5P4MA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 211
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4mA01
3OQDA 3UDNA 5P1LA 5P84A 3HDKA 4J0YA 3LPKA 4H3FA 3OTSA 2PWRA 4EP3A 1FQ7A 5P06A 3BRAA 1ZSFA 3KFNA 4Y48A 1EC2A 4LC7A 1OEWA 2RKFA 5P1DA 3HD8A 4RVXA 1HTEA 3IVIA 3KDBA 5I70A 2HS2A 3INHA 4L7GA 4GZFA 5P5CA 5P8SA 2FS4A 2F81A 3TPJA 3D91A 4J1EA 5DQ2A 3FNSA 2QD6A 3O9LA 2B60A 1MTBA 5UPJA 3FX5A 1BXOA 2BPVA 3UDRA 1EC1A 3EL0A 4B00A 1NH0A 2V10C 4ZSMA 4Y3JA 1BAIA 5OZGA 1IZEA 6APRE 1EPQE 2ZHSA 3AUPA 5P8BA 3RU1A 7HVPA 4FRSA 5IVQA 1UPJA 3NU3A 5OZYA 3Q5HA 1SIPA 3VSXA 5P8TA 3ZPUA 4R95A 5P3DA 4I0HA 3NDUA 3IGBA 3HVPA 5OZ2A 5P25A 3S7MA 3ZL7A 2HPEA 5P7CA 1U8GA 1YTIA 5P0MA 4J1HA 4Y3TA 1EPOE 1KJFA 2OHNA 3NWQA 5P6IA 2OHKA 2HB3A 4NPUA 4CKUA 3GGVA 5P4DA 4Y44A 4KE1A 4B70A 2G20A 5P8VA 3SA3A 5P82A 5P88A 2QI6A 5OYUA 5P2JA 2WHHA 4DJRA 3RVIA 1PROA 5P3PA 3VV7A 3LNKA 3BGCA 5OZ7A 5P32A 1FG6C 1SH9A 5C9DA 5OZHA 4LXAA 2RSPA 4YDFA 3NLSA 4PZXA 3IN3A 4YOAA 4AUCA 4OBZB 4EHCA 5KR8A 3KDCA 5P2EA 3PJ6A 5P76A 2PYNA 2O4PA 2I4DA 1M43A 1LYAA 5P31A 9HVPA 5P16A 4Y3WA 5P6DA 3C9XA 3TTPA 5P2RA 1HVRA 3I25A 1D4KA 3NXNA 5ENKA 2PC0A 4EP2A 5P47A 1EPPE 5OZQA 2FDDA 4HVPA 1TCWA 2ZJHA 3R4BA 3D1XA 4QJ6A 2PK5A 3S85A 3L5FA 5OYXA 2R43A 1MERA 3CMSA 2OAHA 5P73A 2MIPA 1LZQA 5AH7A 3EM6A 1SDVA 4DQGA 1OEXA 3OOZA 3QS1A 2R5QA 4DJQA 5P2QA 3PCWA 2QZKA 2V13A 1BDRA 3OUAA 4Y3RA 5P0XA 1IZIA 3SKGA 1HBVA 5P4GA 5P89A 2NXMA 4RVJA 5P6KA 3R2FA 3UDMA 1HVSA 5OZ1A 3R0YA 4FRKA 2QHYA 5OYTA 3EKWA 3LIQA 5P7JA 5P2TA 4B72A 5OZDA 5B18A 2I1AA 1KZKA 3SO9A 4QLHA 1T7KA 4D83A 3I8WA 4H3IA 4OC6A 2I4WA 2FLEA 5P0YA 4FL8A 5P08A 4B1DA 4RVIA 1LF3A 5COPA 5P8CA 5P0WA 3EXOA 4Q1NA 4BFBA 5P1BA 1IBQA 5E5KA 3O9BA 5OZAA 1TQFA 5HDZA 5P6CA 3VG1A 4JPEA 3OU1A 2BPWA 5P05A 2PSUA 1HVJA 4YD7A 3O9FA 1HVHA 5P4TA 4Y47A 3URIA 3OY4A 4PEPA 2G94A 3DV5A 3NUOA 5BRYA 3L38A 3PHVA 3OAGA 1XN3A 5P2MA 2I4QA 5P8FA 3IXOA 5P3JA 4CPQA 1UH8A 2NMYA 3CKRA 3HZCA 3NSHA 1CMSA 2UPJA 1FF0C 5P8IA 2OHRA 2QCIA 4LBTA 4I0JA 2IDWA 1BBSA 5P14A 3RTMA 3T6IA 5P09A 4DJVA 5P83A 5P7ZA 3NDTA 5P3VA 3DV1A 4ZPFA 5P1MA 4Y4XA 1TCXA 2O4NA 1OHRA 3ZKMA 2FMBA 1QBSA 4NJUA 4JPCA 2ZGAA 4KB9A 2BPZA 2V0ZC 4PZWA 3RTNA 5P8DA 5P17A 4J5JA 1ZTZA 3PBDA 3EL9A 3LIZA 3TOGA 5OZZA 1UH9A 3PLDA 3S7LA 5P3NA 4UPJA 2P3DA 1GKTA 2AVOA 1F34A 3DK1A 4GJCA 1HVKA 1QBUA 4NJTA 5P11A 4ZE6A 4DJXA 2AZ8A 4Y3LA 5P0KA 3QRMA 5P0PA 3L5EA 5P7EA 5P43A 4OBKA 4F74A 5P07A 5I3XA 2G1RA 1MT9A 1HPVA 1T7IA 1BVGA 2ZHRA 3PI0A 4GJAA 1Z1HA 3OUBA 3EM3A 4QJ2A 5IVSA 5P18A 4FSEA 4HA5A 4J1KA 3VF7A 5P4YA 5P20A 2AOCA 2QZXA 4JECA 5P72A 5P2WA 5P1FA 2OHUA 3D3TA 2JE4A 4EQJA 5P37A 3CIBA 4YD5A 2Q55A 3IA9A 5P44A 1YTGA 4ER4E 4Y4DA 5P86A 2AOGA 3ZKSA 4HLAA 1PSOE 5OZOA 5HDVA 1VIJA 5FIVA 5OZ9A 2Q5KA 4Q1XA 3ZMGA 4X7IA 5P7UA 4GIDA 3BXSA 2ZJIA 3N3IA 3OTYA 5HVPA 5P4PA 5P5GA 4I12A 3T7QA 5P75A 3BVBA 2HB4A 2G1YA 3KFRA 5P2FA 3IXKA 3OGQA 3H0BA 4Y3DA 3ZKNA 4EWOA 2QU2A 2NR6A 2QD7A 3OQ7A 1W6HA 2ER0E 8HVPA 5OZUA 5P1JA 5EZXA 5P74A 5P1KA 3GI0A 3L59A 3DM6A 4Y5NA 4ZPEA 1NPAA 2AZ9A 4DI2A 3PGIA 3HLOA 3EM4A 1HWRA 1ENTE 3O9GA 5DR1A 1MSNA 3MSJA 4AA8A 5P4KA 5P6EA 3NR6A 2WF2A 5P10A 5P5TA 3M9FA 3OU4B 3DCRA 1E5OE 5P13A 2QU3A 4RROA 5P6FA 3K1WA 3L5CA 3URJA 4QJ7A 2P4JA 4Y37A 4ZLSA 5P7IA 5P0FA 1BWBA 1ZBGA 4RRSA 5P3GA 5P4HA 5P8OA 4FRJA 1FG8C 4DFGA 2IGXA 3NWXA 1BDLA 2QP8A 3ZPTA 5P87A 2AIDA 3UHLA 5P5PA 1Q9PA 5HDUA 3WZ6A 3SA8A 2QD8A 3NU9A 5OYQA 4Q1YA 5P3XA 4Y4BA 5SY3A 1GNNA 2ZJNA 3A2OA 5AHCA 5P5IA 2OHLA 2ER6E 3RTHA 4J0PA 5P5XA 3UDHA 2B7FA 2VIYA 5P1CA 3O9IA 5P8NA 3L3AA 2ZJJA 3PSYA 3FNUA 2PK6A 4ER2E 4ER1E 4DQBA 2XFJA 3FSMA 3QBFA 5P1VA 2AVSA 4U8WA 2Z4OA 3T7XA 4DQFA 3OHHA 1W51A 2G1OA 4I0DA 4LHHA 3SA6A 3SPKA 1F7AA 1T6EX 3OOTA 1WKRA 5P48A 5P8PA 3K5DA 5KQXA 3LPIA 3OQKA 5P04A 1ODWA 3VYDA 5P7RA 5P38A 1M4HA 5OZRA 3LINA 3APRE 5P3OA 1HSHA 5P6HA 2G24A 5P0ZA 4YD6A 2G1NA 1ODYA 1MT8A 5OYVA 5P4SA 4GYEA 1D4HA 5P0NA 3LITA 1WBKA 4AMTA 1HSGA 5P0BA 3WZ7A 3UFNA 1QBRA 2QI1A 5DPZA 5P0AA 3INFA 4QJAA 4X2LA 5P55A 4Y5LA 5P1XA 3O99A 1ZAPA 1LYWB 3Q70A 4J1CA 5P56A 4L1AB 3EKTA 3VV6A 3ZLQA 4OD9A 5OZJA 1HEFE 1FB7A 2ZJLA 4Z2ZA 2G21A 3PM4A 5P2LA 3TLHA 3EL4A 1EPLE 3BXRA 5P5MA 2FGUA 4Y39A 5OYSA 5OZ6A 2AODA 3OUDB 1AJVA 3VLAA 4HZTA 2Q54A 2P3CA 1GNMA 3NYGA 3BUGA 3ER3E 3TH9A 4YCYA 2I0AA 3MXEA 2OF0A 4Y4AA 2PSVA 3UDQA 5P2GA 2J9JB 4Q1WA 2QNNA 5P2OA 4EXGA 1META 5P5DA 5P6PA 1MPPA 1APUE 5DQ5A 2Q63A 1E80E 3EKXA 3KFPA 5P70A 1HPOA 1FQXA 1RNEA 5P4AA 3T11A 4LXKA 1FEJC 1HTGA 4I10A 3OXVA 5F01A 4LXMA 5P2BA 4JOOA 4RYGA 2IRZA 1T7JA 4H3JA 3SKFA 5P6SA 4Y4GA 5P5JA 4XX4A 1EC3A 5P3EA 2Q11A 2IL2A 4D89A 5P7GA 3CICA 4CPUA 4EYRA 5P7BA 3QIHA 3UDYA 3OU3A 3HAUA 5P5OA 2EWYA 5P63A 3O9EA 4YCKA 1CZIE 5P8HA 5CLMA 5P42A 5P2HA 5ER1E 3WZ8A 5OZFA 4OBJA 4B05A 2P3BB 5P7MA 5ISJA 1GVVA 5P6XA 1RL8A 4MC9A 5P77A 1HSIA 2FGVA 4Y3XA 5P2YA 5DQCA 3SA9A 4HDFA 5P54A 5P7LA 2PH6A 4OBHA 4DQHA 5P3UA 3TOFA 1ZJ7A 5P1IA 5P5FA 2AQUA 1EEDP 2I0DA 4Y5PA 4B77A 1FLHA 2ER9E 5P60A 3I2LA 1FQ8A 3TNEA 4Y36A 5OZLA 4RGHA 4D85A 3B80A 4YOBA 5P85A 3RSXA 5P8GA 5P61A 4Y38A 2ANLA 3I7EA 2ZHVA 4N00A 3L5DA 2VIZA 4PHVA 5DGWA 5AGZA 4Y5EA 5AHBA 3U7SA 3O9HA 4GJ9A 4TRYA 5P2CA 5P3SA 4YE3A 5P68A 1EC0A 1AXAA 2R5PA 5P5HA 2AVMA 5P78A 4RLDA 3WB5A 3O9AA 2QNPA 2Q64A 1PSNA 5P12A 2AOIA 5P8AA 5KAOA 3GI4A 5KR1A 1SDUA 5ISKA 5OZ4A 1IIQA 2I4VA 4FE6A 5P5YA 3EC0A 3PMYA 5F00A 2UXZA 3LIXA 1FFIC 4RRNA 5OZVA 2OHMA 3PSGA 3QROA 4BELA 1MESA 2BQVA 5P33A 3SACA 1GVUA 2WKZA 3O9CA 4F76A 2V11C 4U7VA 4Y3SA 2VJ9A 4F75A 5I3WA 2PWCA 3EL1A 5P26A 2QHCA 5P30A 1N49A 2P3AA 4EJDA 5P5VA 4CPXA 4EJLA 3CIDA 5E5JA 5P5SA 4DQCA 2F80A 2WEAA 4Y4ZA 2QZLA 3QP0A 5P1GA 1B5FA 2QMGA 4DJUA 3QRVA 3Q3TA 3QPJA 3SQFA 3ZKXA 3GI5A 3LHGA 3S8IA 4LL3A 5CONA 5P2AA 2R38A 3ZKIA 1LYBB 5P66A 2JXRA 4Y4WA 4EJ8A 5P81A 5P5RA 4YCTA 1SGZA 4RZ1A 1XL5A 5HCTA 1E82E 2WJOA 5P0UA 4ACUA 4QJ9A 1IDBA 3TL9A 4K4RA 4H3GA 3OUCA 5P28A 3S43A 5JG1A 4IVSA 2V16C 3KMYA 5OZEA 2G26A 4Z4XA 4J1IA 2F8GA 4K9HA 4LAPA 1RV7A 5SXNA 4FM7A 4RCDA 4MC1A 4HEGA 3OK9A 4BFDA 4PPHA 2QMFA 5P4IA 1YM4A 2B8VA 5DQ4A 5P8KA 1MVPA 5HU1A 4Y3NA 1QDMA 1G2KA 1BV7A 4J55A 3SM2A 1RPIA 5P57A 3KA2A 4D88A 2XFIA 4Y3EA 5P0EA 4WY1A 1GVTA 1K2BA 2F3KA 3O9LB 5P7NA 5T4SA 3ECGA 1LYWA 5IVRA 2R9BA 1HIIA 3VLBA 3VYFA 2V00A 2IGYA 5P6MA 2JJIA 1ER8E 5P6ZA 5OYWA 1XE5A 4I8ZA 4Y3PA 1D4SA 5P1OA 3D1YA 1K2CA 4Y45A 1MSMA 5P67A 2ZHTA 5P5WA 1HVCA 3U71A 4Y9WA 3G70A 3CKPA 5PEPA 5P0VA 1MUIA 3MSLA 4HE9A 3OXXA 2J9JA 3VV8A 2AVVA 2QAKA 5P35A 3GGAA 3FNTA 1YTJA 5P36A 5P1TA 3VSWA 3OQAA 4ZSQA 5P53A 3ZOVA 3TOHA 5P4NA 2I4XA 3DUYA 3OGPA 2R3WA 2WEBA 5P59A 4OBDA 5IVTA 1YTHA 3R0WA 3WB4A 3BUHA 2QI7A 1ZSRA 1MT7A 4XXSA 1HPXA 2NMZA 2ZHUA 5P5EA 5P2ZA 4R8YA 4RCEA 5P64A 1QBTA 3UCBA 3JW2A 3MSKA 3PI5A 3JVWA 5P1WA 5P39A 2HM1A 5DR4A 1PFZA 5DQ1A 4S1GA 4NKKA 5P0GA 5P62A 3KDDA 5P7TA 5P4ZA 3QVCA 5P0TA 5OZBA 4I0EA 1LYAB 2I4UA 2ER7E 4WTUA 4I8WA 1KJ7A 4FGXA 4OBZA 4DVFA 3LZSA 3GGUA 1B11A 2H6TA 2QNQA 4B1EA 5P65A 1HTRB 1OD1A 4YDGA 2FXEA 4DH6A 1MRXA 1AJXA 5DR8A 4I11A 3LZYA 5P3RA 2NPHA 1TW7A 3LPJA 3UQPA 1ZP8A 3MWSA 4APEA 3CKTA 2ASIA 5C9FA 5P7XA 4J54A 1ZPKA 5P0OA 5P7WA 4EXHA 5HCOA 1HOSA 4CPTA 1GVXA 2BBBA 1A9MA 1K1UA 4ACXA 2NXLA 5P1AA 5P6RA 5P7KA 2AZCA 5P4LA 5P0IA 3AIDA 3SFCA 1DPJA 4GB2A 5P8RA 3EBZA 3IXJA 3KT5A 2QI0A 2BKSA 3KN0A 3VEUA 2QK5A 1A8KA 5P4FA 1T6GA 4Y3AA 5P40A 4Y6MA 1MEUA 2G27A 3Q6YA 1YM2A 4OBFA 2FIVA 1IZDA 3EKYA 1WBMA 3IAWA 5P3HA 5P23A 4Y4JA 6FIVA 3WSJA 3K4VC 2BB9A 3HW1A 3OXWA 1XE6A 1TSUA 5P7OA 3URLA 3EKPA 3NDWA 3GW5A 3PWWA 2BKTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OQD A;  3UDN A;  5P1L A;  5P84 A;  3HDK A;  4J0Y A;  3LPK A;  4H3F A;  3OTS A;  2PWR A;  4EP3 A;  1FQ7 A;  5P06 A;  3BRA A;  1ZSF A;  3KFN A;  4Y48 A;  1EC2 A;  4LC7 A;  1OEW A;  2RKF A;  5P1D A;  3HD8 A;  4RVX A;  1HTE A;  3IVI A;  3KDB A;  5I70 A;  2HS2 A;  3INH A;  4L7G A;  4GZF A;  5P5C A;  5P8S A;  2FS4 A;  2F81 A;  3TPJ A;  3D91 A;  4J1E A;  5DQ2 A;  3FNS A;  2QD6 A;  3O9L A;  2B60 A;  1MTB A;  5UPJ A;  3FX5 A;  1BXO A;  2BPV A;  3UDR A;  1EC1 A;  3EL0 A;  4B00 A;  1NH0 A;  2V10 C;  4ZSM A;  4Y3J A;  1BAI A;  5OZG A;  1IZE A;  6APR E;  1EPQ E;  2ZHS A;  3AUP A;  5P8B A;  3RU1 A;  7HVP A;  4FRS A;  5IVQ A;  1UPJ A;  3NU3 A;  5OZY A;  3Q5H A;  1SIP A;  3VSX A;  5P8T A;  3ZPU A;  4R95 A;  5P3D A;  4I0H A;  3NDU A;  3IGB A;  3HVP A;  5OZ2 A;  5P25 A;  3S7M A;  3ZL7 A;  2HPE A;  5P7C A;  1U8G A;  1YTI A;  5P0M A;  4J1H A;  4Y3T A;  1EPO E;  1KJF A;  2OHN A;  3NWQ A;  5P6I A;  2OHK A;  2HB3 A;  4NPU A;  4CKU A;  3GGV A;  5P4D A;  4Y44 A;  4KE1 A;  4B70 A;  2G20 A;  5P8V A;  3SA3 A;  5P82 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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