5P5HA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 242
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5hA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5hA01
1SGZA 4AA8A 1UH8A 5SZ9A 3Q3TA 1SMRA 4Q1WA 2AOHA 3SA4A 1NPVA 1UH7A 4ZPEA 3ZPTA 1HPXA 5OZZA 1IIQA 3OQKA 5P3BA 2QU2A 4FSLA 3OAGB 1SP5A 4D89A 4Y5GA 2QCIA 3INFA 3MSJA 4Y5BA 4DQGA 2IKUA 1J71A 1TCWA 5P8NA 3PHVA 2AVOA 2FDDA 2WF1A 3LIQA 5OZQA 5P3AA 5P89A 2QAKA 1BXOA 3G72A 3TOHA 4Y4XA 5P8CA 2FXDA 3SA5A 1ZBGA 1HVSA 2QZXA 3EL4A 2NXMA 4KB9A 5P81A 5P37A 4Y3HA 1HVHA 3ZKMA 2F3EA 2QI0A 4RYGA 5P0VA 4K8SA 4GJAA 2H6TA 3ZKXA 3KFNA 1W5WA 3VSXA 5P0EA 3ZOVA 2V16C 2WF2A 2PC0A 3RSVA 3LIVA 2HM1A 3SA7A 3K5DA 3GGUA 3JW2A 3OTYA 3S7MA 5I3XA 3NU3A 5OZOA 4U7QA 1FMXA 1EPPE 1GVVA 4RYCA 3IVIA 1OEXA 2G1NA 5P2VA 2Q64A 1M43A 4D83A 4R92A 5OZGA 2I4XA 2A1EA 2FNSA 5P6OA 1HRNA 1N49A 5DPZA 4L7GA 5P0UA 5P68A 3IN4A 2HPFA 1D4IA 3FV3A 1OD1A 5P3YA 4Y38A 3WZ8A 3Q4BA 3OHFA 5FIVA 1AZ5A 1HSGA 1ZP8A 2G1SA 5P5SA 3ZPSA 4FRJA 3BRAA 2QI5A 1GVUA 1B6MA 1PROA 4Y4GA 3SABA 1FEJC 5P3SA 5P49A 4RVIA 5I70A 1MUIA 5P47A 1F34A 1XN3A 3NDUA 5P4UA 1MT9A 4GJ9A 2Q3KA 5P8GA 3TPRA 1U8GA 1HEGE 2OHQA 3Q6YA 3R2FA 4DQHA 4ER1E 2XYEA 3O9BA 5OZPA 1VIKA 3INHA 3WB5A 4Y5NA 5P1WA 5P34A 4XX4A 2ASIA 2B7ZA 2G1RA 1BVGA 5P4OA 1XL2A 5P1VA 3ST5A 1AJVA 5P4QA 2F3KA 1META 1ODWA 1MT8A 4KE0A 3S45A 1HIHA 5DGUA 3SQFA 2VNMA 1SDVA 4EJDA 1GNOA 4K9HA 3S43B 2B8VA 4J1CA 5OZXA 1HXWA 1MSNA 5AH6A 3N4LA 5ENMA 5P10A 5IS4A 4EJ8A 5P1CA 4PZWA 1GKTA 4YA8A 5P1FA 3L5FA 3SPKA 3NU6A 4RLDA 5OZ6A 3NWQA 3SA6A 1MESA 3OQAA 1LYAA 2QK5A 1KJGA 5P5HA 3EM6A 5P82A 2ZJMA 3NLSA 2NMYA 4DH6A 1NSOA 2G94A 5P5IA 4J1FA 5P8PA 3VF7A 3KDCA 5P8IA 2XFKA 5P1SA 4TRZA 2QI6A 3IXOA 3WZ7A 3BXRA 4J55A 3OU4A 4Y4WA 3OAGA 3EL5A 4FAFA 3O9IA 2QNPA 1C6XA 5DR1A 5P4MA 2ER9E 4QJ2A 5OZIA 3T11A 4HLAA 5JG1A 4Y5CA 5P83A 2O4PA 3OQFA 5P7HA 3KT2A 4Y5MA 3QVCA 3KYRA 4DPIA 2WEAA 3MXDA 5P7WA 5COPA 3UDRA 3DOXA 5IVRA 2ER0E 3I25A 5P5LA 2VJ7A 5P0RA 4YHQA 4Y3PA 5HVPA 3EM4A 4YOAA 4Y4BA 4OD9B 3APPA 4Y3GA 1FFIC 4EHCA 1KJHA 3OQ7A 2HB3A 5KR1A 4CMSA 5DQ4A 2Q15A 4U7VA 3R4BA 4Z4XA 4I0IA 2NXLA 3R0WA 4Y3ZA 2BPVA 2FLEA 3UFNA 2RKGA 5P5OA 2OHLA 5JODA 5P0DA 1Q9PA 1EC1A 5DQ2A 3TKGA 5F00A 1BILA 1ER8E 2NNKA 3KT5A 1IDAA 1IZIA 2PH6A 2IL2A 4I11A 3UDKA 3VCMA 4Y5PA 3SA8A 1LYBB 4EPJA 1D4JA 1ZPAA 4D88A 4ER4E 3S8IA 4GB2A 2HIZA 5P6VA 5C9BA 5IVQA 3MXEA 3U6AA 2P8HA 2JXRA 5P4BA 4B00A 5P2AA 5BRYA 1PPLE 5P6FA 3G6ZA 1SGUA 1B5FB 2V12C 5OZLA 5C9FA 3QS1A 3NU9A 4HDFA 1APTE 2I0AA 5P0QA 3EM3A 1T6EX 1RNEA 5P3QA 3OK9A 2PMAA 5P0OA 5P3HA 2IRZA 4F74A 5P39A 5KAOA 1YTGA 1LYWB 1MPPA 1C6ZA 4QJ7A 5OYXA 5P0FA 4B1DA 5HE4A 5P0LA 1FQ8A 5P6JA 1FIVA 5P78A 3UTLA 5P28A 2ANLA 2P3DA 5P0SA 2NR6A 4JOOA 5P6AA 4OBKA 2JJIA 4YCKA 5P7CA 3O9EA 3KDBA 5E5JA 4Z50A 4J1HA 1K1TA 5P6UA 1NH0A 1AXAA 1AAQA 2UXZA 5P5MA 5P24A 3LITA 4CPQA 3TH9A 5PEPA 2PYMA 3FX5A 2PWRA 4Y6MA 4EJKA 4Y44A 1NPAA 4JPCA 5P4WA 4Y3WA 3OY4A 4I0JA 5IVSA 4F73A 5P7BA 5P2BA 2ZHRA 1D4SA 5OYRA 3HVPA 2G1OA 1GNMA 2SAMA 4HDBA 5P3VA 1SDUA 5P5GA 1FQ6A 1D4HA 2EWYA 5P55A 2ZJJA 4FM7A 5KOQA 3OXVA 5P19A 5P4SA 1HPSA 1A8KA 4LC7A 2Q55A 4LXMA 4FE6A 2V0ZC 2QHCA 1B6JA 2O4KA 2BBBA 3KMYA 4YD6A 4F75A 4OBHA 5P7KA 3TL9A 1HVJA 2BQVA 3KN0A 4DFGA 2VIYA 2RENA 1W5YA 1NPWA 2OHSA 1TSUA 5P00A 4DJOA 2AVSA 2PSUA 5P3JA 5P40A 5OZRA 1MTBA 3NSHA 4S1GA 1EPLE 4H3FA 2HS1A 1ODYA 5HCOA 3PEPA 4OD9A 4GJ8A 4NPTA 4FLGA 5P7YA 3LINA 1MVPA 3VV6A 4GIDA 3IAWA 2WEDA 5P4PA 1BWBA 3SACA 4GJ7A 2HB4A 5ER1E 3PLDA 5OYSA 4DVFA 2AOEA 1W5VA 4Y4TA 5P5VA 1EBYA 3LPIA 5P65A 4DQFA 3NDWA 2ZHVA 4Y39A 5OYWA 3ZKQA 4EYRA 4Y5EA 2XYFA 2BKTA 4J0YA 3I6OA 5I3YA 3EC0A 4TRYA 5OZWA 5P22A 1EC2A 1KZKA 1XDHA 1BV9A 3ER3E 1PFZA 2IS0A 3ZPUA 5BS4A 5ISKA 1LYBA 5P2OA 2PK6A 5TOLA 2IGXA 2ZHTA 2NTRA 5P4VA 4RZ1A 1CZIE 1BV7A 5P67A 5OZCA 1IZEA 4YDFA 4Y54A 5P7ZA 4FS4A 2O4NA 5OYVA 5P4NA 4B77A 1FKNA 5P46A 3LIZA 4Y43A 5OZEA 4IVSA 1HVLA 2WF0A 4BFBA 5P6GA 5P18A 1G6LA 2BJUA 4RRNA 3IA9A 2ZJNA 4OBGA 1VIJA 4OBZA 3PSUA 5P5ZA 2JJJA 5P7IA 5HU0A 3ZL7A 5P7JA 5P11A 1KJ4A 2QI7A 3PWWA 1EPQE 4F76A 5P62A 4I8ZA 4DJQA 1IZHA 4Y3QA 3K1WA 2CEJA 4B1CA 5P8TA 5APRE 2VJ6A 2AOCA 4QLHA 5P64A 2G20A 4J0ZA 3B7VA 3M9FA 3LPJA 5P1MA 3FSMA 2G27A 1EBZA 2R38A 4M8YA 2ZJLA 1DW6C 1SMEA 5AHBA 5P6XA 4APRE 1E80E 1HVKA 2ZE1A 5P04A 5P7RA 5P3PA 5P2FA 2G69A 2NPHA 2HPEA 4R91A 3HW1A 3VF3A 3OUCA 5P1EA 5OZDA 1AIDA 4Y3LA 1LF2A 2QI1A 1EPNE 5P7GA 3OU3A 5P1GA 4Y3MA 4GYEA 3SAAA 4QJ8A 3PCZA 5P0KA 2VIZA 3OUDA 5P4DA 1GVTA 2O40A 3D1XA 2AIDA 2QD6A 5P3FA 4COEA 5OZ1A 5DGWA 5P6NA 5DR8A 5P0NA 4Y5LA 4HE9A 4Y47A 3VUCA 4ACUA 2HS2A 5P07A 3UDPA 3VG1A 3VLBA 2I4WA 4I0ZA 5P0PA 2WHHA 4DJWA 3I7EA 1T6GA 4Y48A 5P35A 3L59A 4DQBA 4NKKA 3ZMGA 3PSYA 5IVTA 5P4CA 5P38A 5P7QA 3D91A 7HVPA 1OEWA 5P4EA 3UDQA 1QBTA 3S53A 1HSHA 5HU1A 2I4UA 4Q1XA 3T6IA 3RVIA 4DJPA 4D85A 5P3MA 5P03A 5P2MA 3LZYA 5P59A 5P16A 2CEMA 2Z4OA 3TLHA 3CKTA 1YT9A 4EXGA 4ACXA 3EKVA 5P51A 3EMYA 3PM4A 4DQCA 2WF3A 5P8FA 5P0CA 4H3GA 2AVQA 3IXKA 4LP9A 5P2UA 3L5CA 4Y3SA 4Y4ZA 3WSJA 2PQZA 3JVWA 3QRVA 3UQRA 5IE1A 5P7VA 1HWRA 4TVHA 3HAWA 3GW5A 4Y4AA 8HVPA 1ODXA 5P8HA 3O9LB 5P5WA 3K5CA 4ZSRA 4ZIPA 5P2EA 1E5OE 2AQUA 4FRSA 3S54A 1GVXA 4YD5A 5P44A 5P5JA 1XE5A 2OAHA 2VA5A 3C9XA 4L1AB 5P50A 1Z8CA 2VS2A 1FFFC 1YG9A 3UQPA 5P84A 4DV9A 4I1CA 2QU3A 3PWMA 5KR8A 1C6YA 5OZ5A 5OZJA 1ZSRA 2FXEA 2Q5KA 5P1BA 2FIVA 3S56A 1E81E 4YCTA 1MEUA 5P85A 1DAZC 4Y3EA 5P25A 3PVKA 5P3XA 3TKWA 4M8XA 3I8WA 3T3CA 4GMIA 5P3RA 2OHMA 5P66A 4YD4A 4KUPA 2RSPA 2J9JB 4Y4EA 5DR7A 3FNSA 4H3IA 1BWAA 1AVFA 1OHRA 6APRE 3CMSA 3UFLA 1B6LA 4YE3A 2QD8A 3KFRA 3CIBA 5P8DA 1YM4A 4Y51A 4DJUA 1BXQA 5P09A 1T7JA 2IEOA 5F01A 1W50A 1LZQA 5KQXA 1ZLFA 5E5KA 2WJOA 3TOGA 1ZJ7A 4RRSA 3PRSA 3BVBA 2PH8A 1FMBA 4Y3XA 1HVIA 5P4AA 5AH9A 7UPJA 3NWXA 5P0XA 4Y57A 4Z22A 5HD0A 5I3WA 2QP8A 3VEUA 5P7TA 3SKGA 3IN3A 4ZLSA 2QHZA 4JP9A 3KM4A 4RCDA 3AIDA 4B1EA 1K6PA 4D8CA 3DV5A 3CIDA 3MSLA 4HDPA 5P5XA 4RVJA 4YD3A 3BC4A 4Y56A 5OYZA 3VYEA 3O9GA 3O9FA 3NXNA 3PSGA 5P1DA 4EP2A 3NUJA 3PI5A 5OZ7A 4WTUA 1Z1RA 4DUSA 3EL9A 5P5NA 2P83A 3QP0A 4XX3A 4L7JA 5P5YA 4U8WA 4OC6B 3CICA 5P3TA 2QMGA 1GNNA 5P2RA 4YBIA 5P6LA 1FF0C 2O4LA 2P3BB 2AZBA 5BWYA 5P5AA 2I4VA 5P17A 3EKPA 1CMSA 4AMTA 3HD8A 3H5BA 1B6KA 4PZXA 3HBOA 5P2IA 2OHRA 5OZNA 5P5DA 5P61A 1QDMA 3LIXA 4QJAA 1F7AA 2QD7A 2WEZA 5P5PA 3URIA 1WBMA 2FDEA 5P80A 3VYFA 1YX9A 5COOA 3CYXA 2ER6E 5P2CA 4DPFA 1MERA 5P63A 3UHLA 5P0YA 1C70A 4MC1A 1APWE 3VFAA 1GVWA 4R95A 1EPME 5T4SA 2AZ9A 2VKMA 1HTGA 1HBVA 2B42A 4EQJA 5P2KA 1EPRE 2OHPA 1HVCA 5P5KA 4ZE6A 1K2BA 3ZKIA 2QI3A 3EKQA 4Y35A 2QNQA 5P4JA 3GI6A 2VJ9A 2ZGAA 5P06A 4B05A 5P7AA 4Y41A 5P7FA 5P6SA 5HCTA 1FQ4A 2IDWA 4L1AA 1IBQA 1AJXA 3S43A 4ZSPA 2F81A 2V10C 4Y3DA 2PSVA 4PPHA 4TVGA 3GI0A 4E43A 1KJ7A 5P0BA 5P5FA 5P6EA 4J1EA 5KQFA 3K4VA 5P7XA 4BEKA 5HE5A 2F8GA 5P69A 3LNKA 2QMPA 2J9JA 3T7PA 4AZYA 3TTPA 4FL8A 4UPJA 1YTIA 5I3VA 5P8KA 2P4JA 5UPJA 3LHGA 4J54A 2R9BA 3TPLA 1RQ9A 4J1IA 2QI4A 5P87A 3Q70A 5OYTA 3QRSA 4GZFA 5P4ZA 5P6PA 1SDTA 2A4FA 5P2ZA 5KR2A 5P2NA 5P1RA 5P6HA 2BPWA 2G21A 1MT7A 5P4TA 5OZSA 5P0ZA 4BELA 4MC9A 1EEDP 2R3WA 5P02A 1FGCC 3IXJA 3K5GA 4J0TA 4Y50A 5DQ1A 3PBZA 4ZEAA 1XS7D 4N00A 1TSQA 5P3OA 3K4VC 3KFSA 3FIVA 4FCOA 3I2LA 3L5BA 4LXAA 2F3FA 3Q5HA 3NDTA 5P8VA 4J5JA 3KDDA 1MRWA 2I4DA 5P27A 4QJ6A 5P74A 2OF0A 5P41A 3OADB 1FG8C 4H1EA 5P4XA 1LV1A 3INDA 1M0BA 5OYUA 3T7QA 5OZKA 3CKRA 5HDZA 5OZ9A 3QN8A 1UH9A 1D4LA 1A8GA 3VSWA 5P1JA 3RTMA 1B5FA 3RTHA 1ZPKA 1W51A 5P2YA 3PI0A 4IVTA 4B0QA 3O99A 5P2HA 3WZ6A 4PHVA 4TRWA 3PMYA 3L58A 5P20A 5P6YA 5P0AA 3BGBA 5P6IA 5J25A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SGZ A;  4AA8 A;  1UH8 A;  5SZ9 A;  3Q3T A;  1SMR A;  4Q1W A;  2AOH A;  3SA4 A;  1NPV A;  1UH7 A;  4ZPE A;  3ZPT A;  1HPX A;  5OZZ A;  1IIQ A;  3OQK A;  5P3B A;  2QU2 A;  4FSL A;  3OAG B;  1SP5 A;  4D89 A;  4Y5G A;  2QCI A;  3INF A;  3MSJ A;  4Y5B A;  4DQG A;  2IKU A;  1J71 A;  1TCW A;  5P8N A;  3PHV A;  2AVO A;  2FDD A;  2WF1 A;  3LIQ A;  5OZQ A;  5P3A A;  5P89 A;  2QAK A;  1BXO A;  3G72 A;  3TOH A;  4Y4X A;  5P8C A;  2FXD A;  3SA5 A;  1ZBG A;  1HVS A;  2QZX A;  3EL4 A;  2NXM A;  4KB9 A;  5P81 A;  5P37 A;  4Y3H A;  1HVH A;  3ZKM A;  2F3E A;  2QI0 A;  4RYG A;  5P0V A;  4K8S A;  4GJA A;  2H6T A;  3ZKX A;  3KFN A;  1W5W A;  3VSX A;  5P0E A;  3ZOV A;  2V16 C;  2WF2 A;  2PC0 A;  3RSV A;  3LIV A;  2HM1 A;  3SA7 A;  3K5D A;  3GGU A;  3JW2 A;  3OTY A;  3S7M A;  5I3X A;  3NU3 A;  5OZO A;  4U7Q A;  1FMX A;  1EPP E;  1GVV A;  4RYC A;  3IVI A;  1OEX A;  2G1N A;  5P2V A;  2Q64 A;  1M43 A;  4D83 A;  4R92 A;  5OZG A;  2I4X A;  2A1E A;  2FNS A;  5P6O A;  1HRN A;  1N49 A;  5DPZ A;  4L7G A;  5P0U A;  5P68 A;  3IN4 A;  2HPF A;  1D4I A;  3FV3 A;  1OD1 A;  5P3Y A;  4Y38 A;  3WZ8 A;  3Q4B A;  3OHF A;  5FIV A;  1AZ5 A;  1HSG A;  1ZP8 A;  2G1S A;  5P5S A;  3ZPS A;  4FRJ A;  3BRA A;  2QI5 A;  1GVU A;  1B6M A;  1PRO A;  4Y4G A;  3SAB A;  1FEJ C;  5P3S A;  5P49 A;  4RVI A;  5I70 A;  1MUI A;  5P47 A;  1F34 A;  1XN3 A;  3NDU A;  5P4U A;  1MT9 A;  4GJ9 A;  2Q3K A;  5P8G A;  3TPR A;  1U8G A;  1HEG E;  2OHQ A;  3Q6Y A;  3R2F A;  4DQH A;  4ER1 E;  2XYE A;  3O9B A;  5OZP A;  1VIK A;  3INH A;  3WB5 A;  4Y5N A;  5P1W A;  5P34 A;  4XX4 A;  2ASI A;  2B7Z A;  2G1R A;  1BVG A;  5P4O A;  1XL2 A;  5P1V A;  3ST5 A;  1AJV A;  5P4Q A;  2F3K A;  1MET A;  1ODW A;  1MT8 A;  4KE0 A;  3S45 A;  1HIH A;  5DGU A;  3SQF A;  2VNM A;  1SDV A;  4EJD A;  1GNO A;  4K9H A;  3S43 B;  2B8V A;  4J1C A;  5OZX A;  1HXW A;  1MSN A;  5AH6 A;  3N4L A;  5ENM A;  5P10 A;  5IS4 A;  4EJ8 A;  5P1C A;  4PZW A;  1GKT A;  4YA8 A;  5P1F A;  3L5F A;  3SPK A;  3NU6 A;  4RLD A;  5OZ6 A;  3NWQ A;  3SA6 A;  1MES A;  3OQA A;  1LYA A;  2QK5 A;  1KJG A;  5P5H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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