5P5CA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 237
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5cA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5cA01
4M8XA 2BB9A 4Y53A 5P2RA 5P4OA 3DUYA 1LV1A 5DR3A 2WL0A 5P8KA 3PSYA 4OBJA 1RV7A 4FRIA 4AA9A 5P0AA 5OZKA 1HSGA 5P4DA 5F00A 1QBRA 5P1DA 2WHHA 5OZ0A 1FKNA 3Q3TA 5P6LA 3TOHA 4Y5NA 4Y3AA 4I8WA 2ZYEA 3GI4A 2V13A 5P32A 1XN2A 3D1YA 3RU1A 4GMIA 1UH7A 5DGUA 3OHFA 5OZZA 4RCEA 4LHHA 5P2FA 5P3UA 4D85A 5BS4A 4X2LA 2IENA 5P73A 2R9BA 4J0TA 2Q55A 5P7QA 2R43A 5P8MA 2NNKA 3EBZA 4Y4WA 5DPZA 3PEPA 2AOIA 4ZSMA 1FFFC 3UHLA 1D4JA 3ST5A 2RKFA 1FQ6A 3VLAA 1AM5A 1HVIA 3N3IA 5P03A 4KUPA 5P47A 1MTBA 5P4EA 4ZLSA 2VIJA 3MWSA 1HTGA 4B78A 4OBZB 4Y4UA 4DJWA 4FM8A 5P5EA 2FXDA 2OHMA 1GVXA 5P4MA 3S45A 2QP8A 4Z22A 3NR6A 2ZGAA 4YDFA 2WEAA 3SA8A 5P3MA 1FMXA 1HIIA 4HA5A 5P0MA 9HVPA 5P2JA 2Q3KA 3UDJA 4B72A 2ZJMA 5HD0A 3L5EA 2B7FA 4APEA 2AZBA 4Y3HA 2WF0A 1AJVA 3ECGA 4ZSRA 5P2AA 3N4LA 5P60A 4FM7A 4R5NA 5P0CA 2R38A 5OZSA 1BAIA 2G27A 5P2LA 3OXXA 2R8NA 1DW6C 3LITA 5P4HA 5JFPA 4OBDA 1NPVA 5OZLA 5OZJA 3OQKA 1LYAB 1SBGA 8HVPA 4Y4XA 1EPLE 5P2VA 2O4PA 3NU4A 2IKUA 1D4HA 3OXVA 4HVPA 1SGZA 4I0DA 4Y44A 3NYGA 3UTLA 2G1OA 3OU4A 5P37A 5P2TA 5P20A 4PPHA 5AHCA 4QJ2A 4FRJA 4K4RA 1MEUA 5APRE 5P5UA 5HTZA 2JYSA 4Y39A 3ZKQA 3FIVA 5P0NA 4JPEA 5OYSA 4Y5PA 4Y3ZA 1YX9A 2PQZA 3INDA 3VV6A 3PLDA 1MT9A 4L1AB 1K6TA 4WY1A 4CPQA 3K4VC 2NMZA 2XYFA 1HPXA 5KQZA 5P07A 5P1SA 1WKRA 4FGXA 2BPXA 3PCWA 3O9HA 4Y5LA 1G2KA 1TW7A 2I0AA 1AVFA 1K1TA 1SIPA 4JP9A 4ZEAA 1T6GA 1EPRE 4Y54A 3SPKA 2NNPA 5P3DA 5OYQA 1FQ5A 7UPJA 5P55A 2QZKA 1BIMA 4TRZA 5P41A 4Q5MA 3QROA 1Z1HA 3QVIA 2ASIA 5KAOA 1FB7A 4GJ6A 3SLZA 2R3WA 4ACUA 4LXKA 1E80E 3DV1A 5OZNA 3ER3E 4Y48A 5P43A 3I7EA 2I0DA 3DM6A 4Y3LA 1EBZA 1ZPAA 5P69A 4B1DA 1HEGE 5P4PA 2B8VA 1LZQA 4YBIA 1BDQA 3KFRA 2OHSA 3LIQA 4I0FA 3OUCA 5P6OA 1PPKE 5P8UA 2ZHUA 4RVJA 3S2OA 4CPSA 3O9LA 3NDXA 5P0EA 3BUGA 4RCFA 1SIVA 2H6SA 3NDTA 4J1CA 5P49A 1HTEA 5P3GA 5P75A 4L7JA 1ZBGA 2QI1A 1HVCA 5P72A 1QBTA 1EPME 3G72A 1ZLFA 1IZDA 3TLHA 1MTRA 1VIJA 5P4FA 5P4TA 2V10C 4FS4A 3EKYA 3S43A 5OZ8A 1BV7A 4XX3A 1GVVA 5P1ZA 5DR4A 3VYEA 5DQ1A 3UQWA 5P54A 4OD9B 1IZIA 2I4XA 3CYWA 5P0PA 5P0YA 1EPPE 5P33A 1NPAA 1XS7D 3OQAA 3VF3A 3VYFA 4J5JA 2QZWA 3SA9A 3UQPA 5COOA 5ENMA 2VIYA 2QNNA 3D3TA 3CKTA 1MT7A 3Q70A 5OZRA 1E5OE 3BRAA 3ZKMA 4ZIPA 5JFUA 2O4LA 3BC4A 4RYCA 1B5FA 3OOTA 5AGZA 3UQXA 2BBBA 5P77A 3I2LA 3NU5A 4EP2A 3IXOA 2FNSA 4H3FA 1HPVA 3BVBA 5P02A 3OU3A 4RYGA 1Q9PA 3KF0A 1YTIA 1OEWA 4Y37A 3PWRA 1G35A 2WF3A 5P1WA 3O9IA 4GJBA 4K9HA 1K6CA 4EXHA 5P1VA 4A6CA 2VA7A 3QP0A 3UDYA 5P5IA 3SFCA 1YT9A 3VSWA 3MSKA 4K4PA 1GNMA 3R1GB 3HLOA 5P4QA 1KZKA 5E5KA 3LIYA 2VIEA 3QBFA 3S53A 2SAMA 5OZIA 5P1EA 3KMYA 2AZ9A 4S1GA 3NU9A 5P2YA 4QJ9A 4PHVA 2JJJA 3GGAA 4YD6A 4EHCA 5P1HA 5P3AA 5P3XA 2AVMA 4AMTA 3OUAA 5P0HA 1BWBA 4WY6A 3DCKA 2QI3A 2PK6A 2AVQA 3TPPA 5OZ7A 3QI1A 3ZPTA 4Y35A 1MPPA 2I4UA 4Y3QA 4DFGA 5P23A 2NR6A 3NU3A 2FDPA 3K5GA 4NJUA 4CMSA 4I10A 3CIBA 5ER2E 5UPJA 5P46A 5P8VA 2V00A 3KN0A 4Y4AA 4GJAA 1META 2G21A 3APRE 3EMYA 3DV5A 4DQEA 1K2CA 1TSUA 3MXEA 2Q54A 2B7ZA 2HAHA 2HS1A 4OBZA 5P4ZA 3JVYA 5OYXA 1HVRA 2AOHA 4Y47A 2P3BB 5P3ZA 3FSMA 5OZHA 3EXOA 3OUDB 5P12A 5KOSA 3OQDA 5AHAA 3O99A 3L58A 4OBFA 1ZPKA 3DJKA 4HE9A 3T7PA 2G69A 1IBQA 1MESA 5HVPA 5HU0A 3EKWA 2BKTA 5P6IA 3O9EA 2FMBA 1BV9A 2AODA 3KA2A 5P8NA 2BPWA 5OZ5A 3CKRA 1FGCC 3G6ZA 4DPIA 1B6LA 4KE1A 4DJOA 3EKPA 1ZTZA 4Y5MA 3RTMA 4JOOA 5P3TA 3FNSA 3DOXA 5KQFA 1FQ7A 3OUBA 5HCTA 4H3IA 5P3YA 3KFPA 2VNMA 4DJRA 1LYAA 5P5YA 5P3HA 3EC0A 2BPYA 4IVSA 5P5CA 4A6BA 3KMXA 5P2QA 1PROA 2OHQA 3S54A 2OHTA 2FDEA 3NSHA 2WF4A 4FRKA 4Y43A 5OZPA 3S7MA 2ZHSA 2VA5A 3TOGA 3AIDA 4I8ZA 1W6HA 2XFIA 2RKGA 1KJHA 5P6SA 2A1EA 1ZSRA 1FQ8A 2IDWA 4MC1A 2B8LA 4R93A 5DGWA 1EC0A 2V16C 1IVPA 2F80A 4PEPA 4Y5CA 2ZJHA 4EJKA 3GGXA 5KQYA 4L1AA 2NXDA 5P1XA 1RNEA 4EQ0A 5P3QA 5P4NA 3CYXA 6FIVA 4DQBA 1LEEA 1LYBB 5OZ3A 5C9BA 3PI0A 3KFSA 4TRYA 2QZXA 2WEBA 2P8HA 5OZEA 3U71A 3WZ8A 1G6LA 4DQGA 1SH9A 5P6ZA 4FLGA 4Y57A 5P40A 5BRYA 4RZ1A 3S8IA 1AXAA 5P6MA 5P5HA 3Q5HA 5P0FA 5ISJA 2QHCA 5P56A 1FMUA 1TCXA 5P2KA 2QD6A 5HE7A 5P7DA 1AIDA 2ZJNA 1LF3A 1E82E 4RLDA 5P29A 2A4FA 5P64A 1XL2A 1EC3A 2BQVA 2MIPA 5P2UA 1WBMA 1GVTA 3RSVA 5P84A 3URIA 2AIDA 5DQ4A 4R8YA 4EQJA 1FG8C 4DJUA 3O9DA 5P7SA 3KDBA 3PWWA 5P0DA 4R92A 2O4SA 2PMAA 1IZEA 4HZTA 5P1MA 5P4LA 5OYRA 4RRSA 3GGVA 5P5FA 4J55A 5P74A 1HXBA 3K5DA 5T4SA 1DPJA 3PGIA 5P5WA 2XFJA 1N49A 5P09A 5P11A 4NJSA 3OAGB 5P7AA 4OD9A 5AHBA 5DR1A 2VKMA 3OY4A 5P62A 4Y56A 5P3FA 1T6EX 4DI2A 3IAWA 2AOJA 4YD4A 3O9BA 2IL2A 4R91A 5P7CA 3ZMGA 2AVSA 5OZ4A 2IGXA 3ER5E 2AVOA 4H3JA 2PYNA 5P1YA 5IS4A 1KJFA 1TQFA 3EL0A 1D4IA 1PSOE 3Q4BA 3FKTA 4B0QA 4AA8A 3O9CA 2OHUA 4ACXA 4D88A 2O4NA 4BFDA 2HPEA 3L5FA 5P6YA 1EC1A 4Y4TA 1D4YA 5P7XA 5P88A 3SA4A 3HVPA 2VJ9A 5HDZA 1YM2A 5P6BA 5P5VA 5P1NA 3BXSA 3GI0A 5P7FA 3ZKXA 4D8CA 3PLLA 5P2OA 3WB5A 3OOZA 4QJ8A 5COKA 3ZPSA 4J0VA 5P0IA 1HHPA 4ZPEA 2QMDA 5P8CA 5P30A 1YTGA 3KT2A 4Y4ZA 5HDVA 3RTNA 4CPXA 4RGHA 4HEGA 2BJUA 4FAEA 5OYYA 4RCDA 5KR1A 5DQ2A 4Y3YA 2JXRA 1SP5A 5COPA 5P7YA 3AUPA 3TPLA 1FQXA 3UQRA 3IVHA 5P81A 1HIHA 3UFNA 1EBWA 4Y3TA 2AOGA 5P6CA 4PZXA 4GIDA 3PMUA 1ODXA 5KR2A 5P4BA 2R5PA 4Y4DA 5P38A 5P7JA 4HLAA 4YCKA 4PYVA 1KJ4A 3HBOA 5P7LA 4QJAA 2QMFA 3S7LA 5P06A 1DP5A 5P6XA 4DVFA 2IS0A 2NXMA 1XDHA 1D4LA 3O9FA 1Z8CA 2PC0A 3T3CA 5OZWA 3GW5A 2ZE1A 5P3RA 5P3SA 2OHKA 2G26A 2JJIA 4JECA 3TL9A 5P6HA 3OU1B 4Y41A 1JLDA 5P4GA 2NMYA 1PFZA 5P61A 2QCIA 3EKXA 5P4IA 1IIQA 2XYEA 5P5GA 5P2DA 4DJPA 2ZJKA 4ZSPA 4EPJA 3OUDA 1HRNA 1ZSFA 3PHVA 3SAAA 5P2EA 3BGCA 4MC6A 5P4SA 5P24A 4R95A 1W5WA 5P2SA 5OYVA 5DR0A 3OXCA 4Y3GA 4LXAA 3OTSA 2WKZA 2FDDA 4I11A 2ZJLA 5P1GA 3DK1A 2VJ6A 3SO9A 4EXGA 3QVCA 2CEJA 3D91A 4OBGA 3UDNA 2HIZA 2ER9E 4LP9A 1WBKA 4YCYA 2QZLA 1TZSA 5P0SA 4B77A 1EBKC 6APRE 5P7NA 3O9GA 3QN8A 4NKKA 4OBHA 3OGPA 4NJTA 5OZOA 4F74A 5P01A 5P2IA 4A4QA 1XE6A 5P7MA 1SGUA 1MUIA 2Q63A 4J1IA 3K5CA 2G94A 3SA6A 5AH7A 5P70A 2QU2A 3S56A 4YDGA 3SA7A 2AZ8A 3T6IA 3R0WA 1Z1RA 2I4VA 2R3TA 4YD5A 4YD7A 3EKQA 2UPJA 5P35A 1OEXA 3ZKGA 3ZOVA 2VA6A 3EL1A 3EM4A 1HSIA 5I3XA 2WEDA 4RRNA 1HIVA 2I1AA 5P4AA 4MC2A 4F75A 1LYBA 2Q15A 5P7OA 5DQ5A 5P1PA 5P6RA 5P2HA 4Y5KA 5JG1A 3D1ZA 5P6TA 3ZLQA 5I3WA 2Q64A 3GI5A 1QRPE 4NJVA 4EJ8A 2QHYA 4GZFA 3VFAA 4CP7A 1EPNE 3LIVA 4DJYA 5OZVA 2F81A 2IGYA 3LZUA 1FG6C 2WF1A 4RVIA 2O4KA 4M8YA 2ZHVA 5OZCA 2OHNA 2P3CA 5P52A 3IVIA 1ER8E 3BXRA 5P14A 5P0KA 3ZPUA 1DMPA 3R4BA 1BXQA 5P1AA 5P16A 1QDMA 4Q1NA 3SKGA 5P7PA 4ZE6A 1M43A 2BPZA 3IN3A 2ANLA 3G70A 1HPOA 1SDVA 4PZWA 5P2GA 5IVTA 4Y5EA 5P6UA 2IQGA 1FMBA 3NXEA 5P0JA 5DR8A 4TRWA 2O40A 2ZDZA 4Y4JA 4EP3A 5J25A 5P87A 1KJ7A 3TNEA 3OWNA 3URLA 4J54A 4CKUA 4YA8A 1AJXA 1C70A 3OAGA 2OAHA 4L6BA 5I70A 5P4WA 1NH0A 4LBTA 1FQ4A 3UFLA 5P7GA 3PBDA 4CPUA 1LYWB 3UPJA 2FIVA 1OD1A 5P5PA 2ZHRA 3EKTA 3TOFA 4FIVA 3LNKA 5P3PA 3VUCA 4IVTA 4COEA 1B6PA 2AZCA 2G1SA 2P3DA 5P8BA 1A94A 1T7IA 3TKWA 2Q5KA 5P13A 2G1NA 3B80A 4I0GA 3MSJA 3CMSA 4FSEA 1PSNA 1A9MA 2FGUA 2CEMA 3QPJA 2G1YA 5P8IA 1GVUA 1C6ZA 1FFIC 2J9JB 5E5JA 5P1FA 5P5TA 5P25A 2P3AA 1YTHA 1EEDP 4GJ5A 3PMYA 3PB5A 5OZAA 5P17A 2I4WA 1CPIA 5P6WA 5KQXA 1W5XA 5P0OA 1FEJC 5P1TA 1FF0C 2QNQA 3BVAA 1F34A 5P6NA 3IGBA 3KM4A 4Y51A 1W50A 3I25A 4DQFA 3NUOA 5P1JA 3BUFA 5P5XA 5P63A 5AH6A 2QMGA 2BKSA 5P1IA 1BBSA 5P3EA 4BFBA 1NSOA 3ZKIA 3L38A 1A30A 1C6XA 4Y38A 4GB2A 3NDUA 4FAFA 2V11C 5P8DA 3FV3A 5P6KA 1YTJA 3LZSA 1HVJA 1ODYA 5OZ1A 3INHA 5IVSA 2OHPA 3IXKA 4U7VA 5ISKA 5OYZA 5OZBA 5P65A 5P4JA 1LF4A 5HDUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4M8X A;  2BB9 A;  4Y53 A;  5P2R A;  5P4O A;  3DUY A;  1LV1 A;  5DR3 A;  2WL0 A;  5P8K A;  3PSY A;  4OBJ A;  1RV7 A;  4FRI A;  4AA9 A;  5P0A A;  5OZK A;  1HSG A;  5P4D A;  5F00 A;  1QBR A;  5P1D A;  2WHH A;  5OZ0 A;  1FKN A;  3Q3T A;  5P6L A;  3TOH A;  4Y5N A;  4Y3A A;  4I8W A;  2ZYE A;  3GI4 A;  2V13 A;  5P32 A;  1XN2 A;  3D1Y A;  3RU1 A;  4GMI A;  1UH7 A;  5DGU A;  3OHF A;  5OZZ A;  4RCE A;  4LHH A;  5P2F A;  5P3U A;  4D85 A;  5BS4 A;  4X2L A;  2IEN A;  5P73 A;  2R9B A;  4J0T A;  2Q55 A;  5P7Q A;  2R43 A;  5P8M A;  2NNK A;  3EBZ A;  4Y4W A;  5DPZ A;  3PEP A;  2AOI A;  4ZSM A;  1FFF C;  3UHL A;  1D4J A;  3ST5 A;  2RKF A;  1FQ6 A;  3VLA A;  1AM5 A;  1HVI A;  3N3I A;  5P03 A;  4KUP A;  5P47 A;  1MTB A;  5P4E A;  4ZLS A;  2VIJ A;  3MWS A;  1HTG A;  4B78 A;  4OBZ B;  4Y4U A;  4DJW A;  4FM8 A;  5P5E A;  2FXD A;  2OHM A;  1GVX A;  5P4M A;  3S45 A;  2QP8 A;  4Z22 A;  3NR6 A;  2ZGA A;  4YDF A;  2WEA A;  3SA8 A;  5P3M A;  1FMX A;  1HII A;  4HA5 A;  5P0M A;  9HVP A;  5P2J A;  2Q3K A;  3UDJ A;  4B72 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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