5P5FA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 240
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5fA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5fA01
1D4SA 2R9BA 2ZJLA 1SIPA 1XN3A 5P01A 4JECA 5P61A 3IVIA 5P4QA 1FQ7A 3OXCA 2QD7A 3PMUA 1ODWA 5P3NA 1LYWA 2QHYA 5AHBA 1YX9A 1W50A 5OZIA 4EXGA 1FQ6A 2AZ9A 2V10C 3I25A 1U8GA 3UTLA 3Q3TA 2VA6A 4YD5A 3K5CA 1Z8CA 2G1SA 1HHPA 1LYAA 3KMYA 5HD0A 5P5SA 5JG1A 3UQRA 5ISKA 4RZ1A 3SA6A 4Y3WA 5P82A 4ER2E 2H6TA 4J54A 3OU4A 5I3YA 1OD1A 3CKRA 4DQEA 4FRJA 3QBHA 5P5AA 1JLDA 3BUGA 4QLHA 3A2OA 5P2JA 2NTRA 4J0ZA 4H1EA 1VIJA 4OC6B 5OZRA 5P7YA 1E81E 2UXZA 2AOFA 5OZDA 5P3IA 1NPWA 3SA9A 4MC6A 3VSWA 4TRWA 1MPPA 5P4CA 1EAGA 5P2FA 3LPKA 3CIDA 1A94A 1GVVA 2A4FA 5P8IA 1LS5A 1ZLFA 5E5KA 2AZCA 1EPNE 2AOGA 4R95A 2B7FA 4Y5EA 1SMRA 4A6BA 9HVPA 2QU3A 2ANLA 3L58A 2WECA 3BVAA 5HCOA 5HDVA 1META 5OZHA 5P7MA 4FM6A 1XDHA 1ZP8A 1LZQA 1MRXA 2P3DA 5P8EA 4Q1WA 3BGBA 2NXMA 5KAOA 3U6AA 1RV7A 1K2BA 5P16A 5OZXA 2RENA 4J55A 3EKVA 3TOFA 4Y3DA 4OC6A 1PFZA 3PSGA 5P0RA 2MIPA 5P5RA 1FGCC 4APEA 1A9MA 1HVCA 2V00A 3RTNA 3LPIA 5P2OA 4Y45A 1ENTE 2QI6A 4LP9A 5P07A 5P8RA 5P8JA 1AVFA 3FNTA 5P32A 5P5DA 5P69A 2G27A 3QRSA 4DH6A 2VIEA 5HVPA 1FG8C 1MUIA 3GGUA 2Q11A 3LZSA 3RVIA 1MESA 1YM4A 2ZJMA 1UH9A 4DJPA 3BGCA 4S1GA 4Y4AA 5P71A 3L5FA 2PH6A 3NR6A 5P3MA 3U71A 1HVLA 2ZJKA 5P3EA 3INFA 4CPUA 4B1DA 4YOBA 4ZPGA 2HIZA 4Y3PA 5P5UA 3PMYA 3FIVA 4Y3RA 2BBBA 1HPVA 2P83A 3TKGA 4CKUA 3CYWA 2PK5A 1FMUA 4RCDA 5OZ6A 2H6SA 5OZVA 5P34A 4OBKA 3INHA 2WEDA 2ER9E 2WKZA 3ZPUA 3GI0A 3NSHA 4I0HA 4Y4DA 5P6UA 4Y5BA 5DR7A 5P7UA 3HVPA 4ACXA 1SP5A 3BC4A 2PWCA 5P5HA 3NU3A 4RRSA 1EEDP 2NXLA 2ZJJA 4LXAA 3ZKMA 2OHPA 2HB2A 4RVXA 2CEJA 2QMGA 2Q5KA 2RMPA 1AJVA 1MT7A 5P19A 5P8SA 4J1EA 5P3TA 3TPPA 2G24A 2O4NA 3TPJA 5P0BA 3N3IA 5P0HA 2B60A 1XS7D 2QZKA 4EPJA 4Y5AA 4QJ7A 4Y3AA 1IVQA 3OUBA 4J1CA 5P5LA 2ZE1A 2V0ZC 5P2KA 3PI0A 2WEZA 3SM1A 3EKQA 3KA2A 4I0GA 1E82E 1EBWA 3AIDA 2WF2A 5OZ0A 3OQ7A 3DCRA 3HDKA 2QK5A 5P5PA 5HU0A 4FIVA 3NDUA 4Y35A 3VYEA 4Q5MA 3I8WA 4WY6A 3RTHA 2JE4A 5P2HA 2NNKA 4Y37A 5KOSA 1M0BA 1BIMA 3OTYA 5P4NA 4OBGA 4PEPA 5P04A 4LBTA 5P8OA 2O4LA 5P35A 4J0PA 4ZPFA 5P3ZA 3L38A 2OAHA 2AZ8A 5P5VA 4BFBA 4DQHA 3OQKA 4AA8A 1QBSA 5JFUA 4Y5GA 1M4HA 3EBZA 1EBZA 3R0YA 2IQGA 3HD8A 2BQVA 4B1CA 2R3TA 3KFSA 4Y9WA 3R0WA 4WTUA 5P6FA 3FSMA 5P6ZA 5BRYA 5P83A 3QS1A 5JFPA 4JPEA 3KMXA 5OZMA 2IGXA 2CEMA 5SXNA 5PEPA 3EL0A 1C6YA 3EKWA 4CPRA 1D4IA 5P55A 3PWMA 5P7GA 4BELA 1PPLE 2B8LA 4I0EA 5P7VA 3NDTA 3VYFA 1EBYA 5P13A 2WF1A 1K6CA 2FGUA 5COPA 3KDBA 2R5PA 2O4KA 5P24A 2BPYA 5F00A 3IN3A 1ME6A 1HOSA 5P49A 2PSGA 5P7TA 3VLBA 3ZL7A 3FNSA 3IVHA 1BDLA 2QP8A 3LIVA 5P7OA 3PCWA 5P03A 5P2RA 5CONA 2JXRA 1Z1RA 4RVIA 1HVJA 5P48A 5OZZA 4Y3FA 4CPSA 5P6NA 5OYQA 3T7XA 4PZWA 5P6PA 3T6IA 5P1KA 5P2GA 1IZIA 2J9KA 4QJ2A 5P1MA 3HW1A 4Y6MA 5KQFA 4Z4XA 3QBFA 5P6DA 2ASIA 2PMAA 2R8NA 4Y48A 5P0OA 5P14A 4Y4WA 4K8SA 5OZ7A 5P6KA 1MRWA 4Y4TA 1SDTA 1KJHA 4I1CA 3O9FA 4DJRA 1LYBB 1NPVA 4BFDA 1TW7A 3LZYA 1T6EX 5P5JA 5P22A 3SO9A 5HDUA 3O9AA 3LINA 2NR6A 4ZSRA 5P2CA 4B1EA 1SGUA 3OHHA 5P45A 5OYYA 1B6JA 4E43A 5P0JA 5P3BA 2Q3KA 4OBHA 1KJ7A 1B6PA 3SA5A 3L3AA 5OZSA 1B6LA 3ZKNA 1LF4A 3B80A 4Q1NA 5P5FA 7UPJA 1FEJC 1HXBA 5P77A 5P25A 1GKTA 3PLDA 4GB2A 2QD6A 3IXOA 5DQ4A 2B42A 4HZTA 3HZCA 5P57A 5P46A 5ISJA 3O9IA 2I4QA 1AM5A 3IAWA 4ACUA 1PPME 4FSEA 5P18A 3S85A 4TVGA 4AA9A 4I0ZA 5ENKA 3FNUA 4Y5LA 5P4FA 1BILA 2ZHTA 4EP3A 3APPA 1LYBA 1QRPE 5B18A 3OUCA 5OZ3A 3BUHA 4Y3GA 4FL8A 5P6VA 5TOLA 1F7AA 1KJFA 4AZYA 1MEUA 3QVIA 5P89A 2PSUA 3OXXA 4YD6A 5P75A 5P3HA 5P4UA 3WZ6A 2P3AA 5P2QA 4QJ6A 1FB7A 1BDQA 3OAGB 3ZKGA 3OU3A 2QI5A 4J0TA 2I0AA 2G1YA 1VIKA 3VV8A 3VEUA 1HXWA 5OYVA 1AAQA 5P0KA 4D8CA 2R5QA 4GJBA 4AUCA 4QGIA 5P6TA 5HDZA 5P1IA 1LYAB 2AVQA 5P5IA 1FG6C 4FAEA 3INDA 4M8YA 4L6BA 2UY0A 2O40A 5P23A 5P0EA 5ER2E 1GNMA 4X7IA 3PCZA 5P1DA 5C9DA 4ZEAA 2OHMA 5P56A 2QMDA 1TCXA 2OHSA 1SMEA 5P4BA 3IGBA 3QRVA 5P3GA 5FIVA 1FFFC 3OAGA 1HPXA 5P8LA 2AOIA 3NDXA 1QBUA 2QZXA 2ER7E 3S56A 3LHGA 5P26A 5OZ4A 4B78A 3PI5A 1B6KA 5P0SA 5P65A 4TRZA 4Q1YA 3O9DA 5OYTA 4ZSQA 5P7HA 3PLLA 3QN8A 2UPJA 3SACA 2XFKA 4Y5CA 3SFCA 2B7ZA 2QD8A 4K4QA 4F75A 5P6YA 3CKTA 1AIDA 1SDUA 1MT8A 2QNNA 1HVSA 4JP9A 3PHVA 1T7JA 4L7JA 2PQZA 3LPJA 5ENMA 5P6HA 5DQ2A 3RTMA 3GGVA 3S54A 4D85A 4Y56A 2I4WA 1LF3A 1SDVA 5P2SA 4A6CA 4YD7A 4ZSMA 1YT9A 4GYEA 5P1FA 4OBDA 3LITA 3VG1A 2G22A 4GJ7A 4F73A 1T7KA 5P09A 4Y3SA 4MC2A 5P4SA 5AH6A 4EHCA 1FQ8A 1Z1HA 3URIA 4RYCA 3VLAA 5P2NA 3OY4A 5P36A 5P33A 4DVFA 2IGYA 2F8GA 2I4DA 1ZPKA 3PGIA 3OADB 2JJIA 3DJKA 1UPJA 2NXDA 5P3JA 3KM4A 5P6JA 2ER6E 3B7VA 2WEAA 1ZJ7A 2RSPA 5P7XA 4J0YA 1IDAA 3LIZA 3SQFA 2ZHSA 2P3CA 5P1CA 4CPTA 2FDDA 1CZIE 5P86A 4FE6A 1MSNA 4XKXA 3VV7A 5KR2A 4IVSA 1AJXA 3D1YA 4JPCA 1PSNA 5P7IA 2QI7A 5P1UA 3LIXA 4DPFA 3LNKA 3L59A 5P2ZA 3OGPA 3K4VC 3EMYA 1D4KA 4Y3LA 3QPJA 5P6IA 1W5XA 4COEA 3UQXA 3BUFA 1HTEA 4I0JA 5P5YA 5P84A 2QNPA 5P4EA 5IVTA 2XFIA 1K6VA 4Y39A 5OZOA 4OBJA 1E5OE 2AVMA 3UDMA 2RKFA 3WZ8A 1RQ9A 2VJ6A 3BVBA 4Z2ZA 3OADA 4RLDA 3INEA 4NJVA 1C6XA 1APTE 3UDJA 4Y4ZA 2QHCA 3OXWA 4HDBA 4Y3ZA 1TCWA 5P11A 3PRSA 4FAFA 3OQFA 1QBTA 1W5YA 3OQDA 5KR8A 3OQAA 4EYRA 7HVPA 5P2VA 3IXKA 1GNOA 1W51A 4DPIA 5P4JA 4J1IA 2O4SA 5P4OA 3SKGA 3CICA 5P7ZA 2OHUA 2PYMA 5P5NA 4Y4EA 1NSOA 5P4RA 5P40A 1EC2A 1BXQA 3TL9A 5P0CA 1QBRA 2VS2A 3L5DA 4CPXA 3TH9A 4J0VA 4Y4GA 6FIVA 5P8QA 5P7DA 4YD4A 3K5GA 4QJ9A 2CENA 3DOXA 3UDPA 5IVQA 3TOHA 4YA8A 3QIHA 3SLZA 5HU1A 2F3KA 3S53A 5P79A 5P3LA 5P1XA 2PYNA 1FKNA 4DJQA 3KT2A 2QCIA 5OZJA 3BXRA 5KQYA 3TOGA 3IXJA 5P17A 5OZQA 5I70A 2AOEA 1IDBA 4ZLSA 5P7NA 1YTHA 5P8VA 3URJA 3UPJA 4APRE 5COOA 5EZXA 4R5NA 1YTJA 2IL2A 4ZSPA 3JVYA 4FM7A 3R2FA 2FDPA 4PHVA 2BKTA 5DR1A 3PWRA 3C9XA 5P85A 3VCMA 2FS4A 4YBFA 4X2LA 5P64A 1K1TA 1HVIA 5KR1A 5P6WA 3EM3A 5P3DA 3PBZA 4GJDA 5P0PA 2F3FA 2I0DA 4FGXA 5P4IA 3WB5A 3U7SA 3GI6A 1W5VA 1T7IA 5SY2A 5P58A 3UDNA 3FKTA 5P8PA 5P0YA 2QI1A 1XE6A 4KE0A 3T11A 1Q9PA 5HTZA 2Q15A 5P0DA 5P2XA 4RCFA 4Y4XA 5P5KA 2IEOA 3KDCA 1DAZC 2PK6A 4ZIPA 5DR4A 1FF0C 3KN0A 2G1NA 3NU6A 2AOCA 5CLMA 2V11C 5P1HA 1A8GA 5AGZA 6APRE 2IRZA 4DV9A 4FRIA 1BV7A 3D91A 1XL5A 2QMFA 4EJ8A 2G1RA 1EPLE 4Y43A 4D88A 1MVPA 5P4KA 5P4AA 3PWWA 3ZPSA 5OZ8A 5P0LA 4DFGA 2FNTA 3G72A 1BV9A 2Q63A 5P63A 5P8MA 2I1AA 3M9FA 2XYFA 5P4TA 3S45A 5P5MA 5P8DA 5BS4A 2ER0E 5P7WA 2HS1A 1HIHA 4LHHA 1C6ZA 4J1HA 1NH0A 4PPHA 3DUYA 2WF0A 2WHHA 1YG9A 4Y5NA 3Q70A 4EJKA 3OU1B 2AQUA 3UDKA 4Y44A 5P43A 1W6IA 1FFIC 2BPZA 2QI4A 5P7CA 4F76A 5OZLA 1CPIA 4Y5KA 5P27A 5P2BA 5OZ9A 1K6PA 1K2CA 5IVSA 2Z54A 3EL5A 5P0GA 4FSLA 3Q6YA 4RCEA 2QAKA 1D4JA 5P1QA 4RGHA 1BAIA 2F3EA 2QZLA 3DK1A 4I0IA 1GVTA 1DW6C 1YTGA 2F80A 5SZ9A 5P6XA 3UQWA 2ZHVA 4YE3A 5KQXA 4H3IA 3NU9A 3NU5A 3VFBA 1D4YA 2J9JB 4FRKA 4NKKA 5P4YA 4U7QA 2IKUA 3OU1A 3LIQA 3O99A 4LL3A 5P1OA 5HDXA 4GJ5A 2WL0A 1WBMA 3PVKA 2P3BB 5P6GA 3S7MA 5P12A 4EQJA 3VFAA 1MERA 1HIVA 2Q64A 2FMBA 1RL8A 4Y51A 3GGAA 3K5DA 4K9HA 1ZBGA 5P1JA 3D1XA 1AZ5A 3O9CA 3TPRA 2BB9A 4XXSA 3NLSA 2AVSA 1EC1A 3JW2A 4FRSA 4B72A 4RROA 4Y5PA 5P2LA 5C9BA 4H3JA 4Q1XA 2VKMA 5IS4A 4Z22A 1LEEA 5OZWA 4Y4BA 4LC7A 1XE5A 1W6HA 4Y57A 5P6RA 4YHQA 5OYXA 5P02A 3HVGA 5OZPA 4KE1A 5P2DA 1M43A 5DGUA 2J9JA 3SA8A 5P8TA 5KOQA 5OZBA 1ODXA 4WY1A 5P38A 4YD3A 4GMIA 3BHEA 2P3BA 5P60A 5P7AA 3O9LB 2FNSA 5P5OA 1DIFA 3TNEA 4NJSA 3ZKQA 5P54A 3UHLA 2IKOA 4DJXA 4K4RA 5P5ZA 5DQCA 1MTBA 5OYSA 3GW5A 2FXEA 4EP2A 1WKRA 1FIVA 5P5BA 3NDWA 4TRYA 1G35A 1SIVA 2WEBA 2NNPA 5P1ZA 4LXMA 3BRAA 4CPWA 1BBSA 4A4QA 4B00A 3UQUA 2HPFA 1B11A 5P4VA 3QP0A 1BWBA 3NWQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1D4S A;  2R9B A;  2ZJL A;  1SIP A;  1XN3 A;  5P01 A;  4JEC A;  5P61 A;  3IVI A;  5P4Q A;  1FQ7 A;  3OXC A;  2QD7 A;  3PMU A;  1ODW A;  5P3N A;  1LYW A;  2QHY A;  5AHB A;  1YX9 A;  1W50 A;  5OZI A;  4EXG A;  1FQ6 A;  2AZ9 A;  2V10 C;  3I25 A;  1U8G A;  3UTL A;  3Q3T A;  2VA6 A;  4YD5 A;  3K5C A;  1Z8C A;  2G1S A;  1HHP A;  1LYA A;  3KMY A;  5HD0 A;  5P5S A;  5JG1 A;  3UQR A;  5ISK A;  4RZ1 A;  3SA6 A;  4Y3W A;  5P82 A;  4ER2 E;  2H6T A;  4J54 A;  3OU4 A;  5I3Y A;  1OD1 A;  3CKR A;  4DQE A;  4FRJ A;  3QBH A;  5P5A A;  1JLD A;  3BUG A;  4QLH A;  3A2O A;  5P2J A;  2NTR A;  4J0Z A;  4H1E A;  1VIJ A;  4OC6 B;  5OZR A;  5P7Y A;  1E81 E;  2UXZ A;  2AOF A;  5OZD A;  5P3I A;  1NPW A;  3SA9 A;  4MC6 A;  3VSW A;  4TRW A;  1MPP A;  5P4C A;  1EAG A;  5P2F A;  3LPK A;  3CID A;  1A94 A;  1GVV A;  2A4F A;  5P8I A;  1LS5 A;  1ZLF A;  5E5K A;  2AZC A;  1EPN E;  2AOG A;  4R95 A;  2B7F A;  4Y5E A;  1SMR A;  4A6B A;  9HVP A;  2QU3 A;  2ANL A;  3L58 A;  2WEC A;  3BVA A;  5HCO A;  5HDV A;  1MET A;  5OZH A;  5P7M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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