5P4QA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 215
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4qA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4qA01
3O9HA 1HWRA 4LXKA 1LYBB 1MTBA 3VCMA 3KA2A 5P8NA 4ZIPA 4HE9A 5IVSA 4EJ8A 1GNMA 2Q64A 1HHPA 5P02A 1FG6C 4J0PA 1HIHA 3HDKA 5AH8A 3D1XA 5P81A 5P8DA 2F81A 5P5RA 4L7HA 3EMYA 3D1YA 1CZIE 5DGWA 5P0ZA 3UQRA 2FLEA 2H6TA 5P53A 5P6AA 2AOJA 4Y5KA 1DAZC 1HSHA 5P56A 3PLDA 4GJ5A 4Y4XA 5P2FA 1HTEA 1BXQA 3URIA 2OF0A 1A94A 2AIDA 5P85A 4J0VA 5P36A 3K5DA 5P6LA 3SAAA 5P10A 4Y3QA 3ZPUA 5P5YA 5P8MA 3INEA 3QS1A 4Y48A 2I4XA 1EC2A 3I8WA 3VEUA 4PPHA 1TZSA 5AHCA 4TRWA 4DQFA 2R43A 3PRSA 3NDTA 3KT5A 3D20A 5P1JA 4YD6A 3TPLA 1W5WA 2P3CA 3SACA 3UQPA 5OZQA 3L59A 5F00A 1HVJA 5P4KA 5P8LA 3KDDA 1META 4Y6MA 2B60A 5OYWA 3JVYA 5P3XA 5P80A 5P6FA 3Q3TA 1TCWA 2ZE1A 3UDNA 4QGIA 2V0ZC 5P6NA 4HZTA 4RLDA 2VIJA 3QN8A 2WHHA 5F01A 3PEPA 2Q11A 3BUFA 2JJJA 5OZWA 1M43A 2AOHA 5P79A 3OXXA 2Q5KA 4J0TA 1MERA 3QI1A 4RVIA 1B6LA 1D4HA 2ZHSA 5DQ2A 3O9DA 5P7OA 4A6CA 3LZVA 4QJ7A 1RL8A 4Q5MA 1EBWA 3MXDA 5P3GA 1SDTA 3UQWA 5OZPA 1YM2A 3QVCA 3O9IA 2QMFA 1QBUA 1B11A 3DOXA 5ENMA 2XYFA 5P2DA 2NMYA 3HAUA 1E81E 1IDAA 3SLZA 4GJDA 4L7JA 1BV9A 4YA8A 3UDMA 5P04A 3OQ7A 4L1AA 5KR2A 5P8GA 5P25A 5P5CA 5P5BA 5OYQA 5P4DA 1AM5A 3NDXA 3I6OA 3EM6A 1M4HA 5P4AA 3O9BA 5P78A 5P5JA 1EBKC 3T7PA 2OHUA 1WKRA 2J9JB 1ER8E 4R91A 3ECGA 1DIFA 3PBDA 4I8WA 4B1DA 5P48A 2QU2A 2AVQA 5P2YA 1YM4A 5P7WA 4DJWA 3JVWA 4Q1NA 5P1RA 4FSLA 4DFGA 5P2JA 2G20A 2I0DA 1VIKA 2QAKA 5P2QA 1EC3A 5P6UA 3BXRA 2P3AA 3TOFA 5P4JA 2WEDA 2BKTA 2OAHA 4K9HA 2AODA 2O4SA 3S43B 5AH6A 4B0QA 1IZIA 2WEZA 3EKXA 2O4NA 4J17A 5P52A 1FMXA 3PSYA 1F7AA 5P2BA 4Y37A 2P8HA 4FRKA 3T11A 1B5FA 5P1KA 5JG1A 2G94A 4L7GA 4R95A 1BWAA 5P42A 4DVFA 1APTE 4Y36A 5OZXA 1VIJA 5OZ6A 1HIVA 1AVFA 5OZRA 5P63A 2QD8A 2VIEA 2I4UA 4QJ2A 5P5AA 3MWSA 3OUDA 1MPPA 5P0RA 3OADB 5P1HA 2AVVA 5P0IA 3SA6A 1MESA 2PC0A 4Y41A 5IE1A 4FIVA 5UPJA 3ZPSA 3CIBA 3G6ZA 4OBZB 3NWXA 5P6QA 2WF2A 5P5UA 3O9AA 1W6HA 2O4PA 3PHVA 5P6CA 3LITA 5P24A 2BBBA 4Y58A 5CONA 3DK1A 5P5MA 4RZ1A 2G1RA 4GJAA 2HS1A 3ER5E 1B6MA 5OZMA 5P0DA 5P0TA 4Y5AA 5P32A 1HTFA 4EJDA 5OZVA 1EPME 1OEWA 4CP7A 4DJXA 3PJ6A 3FNUA 2B42A 3NWQA 1IBQA 1TCXA 3NXEA 3CYWA 4DJOA 5P7YA 4I12A 3T3CA 4ZSRA 3TOHA 3PVKA 3SA5A 1LYWA 1EPQE 3R0WA 4WY6A 2WEAA 5AHAA 4BELA 4D83A 5AH9A 2BPXA 3LPKA 3HLOA 4KE1A 5P1MA 5P8TA 3AUPA 5APRE 4I10A 4ACXA 1IVQA 2QD7A 2OHSA 3EKQA 3IXJA 4S1GA 5P2EA 1GNNA 3HD8A 5HDXA 1DP5A 5P4ZA 4Y3HA 5P45A 4LHHA 1ZPAA 4I0HA 4LL3A 2PYMA 1WBKA 3NU4A 3SA7A 5P7KA 4EP2A 3O9FA 5P5FA 1HTRB 2VNNA 4YOBA 4DJRA 4Z22A 5IVQA 1QDMA 3HBOA 4OC6B 5P2SA 3VG1A 4DJPA 5P3VA 3OU1B 5TOLA 5P8SA 4KB9A 4Y4EA 5DR1A 4CPSA 5P11A 4E43A 5P5DA 5P1WA 3QVIA 5P60A 4CPWA 1T3RA 1DW6C 5P5XA 3TL9A 3IA9A 2HPFA 5AHBA 1XS7D 3RTMA 2ZYEA 2FDPA 5P6EA 5P5IA 2ZJKA 5P2GA 1BWBA 4J1FA 3KT2A 4APEA 4DJYA 2HB2A 4Y5EA 5P1FA 5I3WA 1SMEA 2HB3A 4FRSA 4LXAA 5IVRA 1W5YA 5P46A 4DI2A 3FX5A 1K1TA 2NXMA 3NR6A 3PWRA 5HE5A 1KJFA 3CKTA 3DCKA 3U71A 4NJVA 4DJVA 1FQ8A 4B77A 1HOSA 3FSMA 5OYRA 4Y3TA 4EJKA 3QBHA 5P2OA 3OXCA 1LYAB 2VIZA 5P82A 5P89A 1OD1A 3VF3A 2FXDA 3VF7A 4J5JA 2VKMA 3HVGA 3UDKA 1GVUA 2QI3A 5OZ3A 1FQXA 5KQYA 1MSNA 2ER0E 2HM1A 1W5VA 3IXKA 5P8VA 5P7DA 5EZXA 5P7GA 1HIIA 3APPA 3IXOA 4RROA 3T7QA 2ZJMA 3EL5A 3SKGA 5DQ5A 4GJ9A 5P7MA 4H3FA 5P0BA 3L38A 3HAWA 2V10C 2AZBA 2V12C 5P7AA 3GGXA 4Y5BA 3IN3A 3OXVA 2OHNA 2NNPA 3S7MA 3SA4A 4AZYA 2A1EA 1F34A 4Y44A 5EZZA 1BV7A 5P2IA 4BFDA 5P8JA 1B6KA 1N49A 5ISJA 5P5PA 2RENA 2AOIA 5P31A 5FIVA 1PSOE 3S7LA 3ZKMA 1FEJC 4JP9A 5P7BA 2G27A 1E82E 2QI1A 3BUHA 5P0EA 5P5WA 2VA6A 3KDBA 2J9JA 4Q1YA 4RCEA 1IZHA 1SDVA 5OZNA 1T7JA 4XXSA 2ZHVA 5OZTA 4N00A 3APRE 3NU9A 1QBRA 3PSGA 3Q70A 3L5DA 3GI4A 4FL8A 2Q3KA 4RVXA 4B72A 3L5FA 5P14A 3PLLA 2AVOA 5P6OA 3IAWA 5OYTA 3S43A 1EC1A 3L5EA 4YCTA 5SZ9A 2BJUA 3MSLA 3UDRA 5HCTA 1JLDA 2ZDZA 2G26A 3T7XA 5P54A 4I0ZA 3PCZA 4OBHA 2F3EA 1FGCC 2G22A 4Y3RA 4D8CA 1AJXA 2JYSA 3EKWA 5P20A 5P0SA 3GGVA 1HVHA 5OZKA 5OZIA 5P26A 3WB4A 5HTZA 3QRMA 3TKGA 1T7KA 4R93A 4LXMA 2PSVA 2R3WA 3DV1A 3B80A 3OWNA 1UPJA 3I2LA 4RCDA 1XL2A 4D85A 2HS2A 3UF3A 1GVXA 1LS5A 3OADA 2QHCA 5P4IA 5P3AA 5P58A 1Z1HA 5P6MA 3NU5A 3OOZA 4ZPEA 5P1NA 4OBZA 4ACUA 5E5JA 5OZ0A 1FIVA 4J0ZA 1XE5A 2BKSA 2QI4A 3IGBA 3HW1A 5P6IA 3NDWA 5OZ7A 1ZLFA 1B6JA 3S54A 3EKTA 3SABA 5P3IA 5P1PA 9HVPA 1BBSA 4YCKA 3ZL7A 3PWMA 1WBMA 4QLHA 2WEBA 5JODA 1MEUA 5P4LA 3OTYA 5P37A 3R0YA 4XKXA 3TPPA 3ZKXA 1MRXA 3EM4A 3L3AA 3DUYA 1SH9A 3UHLA 5P1UA 2ER6E 4K4RA 1HXBA 2R38A 5P16A 1C6XA 2ZHTA 4LAPA 5BWYA 3BVBA 1T6GA 1E80E 5P8RA 4JECA 1HBVA 1UH8A 5P7VA 5P38A 3VLAA 3DM6A 4ZSMA 2A4FA 5P6RA 4RGHA 2ZJIA 4QJ6A 4DH6A 5HVPA 3SA3A 5P73A 1CMSA 5P3RA 4FAFA 2QI0A 5P3BA 1AZ5A 3KFNA 4F76A 2NNKA 4LP9A 2OHMA 1BDRA 3ZKIA 2IGYA 5P33A 5P03A 5JFPA 5P3LA 5P5LA 4ZPGA 2JJIA 5OZ8A 4UPJA 5P6DA 1B6PA 4R92A 3EL1A 3PWWA 1K1UA 5P0VA 4LC7A 3OU4B 2AZ9A 2XYEA 5BS4A 5P0UA 5P71A 6APRE 2FNSA 1A9MA 1KJ4A 4Y3FA 5P7RA 1G2KA 1IVPA 1OEXA 5P7UA 1PSAA 5P3SA 5OZ4A 3OAGB 3H0BA 4Y3SA 1AIDA 3O9EA 4Y3EA 4A6BA 5P8KA 5I70A 6FIVA 2BQVA 5P6WA 5P5GA 1DPJA 4YDFA 3O9LB 1BXOA 4Y3XA 5P0XA 2WF3A 4ZPFA 5P1XA 5JFUA 5OZYA 3S56A 5P19A 1QBSA 4Y5MA 5P0OA 5P4HA 1NH0A 1MUIA 4D88A 2Q55A 1FFIC 3OUCA 4JPCA 3LZSA 1YG9A 1FG8C 4FLGA 1T6EX 1LYAA 5P3PA 1ME6A 4DV9A 2HB4A 3URLA 5P8CA 5P2WA 1HTGA 5P55A 2VA7A 3EM3A 4Y56A 1C6YA 5P3MA 1LV1A 3LIXA 1IZEA 4NJSA 3VYEA 5ER1E 1EBZA 4XX4A 3SFCA 4PZWA 1MT9A 5P57A 2Q15A 1NPVA 4J55A 4B05A 5P69A 1FF0C 4ZE6A 3PMYA 2PWCA 1YTJA 5OZFA 4K8SA 3UQXA 5P1TA 1MT8A 2PK5A 3WB5A 2P3BA 3RSVA 4FGXA 1FLHA 4Y51A 3TOGA 5P2VA 5P15A 5I3XA 5P1CA 5P4TA 3K4VC 3UDQA 1GKTA 2AOEA 2CENA 1MTRA 3NU6A 3EL9A 1UH7A 3SPKA 1BIMA 5KQZA 3TKWA 4NJUA 4Y3LA 4YBIA 5DR4A 4NPUA 2IGXA 4IVTA 4DQBA 5P27A 5PEPA 4ZLSA 4R5NA 3U7SA 1DMPA 5OZDA 4F75A 4B70A 1KJHA 1HVRA 4Y3ZA 5OYZA 4Y3NA 3ZPTA 4Y53A 3SM1A 1SIVA 2NXDA 1K6TA 4U7QA 3NU3A 2ZHUA 1HEGE 5P7QA 5P2NA 5P1ZA 3TTPA 3R2FA 5P30A 2I4VA 5P4EA 3EC0A 5P5VA 2CEJA 4FRJA 4Y3PA 1SGUA 4H3GA 5HE4A 5P47A 5P23A 5P4RA 4J1EA 1HVCA 5OZJA 4OBJA 5P3TA 3EBZA 4JOOA 2BPVA 5C9BA 2OHTA 1GNOA 3ZLQA 2QZWA 3UDYA 2VIYA 3EKPA 3LNKA 4BEKA 4J0YA 5CLMA 5P75A 3N4LA 3S2OA 3BC4A 3SA9A 5KQXA 5P64A 2G1OA 2P3DA 1J71A 5P0FA 1QS8A 1LYBA 2WKZA 5P72A 5BRYA 1ODXA 1EPRE 1FQ6A 5P7SA 1KJGA 4QJAA 3OK9A 3PGIA 2WF0A 4HDPA 5P59A 2O4LA 2G1YA 5DR3A 3VSWA 3CIDA 3VSXA 3N3IA 5OZHA 3KN0A 2Q54A 4M8XA 1G0VA 5OYVA 4GJ8A 5P8EA 1GVTA 4TVGA 4DJQA 2I1AA 5P5EA 1AXAA 4ER4E 3R4BA 3LZYA 2NXLA 4Y4WA 1RQ9A 1ZAPA 3LINA 3ER3E 5J25A 2ASIA 2XFIA 1SGZA 5P3UA 5P0LA 1M0BA 3OQDA 3CICA 4Y45A 5P40A 3ZKNA 5P5OA 5P5ZA 2QI6A 1HXWA 2VJ6A 1IDBA 5P61A 5P6BA 1YX9A 5P68A 1D4IA 3KYRA 5OZZA 4NPTA 5P34A 2WF1A 5OZAA 3RVIA 1HSGA 1Q9PA 5P12A 4FAEA 5P6HA 3FNTA 3NLSA 1A30A 3PSUA 2R5QA 5P06A 3MXEA 2RKFA 1SMRA 5P29A 5P7PA 4Y4GA 3T6IA 5P6TA 5P0KA 5OZOA 4RVJA 4YD7A 1MT7A 3ZMGA 3OU4A 3B7VA 4AUCA 5P7XA 1FMUA 4GIDA 4PYVA 5P2CA 5OZ9A 5P49A 1AJVA 5P8QA 4TRZA 2FNTA 1XE6A 3Q6YA 1IIQA 2PH6A 3OAGA 3K5FA 3VV6A 2V16C 1QBTA 5P4VA 3Q4BA 5OZEA 5DQ4A 4Y5CA 4H3IA 3U6AA 1UH9A 2WL0A 1A8KA 2G1SA 2MIPA 2BPWA 2FMBA 2J9KA 3O9LA 4AMTA 5P4XA 1PSNA 5P1SA 2B8LA 5P00A 4TRYA 1FQ5A 5P1BA 4CPUA 1LZQA 5P17A 5ISKA 4FM6A 4Y43A 4FS4A 5P39A 5P7HA 2EWYA 1EBYA 4B00A 4GMIA 5P62A 4PHVA 4RRSA 5P1OA 5KQFA 5P4FA 1SDUA 5KR0A 4Y4AA 3LPJA 3K1WA 1D4JA 5P8UA 1YTHA 5B18A 2ZHRA 4Y35A 3RSXA 3UQUA 4Y3JA 3TNEA 3M9FA 5P74A 4TVHA 3PB5A 5KR1A 4NJTA 3KFRA 2HPEA 3BRAA 1EPOE 1K2BA 5P8OA 3R1GB 2QHZA 2OHKA 4LBTA 3LIZA 2QZXA 4CMSA 3L58A 5SY2A 5HD0A 2XFJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3O9H A;  1HWR A;  4LXK A;  1LYB B;  1MTB A;  3VCM A;  3KA2 A;  5P8N A;  4ZIP A;  4HE9 A;  5IVS A;  4EJ8 A;  1GNM A;  2Q64 A;  1HHP A;  5P02 A;  1FG6 C;  4J0P A;  1HIH A;  3HDK A;  5AH8 A;  3D1X A;  5P81 A;  5P8D A;  2F81 A;  5P5R A;  4L7H A;  3EMY A;  3D1Y A;  1CZI E;  5DGW A;  5P0Z A;  3UQR A;  2FLE A;  2H6T A;  5P53 A;  5P6A A;  2AOJ A;  4Y5K A;  1DAZ C;  1HSH A;  5P56 A;  3PLD A;  4GJ5 A;  4Y4X A;  5P2F A;  1HTE A;  1BXQ A;  3URI A;  2OF0 A;  1A94 A;  2AID A;  5P85 A;  4J0V A;  5P36 A;  3K5D A;  5P6L A;  3SAA A;  5P10 A;  4Y3Q A;  3ZPU A;  5P5Y A;  5P8M A;  3INE A;  3QS1 A;  4Y48 A;  2I4X A;  1EC2 A;  3I8W A;  3VEU A;  4PPH A;  1TZS A;  5AHC A;  4TRW A;  4DQF A;  2R43 A;  3PRS A;  3NDT A;  3KT5 A;  3D20 A;  5P1J A;  4YD6 A;  3TPL A;  1W5W A;  2P3C A;  3SAC A;  3UQP A;  5OZQ A;  3L59 A;  5F00 A;  1HVJ A;  5P4K A;  5P8L A;  3KDD A;  1MET A;  4Y6M A;  2B60 A;  5OYW A;  3JVY A;  5P3X A;  5P80 A;  5P6F A;  3Q3T A;  1TCW A;  2ZE1 A;  3UDN A;  4QGI A;  2V0Z C;  5P6N A;  4HZT A;  4RLD A;  2VIJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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