4DQH A;  3SA5 A;  4LBT A;  3TOF A;  2HC0 A;  3ZKM A;  5P11 A;  3SAB A;  4ER4 E;  3LIX A;  5P8U A;  1LYB B;  2NTR A;  4EYR A;  2I4U A;  2O4S A;  5P4E A;  3O9L A;  5P8L A;  2QP8 A;  1MTR A;  3ST5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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