5P4YA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 223
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4yA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4yA01
4Y4XA 4EJKA 4EJDA 3EL1A 3LZUA 2QMDA 2XYEA 2QMGA 5PEPA 3H5BA 1EPNE 3KT2A 4PPHA 3QBFA 5P76A 1KJ7A 2WEZA 7HVPA 4Y3WA 3BXRA 2VA7A 4FM7A 2AVMA 5P8LA 2B60A 2G1OA 5P43A 3OGPA 4OBKA 2IL2A 4X7IA 4PZWA 1HVJA 3BUFA 4ER1E 1HTGA 3UDJA 2AOCA 3M9FA 5OZNA 4CPWA 4NKKA 4I11A 4J0PA 5P2SA 4DH6A 2RKFA 4J0YA 4QJ6A 4LP9A 5P04A 1D4LA 2NMYA 4J0VA 3OOTA 5P40A 5P2WA 3IXJA 4Y3RA 4LBTA 5OZIA 4KE0A 5P6EA 1FMXA 4NJUA 3S56A 4NPUA 4NJSA 3KT5A 4Y5GA 5OZ4A 5P6NA 5P8KA 1RL8A 4Y3AA 4EXHA 5P78A 1ODYA 4KE1A 2RSPA 5TOLA 4I0HA 3RTMA 2VA6A 4ZPEA 5P1OA 2NXMA 4AMTA 4OBHA 5P0MA 3APRE 1FKNA 4B78A 2FDDA 4L7JA 3KFPA 2JE4A 2PK5A 1ZJ7A 2HB4A 2Q54A 4DQGA 1M43A 2HC0A 5DQ5A 4ZSRA 4OBZA 5P1BA 4B05A 2WHHA 1HSIA 5BRYA 2VA5A 2R38A 3ZL7A 3KA2A 1B11A 1T3RA 5OZOA 5CONA 5J25A 5P2AA 2AOHA 2O4SA 2V11C 4RRSA 4B70A 4B1EA 3VLBA 5P6FA 2P3AA 3MXEA 3SA8A 3AUPA 4Y4GA 1IDBA 3HD8A 4Y47A 1B6MA 1PSNA 5P0WA 1PSAA 5P7DA 1YTJA 3FKTA 3KFNA 5P2OA 1J71A 1B6KA 2ER9E 3UTLA 4HDFA 5OYWA 2WEDA 3SA7A 3SQFA 4GJ7A 3CKTA 4CPTA 4M8XA 5P2NA 3EKVA 4Y4AA 2IS0A 3EKQA 4FSLA 2G1SA 4JOOA 4COEA 4FS4A 4FM8A 3BHEA 3VFBA 4RCDA 2AZ9A 2G1YA 2R8NA 3LITA 4QJAA 2AODA 5P14A 3K5FA 5P2VA 1SMRA 1XDHA 4PEPA 3F9QA 5OZQA 5P58A 4D83A 5P38A 2PK6A 2R43A 1FF0C 1C6XA 5P6AA 1IZHA 5P6OA 5P3ZA 5OYXA 5P69A 3ZPSA 4D8CA 1K6PA 1GNNA 4FM6A 4ZSQA 5P3OA 2R5PA 4LXAA 2QHCA 5KQFA 1MRXA 1OEWA 2O40A 4DJRA 4XX3A 1BBSA 1FMBA 3DK1A 1EC2A 2QZXA 3NU4A 4Y5AA 5P1GA 3O9DA 1LYAA 2XYFA 1ZTZA 4K4PA 4EPJA 2CEMA 3T7XA 1B5FA 1RNEA 2AOFA 1BV7A 5P6KA 5OZ8A 4OC6B 4I0GA 1AM5A 4ZSMA 2ZGAA 5P77A 4RLDA 3WZ7A 5P6XA 4F73A 1DIFA 4HE9A 4L6BA 1AAQA 4YDGA 1YX9A 3HAUA 3QRMA 2FMBA 4QJ9A 5IS4A 5P2QA 4CP7A 1HPXA 2IGYA 4I0ZA 4ACUA 4Y56A 3FNSA 4Y48A 3S2OA 5P3HA 3JW2A 4EXGA 1K1UA 5OZRA 5P8JA 3T7PA 3IA9A 1HPOA 3GI4A 2B42A 4I10A 3UDHA 5I3YA 3KN0A 5EZXA 4FSEA 2I0AA 5OZLA 1DW6C 3URIA 3OAGB 5OZFA 5P7HA 5P2CA 5P36A 2VIZA 4D89A 4A4QA 3NLSA 4KB9A 5P63A 2WF4A 3ER3E 4RRNA 1QBUA 3NDUA 5P6VA 3MSJA 2AVQA 3UDKA 4R95A 2WF2A 3QRSA 1K2BA 4Y3DA 4XXSA 5P29A 3QVIA 3MWSA 1E82E 4M8YA 4Y3PA 5OZYA 5P3UA 3PWMA 3QAAA 4QLHA 5P42A 3UQXA 4QGIA 5P4BA 2OHTA 1EPRE 1DMPA 3PLDA 1HXBA 1FFIC 2G22A 3K4VA 3UCBA 3K5CA 2ZDZA 2QNNA 4B0QA 5P5EA 3HW1A 5P5UA 5P2ZA 5P67A 3K5DA 4H3JA 5P6BA 4GJDA 5P02A 5AHAA 4AA8A 3PSYA 3T3CA 3D3TA 3PRSA 3APPA 1HRNA 3ZOVA 4Z4XA 1EPQE 3KF0A 5P62A 3EKTA 5P5RA 2ER0E 1Q9PA 4YE3A 3OU3A 1SDVA 4LXMA 2Q64A 3L5DA 2QMFA 1MRWA 1MIQA 1A30A 2NR6A 2NXLA 1IIQA 3DUYA 3OQDA 2VKMA 2IQGA 5I70A 4GJ9A 5UPJA 5OZVA 3S43A 5P1NA 1WBKA 5OZJA 5P6UA 1BIMA 5P5YA 2J9KA 3MXDA 5P3GA 1T7JA 1FGCC 5HD0A 4A6CA 3LIZA 5P13A 1MESA 3O9CA 5P3FA 4Y38A 3QN8A 3INEA 5OZUA 3D1ZA 2O4LA 3DOXA 2PSVA 4OBGA 1N49A 5P66A 1XE5A 2BJUA 5P7RA 2H6SA 2ZJIA 4KUPA 1HVSA 1EPME 5P4UA 3ZLQA 1CMSA 1UH8A 3CYWA 3VUCA 1EBKC 1SIVA 5P1LA 2IENA 4I8ZA 5P7YA 3FNUA 2FDPA 2CENA 1ZBGA 2JXRA 5DR0A 3OHHA 2QI1A 5C9FA 2F3EA 3NXEA 3R1GB 3RTHA 3LIXA 4YDFA 3PHVA 3OWNA 5P89A 5OZ9A 5P0ZA 1HWRA 3LZVA 5P7JA 3L5CA 4B1CA 5AH7A 5P73A 1IZDA 3TOGA 5IE1A 2RKGA 3C9XA 5P07A 5P60A 5P44A 5DR8A 3O99A 4F76A 4RVIA 5HE7A 4Y3XA 5P1QA 5ENMA 5P3BA 2BPYA 3QROA 3TPJA 5HE5A 4GZFA 3L59A 4Y4UA 4I0IA 4K4RA 4YCKA 4CPRA 3SKGA 5P2UA 2UPJA 2G1RA 3O9EA 2ZHUA 3FIVA 3LPIA 5OYVA 1ODXA 4I0JA 3BC4A 1HTRB 4Y4BA 4YCYA 3O9GA 2QI6A 3O9AA 5P37A 2VJ6A 3HAWA 2OHRA 1C6ZA 5OYTA 4FAFA 2OAHA 4Y3ZA 4Y58A 1PPKE 5P00A 1FMUA 6FIVA 5P5TA 5SXNA 3BGCA 3WSJA 1LYAB 5KOQA 5P5XA 3OXWA 1KZKA 2I4QA 5P70A 5P1KA 1B5FB 3TPPA 5AH8A 5KOSA 3RVIA 1FQ7A 5P09A 5OZ2A 5P64A 1QS8A 1A9MA 2QZKA 1KJFA 4I1CA 3BVAA 3INHA 5P5PA 4Q1XA 4D85A 2VIJA 4YD6A 4DPIA 4GMIA 2QI4A 3IN4A 2WJOA 1TZSA 1QBTA 2WECA 5COOA 4J5JA 4R91A 5SY2A 2G1NA 4Y3YA 3EMYA 4F74A 5P8FA 1SDTA 3KYRA 5P6WA 4HDBA 1APVE 1HVRA 3OXXA 2Q11A 5AHCA 1MTRA 4CMSA 3NU3A 4K8SA 5P1EA 5P7BA 5JFPA 3LNKA 1HTFA 1SIPA 3I8WA 1HVLA 3PI0A 1D4KA 4Q5MA 4RCFA 1D4SA 1LYWA 4Y3FA 4ZSPA 2Q3KA 4Y53A 1UH7A 2J9JA 5KQXA 1ER8E 2Q5KA 3URJA 4DJPA 1SP5A 5P65A 3VV6A 5HVPA 2UXZA 5P81A 1XN3A 5P84A 1T7IA 4R5NA 2O4KA 2SAMA 1SDUA 1TCXA 1NPAA 3EM6A 3ZMGA 4K9HA 3EKWA 5P8HA 2EWYA 2HB2A 1T6GA 4Y3GA 3Q70A 5JG1A 1K2CA 1Z1HA 5P5FA 3L5FA 3LZYA 2HPEA 3OU4A 3SAAA 4CPQA 2F80A 2PSGA 3HVGA 4J17A 5P2RA 4Y39A 5P23A 5P0IA 3KDBA 1RPIA 2Q63A 4GYEA 4YBIA 3I6OA 5P5QA 5P2DA 4DI2A 5P0CA 1LYBA 5P17A 3BUGA 3EKXA 5JFUA 3PSUA 4DVFA 3QP0A 5P2HA 1PPLE 5P8PA 3NWQA 1BDLA 1HVIA 4DPFA 5P8DA 5P4PA 3PEPA 1SH9A 5ISKA 1MVPA 5OZXA 1IDAA 2Q55A 3WZ6A 5P5CA 3S8IA 3ST5A 3R0YA 5P3RA 3GGXA 5P4ZA 5P8NA 1B6JA 3D1XA 4DQFA 1FFFC 1W5XA 3NR6A 4TRYA 2AVVA 1YTGA 4RCEA 1MPPA 2RMPA 5P8BA 4DJQA 5IVSA 4L7GA 4ZPFA 4FRSA 5P4WA 5P7PA 5DQCA 3TLHA 5P55A 3OQKA 1AZ5A 3IVIA 3RSVA 5P3EA 1AJVA 4FRIA 5OZAA 4Y4DA 1D4YA 4Y3LA 1BDQA 5P4QA 2PYMA 3IAWA 3VF5A 5P7ZA 1PSOE 4A6BA 3HLOA 2R3WA 3URLA 3S43B 1A8KA 5P2XA 5SY3A 2ZHTA 1HIHA 3VFAA 1HEFE 3OADA 3EL0A 5P8IA 2JJIA 5P3CA 1ZP8A 3D91A 4YD7A 2V12C 1LS5A 4LHHA 3PCZA 4Y43A 1JLDA 4EJLA 5P16A 2JJJA 5P25A 1RV7A 4WY1A 5P7AA 2I4DA 5P5WA 2QI5A 1GKTA 3DM6A 4Y5MA 3PWWA 5DR7A 5P6DA 4XX4A 2QK5A 4H3IA 3PB5A 4HLAA 3VYDA 5HU0A 1EC1A 1HVCA 1NPWA 1W50A 3SABA 3EXOA 5P1JA 4OBDA 4PZXA 4GJCA 1BV9A 2ZYEA 3QRVA 5OYZA 3TKWA 5IVTA 3R2FA 3OXCA 3UFLA 2VJ9A 4Y5BA 3LIYA 5P87A 1MEUA 4WTUA 1HSHA 3UDPA 3T7QA 1EPPE 5P15A 2FXDA 4K4QA 2Q15A 1HVKA 1GVXA 5OYYA 3D20A 5P6TA 5BS4A 3O9HA 2FLEA 5OZ7A 1BWBA 1FLHA 2ZJKA 5OZ1A 5P7EA 3PBDA 1EAGA 5P8VA 3BUHA 2F3FA 3PGIA 3OU1A 5KR8A 5P85A 1FQ4A 2FNSA 2OHPA 1QBRA 3K4VC 4FRKA 3H0BA 3LPJA 3PMYA 5IVQA 3ZKIA 2VNMA 4RVXA 3OHFA 4EQJA 3SA9A 3O9FA 5P7CA 5P0NA 4RGHA 3SKFA 2G69A 5P12A 5P83A 9HVPA 4LXKA 1QDMA 4Y44A 4FAEA 1K6TA 1XE6A 2QI7A 2OHQA 3IGBA 1EBYA 3DV5A 4DJVA 5P2EA 3VF7A 2FNTA 2IKOA 3Q3TA 5P6YA 3OUBA 3SLZA 5P6HA 4YD4A 5HE4A 5I3VA 1G0VA 2O4PA 5OZBA 3FV3A 5P19A 5P49A 5P79A 3SM2A 4JECA 5COKA 5P4MA 2R3TA 5P1AA 3O9LA 3Q6YA 4CPXA 5P7QA 4YOAA 3U6AA 4DJYA 4Y57A 2QNQA 5P6IA 3WZ8A 2QZWA 1Z1RA 5OYUA 4H3GA 5P2GA 5OZHA 4I0EA 4ZPGA 2ZJMA 4YD5A 3UQWA 1U8GA 1LYWB 1GVTA 5P1ZA 4AZYA 5P06A 2J9JB 2B7ZA 2V10C 1C70A 5P0OA 5C9DA 5P8CA 4GJ6A 2AZ8A 4HDPA 3CIBA 2ZE1A 5ISJA 4OBJA 3DCRA 4DUSA 3ZKGA 2HPFA 2OF0A 4L1AA 4Y3JA 2I4XA 3CYXA 5P1YA 1HPSA 2R9BA 3KM4A 2AOIA 3QBHA 1YG9A 5P4CA 1TSUA 4EP3A 2BPXA 3OU4B 5P1UA 2BPZA 3UQUA 3GGAA 1ODWA 2NTRA 4H3FA 2ZJLA 1GNMA 4EP2A 1DPJA 3TKGA 3SA4A 1LYBB 2A4FA 1G35A 1MSMA 5P0HA 1FQ8A 2B7FA 5P7UA 5SZ9A 4Y5EA 4BEKA 4CPUA 2PQZA 3TL9A 5I3WA 4PHVA 3Q4BA 3UDQA 3TPLA 5DQ2A 4DJXA 5P3VA 4FCOA 3UF3A 4D88A 5P8RA 2IKUA 4HVPA 2AOGA 1B6PA 2HAHA 5P61A 2G27A 1GVUA 3PI5A 1HTEA 5P1IA 1APWE 2B8LA 3KFRA 3TNEA 5P08A 4J1HA 5P0RA 5P0QA 5P8MA 5P50A 3T6IA 5OZCA 1FQ6A 1LEEA 2FDEA 5P0DA 5P5HA 5P7FA 1APTE 1XL5A 2O4NA 2QNPA 4CKUA 3UHLA 3SFCA 5P2FA 5P5JA 4Y3EA 2VIYA 1OEXA 4IVSA 4QJ8A 2MIPA 3CIDA 5OZEA 3QPJA 4CPSA 4Y5PA 2APRA 3GI5A 5P0EA 4FIVA 5APRE 3OADB 3T11A 5OZ0A 3N3IA 5P4TA 5P3WA 5KR2A 3L5BA 3O9BA 4OD9A 4FGXA 3A2OA 5P3TA 5OZSA 4BFDA 5OYRA 4GJBA 1FQ5A 3CKRA 1EC0A 1FG6C 5DGUA 5OZGA 5P3KA 4DJUA 4EYRA 3LHGA 2G26A 4Y45A 4UPJA 1D4JA 1XL2A 3PCWA 5P3NA 5P8GA 3NU9A 3G72A 4GJ5A 3SA5A 2PWRA 5HDXA 3L58A 4FE6A 3KMXA 3TH9A 2AZBA 5P4KA 5P7MA 3WB5A 4Q1YA 4DQCA 1CPIA 3QI1A 5F01A 1BAIA 3OUDA 4I8WA 5P39A 5P3PA 5P6JA 1G2KA 3OQFA 2ZHRA 3CKPA 3OOZA 1D4HA 2QCIA 4R93A 5P33A 2ZJNA 5DR3A 1IVPA 5P2BA 5P0UA 1ZAPA 5P7IA 3EL5A 5P54A 1T6EX 5P6CA 1FIVA 3ZKSA 2NXDA 1WKRA 3I2LA 5P3XA 3VSWA 1HIVA 3VYFA 2G24A 2G21A 3GGUA 5HDUA 1HOSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y4X A;  4EJK A;  4EJD A;  3EL1 A;  3LZU A;  2QMD A;  2XYE A;  2QMG A;  5PEP A;  3H5B A;  1EPN E;  3KT2 A;  4PPH A;  3QBF A;  5P76 A;  1KJ7 A;  2WEZ A;  7HVP A;  4Y3W A;  3BXR A;  2VA7 A;  4FM7 A;  2AVM A;  5P8L A;  2B60 A;  2G1O A;  5P43 A;  3OGP A;  4OBK A;  2IL2 A;  4X7I A;  4PZW A;  1HVJ A;  3BUF A;  4ER1 E;  1HTG A;  3UDJ A;  2AOC A;  3M9F A;  5OZN A;  4CPW A;  4NKK A;  4I11 A;  4J0P A;  5P2S A;  4DH6 A;  2RKF A;  4J0Y A;  4QJ6 A;  4LP9 A;  5P04 A;  1D4L A;  2NMY A;  4J0V A;  3OOT A;  5P40 A;  5P2W A;  3IXJ A;  4Y3R A;  4LBT A;  5OZI A;  4KE0 A;  5P6E A;  1FMX A;  4NJU A;  3S56 A;  4NPU A;  4NJS A;  3KT5 A;  4Y5G A;  5OZ4 A;  5P6N A;  5P8K A;  1RL8 A;  4Y3A A;  4EXH A;  5P78 A;  1ODY A;  4KE1 A;  2RSP A;  5TOL A;  4I0H A;  3RTM A;  2VA6 A;  4ZPE A;  5P1O A;  2NXM A;  4AMT A;  4OBH A;  5P0M A;  3APR E;  1FKN A;  4B78 A;  2FDD A;  4L7J A;  3KFP A;  2JE4 A;  2PK5 A;  1ZJ7 A;  2HB4 A;  2Q54 A;  4DQG A;  1M43 A;  2HC0 A;  5DQ5 A;  4ZSR A;  4OBZ A;  5P1B A;  4B05 A;  2WHH A;  1HSI A;  5BRY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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