5P4JA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 208
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4jA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4jA01
4AMTA 3NDTA 4QJ7A 1FFFC 5P3CA 4CPQA 1E82E 1META 3EKWA 5P6GA 3HAUA 4I1CA 2J9KA 4IVTA 1AZ5A 5P0EA 3QIHA 4PZWA 4GJ9A 1GVUA 3FIVA 1ZPAA 3ZPUA 4PZXA 3LIVA 4ACXA 4HDPA 5P77A 2APRA 4EXHA 3PJ6A 3PWWA 2BPXA 5P8VA 5P68A 4ZPFA 4D85A 3LZVA 3S54A 2AZ9A 1EPME 2I0AA 4U7VA 2Q55A 4YD5A 4ER1E 5OZMA 4B70A 4DQBA 3PCWA 5DR4A 2PMAA 3NUOA 3Q4BA 2I4XA 2VA6A 3OQFA 3PI0A 3SAAA 3AIDA 3URIA 4RYGA 3VV8A 4ACUA 1RNEA 5P5FA 1SIPA 4Y37A 4YBIA 1HVCA 4I8WA 4APEA 2AZ8A 3SFCA 2IS0A 4JP9A 1DIFA 4ER2E 2SAMA 2AVSA 2V16C 3MXDA 5P2EA 4GJDA 1G2KA 4OC6B 5P01A 2G1SA 4J1IA 3APPA 1J71A 5P6HA 1AIDA 3D1XA 5P35A 2F8GA 2AVOA 2PYMA 3OUCA 5P29A 4S1GA 1BV9A 1HVIA 4RCFA 1IDAA 3QAAA 4DH6A 2NNKA 5P4KA 4TRYA 1C6XA 4LAPA 4EP2A 3BUHA 5KQFA 5P6CA 3ER5E 4LHHA 4HDBA 5P4TA 5I3XA 3WSJA 3EKPA 1D4LA 4DFGA 5P3UA 5P1RA 5P0PA 1W50A 3UDQA 5P56A 3I25A 3QRVA 5OZEA 4Z4XA 3S2OA 1EC3A 5P0BA 3UQUA 5P46A 3SQFA 3LPIA 4DUSA 2WEZA 4Y3AA 4YCTA 3KN0A 2IEOA 2O4PA 1ZSFA 5OZXA 3OUBA 5P1VA 3BGBA 3PSUA 1FMUA 2ZHVA 1EPPE 3MSLA 1IZHA 2VIYA 4YD6A 3U71A 3VSWA 2P3DA 4D89A 5P1FA 5P61A 3HVPA 4Y54A 5HE7A 1BVEA 4J0TA 4NJSA 5P1DA 2HPEA 3UDJA 2NXDA 5P6MA 5DQ2A 5P4YA 5P5KA 5P4LA 5P15A 4FL8A 5KOSA 5P87A 2Q64A 2V12C 4J1EA 3ZKXA 4L7HA 3MXEA 3I6OA 3OK9A 4XX4A 1RQ9A 2ZHSA 3S7MA 3TNEA 2I4DA 4GJAA 5P5CA 1LEEA 3EKVA 2RMPA 2HM1A 3KMXA 4QLHA 4F76A 1XE6A 2XFIA 1ZPKA 1HPOA 2I4WA 5KQZA 3T3CA 4Y5GA 4I0GA 5P41A 5P4GA 2UPJA 1Z1RA 3UF3A 4EJDA 3D1YA 3EKXA 4FRJA 4Q1WA 4A4QA 5HDZA 4H3GA 4DJYA 3BXSA 3LNKA 3NDUA 5DQCA 3DOXA 1HVSA 3QRMA 4LP9A 1T6EX 5P8PA 5P0WA 2Q11A 5P6LA 4OD9A 2F3KA 5P6FA 2P8HA 1GVXA 5KR8A 4J54A 1G35A 3UDYA 2AVQA 5P3XA 1RPIA 3OQ7A 4JOOA 3NYGA 3O9CA 2WL0A 4PEPA 5P43A 3ZOVA 1T3RA 5P85A 1MTBA 4YCKA 1HHPA 3EL4A 2AOHA 5BWYA 1GNMA 3VUCA 3O9IA 4FAEA 3S43A 5P2FA 5F01A 4Y3XA 5J25A 4OBZA 5OZ4A 1MESA 4I0HA 1FQ6A 3LIZA 1MTRA 3KA2A 3N4LA 3PRSA 3BUGA 2G24A 5P0GA 5P3HA 3EC0A 5P6YA 5P8CA 5P8JA 2O40A 3NXEA 2WJOA 2A4FA 5P6XA 5P4NA 5P27A 2G1NA 5P0QA 5P3PA 4ZIPA 2F3FA 4Y4JA 2IL2A 2QI1A 1IZIA 2R3TA 4OD9B 4KB9A 3NUJA 3S53A 5I3YA 1YM4A 4EXGA 3OADB 3D1ZA 2PK6A 4GJ5A 2PQZA 4DJRA 4GZFA 5P4AA 1APVE 4Q1YA 4CPXA 4ZSRA 1D4KA 3VYDA 2P83A 3JVWA 4YD3A 1APWE 4Y51A 5C9BA 3L5CA 5P4SA 3OOZA 1UPJA 5P3ZA 3OOTA 5OYSA 1XL2A 3VFBA 1MT8A 4J1HA 4QJAA 1W5VA 3OUDA 4Y45A 1MERA 4Y3EA 1LF4A 1T7IA 2PH6A 5P79A 5P13A 4J1FA 1PPKE 1MSNA 3IXOA 1UH7A 1LYAA 4B72A 5OYQA 2H6SA 4Y3JA 4Y3NA 5P7HA 5JFUA 6UPJA 3VF5A 4L1AA 5OZTA 2CENA 5P7NA 2I1AA 3PBDA 1NH0A 1FQ5A 5OZ8A 2IENA 1HVJA 5P0NA 5P34A 4AA9A 2QMFA 3NWXA 5ER1E 3Q6YA 4Y38A 4B00A 4QJ8A 1OEXA 7HVPA 2ER6E 2XYEA 1BVGA 4TRWA 5P3TA 4YE3A 3KT5A 3JVYA 2QMDA 5P6OA 1M4HA 4AA8A 2WF3A 1LV1A 4QJ2A 1UH8A 3QVIA 2JXRA 4Y3FA 3PLDA 3PWMA 1MPPA 1GNNA 3SKGA 5P4JA 5P40A 1HPVA 4EPJA 3LITA 1HVRA 2I4QA 5P3VA 3NDXA 1A9MA 2ZJNA 5P72A 2Z54A 2HC0A 3OUDB 3A2OA 3VV7A 5HDXA 5EZZA 3QN8A 2XFKA 4Y4XA 3SM2A 1B11A 5P04A 4APRE 5P6KA 1LYAB 3TPRA 3PB5A 4GB2A 3GI4A 5OZBA 2V0ZC 3KT2A 2J9JB 4L1AB 1A8GA 1SDTA 1TW7A 5P1WA 5OZ2A 2NNPA 2G26A 3GI0A 5OYWA 5BS4A 5COKA 3R2FA 5P1JA 5C9FA 3ZMGA 2OHSA 2OHUA 3DV1A 3QS1A 1PPME 2P3AA 1B5FB 2Q15A 3BXRA 4HVPA 2RKGA 4TVHA 5KQYA 5P0TA 9HVPA 2Z4OA 2PC0A 3KFPA 4DJQA 4Y3GA 3SLZA 3CKTA 6APRE 3T7XA 2BKSA 2AVMA 3OGPA 3WB4A 5P38A 4Y5KA 3CMSA 1A30A 4YDGA 5P4QA 5DR0A 3IN3A 2EWYA 4OBHA 4GMIA 5OZQA 5P89A 5DGWA 1C6ZA 3OY4A 1UH9A 3T7PA 2F81A 4RCEA 1PSNA 1XN3A 2FMBA 5P5QA 5P20A 5P7FA 5P0JA 4FE6A 5DR1A 2AVVA 5OZVA 1FGCC 5P28A 2PSVA 5P5EA 4Y5BA 5P30A 1FEJC 3R4BA 1HTFA 5P5ZA 1QBUA 5P44A 4RRSA 5OZ3A 3KFRA 3KMYA 1W6HA 3QP0A 3TPPA 5P5RA 5P51A 5OZ1A 4B1DA 2QI5A 1QBTA 4DPIA 5P1NA 1D4HA 3NR6A 4Y4UA 2VIZA 2O4NA 3INEA 5P36A 3UDNA 1YG9A 1B6JA 4OC6A 3DK1A 2OHTA 2QI3A 3K4VA 4LBTA 1F7AA 1APUE 4RZ1A 1K1UA 3C9XA 3IAWA 4I0DA 2V11C 4M8XA 1DP5A 1NPWA 2JJJA 5C9DA 3Q70A 3BVBA 3B80A 2IQGA 4PPHA 1IVQA 4A6CA 4I10A 1K2BA 5OZDA 3EM6A 3UQPA 2AQUA 2AOFA 5P0MA 3K5GA 2HB2A 5P6TA 2V13A 5P1XA 4OBDA 5OZWA 1XL5A 5P74A 5P69A 4A6BA 5P4VA 5HU0A 5P7UA 4J0YA 4K4QA 5P1YA 5P1TA 2BPVA 2ER0E 3SA5A 3NU4A 5P1PA 5P2YA 2FDPA 3OU1B 3HZCA 5T4SA 4DJOA 5P8HA 1W5YA 3OU3A 3IGBA 1ZJ7A 4L6BA 5P1EA 4J55A 5P2UA 1XDHA 4HZTA 4EJKA 4EQ0A 3EMYA 5P07A 2G1YA 4HDFA 3PLLA 1TCXA 5P5PA 2NTRA 1HVLA 3CYXA 1T7KA 3NWQA 2QZKA 5P18A 4YHQA 1OD1A 1MT9A 5P0IA 4CPWA 2QU2A 5DR7A 1ODXA 1EC0A 5P14A 5P1GA 3VYEA 2UXZA 2ZE1A 4LXAA 5P5DA 3L59A 3KM4A 4KE0A 3SO9A 1TSUA 5P0XA 4CKUA 4J5JA 1AXAA 4GJ7A 3VEUA 5P6ZA 4DJVA 3LPJA 2QCIA 5HVPA 3O9FA 1BXQA 4B1CA 1B6PA 5P64A 5P60A 5P7ZA 3WZ8A 5P86A 5P63A 3VV6A 2VJ9A 4FLGA 1BDRA 5P00A 2WF0A 2QHYA 4RGHA 5HCTA 3I2LA 3TTPA 1A8KA 2AOEA 1PROA 4J1CA 3SA3A 4Y35A 3UFLA 3L3AA 2QI0A 4NKKA 1HIIA 3VYFA 1HTGA 4ZPGA 5BRYA 5P7LA 4I0JA 3TLHA 5IS4A 1F34A 5P7QA 2O4SA 5COPA 2B7ZA 5P82A 5DR3A 2FLEA 5OZLA 4DJPA 1K2CA 5P3IA 3PEPA 4B1EA 1ZTZA 5P0VA 2AOGA 4CPSA 5OZCA 3BGCA 3VLBA 4JPEA 4Y48A 2VA7A 2BBBA 3K5CA 5P6PA 5OYZA 1DAZC 5P8AA 4FM6A 5P2IA 1SMEA 5P8SA 3NU9A 5OZ7A 5AHAA 5DQ1A 4EJLA 1C70A 4I0IA 1AVFA 5P78A 5P0YA 3HLOA 3RTHA 5P0SA 3CIBA 1PSOE 1BAIA 5OZIA 5OZFA 1E81E 5JG1A 1HOSA 2HS1A 2IGYA 3INFA 3TOHA 5OYYA 4FGXA 5P8NA 4K4RA 2R8NA 3UFNA 3DCKA 1SIVA 4I0FA 2JYSA 5P3QA 4LC7A 5P5HA 1OHRA 2P3BB 1D4JA 2QNQA 3TL9A 4EHCA 4B78A 4L7JA 4NPUA 4GJ6A 1D4IA 2VIEA 4FRKA 4Q5MA 4RVJA 4DV9A 5P0LA 1LYBB 2FXEA 1YTJA 2QI7A 5OZOA 5P08A 5COOA 1EBWA 3IVIA 2ZJHA 3OQAA 1XE5A 3TOFA 1EPOE 5P3DA 1KJ4A 3EL9A 2MIPA 2PSUA 2PWCA 4CPUA 1ZP8A 5P3GA 3SA9A 5JFPA 1BDLA 3T11A 1MEUA 1BXOA 3GGUA 3OADA 4KUPA 5P88A 4QJ9A 3G6ZA 5P4ZA 3I7EA 5P4PA 5P8KA 2WECA 1ZSRA 2ZHUA 1QRPE 3UDPA 1HPXA 2QI6A 1HPSA 4Y4WA 5P4UA 5P59A 5OZSA 2ER9E 5P1AA 3MSJA 5P1BA 1FIVA 3G70A 2ZGAA 1WBMA 3OHHA 1HIHA 3OQKA 2JJIA 1HVKA 5P7GA 4RROA 2OAHA 5P7XA 5CONA 4U7QA 4Y36A 3PWRA 5P2CA 4FRIA 4IVSA 5P3MA 1HTEA 2VNNA 5P1MA 3R0WA 4Y57A 5P70A 2VNMA 3BUFA 1APTE 3CICA 3FSMA 1BV7A 5DPZA 4Y5LA 2BB9A 4I8ZA 5SY2A 4K4PA 4F73A 3S7LA 2I4UA 3OHFA 5P3YA 4MC6A 3ZKMA 5HCOA 5P5VA 5P66A 5P53A 1LS5A 1BBSA 1K6CA 2NXMA 3APRE 1LYWB 3BRAA 1GKTA 3OWNA 4Y6MA 2O4KA 4R8YA 5P3OA 4K8SA 5ER2E 5P8IA 5P8QA 4LL3A 5P4BA 1VIKA 5TOLA 3U6AA 4X7IA 3DM6A 5P8OA 1GNOA 1SP5A 4NPTA 5OYTA 5P2VA 5P7TA 5I3WA 3L58A 1EC1A 1MRXA 5P7SA 5P83A 4PYVA 1HSIA 1IZEA 2PK5A 3L5EA 1EPLE 1LF3A 2AODA 5SZ9A 1BILA 5P8RA 4Y4BA 2FS4A 1W51A 3ZKGA 5P1HA 5P0RA 1W5XA 5CLMA 1K6VA 1AM5A 4WY1A 2G94A 2WEAA 2QP8A 5P5YA 5KR2A 2VS2A 3FKTA 5OYVA 1TQFA 4PHVA 3RU1A 3NLSA 2QU3A 3ER3E 3ZKSA 5P6AA 1DPJA 5P3KA 1HWRA 2J9JA 1FMBA 3PCZA 2I4VA 5P0AA 4I12A 5P0HA 3D91A 4M8YA 4L7GA 3UDMA 3DCRA 5P2GA 4YOAA 2R5QA 5PEPA 2ZJKA 3HW1A 2OHQA 3ECGA 5P2BA 5P81A 4BFDA 3LPKA 3VF3A 4R5NA 2HAHA 1B5FA 1SMRA 4Y3WA 2OHMA 5P6JA 4ZSMA 4Y4GA 3BVAA 3ZL7A 2XFJA 4Y9WA 2NR6A 2B8LA 4Y3MA 1OEWA 5P1SA 4YOBA 5P6DA 4CPTA 3WZ7A 4Y39A 5HE5A 4EP3A 4H3JA 3NDWA 1EEDP 5P5GA 5P55A 3UDRA 4TVGA 5P50A 1DMPA 2NPHA 4Y3DA 5AHBA 1D4SA 2B60A 5P5MA 2QNPA 4OBGA 4D8CA 5P6QA 3HBOA 5OZRA 3O9LB 5P39A 3GI5A 2G20A 5P4IA 2IGXA 3LZUA 1QDMA 3ZKQA 3SPKA 1EBKC 3LIXA 1MVPA 3MWSA 1NPVA 3NSHA 3PMUA 1MRWA 1ODYA 3HAWA 1ZBGA 3INDA 4ZSQA 1HSHA 5P8MA 2AOJA 3EM3A 3FNSA 4YDFA 3GGXA 5OZUA 5P5IA 5P7RA 4AUCA 2WF2A 5P0UA 2IRZA 3DUYA 2A1EA 2BQVA 2NXLA 1EBZA 5P0FA 5KR1A 2IKOA 1BWAA 5OYXA 5P8GA 2HIZA 1E80E 2BKTA 5P8EA 1KZKA 4Y4AA 5P8FA 2QMPA 3UHLA 3OUAA 1FG8C 5AHCA 4NJTA 5P4CA 4GYEA 3PM4A 1WBKA 3URLA 3UPJA 1QBRA 5P3WA 1AJXA 5E5JA 2IDWA 1HIVA 1FG6C 2V00A 4Q1XA 5DGUA 4FAFA 3PMYA 1M0BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4AMT A;  3NDT A;  4QJ7 A;  1FFF C;  5P3C A;  4CPQ A;  1E82 E;  1MET A;  3EKW A;  5P6G A;  3HAU A;  4I1C A;  2J9K A;  4IVT A;  1AZ5 A;  5P0E A;  3QIH A;  4PZW A;  4GJ9 A;  1GVU A;  3FIV A;  1ZPA A;  3ZPU A;  4PZX A;  3LIV A;  4ACX A;  4HDP A;  5P77 A;  2APR A;  4EXH A;  3PJ6 A;  3PWW A;  2BPX A;  5P8V A;  5P68 A;  4ZPF A;  4D85 A;  3LZV A;  3S54 A;  2AZ9 A;  1EPM E;  2I0A A;  4U7V A;  2Q55 A;  4YD5 A;  4ER1 E;  5OZM A;  4B70 A;  4DQB A;  3PCW A;  5DR4 A;  2PMA A;  3NUO A;  3Q4B A;  2I4X A;  2VA6 A;  3OQF A;  3PI0 A;  3SAA A;  3AID A;  3URI A;  4RYG A;  3VV8 A;  4ACU A;  1RNE A;  5P5F A;  1SIP A;  4Y37 A;  4YBI A;  1HVC A;  4I8W A;  4APE A;  2AZ8 A;  3SFC A;  2IS0 A;  4JP9 A;  1DIF A;  4ER2 E;  2SAM A;  2AVS A;  2V16 C;  3MXD A;  5P2E A;  4GJD A;  1G2K A;  4OC6 B;  5P01 A;  2G1S A;  4J1I A;  3APP A;  1J71 A;  5P6H A;  1AID A;  3D1X A;  5P35 A;  2F8G A;  2AVO A;  2PYM A;  3OUC A;  5P29 A;  4S1G A;  1BV9 A;  1HVI A;  4RCF A;  1IDA A;  3QAA A;  4DH6 A;  2NNK A;  5P4K A;  4TRY A;  1C6X A;  4LAP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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