5P5XA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 258
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5xA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5xA01
5P2UA 4Y47A 3S7MA 3OADB 3SABA 1K2CA 1GVXA 5HDZA 1APTE 4Y3HA 2IGYA 2V16C 1BWBA 5P4IA 1LYBB 4Z22A 3SM2A 2ZYEA 3PSGA 3LNKA 2JJJA 3GGXA 4Y4DA 4FE6A 2WECA 5P4QA 3UQWA 5COPA 5P0UA 1FF0C 1DAZC 3LIYA 5P0YA 2VKMA 2VA7A 5P60A 4L1AB 3MXEA 5HU0A 2BPYA 5P7ZA 1OD1A 1D4IA 3HAWA 4PEPA 3S45A 4A6CA 2ZDZA 5COOA 5OYXA 1C70A 5OZ8A 5KR2A 4EJKA 3LZYA 1MEUA 3RTNA 2UY0A 3PGIA 5P31A 1D4HA 2PH6A 5P4GA 2BKSA 3TKWA 4D83A 3VF5A 4R92A 2Q11A 4EP3A 3N3IA 1AJXA 4Y37A 5P0MA 5JODA 3OGQA 3ZKNA 3GGUA 1UH9A 5P4NA 5P58A 3TOFA 4HDFA 2H6SA 3O9GA 1M0BA 4RGHA 1QDMA 3KDBA 5OZ4A 2QI7A 3QI1A 3RVIA 1W50A 5P4PA 5P1WA 4J0TA 2P3BB 4Y3ZA 4RVJA 3PM4A 5P3CA 3T7PA 5P2LA 5P7KA 2ZJHA 3CIDA 1KJFA 5P4WA 2OHTA 3K5GA 2QHCA 2ZE1A 4EJLA 4WY1A 4QJ8A 4Y5MA 2NMZA 5P3AA 4D88A 5HVPA 5P3HA 7HVPA 4KUPA 5P09A 3ZKGA 4A4QA 1SDTA 1LZQA 1Z8CA 1EBYA 3L5BA 3OU3A 1ZJ7A 4FCOA 5P6UA 1K6CA 3JVWA 2AOFA 1EPOE 4HE9A 5B18A 4XXSA 3HVPA 5P77A 5P63A 5P8LA 1BXQA 5P46A 4F75A 3PI5A 4Y3DA 4Y3YA 3K4VA 1ODXA 2VIZA 1K1TA 1WBMA 4DQFA 5P8SA 3UDKA 4OD9B 1FMUA 3PRSA 3DCRA 3EKPA 1B6LA 5P89A 1TW7A 5P8QA 5ENMA 2HB3A 3NDXA 5OZAA 4R91A 3HLOA 5SY2A 3LZVA 3HW1A 5KR0A 1E5OE 4FGXA 4Y3GA 4FM8A 1HXBA 3TOHA 5P5PA 4LXMA 3UCBA 4YDGA 3DOXA 5P27A 1WBKA 3H5BA 1IDAA 1PSOE 2QI1A 5P08A 1BBSA 5P5LA 4GIDA 4Q1WA 5P38A 5P3QA 4EJ8A 3BVAA 3PEPA 4RROA 5P01A 5P5DA 1T7JA 4J1FA 3MSLA 5P8CA 5AHCA 4YCTA 5P50A 5P32A 1IZEA 1FQ8A 4DVFA 1LV1A 2NXLA 1MPPA 4B1CA 5P7NA 5P0IA 1TQFA 3OWNA 4Y6MA 4DJXA 4Y3MA 3KF0A 5P42A 1B6KA 3QPJA 5P2WA 2IS0A 5P7QA 1BDQA 5P1KA 2AOCA 5P45A 4CPTA 3VUCA 2ZGAA 4H3GA 3QIHA 5P70A 2G21A 3PWWA 4Y3EA 4B05A 1LYAB 1B11A 4IVTA 4DQHA 5OZ5A 2XFIA 1MTRA 1N49A 2PSUA 3O9EA 2G1YA 3OXXA 3KDDA 5P4CA 4Y3WA 2QNPA 5AGZA 2I0AA 2QMFA 2WHHA 1HPOA 3CKRA 5P2HA 4DQCA 5P6IA 1ENTE 3UDQA 5P1YA 2F3FA 4EXHA 3LPKA 4NPUA 1ZPKA 2AOGA 3BXRA 2VIJA 4Y5PA 2J9JA 2ZJKA 5DR0A 4K4RA 1SDUA 4I0DA 2BPWA 2B8VA 5P6EA 3KYRA 5P4YA 5P1QA 3EKTA 1SH9A 4ER2E 5P7SA 5P6MA 4AA9A 1GVVA 4DQEA 4YOAA 5P1PA 5P5VA 5P7FA 2CENA 2EWYA 2RKGA 2IGXA 3IVHA 4U8WA 1MESA 3ZL7A 3IXKA 4EJDA 3TLHA 3PJ6A 1IVQA 3VG1A 5P2FA 3T11A 4AZYA 1TSQA 7UPJA 3UTLA 1AAQA 3U7SA 3OQDA 2APRA 4I0FA 3TTPA 4CPSA 5P1LA 3S2OA 1EPNE 4NPTA 2F81A 1W51A 2O40A 4EYRA 2WJOA 5P52A 1MRXA 3QROA 1EAGA 5HTZA 2VJ6A 3L5EA 1HRNA 4HZTA 4RRNA 3VYEA 1HVJA 1HIIA 2IL2A 4GYEA 5P7UA 5OZDA 1VIKA 1TCXA 5P3WA 5P5GA 3GI4A 1HVHA 4I8ZA 2OAHA 5P3KA 3URIA 4QLHA 2RSPA 3NU6A 9HVPA 5HU1A 3HZCA 4L7JA 1M43A 4MC2A 3FV3A 4FRIA 3UHLA 4DFGA 3IGBA 3LIXA 1PPME 1GVUA 3AIDA 5I70A 5P7PA 1FQXA 2QZLA 4PPHA 3OUAA 3O9HA 5P4HA 4AUCA 2FDEA 2QNQA 4ER4E 2QI5A 3BUGA 1HPXA 1FFFC 5P84A 3O9AA 1A8KA 4GMIA 5BRYA 3O99A 3NU3A 2QI6A 5COKA 5P3UA 2BKTA 3CMSA 1AXAA 2G1NA 3VLAA 3EXOA 4CPRA 4GZFA 4J17A 3BUHA 3D20A 1FGCC 4OC6A 3O9FA 5OZ6A 5P02A 5P4MA 2IKOA 1IZHA 3SA9A 3EMYA 1XE6A 2BJUA 2WEBA 1FIVA 4ZSMA 3KM4A 4FAFA 2P3CA 5P5ZA 2FGUA 1FMBA 2J9KA 2SAMA 5P5JA 2F80A 4RRSA 4YHQA 3QVCA 3Q70A 2MIPA 5P6CA 5P86A 3CYXA 2BPZA 4YD3A 2AZ9A 5P2JA 4LXKA 5HE5A 2I4WA 3SKFA 3CKPA 4BFBA 4Y43A 3INDA 3ZPSA 4ZSRA 5P3PA 2PMAA 2G1RA 5P0WA 4YA8A 1EEDP 4GJ9A 2JXRA 4RVXA 2HB4A 3D91A 2AOJA 4RZ1A 5P5UA 2QP8A 3ZLQA 4XX4A 5P6DA 5P0QA 2QK5A 3I25A 1U8GA 2VIEA 3OU4B 5HD0A 4H3JA 2OHKA 5P2RA 3Q3TA 1ODWA 5P35A 5P5MA 5P79A 2AOEA 5P12A 5P13A 4CPQA 5P1JA 3LZSA 1KZKA 1LF3A 4L7GA 5BS4A 2R3WA 4QGIA 5PEPA 5P41A 5P68A 4JOOA 1ODYA 5OZWA 3I6OA 3UDMA 5P1NA 1PPLE 3O9LB 5P0BA 5AHBA 2XYEA 2V13A 1EPRE 3EKQA 5P25A 5F01A 5P80A 4ZE6A 3FIVA 5P6QA 5JG1A 4X7IA 5OZVA 3KFRA 4Y39A 3G72A 2V11C 3DK1A 2AOIA 3QRMA 3WB4A 3KMXA 4K9HA 5KR8A 2B7ZA 2ANLA 1EC0A 4YD7A 3EM4A 2I4XA 5P8JA 3D1XA 1PSNA 5P40A 3GGVA 5P1SA 5P1HA 5P4EA 6UPJA 1FG6C 4Y48A 3LZUA 2V12C 3I2LA 4K4PA 5P1RA 2OHUA 5P66A 3KN0A 5EZXA 3K5CA 3VF3A 4RLDA 5OZCA 5P30A 3BGCA 5P14A 5P8IA 4OBGA 4Y5LA 5P1MA 5TOLA 3O9DA 1OEXA 3K5FA 5UPJA 3URJA 1HEFE 4PZWA 5KQXA 2FXDA 2VS2A 1C6YA 4J1HA 1GVWA 5P0KA 4YCYA 1HTGA 1M4HA 3HBOA 3D3TA 5P18A 1RQ9A 1ER8E 5OZMA 5P74A 2PSVA 3L58A 5P0LA 1K6VA 5OYYA 4R95A 2FLEA 2CEJA 5P82A 2G69A 3O9BA 3RSVA 1ZPAA 5KR1A 1YX9A 1EC2A 4DJRA 1FQ6A 2PYMA 1QBSA 1MT7A 5P0PA 5P0XA 1PFZA 1D4YA 1XN2A 4NJSA 5P3IA 3ZOVA 5OZ7A 4DJYA 5P69A 3ZPUA 5P0JA 3HDKA 4Y4ZA 5P75A 5P3FA 1QRPE 5OZHA 1SGZA 1DP5A 3FNTA 5P6KA 4XKXA 4YD6A 1HBVA 2WEAA 5P23A 1SIPA 5P7GA 1D4SA 2I0DA 1YG9A 5P3OA 3OUCA 5P6YA 4FM7A 3QBHA 4HVPA 5OZEA 4OBHA 4MC6A 4APRE 5P2TA 2NMYA 5HE7A 1ZBGA 1QBTA 3MSJA 3VEUA 4QJ7A 2QZWA 5OZRA 3UDRA 2QNNA 3OXCA 3SKGA 1T6EX 5P5RA 3K5DA 1YTHA 1AJVA 2NXMA 4FS4A 4Y3SA 1GNOA 5P3TA 2Z54A 3R2FA 5CLMA 5P4SA 5P8GA 3UQXA 4Q1YA 2HS1A 4LBTA 5P8FA 1TZSA 3QRSA 4LP9A 1IBQA 5P4BA 1LYWA 5OYRA 3ZKSA 1E82E 2I4DA 5BWYA 3LINA 4QJ2A 4FLGA 3VFBA 2Q3KA 1AIDA 1IDBA 4RCDA 2P4JA 5P6ZA 4UPJA 1W5WA 5P5QA 3ZMGA 3VSXA 1XDHA 4KB9A 2R5PA 5HDXA 2AIDA 4ZPFA 5P67A 5P8HA 4Y36A 4QJAA 2Q63A 3FNSA 4LAPA 5P1TA 5P57A 1YT9A 5I3XA 4COEA 4Y51A 5P47A 5P8UA 5P2CA 5EZZA 3O9IA 3S54A 2O4KA 5ER1E 2XFKA 3DM6A 3MWSA 4GJ6A 5P83A 4Y4TA 4YBFA 1YM2A 3PWMA 4DPIA 1MSNA 4NJUA 3C9XA 5P00A 2HIZA 3PMYA 3ER3E 1JLDA 3QVIA 5ISKA 5P16A 3SPKA 5P72A 3DUYA 5DQ1A 5P88A 5P3NA 1DIFA 3UFNA 1HIHA 3ZKXA 1RPIA 3M9FA 2Q5KA 4FM6A 5OZ3A 3UDYA 1QBRA 4OBDA 2R8NA 2NXDA 1GNMA 1HVIA 2AVMA 4M8YA 1J71A 5P5KA 3APRE 3OQKA 2IEOA 4Y4XA 5IE1A 5P1OA 2J9JB 5P3ZA 2I4QA 2OHSA 3T7XA 2Q15A 2Z4OA 4Y5NA 3OOTA 3S53A 4I12A 4R93A 5C9FA 5P6BA 1NPAA 2WL0A 2OHPA 2G24A 3INFA 5P55A 5P78A 5P7BA 1FQ7A 5P7LA 3LIVA 1AZ5A 4PYVA 3EBZA 1DW6C 5HCTA 3T7QA 5DR7A 4GJ7A 1A8GA 5P05A 3QN8A 3T6IA 5P8TA 4YBIA 2IQGA 5OYUA 4ZSPA 4Y4UA 3IN4A 1MT9A 1APUE 1CZIE 1KJ7A 1QBUA 2UXZA 3OQAA 2ZJIA 1HOSA 5KOSA 2UPJA 4WY6A 5P2EA 3SAAA 5P0NA 3UDJA 5P73A 3VSWA 2XYFA 4ACXA 5P5CA 1W5YA 3MXDA 2AQUA 2CEMA 1HSIA 3S43A 1A9MA 5P6TA 5P6RA 5P6AA 3F9QA 5P6NA 1A94A 1FMXA 5P76A 4Y4JA 3KT5A 4TRWA 3NYGA 4DH6A 4FRSA 5P0HA 5P0SA 3LHGA 3PLLA 5P5TA 3DV5A 2PH8A 5P5SA 2V10C 4I0IA 4OBZB 4M8XA 2WEDA 3VV6A 5KQYA 3HVGA 4IVSA 4CMSA 3KA2A 4YD5A 4TRYA 5P39A 4GJ5A 3CKTA 5HDVA 5P6SA 4APEA 4Y54A 5P2GA 3KMYA 3TNEA 4F76A 4RCEA 5P5EA 5P7WA 5P5AA 4I0ZA 2FGVA 1RV7A 4R8YA 5P87A 3EKYA 5P3EA 2PWRA 3KFNA 2FNSA 4DJWA 2OHQA 2QZXA 1KJGA 5P5XA 3KFSA 1SIVA 4OBZA 1C6ZA 3R0YA 3VYFA 4CPXA 1MSMA 4CPUA 2VNNA 5AH7A 3LPJA 3GI5A 4Z50A 1D4LA 3NDUA 5F00A 1FQ5A 5P2BA 5OYQA 4B70A 4OC6B 4J1CA 5DR3A 3APPA 1T7IA 4Y3JA 4Y5AA 5P6FA 4U7QA 3PSUA 5P0RA 1HTFA 2QD8A 3EL9A 5P5BA 3OY4A 4Y4EA 5P28A 4S1GA 4YD4A 3L5CA 3JW2A 4Y53A 3NDTA 3FNUA 4F74A 3NWXA 4Y41A 3PCWA 2PQZA 1BV7A 4YDFA 1ZLFA 4HLAA 2G26A 2A1EA 5P5FA 3ECGA 2ZJLA 2BBBA 1K6TA 5P7OA 4DUSA 3G6ZA 2IKUA 3RSXA 3GGAA 1FFIC 1UH8A 3S7LA 3WB5A 3Q4BA 5P1EA 5P51A 3UQRA 5P5IA 5P4KA 1META 3EC0A 4J54A 5HCOA 1BVGA 2ZJJA 2AZCA 4DJUA 5IVRA 2HS2A 4MC1A 3RTHA 4Y3AA 4B72A 1F7AA 4OBJA 1SBGA 2HM1A 5P6XA 5P8VA 4Y5BA 2PYNA 3U6AA 3BRAA 1G0VA 3K1WA 5P4ZA 4Y4GA 5P8DA 1HHPA 5OZQA 3S56A 1EPPE 5P8PA 3TOGA 4ZPGA 3NXNA 3LIQA 5P3BA 5P1DA 4KE1A 2O4SA 5P8AA 4EPJA 2F8GA 5OYWA 5DQCA 2ZHRA 1ZSRA 4RYCA 3A2OA 5P19A 1NPWA 3TL9A 3LIZA 4F73A 3VCMA 2Q55A 3UPJA 5P34A 3RTMA 1QS8A 3FKTA 3ZPTA 4I0HA 4L6BA 3BGBA 3NXEA 2QI0A 5DR1A 2HAHA 5P06A 4B1DA 1FB7A 5P2IA 1ME6A 4Y3NA 3CIBA 3L5FA 3EM3A 3SQFA 4I0GA 1XS7D 3AUPA 5P61A 4HDBA 3PBDA 5P3SA 5P26A 5P5WA 5P24A 1PROA 5OZTA 2OHRA 3SFCA 4Y5CA 1B6MA 4RCFA 5P3RA 1XE5A 5P4UA 5JFPA 1SP5A 5P4FA 5P7TA 5P4OA 2OHLA 5AH6A 2NPHA 4N00A 4DJOA 4WTUA 5SZ9A 2O4LA 4GJ8A 4J0VA 2A4FA 5P6WA 5P7YA 3PBZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2U A;  4Y47 A;  3S7M A;  3OAD B;  3SAB A;  1K2C A;  1GVX A;  5HDZ A;  1APT E;  4Y3H A;  2IGY A;  2V16 C;  1BWB A;  5P4I A;  1LYB B;  4Z22 A;  3SM2 A;  2ZYE A;  3PSG A;  3LNK A;  2JJJ A;  3GGX A;  4Y4D A;  4FE6 A;  2WEC A;  5P4Q A;  3UQW A;  5COP A;  5P0U A;  1FF0 C;  1DAZ C;  3LIY A;  5P0Y A;  2VKM A;  2VA7 A;  5P60 A;  4L1A B;  3MXE A;  5HU0 A;  2BPY A;  5P7Z A;  1OD1 A;  1D4I A;  3HAW A;  4PEP A;  3S45 A;  4A6C A;  2ZDZ A;  5COO A;  5OYX A;  1C70 A;  5OZ8 A;  5KR2 A;  4EJK A;  3LZY A;  1MEU A;  3RTN A;  2UY0 A;  3PGI A;  5P31 A;  1D4H A;  2PH6 A;  5P4G A;  2BKS A;  3TKW A;  4D83 A;  3VF5 A;  4R92 A;  2Q11 A;  4EP3 A;  3N3I A;  1AJX A;  4Y37 A;  5P0M A;  5JOD A;  3OGQ A;  3ZKN A;  3GGU A;  1UH9 A;  5P4N A;  5P58 A;  3TOF A;  4HDF A;  2H6S A;  3O9G A;  1M0B A;  4RGH A;  1QDM A;  3KDB A;  5OZ4 A;  2QI7 A;  3QI1 A;  3RVI A;  1W50 A;  5P4P A;  5P1W A;  4J0T A;  2P3B B;  4Y3Z A;  4RVJ A;  3PM4 A;  5P3C A;  3T7P A;  5P2L A;  5P7K A;  2ZJH A;  3CID A;  1KJF A;  5P4W A;  2OHT A;  3K5G A;  2QHC A;  2ZE1 A;  4EJL A;  4WY1 A;  4QJ8 A;  4Y5M A;  2NMZ A;  5P3A A;  4D88 A;  5HVP A;  5P3H A;  7HVP A;  4KUP A;  5P09 A;  3ZKG A;  4A4Q A;  1SDT A;  1LZQ A;  1Z8C A;  1EBY A;  3L5B A;  3OU3 A;  1ZJ7 A;  4FCO A;  5P6U A;  1K6C A;  3JVW A;  2AOF A;  1EPO E;  4HE9 A;  5B18 A;  4XXS A;  3HVP A;  5P77 A;  5P63 A;  5P8L A;  1BXQ A;  5P46 A;  4F75 A;  3PI5 A;  4Y3D A;  4Y3Y A;  3K4V A;  1ODX A;  2VIZ A;  1K1T A;  1WBM A;  4DQF A;  5P8S A;  3UDK A;  4OD9 B;  1FMU A;  3PRS A;  3DCR A;  3EKP A;  1B6L A;  5P89 A;  1TW7 A;  5P8Q A;  5ENM A;  2HB3 A;  3NDX A;  5OZA A;  4R91 A;  3HLO A;  5SY2 A;  3LZV A;  3HW1 A;  5KR0 A;  1E5O E;  4FGX A;  4Y3G A;  4FM8 A;  1HXB A;  3TOH A;  5P5P A;  4LXM A;  3UCB A;  4YDG A;  3DOX A;  5P27 A;  1WBK A;  3H5B A;  1IDA A;  1PSO E;  2QI1 A;  5P08 A;  1BBS A;  5P5L A;  4GID A;  4Q1W A;  5P38 A;  5P3Q A;  4EJ8 A;  3BVA A;  3PEP A;  4RRO A;  5P01 A;  5P5D A;  1T7J A;  4J1F A;  3MSL A;  5P8C A;  5AHC A;  4YCT A;  5P50 A;  5P32 A;  1IZE A;  1FQ8 A;  4DVF A;  1LV1 A;  2NXL A;  1MPP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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