5P5IA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 243
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5iA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5iA01
4Y5AA 4Y53A 5DGUA 5P2RA 5I3VA 2BKSA 4JPCA 3PWWA 1HOSA 2J9KA 3C9XA 1EC3A 3OGQA 5P46A 2PSUA 4F73A 2IRZA 2VIJA 2ZHSA 1TCXA 5P6QA 3CYWA 2BPYA 4DQHA 3K5DA 2WF0A 5P10A 5OZ9A 5P5PA 3BGBA 1AXAA 4Y3NA 3T3CA 1XS7D 5P8QA 3FNSA 5P3NA 2V12C 3TPLA 4FM6A 1MSNA 1D4SA 3URLA 4F75A 3NDWA 1APTE 2G1OA 1Q9PA 2PK6A 4EWOA 4K4PA 4LAPA 3BXSA 2R8NA 5P80A 5P5VA 3LZUA 4HEGA 1IZHA 1TCWA 2IDWA 1IZDA 3HAUA 3SO9A 1APVE 5P1RA 3ZKIA 4L7GA 4Y39A 4ZSRA 3LHGA 5P66A 4Y48A 5E5JA 5OZ6A 1HTRB 2BBBA 5P4OA 5P5KA 2RENA 3VEUA 1LF3A 3PSYA 4Y38A 4YBIA 4Y4EA 5P4DA 4ER1E 5P26A 2VIEA 3LIYA 4LBTA 5P1BA 4EQJA 5P08A 3VYEA 1BBSA 5P3WA 5P5EA 3LNKA 5P6TA 2AVVA 5P2ZA 3K4VA 5P8AA 2MIPA 5P2EA 5DR0A 5P2NA 3RTMA 4D88A 2PMAA 5OZSA 1EPPE 2G21A 3PSGA 1B11A 3FX5A 1HVJA 4I12A 4J17A 5IE1A 4B1CA 1KJGA 1NPVA 2NMYA 4XKXA 4I0HA 2WEBA 2IGXA 2O4SA 3EKQA 3ZKQA 4A4QA 1MPPA 5IS4A 5P2FA 5P8LA 3T11A 5P0IA 1C70A 1DAZC 4Y41A 4U8WA 3FSMA 3ECGA 2QNQA 2Q64A 2VA7A 3KT5A 1MRWA 4Z2ZA 2V0ZC 2Q54A 4TRWA 4RLDA 3I25A 3NXNA 1PROA 3UFLA 4DV9A 4FCOA 1PPME 1D4LA 2PYMA 3HVPA 4Y54A 3EBZA 4Q1XA 1K6TA 5P1WA 2FXDA 4LHHA 1SDTA 5ER1E 1SDUA 5COKA 2HB2A 5I3WA 3KN0A 5P57A 3OUDA 5KAOA 3EKWA 3RVIA 4Y3QA 2ZE1A 3K4VC 2G26A 3TTPA 3PLLA 5P6RA 5P3IA 2R43A 5OZ7A 4RRSA 2QI4A 4I11A 4MC1A 3TOFA 2FMBA 3N4LA 3UDHA 2FGVA 3LZSA 4Y4WA 4DPIA 3OUAA 4J0VA 1GKTA 1K2BA 2P8HA 1IVPA 2O4LA 4Y5CA 2G1YA 5P1SA 5P5ZA 4RCEA 3MSJA 3PBZA 5AHAA 3O9AA 4L1AA 5P3OA 5OYTA 1TSUA 3D3TA 3UDNA 5P14A 4XX3A 3VF7A 1ODWA 1QS8A 1W6IA 5P8SA 4DJVA 2AVOA 4Y3PA 5P82A 4YOAA 3HLOA 5P3GA 3UDJA 4Q5MA 4FRSA 4Y45A 4Y47A 2NTRA 1PSNA 1ZBGA 1EAGA 5P6HA 5P6BA 4DQFA 5KR1A 4EJ8A 5P84A 4B05A 5P8MA 4GJAA 1OEWA 2OHKA 3PM4A 1GNMA 5P4UA 2R3TA 5P4HA 2XFIA 5BS4A 1SDVA 4OC6B 5P23A 2IL2A 4J1FA 1U8GA 4F76A 3SA4A 1KJHA 2F3EA 3CYXA 2F3FA 2PH8A 1BXOA 2ER9E 3Q6YA 2R3WA 3OU4B 5P5UA 4APRE 5P7KA 4LXMA 3BVAA 1LV1A 2HC0A 5P0RA 3JVYA 3MSKA 4OC6A 4J55A 2QAKA 4CPXA 5P7FA 2PSVA 4PZWA 1TSQA 5P3EA 3FKTA 3FNTA 2AZBA 2QNNA 5OYRA 3EKVA 3O99A 2AVQA 3S53A 2FNSA 4DH6A 3L5EA 3QI1A 1YG9A 5P1GA 5P4IA 5OZ3A 2OHLA 1MT8A 5P2IA 5IVSA 4FE6A 2AODA 1NSOA 4Y3SA 4DQBA 2Z4OA 5P7VA 4YCYA 5P7SA 5OYUA 3EL1A 4Y4GA 5P03A 2QD6A 5P32A 3NSHA 5P2KA 4B78A 1T7JA 5P0ZA 4J0YA 3SQFA 5P1IA 1GVXA 4H3GA 2ER7E 5DQ4A 1T7KA 5P3HA 2PK5A 1HVHA 1LYBB 4RYCA 1ZLFA 5P1CA 4FRKA 4J1HA 5AH8A 2V10C 1F7AA 3SAAA 4EP2A 1N49A 3SM1A 3DUYA 5P0AA 3UPJA 4QLHA 1ENTE 5P0CA 2QI0A 1DW6C 1W5VA 4DJQA 5JODA 5KQXA 1B6LA 3EKXA 4GJ8A 1W5YA 5P8DA 5P0JA 6UPJA 4MC6A 3SKFA 1ME6A 3OHFA 4ZIPA 4YD7A 1FG6C 2FDDA 2FDPA 5P71A 5P17A 2FGUA 5P38A 4EPJA 1BDLA 4RRNA 5DR1A 5P2JA 3UQWA 1VIKA 4Y3ZA 3O9DA 4ZSMA 1HIVA 5P0MA 1SBGA 1IZIA 3QVCA 1PSAA 1AAQA 5OZ1A 5BWYA 5OYVA 5P19A 3MXEA 5P5TA 1TW7A 3QRSA 5P8RA 1BWBA 1EBYA 1MSMA 5P15A 5P5FA 1FMXA 5OZ0A 1MIQA 3K5CA 1E82E 4QGIA 3PGIA 5DQ1A 5P4ZA 4X2LA 4HDPA 5UPJA 1ZSRA 2WEAA 1PPKE 3EM4A 1FQ7A 5P34A 3TPRA 3BGCA 4YA8A 5P35A 4YE3A 5P5RA 5P3PA 5P1XA 1HIHA 4DJOA 3QN8A 5P4BA 2G20A 1DIFA 4U7VA 5KR2A 1W50A 2QMFA 2ZGAA 2WF4A 4ZE6A 5P2HA 5DGWA 5P43A 1C6YA 2HAHA 4Y3FA 5P2LA 4PZXA 2P3BB 3DOXA 3KFSA 3RSXA 4XXSA 3VFAA 5P4XA 2EWYA 4Q1NA 3LZYA 5P7OA 4NPUA 4CPUA 4DJUA 3HVGA 3N3IA 1D4YA 3O9CA 3SA5A 2NPHA 3L5FA 1ZPAA 2WF1A 3KM4A 2PWCA 1FQ8A 3PBDA 5DPZA 4EQ0A 5P05A 3SA8A 1META 4I0GA 1BIMA 3ZPTA 5OZFA 3I8WA 3KMXA 2JE4A 2NNPA 3S45A 2Q55A 1HHPA 1Z1HA 5DR4A 4LXAA 5OZAA 4J1KA 5OZOA 5OYSA 3ZLQA 2AVMA 2P3BA 4I0DA 5OZZA 2ASIA 5P2DA 5P8KA 4N00A 5P4VA 3T7XA 4Y3XA 5P0UA 2PWRA 4Y3HA 5P33A 4H3JA 1UH7A 4FAEA 2QZLA 1GVVA 1ODXA 5OZYA 5P4WA 4AZYA 3OTYA 3EM6A 4HLAA 3EL9A 3UCBA 5P1UA 5T4SA 5P65A 1A9MA 2OHRA 3UTLA 3IN3A 4KUPA 5OYWA 5P62A 1KJFA 1M0BA 4Y58A 1HPOA 4I0ZA 5EZZA 4Y3EA 1HEGE 3ZKMA 5P4GA 3TOHA 3NU3A 4K8SA 4CPSA 4OD9B 3O9LA 5P12A 3KDBA 5P47A 1SIPA 4Y5GA 3DCKA 1T7IA 1T6EX 3L58A 5P8EA 2O4KA 5P3DA 3O9BA 5P78A 2OHSA 4R93A 1XN3A 3TLHA 5P0PA 1EC0A 2VJ6A 5OZDA 1B5FB 5P1LA 4Y3JA 5P0SA 4YHQA 4WY6A 1KZKA 4GYEA 5P4FA 3WSJA 1EBWA 4Z22A 3SPKA 5IVTA 3IAWA 1LZQA 3QRMA 1T3RA 5OZ2A 2O40A 5HE4A 2I4VA 5P7JA 4APEA 4EXGA 3UDRA 3KT2A 3IGBA 3G70A 3Q5HA 3QVIA 1KJ7A 1WKRA 1EPLE 4H1EA 1DPJA 3IXOA 3FIVA 3DV1A 2B42A 4R5NA 1FQ5A 5P5HA 2HM1A 3L5CA 1B6PA 3OXWA 1RNEA 1ER8E 4HA5A 2NXMA 2I4WA 5HDUA 4B1EA 4JP9A 1CZIE 4NJSA 5OZMA 5P0WA 4H3IA 5P2QA 2QZKA 5P3YA 4I1CA 5P6SA 2QI3A 2QZWA 5P1OA 1MTBA 2PC0A 4DJPA 2BKTA 3K1WA 5P7ZA 3L59A 5P6ZA 1KJ4A 1M4HA 1PFZA 2I4QA 4Y4ZA 5P7QA 1HTFA 3LITA 3S7MA 2BQVA 2HS2A 3OTSA 3A2OA 2ZJNA 3ER3E 1LF4A 3RTHA 5P13A 3EC0A 1XL2A 4KE1A 2I4DA 5P3QA 4YCKA 5P83A 2V16C 5P2TA 5P27A 1RQ9A 1LYWB 3HAWA 5P8HA 4Y4AA 5P8NA 2P3DA 1D4JA 3MWSA 1FFFC 4FAFA 4F74A 5HCTA 2XFKA 1A8KA 5P61A 5P1NA 2WF3A 1QRPE 4KB9A 3GGXA 5P2VA 2F81A 5I3YA 4NJUA 3JVWA 4CKUA 1W6HA 3BRAA 3LPIA 1G35A 1IIQA 3GGUA 4RVJA 3SM2A 3NDUA 3TPPA 4QJ7A 5OYZA 1FB7A 5IVQA 3ZKXA 3OAGB 1FQ6A 7UPJA 3GGVA 3OU1B 2VKMA 5P3MA 2P83A 3HBOA 3FV3A 1NH0A 3R1GB 5P22A 3OGPA 1HBVA 5P5QA 3VG1A 5B18A 3EL0A 5KOQA 5P2XA 5P6CA 3URIA 1EPQE 5OZVA 5P0GA 3PRSA 3D91A 2JXRA 4IVTA 3WZ7A 3WB4A 2UPJA 1QBRA 3S43B 3KA2A 5P1JA 4TVGA 5DR8A 3PEPA 2ZHVA 4DJYA 5P0DA 3QIHA 4GJ9A 4Y9WA 1HSGA 2P3AA 4Y4JA 1EPRE 1QBUA 4E43A 5P51A 3PWMA 5P74A 3UDQA 2I4UA 5P8TA 5AHBA 3S43A 3I7EA 3U6AA 3L38A 1FEJC 3UQXA 5OZ8A 1YX9A 2JYSA 1RV7A 1FLHA 3S2OA 3LPJA 2Q3KA 3NLSA 5P59A 3OXVA 1BAIA 4M8XA 1HEFE 2WF2A 4Y44A 3PJ6A 4M8YA 7HVPA 5P7IA 3RU1A 1G2KA 1AIDA 3NDXA 2WKZA 1IBQA 3PB5A 4J1EA 2FIVA 3OWNA 5P4EA 5HCOA 3GW5A 5DR7A 2VIYA 5P0HA 4JECA 5P8CA 2B7FA 5P3UA 2OHNA 1HVLA 1BXQA 5P49A 2F3KA 3S7LA 4LC7A 1SGUA 1HRNA 1BILA 5P63A 5P7GA 1ODYA 5OYXA 5P18A 3R0YA 1HXBA 5HVPA 5P3LA 3INEA 5P52A 4Y3GA 4RCFA 3DV5A 2H6TA 1HPXA 3AIDA 1QBTA 1G6LA 5P6MA 5FIVA 4CPQA 5C9BA 2UXZA 3DK1A 1MUIA 1NPAA 5P0KA 4CPWA 1HTGA 3CICA 3VLAA 2FLEA 3OU4A 3G72A 5P6YA 1YTIA 2B7ZA 4IVSA 2VA5A 3BC4A 4RROA 4ZLSA 3R0WA 1FGCC 5SY2A 4EJDA 5P1MA 2QCIA 5P7XA 5P7NA 3VF3A 2ZDZA 1EBKC 5P76A 1HSHA 1E81E 1SP5A 3BUGA 5P2GA 4EJKA 2H6SA 4Q1WA 3EKTA 3TOGA 5P3JA 4I8ZA 4Y43A 3OADB 2R9BA 3I6OA 5P89A 5P7AA 1MTRA 5P7DA 4GJCA 4AA9A 5HU1A 5P09A 3KYRA 3UDMA 5P6DA 5P1QA 4QJ9A 1A8GA 3SA9A 1M43A 5P0LA 1XN2A 3IA9A 1UH8A 3QP0A 4DJWA 2P4JA 2G69A 2WEZA 5P50A 3INHA 3QAAA 4FSEA 5P5OA 1LYBA 3QRVA 4ZPEA 1Z8CA 3SLZA 1RPIA 4Y5PA 1APWE 1K6VA 2IKUA 3LIQA 5P1FA 2OHUA 5P6UA 3T6IA 5OZKA 1QDMA 3ZPUA 5P11A 1HXWA 4RVXA 4Y5MA 5OZLA 4Y36A 3EL5A 3NU9A 4ZSQA 3EM3A 3IXJA 5P4RA 3ZKSA 3ZMGA 5F00A 4RCDA 2Q11A 2FNTA 3CKPA 5P5XA 3VSWA 3PI0A 3UF3A 4DJRA 2FDEA 1DMPA 4BEKA 4I8WA 4R92A 4Y56A 1DP5A 3LINA 4Y57A 3INDA 4HZTA 3OUCA 3TPJA 3OQ7A 3OXXA 3TH9A 1FMBA 2AZCA 5P56A 4J5JA 2NMZA 4Y4UA 1XE5A 2ZHUA 2AOIA 5P07A 5KR0A 5P7CA 3NU5A 3SA3A 4DUSA 1GVWA 5P7TA 5SZ9A 4Y5KA 1K2CA 4BFDA 1J71A 2V00A 3I2LA 5P64A 3QBFA 1A94A 4EHCA 1ZSFA 4J1CA 4LP9A 4OBZB 3T7PA 1YM2A 5P60A 4Y51A 1PPLE 4I10A 4EXHA 1NPWA 6APRE 5P3AA 3GI4A 5P6OA 2XYFA 5P1KA 2J9JB 3S8IA 5JG1A 4TVHA 1T6GA 3EXOA 5P3VA 3D1ZA 2NXDA 3BUFA 3BUHA 3GGAA 2ER0E 1IDAA 3OQFA 3RTNA 2QI5A 5P0TA 3CIBA 4EP3A 3KDCA 4UPJA 3UQPA 4J0TA 3JW2A 2BPVA 1Z1RA 5P20A 1FG8C 2OHMA 5OZXA 5P6NA 4WY1A 4Y4BA 5P5CA 5P8UA 4DFGA 5ENMA 2ANLA 2AOHA 1HVSA 4FLGA 4I0EA 4BELA 3NWQA 3PMYA 4DQCA 2WEDA 3D1YA 3WZ8A 5P4JA 2PYNA 5P3ZA 5P5NA 5HU0A 3UDYA 4HE9A 2ER6E 2F80A 2QK5A 3NDTA 4Y37A 4ACXA 5AGZA 2IGYA 5P42A 4MC2A 3FNUA 2QD7A 5P1AA 5P4TA 5P5BA 2HB3A 4FGXA 4YCTA 5P4PA 3NYGA 1E5OE 5P0QA 2Q15A 3INFA 3F9QA 3HDKA 3L5BA 2RSPA 3WZ6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y5A A;  4Y53 A;  5DGU A;  5P2R A;  5I3V A;  2BKS A;  4JPC A;  3PWW A;  1HOS A;  2J9K A;  3C9X A;  1EC3 A;  3OGQ A;  5P46 A;  2PSU A;  4F73 A;  2IRZ A;  2VIJ A;  2ZHS A;  1TCX A;  5P6Q A;  3CYW A;  2BPY A;  4DQH A;  3K5D A;  2WF0 A;  5P10 A;  5OZ9 A;  5P5P A;  3BGB A;  1AXA A;  4Y3N A;  3T3C A;  1XS7 D;  5P8Q A;  3FNS A;  5P3N A;  2V12 C;  3TPL A;  4FM6 A;  1MSN A;  1D4S A;  3URL A;  4F75 A;  3NDW A;  1APT E;  2G1O A;  1Q9P A;  2PK6 A;  4EWO A;  4K4P A;  4LAP A;  3BXS A;  2R8N A;  5P80 A;  5P5V A;  3LZU A;  4HEG A;  1IZH A;  1TCW A;  2IDW A;  1IZD A;  3HAU A;  3SO9 A;  1APV E;  5P1R A;  3ZKI A;  4L7G A;  4Y39 A;  4ZSR A;  3LHG A;  5P66 A;  4Y48 A;  5E5J A;  5OZ6 A;  1HTR B;  2BBB A;  5P4O A;  5P5K A;  2REN A;  3VEU A;  1LF3 A;  3PSY A;  4Y38 A;  4YBI A;  4Y4E A;  5P4D A;  4ER1 E;  5P26 A;  2VIE A;  3LIY A;  4LBT A;  5P1B A;  4EQJ A;  5P08 A;  3VYE A;  1BBS A;  5P3W A;  5P5E A;  3LNK A;  5P6T A;  2AVV A;  5P2Z A;  3K4V A;  5P8A A;  2MIP A;  5P2E A;  5DR0 A;  5P2N A;  3RTM A;  4D88 A;  2PMA A;  5OZS A;  1EPP E;  2G21 A;  3PSG A;  1B11 A;  3FX5 A;  1HVJ A;  4I12 A;  4J17 A;  5IE1 A;  4B1C A;  1KJG A;  1NPV A;  2NMY A;  4XKX A;  4I0H A;  2WEB A;  2IGX A;  2O4S A;  3EKQ A;  3ZKQ A;  4A4Q A;  1MPP A;  5IS4 A;  5P2F A;  5P8L A;  3T11 A;  5P0I A;  1C70 A;  1DAZ C;  4Y41 A;  4U8W A;  3FSM A;  3ECG A;  2QNQ A;  2Q64 A;  2VA7 A;  3KT5 A;  1MRW A;  4Z2Z A;  2V0Z C;  2Q54 A;  4TRW A;  4RLD A;  3I25 A;  3NXN A;  1PRO A;  3UFL A;  4DV9 A;  4FCO A;  1PPM E;  1D4L A;  2PYM A;  3HVP A;  4Y54 A;  3EBZ A;  4Q1X A;  1K6T A;  5P1W A;  2FXD A;  4LHH A;  1SDT A;  5ER1 E;  1SDU A;  5COK A;  2HB2 A;  5I3W A;  3KN0 A;  5P57 A;  3OUD A;  5KAO A;  3EKW A;  3RVI A;  4Y3Q A;  2ZE1 A;  3K4V C;  2G26 A;  3TTP A;  3PLL A;  5P6R A;  5P3I A;  2R43 A;  5OZ7 A;  4RRS A;  2QI4 A;  4I11 A;  4MC1 A;  3TOF A;  2FMB A;  3N4L A;  3UDH A;  2FGV A;  3LZS A;  4Y4W A;  4DPI A;  3OUA A;  4J0V A;  1GKT A;  1K2B A;  2P8H A;  1IVP A;  2O4L A;  4Y5C A;  2G1Y A;  5P1S A;  5P5Z A;  4RCE A;  3MSJ A;  3PBZ A;  5AHA A;  3O9A A;  4L1A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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