5P55A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 230
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p55A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p55A01
3GGUA 3NU5A 5ENKA 1RPIA 2JJJA 4D88A 5IS4A 3ZPUA 2F80A 2JE4A 3RTNA 1B11A 2PWRA 1T6GA 2ZHRA 2OHUA 4Y39A 3HLOA 2UXZA 3O9GA 1DP5A 1META 4I11A 3QP0A 2B8VA 2I4UA 4R91A 1Z1HA 3Q5HA 1MTBA 1NPAA 5HDXA 3I8WA 4Y44A 2XFJA 2HS2A 3BUHA 4OC6A 2Q55A 5P1GA 1MSNA 1RL8A 1IZIA 2WF1A 4K9HA 5P3DA 4EJKA 5P23A 5ISKA 3LZVA 4Y5NA 5P4RA 4U7VA 3TH9A 3CIBA 4A4QA 5OYQA 2VJ7A 1W5YA 3HD8A 4Y5BA 3UDYA 5HU0A 4K4PA 1D4IA 2VIZA 3QS1A 4Y4TA 4OD9A 3SA5A 3TOHA 5P3HA 5P6GA 5P84A 3VYEA 3DJKA 5P3NA 1D4YA 5P8RA 1FQ7A 4FCOA 5P22A 1SIPA 3EKPA 3NXEA 5P3KA 1BILA 2BJUA 1GVXA 2ER9E 5P2WA 3VYFA 2AOEA 3KA2A 3EL0A 1ODWA 3OUCA 2JXRA 4AZYA 5I3YA 2Q64A 3SO9A 5JODA 1HVRA 5P6HA 5OZRA 1FQ8A 2PYNA 5OZ8A 4B1EA 3CKRA 1D4KA 4KE1A 3TTPA 3EKVA 1EPNE 1QS8A 2ZJMA 2V13A 5P5PA 5P14A 2QI1A 4YOBA 2NMYA 1BDLA 2O4PA 3BGBA 3OHHA 2ZHTA 4L1AA 3OWNA 2HS1A 3QI1A 4RRNA 3S7MA 3BVBA 2I4DA 5P0EA 3TPRA 5P1DA 3IGBA 3NUJA 3HW1A 1GVTA 5P5EA 3PCZA 4DUSA 4PPHA 2QD6A 1FQ5A 4Y3LA 3DV5A 3JVYA 7UPJA 4Y3GA 2A1EA 4B1DA 5OYRA 4J54A 5OZYA 4ZPEA 5P2CA 4Y4BA 5HVPA 3JVWA 5JG1A 2FNTA 2WEAA 3INEA 3L5FA 4ZLSA 1TZSA 3LIVA 1HWRA 3CKTA 5P25A 5P5QA 3EKYA 3K5FA 1W5XA 1PFZA 5P5VA 1U8GA 3OTSA 3OUDA 4DQHA 5P0GA 5P16A 1JLDA 5P07A 3VCMA 4WTUA 3VV7A 5P2HA 5P5FA 4I0DA 1TQFA 5P3CA 3D3TA 2OHLA 3EL9A 4YD6A 1TW7A 3O9CA 1RQ9A 3HAWA 4COEA 5P1OA 3HZCA 5P8KA 4F76A 1CPIA 4FS4A 5P4GA 3KDDA 3I2LA 5P3ZA 3OAGA 1EAGA 4B72A 2VKMA 3TNEA 5P5RA 1HRNA 1MVPA 5KQZA 4EXGA 4Y3PA 5P71A 5P86A 4Y3YA 1HVLA 5P0QA 1HXBA 4NJUA 5P6QA 3G70A 2QAKA 3VF5A 2F3EA 2BPXA 1ODYA 2I1AA 4I0GA 1QBRA 1CMSA 4YOAA 4JECA 2VIEA 5P0BA 4R93A 1XL2A 4PYVA 4Y4GA 5P5CA 5COOA 5C9DA 1C6YA 1FF0C 4B77A 4Y4WA 2PSUA 3OGQA 1GKTA 1GNOA 2IEOA 2ZHSA 5P3WA 5P8EA 3NSHA 3QN8A 3L58A 1B5FA 3TOGA 3GI0A 5P6VA 1HVHA 1YTHA 4Y3JA 1A30A 1TSUA 5P43A 5P7DA 5P50A 5OZ0A 2G1RA 4Y5AA 4FSEA 4R5NA 1HHPA 5P1MA 5F01A 1T6EX 1YM4A 2ER7E 4YCTA 4PEPA 3KFSA 5P1CA 5P46A 5P1PA 3O9DA 5P5NA 5P6JA 4X7IA 4RROA 3OQAA 3HVGA 1PPLE 3FNSA 3RU1A 2AOIA 3MSKA 5P5LA 5P05A 2VA5A 2FNSA 4K8SA 4Y4AA 1K1TA 3OQ7A 3URLA 1G6LA 4GJCA 5P70A 2XFIA 5OZOA 4QJAA 4OD9B 4D89A 3S54A 2HB2A 5P33A 5OYSA 1PPME 4RVIA 1QBTA 3R4BA 2AZBA 5AH9A 1EPRE 5P5JA 4Y35A 3TOFA 2WF0A 1AXAA 2XFKA 3PSUA 5P6YA 2CEMA 4DJXA 4Y5GA 5KR1A 1T7JA 4Y3RA 4Y3HA 5HCOA 2FDPA 2OHKA 2WEZA 5P2ZA 1LYAB 5P1XA 5P8CA 4GJ6A 1GNNA 2EWYA 3PEPA 3ZKMA 3L5EA 3KN0A 5P2FA 3PGIA 5KR2A 3MXDA 2IDWA 3NU6A 4MC6A 5P0PA 3URJA 3OUAA 2O4SA 5OYXA 5EZXA 3NDTA 2G94A 2Q63A 2QD7A 3UQPA 2ANLA 3VEUA 1IDBA 5I3WA 3KM4A 4LBTA 4QJ2A 3OXCA 4Y3FA 4ZPFA 2NR6A 4YBIA 2QU2A 1M4HA 5AHCA 5APRE 1ZPKA 2NXLA 3AIDA 4LL3A 5OZGA 3R2FA 3MXEA 2ZDZA 5OZ3A 6UPJA 2ZJLA 4I0FA 3OUDB 5P37A 3VV6A 3OOZA 3OU1A 2J9JB 5OZHA 3HDKA 4Y5CA 1GVUA 2ZJHA 2VS2A 3WB4A 2VJ6A 5P1JA 1F34A 5OYZA 5P3TA 2QU3A 1C6XA 5P31A 5P1LA 1UH9A 3IVIA 5P4MA 4FM8A 3NXNA 4NPTA 3DK1A 3WZ7A 1BWAA 5P53A 3OAGB 2PH6A 3DV1A 3EKTA 4ACXA 3S85A 2O4LA 5P3FA 2P3DA 4DJOA 5P13A 3H0BA 1RNEA 5P7YA 3K4VA 5P48A 5I70A 1HSHA 4RYCA 5P7JA 4QJ6A 3GI6A 3UCBA 1XN2A 4CPUA 2WHHA 5FIVA 5P6TA 3U7SA 2FDDA 5DPZA 2FIVA 5OYTA 2VJ9A 5P19A 3NDWA 3S43A 5P5BA 1W5VA 5OYWA 2G27A 4TRWA 4JPCA 3UFNA 1FEJC 3I25A 4DQGA 1HIIA 1HPOA 3UQWA 3LIQA 2XYEA 2O4KA 3HAUA 4RVJA 2UPJA 5P5IA 2BQVA 5KQFA 4FIVA 1SGZA 2P83A 5OZPA 1QBUA 5P85A 1CZIE 5KAOA 1YT9A 3SKFA 3R1GB 3GI4A 4D85A 1B5FB 1BWBA 5P1ZA 5P8TA 1K1UA 5P3IA 5P1EA 2IGYA 2AVQA 1ZSFA 4CPQA 4Y37A 6FIVA 4Y4EA 3QROA 4Y3SA 3FV3A 3LNKA 3LPJA 2QMFA 2CEJA 5I3VA 5DQ1A 5OZJA 5P89A 1RV7A 1Z8CA 4EWOA 4DJYA 1MT7A 3OGPA 3VF3A 3LHGA 5OZ6A 2FS4A 2WF3A 2FLEA 4H3JA 2V00A 4Y38A 4YA8A 3IN3A 5P3VA 3NU3A 4GMIA 5OYUA 4OBKA 3RSVA 3UHLA 5P2UA 4EQJA 4ER2E 2OHPA 5P2DA 1IIQA 1W51A 1NSOA 5P56A 1EC2A 5JFPA 4FAEA 5P5HA 5P6MA 4Y4ZA 5P6RA 5P1AA 3PB5A 1OEXA 4AA9A 5P61A 3SA3A 4FAFA 3IXJA 4QJ8A 4RVXA 4RYGA 4N00A 4I8ZA 2QZLA 4YD3A 4S1GA 1EC0A 2Z54A 1LF2A 1YM2A 4RCEA 5OZDA 2AOGA 4DVFA 3S53A 4Q1NA 3CYWA 4Y53A 5C9FA 4QGIA 4Y4UA 4ZSPA 2FGUA 4DJPA 3G6ZA 1BDRA 4ZIPA 4EJ8A 3O9FA 1MPPA 4FM6A 3EL4A 1B6MA 4HDFA 5P4AA 5P7TA 4Q1YA 3TKGA 3QBFA 2QNQA 3H5BA 4Y57A 5AH7A 1ZSRA 5KOQA 5P3AA 2FDEA 4H1EA 5OZ2A 5OZCA 3OHFA 1UH8A 5OZSA 4M8YA 4BEKA 3A2OA 1KJ4A 5P4IA 1AZ5A 3RVIA 3G72A 2IGXA 1XE5A 4F73A 5P5MA 4QLHA 4NJTA 2FXEA 4Y3MA 5P7IA 5P8BA 3BXRA 4TVGA 4Y3EA 1D4LA 3QAAA 4FRIA 3MSLA 5P8AA 4J0VA 5OZEA 5BRYA 3UDPA 3CICA 1DMPA 5P88A 5P1SA 4LHHA 3M9FA 1FGCC 2Q15A 1E81E 1FMXA 3UDRA 1BXOA 1EBKC 4Y58A 5P5YA 2PSVA 1HXWA 5P5KA 3SM2A 1HVIA 5P0YA 5P6CA 2BPWA 5P83A 3OK9A 3D91A 2OHTA 5OZ1A 5P2NA 2AZ8A 1IDAA 4OBJA 2ZJJA 2HB4A 4HLAA 4ZSMA 5OZTA 3SPKA 3D1XA 5P2QA 3L59A 5P4DA 2AZCA 5DR4A 5P0KA 4WY1A 3OU4A 3K5DA 3N4LA 3PWMA 5P00A 5P39A 5P8HA 3UF3A 1Q9PA 5P4XA 1EC1A 1OEWA 3INHA 4Y5PA 5JFUA 4OBGA 1APWE 2IKOA 2JJIA 3S43B 3ZKGA 4DJRA 3NLSA 3EKWA 4WY6A 5C9BA 4I0EA 5P0MA 4DPFA 5P6DA 5P0XA 3SABA 3DOXA 2BKTA 4Z2ZA 5P28A 2QI7A 1EC3A 5P2KA 1K6TA 5P59A 3PBZA 1Z1RA 1SIVA 1DW6C 3B7VA 3OADA 2AOCA 2P4JA 5P08A 2NXDA 1SDUA 5P47A 5P4OA 3PJ6A 5P8SA 2ER0E 2PH8A 1TCXA 1PROA 3VSWA 3T7XA 3ZKIA 3PWWA 3PBDA 4Y3NA 5P32A 5OYVA 4Y5EA 5OZFA 1LYWA 5P0DA 1HEGE 2AVMA 3ZLQA 1YTJA 3UDJA 3BGCA 5P51A 1BDQA 4FM7A 4FSLA 5OZNA 5DGWA 1LZQA 4J0PA 2Q54A 1EPQE 4UPJA 5P01A 3VFAA 3Q3TA 3ZMGA 4PHVA 5DR0A 1C6ZA 5P2BA 5KOSA 3KDBA 3LZUA 5DQCA 2RENA 5P2VA 2PSGA 5P03A 5KR0A 1MTRA 1SH9A 5P34A 3ZKNA 4Y56A 3UDQA 1M43A 4OBFA 1FFIC 5P7FA 4Y4JA 4TVHA 5OZ4A 2F3KA 1B6JA 5B18A 1BV7A 3HBOA 2CENA 3UQUA 4CPRA 5OZZA 5P40A 3VSXA 1F7AA 3KT5A 2BPYA 4EP2A 1KJHA 3LITA 5P3GA 5HDVA 1MERA 2QMPA 2PQZA 1AJVA 5E5KA 2F81A 3LIZA 5P7AA 5DQ4A 5P7QA 1FIVA 1K2BA 4AMTA 2ER6E 3FNTA 3ZOVA 5P4FA 5P6NA 2P3CA 4CPWA 4OBZA 4RZ1A 5P5SA 1AM5A 3TLHA 2R3TA 4EYRA 1E80E 3OQKA 1XDHA 5CLMA 2OHSA 5P7NA 5F00A 2QHCA 3LIXA 1SBGA 5P54A 3UDKA 3QVCA 1MRXA 5P7BA 2OF0A 4ZSQA 2V0ZC 5P0AA 4Z22A 4OC6B 5P4PA 3C9XA 1E82E 4Y3WA 3QBHA 5P4ZA 5P35A 4Y50A 2ZHVA 5OZQA 1MT8A 2PYMA 3ZL7A 5HCTA 5P5OA 4Y3AA 5SY2A 4XKXA 3Q6YA 3QRVA 5P38A 4HDPA 5P74A 5P62A 4YCYA 5P4LA 4XX4A 2R9BA 3WZ6A 1YTIA 2PK6A 4JPEA 1NPVA 5AHAA 1C70A 5P6IA 3VLAA 3PM4A 5P0CA 5P4NA 4FRJA 3UDHA 5P75A 3OU4B 3LIYA 3KDCA 4RCFA 1UPJA 4ER1E 3T11A 5P7XA 5P06A 2B7ZA 1FFFC 4GJBA 4GJAA 2PC0A 5IVSA 2O4NA 1YTGA 4L7GA 5P8NA 3SLZA 5EZZA 5IVRA 5P7SA 4NJSA 2IQGA 1AIDA 1HVKA 5DGUA 1HPXA 3T7PA 3OU3A 3NWQA 1KZKA 3INDA 4L1AB 4Y3TA 4Y3DA 5P6OA 4EPJA 3FIVA 3OADB 5P0LA 3Q4BA 3LZSA 5P2TA 4I12A 2I4QA 3B80A 3NUOA 3EBZA 5P5AA 3ST5A 1HVJA 1K2CA 4GYEA 1LYWB 2NNKA 4YDFA 2HIZA 4I8WA 1FKNA 4A6CA 1EBYA 5J25A 3TPJA 3OXXA 4TRYA 1MESA 4DQFA 1W6IA 5HE4A 4YD7A 4J17A 5P0SA 4DJQA 4CMSA 1ER8E 3R0WA 3ECGA 5OZWA 5P3EA 1UH7A 3DCKA 5P73A 5P2MA 4YE3A 1SMEA 3O99A 9HVPA 4GB2A 3L38A 1HIHA 3ZKSA 4A6BA 4MC1A 5P4TA 3SM1A 4NPUA 5P3YA 2AQUA 2R5PA 2ZHUA 3ZKQA 3OUBA 1ZLFA 2VA7A 4OBDA 1LYBA 1N49A 4XXSA 5P6KA 1LF4A 5P0JA 3L5BA 5P7HA 5OZUA 3UFLA 5HDZA 4Y3ZA 2QNPA 5P0OA 1A94A 1PSNA 3PSYA 3T6IA 4DI2A 3O9AA 5P3QA 2QZWA 2WF4A 5P79A 5KQXA 5P7LA 1HTEA 2B42A 4KB9A 4Y9WA 3S7LA 3GGVA 4Y41A 3SFCA 2NPHA 3PI0A 3GI5A 5COKA 3WB5A 3GGAA 4Y5KA 4OBZB 3VF7A 5P3LA 3IA9A 2BKSA 1PPKE 4HE9A 5AHBA 2I0AA 4PZXA 4Q5MA 5P5XA 3ER5E 4J1EA 5P4VA 3KT2A 1FMUA 3BXSA 4NKKA 5P18A 1IVQA 1A8GA 3IAWA 1EBZA 4J55A 4Y45A 3UQXA 2FMBA 5P1IA 5P1RA 4RLDA 3TPLA 4DJUA 2WECA 5P5ZA 3U6AA 1EPOE 2Q11A 2ZJIA 3NYGA 3IXKA 5P42A 1KJ7A 2I4WA 2I4XA 4FE6A 3ZKXA 3D20A 1MSMA 5P15A 1ME6A 4K4RA 4FL8A 3PSGA 2QD8A 2OHMA 5P4EA 1HIVA 5OZVA 2G20A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GGU A;  3NU5 A;  5ENK A;  1RPI A;  2JJJ A;  4D88 A;  5IS4 A;  3ZPU A;  2F80 A;  2JE4 A;  3RTN A;  1B11 A;  2PWR A;  1T6G A;  2ZHR A;  2OHU A;  4Y39 A;  3HLO A;  2UXZ A;  3O9G A;  1DP5 A;  1MET A;  4I11 A;  3QP0 A;  2B8V A;  2I4U A;  4R91 A;  1Z1H A;  3Q5H A;  1MTB A;  1NPA A;  5HDX A;  3I8W A;  4Y44 A;  2XFJ A;  2HS2 A;  3BUH A;  4OC6 A;  2Q55 A;  5P1G A;  1MSN A;  1RL8 A;  1IZI A;  2WF1 A;  4K9H A;  5P3D A;  4EJK A;  5P23 A;  5ISK A;  3LZV A;  4Y5N A;  5P4R A;  4U7V A;  3TH9 A;  3CIB A;  4A4Q A;  5OYQ A;  2VJ7 A;  1W5Y A;  3HD8 A;  4Y5B A;  3UDY A;  5HU0 A;  4K4P A;  1D4I A;  2VIZ A;  3QS1 A;  4Y4T A;  4OD9 A;  3SA5 A;  3TOH A;  5P3H A;  5P6G A;  5P84 A;  3VYE A;  3DJK A;  5P3N A;  1D4Y A;  5P8R A;  1FQ7 A;  4FCO A;  5P22 A;  1SIP A;  3EKP A;  3NXE A;  5P3K A;  1BIL A;  2BJU A;  1GVX A;  2ER9 E;  5P2W A;  3VYF A;  2AOE A;  3KA2 A;  3EL0 A;  1ODW A;  3OUC A;  2JXR A;  4AZY A;  5I3Y A;  2Q64 A;  3SO9 A;  5JOD A;  1HVR A;  5P6H A;  5OZR A;  1FQ8 A;  2PYN A;  5OZ8 A;  4B1E A;  3CKR A;  1D4K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3CMS A;  5P87 A;  2R3W A;  4APR E;  4Q1X A;  3EMY A;  1ENT E;  5P7C A;  2G22 A;  1YG9 A;  3BHE A;  3WSJ A;  5P5D A;  3K5G A;  4L7H A;  2H6S A;  2QNN A;  4MC9 A;  4DPI A;  3VYD A;  1WKR A;  3SA6 A;  1MEU A;  3IN4 A;  3PLL A;  5P5U A;  3PI5 A;  2P3A A;  3I7E A;  4U8W A;  2HB3 A;  4D8C A;  1M0B A;  5CON A;  5HE5 A;  3BUG A;  4EXH A;  5HE7 A;  2ZJK A;  5P77 A;  1DPJ A;  5KR8 A;  1AJX A;  4AA8 A;  4I0I A;  3S56 A;  3BVA A;  3OXW A;  3UPJ A;  3L3A A;  4I10 A;  1W6H A;  2P3B B;  2R38 A;  5P0Z A;  3T7Q A;  1IBQ A;  3L5C A;  1LV1 A;  2BPZ A;  4CPX A;  2WKZ A;  3O9B A;  4MC2 A;  5P1T A;  4RCD A;  2AOD A;  5P72 A;  5P4H A;  4IVS A;  2VA6 A;  5UPJ A;  2QI5 A;  2QZX A;  5P7O A;  2QCI A;  5OZB A;  4GZF A;  2ASI A;  2RKG A;  4GJ7 A;  5P8Q A;  5DR7 A;  5OZA A;  4Y4D A;  2AOJ A;  2OHN A;  4R8Y A;  4LXK A;  5OZI A;  5P52 A;  2R43 A;  5OZ7 A;  1ZPA A;  5P4S A;  4BEL A;  4EQ0 A;  4J1H A;  4Y48 A;  5DR3 A;  1ZJ7 A;  5DQ2 A;  5P1Y A;  4RRS A;  3O9E A;  3OY4 A;  1OHR A;  3GGX A;  5SY3 A;  1QBS A;  4J1F A;  5P7V A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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