5P4NA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 212
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4nA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4nA01
2B42A 1HRNA 5P7SA 3T11A 3UQPA 4D89A 3D91A 5P6MA 2NMYA 4H1EA 4EYRA 1LYAA 3VF3A 1WBMA 4RVIA 5P4RA 1EC1A 4FL8A 1BDRA 5IVSA 3PLDA 5COPA 3BUFA 3SABA 1ME6A 2FMBA 1HVSA 1LEEA 5HE7A 1E80E 4GYEA 4R95A 5P6SA 1DPJA 3CIDA 4N00A 5P68A 1J71A 5P2AA 4H3JA 1MPPA 2QNQA 1FFFC 1LYWB 3KA2A 1D4IA 1ODWA 4Y3HA 3NXNA 5P08A 3VFAA 3UQXA 5P4YA 3U7SA 3DUYA 1W5XA 4FAEA 1RNEA 2AOJA 5P7NA 2AVOA 3DV5A 2V11C 3BUGA 3ZOVA 3CYXA 1W6HA 3QI1A 1AZ5A 3I8WA 5P3UA 4HZTA 1TSQA 5P70A 5P6AA 4Z22A 5OZYA 2ZJHA 4F75A 2WF0A 4CPSA 3APRE 4ZEAA 5P4BA 2Q64A 1A8GA 3FNTA 5P5GA 4PYVA 3LIXA 4CPRA 4CP7A 3SACA 5P0GA 5OZ2A 5P3SA 3ER5E 3FNSA 2R38A 2P3AA 3BXRA 4GMIA 5OYQA 4Z2ZA 5OZJA 4DJYA 1G6LA 4FM8A 5P8MA 3UQWA 2JXRA 1DP5A 3INDA 5OZVA 2F3KA 4FIVA 4CMSA 4FGXA 1D4HA 3L5FA 4I11A 1LF3A 5P71A 1B5FB 5P3BA 4D8CA 1G2KA 3MXDA 3NR6A 3UQRA 3QAAA 5ER1E 3BHEA 4J1HA 3RTHA 4QGIA 1EPQE 5P4CA 2HB4A 5P8TA 1FMXA 3EC0A 1M0BA 1PPME 2J9JA 1YT9A 1WBKA 1MTRA 4ACUA 1BV7A 4ZSMA 4GIDA 3OXXA 3OUDB 4OBDA 5P2XA 5J25A 3IVIA 5P84A 2FXEA 5P85A 5P7XA 5P3AA 5P5LA 4EJ8A 4DQFA 4Y38A 5OZ6A 1W50A 4MC1A 3KM4A 5P5AA 4CPQA 5HE5A 1F7AA 1UH7A 3FSMA 3OU1A 3OUAA 5P1KA 3DOXA 4JPEA 5C9BA 1FIVA 3GW5A 3OTSA 4K9HA 4FLGA 1K6CA 2PYNA 5P19A 4Y4JA 2QMDA 2G22A 1PPLE 5P2HA 4BFBA 5P7MA 1M4HA 4BELA 3GGUA 1JLDA 4Y54A 5P4UA 5OZ4A 2VKMA 4L7GA 2BQVA 2OHKA 3OQKA 2PH8A 3TPJA 5P3DA 3OXCA 1F34A 6APRE 2QAKA 3SM2A 3SAAA 1GNOA 3OUBA 4R92A 5P7AA 5P0RA 5P14A 4AA8A 2OHMA 4ZPEA 3U6AA 1B6MA 3KFNA 3R1GB 1C70A 3VG1A 1HPSA 5P7LA 4J1IA 3NWQA 2HPFA 3OAGA 5OZHA 1QBSA 2O4PA 3HVPA 5P4OA 5DQ5A 5P1QA 2FGVA 5DQ4A 3GGXA 5P8IA 3OQFA 5P10A 3PB5A 1W51A 4Y3ZA 4RROA 4MC2A 3PRSA 1ZJ7A 5P1RA 5P8HA 5P1AA 5HU0A 5COOA 1SDVA 1EC3A 4J0PA 3KN0A 4I10A 1LYBA 3R0WA 1HPOA 2CEMA 4L7HA 3K5DA 3NUJA 3K4VC 3DV1A 5HDZA 5P23A 3IVHA 4UPJA 3EL9A 1KJFA 4HDPA 5P5PA 2V0ZC 1B6LA 1B6KA 1SP5A 1K2CA 5P4AA 4ZLSA 4Y3EA 4Y47A 5P0QA 4K4PA 5P6IA 4IVTA 1FB7A 4LXMA 5P79A 1LS5A 2B8VA 1EC2A 5OYXA 3PBDA 5P87A 2PK6A 1ZPKA 3UDMA 4Y36A 5P4WA 1T6GA 4CKUA 5P5WA 3O9AA 5P8FA 4A4QA 5P3IA 2R43A 4Y39A 1A9MA 4KE1A 2ZHTA 3O9LA 3OWNA 4B0QA 5P69A 3WB5A 3ZPSA 1SBGA 2BKTA 2NMZA 1OHRA 3UFLA 2O4KA 3EKWA 2WEDA 5P01A 2P3DA 4OBZB 4DQGA 5OYRA 5P8SA 3UDHA 2VJ9A 5OYWA 5P2ZA 4Y5LA 4I0FA 1MT7A 2B8LA 2UY0A 1MERA 5P7QA 3UDYA 5P1BA 4OC6B 2JJIA 5P58A 2QNNA 2OHLA 1EBYA 4Y3AA 4I8WA 4QJ9A 1GVUA 4OBKA 1B6PA 1FGCC 3ZPUA 4Y37A 3OHFA 2QD6A 3TKGA 3QVIA 4HLAA 3KF0A 1YTJA 1XL2A 3NU5A 5DR8A 2HM1A 4Y3LA 3GGAA 2ZE1A 3BRAA 2I4WA 1FFIC 1OEWA 1T7IA 2QMFA 4NJUA 4DVFA 3F9QA 4K4QA 5OZLA 1YTGA 5P40A 1HSIA 3TPRA 5DQCA 5P7DA 3O9EA 4Y3YA 2Z4OA 5P89A 5KOSA 7UPJA 1YM4A 3SA4A 1FQ7A 5P39A 4NJSA 1MEUA 2FGUA 1K6VA 3PMUA 4Y9WA 4I0IA 5P25A 3U71A 3DJKA 3I25A 3TOHA 2AZ9A 3VUCA 2V10C 1HSHA 4QJ8A 3LINA 5CONA 3OQAA 3VSXA 5P1JA 4DV9A 4Y44A 4LXKA 5OZBA 4ZSQA 1K6TA 1SH9A 5P5RA 2J9JB 3VV8A 5P0TA 4CPWA 4EQ0A 4TRWA 1ER8E 1EBKC 1HVRA 1T3RA 4Y5BA 1LZQA 4Y5EA 5P59A 5P4IA 1EPOE 4YHQA 4DUSA 3WZ6A 4J54A 1Z1HA 5P1ZA 4LXAA 4Y3RA 4Y5MA 4ZSRA 5P2EA 2AVQA 3IXKA 4TRYA 5DR7A 1D4LA 4OD9A 4Y45A 5P75A 1YTHA 3UF3A 5P2JA 1FF0C 3NDWA 5P6XA 3HBOA 5P52A 4EQJA 5KR8A 5P0LA 1EBZA 3DCRA 1FQ6A 5P3VA 5P3QA 3RVIA 3UDRA 3I2LA 5P1UA 2PH6A 2ZHUA 5P82A 5P5BA 5P5HA 4Q5MA 2H6SA 4EJKA 3Q4BA 4RZ1A 1HVCA 5P5SA 2Z54A 5P8PA 2F3EA 2IKUA 2FDPA 5P1FA 3MSLA 5P0XA 3S56A 5P4LA 1HEGE 5SZ9A 4GJBA 5P8OA 3NXEA 5P26A 3TH9A 1BVEA 5P7CA 2FNTA 4H3GA 2QMPA 5P4ZA 2QI0A 1IZHA 5OYSA 1HVLA 1LF4A 5P7JA 1APTE 2IRZA 1XDHA 1E5OE 4I0ZA 1E82E 2AZ8A 5BRYA 4L1AA 5I3WA 4PZWA 4TRZA 3D1YA 3BGCA 5F01A 2G21A 2ANLA 1TW7A 1APUE 1FLHA 4DFGA 5P8GA 3INEA 5P6DA 2NNKA 1KJ4A 1PSNA 5P6LA 5JFPA 2AOCA 2PWRA 5ISJA 3TOFA 5P2OA 3Q3TA 5DR4A 5OZ1A 5SY3A 3RTMA 5I3YA 3S7LA 5P03A 3LZUA 5P8JA 1ZBGA 4Y48A 5P32A 5P66A 2B60A 5P57A 3ECGA 3ZKNA 2IEOA 3S2OA 5P8VA 1Q9PA 1M43A 5OZDA 2QD8A 3LIVA 2R5QA 5P02A 4HDBA 3D3TA 6FIVA 1UPJA 5HCTA 5P29A 4EPJA 5DGUA 3K4VA 3M9FA 4YE3A 5P28A 3Q70A 4OBFA 1KJGA 5P64A 2VJ6A 3OGPA 3OADB 3EKTA 5P1DA 5P45A 5P6KA 3SA5A 1HIIA 3JVWA 6UPJA 5P0UA 5IVRA 5P5QA 2BB9A 4I0HA 5P7UA 5UPJA 4DJOA 2ZJNA 1FMBA 2G20A 3SM1A 5P2FA 5P5VA 2P8HA 3PGIA 3VF5A 3N4LA 3O9CA 5BWYA 3OOTA 3OTYA 3IXJA 3K5GA 1EPME 5P0JA 4I12A 5P7KA 5P24A 3CICA 1SGUA 3H5BA 4M8YA 3PWMA 5P3RA 3HVGA 5P4XA 3VYDA 1RQ9A 1BIMA 2Q63A 3MXEA 3PJ6A 4A6CA 4BEKA 5P4KA 4PEPA 5P0HA 1K1TA 1MT8A 1RV7A 2OHRA 3UTLA 1HXBA 3O9BA 4XXSA 3QP0A 3T7XA 1W5WA 5P74A 1QBTA 5P5ZA 1HPVA 3O9GA 5TOLA 2WECA 5P3LA 1PSOE 3OHHA 1BXOA 3ZKMA 2ZHRA 3L3AA 4FS4A 5P3ZA 3IN4A 4DPIA 3UQUA 4DJQA 1AIDA 4YCKA 5P1NA 2ZGAA 5B18A 4LBTA 5P0YA 3JW2A 5P41A 5P5UA 3DCKA 1Z1RA 1QS8A 3GGVA 3EM4A 5FIVA 4IVSA 5KQYA 1NSOA 5P0NA 4ER4E 1FEJC 5P1MA 4R5NA 3UDQA 2J9KA 2AQUA 2VA5A 5P6BA 5OZMA 4R93A 4PPHA 3OUCA 2JJJA 5P16A 5CLMA 1SDTA 4QLHA 2HC0A 3PVKA 2QU2A 2Q5KA 4DJVA 4RCDA 2IENA 4Y3QA 1DAZC 4I8ZA 4QJ7A 4Y3PA 3D1ZA 3QS1A 4ZPGA 5OYZA 1A8KA 4GJDA 4RYGA 3INFA 5E5KA 4FRSA 3ZKXA 4R91A 3QIHA 4B72A 4H3IA 3HLOA 5ENKA 2JYSA 2XYEA 1RPIA 3URJA 1C6XA 3CMSA 5P17A 3NU4A 1LF2A 5P83A 5P3EA 4JPCA 4Q1WA 3QPJA 3GI5A 2AVSA 5OZ8A 4Y43A 1B11A 3CIBA 5AH9A 2HB2A 3NSHA 5ER2E 5P88A 2QK5A 3D20A 3B80A 2VNMA 2FNSA 2H6TA 3SQFA 2BBBA 3EKPA 4LL3A 5P13A 4D85A 4L7JA 3QROA 5P4FA 4Y3TA 3S8IA 2WEAA 3IN3A 4J17A 2IQGA 3EBZA 2FDDA 1BDLA 4J5JA 5P3TA 5DR0A 5P7VA 5P8BA 5IE1A 5P0DA 3RTNA 4YOAA 5OZFA 3EXOA 5OZWA 5ISKA 4Y3XA 3ST5A 3PCWA 5P00A 3ZKIA 3OGQA 4DQBA 4J0YA 4TVGA 1HTGA 5P11A 3EL1A 5P56A 1LV1A 1XE5A 3VEUA 1APVE 5P54A 5KQZA 5P80A 1BVGA 5P06A 5P5TA 5P6RA 5P8QA 4GJ6A 4FRIA 2AOFA 5P4JA 1HTRB 1PSAA 5P0WA 4QJ2A 2ZYEA 2IL2A 4APRE 4F76A 1IBQA 3S43B 5P7RA 2PC0A 4DJUA 4Z50A 5P4EA 4RYCA 1YM2A 3T7PA 1MVPA 3BC4A 2AVMA 3O9IA 3CKTA 4J0VA 1APWE 3OOZA 5P3YA 4KB9A 3G6ZA 3SLZA 1SIVA 4RVJA 4YD4A 2V00A 2OHQA 5AHAA 5P76A 5P12A 5P6QA 1LYAB 1T7KA 1AXAA 3PI0A 5P0ZA 1UH9A 5OZUA 1A30A 3T6IA 3UDNA 2I0AA 4I0JA 5P33A 2QHYA 4FSLA 3KDCA 1K2BA 1CMSA 5KQXA 3SO9A 5OZ0A 3PHVA 1SDUA 3SA8A 3R0YA 1KZKA 4L6BA 5P0SA 5P49A 5OZKA 1TCXA 3MWSA 3TOGA 1META 1AVFA 3DK1A 2IS0A 2ZHVA 5P0PA 5P5KA 2UPJA 2R3TA 5OYTA 2ASIA 4DI2A 1MT9A 5P3GA 2ZJLA 3LZSA 3VYEA 2NXDA 1HBVA 5P6JA 3PI5A 4Y5NA 1LYWA 3PBZA 2I0DA 4B1CA 4U8WA 2IGYA 5P2CA 3SA9A 2AODA 5AH7A 3I6OA 5P0OA 1HOSA 5P1HA 5OYUA 3RU1A 1ODYA 1VIJA 3QBHA 2G94A 5P8UA 4EJDA 5SXNA 2Q55A 3S7MA 3NUOA 3SKGA 4OBGA 2WKZA 1IVQA 5P0AA 2PQZA 5P86A 5P7TA 3KDBA 1MIQA 3LZYA 4Y4TA 1HPXA 3FNUA 3SPKA 4CPXA 5P36A 1AJXA 3PMYA 2HS1A 5P2TA 3WSJA 4YBFA 3NYGA 3O99A 2XFKA 2PK5A 1ODXA 3A2OA 5AH6A 1C6ZA 5OZOA 5P6ZA 5P42A 3K1WA 3EL5A 4H3FA 1XN2A 2B7FA 5P2LA 5P0KA 1IZIA 2OHSA 1PFZA 5P7ZA 1G35A 1TSUA 5P05A 5OZSA 1K6PA 3QBFA 2WF4A 4CPUA 4MC6A 2WHHA 1FG8C 1ZP8A 1BAIA 4Y3FA 1FG6C 1HIVA 1GKTA 4FAFA 3HW1A 5P7OA 4A6BA 3PEPA 4B00A 1GNNA 4AZYA 4YDFA 3RSXA 4BFDA 3AIDA 1YTIA 5P1XA 3ER3E 1MRWA 2NTRA 5P3OA 5P5JA 3OUDA 1HSGA 1W5VA 3SKFA 1FQ4A 2G24A 4DJRA 5P2DA 4E43A 3VSWA 2ER6E 3OU1B 5P4NA 4YOBA 1IDBA 4DJPA 3EL4A 2FDEA 4S1GA 1BXQA 1IVPA 4NJVA 5HDVA 4M8XA 4Y4ZA 3EM3A 1XN3A 5DGWA 2OHPA 5HDXA 2WF1A 5P1PA 4WY1A 5P8RA 2P3BA 1AJVA 4XKXA 4Q1NA 5P7HA 3IGBA 4HA5A 4Y3GA 2CEJA 3UDKA 5IS4A 1HTEA 2G1RA 2FIVA 2WL0A 8HVPA 2F8GA 4LC7A 5P1OA 4ER1E 4DJWA 3BGBA 5P0BA 4ZIPA 5JG1A 3PCZA 4U7QA 3KDDA 3L38A 2V13A 5I3XA 4J0TA 4EWOA 5P4TA 2A1EA 1NH0A 5IVTA 4KE0A 3HZCA 3OK9A 3JVYA 5OZRA 5P8LA 4J1EA 5P1EA 4Y4AA 4RRSA 9HVPA 1KJHA 3OAGB 4HEGA 3LITA 2R5PA 1GNMA 3TTPA 3MSJA 2ZHSA 1D4KA 2VA7A 2A4FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2B42 A;  1HRN A;  5P7S A;  3T11 A;  3UQP A;  4D89 A;  3D91 A;  5P6M A;  2NMY A;  4H1E A;  4EYR A;  1LYA A;  3VF3 A;  1WBM A;  4RVI A;  5P4R A;  1EC1 A;  4FL8 A;  1BDR A;  5IVS A;  3PLD A;  5COP A;  3BUF A;  3SAB A;  1ME6 A;  2FMB A;  1HVS A;  1LEE A;  5HE7 A;  1E80 E;  4GYE A;  4R95 A;  5P6S A;  1DPJ A;  3CID A;  4N00 A;  5P68 A;  1J71 A;  5P2A A;  4H3J A;  1MPP A;  2QNQ A;  1FFF C;  1LYW B;  3KA2 A;  1D4I A;  1ODW A;  4Y3H A;  3NXN A;  5P08 A;  3VFA A;  3UQX A;  5P4Y A;  3U7S A;  3DUY A;  1W5X A;  4FAE A;  1RNE A;  2AOJ A;  5P7N A;  2AVO A;  3DV5 A;  2V11 C;  3BUG A;  3ZOV A;  3CYX A;  1W6H A;  3QI1 A;  1AZ5 A;  3I8W A;  5P3U A;  4HZT A;  1TSQ A;  5P70 A;  5P6A A;  4Z22 A;  5OZY A;  2ZJH A;  4F75 A;  2WF0 A;  4CPS A;  3APR E;  4ZEA A;  5P4B A;  2Q64 A;  1A8G A;  3FNT A;  5P5G A;  4PYV A;  3LIX A;  4CPR A;  4CP7 A;  3SAC A;  5P0G A;  5OZ2 A;  5P3S A;  3ER5 E;  3FNS A;  2R38 A;  2P3A A;  3BXR A;  4GMI A;  5OYQ A;  4Z2Z A;  5OZJ A;  4DJY A;  1G6L A;  4FM8 A;  5P8M A;  3UQW A;  2JXR A;  1DP5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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