5P4WA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 221
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4wA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4wA01
2QK5A 3OXVA 5DQCA 4J1IA 3PGIA 2XFIA 4Y3HA 4K4RA 4LAPA 4ZPEA 5P73A 3FNUA 2XFKA 2P8HA 5P7XA 5P1IA 3KM4A 1HTRB 4JP9A 5OZWA 1Z1HA 4J0TA 5P1FA 5C9FA 5KR2A 5P3RA 1HHPA 3GI0A 5P1BA 5HVPA 3OADB 5P3BA 5HE7A 1APTE 5P5DA 1D4JA 3WZ8A 4J1EA 1EBZA 4D8CA 2VKMA 3BGCA 2FDPA 3LZVA 5BRYA 2R9BA 4RVIA 3S54A 1NPAA 3AUPA 2PWRA 4XX4A 3OADA 5P6DA 5P7NA 1GVTA 5COKA 2R5PA 5P2BA 4RYGA 2Q11A 4GZFA 5P0LA 4Y5NA 5P86A 4KE0A 2O4PA 2QMFA 5P7LA 1T7IA 3TNEA 1UPJA 5P3OA 4RGHA 2OHLA 4OD9B 5P7IA 5P66A 2QHYA 5P77A 3QVIA 3L5DA 2R3WA 2ER6E 3ZMGA 1APWE 4RCDA 4OD9A 3IGBA 4FAEA 2AOIA 5I3YA 4Y51A 5PEPA 4DVFA 5P6AA 4Y4EA 1XE5A 4GB2A 1FMBA 4J0PA 5P4NA 1META 5DQ2A 5P7PA 1KJ7A 4CKUA 5P41A 3VSXA 1RPIA 3FIVA 1KJHA 3QP0A 2PYMA 4FGXA 1FQ5A 2AIDA 3LIVA 4Y4TA 1IDAA 2AOFA 4D83A 1FG6C 2F81A 4Y5CA 5P3EA 4EJLA 3LIQA 3UDRA 1BXOA 5P39A 5P7JA 4YHQA 3WZ6A 3T11A 1DAZC 5P74A 5P2SA 4OBDA 3Q6YA 5P5XA 5P5BA 4GJDA 3A2OA 1EBWA 2NR6A 5P19A 5P3DA 3L5EA 4DPIA 1FMXA 2JXRA 5OYXA 2ER9E 3CYXA 5P09A 4WY6A 5P44A 5P2QA 2VS2A 3TOHA 4TRWA 1SMEA 1XS7D 1FQXA 3OXCA 2I0AA 5P8PA 1HSGA 5EZXA 2SAMA 5P4TA 3VF5A 5P0KA 5COOA 4F75A 4I0EA 5AGZA 5P7RA 3IA9A 5P26A 4DV9A 1FFIC 1YX9A 1DPJA 3BUGA 3IVIA 3Q4BA 5P3TA 2OF0A 3BUFA 5P42A 1B6PA 3HAWA 2I4WA 3VV7A 5HE5A 1EBKC 2QNPA 2PH6A 3CYWA 2G1YA 4FCOA 5OZBA 4AMTA 4U8WA 4I11A 4LL3A 5HU0A 3VCMA 2PK6A 2NPHA 1LF4A 5DGUA 3KT5A 5OZCA 5IVTA 3NWQA 4M8YA 4H3GA 3RU1A 2AZ9A 5IVQA 2VA6A 2OAHA 1DIFA 2NNPA 1RNEA 4Y5AA 2PH8A 3QRVA 1D4HA 2JYSA 2G20A 4Y3DA 4Y56A 5OYSA 4Y4JA 2HM1A 1IBQA 5P4UA 4Y3MA 3UFLA 4KB9A 1W5XA 3URIA 1SGUA 5P3UA 5P70A 2V12C 4CPRA 1JLDA 3EL9A 4QJ7A 1TW7A 2RKGA 3LPIA 5P7GA 2WECA 5OZ0A 4L7JA 5P4CA 5P62A 5DR1A 4Y44A 1TSUA 4Y3ZA 5P7TA 1K1UA 5AH9A 5P0EA 2IGXA 1HVHA 4D88A 5CONA 5HDVA 4DJPA 4YDGA 2IGYA 1APVE 2BBBA 1YT9A 3ZPSA 3O9BA 5IE1A 2HS1A 3UQWA 1B6LA 3Q5HA 3N4LA 3MXEA 1QBRA 2PMAA 2Q15A 2P3AA 4Y3WA 1SH9A 4CPUA 5P1WA 5P1SA 1CPIA 1FG8C 5P05A 2P3DA 3SM1A 4GYEA 2AOCA 5P2YA 2F3FA 5P6SA 3R0YA 5AH7A 3T7XA 4I0JA 3PHVA 5P8AA 3RSVA 2FXEA 5P60A 3INHA 2QU3A 5P6ZA 4Z50A 5P24A 5P4FA 5P35A 1B6MA 5P59A 1B6JA 5P0NA 4DI2A 1DP5A 4GJ6A 4Z2ZA 5OZZA 5P0RA 2QI4A 4DPFA 2IS0A 1D4KA 5P64A 4R95A 3L5BA 2WEBA 4BEKA 3R2FA 4Y3JA 2Q64A 4B05A 1HEGE 4GJ8A 5P1CA 2B8LA 2QZWA 5ISJA 2G21A 5P75A 3HVGA 5P8KA 9HVPA 3I2LA 3KA2A 3LZSA 3VF7A 1EPNE 5P1HA 5DQ5A 1XDHA 4RCFA 3EC0A 3APRE 4DJRA 5P1OA 1IVPA 5P4GA 3OUAA 3QRMA 3ZKIA 5P78A 1OEWA 5P1KA 5P6FA 4BFDA 5P2ZA 3NU4A 3S56A 3HAUA 5P0ZA 2FS4A 2AOJA 4OBZB 5P1PA 5P4LA 3UDHA 3NDTA 5I3VA 5P2TA 1EC1A 4ER1E 5P0YA 3EKQA 4QJAA 3BRAA 4I1CA 5KOQA 2VJ6A 1PPLE 3OQKA 5C9DA 5P2FA 2OHQA 2ZHRA 2VA7A 2I4DA 1ZSRA 4J1KA 2O4SA 4MC9A 5P34A 4Y3AA 2F3EA 5P1UA 5JODA 3EKXA 3UCBA 4FAFA 3NYGA 5P1GA 3HDKA 4X7IA 2ZJLA 1HVCA 5P54A 3LNKA 5UPJA 2OHTA 1HXBA 3OHFA 3WSJA 1G0VA 3JVWA 2PC0A 4Y3TA 3CIDA 5P2JA 5P40A 1T3RA 4CPWA 5OYWA 2BPZA 2CEMA 4EJDA 2Q54A 5P17A 4HZTA 4S1GA 1FLHA 4EWOA 5ER2E 2PSUA 1QS8A 5P8UA 3MXDA 3INEA 2I1AA 5P8CA 5P7FA 4NJVA 5P82A 2QI5A 5P5LA 3EKYA 4HDFA 2BB9A 4EJKA 1HEFE 2AQUA 3IXKA 3QAAA 1QRPE 5P6VA 5P5GA 2JE4A 5P7EA 5P0HA 4I10A 2G94A 1SDTA 5P03A 3SQFA 5HDZA 5KAOA 3TTPA 1HVLA 3VYFA 2QMDA 3S2OA 4U7VA 3EL5A 5P67A 4RRSA 5JFPA 5OZGA 1K2CA 4I0FA 2NXMA 4HDPA 5P2OA 3K4VA 4ZE6A 3URLA 5P6TA 4LHHA 5P68A 3LIXA 2QU2A 4Y4GA 5HDUA 2FIVA 1G6LA 4IVTA 4Y5LA 1MRWA 4CPXA 3TPPA 2ZJHA 3EKVA 1EEDP 3PWMA 4OBHA 2Q55A 2WF4A 3AIDA 3D1YA 2NMZA 5P0BA 1BIMA 4GJ9A 4TVGA 3UDJA 2ZJJA 5P1MA 5P8FA 5OZ1A 4AZYA 1FEJC 2BKSA 5P5FA 4Y3QA 4B1CA 5P37A 3I25A 3D91A 3F9QA 3EXOA 5OZIA 1GNNA 4OBJA 4CPSA 5KOSA 2J9JB 5I3WA 3OY4A 1T7KA 5SZ9A 5P0DA 1EPOE 3EKWA 4Y4WA 5P5CA 1BV9A 2G24A 3OUCA 5AHAA 4Y3YA 5P25A 3QS1A 5P48A 1QBUA 3U6AA 5P31A 5P5JA 2QMGA 2BPXA 2BPYA 2VNMA 5OZTA 4YCKA 3GGUA 5OZMA 4U7QA 3LHGA 5P1TA 4Y3LA 3CIBA 3NSHA 3OK9A 5P5TA 1AJXA 1FF0C 3EM4A 5P6NA 4JPEA 1BAIA 2Z4OA 3OAGB 3TKGA 4ZLSA 5OZLA 4YD5A 5OZYA 1J71A 1HIHA 3M9FA 3O99A 2ASIA 2P3CA 1SGZA 1Z1RA 3VFAA 4YD4A 5P3QA 2ZE1A 3D1ZA 1TZSA 3OAGA 4AA8A 3G70A 2PSVA 4FRSA 4HA5A 4DQEA 4R93A 5OZQA 1ZAPA 2IL2A 1ODWA 5P13A 2HAHA 2RSPA 5P8BA 4FIVA 3SKFA 5P2RA 5P1ZA 5P5HA 1HPVA 5P8OA 2AZCA 4LC7A 1A8KA 5EZZA 2NTRA 1TCXA 1ODXA 1MESA 1HVKA 4DQFA 1MEUA 5AHCA 1K1TA 1WBKA 4MC1A 4LBTA 1W6IA 2CEJA 1MTRA 2WEZA 5P7DA 3T7PA 3PBZA 3LIZA 2Z54A 3QPJA 5P57A 5P55A 5DR0A 4EQ0A 1FKNA 4Q5MA 3I6OA 2QD6A 3PCWA 5P11A 4FL8A 2ZGAA 3IXJA 1MTBA 5KQYA 2QMPA 3BC4A 4NPTA 2QI7A 5P3AA 1EC2A 2WF0A 1ZTZA 2IQGA 4DQHA 3FV3A 3NXEA 4Y54A 3SA6A 5P3ZA 3NLSA 4GJCA 3EBZA 2P83A 5P4PA 1EBYA 3HBOA 3NU9A 2IKUA 5SY3A 3IN4A 4YOBA 5P7CA 1GNMA 3G72A 5P7VA 5P4HA 1AJVA 2HS2A 5OZUA 1B5FB 3PI5A 5P0IA 5P2XA 4A6CA 4BELA 5P1NA 4YOAA 1LS5A 4GJ5A 3UQRA 3TPLA 2FMBA 4Y3PA 4HEGA 5P8JA 1A30A 4FM8A 5P7ZA 5OZ9A 1ZBGA 1B5FA 1IZIA 4PEPA 5OYTA 5P43A 5P6JA 3APPA 4HVPA 2I4VA 5P3XA 5P4RA 3VF3A 1E5OE 1BDQA 1PSNA 4ZSMA 5P4XA 1Q9PA 3HZCA 4B00A 3KFNA 3INFA 7HVPA 3K5GA 3PWWA 2Q3KA 5P5ZA 5P8LA 3L58A 4K4PA 2ZHSA 3GGXA 3R1GB 4HLAA 4Y50A 5P51A 1D4YA 2PQZA 3OTYA 5P6GA 5P1YA 5KR0A 2VIJA 3QI1A 3DV5A 2OHRA 5JG1A 3PLLA 2UXZA 2XYEA 5OYYA 3KN0A 4FS4A 3UQUA 2WKZA 1OHRA 2I4UA 3S53A 3NXNA 3OU1B 3KYRA 3QVCA 1LYWB 3TPRA 3SAAA 5P3YA 4I0GA 3ST5A 4YD3A 5P1JA 4UPJA 5P0PA 1AZ5A 5P33A 4YBIA 4A6BA 4J0YA 3SFCA 4DH6A 3OU1A 5OZFA 3IXOA 4GMIA 3NDWA 5P7OA 1LYWA 3PVKA 3BVBA 4R8YA 4XXSA 5OZ6A 5P87A 3SM2A 2QI6A 5P89A 2OHPA 3K5DA 3B7VA 3D1XA 4K8SA 1FQ7A 3UF3A 1MUIA 3K5FA 2JJJA 3NR6A 1BVGA 3NU6A 5P8HA 4ACXA 4B78A 3KMYA 1NSOA 5P29A 4PZWA 4Z4XA 4H3JA 3QIHA 3UHLA 5P6QA 3T6IA 2OHKA 4RCEA 4Y5MA 2HB2A 5P8MA 5P6BA 3GGVA 5COPA 3TKWA 3UDMA 5P6CA 2B60A 1IDBA 3PBDA 5P5IA 3BXSA 3DCRA 5OYUA 4NJSA 4OBGA 5P69A 3OTSA 2OHMA 4DFGA 4Y53A 1A94A 1W51A 4OC6A 5P32A 2QAKA 1WKRA 2FLEA 2AVMA 3RTHA 5P6IA 5OZKA 2ZJNA 3RVIA 3SKGA 4R91A 4RZ1A 1HBVA 1HVSA 4QGIA 4APEA 2XFJA 2ZDZA 4JECA 4YDFA 2QI1A 3UTLA 1KJFA 1AM5A 4YD6A 5P71A 3Q3TA 2J9KA 2VJ7A 5C9BA 4L6BA 1BDLA 1AIDA 4B70A 1K6TA 1YTGA 2UPJA 1ENTE 4Y5EA 4FRKA 2G1SA 3SA5A 1MSNA 2HIZA 1PPKE 2ER0E 5SXNA 3H0BA 1MT8A 5HU1A 1D4IA 4TRZA 2FXDA 4QJ2A 4DJVA 5P84A 3O9EA 5P65A 6FIVA 3HW1A 3PRSA 1RV7A 1PSOE 4DJQA 4FSEA 4J0ZA 5TOLA 3OQDA 4B0QA 4Y57A 4Y3XA 5P3WA 1HRNA 4Q1NA 3DM6A 1EPQE 1DMPA 1ODYA 3TH9A 2G1OA 5KQXA 5P7WA 4BFBA 5P0WA 3TPJA 3SLZA 1MT7A 5P2MA 5APRE 1T7JA 1BDRA 5P06A 4D89A 2PSGA 5P0AA 1XL5A 5P7UA 2V00A 5IVSA 2G22A 5P12A 1EPME 1LYBB 3KT2A 3I7EA 1MIQA 5P8VA 3NUOA 3LINA 3CKPA 5CLMA 2RKFA 5P7MA 5OZJA 2PWCA 2QZXA 1YG9A 4RVJA 1XN2A 4B1DA 5F00A 1C6XA 5P30A 4GIDA 1LYBA 3HVPA 1QBSA 2G1NA 2R8NA 2VJ9A 3PCZA 3RSXA 2WEDA 5P08A 1UH7A 1AXAA 3TOGA 5P8IA 5P0MA 4I8WA 3ZPTA 5P5YA 1IIQA 2I0DA 5OZHA 2FGVA 1AVFA 2IRZA 2QI0A 5P46A 5P4SA 1YTJA 4J1HA 3FKTA 5P6XA 3OUDA 3D20A 5DR4A 2HPEA 5P5QA 3INDA 1W5YA 2OHNA 5J25A 2B7ZA 1CMSA 5P2AA 2ZJMA 1K6PA 1OEXA 4QJ8A 1HOSA 4LP9A 2QHZA 5P3IA 4FE6A 6UPJA 1C6ZA 3NU3A 3OU4B 4PPHA 5AHBA 3IN3A 5OYVA 5P79A 2VIEA 3O9DA 5P4BA 3ZKXA 3VV8A 1EAGA 4DQBA 1AAQA 2ZHVA 4RYCA 3OWNA 3UDYA 1BWBA 3ECGA 3NWXA 3BGBA 2AVSA 6APRE 5P3KA 3OU4A 4Y3NA 2Q63A 3LPJA 5P2DA 1YTHA 5P18A 4J1FA 2O40A 3OXWA 1G35A 1N49A 4YA8A 2BKTA 3I8WA 3PB5A 3S7MA 1VIJA 2QNQA 2V13A 4A4QA 5P00A 5P83A 4HE9A 1W5VA 2OHSA 1EC3A 5ER1E 3MWSA 5P2UA 3SA3A 5OZ4A 5KQZA 3ZL7A 4Y35A 3R0WA 3ER3E 3OQ7A 5KQFA 1HVIA 4TVHA 2FDEA 2QP8A 5BS4A 1MT9A 2G27A 2PYNA 5I70A 4CMSA 2JJIA 4Y38A 3K1WA 4RRNA 3BHEA 3R4BA 2V16C 1TSQA 5P36A 3KDDA 5HDXA 3KF0A 3EL0A 3L3AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QK5 A;  3OXV A;  5DQC A;  4J1I A;  3PGI A;  2XFI A;  4Y3H A;  4K4R A;  4LAP A;  4ZPE A;  5P73 A;  3FNU A;  2XFK A;  2P8H A;  5P7X A;  5P1I A;  3KM4 A;  1HTR B;  4JP9 A;  5OZW A;  1Z1H A;  4J0T A;  5P1F A;  5C9F A;  5KR2 A;  5P3R A;  1HHP A;  3GI0 A;  5P1B A;  5HVP A;  3OAD B;  5P3B A;  5HE7 A;  1APT E;  5P5D A;  1D4J A;  3WZ8 A;  4J1E A;  1EBZ A;  4D8C A;  2VKM A;  3BGC A;  2FDP A;  3LZV A;  5BRY A;  2R9B A;  4RVI A;  3S54 A;  1NPA A;  3AUP A;  2PWR A;  4XX4 A;  3OAD A;  5P6D A;  5P7N A;  1GVT A;  5COK A;  2R5P A;  5P2B A;  4RYG A;  2Q11 A;  4GZF A;  5P0L A;  4Y5N A;  5P86 A;  4KE0 A;  2O4P A;  2QMF A;  5P7L A;  1T7I A;  3TNE A;  1UPJ A;  5P3O A;  4RGH A;  2OHL A;  4OD9 B;  5P7I A;  5P66 A;  2QHY A;  5P77 A;  3QVI A;  3L5D A;  2R3W A;  2ER6 E;  3ZMG A;  1APW E;  4RCD A;  4OD9 A;  3IGB A;  4FAE A;  2AOI A;  5I3Y A;  4Y51 A;  5PEP A;  4DVF A;  5P6A A;  4Y4E A;  1XE5 A;  4GB2 A;  1FMB A;  4J0P A;  5P4N A;  1MET A;  5DQ2 A;  5P7P A;  1KJ7 A;  4CKU A;  5P41 A;  3VSX A;  1RPI A;  3FIV A;  1KJH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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