5P4GA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 205
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4gA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4gA01
3EKPA 3C9XA 3HDKA 4RRNA 5OZ3A 4IVSA 3UFNA 1MVPA 2PH8A 4QJ8A 5P77A 5P3VA 2AVQA 3L5EA 3RTHA 1FQ4A 3QBFA 2QCIA 3FNSA 4DV9A 4HE9A 4FGXA 3ZKQA 3TKGA 4I12A 5AGZA 3K5FA 5ENMA 4CPXA 2WF4A 4PPHA 5P01A 5OZEA 3UFLA 5P1VA 2RKFA 3SA9A 3SA4A 1A8KA 4YDFA 1HWRA 4HDPA 5P1NA 4E43A 4Y51A 1LF4A 4Y41A 3L5BA 1NPAA 2AQUA 5P7ZA 3OU4A 4YA8A 1BVEA 2ZHSA 1GNNA 3MSJA 4Y37A 4WTUA 4I0IA 3OAGA 3S8IA 1T7JA 3KFNA 3OOZA 1HTGA 5COKA 3OU3A 3Q3TA 1KZKA 5P2JA 5SY3A 1AVFA 5P1QA 5P7XA 5OYRA 4NJSA 1PPKE 5P0MA 1A94A 1SMEA 2IS0A 1XN2A 4J1KA 2I4DA 5P6MA 5P4YA 5P6YA 3IN3A 5P78A 5P3CA 5P34A 5P5JA 2O4SA 5P4WA 4QGIA 1HVHA 2OHKA 1GVWA 3HVPA 4ZEAA 4EQJA 2NR6A 5KAOA 1VIJA 2Q5KA 2WEBA 4Y3RA 4DJUA 3EM4A 3JVWA 5P7YA 1HIHA 3EL5A 4Y3QA 5P2AA 5P5CA 1AAQA 5P8PA 4LP9A 5P6SA 3R0WA 4BELA 5P4SA 4D88A 5OZVA 1K2CA 4EP3A 2QD6A 2VJ6A 1TZSA 5P0HA 1AJXA 5P8BA 4Y38A 1LZQA 4Y5BA 1HIVA 2ZJMA 2ZHTA 5P89A 3TPRA 3QI1A 4GMIA 5P7KA 1E5OE 5P12A 5JG1A 4DI2A 1MSMA 1EPNE 5ER1E 1YX9A 4L1AA 3HBOA 3T7QA 3KMYA 5P11A 5OYVA 2UXZA 2V00A 5OYQA 1FGCC 2F3FA 4M8YA 3VSWA 5SZ9A 2RENA 3OXXA 3Q4BA 3EL0A 5P3LA 4YE3A 4ER2E 1BWAA 5P1MA 3DCKA 3IXOA 4NJUA 2J9KA 3OU1B 4L7JA 1FFFC 5OZQA 4B72A 4FRKA 4D8CA 1HVSA 2B8LA 3WZ8A 2WEZA 4CP7A 2B7ZA 1E81E 1TSQA 5P5NA 2B7FA 3NDTA 1B5FB 3DV5A 4FM6A 3PWWA 5KR1A 1SIPA 5FIVA 3KT2A 3KDDA 4XKXA 1MT8A 1W6HA 1HTRB 3UQRA 1G0VA 3IA9A 3NR6A 2ZJKA 3AIDA 2BJUA 5OZFA 3URJA 1ZSRA 7UPJA 3L58A 3TPLA 2HPFA 2RMPA 4XX4A 5P5PA 4K8SA 2CENA 5P3DA 5PEPA 3QVCA 4B0QA 1SMRA 5AH8A 5P23A 3APRE 3PI5A 5OZ4A 5C9BA 5P3GA 1EC2A 2ZJIA 6UPJA 3CYWA 4X7IA 1FLHA 3S7MA 1W5YA 2WL0A 3T11A 1EBZA 2PK5A 1D4KA 5P0VA 5P3HA 2PSUA 2NPHA 4YBIA 3SA5A 3NXEA 2RKGA 4RYGA 4KUPA 1EBYA 4Y3MA 1IVPA 1W5WA 5OZDA 5DR0A 1HRNA 1EBKC 1XDHA 4ZIPA 3ZLQA 4K4RA 7HVPA 1FMUA 1Z1RA 2QI0A 4I8ZA 2QZXA 3OTYA 2ZYEA 1DP5A 4NPTA 4Y4WA 4YD5A 4U8WA 2R3TA 1EAGA 5HDVA 2ZDZA 5SXNA 3KFPA 1C70A 3LHGA 3PI0A 4Y3ZA 3ER5E 4GJ7A 5KQXA 2QMGA 3QVIA 5KQZA 4GJ8A 3T7XA 3NU5A 3BHEA 5P4RA 1RQ9A 3I8WA 4Y5AA 3ZPSA 2QZLA 2VIJA 3QP0A 1U8GA 1DMPA 3L59A 2JJIA 2AZ8A 4IVTA 5OZUA 1EC0A 5P3ZA 1HEFE 3BRAA 4A6CA 2WF0A 5P72A 2AZCA 3INDA 2Z4OA 2ER9E 1BDQA 1T7KA 3ZL7A 1BXOA 3RU1A 3PEPA 5P4UA 3L5DA 5P1CA 4FRSA 5P27A 3ZKGA 5EZZA 5COPA 5P8EA 3WB4A 5HE5A 5P8QA 4R93A 1AM5A 3CICA 2IKUA 2P83A 5AH9A 1ZSFA 2QI5A 5P0YA 3U7SA 4ER4E 4DQGA 5P2CA 4J1CA 3VF5A 3PHVA 1MTBA 4Y3WA 3BGBA 4NJTA 4J1FA 2BPVA 2BPXA 1T3RA 5P2NA 1ZPAA 1AZ5A 2OHQA 1BVGA 5P6BA 3MXDA 1GVUA 3EC0A 4RCFA 5P7VA 2FNTA 1YT9A 1K6CA 5P60A 1LEEA 5P3TA 5P7HA 2F3KA 5P0XA 1YTHA 1PSAA 5P0QA 3INEA 1BIMA 4Y3PA 1HPVA 4DH6A 3S53A 5IS4A 2R38A 1N49A 3I7EA 5IVRA 4RRSA 3KN0A 4Q1XA 1SDVA 2O4NA 4HLAA 5P4NA 2Q55A 5P30A 5ISKA 5P66A 4F76A 5P25A 4Y5GA 4Y48A 3TOHA 5KR0A 4A6BA 4RVIA 3SKGA 5P0DA 1C6ZA 5P46A 1ODYA 2WKZA 4QJ7A 5P83A 5P68A 4Y3XA 2I4UA 2WECA 1B5FA 3LINA 4DVFA 3QROA 3QBHA 4AUCA 5P2UA 1EPQE 3NDWA 2BKTA 3QS1A 1HVJA 4Z22A 5P6DA 3EKVA 5P7WA 4YDGA 4Y3GA 4YD4A 3S85A 5ENKA 3O99A 4Q1YA 1EPOE 1XS7D 3GI0A 3K4VC 5OZ6A 3OUDB 1YG9A 3CKPA 5E5JA 1GVXA 4ZPFA 2VA5A 2IGYA 3F9QA 2FDEA 2WF2A 5BRYA 3TPJA 4DJXA 4L7HA 2I4WA 2ASIA 4Y54A 5OZ9A 3KT5A 4I11A 1EC3A 2Q54A 2QI1A 2XYEA 2PH6A 5DQ5A 4YD3A 5ISJA 5KOSA 3NSHA 4Y43A 1SDTA 3SO9A 4JP9A 3IGBA 3VF3A 2QHZA 5P7PA 4OBGA 5P36A 4CPSA 2HS2A 5HU0A 1YM4A 2XFIA 5P0TA 3SA8A 2HB3A 2IRZA 4OBHA 3QPJA 2WEAA 5P7CA 2NNPA 5I3XA 5P5ZA 5OZ5A 5P5FA 5OZ2A 5P7LA 3QRSA 1AXAA 1TSUA 4EPJA 3UQPA 4HZTA 4BFBA 5AHBA 1MT9A 3G6ZA 3JVYA 5P0CA 5P52A 4RROA 1ENTE 3O9AA 4Y3LA 4DJQA 5P54A 2IENA 4DJYA 3U71A 4ZSMA 3FV3A 5P45A 2QNPA 3EBZA 4EXHA 5P2ZA 2Q3KA 3TL9A 1E82E 4KE0A 2VIYA 1LYBB 4B00A 5IVTA 3EXOA 5OYUA 1DPJA 5P2KA 5P7OA 5P7FA 4Z50A 3R2FA 2RSPA 3EM6A 4U7QA 3EL4A 1SDUA 2ZJHA 1AJVA 1HPXA 1MESA 2V16C 4K9HA 4GJBA 3AUPA 4J0VA 4R8YA 3EKXA 5DR8A 1QRPE 4H3IA 5EZXA 5DR1A 5P6WA 2V11C 5P39A 1J71A 5OYXA 4Y3NA 5JFPA 3UDJA 1MERA 4Y4AA 3S45A 5P51A 1CMSA 1QBTA 3FNTA 3R0YA 5P4JA 3LZYA 2NTRA 4DJVA 3NDUA 4GYEA 4Y56A 5OZOA 3UDQA 3NDXA 3Q5HA 4FIVA 5P7GA 3HLOA 1XE6A 4Y4EA 2P3CA 3G70A 5OZ1A 2AVVA 2AIDA 5P7RA 1Z1HA 4PYVA 3O9LB 5P16A 2ZE1A 3S2OA 3LIVA 4GJCA 2F81A 3ZKSA 4I1CA 4Y4ZA 2FLEA 2AOIA 4TRZA 2QAKA 3FX5A 3NU3A 5OZJA 3UDMA 1ZPKA 4Y6MA 3K1WA 2G94A 5P2LA 2IGXA 2AVSA 4GIDA 3WZ7A 5P6GA 1EPLE 5P4EA 1BXQA 4EXGA 5P3BA 3EL9A 5HE7A 5P4GA 2OAHA 5OZCA 5P3UA 1GNMA 4PHVA 4B1DA 4J0TA 5OZPA 5P7NA 1JLDA 1SGUA 4B78A 3ECGA 2ER7E 5P1JA 1ODXA 5P6PA 5P24A 3ST5A 5I3VA 1A9MA 5P1LA 2AOJA 3KF0A 4AA8A 5P3WA 5P62A 2Q64A 2H6SA 5P02A 3UDYA 5JODA 5OZKA 2PYNA 1HVRA 2HC0A 1GVTA 3PMUA 1F34A 5OYYA 5P1KA 2FXEA 1HTEA 1XE5A 4ZSRA 4FE6A 5P8JA 1RV7A 3EKYA 3R4BA 4FAEA 1FQ6A 4OD9B 5P3SA 1TQFA 1D4JA 2VJ7A 3VSXA 5P1WA 3Q6YA 3VLBA 2ZJNA 3BVAA 5P1XA 4H1EA 4LXAA 2G1SA 3NU6A 5HCOA 3OUDA 5P2VA 2QI7A 4Y4JA 5P1HA 4DUSA 5P58A 5AHCA 1LYAB 3SM2A 1IDAA 5P65A 4HEGA 5P5TA 5P8SA 3NXNA 4QJ6A 2AODA 2BQVA 5P3AA 1NSOA 4Y58A 4PEPA 2P3BB 4S1GA 4YCTA 4EJLA 2Q11A 5OZ8A 3NWXA 3TOGA 5P5BA 3IAWA 5KQFA 5P7QA 1GVVA 5OZNA 3B7VA 1BILA 2QI3A 1KJHA 2ER0E 4I0DA 1EPRE 3UF3A 5P4LA 5B18A 5AH7A 3TKWA 3N3IA 2JJJA 2QZKA 1MSNA 5P1AA 3LNKA 1ZBGA 2AZ9A 3DV1A 2ZGAA 3L5FA 4RYCA 3K5DA 3PWMA 5P6CA 5T4SA 2R5PA 2CEJA 5P1PA 5P2RA 4F73A 5P4AA 4Y5EA 4Y44A 3OQFA 4DPIA 4EJDA 5P49A 1IZEA 3T3CA 5P0PA 4CPUA 3PM4A 4JPCA 4YBFA 4FCOA 4YD6A 4H3GA 1BV7A 5IVSA 1UH9A 1WBKA 4LXKA 3ZMGA 4Y4GA 5ER2E 2AVMA 1MIQA 5P8UA 3NWQA 3ZKIA 2FDPA 1FG6C 5P0GA 3T7PA 1TCWA 3OGPA 3DUYA 1A30A 1IVQA 1APVE 1ZP8A 4ACXA 5P70A 3K5CA 5P8OA 3TTPA 9HVPA 1ZJ7A 1MT7A 5P5AA 1M4HA 1LYWA 5P3QA 4Y50A 1KJFA 1FQXA 1HTFA 3GGUA 1E80E 5KR8A 3SFCA 1ZAPA 2I4QA 2V12C 2CEMA 1HBVA 4FLGA 3S56A 3UHLA 2FNSA 2P8HA 4OBDA 1CZIE 3NU4A 2ZJJA 4BEKA 3PSUA 1TCXA 1MRWA 4HA5A 3MSKA 5E5KA 4ER1E 3OQAA 1W5VA 5P5UA 1SP5A 3UDHA 1T6GA 4H3JA 3O9LA 5HTZA 3N4LA 5P5MA 1G2KA 2MIPA 2F3EA 5P10A 2QP8A 3O9CA 5P22A 2J9JB 3LIZA 5P04A 3O9BA 2XYFA 1DAZC 5OYTA 1LS5A 3BUFA 3QAAA 3TOFA 1MUIA 1FKNA 1TW7A 5F00A 5P43A 5P0WA 1BV9A 4RVJA 2B42A 3CYXA 5P1EA 4AMTA 4RGHA 4Y39A 4TVGA 2QZWA 4K4QA 5OZAA 5P2FA 5P7IA 1HEGE 3HVGA 5P2BA 5P2EA 3SA7A 4FSLA 1B6JA 3BUGA 3OQDA 1RL8A 1WBMA 2OF0A 1D4YA 2BKSA 5P6JA 4DPFA 2VIZA 3VG1A 5OYZA 3HD8A 4WY6A 1IIQA 5P1IA 1XN3A 2IL2A 4J5JA 2ZJLA 3IVIA 4R95A 4WY1A 5P74A 1MEUA 5P4PA 5P5OA 2PSVA 2G27A 3Q70A 3I2LA 2FDDA 5P5QA 1IZIA 1YTIA 4YHQA 1NH0A 1K6TA 4DQCA 4R5NA 4OD9A 2FGUA 5OZMA 3GI5A 5P85A 5P69A 1HHPA 1LF3A 4DQBA 3WZ6A 5P3NA 3SM1A 5IE1A 2V13A 3INHA 5P2QA 2QD7A 1HXWA 5P31A 5P2XA 5P5HA 1META 1BAIA 1M43A 2EWYA 1AIDA 2IKOA 5P7DA 2QD8A 3UDPA 1C6YA 2P3BA 3FNUA 4Y4BA 5P4FA 2FXDA 2HB2A 2PK6A 4I0FA 1OD1A 4HDBA 4K4PA 1D4HA 2QI4A 5P61A 2FIVA 3TLHA 4NPUA 2I4VA 3OU1A 3SKFA 2OHPA 3UQWA 2HS1A 5P0KA 5HDUA 1Z8CA 3RTMA 5DQ4A 4FS4A 5P8KA 5P44A 3JW2A 5P38A 3OU4B 5P4IA 3VFBA 4AZYA 3SABA 4B05A 2VNNA 2FS4A 2O4LA 3VYFA 3IXKA 5OYWA 1XL2A 4X2LA 5TOLA 3VF7A 5P2IA 3OXCA 5P3JA 4Y53A 4HDFA 4TVHA 2O4KA 2Z54A 3GGXA 3DJKA 5P2YA 3EKTA 2ZHVA 1SH9A 2V0ZC 1DW6C 5P71A 4R91A 1UH7A 3OUBA 5OZ0A 3VLAA 5P8TA 4FRIA 1PPLE 2G21A 4EQ0A 4FM7A 3D3TA 3PSYA 5OZZA 3R1GB 2ANLA 4GJDA 4J1EA 3PBDA 4LHHA 3CKTA 4DFGA 3DK1A 3PB5A 2A1EA 2R8NA 4ZSQA 5P0SA 4FL8A 5P1UA 1ZTZA 2O4PA 2I0AA 4U7VA 5P1GA 5P6VA 4Y4DA 1DIFA 3UTLA 5COOA 1HVIA 4DJPA 1SBGA 4OBZB 5P0FA 2O40A 3PLDA 4Y5KA 5P07A 2QMDA 4OBKA 5P0IA 5P3RA 3O9FA 5P32A 3ZKXA 4BFDA 4ZE6A 5P0EA 3ZPTA 5CLMA 2G1NA 3OADB 3A2OA 5P5SA 1B6KA 4Y3EA 3M9FA 5P88A 3VV7A 2J9JA 1PSOE 5CONA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EKP A;  3C9X A;  3HDK A;  4RRN A;  5OZ3 A;  4IVS A;  3UFN A;  1MVP A;  2PH8 A;  4QJ8 A;  5P77 A;  5P3V A;  2AVQ A;  3L5E A;  3RTH A;  1FQ4 A;  3QBF A;  2QCI A;  3FNS A;  4DV9 A;  4HE9 A;  4FGX A;  3ZKQ A;  3TKG A;  4I12 A;  5AGZ A;  3K5F A;  5ENM A;  4CPX A;  2WF4 A;  4PPH A;  5P01 A;  5OZE A;  3UFL A;  5P1V A;  2RKF A;  3SA9 A;  3SA4 A;  1A8K A;  4YDF A;  1HWR A;  4HDP A;  5P1N A;  4E43 A;  4Y51 A;  1LF4 A;  4Y41 A;  3L5B A;  1NPA A;  2AQU A;  5P7Z A;  3OU4 A;  4YA8 A;  1BVE A;  2ZHS A;  1GNN A;  3MSJ A;  4Y37 A;  4WTU A;  4I0I A;  3OAG A;  3S8I A;  1T7J A;  3KFN A;  3OOZ A;  1HTG A;  5COK A;  3OU3 A;  3Q3T A;  1KZK A;  5P2J A;  5SY3 A;  1AVF A;  5P1Q A;  5P7X A;  5OYR A;  4NJS A;  1PPK E;  5P0M A;  1A94 A;  1SME A;  2IS0 A;  1XN2 A;  4J1K A;  2I4D A;  5P6M A;  5P4Y A;  5P6Y A;  3IN3 A;  5P78 A;  5P3C A;  5P34 A;  5P5J A;  2O4S A;  5P4W A;  4QGI A;  1HVH A;  2OHK A;  1GVW A;  3HVP A;  4ZEA A;  4EQJ A;  2NR6 A;  5KAO A;  1VIJ A;  2Q5K A;  2WEB A;  4Y3R A;  4DJU A;  3EM4 A;  3JVW A;  5P7Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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