5P4SA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 217
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4sA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4sA01
5P5XA 2QI1A 1B5FA 1ZSRA 2B8VA 4Y39A 5P8IA 1PPKE 5P30A 5P11A 2VJ7A 4EQ0A 3OUAA 3NDTA 1YTGA 5OZ8A 5OZOA 5OZ3A 1EPQE 5P7KA 3F9QA 3UHLA 5P53A 4CMSA 3HLOA 3OTYA 4TVGA 1RV7A 4DFGA 5P4NA 1XE5A 2V10C 4JPCA 2IKUA 2IRZA 1KJHA 1Z1HA 3DV1A 3PMYA 5P4XA 5P57A 4H3GA 1GVXA 4GIDA 4Y5BA 5P8LA 1LF2A 4JECA 3LIQA 1TW7A 1C6XA 5P6GA 1MSNA 3ER3E 5P2UA 5P3FA 4HZTA 4J0TA 1ZSFA 4J1EA 5BS4A 5P6VA 5SY3A 5C9DA 3GGAA 3NYGA 4GJDA 3OXXA 2ZYEA 2F3FA 3BGCA 3CYWA 4MC2A 3URIA 4YD6A 3NU4A 4ZSPA 3IAWA 1EC1A 3MXDA 3OQ7A 4DJWA 2HPFA 2IGYA 2R3WA 2IGXA 4M8YA 4Y4XA 3QBHA 2NXMA 3O9CA 2AVQA 5P3WA 5P3UA 4CPRA 5P5ZA 3T11A 1SDVA 1DMPA 4I10A 2CEJA 3EBZA 5AHCA 3PJ6A 1G0VA 4B05A 4RRSA 4Z4XA 3L5FA 3R0WA 4Y3FA 1NPAA 4Y4DA 3SA7A 5P4CA 3SACA 3UTLA 2I1AA 4OBZA 5P8BA 5P5JA 2AZCA 1B6JA 3WZ6A 5BRYA 3SLZA 2NXLA 4H3FA 5HE5A 4Y4AA 5P1WA 3ZKGA 1XDHA 5P5VA 1AJVA 1EPNE 3WSJA 5HD0A 3IN3A 5P7PA 2F8GA 2IQGA 2UY0A 4BEKA 2P3BA 4BFBA 5P66A 5P3MA 1BAIA 3U7SA 4Y5GA 1OEWA 4DQHA 4NJUA 3IVHA 4OC6A 5P0FA 5P09A 2P3CA 2BPZA 2PWRA 4Y9WA 1HRNA 3MSKA 1ZPKA 4QJ9A 5P1FA 3OXWA 1IDBA 5P4HA 2NPHA 3S54A 5P78A 1FMXA 3UDKA 1MIQA 4CPTA 2VNNA 1D4IA 5P3RA 1KJ4A 4UPJA 1K1TA 1MRXA 5OYWA 1EC0A 3EL5A 4AUCA 3D1YA 1FQ8A 2RENA 4U7QA 5P4UA 2G69A 3WZ7A 2ER9E 2G1YA 3O9LA 3WB5A 4LC7A 3ZKQA 2UPJA 4LHHA 4ZSQA 4FM6A 5P4YA 5P6WA 2QI6A 5P5CA 3BRAA 4DUSA 2ZJLA 4GJ7A 3D1XA 5P4MA 5P8NA 2O40A 1GNMA 5HDZA 1T6GA 5I3WA 5P75A 3SA8A 5AH7A 4Y4JA 3RTHA 2IKOA 4GJAA 1AJXA 4Y3NA 5P43A 1A30A 5IVQA 4N00A 3VYDA 1BWAA 3PGIA 5OZVA 3ZL7A 1KJ7A 5OYVA 3PHVA 2QCIA 4GZFA 3SA6A 4Y3AA 4Y3SA 3GI5A 3OXCA 5P8DA 3KN0A 5P8AA 3UPJA 3L5EA 4L6BA 4R91A 3O9HA 4GJBA 4J0VA 1SMRA 5P1HA 4MC9A 3EKWA 2QHZA 1B6PA 5OZSA 5P6NA 3ZKNA 2VIZA 5P1VA 3SQFA 3PMUA 4H3IA 4Y5KA 1T3RA 3VSXA 1U8GA 5P4IA 5P3XA 2AOCA 5JG1A 1E5OE 1BV9A 5OZPA 2V0ZC 5P03A 4Y36A 3OU1B 1HHPA 2QK5A 5P1JA 1BVEA 5P6UA 4NPUA 5OZDA 5P2LA 5HE4A 1HVRA 3NXNA 2PMAA 1W5VA 2BPWA 1XN2A 3PRSA 1ZBGA 2I4DA 1IIQA 1D4JA 3IGBA 1AM5A 4I0IA 3C9XA 3VFAA 3NLSA 1HTEA 4HE9A 5P0WA 3Q6YA 1LYAB 2Q15A 5P1NA 5P3GA 5SY2A 2J9KA 2B60A 5P1KA 2AVVA 5KQYA 1YM2A 3NU5A 1KJGA 1AIDA 4FRIA 5P74A 3S85A 1SIPA 4BFDA 2QI7A 5HCOA 2V00A 4YD3A 5P2GA 2V11C 1ZTZA 1MT7A 4GB2A 2QD8A 1B6LA 3CIBA 4LL3A 5P4GA 1TQFA 2HB2A 1ZPAA 4HA5A 5P40A 5P5UA 1GVWA 5P15A 4Y3GA 5P1SA 4U8WA 3DCRA 1GVVA 4LXMA 2HM1A 3R1GB 2FS4A 2VA6A 1UPJA 2G24A 5DQ5A 3NU3A 3S2OA 1K6TA 4FLGA 2QI5A 4KB9A 4Y57A 5P2BA 1M4HA 2R43A 3BUHA 5P60A 5P1AA 3MXEA 3GGUA 3NSHA 4ACUA 2QI0A 1B5FB 1AVFA 2SAMA 3IXOA 2IL2A 5KR8A 2FXEA 4NKKA 4I0JA 4EWOA 5P2SA 4ZE6A 5P7XA 2FLEA 3I25A 4EJDA 3OUCA 1OD1A 1RQ9A 5P3OA 5OZEA 3FNSA 5P4EA 3KMXA 3TPLA 5P0KA 4Y3LA 3LNKA 1VIJA 2Q64A 3U6AA 5P7UA 3B80A 4XX4A 2FMBA 1XL5A 2HB4A 2P3DA 5P3QA 4OBGA 2V16C 4TRYA 4F73A 3ZPTA 4FL8A 5P1GA 5OZLA 4Z50A 2R8NA 3S43A 4YOAA 2AOHA 1MUIA 5P49A 5P4KA 4Y44A 5P85A 2BKTA 3TL9A 4B72A 1ODWA 4I8WA 3OTSA 1YM4A 2B7FA 2IS0A 2ER7E 5P0PA 5P8VA 2WF1A 3ZOVA 5P0CA 5AH8A 1HVLA 1FF0C 3QI1A 2QNQA 2QD7A 4Y41A 3ZKIA 4WTUA 5OYXA 4B77A 2FGUA 5COPA 5P36A 1IZDA 4EJLA 5P8KA 5P7MA 2AOJA 2PYNA 2AZ8A 1QBSA 1EC2A 1IVPA 1QS8A 2WJOA 3KA2A 1ENTE 1HXWA 2OHKA 5P52A 4OBZB 1T6EX 4R8YA 1ZLFA 1FIVA 4APRE 2VA7A 3BC4A 5P2VA 1G2KA 5P35A 4FE6A 3UFLA 1IZHA 5F01A 5P6HA 4Y37A 2FNSA 5OZGA 2P3BB 1FG8C 5OZKA 5P58A 4CPWA 3UDMA 3NXEA 5P16A 4LP9A 5P0IA 5P7YA 3KFNA 4ZLSA 4OC6B 4DVFA 5P0DA 5P4OA 4DV9A 3TNEA 3PWRA 2PSVA 2FDDA 1LYAA 4QJ2A 2G27A 4YBFA 3EL0A 2WECA 2WF4A 1B6MA 2Q55A 2QNNA 1NPVA 4B1EA 5P39A 5OZMA 1HVHA 1G6LA 1YX9A 2G20A 5IVTA 5P72A 4EPJA 3IXJA 4D83A 5P6DA 4Y3YA 4Q1WA 5E5JA 3B7VA 1LS5A 4Y35A 1W5YA 1T7JA 5P5PA 1DAZC 2ZJJA 5P5NA 5P7FA 2AOIA 2FNTA 2QHYA 5OZ2A 5OYSA 3PCWA 4FAEA 3HVGA 3MSJA 4YOBA 1LV1A 1FKNA 5P2OA 5BWYA 5P5DA 4Y5CA 4GJ6A 4RCEA 3KDDA 5P2KA 4K4PA 3INEA 2ZDZA 3CKTA 4FIVA 4ER1E 1WBMA 5IVSA 1GNOA 2P8HA 3D3TA 2R5PA 5P33A 3PSYA 2HC0A 2JJJA 4Y3RA 1ODYA 3LITA 2P4JA 4CPSA 3Q5HA 1SGZA 5P69A 4DPIA 3OOTA 3QN8A 3URLA 4R95A 5SZ9A 5P6QA 1HSIA 4LBTA 5P1RA 2Q5KA 3L5DA 2QHCA 3OAGA 1HVIA 2ER0E 5OZ7A 2BBBA 5OYZA 1PPLE 3OK9A 5P3EA 4FSLA 4RVXA 5P6ZA 3O9DA 1HTRB 4YHQA 3IN4A 3IVIA 3EKTA 2HPEA 1SDUA 3BHEA 5P0UA 2VIJA 4JOOA 5OZCA 1MESA 2O4LA 4WY1A 1A8KA 3PSUA 2AVMA 5P7ZA 5OZ0A 5KR1A 5KQXA 3PWWA 4YCKA 4XX3A 1D4KA 2V13A 5P0SA 2NNKA 4OBKA 5HDXA 3TH9A 3CKPA 3L59A 5P2WA 2O4NA 4MC1A 4YA8A 1ME6A 3QS1A 5P04A 5OZHA 1EBZA 1F34A 1E81E 5OZYA 2AOFA 1BDRA 2Q63A 3OGQA 2QZKA 5P2IA 5DR3A 5AHAA 2BQVA 2O4PA 3K5DA 4OBDA 5P3DA 1Z1RA 4Q5MA 3T7PA 4QGIA 1META 5OZ9A 4Y3QA 3DUYA 4YDFA 5P3TA 5EZXA 5P5HA 4DJQA 5P14A 5P3JA 3SFCA 2JYSA 3ECGA 4RVJA 1SMEA 5P2NA 3T7XA 2AODA 1TCXA 4M8XA 1HTGA 4A4QA 3BVBA 3QROA 1LZQA 4K8SA 5P7TA 1QBTA 5F00A 2WL0A 1B6KA 5P6EA 2BPVA 6UPJA 1EPLE 5P1MA 4I0EA 2I4VA 3UDJA 1HEGE 3UQUA 1FEJC 5P0EA 5I3VA 5P3AA 5P47A 2VJ6A 5P44A 3HZCA 4R5NA 3Q3TA 5OZXA 4DQEA 4FRJA 3OY4A 3N3IA 3QBFA 3ZPSA 4Y38A 5P05A 2F81A 2PH8A 5P84A 3VCMA 4DH6A 3O9BA 2BPXA 3LPIA 5AH9A 2I0AA 4J1IA 5P7OA 5P1PA 3QRMA 2FGVA 3LIZA 2Z54A 5P55A 9HVPA 1HXBA 3EL1A 3QVIA 4Y4WA 3FSMA 5P0GA 5P6AA 4HVPA 1MTRA 4RZ1A 1K6VA 1EC3A 5P13A 3K4VA 3SABA 3S43B 3LIVA 5P89A 3OU4A 3L38A 3QRSA 2ZGAA 1HOSA 5P67A 5P61A 5B18A 5P6IA 4Y3ZA 4COEA 2AVSA 5P29A 1YTIA 4DJVA 1QRPE 2FDPA 3PSGA 4I12A 1D4SA 5P1OA 5P77A 5P3NA 5JFUA 3Q70A 2QZXA 5P6CA 3S56A 3NU9A 2BPYA 3I8WA 1K6PA 1F7AA 4GMIA 2A1EA 2BB9A 4RGHA 3L5CA 2Z4OA 5P3BA 3G6ZA 3KT5A 1A8GA 1VIKA 5P82A 5HU0A 5P8TA 1ZJ7A 4Y50A 5P63A 3GI0A 1HIIA 3R4BA 3ZPUA 2NXDA 4HLAA 4AMTA 4E43A 5P3PA 5EZZA 4B00A 2FDEA 3HD8A 1XE6A 3GGXA 2WEZA 3SA9A 2HS1A 2QZLA 1FQ6A 3VV6A 5T4SA 5P1ZA 3KMYA 4EP3A 3O9IA 4Q1YA 5COKA 4L7JA 3ZKXA 3ZKSA 1BXQA 5OZTA 4ER2E 4XKXA 5P6OA 4Y58A 4B1CA 2PK6A 4PZWA 2P83A 4Y3JA 5P0RA 3R0YA 2AZ9A 4A6CA 4HEGA 1N49A 4JP9A 3VYEA 1EBWA 3BVAA 1SBGA 4HDBA 4YCTA 2PH6A 5OZZA 2NTRA 2OHRA 5P8RA 5P25A 2JE4A 3TKWA 4RYGA 4Q1NA 2G1SA 5E5KA 3JVYA 4Y5MA 4DJPA 1GVTA 2IENA 2A4FA 2BKSA 2ZHRA 3T6IA 4K4RA 5TOLA 4ER4E 3OOZA 5P2AA 2QZWA 5CLMA 4I0GA 4PYVA 2O4KA 2WHHA 2ZHTA 5P5FA 1SGUA 4EQJA 5P2QA 3D91A 3I7EA 4GJ5A 4IVSA 1A9MA 2VIYA 2PWCA 1HPXA 2VA5A 1ODXA 5OYQA 5OZQA 2AIDA 5P83A 1BIMA 5P27A 3TPPA 2I4WA 2XFJA 5P4BA 5P8PA 4ACXA 5C9BA 1T7IA 4RRNA 1C70A 2ZE1A 1HIVA 3HW1A 5OZBA 3DOXA 2JJIA 4Y3WA 3OUDB 1MERA 1IZIA 3K5GA 4GJ9A 4FRSA 3UFNA 5UPJA 3OHFA 2R3TA 5OZAA 2QP8A 4J1HA 3RSXA 3RU1A 4D89A 3PI5A 5P23A 3AIDA 3CYXA 3OAGB 5P2YA 3LZVA 5P2XA 5P6JA 5DR0A 3UDYA 1W6HA 3VLBA 1K2BA 2G1NA 4Y6MA 5DR1A 3Q4BA 5P64A 2QI4A 4X2LA 2QMDA 5P2HA 3PI0A 1YG9A 4DJYA 1MEUA 1W5WA 3K5CA 5P0AA 5P32A 5HDVA 3PM4A 1NSOA 5P5AA 5IVRA 2R5QA 5P00A 2HB3A 3LPKA 3LZSA 5P7QA 2QNPA 4TRWA 5P0TA 3LIYA 5P34A 3L58A 2XFIA 5P7AA 1RPIA 3OQFA 2Q3KA 1SIVA 1FFFC 2B8LA 5IE1A 5P8SA 1MPPA 3KDBA 1LYWA 1MRWA 5P0OA 3VEUA 5P5GA 5OZFA 1FQ7A 2Q54A 2VS2A 5C9FA 2Q11A 2OF0A 4S1GA 4ZSMA 3DJKA 2I4XA 4I8ZA 2PSGA 4PZXA 1GNNA 5P5TA 4TRZA 2OHUA 5J25A 5P76A 2OHMA 4ZPEA 4KE0A 5OZJA 3OQKA 4U7VA 1LEEA 5P51A 5P2JA 1W5XA 3EMYA 1GVUA 4Y4UA 5COOA 3GGVA 5P6XA 4KE1A 5P6YA 4F76A 2RMPA 3APPA 3PLDA 3HVPA 5P06A 3MWSA 3RVIA 1PSNA 5P6BA 5P1LA 4LXKA 3M9FA 5P7RA 2JXRA 1QDMA 3EM4A 3LZUA 2XFKA 1FLHA 1YT9A 2MIPA 2H6TA 5P0XA 5AGZA 4GJ8A 5DPZA 1HVSA 2OHNA 4OD9B 2O4SA 3NUOA 1FQXA 5I3XA 4L7HA 3PB5A 4DQBA 4K4QA 1W6IA 4EJ8A 5DQ4A 4FRKA 3MSLA 3HAWA 5ER1E 2VJ9A 3EM3A 5P7NA 3OUBA 4Y5NA 5P1CA 2XYFA 1GKTA 3CIDA 5P7SA 3KT2A 2QI3A 4NJSA 3INFA 4Y3MA 1T7KA 1DP5A 4OBHA 2OHPA 3TLHA 5P8HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5X A;  2QI1 A;  1B5F A;  1ZSR A;  2B8V A;  4Y39 A;  5P8I A;  1PPK E;  5P30 A;  5P11 A;  2VJ7 A;  4EQ0 A;  3OUA A;  3NDT A;  1YTG A;  5OZ8 A;  5OZO A;  5OZ3 A;  1EPQ E;  5P7K A;  3F9Q A;  3UHL A;  5P53 A;  4CMS A;  3HLO A;  3OTY A;  4TVG A;  1RV7 A;  4DFG A;  5P4N A;  1XE5 A;  2V10 C;  4JPC A;  2IKU A;  2IRZ A;  1KJH A;  1Z1H A;  3DV1 A;  3PMY A;  5P4X A;  5P57 A;  4H3G A;  1GVX A;  4GID A;  4Y5B A;  5P8L A;  1LF2 A;  4JEC A;  3LIQ A;  1TW7 A;  1C6X A;  5P6G A;  1MSN A;  3ER3 E;  5P2U A;  5P3F A;  4HZT A;  4J0T A;  1ZSF A;  4J1E A;  5BS4 A;  5P6V A;  5SY3 A;  5C9D A;  3GGA A;  3NYG A;  4GJD A;  3OXX A;  2ZYE A;  2F3F A;  3BGC A;  3CYW A;  4MC2 A;  3URI A;  4YD6 A;  3NU4 A;  4ZSP A;  3IAW A;  1EC1 A;  3MXD A;  3OQ7 A;  4DJW A;  2HPF A;  2IGY A;  2R3W A;  2IGX A;  4M8Y A;  4Y4X A;  3QBH A;  2NXM A;  3O9C A;  2AVQ A;  5P3W A;  5P3U A;  4CPR A;  5P5Z A;  3T11 A;  1SDV A;  1DMP A;  4I10 A;  2CEJ A;  3EBZ A;  5AHC A;  3PJ6 A;  1G0V A;  4B05 A;  4RRS A;  4Z4X A;  3L5F A;  3R0W A;  4Y3F A;  1NPA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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