5P50A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 225
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p50A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p50A01
1XE6A 5P1WA 4OBHA 2V00A 5P0JA 5P2BA 3K4VA 5OZPA 3NU5A 3KDDA 1BWBA 2ZJKA 2QNPA 3LIYA 5E5KA 2G1YA 5ER1E 5OZ8A 3OUBA 3BUHA 1DMPA 3L38A 5P19A 5P5BA 3OTSA 4NJVA 3SKFA 5SZ9A 3S7MA 3PWRA 3K1WA 5C9BA 2UPJA 5OZRA 1ODYA 2O4LA 2OHQA 3EKTA 3KM4A 3FNTA 5P4UA 5AH7A 4ZSPA 3S2OA 3L58A 5HDVA 2QZWA 3HW1A 1LEEA 4DJRA 4Z2ZA 3LNKA 5P2RA 8HVPA 1XL2A 5P38A 5P3VA 3UDJA 4GYEA 2ZHSA 2ZJMA 4AUCA 2Q11A 1AZ5A 2QI1A 5OZBA 4Y58A 3SO9A 5P8HA 2AOGA 4TRWA 1T6GA 4LL3A 2AVQA 3FNSA 1MRWA 4EYRA 5P69A 5P0LA 3JW2A 4EWOA 2BQVA 1HSIA 5P47A 5P03A 5HE7A 4CPQA 2QI0A 5I3WA 3HLOA 5DQ5A 4YDGA 2G20A 2IGYA 3QROA 1K6PA 2F81A 1W50A 5P5DA 5P6AA 1B11A 4RRSA 3TPLA 2NMYA 4NJSA 2B8VA 2I4XA 3LIVA 1MT7A 5P8AA 4DQHA 2BKTA 3BXSA 5P65A 1M0BA 5KQFA 2I0AA 2FNSA 5P5ZA 1ME6A 1YTHA 4XXSA 3OY4A 4RLDA 1J71A 5P40A 2PSGA 3QBHA 5P7TA 5P85A 2V13A 5P0OA 3SM2A 5P8PA 4WY1A 5P4CA 2AVVA 4ZPFA 4Y47A 5P8RA 1MSMA 1HEGE 5P01A 1A8GA 3IXJA 2ZE1A 1FIVA 3KFRA 5HDZA 3VEUA 4GJDA 5OZZA 5P4TA 5P1AA 4I0DA 5P0QA 4R5NA 4DUSA 3FX5A 5P4MA 5OZWA 2F8GA 3O9IA 4J0VA 5OZ3A 5P4FA 5P0DA 5P2GA 1C6XA 2ER7E 1HVKA 4FL8A 5P20A 3FSMA 4FSEA 3C9XA 5P43A 2QMPA 3VUCA 2QMGA 1OEXA 5DGUA 3OOZA 4YD5A 1FMXA 2G69A 3L5CA 5P12A 3D1ZA 1XN3A 3LZUA 3SA8A 2UY0A 2R3WA 2FDPA 5P7NA 2HB3A 2QZXA 4QJAA 5P8QA 4R93A 5P25A 1W5YA 1EPOE 1GNOA 1HSGA 3ZPSA 4FGXA 3TOFA 2UXZA 5HDXA 1TSQA 2OHLA 3QVCA 4MC2A 2ZJIA 2IS0A 5P2ZA 4YA8A 2EWYA 1XE5A 3NSHA 5EZXA 3BHEA 5P63A 2BPZA 3GI5A 3MXDA 3N4LA 4QJ6A 3VYFA 4GMIA 5P0EA 3OK9A 4BFBA 1AIDA 4D83A 3OAGA 2PH6A 5P5RA 4ER1E 1HVCA 2F80A 3BRAA 3O9EA 5P2EA 1MTRA 3CKTA 4Y35A 5P35A 3K5FA 1HTGA 3OHHA 3O9FA 2QI4A 3K5CA 4DJOA 4D88A 3INHA 4B0QA 3NU6A 5P0GA 2ZHVA 2FIVA 3APPA 2WEDA 5P6LA 1HIHA 3ZMGA 4FRJA 4GIDA 4Y48A 2ER9E 4Y5BA 3PBDA 3NLSA 5P6BA 4EP2A 4Y3RA 4RYGA 5OYYA 3RTMA 5P30A 1FLHA 3TKGA 3EL1A 4CKUA 4EJ8A 3T6IA 5IS4A 5CLMA 4RVIA 1ODWA 1HBVA 2QNNA 2J9JA 5KR8A 2PSUA 2B7FA 5P2UA 4YE3A 4F74A 2QMDA 4Y3NA 2PYNA 4HA5A 3Q6YA 1GNMA 1ER8E 2IEOA 5P87A 5P4ZA 1CPIA 2FGVA 1G0VA 5P3HA 2IKOA 1PSNA 6UPJA 5KR2A 5P7WA 4LBTA 5P1PA 5P07A 5P80A 2Z54A 1E81E 1T7IA 1SDUA 5KR0A 4Y3WA 4Q1NA 5P7MA 2G24A 1KJ4A 5P1MA 5P5HA 5P0MA 5P3IA 4DPIA 3QI1A 5P7FA 1BWAA 5P3EA 5P7BA 4QGIA 4Q1XA 1B6JA 1RL8A 5OYRA 4CPUA 5OZKA 3VV7A 5P1ZA 1PPKE 3BUGA 1FQ8A 4Z22A 2VJ6A 5P7AA 5P3ZA 1ZAPA 4Y4XA 4AZYA 2XFIA 2WEBA 4Z4XA 4R92A 2B8LA 3OU1A 4YD7A 2PMAA 3ZKSA 2ZJJA 3MSJA 5P4LA 2G1OA 3TPJA 3NR6A 3FNUA 5P6ZA 1B6KA 3TPRA 2FXDA 2HS1A 5P39A 5P64A 5P49A 2ZJLA 3T3CA 4NPUA 5P15A 4RRNA 1BVEA 3SQFA 3DOXA 1LYBA 5P1IA 3DV5A 1D4LA 5P5UA 5OZFA 3ZPTA 2P3CA 4Y3LA 4Y3JA 2J9JB 5P2JA 5DR3A 5P1VA 1IZHA 2MIPA 4K4PA 2A4FA 3ER5E 3UCBA 5T4SA 3SKGA 4Q1WA 5P1LA 3VFAA 5OZJA 1SBGA 4EPJA 5P53A 2XYFA 3R2FA 2P3AA 5P71A 2WF1A 4RGHA 3G6ZA 2V0ZC 3SA6A 4MC9A 1MRXA 4JPEA 5P0BA 3MSKA 5ER2E 5P2SA 3KFPA 2AOFA 4GJ6A 1PPME 1K6TA 3MWSA 4J1IA 5E5JA 2WF4A 5C9FA 2RENA 5P1JA 5KR1A 5P7UA 1FMBA 4ZE6A 5P5SA 5P3CA 5P6VA 1BIMA 1K6VA 1TQFA 3DCRA 2QI7A 2P4JA 1C6YA 4Y43A 2G26A 5P70A 1FGCC 5P3GA 4OBJA 1MT9A 3EM4A 5P82A 2OHUA 4TRYA 3I6OA 2BJUA 3PSUA 5OYVA 1HVRA 4OBDA 4U8WA 4EJDA 5P8UA 1K2CA 5P0RA 4Y57A 1D4KA 4Y3ZA 1FB7A 5P18A 4J0ZA 2PH8A 1SGUA 3BVBA 5P22A 3ZLQA 2AVOA 1BXQA 1XL5A 4B1EA 2PQZA 1QRPE 5P4QA 5OZ9A 5OZ0A 3VV8A 2AOJA 5DQ1A 1LYBB 5P66A 2BBBA 1NH0A 5P42A 3UF3A 5OYSA 3AIDA 2FXEA 5OYWA 5P34A 5OZXA 5P4WA 3UDQA 2PWRA 3WSJA 5P6MA 1MVPA 5P5YA 2Q63A 2QNQA 4YCKA 5P5NA 2P8HA 1JLDA 2I0DA 5P54A 1KZKA 4LXAA 1MT8A 4DFGA 4ER4E 5OZ5A 3HAUA 3T11A 1QS8A 1FKNA 5P3BA 4DQFA 3D3TA 5P1TA 2R43A 5P7CA 1LYAA 1B6LA 5OZ7A 2WEAA 5IVQA 1MESA 3KFSA 3K4VC 2BB9A 5IE1A 1ZJ7A 3RTNA 3OU4A 5P4YA 3UDPA 1C70A 2V16C 4FCOA 3QRVA 3ZKGA 4HVPA 2OHMA 2ZDZA 2QD7A 3VSXA 5P88A 3DM6A 2QI3A 1KJFA 2H6SA 3OXVA 5P2NA 1SMRA 4Y45A 3NDWA 2AQUA 3QRMA 4PZXA 1E82E 3GI4A 2VA5A 4LXMA 1W51A 5P7PA 3IAWA 3T7PA 3HD8A 3A2OA 5ENMA 4I0ZA 3GI6A 2QMFA 3H5BA 4FIVA 5P02A 2R8NA 4K4RA 2NXMA 2JJIA 2FGUA 2IGXA 4X7IA 2A1EA 4I0JA 4FM8A 1FQXA 4DQEA 2NMZA 1BDQA 1LV1A 3PI5A 5P3FA 4L1AA 4ZEAA 3EL9A 2AOEA 3VF3A 3OQAA 4A4QA 4Y44A 1FF0C 4DQCA 3TLHA 5P2YA 5JFPA 1HPXA 2Q54A 1SIVA 5B18A 3G72A 4Y37A 3HVGA 2PK5A 4J5JA 4Y3HA 2IL2A 1BXOA 3DUYA 3S43A 3T7QA 1HTFA 3SA3A 3SA4A 4K8SA 3KN0A 2HB2A 1TW7A 2Z4OA 5P8DA 4QLHA 3IVHA 5P7RA 5OZAA 5COKA 4I1CA 5OZ6A 2QK5A 1DW6C 4J1FA 5P2OA 3LIXA 5COPA 5P1GA 1PROA 3KA2A 3UDKA 5KQYA 1LYAB 5P4NA 4Y38A 5BRYA 3IN4A 4QJ2A 5P7KA 5P00A 2WEZA 1ZTZA 3OU4B 3PJ6A 4GJ7A 5P32A 1EPRE 5P28A 3UDRA 5P5KA 2ANLA 4L7GA 5P4VA 2XFKA 1SH9A 2J9KA 2AZCA 4I0EA 5P1HA 5P5PA 4N00A 5P1UA 4NJUA 3CKRA 5P1OA 4DJQA 3VF7A 5P2LA 4CPTA 5I3VA 1ENTE 4S1GA 1UH9A 4GJ8A 2AOCA 3PCZA 4NJTA 4Y5NA 3ZKXA 1MPPA 4Y4DA 5P0CA 4B00A 3BXRA 3SA9A 4FE6A 2G27A 5DGWA 2R9BA 3G70A 4FRSA 5P1BA 5P62A 1EC1A 4L1AB 5P5FA 4E43A 3D1XA 5KOSA 5KQZA 4ZPEA 1T7KA 1UH7A 4J1KA 3NU4A 4MC6A 3EKVA 2HS2A 4FRIA 1IDAA 3LZVA 3O9AA 1QBUA 5OZLA 1D4JA 4R95A 5P75A 5AHCA 5OZHA 2BPWA 5P1KA 3NXEA 3S43B 4QJ9A 4YCYA 4DJYA 4XX3A 4Y4WA 5P60A 5P0KA 1HTEA 3OADA 1LF4A 1M4HA 3UQXA 4RCDA 1NPAA 3WB4A 3JVYA 2QU3A 3Q70A 3RVIA 4Y3AA 5HVPA 1QBTA 4PZWA 1FFIC 1HEFE 3UQRA 3KFNA 3L5EA 6FIVA 1YT9A 7HVPA 1D4HA 2G1RA 3K5DA 4QJ8A 2O4KA 1HRNA 3O9BA 1Q9PA 5P6RA 1TZSA 2QHZA 2VIJA 5P5LA 5KQXA 1PPLE 4WY6A 3TPPA 5OZQA 5P0AA 5P84A 5P6IA 1FG8C 1ZP8A 5P31A 2AZ8A 3VLAA 5I70A 4HZTA 3OUDA 5P48A 4OBKA 1HWRA 5P8BA 4Y39A 2V11C 5P3AA 5OZIA 1SIPA 4RCFA 3EMYA 2BPYA 3CIBA 2QHYA 3PMUA 5KOQA 4NPTA 4KB9A 5P1XA 3IA9A 5F01A 5P8EA 3SAAA 2IKUA 5AHBA 1OEWA 5OZGA 4OBFA 5P46A 2VJ9A 1HTRB 3LIQA 5P6YA 3DV1A 3QBFA 4YOAA 1WBMA 7UPJA 3PEPA 5HD0A 4F75A 4J54A 3LHGA 4Y4AA 1F7AA 3RSXA 3KF0A 4AMTA 2I1AA 4R8YA 1TCXA 5P5QA 5ISJA 2AZ9A 3R0YA 5P3OA 5HU1A 5P29A 4FM7A 3NDUA 5P09A 1K1TA 1Z1HA 2I4VA 3OUAA 5P7LA 5P1QA 2AOIA 4Y3MA 3I25A 5HTZA 1FFFC 2AVSA 2PWCA 5P6NA 4TVGA 5P5MA 3CIDA 1PSOE 5P86A 3T7XA 4DJUA 1HPOA 2VS2A 4RYCA 3Q3TA 5P27A 5P3RA 1CMSA 5P8SA 3OADB 5AH8A 3AUPA 3EM6A 1AJXA 1NPVA 5P3QA 9HVPA 2FDDA 4DQBA 1DP5A 5P6KA 3ZPUA 2WL0A 2OHTA 3OQ7A 3LINA 5P56A 2ZGAA 3R1GB 3D1YA 3HBOA 2AZBA 4LP9A 4DH6A 2P83A 4Y3GA 4CPRA 5P1SA 3PWWA 4JP9A 1M43A 2Q64A 1FQ6A 3VG1A 3OUDB 2F3KA 5P7GA 5HCTA 1AM5A 3PLDA 5P4KA 1MUIA 1YTJA 1FEJC 3NWXA 3QVIA 3INFA 2P3DA 5P6UA 1RV7A 5JG1A 5P57A 2B60A 4YDFA 3S7LA 1BAIA 3O9GA 4FM6A 5P16A 3ZKQA 3OAGB 4Y3TA 5P6HA 3LPKA 1BV9A 3BGCA 3OXWA 5P7ZA 5OZVA 3CYWA 1YX9A 3PSYA 3UDNA 4OBZA 3SLZA 4L7JA 4A6BA 5OYXA 1EBKC 3DK1A 5OZSA 2FMBA 4DJXA 3VF5A 3SABA 4LC7A 1CZIE 4JECA 5AH6A 4I8WA 1EC3A 1HIVA 2ZJHA 4APEA 2VJ7A 5P1YA 3BUFA 2NXLA 3B7VA 5OZOA 5P4BA 5P1NA 5P05A 1RNEA 3VSWA 4Y5KA 5SY2A 4EHCA 3ZOVA 1FQ7A 1EBYA 3EKPA 3EKYA 3IN3A 5P3YA 1A94A 3PVKA 4ZSRA 5P2AA 3VFBA 3KYRA 5P3XA 4Y51A 3UDMA 4B05A 1APVE 3L5FA 5P5XA 4B78A 1HPVA 1GNNA 3CICA 5P08A 4H1EA 3ZKMA 2CENA 1PSAA 3DCKA 5P8GA 5AGZA 5P23A 1IVPA 3O9CA 5SY3A 3QP0A 2H6TA 4FRKA 1KJHA 1MTBA 3SA7A 5P6DA 3PMYA 5C9DA 2WECA 5P5AA 4GJBA 5DQ2A 1AAQA 2IENA 2WF2A 2AODA 5OZUA 3O9DA 5P8CA 2ZHRA 1A30A 1EC0A 4XKXA 4OBZB 3GGVA 5HDUA 3NXNA 4ZIPA 3OU1B 2QZLA 3ST5A 4BELA 5P24A 1BILA 5I3XA 4Y5LA 1IZEA 4LXKA 2OHSA 4Y5GA 3HDKA 5P74A 5P8MA 4ZSMA 1IZDA 3OOTA 5P3UA 4MC1A 2OAHA 4GB2A 2ER6E 2PSVA 2Q55A 1T6EX 4Y5EA 2R5QA 3LPJA 1APWE 1YTGA 1T3RA 4Y5PA 5P6QA 4PYVA 4HE9A 5UPJA 4ER2E 3S54A 4J1HA 4DJPA 3PLLA 3HZCA 3QPJA 2BPXA 1PFZA 2R38A 5P8FA 3INEA 4EXGA 5JODA 5P79A 3CMSA 4CMSA 1A9MA 4B1CA 5P0IA 1YTIA 2OHKA 1KJ7A 1DAZC 5IVRA 5P2DA 5HE4A 4DVFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1XE6 A;  5P1W A;  4OBH A;  2V00 A;  5P0J A;  5P2B A;  3K4V A;  5OZP A;  3NU5 A;  3KDD A;  1BWB A;  2ZJK A;  2QNP A;  3LIY A;  5E5K A;  2G1Y A;  5ER1 E;  5OZ8 A;  3OUB A;  3BUH A;  1DMP A;  3L38 A;  5P19 A;  5P5B A;  3OTS A;  4NJV A;  3SKF A;  5SZ9 A;  3S7M A;  3PWR A;  3K1W A;  5C9B A;  2UPJ A;  5OZR A;  1ODY A;  2O4L A;  2OHQ A;  3EKT A;  3KM4 A;  3FNT A;  5P4U A;  5AH7 A;  4ZSP A;  3S2O A;  3L58 A;  5HDV A;  2QZW A;  3HW1 A;  1LEE A;  4DJR A;  4Z2Z A;  3LNK A;  5P2R A;  8HVP A;  1XL2 A;  5P38 A;  5P3V A;  3UDJ A;  4GYE A;  2ZHS A;  2ZJM A;  4AUC A;  2Q11 A;  1AZ5 A;  2QI1 A;  5OZB A;  4Y58 A;  3SO9 A;  5P8H A;  2AOG A;  4TRW A;  1T6G A;  4LL3 A;  2AVQ A;  3FNS A;  1MRW A;  4EYR A;  5P69 A;  5P0L A;  3JW2 A;  4EWO A;  2BQV A;  1HSI A;  5P47 A;  5P03 A;  5HE7 A;  4CPQ A;  2QI0 A;  5I3W A;  3HLO A;  5DQ5 A;  4YDG A;  2G20 A;  2IGY A;  3QRO A;  1K6P A;  2F81 A;  1W50 A;  5P5D A;  5P6A A;  1B11 A;  4RRS A;  3TPL A;  2NMY A;  4NJS A;  2B8V A;  2I4X A;  3LIV A;  1MT7 A;  5P8A A;  4DQH A;  2BKT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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