5P4FA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 204
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4fA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4fA01
5OZAA 2AVVA 4R93A 3QS1A 4RYCA 2VKMA 2ZJHA 3EBZA 5P5YA 5P82A 4BEKA 3SLZA 2AODA 2QI5A 3UQUA 1UH7A 3CKPA 3ECGA 4AA8A 2Q3KA 4Y3HA 2NNPA 5P15A 2BBBA 2WECA 5P17A 3ZKNA 3L38A 3LPJA 2QNNA 5P2YA 1ZPKA 3KFSA 5P1CA 2ZE1A 4DJOA 4B0QA 5P6AA 5P00A 4B78A 1NPWA 5P1RA 3SA8A 5P8NA 4Q1XA 1QDMA 2VA5A 3IGBA 3OXWA 3S85A 5P6UA 4L7JA 1ZSRA 3LZVA 4R95A 5P4CA 4I12A 4HDBA 3UDYA 4Y3FA 1CZIE 2OHMA 3LIZA 5P8OA 2QHYA 4GIDA 4RZ1A 4CMSA 4DJRA 5P52A 5P0UA 3L58A 3C9XA 4YA8A 1M43A 3OK9A 4YBFA 5P0RA 3SPKA 4B05A 2EWYA 2AZCA 5P37A 2G1NA 1OD1A 1AM5A 5P2JA 2R5QA 2WEAA 3OADB 5OZHA 3UF3A 4RCDA 3DOXA 5P30A 4Q1NA 5DGUA 3O9BA 5P4BA 2V11C 3ZMGA 1FEJC 5P02A 3MXEA 4Y3JA 1HHPA 3OUBA 5KQZA 2BKSA 1ODWA 3QPJA 5P1EA 3CKTA 1PROA 1LYAB 5P7QA 4HDFA 1IDBA 4RYGA 5P7SA 5DQ4A 1UH9A 3PSGA 2XFKA 1NH0A 3R1GB 3WB5A 5P75A 5P7KA 3D1ZA 5P4ZA 3Q4BA 1HIIA 2SAMA 1DMPA 1F7AA 1LYAA 1HSHA 2VJ9A 1LV1A 3G72A 2G27A 3LPKA 5P5KA 4YD6A 4IVSA 5P12A 5P2OA 1T6GA 3G6ZA 4GJ8A 1WBMA 3PSYA 5P59A 5P6WA 3PMUA 3MXDA 2FNSA 2NPHA 5EZZA 5P1QA 4I11A 2P3BA 4B00A 5P7BA 2RSPA 4GJAA 3Q6YA 2AZBA 2FDDA 4J1CA 5P6YA 5OZMA 2JYSA 5P2EA 3O9CA 3U71A 4FE6A 5HU1A 5P5HA 4DH6A 2R3TA 1MT7A 4Y44A 1A8KA 2G69A 2IGYA 2ER9E 1KZKA 5P0QA 4Y37A 3DJKA 4FM6A 2QI3A 1HIVA 2IKOA 1YM2A 1EPRE 2PK6A 4QJ8A 5KAOA 2FNTA 5P60A 5P0AA 2FGUA 1EBYA 1WBKA 2BPXA 3WZ7A 4XXSA 1OEWA 4CPRA 4EQJA 4ACXA 5B18A 4X2LA 2O4KA 5P7XA 2P3CA 2I4QA 1DAZC 3L59A 1AXAA 5DQ5A 7UPJA 2RMPA 1AZ5A 3BUGA 4Y4WA 2QK5A 3TPPA 4Y5EA 5P8HA 5P1AA 5P4FA 5P6FA 5P7LA 1IZIA 4H3JA 4LXAA 2BPWA 3BUHA 4DPIA 3LPIA 4LBTA 3SM2A 4UPJA 4Y50A 4OBKA 1SIVA 5P67A 2H6TA 5P55A 4EWOA 5OZNA 4RRSA 4YDFA 1HBVA 5P8SA 3ZPSA 4D88A 2QD7A 5P2VA 1YTHA 3AUPA 5JG1A 1D4KA 5P3GA 1XL2A 1SBGA 3BXRA 4LXKA 1FG6C 2G1SA 5P3SA 5KR2A 4J0TA 1KJHA 2VIZA 2HB4A 4I0IA 1LYWB 1AVFA 3OXXA 5OYYA 3SKGA 1PSAA 5KR0A 3QVCA 3UPJA 3PVKA 2FDEA 4QLHA 4NKKA 4I0HA 3EKPA 4F75A 1HXBA 4X7IA 5P7OA 5OZUA 3D1XA 3UDRA 3SAAA 5DQ1A 5P7MA 5P1UA 5OZJA 5P7NA 2ZJIA 4HZTA 3IN4A 5P3TA 4L1AB 4YD5A 3VV8A 5P6RA 4RROA 3OGQA 3EL4A 2ASIA 3EKYA 4F74A 2PH8A 2NMZA 3UQRA 2NMYA 3HD8A 4I1CA 2VJ6A 2WF4A 2I4DA 5P8EA 4XKXA 4EHCA 3ST5A 4R5NA 1IVQA 3T7XA 1T6EX 2BJUA 1FLHA 2R8NA 4HLAA 3KDDA 5P34A 5P7FA 3RU1A 1EEDP 5P4EA 1NPVA 2UPJA 1T7IA 5AGZA 5P64A 2AOEA 1EC3A 4B72A 4LXMA 3JVWA 5P3LA 4Y4TA 1HPVA 3FIVA 3APPA 3DV1A 2AVMA 1Z1RA 2OHLA 3BGBA 5KOQA 4Y3RA 5P5CA 1CMSA 3S43B 1EPPE 2QCIA 1TSUA 2QNPA 1APTE 2AVOA 5P77A 4XX4A 4JPCA 5AH7A 5JODA 4Y5CA 5BRYA 3CYWA 4Y4GA 4CPWA 3PCZA 4E43A 5IVRA 5P2IA 1HVSA 3VLAA 5P3ZA 1K6CA 5P57A 4PYVA 5P18A 4CPTA 5P47A 1YG9A 1ER8E 5P5LA 4FM8A 3UCBA 5P0XA 3VEUA 5P0FA 2FIVA 3RTMA 3BVBA 2AOHA 3LZYA 4Y4XA 5P8JA 3VUCA 2A1EA 3T11A 2F3KA 5OZZA 4CKUA 4FSEA 4DVFA 4GB2A 5SY3A 4ZIPA 3OOTA 4WTUA 5DPZA 3TH9A 1YM4A 4A6CA 3EM6A 2V12C 1MUIA 1JLDA 2XFJA 1W5YA 4FS4A 4Y3PA 3WSJA 1KJFA 2WL0A 3KMYA 4Y41A 2QZLA 2Q55A 3IXKA 4Y54A 3PMYA 2OHSA 5P4NA 1YTGA 4B1CA 1MESA 5P6BA 5P0TA 3DCRA 3M9FA 1ZBGA 3S7LA 1GVUA 3OUDB 1DIFA 3O9LB 2J9JB 4NPUA 1ME6A 3VG1A 3UQWA 3SA9A 4ER1E 3L5BA 4GZFA 5OZYA 3TTPA 5OYWA 3R0WA 5COOA 5IVQA 5P2ZA 4ZSMA 5P4MA 4YBIA 1FB7A 1YTJA 5APRE 3RSXA 4Y38A 3NDXA 4PZWA 3AIDA 2AZ9A 3EM3A 5P62A 2OHNA 3O9LA 5UPJA 3ZL7A 1MEUA 2ZDZA 1MVPA 1XN3A 5P6GA 1BV7A 1GNMA 3TPJA 3ZOVA 5P4GA 1T7JA 5P11A 1META 3EKWA 3SABA 3EC0A 2FMBA 5P6SA 1HEFE 3LIXA 5P0IA 2RENA 5P1NA 5P3AA 2G1RA 4FRJA 3OU3A 2OHKA 3EL0A 4H1EA 3OOZA 5OZ9A 1W51A 3NUJA 3UDKA 1HVRA 2WF2A 2OHPA 2Q15A 4Y5GA 3TOFA 1C6ZA 5P0EA 3CMSA 5OZXA 5P22A 3HLOA 3IXOA 2FLEA 1ZLFA 3OTSA 1SDVA 5P8TA 2WF1A 5P3QA 3IXJA 4FCOA 3I6OA 4GJ5A 2PWCA 2NXMA 5P3MA 4EJDA 2V16C 3K4VC 3UDJA 2QAKA 1K1TA 4U7QA 3TOHA 1W5WA 3UFLA 3ER5E 5P2AA 5P4QA 2QU3A 4FSLA 4B70A 3GGXA 3LIYA 3EKVA 3VLBA 2P3AA 1K2BA 2IDWA 3D20A 5P4IA 4Y3NA 4TRZA 1MT8A 1SP5A 2F3EA 9HVPA 3GGVA 3L5FA 5P4YA 4ZPFA 5OZBA 4Y5PA 5P5AA 4Y3LA 4Y4UA 2G1YA 4CPXA 5P14A 3GGAA 4R91A 3EL9A 2QZWA 5OZRA 4FGXA 1EPNE 5P0NA 2ZJLA 4M8XA 1UH8A 4B1DA 3EL5A 1LYBA 5I70A 4KE0A 4Z50A 5P2QA 5P4DA 2FS4A 1B5FA 3K4VA 3OUCA 4OBHA 1K6PA 4MC2A 3UDPA 4ZLSA 2Q64A 5P5RA 3KN0A 5F00A 2AZ8A 5P6VA 4YCYA 4F73A 2PYNA 3OTYA 4QJ7A 3KDCA 5P0DA 5OYSA 1FQ7A 2HPFA 3S45A 1PSOE 5T4SA 4RGHA 1MPPA 1D4LA 2P4JA 4EYRA 3KA2A 1B6MA 5OZLA 5P20A 2HM1A 5P6MA 5E5KA 5OYVA 4Y3GA 4Y4EA 5P2BA 5P4VA 5TOLA 3MSLA 4D85A 5P8VA 3L5CA 4Y3TA 5P2HA 4TVHA 1GNNA 5COKA 1GVTA 5P5UA 5P6EA 5P4OA 3OQ7A 1EC2A 3U6AA 5P5QA 5P2MA 2Q11A 1IVPA 5F01A 2IENA 2R43A 2Q63A 3VFAA 1FQXA 1B11A 1B6PA 1XDHA 2P83A 1AJXA 1PPLE 1EPLE 4PEPA 5KR1A 5P7VA 1SDUA 2R3WA 4F76A 4M8YA 3TKWA 2PH6A 4EP2A 4JECA 2G26A 5P1ZA 4B1EA 3NR6A 5P3EA 5P84A 5P2XA 3OADA 1MRXA 2HPEA 1W6IA 4Y3XA 1KJ7A 3INFA 2JE4A 3KT2A 5P5TA 5P5IA 3WZ8A 5P3KA 1E5OE 5P1PA 4LAPA 3O99A 4I0FA 5P5VA 1SGUA 5P68A 3ZKIA 1FQ4A 5P7ZA 1ODYA 1A8GA 5OZ6A 1BXOA 4ER2E 2O4SA 3IVIA 5P63A 2AQUA 1IIQA 2PWRA 4Y57A 1IZEA 5OYRA 5P40A 4RVXA 2V00A 1BAIA 3S2OA 5P7EA 4KE1A 1W5XA 4Y51A 1C6XA 5KQFA 3I8WA 1G0VA 3LHGA 5BWYA 3PCWA 4XX3A 3PHVA 4FL8A 3FNSA 5HDZA 2QI1A 2AVQA 2AVSA 5J25A 3FV3A 3SKFA 4HA5A 2PK5A 1FQ8A 5HCTA 5P1LA 4YD4A 5P7PA 5P0BA 2I1AA 3D3TA 4K4RA 4K8SA 1ZJ7A 4CP7A 1SH9A 1HVIA 3OHHA 5P74A 4Y5NA 4OC6B 2BPYA 3MWSA 3VCMA 1FG8C 5P6HA 4J5JA 3NUOA 5DQCA 4H3FA 4YOAA 4I8WA 2IQGA 1D4SA 3OQDA 5P0VA 2QMGA 3TNEA 4FLGA 3S54A 1TCWA 2JXRA 3FNUA 4Y3YA 3U7SA 5P51A 3OQFA 3KF0A 4NPTA 1DW6C 5P6DA 3PBDA 5P88A 4OC6A 3VF7A 5P3RA 5KOSA 2R38A 4Y48A 2ZHTA 2P3DA 3MSKA 3PRSA 4AMTA 4DQBA 1PSNA 2G20A 2IKUA 5P2CA 1NPAA 5ISKA 4ZPEA 5DR8A 4L6BA 5HE4A 1MIQA 4LC7A 1YT9A 5DQ2A 1HTGA 3JW2A 4Y58A 3LIVA 3R4BA 2I4WA 4I10A 4YDGA 5P08A 5BS4A 5OZ5A 5P79A 1FMXA 1MERA 5P4HA 2NNKA 3NU9A 2B8LA 3SA4A 3HZCA 4WY1A 2I4UA 4N00A 5P8QA 2UY0A 2I4XA 2NXDA 5P1MA 3TOGA 2A4FA 2BKTA 4D89A 5OYTA 5P0HA 3D1YA 3SFCA 1LS5A 3QBHA 5HE7A 5P8BA 2R5PA 4FIVA 1LYWA 5IVSA 3OXVA 2VJ7A 4DQHA 1IBQA 1E80E 3FKTA 5P36A 2QMPA 3NXEA 5OYZA 3HAUA 3O9IA 5P7YA 4Y47A 4TRYA 3VFBA 4L7GA 1IZHA 4Y3AA 2JJIA 4MC1A 5P2SA 1LF4A 3LITA 2VS2A 4L1AA 2BQVA 1K6VA 5DR7A 3WZ6A 4TVGA 5P4JA 4Y36A 3PLDA 5P2UA 5P5GA 5P29A 1TCXA 2P8HA 4GJDA 5HDVA 1TZSA 4A6BA 5P7DA 2HS2A 4QGIA 4BELA 4Y3ZA 1HVCA 1HIHA 4EQ0A 3LZSA 4U8WA 2QHCA 3UQPA 2F3FA 1FMBA 1HVHA 3OGPA 1HTEA 2I0DA 4I0EA 5OZEA 2PSUA 1TQFA 2PSGA 3WB4A 3PI5A 2HAHA 5P6LA 1M4HA 2QI6A 5P5NA 2G94A 5P3BA 5SZ9A 3OAGB 2Q54A 2UXZA 2QMFA 4APRE 2OHUA 1M0BA 4K4PA 1FIVA 2ZJMA 2B7ZA 5P7UA 3S43A 4PPHA 6APRE 4Z22A 2R9BA 5ISJA 5DGWA 3N3IA 1HOSA 3LNKA 2XYEA 5OZDA 4FAFA 2QI0A 4AZYA 5P10A 3KDBA 4RVJA 2VNNA 4CPQA 5P45A 3EKQA 5P1JA 3R2FA 2QMDA 1HWRA 5OZKA 3PI0A 5P76A 4ZE6A 3EL1A 1QRPE 1YTIA 5P0CA 1D4IA 5OYQA 3URLA 1A9MA 1HTRB 4OBGA 1HVKA 4A4QA 4CPSA 2G1OA 2VIJA 2VA7A 2WEDA 5C9FA 4OBJA 1ZSFA 4RCEA 5AH6A 3ZKSA 1HVLA 2QD8A 5C9BA 3OQKA 1XE5A 3OUAA 5P73A 3H5BA 5OZ2A 3TPLA 2HS1A 3INDA 4J0YA 5P8CA 2WF0A 3FNTA 1FFFC 4J1FA 5P4AA 4Y5BA 3NU3A 5P2GA 5P8FA 3H0BA 2AOGA 5P1TA 4HE9A 5P7TA 1QBUA 5P2LA 1HSGA 1GKTA 3KMXA 5P2DA 4J55A 3RTHA 5P56A 4I0ZA 5P8GA 3UDQA 5HTZA 3OUDA 5P0MA 5P1VA 2J9JA 2V13A 2AOCA 1KJ4A 3QRMA 4DUSA 1FMUA 4LP9A 5P3VA 4J1HA 2QZKA 1EPME 2F81A 3GI0A 5EZXA 3VV7A 4Y9WA 4GMIA 3PSUA 3UDMA 3LIQA 4Y3WA 1HTFA 1RQ9A 2ER0E 1BV9A 3KT5A 1BDLA 1BWBA 2ZHVA 4OBZB 4J0VA 4J17A 3FX5A 5P25A 4QJ6A 1IZDA 2QHZA 3OU4B 1GVXA 5P4LA 5OZ3A 1EC0A 1W6HA 2VIEA 4K9HA 3O9DA 2ER6E 5P5XA 5IVTA 5P5MA 3RSVA 3LINA 3NU4A 5DR4A 4EXGA 5KR8A 3NDUA 2IS0A 5P1XA 3NDTA 4Q1YA 3VYDA 1MT9A 4J54A 1D4YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZA A;  2AVV A;  4R93 A;  3QS1 A;  4RYC A;  2VKM A;  2ZJH A;  3EBZ A;  5P5Y A;  5P82 A;  4BEK A;  3SLZ A;  2AOD A;  2QI5 A;  3UQU A;  1UH7 A;  3CKP A;  3ECG A;  4AA8 A;  2Q3K A;  4Y3H A;  2NNP A;  5P15 A;  2BBB A;  2WEC A;  5P17 A;  3ZKN A;  3L38 A;  3LPJ A;  2QNN A;  5P2Y A;  1ZPK A;  3KFS A;  5P1C A;  2ZE1 A;  4DJO A;  4B0Q A;  5P6A A;  5P00 A;  4B78 A;  1NPW A;  5P1R A;  3SA8 A;  5P8N A;  4Q1X A;  1QDM A;  2VA5 A;  3IGB A;  3OXW A;  3S85 A;  5P6U A;  4L7J A;  1ZSR A;  3LZV A;  4R95 A;  5P4C A;  4I12 A;  4HDB A;  3UDY A;  4Y3F A;  1CZI E;  2OHM A;  3LIZ A;  5P8O A;  2QHY A;  4GID A;  4RZ1 A;  4CMS A;  4DJR A;  5P52 A;  5P0U A;  3L58 A;  3C9X A;  4YA8 A;  1M43 A;  3OK9 A;  4YBF A;  5P0R A;  3SPK A;  4B05 A;  2EWY A;  2AZC A;  5P37 A;  2G1N A;  1OD1 A;  1AM5 A;  5P2J A;  2R5Q A;  2WEA A;  3OAD B;  5OZH A;  3UF3 A;  4RCD A;  3DOX A;  5P30 A;  4Q1N A;  5DGU A;  3O9B A;  5P4B A;  2V11 C;  3ZMG A;  1FEJ C;  5P02 A;  3MXE A;  4Y3J A;  1HHP A;  3OUB A;  5KQZ A;  2BKS A;  1ODW A;  3QPJ A;  5P1E A;  3CKT A;  1PRO A;  1LYA B;  5P7Q A;  4HDF A;  1IDB A;  4RYG A;  5P7S A;  5DQ4 A;  1UH9 A;  3PSG A;  2XFK A;  1NH0 A;  3R1G B;  3WB5 A;  5P75 A;  5P7K A;  3D1Z A;  5P4Z A;  3Q4B A;  1HII A;  2SAM A;  1DMP A;  1F7A A;  1LYA A;  1HSH A;  2VJ9 A;  1LV1 A;  3G72 A;  2G27 A;  3LPK A;  5P5K A;  4YD6 A;  4IVS A;  5P12 A;  5P2O A;  1T6G A;  3G6Z A;  4GJ8 A;  1WBM A;  3PSY A;  5P59 A;  5P6W A;  3PMU A;  3MXD A;  2FNS A;  2NPH A;  5EZZ A;  5P1Q A;  4I11 A;  2P3B A;  4B00 A;  5P7B A;  2RSP A;  4GJA A;  3Q6Y A;  2AZB A;  2FDD A;  4J1C A;  5P6Y A;  5OZM A;  2JYS A;  5P2E A;  3O9C A;  3U71 A;  4FE6 A;  5HU1 A;  5P5H A;  4DH6 A;  2R3T A;  1MT7 A;  4Y44 A;  1A8K A;  2G69 A;  2IGY A;  2ER9 E;  1KZK A;  5P0Q A;  4Y37 A;  3DJK A;  4FM6 A;  2QI3 A;  1HIV A;  2IKO A;  1YM2 A;  1EPR E;  2PK6 A;  4QJ8 A;  5KAO A;  2FNT A;  5P60 A;  5P0A A;  2FGU A;  1EBY A;  1WBK A;  2BPX A;  3WZ7 A;  4XXS A;  1OEW A;  4CPR A;  4EQJ A;  4ACX A;  5B18 A;  4X2L A;  2O4K A;  5P7X A;  2P3C A;  2I4Q A;  1DAZ C;  3L59 A;  1AXA A;  5DQ5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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