5P4SA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 217
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4sA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4sA01
3ZLQA 5P4GA 3HZCA 3PJ6A 4F74A 5P4JA 5OZ0A 4Q1XA 5P48A 2PK6A 3OADB 4YD7A 1W50A 3OAGB 4Y3WA 1MSNA 4OBFA 4YCTA 2QD6A 4Y3DA 4Y5EA 4X7IA 5P3VA 3ER5E 5P1RA 3QRSA 3QIHA 4BELA 2ZE1A 1BWBA 4D83A 4DPIA 2VIEA 1FQ5A 4AA8A 1B6PA 4QJ6A 1MESA 1ZP8A 5P7XA 4L7JA 5P4MA 1E81E 2O4PA 5P8BA 2AOCA 4JP9A 1APWE 1NPVA 3CKRA 1K2CA 3UDJA 1EC1A 5P6VA 3OTSA 4OBKA 2B7ZA 5HU1A 1XE5A 3ZKMA 5P44A 5P6SA 4B70A 5P8QA 3T7PA 4Y3HA 4CPXA 1XL2A 2R5QA 2O4LA 1IZHA 2AVSA 2B42A 1AM5A 3APPA 3UDRA 5P4CA 1T6EX 3NXNA 2P3DA 4DQGA 3D1YA 1APVE 4FE6A 5P75A 4NPTA 3L5CA 2NMZA 5I3YA 3OGPA 5P70A 3L5EA 5P63A 5ER1E 4EYRA 2Q54A 5P3HA 1BDRA 4FM7A 3PWMA 5P3OA 2F80A 3T11A 3WZ6A 1BWAA 3EC0A 5P5VA 2CENA 2H6TA 3H0BA 5DQCA 4Y3RA 5OYVA 3VSXA 4Z4XA 2OHKA 5P3QA 2XYEA 5OYRA 5P59A 3UHLA 2VJ9A 4EQJA 1HTRB 5P6HA 4DJUA 4HEGA 3KMYA 5P04A 5P13A 3OHHA 5P42A 4FSEA 5P4IA 4I0ZA 2ZHUA 5P2IA 1LS5A 5P0HA 2VIZA 5P40A 4DJRA 5P0FA 3HBOA 2BPVA 4NJUA 4F75A 1FQXA 5P7AA 3PWWA 3TPJA 3O9LB 1HBVA 3UDHA 5P25A 4AUCA 1ZLFA 3BXSA 5P09A 3S7LA 1Z1RA 3Q70A 5P2AA 1LF2A 5P5RA 4R93A 3U6AA 5P0NA 5ER2E 3N4LA 3GI4A 5P84A 4PHVA 2J9JA 3ZPUA 1MIQA 5OZIA 1FF0C 1Q9PA 5P2WA 3QAAA 1HTFA 3K4VA 4Y5NA 3O9GA 3QROA 3PSUA 3SQFA 2Q3KA 5P41A 4RRNA 3G6ZA 4B1DA 2ER0E 5I3WA 1EPNE 1HPXA 3UPJA 1D4HA 1HSIA 3VYEA 3O9DA 4HDBA 1HVJA 1EPLE 1HPVA 4J0VA 5OZMA 5P0AA 2WF4A 2G94A 4HDPA 5KOQA 5P62A 4I8WA 5P8IA 1YTJA 3TPLA 4Q5MA 5AHBA 2G27A 4NJSA 1QBUA 4YHQA 4Y37A 3Q3TA 2CEJA 5P7JA 2WF0A 2AVOA 1FQ8A 5P38A 1GVVA 5P61A 2UXZA 3EL0A 1GVTA 2BPWA 1E5OE 3OUAA 2B7FA 3OY4A 1HSGA 3NDWA 5P7WA 4Y3AA 2RENA 4HA5A 1PROA 1FIVA 2QD7A 2IKOA 3B80A 3SKFA 4XX3A 3OXWA 5P4ZA 5P89A 2OAHA 4Y3PA 4Y3MA 3TKWA 4J0PA 2ZHSA 3NDUA 5P5CA 5HDUA 4Z22A 3TOHA 5CONA 2IENA 3OHFA 4NJTA 1A8KA 4LXAA 1ME6A 3WB4A 1HRNA 2AVVA 4ER1E 2UPJA 4EXHA 3ZL7A 4RVIA 2CEMA 5HE5A 2WEZA 4MC2A 3ZPTA 5P5XA 5P2DA 3FX5A 4Y3FA 2FDEA 1EPRE 4I8ZA 5P0IA 3Q4BA 3UQPA 1ER8E 3UFNA 4CPSA 3OOTA 4K9HA 2JJJA 2FS4A 3VFAA 1GNNA 5P2SA 2HM1A 5DR7A 4DQEA 5P4FA 5DGWA 1HIVA 1LF4A 3O9EA 5P7EA 4Y4EA 1XL5A 5P4DA 5P8TA 2V10C 2WEDA 1ZJ7A 2PH8A 2G69A 2G1NA 2H6SA 1OHRA 1UPJA 2QZXA 3Q6YA 3QI1A 1DPJA 4X2LA 5P4XA 2ER9E 3UQRA 4J1FA 6APRE 4OD9A 3UQUA 1NSOA 5P5YA 5P5QA 1QBSA 3PSGA 2QHZA 1W5WA 3O9CA 2F81A 5P0GA 3PVKA 1APUE 3ZKXA 2QAKA 4H1EA 2WKZA 4R92A 1T7IA 5P71A 1QS8A 5JFPA 5P1TA 5P35A 2PK5A 1BAIA 2FGUA 5AH7A 4PYVA 2ZGAA 5P5AA 1ODWA 3RVIA 3CYWA 4YBFA 1FB7A 5HCOA 5P5HA 3OWNA 5P2LA 1PPME 3CIDA 4H3GA 1B6KA 4QJAA 1NPAA 1HVCA 5P6KA 3N3IA 3OK9A 5P4HA 4Y3JA 4R8YA 1IZDA 1YX9A 3ZPSA 5P7ZA 1FFFC 2ZHTA 3B7VA 5DQ1A 3OU4A 5KR1A 2FIVA 5OZ4A 1NH0A 2Q63A 2A4FA 2Q64A 1J71A 7HVPA 5P7RA 2NNPA 2WL0A 4U7QA 3OU1B 4FLGA 4PEPA 5OZCA 3VUCA 5P0MA 4CPQA 4JPEA 4N00A 4I0FA 3TNEA 5P1KA 3DCKA 1K2BA 4Y45A 4L7HA 1ODXA 5P7NA 5DQ4A 2PWRA 3CYXA 3EL9A 4XKXA 3ER3E 1HIHA 2FXEA 5JODA 2ZDZA 5P6RA 5P19A 5HDVA 3QVCA 3JW2A 4RLDA 5COKA 4QJ9A 2RKFA 1EC2A 4QLHA 1PPKE 4RCEA 4FSLA 3KN0A 4RYCA 5P14A 5P3LA 3OQDA 5P2YA 4Z2ZA 5KQFA 3MXEA 1BDLA 5P7MA 2VNNA 1KJGA 4I0EA 2PSVA 4GB2A 5P7SA 1KJ4A 4LC7A 2Z4OA 5BWYA 5P8DA 5KR8A 3GGUA 3KDDA 1EAGA 5P2BA 4DJXA 3HVGA 2QMFA 1EPQE 5P0UA 5P1SA 5OYSA 2NPHA 3OQFA 4GJ9A 4R5NA 5P3WA 3BUGA 4YD3A 1SP5A 4TVHA 2WF2A 2PYMA 2QP8A 5P2JA 5P4KA 3S53A 5P7LA 1FQ7A 2NTRA 5OZ5A 4Y3QA 3SPKA 1HTEA 1FQ6A 3BUFA 2AZ9A 3ZKSA 2WJOA 5DR8A 3KFSA 5P1CA 4IVTA 5P73A 1FQ4A 5P50A 2PSGA 5P3AA 5HCTA 2G22A 1BVGA 4OC6B 1A8GA 5P7BA 1YM4A 2G24A 3GI6A 3L38A 4Y4GA 3ZKIA 2NXMA 3S43A 4BFBA 4Y51A 5P15A 5E5JA 2XFJA 3TL9A 5P0RA 2QCIA 5P1HA 3RSXA 5OZHA 2FMBA 3EMYA 3R1GB 3I6OA 3RU1A 4EPJA 3DJKA 5P1GA 3QRMA 4J1KA 1K6PA 5P4SA 3DCRA 1HXBA 2FGVA 5JFUA 2F3EA 2HIZA 1HVIA 5P1OA 3ECGA 5P8PA 3URJA 5P4UA 2HPEA 2IDWA 4DQFA 2BB9A 2J9KA 5P6DA 3PMUA 1FGCC 4EJ8A 5APRE 5P6LA 3ZKQA 2F3KA 4YOBA 4ACUA 3JVYA 2NNKA 4TRYA 5P80A 3U71A 3O9IA 5P16A 4Y50A 3EKXA 4RCFA 5P39A 4M8XA 4Y4UA 5P6BA 3HDKA 5P0JA 4K8SA 3VV6A 5OZVA 5OYQA 1HIIA 5IE1A 3PLLA 3RTMA 5P6ZA 5P4NA 4ER4E 1M4HA 1G35A 2VNMA 5P67A 4TVGA 5P5MA 1GVWA 4DQHA 3UF3A 2PSUA 2SAMA 3UTLA 5P0CA 2V16C 2F3FA 5P7KA 4F73A 5P0SA 9HVPA 4FRJA 3NUJA 5P5TA 3WB5A 3INHA 2I4WA 1RV7A 3OXCA 1MPPA 5OZSA 3SFCA 4M8YA 5KQZA 1GNOA 4PPHA 4Y5BA 3OU3A 4R95A 3SLZA 1HEGE 5DR1A 5P4YA 4DJOA 3LINA 4COEA 5P4BA 2G1OA 5P66A 3BGCA 3KMXA 5P1AA 4H3FA 1BIMA 5P0TA 3EL4A 3SM2A 4L1AB 2FNSA 3O9AA 1FMXA 2AZ8A 5P8RA 3K5GA 1E82E 4CPRA 8HVPA 5P3JA 1M43A 4B00A 3LIXA 1W5VA 2RMPA 1D4YA 2WF3A 1Z8CA 5OZEA 3QN8A 5I70A 1EPME 1MVPA 3NSHA 4J0ZA 1LEEA 2HB4A 5HU0A 2HC0A 5P3YA 4ZPGA 4GJBA 1SMRA 5P0XA 3D1XA 4DJYA 1LF3A 4JPCA 5P0OA 2FLEA 4Y57A 1FEJC 2VJ6A 1MRXA 3SABA 2ZJLA 5P07A 5OYXA 4Y4JA 3NDXA 1MT7A 3OXXA 4Y4TA 2AOJA 2ZJHA 5OZDA 5UPJA 4D8CA 5P33A 2AOHA 1MTRA 5P8UA 1APTE 3NWQA 2APRA 4FIVA 4J55A 4GJAA 5T4SA 3VV8A 2PC0A 5P06A 5OZQA 1LYAA 3HAWA 3APRE 4Y5MA 3R0YA 1BXOA 3PLDA 3OGQA 1T3RA 1SMEA 1TSQA 5P3MA 2P3BB 1T7JA 4Y3XA 1HXWA 2NXDA 2QHYA 3PMYA 2A1EA 2WF1A 4ACXA 1YM2A 1BV7A 1D4KA 5DR4A 1EBYA 3LZSA 1YTHA 5P60A 1GVXA 1FLHA 4ZSRA 2AOIA 1LZQA 3HW1A 4HZTA 1K6VA 3BVBA 3WZ7A 4ZE6A 1IVQA 1W5YA 5B18A 1AVFA 5P24A 1HVLA 1YTGA 4YD6A 1B5FB 5COOA 3NWXA 3EL1A 2BBBA 5OZOA 3I2LA 3GGAA 2VKMA 1AIDA 3VYFA 5KOSA 4Y3YA 3U7SA 3C9XA 5P5GA 1CMSA 3QP0A 5P7QA 3LPIA 2OHMA 5C9DA 1XN2A 1SH9A 4XXSA 5P30A 1FMBA 5KAOA 5P1ZA 3O9FA 1MRWA 1TCWA 2OHRA 5P0KA 3HVPA 1SDVA 4KE1A 5OZ2A 1CZIE 1IDAA 5OYWA 1D4JA 3VF5A 5IS4A 3UDMA 2BPYA 5HD0A 5OZLA 5OZKA 4S1GA 4FRKA 5P64A 1HOSA 1LYBB 5P52A 3UQXA 5OZAA 4TRZA 4HE9A 1VIJA 4Y4XA 5P0WA 4RRSA 1BILA 1KJFA 5P49A 3DV1A 5P1QA 2QI4A 3ZKGA 4MC1A 5P1WA 5P03A 3WSJA 3VEUA 5P6JA 5P0BA 2I4DA 2IEOA 3GGVA 4GJCA 5P6EA 4JECA 2G26A 3EL5A 4YCYA 3R2FA 2QI0A 4DPFA 5DQ2A 3KDCA 2V13A 4FL8A 5P8LA 2VS2A 5ISKA 1EEDP 3LIZA 5P02A 4EP2A 5P0YA 4L6BA 3KFRA 2P4JA 1LYWA 5P3PA 3BUHA 1XE6A 3QBHA 4J1IA 3OQ7A 5KR2A 2Q15A 4H3IA 4Y5LA 4DH6A 3SA3A 2G1YA 3D3TA 3FV3A 4ZSPA 5P26A 3TLHA 5BS4A 5OZ7A 4Y3NA 1UH7A 5P2UA 3BGBA 5P6YA 2F8GA 4WTUA 3H5BA 5P1DA 3PWRA 4ZIPA 1KJHA 1PSAA 4YD5A 3PCWA 3OUDA 1HVKA 2QZKA 2B8LA 5P8JA 1ZAPA 2Q11A 4OBZA 1FKNA 1HPSA 4LL3A 5P56A 4DQCA 1F7AA 3LHGA 5OZ8A 4KB9A 4Y54A 5P6QA 1U8GA 5P3RA 4AA9A 5JG1A 4FS4A 5P29A 5OZWA 1WBKA 5P23A 4OBJA 5P3UA 1FMUA 5P6GA 3I7EA 3FNUA 4HLAA 3ZOVA 4CPTA 4NJVA 2ZYEA 3L5BA 1SIVA 5P2MA 1W51A 4Y35A 3AUPA 3RSVA 4J1CA 5P6PA 2ANLA 3EM4A 4Y36A 2VIYA 2Z54A 4ZSMA 5P10A 2BPXA 3DUYA 2NXLA 5ENMA 2J9JB 5P0ZA 1K1TA 2XFKA 4UPJA 1HEFE 4J0TA 4APEA 4HDFA 1C70A 4QJ2A 5P8OA 1D4IA 3BVAA 1EPOE 1UH8A 5P2RA 1HVRA 3VLBA 1BXQA 1E80E 4FCOA 2AQUA 2QU3A 5KQXA 3OADA 1EC0A 3EXOA 2IL2A 3SA6A 3OAGA 3TOGA 3DK1A 5OYYA 5P1MA 5P8NA 3SA4A 2V0ZC 3OUBA 2ER7E 2QI3A 3EM6A 4I1CA 4RCDA 4FM8A 5P5DA 2RSPA 5P5PA 1DAZC 3GW5A 2OHTA 4Y5PA 2NR6A 4DV9A 1EPPE 4CMSA 3NU5A 4A6BA 1DMPA 5P3XA 1UH9A 5OZGA 2V11C 5P2QA 3QRVA 3EKVA 3OQAA 5P5EA 3LPJA 4J0YA 5OZ1A 1RQ9A 3OOZA 1GKTA 2JJIA 4R91A 4APRE 2ZJMA 5P65A 5P2EA 5P72A 1MEUA 2JE4A 4LBTA 4Y4AA 2B60A 4ZPEA 7UPJA 3GI0A 5E5KA 3TTPA 2I4QA 3MSKA 4YDFA 4B1CA 5P6WA 3LPKA 3NU9A 5P36A 1W6HA 5P7VA 1PFZA 1VIKA 5P5BA 3ST5A 3CMSA 1DW6C 3SKGA 4B78A 3NU3A 3L59A 1AZ5A 3OTYA 4NPUA 1MERA 3UCBA 5P1JA 5OYUA 3URLA 5P1XA 1ZSRA 2JXRA 4B0QA 3RTHA 5P58A 5P3IA 1XDHA 1AJXA 4QJ8A 2V12C 4Y3GA 1A9MA 2QMPA 1KZKA 5P6TA 1K1UA 3NYGA 4K4QA 4Q1NA 2G21A 2P83A 4TRWA 3IA9A 3NXEA 3KF0A 3LIQA 4EHCA 3BXRA 3IXOA 1FG6C 4Y41A 3T7XA 2B8VA 2AVQA 1ZBGA 1W5XA 5P7IA 2MIPA 5P3EA 3O9LA 4Y48A 5HDZA 4Y3EA 5P6NA 4Y44A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ZLQ A;  5P4G A;  3HZC A;  3PJ6 A;  4F74 A;  5P4J A;  5OZ0 A;  4Q1X A;  5P48 A;  2PK6 A;  3OAD B;  4YD7 A;  1W50 A;  3OAG B;  4Y3W A;  1MSN A;  4OBF A;  4YCT A;  2QD6 A;  4Y3D A;  4Y5E A;  4X7I A;  5P3V A;  3ER5 E;  5P1R A;  3QRS A;  3QIH A;  4BEL A;  2ZE1 A;  1BWB A;  4D83 A;  4DPI A;  2VIE A;  1FQ5 A;  4AA8 A;  1B6P A;  4QJ6 A;  1MES A;  1ZP8 A;  5P7X A;  4L7J A;  5P4M A;  1E81 E;  2O4P A;  5P8B A;  2AOC A;  4JP9 A;  1APW E;  1NPV A;  3CKR A;  1K2C A;  3UDJ A;  1EC1 A;  5P6V A;  3OTS A;  4OBK A;  2B7Z A;  5HU1 A;  1XE5 A;  3ZKM A;  5P44 A;  5P6S A;  4B70 A;  5P8Q A;  3T7P A;  4Y3H A;  4CPX A;  1XL2 A;  2R5Q A;  2O4L A;  1IZH A;  2AVS A;  2B42 A;  1AM5 A;  3APP A;  3UDR A;  5P4C A;  1T6E X;  3NXN A;  2P3D A;  4DQG A;  3D1Y A;  1APV E;  4FE6 A;  5P75 A;  4NPT A;  3L5C A;  2NMZ A;  5I3Y A;  3OGP A;  5P70 A;  3L5E A;  5P63 A;  5ER1 E;  4EYR A;  2Q54 A;  5P3H A;  1BDR A;  4FM7 A;  3PWM A;  5P3O A;  2F80 A;  3T11 A;  3WZ6 A;  1BWA A;  3EC0 A;  5P5V A;  2CEN A;  2H6T A;  3H0B A;  5DQC A;  4Y3R A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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