5P5SA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 253
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5sA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5sA01
5P2FA 3ZPSA 4Y5EA 3UQRA 2XYEA 3QRMA 5P3PA 4I0JA 2AVOA 4CMSA 3H5BA 3PSUA 4AMTA 2OHQA 2I0AA 4Y38A 5P5MA 5P7HA 5AH9A 5P4BA 5P2JA 5ENMA 3U6AA 3PSGA 3SKFA 4Y3GA 3BUFA 3QVCA 4OBJA 2ZJJA 2AOFA 1VIJA 4NJTA 1OHRA 3SPKA 1YT9A 2IL2A 5P1VA 2B42A 3R1GB 1GVWA 5P75A 5P2UA 2NMZA 2QZWA 3HAWA 5P1GA 4FIVA 1HHPA 4DJRA 5P8OA 4FAFA 5P7YA 3RTHA 5AH8A 2QD7A 2ZJMA 5OYRA 4ZEAA 3SA6A 2F3KA 3T11A 5P2SA 2VNMA 5AGZA 5P48A 5P7GA 2WKZA 4B70A 3HW1A 2BBBA 4EQ0A 4IVTA 4FLGA 5OZWA 5P4MA 3QP0A 2BPZA 5OYYA 4YBIA 4RROA 4A6BA 3UHLA 5P0JA 3H0BA 3OU4B 2AOIA 5P2KA 3UFLA 5HVPA 3SA5A 5P15A 3OQKA 1SDUA 2FXEA 3TOGA 4R92A 3O9LB 4A4QA 2P8HA 5P35A 5P8FA 3K4VA 3C9XA 1EEDP 1LYBA 5P6AA 5P8AA 1IZEA 3B80A 4HDPA 5P0VA 2O4NA 2WF4A 3O9GA 4Z4XA 3I7EA 1GVTA 2FIVA 3BGBA 5P1TA 4Y3QA 3NDXA 1OEXA 3OU3A 4JOOA 1W50A 5I3YA 3ZKNA 1K2BA 5OZGA 1QBSA 2BB9A 3RU1A 5DQ1A 4NJUA 5P40A 5SZ9A 6UPJA 1HXBA 2AZ8A 3IXKA 3CIBA 3B7VA 2O4KA 3VSWA 3Q4BA 4RCDA 5P79A 4AUCA 4R91A 5OZDA 5P26A 3RVIA 4EJ8A 3I6OA 3IN3A 1XS7D 4CKUA 4H3JA 2O4PA 5JFPA 3DCKA 4J5JA 5P13A 4EP3A 4Y4BA 5P5BA 4GJDA 4MC2A 5P2NA 3GW5A 2QU3A 2CENA 1KJHA 1DP5A 2IENA 3VUCA 3GGXA 5HCTA 5P7IA 5OZOA 1DAZC 2I4XA 3T7XA 3ZOVA 1ZLFA 2VJ7A 1APWE 3UDMA 4HEGA 5P1AA 1GNOA 5P6KA 5P0TA 1HSGA 5KR1A 4QJ2A 4APEA 2FDPA 3OGPA 5FIVA 4Z22A 4PHVA 3WB4A 4Y54A 5P8PA 5P7RA 5P4SA 3OQ7A 1HPSA 4FSEA 1FQ7A 2AOHA 2HB4A 1T7KA 3UDKA 1F34A 3MXDA 2IDWA 5P4RA 1ZAPA 5P4UA 1C70A 5P7TA 1APUE 1EPQE 1D4IA 1GVUA 2IRZA 3KMXA 4B00A 2V16C 5P1YA 5P34A 2JJIA 3PMUA 5OZ0A 5P3SA 2ER7E 1E82E 4U7QA 3D91A 4H3IA 1CZIE 2PSUA 3RSVA 5P3XA 1YM4A 3Q6YA 3OU1B 2WEZA 4D8CA 4YOAA 3FV3A 3UDPA 1MT7A 2WEBA 5COKA 1BXOA 3VV6A 5P59A 5P2MA 4B72A 4EJDA 2IS0A 5KQZA 2R5QA 2ZHRA 3EL5A 5P6RA 3IVHA 5P00A 2QP8A 5P7LA 3HVPA 2XFIA 7HVPA 5HE4A 5P5OA 1FQ6A 3WZ6A 2O4SA 2FXDA 3HZCA 4HDFA 1FIVA 5OZCA 5P5RA 5P08A 1FQ5A 1W5XA 2UY0A 4Y3SA 4LAPA 2QNQA 1HWRA 1Z1HA 3IAWA 1K1UA 1IZIA 1D4HA 1G2KA 1EPLE 3UF3A 3T7QA 4DPFA 1SP5A 5P65A 2RMPA 3D1YA 4OBGA 5OZAA 3EKYA 1HVJA 2H6TA 3VF7A 5P2LA 5P5LA 3OWNA 3KDCA 4J1IA 4ZSQA 3NYGA 4FM7A 2ZJKA 2QCIA 3KFSA 3OAGA 4Y57A 2ZHTA 4LP9A 1RQ9A 5P7KA 3QI1A 5P0LA 4I0GA 4B1CA 2G22A 5P0HA 2OAHA 3UDRA 4EHCA 3ST5A 3URJA 1HPOA 1IDBA 4ZSMA 5DR1A 1MTBA 4HA5A 2VIEA 5DQCA 2OHUA 5AHBA 4YD7A 1NPWA 3NU5A 5P0QA 3FNSA 5P01A 3NU3A 4CPSA 2PQZA 5P3DA 2Q55A 5P77A 4TRYA 5DQ4A 3S85A 4ZSRA 5P11A 4B1EA 5P0AA 5P44A 5HE5A 1B6JA 3DV1A 5P6HA 5P0ZA 1EPOE 1PPLE 4K9HA 3OOZA 4Z2ZA 1PSAA 3VF3A 1OEWA 5OYWA 4Y39A 3O9DA 2ZJLA 2OHNA 4Y45A 3MSJA 4NJSA 3QIHA 4DQFA 4I0HA 1VIKA 2V12C 3LPJA 4RLDA 1HVKA 5DR4A 3OOTA 3G70A 3NXNA 2A4FA 4Y3YA 4K4QA 5P7PA 3OGQA 4KUPA 2IGYA 1K6CA 5OZBA 2QU2A 3R0YA 5DR0A 4Y50A 5KR2A 1LF4A 3FIVA 2QZLA 1UPJA 1FMXA 2RKFA 3QN8A 3KA2A 3NR6A 4RYGA 1KZKA 2I4UA 2Q63A 3VCMA 5P0FA 1SIPA 3KYRA 1HXWA 3LZUA 2CEMA 1EAGA 3IGBA 3ZKMA 4QJ7A 5P1JA 5P82A 4DPIA 2Q64A 3GGUA 4GZFA 3DK1A 1C6YA 1T7IA 5P3QA 3VLAA 3Q70A 4Y5MA 2P3BB 4GJ7A 3EM4A 3WZ8A 4RZ1A 3ECGA 5HCOA 5P5TA 5P1FA 1GNMA 4EP2A 5SXNA 5P7EA 5P3TA 3D1ZA 1MESA 5P38A 3PI5A 5P8MA 4ZPFA 5JODA 5AH6A 5P09A 5P5ZA 5P5YA 3L5CA 2ZHSA 5P1CA 5OZYA 2PWRA 3NWXA 3HBOA 1W5VA 1BWBA 5OZTA 3EKWA 2WF3A 3OTYA 1TZSA 1TSQA 4YDFA 4LXAA 7UPJA 3PSYA 4I10A 2WF0A 2G20A 5P7AA 5KR0A 4ZLSA 5BS4A 1AJXA 5KR8A 5OZ6A 1HVSA 2WEAA 5P39A 4FRSA 3VYDA 2QMPA 4Y4AA 3N4LA 4S1GA 3LPIA 3LIQA 5P06A 3SAAA 3LNKA 3R2FA 5P4GA 4Y56A 4WTUA 5P80A 3AUPA 2FNTA 2PH8A 3SA4A 2NMYA 1MEUA 5OZEA 3SA9A 2QZXA 4MC9A 1HTEA 1QBTA 4I0EA 5ER2E 3K5CA 4MC1A 5P6QA 5OZ9A 4ACUA 3VYFA 4YCKA 4ER1E 2PK5A 5COOA 4EYRA 3U7SA 1BVGA 1AJVA 3LZVA 3S56A 4TRZA 1CPIA 3EMYA 5OZUA 5P3AA 1GKTA 4OBDA 5KQXA 4Y4TA 5P3OA 2G1YA 5KOSA 3EKPA 2AZBA 2G26A 3OXWA 5P76A 5P2WA 5P5DA 5UPJA 5P1PA 5I3WA 5P7DA 1PFZA 5P4JA 2ANLA 2UPJA 5P0EA 3PWRA 1BV9A 2Q54A 3OXCA 1TSUA 5P2ZA 3DOXA 4Y4JA 4GJBA 2V00A 5P4LA 1Z1RA 5P43A 4MC6A 5P66A 4IVSA 3BUHA 3UDQA 4L7JA 3HAUA 2QAKA 3VSXA 5P8RA 2WJOA 3NUJA 5P55A 5P63A 3HVGA 3OAGB 4GIDA 2G1NA 1LYWA 4X7IA 4TRWA 2BKTA 1HIVA 3SA7A 2Z4OA 4DQGA 2JYSA 4Y3ZA 1QBRA 5P5WA 2V11C 1WBKA 3VYEA 4DJVA 2QMDA 4Y4ZA 2VKMA 5OZ7A 3CIDA 3QROA 3O9FA 3IXJA 4I11A 5P1XA 5P8DA 1FFFC 5P32A 3NDTA 2PSVA 3CKTA 4HE9A 3WB5A 1ZJ7A 3CMSA 5P30A 4FE6A 3MSKA 2G1SA 5OZLA 5C9FA 4ACXA 3TL9A 1YTHA 5OZHA 1U8GA 3SACA 3AIDA 5OYUA 3IN4A 1FQ8A 2I4QA 2F8GA 4Y47A 5P1DA 2AVQA 5DR7A 3K5GA 1MRWA 5P3ZA 3EC0A 2G27A 5P1NA 5P1QA 3DJKA 4F76A 4I0ZA 2WEDA 6FIVA 1ZTZA 5P4VA 2HIZA 4Y36A 5P73A 2ZGAA 4GMIA 1QS8A 3PWWA 4EWOA 5P5SA 4GYEA 2BKSA 3Q5HA 3VLBA 3HDKA 5P42A 4Y51A 4X2LA 3APPA 2B8LA 5P7SA 3ZKXA 1EC3A 1LZQA 1D4YA 1BXQA 4YE3A 5OZZA 2IEOA 3S45A 2BPYA 3TPLA 4XX4A 4YD5A 2P3CA 4Y44A 5P4YA 3TTPA 1ME6A 5P71A 3PM4A 5DGWA 3S2OA 1SMRA 1N49A 3IA9A 1XE5A 5P6CA 3O9HA 3PRSA 1D4SA 2OHPA 4Y53A 2WHHA 5P0PA 4D89A 2V0ZC 5OZRA 1HVLA 1Q9PA 4HLAA 5P3UA 3L5DA 4FGXA 5KQFA 3S43A 5P45A 5P81A 3PGIA 1LYAA 3N3IA 5ENKA 5P3JA 3JVWA 2RENA 4OD9A 5P5CA 1E81E 4Y3WA 2PWCA 5HDXA 4OBKA 3ZL7A 1HPVA 4Y3LA 1A8KA 3L59A 5P5JA 5HTZA 2NXDA 1EC0A 5P41A 1HOSA 5P5NA 2NNPA 3PMYA 1K6VA 4K8SA 4CPRA 2R8NA 1RPIA 5P53A 5P4OA 4J1KA 1MTRA 3OADA 3OTSA 3S7MA 4H3FA 5P52A 2AODA 2FGVA 5P88A 3KFNA 5P7BA 3TPJA 1IDAA 1EPME 3NDUA 3QBFA 5OYVA 4LL3A 4XKXA 4FCOA 1LF2A 3OXXA 1DMPA 2HC0A 5P8QA 3EBZA 1META 3FSMA 5P3CA 4PEPA 4PPHA 4Y48A 5P19A 2VJ6A 4BFDA 1BDQA 4RVJA 4ZE6A 4KE0A 1HTRB 5P1LA 5P8LA 5OZ4A 2AOCA 5P72A 4FM8A 1HBVA 4R5NA 5P4DA 3KDDA 2O40A 5P1OA 4N00A 3R4BA 5P29A 4CPQA 4OBHA 5OZVA 2IGXA 2I4VA 2EWYA 3L58A 5P50A 4ZPEA 1K6PA 1W51A 4M8XA 4DJOA 1ODWA 1Z8CA 3NU4A 4PYVA 5P5GA 5P36A 2WECA 3INEA 2ZJHA 4DJUA 5P31A 2AVVA 2P83A 3OHHA 4TVHA 4QLHA 5APRE 1XL2A 5P8IA 5OZQA 1LYWB 2B7ZA 3RTMA 3DUYA 4J1CA 1B6LA 4Y4WA 1B11A 5P0YA 3GI0A 3KT2A 5P3LA 4DJYA 4Y43A 4RVXA 2ZHVA 1HSHA 5IVTA 2I4DA 5P4XA 5DPZA 5SY3A 3PBZA 5I70A 2G21A 5P0WA 3SM2A 3KMYA 1FMUA 1TCXA 5P4KA 5DR3A 2ZE1A 5P49A 1EBZA 3EL9A 1MT9A 1EPNE 5P62A 4RYCA 4LC7A 5P5QA 1IZHA 3OUDA 4L1AA 4FM6A 5P5KA 3QRSA 1MSMA 2A1EA 4CPXA 5P4FA 3VEUA 2PK6A 2AIDA 3UCBA 5P3VA 5P4IA 1GNNA 5P1RA 3OUCA 5P4CA 4RVIA 2P4JA 3O9AA 3PVKA 1HVIA 4BELA 5OZJA 1CMSA 1DPJA 2IKUA 3BHEA 5EZXA 4FRJA 4DQCA 1ENTE 2MIPA 3EXOA 3G6ZA 3BVBA 1W6HA 3FNTA 2AOGA 2QI6A 3S7LA 3ER5E 3EL1A 5DR8A 4LXKA 3OQFA 1G0VA 4J0PA 4YD3A 5OZ8A 1LYBB 5P51A 3PHVA 1AM5A 5P14A 5OZ2A 3IVIA 2AQUA 3UQWA 1PPKE 9HVPA 4DJWA 4JP9A 3CYWA 4I8WA 4GJ8A 2R3TA 1HRNA 3VF5A 1SDVA 4U7VA 4Y5GA 4AA9A 2PYMA 1W5WA 2WL0A 1C6XA 1LV1A 3JW2A 3LPKA 5P22A 1SH9A 2B7FA 5P28A 3DM6A 3QRVA 1EBYA 1MIQA 5P1BA 5P2HA 2RKGA 4XX3A 5OZXA 2QHZA 1A30A 2OHMA 3LHGA 5OZSA 4EJKA 2XFKA 3OK9A 5P3EA 2R38A 3QVIA 3PCWA 3TPRA 5P6OA 4J1HA 2BPVA 5P5FA 5P3FA 1G6LA 3BUGA 1LEEA 5P6JA 3L38A 3S43B 5P2DA 1A8GA 1IIQA 4YCYA 5IE1A 1D4JA 4F75A 1LYAB 4WY1A 3UPJA 2R3WA 4OD9B 1BDLA 3TKWA 5DGUA 2CEJA 8HVPA 1HPXA 4Y3HA 5P25A 5P84A 5P2BA 4UPJA 5P1HA 5P2QA 4ZIPA 3SO9A 2QI4A 4B78A 3TPPA 4OC6A 3QBHA 2F3EA 1AAQA 2WF1A 1XL5A 2BPXA 2VIZA 4RCEA 5P1SA 5BRYA 1DIFA 5P8GA 2V10C 5OZ5A 5P2CA 5P4TA 4FAEA 3TOFA 1AZ5A 4Q1WA 3EL0A 4Z50A 4QJ8A 4U8WA 5P6WA 1YX9A 1FF0C 5P85A 4YBFA 4I0DA 3ZKGA 2NR6A 4Y5PA 3OXVA 2G24A 5P2RA 4YD6A 5P69A 1MVPA 4J0TA 4R8YA 5CLMA 5AH7A 2QMGA 3CICA 5P0MA 5P5VA 5P0RA 4Q5MA 1SGUA 1FGCC 4D88A 3U71A 5P20A 3HD8A 5P0CA 5P0SA 5P3RA 5PEPA 5P1IA 1QBUA 4OBFA 5OZMA 5JFUA 4Q1XA 2FNSA 2NXLA 2AZ9A 3BC4A 3D1XA 1MERA 3K4VC 4I0FA 3A2OA 5P7ZA 4RGHA 5P3YA 3G72A 1HTFA 3GI6A 5P3BA 1HIIA 4J1FA 1HSIA 4YD4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2F A;  3ZPS A;  4Y5E A;  3UQR A;  2XYE A;  3QRM A;  5P3P A;  4I0J A;  2AVO A;  4CMS A;  3H5B A;  3PSU A;  4AMT A;  2OHQ A;  2I0A A;  4Y38 A;  5P5M A;  5P7H A;  5AH9 A;  5P4B A;  5P2J A;  5ENM A;  3U6A A;  3PSG A;  3SKF A;  4Y3G A;  3BUF A;  3QVC A;  4OBJ A;  2ZJJ A;  2AOF A;  1VIJ A;  4NJT A;  1OHR A;  3SPK A;  1YT9 A;  2IL2 A;  5P1V A;  2B42 A;  3R1G B;  1GVW A;  5P75 A;  5P2U A;  2NMZ A;  2QZW A;  3HAW A;  5P1G A;  4FIV A;  1HHP A;  4DJR A;  5P8O A;  4FAF A;  5P7Y A;  3RTH A;  5AH8 A;  2QD7 A;  2ZJM A;  5OYR A;  4ZEA A;  3SA6 A;  2F3K A;  3T11 A;  5P2S A;  2VNM A;  5AGZ A;  5P48 A;  5P7G A;  2WKZ A;  4B70 A;  3HW1 A;  2BBB A;  4EQ0 A;  4IVT A;  4FLG A;  5OZW A;  5P4M A;  3QP0 A;  2BPZ A;  5OYY A;  4YBI A;  4RRO A;  4A6B A;  3UHL A;  5P0J A;  3H0B A;  3OU4 B;  2AOI A;  5P2K A;  3UFL A;  5HVP A;  3SA5 A;  5P15 A;  3OQK A;  1SDU A;  2FXE A;  3TOG A;  4R92 A;  3O9L B;  4A4Q A;  2P8H A;  5P35 A;  5P8F A;  3K4V A;  3C9X A;  1EED P;  1LYB A;  5P6A A;  5P8A A;  1IZE A;  3B80 A;  4HDP A;  5P0V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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