5P4RA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 216
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4rA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4rA01
1C6ZA 5P5RA 5IVTA 3NR6A 1MT7A 3SLZA 5P4YA 3R1GB 5P3RA 4B0QA 5P7JA 3AUPA 5P2ZA 1DP5A 3O9LA 2F3FA 1QBUA 1EC0A 1D4JA 1EAGA 3O9EA 4YE3A 3NU6A 1SDVA 4L6BA 5OYQA 2QI3A 5OZHA 5P58A 3GI4A 5OZ2A 5P2GA 1TQFA 3TKWA 5P3IA 3WB4A 3GI5A 4Y3XA 1EEDP 2PSGA 5P1VA 1BDRA 5OZ4A 4DQGA 4CPRA 2HB2A 4Y58A 5OZVA 4J1CA 5P4NA 1C70A 1LZQA 4J54A 5P0IA 3ZLQA 3SPKA 2AOHA 1OEXA 4QJ9A 3TLHA 4AA9A 4FLGA 1RL8A 4B70A 1ZP8A 4LAPA 5P6TA 2VIJA 3S45A 2V16C 5PEPA 3KMYA 4HA5A 4ER1E 3URLA 3S85A 2AOGA 2AOIA 5P1HA 3D3TA 5P75A 4BEKA 1EBWA 1KJ7A 3NDUA 5P2OA 5DR8A 5IVQA 5P66A 1D4SA 4Y5EA 3IXJA 3DV1A 2B7ZA 3UQWA 2ER9E 5P3PA 5AH8A 5P4XA 1XE6A 3Q5HA 4Y4GA 1SH9A 1LEEA 5IS4A 3DCRA 4I8WA 1AM5A 2WF4A 2AIDA 4U7VA 3HDKA 4YDFA 5P3YA 3U7SA 3NUJA 4PZXA 3MSLA 1PSNA 4EP3A 2ZHSA 5P48A 4YBFA 2VA5A 2VIZA 4TRYA 5P83A 3TPPA 4Y35A 4B78A 1B6PA 2RKFA 4Q5MA 3BC4A 5P35A 1N49A 1FMBA 3S7MA 3EM4A 5P3HA 5P37A 1LF3A 5P3MA 3VYDA 1MIQA 3Q4BA 3PJ6A 2BQVA 4Y9WA 4GB2A 3EL1A 2QNQA 5P78A 4Y53A 1Z8CA 3VLBA 3HAWA 3OK9A 5P7PA 5P5HA 3TL9A 5P55A 3UFLA 4DPIA 3UQUA 2QD8A 3D91A 3PB5A 4OD9B 5P10A 2Q63A 3QN8A 5P8UA 4Y4EA 3ST5A 3A2OA 4BFDA 1HPVA 3OGQA 3OQAA 4FAEA 5P33A 3ZKXA 4FSLA 5I3WA 1YX9A 1J71A 5P8MA 3O9DA 4Y6MA 5P1KA 3RSVA 1D4YA 3BVBA 5ER2E 2J9KA 3S8IA 6UPJA 4KB9A 1SBGA 5P0EA 2R5PA 3I7EA 5P5CA 5HE7A 2B42A 1E82E 5KQFA 3SA6A 1GNMA 4Y3LA 3KFRA 3QRMA 5P5TA 4D83A 3VV6A 4Y3YA 4YA8A 5OYVA 3S53A 5P8HA 3SKFA 3OUCA 3EL5A 4Z22A 1U8GA 3HVPA 5P7AA 2HS2A 2WF0A 4Y37A 5P23A 1FLHA 3SM1A 4D8CA 5P0FA 5OZJA 2QHZA 4B1EA 3GGUA 2FDDA 2CEJA 4GJDA 5OZPA 3MXEA 4QJ2A 1K2BA 3TPLA 2P3DA 4J1EA 4NPTA 8HVPA 4Y3AA 1D4LA 5P0RA 5P8QA 3T3CA 4I0HA 4E43A 4F75A 4J1HA 5C9BA 2WKZA 5OZDA 2B60A 5P05A 1M43A 4YOAA 5SY3A 5P6ZA 4FIVA 2G1SA 3VFBA 3TH9A 3EL9A 5P0JA 3L3AA 1BV9A 5OZ1A 1WKRA 5P45A 3OXWA 4Y4TA 5HD0A 2PK5A 4AMTA 2QHCA 1HIVA 4OD9A 3JVWA 3C9XA 4Y4BA 3M9FA 3LIQA 4LL3A 5P51A 4APEA 1APWE 4L1AB 2I4UA 3EM6A 3R4BA 3EKQA 1K6CA 5EZZA 3KFSA 4B05A 2HB3A 1SGUA 3F9QA 1FFFC 5P2BA 5P4AA 1W51A 3K5FA 1W6IA 1MESA 1BVGA 5E5JA 2UY0A 2BKTA 5P0WA 4YOBA 2ER0E 4EWOA 2QI1A 2G1YA 5P11A 1M4HA 3MWSA 1C6YA 2ZJNA 1D4KA 4Y4UA 1AXAA 5P1IA 5P1WA 1A9MA 5P50A 5COPA 5P87A 4Z50A 5AHBA 4KE0A 2PH8A 3UHLA 3PVKA 3OOZA 5AH9A 2Z54A 5HDVA 4TRWA 4GJ9A 2R38A 3L58A 5P5PA 3TPJA 4A6CA 4Y5CA 2QI7A 2ZHRA 3HAUA 3L5BA 1HBVA 5P44A 2XFIA 4GMIA 1GKTA 4RVJA 5P2IA 1ME6A 5P4IA 5P4FA 1GVWA 4LXKA 5BWYA 1T7IA 3INEA 5AGZA 3B7VA 2HC0A 3KDDA 3NDWA 5KAOA 2WECA 5P18A 3NSHA 2QI0A 3ZPTA 1B6KA 5P64A 2ER6E 5P1NA 2NXDA 1AJXA 2SAMA 3PHVA 5E5KA 5P12A 1MRXA 5P4DA 2QCIA 4Y50A 5P2XA 5P1UA 1IVPA 4FGXA 5P0UA 1EPRE 4YD7A 5P8SA 4LXAA 3GI0A 1QBSA 4Q1WA 4EPJA 5ISKA 1APTE 2BJUA 1GVXA 5OYRA 4L1AA 4Y5AA 4ZSPA 1T6GA 5OZ8A 3PCZA 5P3ZA 5DR1A 3H0BA 2PWCA 5P89A 1EC1A 3UDYA 4CP7A 5OZ5A 2VA7A 5P1LA 2NR6A 1DAZC 3TNEA 1EBYA 3GI6A 1PPKE 4EJ8A 3LNKA 4PHVA 4YCKA 3LINA 4YD5A 5KQXA 3RSXA 2V12C 3EC0A 1NSOA 4PYVA 1HVSA 1HPSA 2G1RA 2QMFA 1DIFA 3LPKA 2IKUA 6FIVA 4Y3RA 3ZPUA 5P5YA 2FS4A 4RCEA 5DQCA 4ZSQA 3KDBA 2V0ZC 1HVHA 4RRSA 5P8TA 1YG9A 4Y3JA 5P5SA 1ZBGA 5P8NA 3VLAA 3PM4A 5P8VA 3NU9A 3QRVA 1AZ5A 1HIHA 3CYWA 5P0DA 1MTBA 5P19A 3EKVA 3QVCA 1ZTZA 5P4PA 3QIHA 5SXNA 4DI2A 1LYWB 4DJXA 5P0KA 5P2KA 4HDPA 2IGYA 1SP5A 5P4QA 2NTRA 2O40A 1XL2A 4ZPGA 5P7UA 1HTFA 3EMYA 5P1GA 5ENMA 3IN4A 1EBZA 4Y3QA 1HTEA 2PSUA 3CMSA 5P7GA 5P2LA 2P4JA 2JJJA 3VSXA 4I0FA 5JG1A 4Y3WA 1LF4A 2R3WA 3QVIA 2AZBA 5P34A 3CKRA 4B1CA 2ZJJA 5P5IA 4U7QA 2PK6A 1FMXA 2JYSA 4DPFA 5P73A 1E5OE 4QJ8A 1W5YA 4YD4A 4J5JA 4CPXA 5P07A 1MTRA 5P4CA 2B8VA 5P8KA 4B00A 5P3VA 3ZL7A 2QZKA 3DM6A 4IVTA 4JECA 3RTNA 3OADB 3R2FA 3O9FA 3BUGA 5P71A 1TSUA 1ODYA 1MUIA 5P4EA 1PSAA 5OZKA 3SM2A 3NXEA 3NU3A 5I3YA 1FB7A 2NXMA 4ZE6A 4XKXA 5KR0A 4GJ6A 4Z2ZA 4RGHA 4D89A 2CEMA 3APRE 1HSHA 5P7CA 3DV5A 1LYWA 1MSMA 2VJ7A 2ZGAA 1IIQA 2WEDA 4JP9A 1C6XA 5P49A 5DR3A 3IVHA 4AZYA 1BDLA 4CPUA 5P7DA 1K1TA 4GIDA 5OZOA 4XX3A 5P7ZA 3ZKGA 1PROA 2IL2A 1HVLA 4FM6A 3EXOA 1FIVA 3IN3A 2RENA 3PRSA 3RU1A 5P2YA 3UDMA 4PZWA 5P74A 3LPJA 4DQEA 5P0XA 2WF3A 2P83A 4RVXA 5P8EA 4EJLA 4RZ1A 5P3LA 4ER4E 1BWBA 4GJ5A 3OUAA 3K4VC 5P0OA 3VF3A 5P0SA 1K6VA 2QZWA 5P4UA 5P1BA 5OZGA 3KA2A 2QD7A 5HVPA 4FRKA 3UDRA 2PC0A 2Q55A 5P5JA 4J1IA 4J0TA 1BAIA 4ZLSA 5P1QA 1FQ6A 3L38A 3VV8A 2NNKA 3HLOA 3LIVA 1UH9A 5DR7A 4Y5LA 2QI5A 5P1MA 4DJOA 5P5ZA 2QAKA 3DCKA 5IE1A 5SZ9A 3OADA 2OHMA 1K6PA 5P2QA 5P43A 1MRWA 2G26A 2NMZA 4DH6A 4I0DA 2O4KA 4Y3MA 5P2MA 5P4HA 5P3WA 5P8CA 4I0ZA 1EBKC 5P6MA 1W5WA 4CMSA 4ZSRA 5P3NA 3K5CA 4LHHA 1KJGA 5P0PA 3BXSA 4N00A 2IRZA 3SA4A 2XYFA 5P3OA 5P0AA 4K8SA 3FV3A 4Q1NA 4EJKA 3BGCA 5P1RA 5DQ2A 5P6EA 4ZIPA 5OZIA 4DQCA 4HE9A 3SAAA 1ZAPA 2QZLA 5HU0A 2F3KA 2OAHA 3OXXA 3LIXA 3PCWA 2BKSA 2OF0A 5P5GA 5P8IA 2H6TA 3FIVA 2F81A 5HDUA 1NPAA 1IZEA 4MC9A 5P3XA 1PFZA 1HVIA 5P17A 2UXZA 1E80E 1PPME 5P81A 4FSEA 5P63A 2I0AA 4AA8A 5P77A 2F8GA 2G69A 3GW5A 3UQPA 3TKGA 3O9CA 2QI6A 1CMSA 2QMGA 4YD3A 3OU4B 5I70A 5AHAA 4D85A 3UDQA 3LHGA 5P0YA 5P0ZA 3SA3A 2Q11A 1IDAA 1KJHA 4FL8A 1FG6C 2PH6A 2I4QA 5P3FA 5P4BA 1HVCA 5OZUA 5P24A 3INDA 4TVHA 2ZJHA 5P3SA 4DFGA 3I6OA 3DK1A 4YCTA 2UPJA 3EKTA 3KFPA 1K6TA 1ODWA 4GJ8A 1XN3A 4BFBA 3PMUA 1GNNA 5HU1A 1OEWA 2OHNA 3KYRA 3UDKA 3B80A 5P6HA 3KMXA 2I4VA 4R95A 5P7FA 5F00A 4Q1YA 5P4OA 4Y4AA 3TOGA 2QK5A 4L7HA 5P1OA 2VKMA 3OUDB 2AVVA 2AOJA 4TRZA 2ER7E 2F80A 2R5QA 4GJCA 3ZKQA 5P82A 2AODA 2Q3KA 2HS1A 5OZNA 2JXRA 4I1CA 5AH6A 1FQ4A 4Y3DA 3KT5A 4XXSA 3BGBA 5P1JA 2QI4A 1HPOA 5OZTA 5P2EA 2ZHUA 1HIIA 2MIPA 4I12A 5SY2A 3BHEA 2FNSA 3QBFA 3DUYA 3HBOA 5P2HA 4Y39A 3ZOVA 3QRSA 4FS4A 2VIYA 5P5VA 4FRJA 2FDEA 3AIDA 2AVOA 3L5EA 3SKGA 4Y5MA 3CKTA 1MERA 5P47A 5P14A 2ZE1A 5P68A 1LYBB 5OYUA 5P26A 2BBBA 3UFNA 3DOXA 4OBJA 5P02A 1ZSRA 9HVPA 5P6XA 2ANLA 1KZKA 2IKOA 3Q70A 1MT9A 3NDTA 2PWRA 3CIBA 2J9JB 1WBKA 3EKPA 4ER2E 4Y3HA 5P6JA 3ZKIA 4K9HA 3ZKSA 2ZJLA 5P30A 3VYFA 3WSJA 5HDZA 1YTGA 4HDBA 4R92A 2FDPA 5P0HA 3HVGA 2FLEA 3HD8A 3SA8A 5P7EA 2WEZA 3UQRA 2HM1A 3PSUA 4Y5BA 5P6FA 2BPXA 5P7RA 5J25A 3Q3TA 5DPZA 3LPIA 5P2TA 4OC6B 3NXNA 5DQ5A 3D1XA 5P7VA 2NXLA 1BDQA 3OUDA 1QRPE 4H3FA 2AVSA 3SA5A 3T7QA 4J17A 1HHPA 2JJIA 1FFIC 5OZCA 4F74A 6APRE 3O99A 4I0EA 2G22A 2Q15A 5P2SA 5JODA 4K4RA 3URIA 5P20A 1SIPA 3SA7A 4Y3FA 1F34A 3T11A 1IZHA 2G27A 5P0NA 5HE4A 3K5DA 2BB9A 1G6LA 4YD6A 3LZYA 4OBDA 3MSJA 3K1WA 2QMPA 3RTMA 3SABA 5P86A 3NUOA 4H3JA 2HPFA 1SDTA 3SO9A 1DPJA 4RCDA 4H1EA 5KR1A 1MSNA 5OYSA 5T4SA 5JFUA 1LYBA 2I1AA 5DR4A 3KDCA 5P8LA 3KFNA 5APRE 3I8WA 1WBMA 5JFPA 5HCOA 1Q9PA 5AHCA 2J9JA 5P7WA 3WB5A 3KF0A 3OWNA 3DJKA 2BPYA 4DJVA 3OQKA 4DQHA 4QJ6A 4RCFA 2OHLA 5P8PA 1MEUA 5P16A 4RROA 5P61A 3LITA 1D4IA 4GJAA 4CPSA 5OZMA 2V00A 2ZHVA 5HE5A 3QBHA 3T7PA 4R8YA 2QMDA 4NJVA 2G1NA 4ACXA 5P5QA 5P6WA 4OC6A 1G0VA 4EHCA 1IDBA 4Y5PA 2EWYA 5OZ0A 4EXHA 5BS4A 3PWRA 1SIVA 5OZRA 3PWWA 4L7JA 3OUBA 4FM8A 5P8GA 2VNNA 4L7GA 5P0QA 4FRSA 1ENTE 3S43B 3WZ8A 5P5LA 2WF2A 3BUHA 5P3UA 4ZPEA 4PPHA 4Y3PA 3PI0A 4H3GA 1ODXA 5P1TA 5P3BA 4RYGA 1UH8A 2VIEA 4ZPFA 2G21A 4GZFA 3WZ7A 1B6JA 5OZZA 4B1DA 5P22A 4Y43A 1HOSA 3N3IA 1Z1RA 3NYGA 3QROA 1IVQA 5OZQA 1CPIA 2PSVA 3O9HA 3ECGA 3PSGA 2Q64A 4PEPA 5P8OA 3KM4A 3CICA 4I0IA 3LIYA 5P3EA 3INFA 2QP8A 3O9IA 3KN0A 1EPNE 2AQUA 5P4ZA 5P7OA 4FAFA 3MSKA 2AZCA 1HTGA 2ZDZA 3U71A 2R3TA 1VIJA 4OBHA 4I10A 1APVE 5P0BA 3EBZA 4QJ7A 1T6EX 2O4PA 1LYAB 1FQ5A 2O4NA 1ZPAA 1XN2A 4K4QA 2I4DA 3NU5A 4Y51A 2APRA 4Y3ZA 5TOLA 5P52A 1QBRA 2VJ6A 1LF2A 1HEFE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1C6Z A;  5P5R A;  5IVT A;  3NR6 A;  1MT7 A;  3SLZ A;  5P4Y A;  3R1G B;  5P3R A;  4B0Q A;  5P7J A;  3AUP A;  5P2Z A;  1DP5 A;  3O9L A;  2F3F A;  1QBU A;  1EC0 A;  1D4J A;  1EAG A;  3O9E A;  4YE3 A;  3NU6 A;  1SDV A;  4L6B A;  5OYQ A;  2QI3 A;  5OZH A;  5P58 A;  3GI4 A;  5OZ2 A;  5P2G A;  1TQF A;  3TKW A;  5P3I A;  3WB4 A;  3GI5 A;  4Y3X A;  1EED P;  2PSG A;  5P1V A;  1BDR A;  5OZ4 A;  4DQG A;  4CPR A;  2HB2 A;  4Y58 A;  5OZV A;  4J1C A;  5P4N A;  1C70 A;  1LZQ A;  4J54 A;  5P0I A;  3ZLQ A;  3SPK A;  2AOH A;  1OEX A;  4QJ9 A;  3TLH A;  4AA9 A;  4FLG A;  1RL8 A;  4B70 A;  1ZP8 A;  4LAP A;  5P6T A;  2VIJ A;  3S45 A;  2V16 C;  5PEP A;  3KMY A;  4HA5 A;  4ER1 E;  3URL A;  3S85 A;  2AOG A;  2AOI A;  5P1H A;  3D3T A;  5P75 A;  4BEK A;  1EBW A;  1KJ7 A;  3NDU A;  5P2O A;  5DR8 A;  5IVQ A;  5P66 A;  1D4S A;  4Y5E A;  3IXJ A;  3DV1 A;  2B7Z A;  3UQW A;  2ER9 E;  5P3P A;  5AH8 A;  5P4X A;  1XE6 A;  3Q5H A;  4Y4G A;  1SH9 A;  1LEE A;  5IS4 A;  3DCR A;  4I8W A;  1AM5 A;  2WF4 A;  2AID A;  4U7V A;  3HDK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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