5P4TA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 218
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4tA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4tA01
1MSNA 1HPXA 2J9JB 1TSUA 1HBVA 4HEGA 3QS1A 5P0CA 1B6JA 4K4QA 2QCIA 2WF3A 3IVHA 5OZGA 4Z22A 3GI4A 1AXAA 5P0DA 5P4MA 1PSOE 1SIPA 3BGBA 1QBRA 5P3YA 3OQ7A 5P79A 5ENKA 4LHHA 1SGZA 5IS4A 1ZPKA 5P4OA 3UDJA 5P81A 5P0NA 3ZKNA 5P1HA 1YTGA 3VLAA 1YTHA 4Y47A 3GI6A 5P6CA 5OZ6A 1CPIA 3TNEA 3K4VC 2I4DA 3KFSA 5P6GA 3O9HA 1EBWA 2BKSA 1VIKA 4J54A 4DQHA 2IL2A 4U7QA 3OK9A 1HIHA 4EJKA 3NDWA 2HB3A 4Y54A 3EKQA 1HPSA 5P73A 2R38A 4AUCA 3BUGA 1YG9A 1XS7D 5F01A 5OZBA 5P4UA 4ZE6A 1BIMA 2Q55A 3BXRA 5P59A 5P1OA 5KR0A 5OYWA 2AZBA 1ZP8A 2HS1A 4B1EA 3L5EA 2VIYA 4GJ5A 3SPKA 9HVPA 5DQ4A 5OZ5A 4Y4DA 4D83A 2I4VA 2AVSA 5DQCA 5P52A 2NMYA 2VNMA 3GI0A 5P8MA 3OU1B 1EPOE 2QNPA 3B80A 2AOCA 2AVQA 2ER0E 3OGQA 1HTEA 1U8GA 3I6OA 1K6PA 1EC3A 5P0EA 3VYDA 5P1SA 4Y3ZA 3TPRA 2F3KA 3OUAA 2XYEA 5OYTA 3IXOA 3D1YA 4ZPGA 3PMUA 2IEOA 1A9MA 5P5ZA 5I3VA 3KM4A 2J9JA 3LPIA 3R2FA 3NSHA 1ZSFA 2BBBA 3O9FA 5OZ1A 2VA5A 4YDFA 2AODA 2Q54A 4LXAA 1B6PA 3EL1A 5OYRA 3Q3TA 1HSHA 1T7IA 1W50A 1MESA 3L5CA 3DCKA 4YOAA 4F76A 5P24A 1D4JA 2G1SA 1MERA 3Q6YA 5P0HA 2OHQA 4FL8A 3PVKA 4AMTA 2B7ZA 1M43A 4LXKA 5P6YA 3CICA 5P8JA 5HE5A 5P3LA 4PZXA 3OHFA 4I0JA 1T3RA 1ODXA 4Q1WA 4TRWA 5P56A 4I0GA 5P32A 3JVWA 5OZMA 3INDA 3R0WA 2QHCA 5P3CA 1UH8A 1QBTA 3HAWA 5P47A 5P01A 4DJVA 3BHEA 3PHVA 4HA5A 1E82E 2WF0A 2EWYA 3LIZA 3UPJA 2J9KA 1BDLA 1MRXA 1PSNA 5P2BA 3T6IA 2P3BB 5P8TA 2H6SA 3HVPA 4Y4WA 5KQYA 5P6UA 4OBFA 2NMZA 3SQFA 5P28A 4NPUA 3SM1A 5P4NA 5P4VA 3NU5A 1BXQA 3VF3A 5OZ7A 4L7HA 4EPJA 3VFAA 3QP0A 1BVEA 1W5XA 3DV1A 5P4HA 4Y3JA 3EM4A 5P1DA 3VF7A 2VA6A 5P88A 3RSVA 2OF0A 5P6ZA 1HVIA 3OU1A 3S7MA 3OQFA 5P5KA 1MSMA 5P7EA 3UCBA 3UQWA 3I25A 3KYRA 5HCTA 3QIHA 5P8QA 5P62A 5P4SA 4Y57A 1M0BA 1EPNE 4K4RA 5P7WA 3GI5A 2NXLA 4Y3NA 1FLHA 4YDGA 2QI0A 4ZLSA 1D4KA 5P48A 1EC1A 5P3VA 3CKTA 2BB9A 3NUJA 5P8SA 1D4HA 2IRZA 4RROA 5P45A 3PSGA 2QU2A 4I0ZA 4Y4BA 4B72A 5P3HA 3OHHA 5P1BA 3K5GA 3UHLA 4Y4ZA 5OYUA 3OQKA 4APRE 3NU6A 4Y3XA 5P3BA 5P5UA 2NXMA 3GGUA 3LIYA 5HDVA 5HDXA 2O4SA 3IN4A 5P4YA 3G72A 5P8LA 4B78A 4CMSA 4Y9WA 4HDFA 3EXOA 3RVIA 4COEA 1XL5A 5P1LA 4Z50A 2CEJA 2ZHSA 5P5AA 4U8WA 4FIVA 2AOEA 3LIXA 3NU4A 2AIDA 5P2HA 3S56A 5DR4A 3BUFA 5KAOA 5P37A 2BPVA 2RKGA 2HPFA 1HPVA 5P43A 4EJDA 2ZHUA 4DQFA 5P02A 5P4BA 3T7PA 3D1ZA 3EM6A 3QBHA 1D4IA 3OXXA 4Y4TA 2I4UA 4Q1XA 4NJSA 5P16A 4DJXA 3ZPUA 2QNNA 5OYQA 3OUDA 4CPWA 4GJ6A 5P60A 3NDXA 3I8WA 4GZFA 1FFFC 5IE1A 4Y43A 5P1KA 2PWRA 4YCTA 2ER7E 4Y53A 3JW2A 3G6ZA 3GGXA 4ZEAA 2QD8A 4R93A 3QRMA 3HVGA 4FAFA 4GYEA 5P1QA 1D4SA 3QAAA 1TW7A 1DP5A 2FMBA 4CPTA 4ZSPA 4HDBA 5P61A 5P8CA 3SA8A 4JPCA 2HC0A 5P5HA 2IS0A 1YM2A 2AOGA 2WECA 4R91A 4Y41A 1XL2A 5AHCA 4OD9A 5P1VA 5P0JA 2FNTA 2QI4A 3PLDA 5P3KA 2QI3A 5HTZA 3G70A 5IVTA 1NPVA 3PSUA 1ME6A 5P36A 1EPRE 5P8IA 4YCYA 2QMDA 4UPJA 5P7KA 3SKFA 2P83A 3VYEA 5P08A 3VV6A 1FQ6A 3OXVA 1SIVA 3MWSA 5P2TA 4QJAA 2QD6A 5KQFA 3FNUA 5P86A 5P8DA 4NJVA 4Y3GA 5P2FA 3LZYA 1ZAPA 5IVSA 2F8GA 3KFPA 3QVIA 2WJOA 1FB7A 5E5KA 1HPOA 5P0BA 3UQPA 3UDPA 3MXEA 5JODA 4L1AB 4EP2A 2AZ8A 1HEFE 4HDPA 2QU3A 5HCOA 4FRIA 4YCKA 3SA3A 3D20A 4K9HA 3FNSA 1ZSRA 1PSAA 1QS8A 3S53A 3OADB 4DVFA 3TPLA 1K6CA 5DGUA 2OHMA 4Y51A 1UH7A 5OZVA 1ZTZA 3D1XA 5P3RA 4NJUA 5P8RA 1SDUA 5P6IA 1TSQA 2SAMA 1FMUA 5P4WA 5T4SA 4DQBA 4Y3HA 3LIQA 3EBZA 1META 1HIVA 2B7FA 1TCXA 4FE6A 4LAPA 4B1CA 5P3MA 2WHHA 3B7VA 3MSJA 1HVCA 5BRYA 3H5BA 5P7CA 1QBUA 4HLAA 5P0FA 5P7SA 4J0YA 1FQ7A 3T7XA 5P53A 5P3GA 5P89A 1LV1A 4U7VA 4Y44A 5OYVA 4DJPA 5DGWA 5P6SA 5P7IA 3R1GB 3ZPSA 5OZ8A 3U6AA 1APWE 3K5FA 2HAHA 2BPZA 5P2WA 3NDTA 2CENA 2XFKA 5DPZA 5P5TA 2O4NA 5P39A 5P5JA 4EJ8A 2QZLA 3TL9A 5P4EA 2IKUA 1TZSA 4DJYA 3CIBA 2G21A 5P3SA 4MC1A 4Y38A 3WB5A 1IVQA 5P55A 1LEEA 3GGAA 2HS2A 4D8CA 2QI7A 1XN3A 5P5YA 4WY6A 3SA6A 3ZL7A 5P4IA 1DPJA 4Y3WA 4I0DA 1CZIE 2F3EA 5P5WA 4RVXA 5OZXA 2P4JA 3HAUA 4D85A 2BKTA 1MIQA 3I2LA 4Y4EA 4NKKA 3S8IA 2OAHA 4Y3AA 1AIDA 1KJHA 1FMBA 3KA2A 1HRNA 4DPFA 1W5YA 4DJWA 4DQEA 2ZJIA 3UDYA 4ZPEA 3RTMA 2PSVA 3BGCA 5P65A 3ZMGA 4L1AA 4Q1YA 1MRWA 4LXMA 3TOGA 3PSYA 4J0PA 2PC0A 5P4LA 5OZLA 5EZXA 3OADA 1DIFA 3FX5A 3VEUA 5JFUA 5AGZA 2ZE1A 5OZYA 5OYSA 4J1KA 5P03A 5P0MA 5P8NA 3K4VA 5P3PA 3Q5HA 5P3NA 3T7QA 3TPPA 3R0YA 4Y39A 5P1ZA 4EXGA 1B6LA 3EL5A 3SA5A 1IZEA 2APRA 2BQVA 4PPHA 5P0ZA 2PSUA 5P3JA 5P58A 4TRYA 1ZBGA 2WL0A 5P2AA 1HVLA 2V00A 5P6PA 3PCWA 1MT8A 1AAQA 5P3WA 1PPME 3LPJA 3CKRA 1C70A 1N49A 2O4KA 4XX3A 5SY3A 2FS4A 2I4QA 4EQ0A 3NXNA 3ZLQA 1ODYA 5P78A 4FRJA 3EKTA 3R4BA 4Q1NA 1BDRA 1W5VA 1NPWA 3EKYA 4I0FA 3S7LA 4EXHA 3NWQA 3EKVA 5P6EA 5DR7A 4EWOA 3UDRA 2QAKA 1WBMA 5ISJA 3MXDA 4AA9A 5P2EA 2ZJMA 1BV7A 5P0IA 3C9XA 4Y3SA 4RRSA 3UDHA 5P5NA 4Y3PA 4XX4A 1K6TA 4AA8A 5P8BA 2OHNA 3LPKA 3UFNA 5P6DA 5HD0A 3PBZA 2FNSA 4I0HA 4HZTA 3HDKA 5P0WA 3PWWA 1EPPE 5AH6A 3UF3A 3VSWA 2NNKA 5P3EA 3IXJA 4J1CA 4Z4XA 1GVUA 3UQXA 5P4JA 1BXOA 1KZKA 1QRPE 4Y3LA 2V10C 2ZJLA 3PGIA 3SA9A 4J1FA 5P7OA 1PROA 2Q11A 1KJFA 3WSJA 3MSKA 1OD1A 5P5IA 1HTFA 1FQ4A 1LZQA 4NJTA 2BPWA 4PYVA 5DR3A 1T7JA 3I7EA 2IGXA 2HPEA 3OU3A 3BVAA 4DPIA 1APVE 5P72A 2P3DA 1BBSA 3CKPA 2R3WA 3O9LB 5P19A 3UTLA 3ZKQA 3DV5A 1E80E 3OAGB 4M8YA 3KMXA 1LF2A 2ZJJA 2VJ9A 3KF0A 1SMRA 1FF0C 4H1EA 3ST5A 1FQXA 1IZHA 3OQDA 4X7IA 2FGVA 4YHQA 4JOOA 5IVQA 1K2CA 2QI6A 2I0DA 5I70A 4R5NA 1HVRA 4Y5MA 1HVJA 1MVPA 3QPJA 5OZFA 5P5SA 4ER1E 4D88A 5P5EA 4L6BA 3NU3A 4J17A 5P1MA 5P1PA 4Y50A 4Y3MA 5P06A 1BVGA 5P3UA 2PQZA 3HW1A 5HDZA 4QLHA 1B6MA 5P4GA 2G1RA 4Y5KA 4IVTA 4RVJA 5P4XA 5HVPA 1RV7A 6UPJA 2OHTA 5COKA 2F80A 3NR6A 3BUHA 4GJ8A 2OHKA 1YT9A 5P7UA 4YOBA 5ER1E 4GIDA 3CYXA 4JP9A 3RTHA 2G22A 5OZQA 2NXDA 4Y5BA 5P64A 4FRKA 4Y5PA 1Z1HA 3FKTA 5P4PA 4R92A 3SKGA 1EBZA 4BFBA 2FXEA 5P2RA 4FM6A 3URJA 5P18A 2FIVA 1ZJ7A 2AOHA 3A2OA 4Y36A 3O9DA 3EMYA 2VA7A 2R43A 3H0BA 5P6NA 5I3YA 1MEUA 1Z8CA 4ZPFA 1K2BA 3PJ6A 4FLGA 3VSXA 2A4FA 1UPJA 5P3QA 5OZ0A 3HD8A 3S43B 5P50A 5P6HA 1K1TA 5P7NA 5P0KA 3VCMA 4CKUA 5P8KA 5OZDA 4B70A 5P6RA 3O9LA 2ER9E 3URLA 5AH7A 3Q4BA 1NSOA 5P04A 4B0QA 4CPUA 3O9CA 1W6IA 5P75A 3IXKA 5P2GA 5P3AA 4ZIPA 2QMFA 5P35A 5P51A 3NLSA 2BPXA 2ZGAA 3UQUA 1DMPA 1HSGA 4EYRA 2R5PA 5P4TA 1EEDP 1LYAB 2UY0A 4L7GA 5OZHA 3EC0A 4GJBA 1BWBA 1W6HA 2P3BA 1D4YA 2Q63A 1E81E 4YBIA 5P6FA 4FCOA 1IDBA 5P15A 1FGCC 3U71A 5P1EA 5DR0A 4CPXA 1EPME 5OZPA 5E5JA 1J71A 1K1UA 2PYNA 4FRSA 1IBQA 2B42A 3TOFA 5J25A 4JECA 4DI2A 1OEWA 3O9GA 5P7GA 1IZDA 3KMYA 4Y37A 3QRVA 1B5FB 4Y5LA 3WZ7A 3SFCA 3HZCA 5P00A 5P2IA 2PMAA 5F00A 4Y5GA 2QMPA 5P2LA 2QP8A 4X2LA 4I0EA 3NXEA 1MTBA 4LL3A 4RGHA 3ZKSA 1A94A 5P7XA 4GJ9A 2AVVA 4I12A 5P2JA 5P87A 3QI1A 1IIQA 3O9AA 3N4LA 2Q64A 2P3CA 4LC7A 5P6MA 1MT9A 4B00A 1ER8E 4ZSRA 5P2DA 4TRZA 2RENA 3K5DA 4F75A 5P5PA 5P10A 3SA4A 2OHRA 2Q15A 3PB5A 1M4HA 2FXDA 5DR1A 5P1WA 5P07A 2IENA 3KFRA 4QGIA 1XE6A 4Y45A 4FAEA 5P71A 4I11A 3IN3A 4JPEA 2ZDZA 3DCRA 4RCEA 3S43A 2QZKA 1YM4A 3WB4A 1G35A 2PWCA 3ER5E 5P0QA 3DJKA 4Y3QA 1YTJA 3OU4B 5P49A 2UPJA 2AOIA 2VJ7A 4OBZB 3SA7A 1KJ7A 2FGUA 3KDDA 4J0ZA 3Q70A 1RNEA 4Y5AA 4ACUA 2I4WA 1LYAA 5P4AA 2QK5A 1AVFA 4OBJA 2ER6E 5P76A 7UPJA 5COPA 4FM7A 1MT7A 5P1YA 3FSMA 5P63A 2QD7A 2JYSA 4Y48A 2F81A 5P7JA 5OZKA 5P5BA 3S45A 5AHAA 1RPIA 2VIJA 3INEA 2AZCA 2R3TA 5P7RA 3OOZA 2QZXA 5P29A 2B8VA 1GVWA 2XFJA 1FKNA 4LBTA 4DJRA 3CYWA 5OZ9A 5OYYA 5P7LA 4H3IA 1G6LA 1JLDA 1F34A 3LZSA 5UPJA 4CPSA 1GKTA 3O9BA 2QI1A 5KR8A 5P8HA 4F73A 1GVXA 3L59A 4WTUA 1T7KA 2ZJNA 3OTYA 7HVPA 3UFLA 4Y4JA 3OOTA 1Q9PA 4BFDA 2G94A 5P8OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MSN A;  1HPX A;  2J9J B;  1TSU A;  1HBV A;  4HEG A;  3QS1 A;  5P0C A;  1B6J A;  4K4Q A;  2QCI A;  2WF3 A;  3IVH A;  5OZG A;  4Z22 A;  3GI4 A;  1AXA A;  5P0D A;  5P4M A;  1PSO E;  1SIP A;  3BGB A;  1QBR A;  5P3Y A;  3OQ7 A;  5P79 A;  5ENK A;  4LHH A;  1SGZ A;  5IS4 A;  1ZPK A;  5P4O A;  3UDJ A;  5P81 A;  5P0N A;  3ZKN A;  5P1H A;  1YTG A;  3VLA A;  1YTH A;  4Y47 A;  3GI6 A;  5P6C A;  5OZ6 A;  1CPI A;  3TNE A;  3K4V C;  2I4D A;  3KFS A;  5P6G A;  3O9H A;  1EBW A;  2BKS A;  1VIK A;  4J54 A;  4DQH A;  2IL2 A;  4U7Q A;  3OK9 A;  1HIH A;  4EJK A;  3NDW A;  2HB3 A;  4Y54 A;  3EKQ A;  1HPS A;  5P73 A;  2R38 A;  4AUC A;  3BUG A;  1YG9 A;  1XS7 D;  5F01 A;  5OZB A;  5P4U A;  4ZE6 A;  1BIM A;  2Q55 A;  3BXR A;  5P59 A;  5P1O A;  5KR0 A;  5OYW A;  2AZB A;  1ZP8 A;  2HS1 A;  4B1E A;  3L5E A;  2VIY A;  4GJ5 A;  3SPK A;  9HVP A;  5DQ4 A;  5OZ5 A;  4Y4D A;  4D83 A;  2I4V A;  2AVS A;  5DQC A;  5P52 A;  2NMY A;  2VNM A;  3GI0 A;  5P8M A;  3OU1 B;  1EPO E;  2QNP A;  3B80 A;  2AOC A;  2AVQ A;  2ER0 E;  3OGQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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