5P5YA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 259
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5yA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5yA01
2ER6E 1YTGA 3UPJA 5KOQA 4F74A 5P4TA 3OHHA 4KUPA 5P54A 4Y53A 5P6PA 2NPHA 4Y5LA 1AVFA 3PCWA 2WEAA 5P7EA 3GI0A 1EPPE 5P8HA 2O4KA 4LBTA 3FV3A 3RTMA 4DVFA 3MXDA 4RCDA 1B6PA 2UY0A 4KB9A 5P32A 2NMYA 5HDXA 5P56A 5P18A 3S53A 3EL1A 3VEUA 2FS4A 4FE6A 3UFLA 1FQ5A 3HVPA 1HTGA 5P8KA 2I0DA 3EMYA 1K6VA 5OZPA 4F76A 1SDTA 2AZ9A 4Y44A 3N3IA 1W5XA 1PPME 5P0HA 1PFZA 4OBHA 5P65A 5P74A 5P1EA 5P4EA 1FMUA 4GJBA 8HVPA 4FSLA 5P8EA 1WBKA 4Y38A 4ZEAA 5P8LA 2OHLA 5HDUA 4HDPA 5OZVA 3SA5A 3NXNA 4PYVA 4MC6A 3ZL7A 3PBDA 1SMEA 5P7BA 3BUHA 3NDUA 4DQBA 5OZUA 1EPQE 2AZ8A 2HPFA 3PSGA 1PPLE 1W5VA 3VV7A 2Q64A 2V0ZC 4OC6A 4K8SA 2AODA 3VSWA 4Y4ZA 5DR4A 5P50A 1HEGE 3OUDB 3URJA 3KF0A 5P88A 7HVPA 1EC2A 2I4QA 2VA5A 4DJOA 2WF1A 3D1YA 4YD5A 1LF2A 5P2UA 2IRZA 2Q15A 3CKPA 2V16C 4BFDA 2HB3A 3D91A 2QZLA 3UDRA 4DPFA 1META 1HTRB 1KJ7A 5P72A 2PYNA 4Y9WA 4CPQA 1ZJ7A 2O40A 3OTYA 5OYXA 3CKRA 5P1LA 4EYRA 4EJ8A 5P2DA 4Y45A 5P39A 2IKOA 3IN3A 3SLZA 5OZOA 4ZPGA 1MUIA 2ZHVA 4Y3JA 5P3FA 1Q9PA 5P3SA 5P49A 5P4RA 5JFPA 2BKTA 5ENKA 4TVGA 4Y4AA 1APVE 4HE9A 3PLDA 4FS4A 4ZSRA 1GVTA 2V10C 3OXCA 4Q1XA 1TCXA 4LHHA 5P8AA 3UDJA 5P26A 1IVPA 5OYTA 4B78A 5OYYA 5P1JA 3PVKA 1LF3A 2HIZA 4DUSA 1IIQA 3LINA 5KR1A 1HIHA 1EBWA 1G2KA 4OC6B 4Y3RA 1MT9A 5P7DA 4BEKA 1W6IA 3OOTA 3L5FA 3UDNA 3PSUA 3KN0A 3O9FA 4NJVA 3TPRA 4J1HA 5P46A 3VFAA 2SAMA 3VCMA 2ZHUA 5P1DA 2AOJA 2FIVA 4YDFA 1D4JA 3UQXA 3B80A 3KFPA 5P1UA 5P60A 2QMGA 2ZE1A 3TPLA 3OXVA 4J54A 5P2HA 3WSJA 4D89A 4Y3MA 1TSQA 5P4FA 5P47A 2AVOA 1SGZA 2QI4A 3EBZA 3INDA 5P0RA 1IVQA 4DJWA 3LZYA 4Y3NA 5JFUA 3UDHA 5HU0A 4JP9A 5P24A 3EL0A 3UDQA 5P0BA 1ZP8A 2BPZA 4I11A 3TNEA 2HB2A 2VJ9A 3DK1A 4U7VA 4J17A 3PEPA 1PROA 4NKKA 4CPSA 4YHQA 3LZSA 2NMZA 5E5KA 5OYVA 2NR6A 3VSXA 5P84A 1ZPKA 4BFBA 4Y3EA 5P5LA 3OGPA 5P7UA 2NXDA 1FIVA 4RROA 5OZ7A 1XN2A 2QI5A 1BILA 5P06A 5P8VA 5P1KA 5ER1E 3SA7A 2WF0A 1FGCC 1B6JA 4LC7A 5P3YA 1Z1HA 5P38A 5ER2E 4YD7A 2G69A 3R0YA 1KZKA 4FIVA 5ENMA 4DQFA 3NUOA 1RQ9A 1HTEA 2AZCA 3QBHA 1FMBA 4DJYA 5P4UA 5P6YA 4I8ZA 1RV7A 2ZJNA 5P6JA 4Y58A 5P2BA 2OHPA 2ER9E 5P03A 2ZHSA 1HIVA 2IKUA 2R9BA 4DJQA 4U7QA 3VFBA 1HRNA 4OBDA 5P0UA 1LYBA 1A30A 2WKZA 2Z54A 5IS4A 1APWE 4Y4JA 5P0YA 1TW7A 3OXWA 3MSKA 4YD3A 5P7ZA 1A8KA 3VUCA 5P02A 5P5IA 3ZKNA 3NU3A 1Z8CA 1B6LA 1DP5A 3ECGA 3SKFA 2OHMA 5P8TA 1FEJC 5EZXA 2PSUA 3T6IA 5P0SA 1SIPA 3NXEA 1OEWA 4D85A 4RCFA 1HPXA 1FKNA 4FM6A 5P44A 5AHCA 3NU6A 4RVIA 2FMBA 3D1ZA 3QN8A 4XX3A 4HDFA 3BUFA 3OUCA 3K4VC 4FRJA 5P37A 3SM1A 5P5ZA 1CZIE 3VV8A 2G1OA 1DPJA 4Y36A 3OUAA 3PMUA 1FQ4A 4K4QA 4FAFA 3VF3A 1HVRA 3S7LA 2WHHA 2IGYA 4DJVA 4Y4TA 1AM5A 2B60A 3O9GA 3UQWA 4GJ9A 2O4PA 1BDQA 2RSPA 2JYSA 1BVGA 1W51A 4Y5KA 4OBZA 3R0WA 2BB9A 3NU5A 5OZQA 1ZSFA 2APRA 5P1RA 5I70A 4OBKA 1B11A 1YM2A 1MERA 1LV1A 4PPHA 3CIDA 5P41A 4I0GA 3PRSA 3VYFA 2NNKA 4I1CA 2AOGA 1IZDA 4B72A 2I4UA 2HM1A 4OBFA 4Y3PA 1SGUA 4R95A 5P76A 1LYBB 4APEA 4GJDA 4Z50A 1IBQA 4K4RA 5P67A 5P0AA 2AOCA 4ZPEA 4ZLSA 3LIYA 5P3CA 4RYCA 3EKQA 2QZKA 4Y4BA 2P3CA 2VJ6A 1BDLA 2ER0E 2JJIA 3IXJA 4GYEA 4J0PA 4EP3A 3TOFA 2AIDA 2QMDA 4B1CA 1GNMA 2FDDA 5P73A 4GJ6A 4QLHA 1BV7A 1HVLA 3NWXA 3VF7A 5OYQA 2A1EA 4TRZA 5P5KA 5P3UA 1MVPA 5SY2A 1QBRA 5P4XA 4MC9A 4RZ1A 2BPXA 2IQGA 5P3KA 5HCOA 4YA8A 2PK5A 4FRKA 5P0GA 3GI5A 3APRE 3UFNA 3OXXA 5P35A 4DI2A 1K2BA 2VNNA 2WF3A 5P33A 1HXWA 4I0IA 3NYGA 2R38A 4Y5AA 3GGAA 4Y48A 1TZSA 2F3KA 5P17A 3PCZA 2BKSA 2QNQA 4U8WA 1M0BA 1XDHA 3QVCA 5P3PA 5P4ZA 3ZKGA 3KFNA 3UF3A 2G1RA 4NJSA 5KR0A 4OBZB 3NU4A 1QBUA 4Z4XA 5P2KA 1ZBGA 1K6PA 1B6KA 3FNTA 4I0EA 1HVJA 2ZHRA 5OZ8A 1UH9A 5P8OA 4L7JA 2PYMA 3D3TA 5P7OA 2OHUA 1K6CA 5UPJA 5P2MA 2O4NA 3ZKIA 4FLGA 1XN3A 3WB4A 4FGXA 3EL4A 4B1EA 5P0WA 1D4KA 5DR1A 5P89A 2XYFA 5P5FA 5P48A 4EPJA 4HEGA 2RMPA 3OU4A 3NU9A 3OY4A 5P71A 4GJ7A 1ODYA 3G72A 3HAUA 1ER8E 3QRSA 3L5CA 7UPJA 1PSAA 3SQFA 3HVGA 2PMAA 4Y4GA 2PQZA 4GZFA 1EPME 2QD7A 2WL0A 2ZJIA 3O99A 4EQJA 3URLA 5P28A 2PSGA 2AOEA 1FQ6A 5P1QA 5P66A 1E80E 4ZSPA 3KM4A 5P6HA 5P09A 5APRE 2FLEA 2QD8A 4DJUA 5P4NA 4GMIA 2P83A 5P1PA 5OZ0A 5OYWA 1HVKA 4QJ2A 3KA2A 5OZ6A 1VIKA 1MEUA 5BRYA 2G22A 4OBGA 1LF4A 3MSLA 5KQZA 4I0FA 3OGQA 5P6CA 4DQEA 5P86A 3OU1A 4Y5NA 4AA9A 3EXOA 1F34A 1SDUA 3TTPA 3ST5A 1Z1RA 5P7LA 3GGUA 2G94A 2NXMA 2AOFA 4Y3ZA 3VYEA 5P53A 3G6ZA 3KT5A 1SBGA 2QI1A 4CKUA 4CP7A 4QJ7A 5JODA 4AZYA 4B1DA 5HE7A 4EJDA 2HC0A 2QMFA 5BS4A 2AVQA 4R8YA 1MSNA 3L5EA 3I7EA 2Q55A 1K1UA 2QI3A 4R92A 1ZAPA 3O9LA 3SACA 4WY1A 3SFCA 5P6BA 2VIEA 2VS2A 4ACXA 1HSIA 2WEDA 5IVQA 5OZDA 4Y3DA 2XYEA 3VG1A 5FIVA 1HVSA 2HS2A 2WF4A 3SA9A 3OU4B 3VLAA 3ZPTA 3L5BA 3GW5A 1IDBA 5P01A 5P8BA 5AGZA 1BWBA 5P5UA 1IZEA 5P2XA 4I0HA 3UTLA 5P7QA 4QJ6A 2P8HA 2QU3A 4HLAA 3RSXA 1BXOA 1BBSA 3NDXA 3CYWA 5P83A 3OADA 3S56A 5KQFA 3DCKA 5P6LA 5P2QA 2J9JA 5OZBA 4J1KA 5P0NA 3EC0A 5P13A 5P0LA 3WZ8A 3OUBA 5P11A 1K1TA 3HLOA 3ER5E 3PSYA 3ZPUA 3PHVA 4DJXA 5P7AA 1FFIC 5P6AA 5DR7A 5P7PA 5IVTA 6UPJA 3NDTA 2V11C 5E5JA 5P16A 4KE0A 5P04A 3VF5A 3FIVA 1JLDA 1WBMA 3QP0A 2BPWA 1A94A 5P45A 3Q70A 5P8DA 3LIVA 5P8FA 4RCEA 2QHZA 5COOA 2IDWA 3OQKA 3SO9A 3SAAA 5P2AA 3S2OA 1GKTA 2VIYA 2V13A 4R91A 3BGBA 3BVBA 3IXKA 3QRMA 3ZLQA 3HBOA 5P5QA 3SPKA 4B70A 3PWRA 4ACUA 2PWCA 3O9LB 1APTE 2HS1A 4Y4XA 2G27A 1MT7A 5P0IA 3VYDA 2QCIA 3I6OA 1EPLE 4J1CA 5P5NA 5P6QA 2FGUA 3BXRA 5P78A 5P63A 5AHBA 1D4HA 5P2SA 5OZAA 5HE5A 4XKXA 2ZJKA 3PWWA 5P23A 5P5PA 3QS1A 4YDGA 5OZIA 1KJ4A 3LHGA 3BUGA 2OHRA 3OQFA 1EPOE 4H3IA 2JJJA 3IVHA 3NDWA 2ZJLA 5C9FA 5AH7A 4QGIA 3SA8A 4KE1A 4Y47A 3EKVA 3EKPA 1FFFC 1SMRA 3QRVA 3BRAA 5P40A 1QBSA 4DPIA 3OADB 2G1YA 2I4WA 1CPIA 4APRE 4PZXA 3JVYA 2ZDZA 3U7SA 2J9JB 5P1BA 2ZJJA 1SDVA 1YTHA 5P4GA 1BVEA 1YG9A 5P4VA 5P7VA 3QBFA 5P34A 4B05A 4I0JA 3OQ7A 5P6VA 5P5RA 5IVSA 3JVWA 5OZJA 2RKGA 3LIZA 3RTHA 1E5OE 4Y51A 9HVPA 5OZ1A 4YBFA 1FLHA 5P5YA 3ZMGA 1RPIA 3S54A 3DUYA 4RGHA 5OZSA 4ZE6A 3L58A 4L6BA 5P1OA 1C6ZA 5P3JA 4Y41A 1GVUA 3IXOA 3PGIA 5P3GA 5OZZA 2AOHA 4DV9A 5P3BA 3Q3TA 2Q54A 4NJTA 5B18A 4HA5A 4D88A 1T3RA 5P64A 5P2EA 1HBVA 5OZXA 5P69A 5P8NA 5P7XA 5OZRA 1HXBA 3WZ6A 3TLHA 1LZQA 2QD6A 4B77A 5P5SA 1E82E 2AOIA 4F75A 1BAIA 5P7RA 4R93A 3URIA 4EHCA 3C9XA 3SA6A 3Q6YA 3QI1A 5P85A 1MT8A 4CPUA 1DMPA 2I4XA 3BGCA 3HD8A 2H6SA 2XFIA 4I10A 2P3BA 5P1CA 3KFSA 3LZVA 3CIBA 4R5NA 3K5DA 2BBBA 5P3EA 3IVIA 5P4JA 3ER3E 3T3CA 5P14A 2G1NA 2WF2A 2Q3KA 5P6MA 5P3XA 4J0VA 4JOOA 3BVAA 2QI6A 4L1AA 4COEA 3A2OA 5P00A 4L7HA 3DV5A 2AZBA 5P8JA 1KJHA 5P87A 5P05A 1G35A 5P4AA 1T6GA 5P4MA 5KQXA 3H5BA 1TSUA 2P4JA 3QAAA 4Y3WA 4JPCA 5P2IA 5P58A 5CLMA 5ISKA 5C9BA 3OHFA 2Q63A 5F00A 5P6EA 3O9CA 2FNTA 2OHTA 4A6BA 3INHA 1AAQA 4DQGA 3DOXA 4PZWA 5P4WA 5P4YA 3QPJA 4YOBA 3PLLA 4J0YA 1YT9A 3Q4BA 4ER2E 3BC4A 3K1WA 3RVIA 5PEPA 1YTJA 2R3TA 2OHKA 2A4FA 4RLDA 2BPVA 5DQ2A 4Y3AA 1XE5A 4Y37A 2G1SA 3PI5A 4GB2A 5P3QA 5P5WA 1OD1A 4J1EA 2B7ZA 5P2GA 5P0EA 3KDBA 4IVSA 5HE4A 5P5XA 3PMYA 3JW2A 5P6FA 2RKFA 2ZJMA 2HPEA 4EXHA 2P3BB 4Y3GA 1APUE 5P3WA 1UH8A 1XE6A 3LNKA 4RRNA 1C70A 1AIDA 4M8XA 4Y39A 3CKTA 3SA3A 3KDDA 3OQDA 2Q11A 5P51A 3UQPA 1QBTA 1MRXA 4H1EA 4L1AB 5P4IA 1LEEA 4QJ9A 1T6EX 1EC3A 3K5CA 5P3VA 1LYWA 2NXLA 2WJOA 1M43A 1IZIA 5P68A 1ODXA 2P3DA 1J71A 4N00A 4Y4EA 2CEMA 5P6DA 1K6TA 2PWRA 4NPUA 4JECA 3RTNA 2B8VA 5P6KA 4UPJA 3QIHA 1HHPA 5P8QA 2OHSA 5SZ9A 1YTIA 5P3NA 5P1XA 5P4CA 2IGXA 1VIJA 2ZHTA 3RU1A 5P2FA 1W5WA 4YBIA 1DW6C 2R3WA 2ANLA 3FKTA 2AVVA 1OHRA 1QS8A 1BIMA 2H6TA 5P8PA 5P10A 3TOGA 5P6NA 5P4SA 3MSJA 1CMSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ER6 E;  1YTG A;  3UPJ A;  5KOQ A;  4F74 A;  5P4T A;  3OHH A;  4KUP A;  5P54 A;  4Y53 A;  5P6P A;  2NPH A;  4Y5L A;  1AVF A;  3PCW A;  2WEA A;  5P7E A;  3GI0 A;  1EPP E;  5P8H A;  2O4K A;  4LBT A;  3FV3 A;  3RTM A;  4DVF A;  3MXD A;  4RCD A;  1B6P A;  2UY0 A;  4KB9 A;  5P32 A;  2NMY A;  5HDX A;  5P56 A;  5P18 A;  3S53 A;  3EL1 A;  3VEU A;  2FS4 A;  4FE6 A;  3UFL A;  1FQ5 A;  3HVP A;  1HTG A;  5P8K A;  2I0D A;  3EMY A;  1K6V A;  5OZP A;  4F76 A;  1SDT A;  2AZ9 A;  4Y44 A;  3N3I A;  1W5X A;  1PPM E;  5P0H A;  1PFZ A;  4OBH A;  5P65 A;  5P74 A;  5P1E A;  5P4E A;  1FMU A;  4GJB A;  8HVP A;  4FSL A;  5P8E A;  1WBK A;  4Y38 A;  4ZEA A;  5P8L A;  2OHL A;  5HDU A;  4HDP A;  5OZV A;  3SA5 A;  3NXN A;  4PYV A;  4MC6 A;  3ZL7 A;  3PBD A;  1SME A;  5P7B A;  3BUH A;  3NDU A;  4DQB A;  5OZU A;  1EPQ E;  2AZ8 A;  2HPF A;  3PSG A;  1PPL E;  1W5V A;  3VV7 A;  2Q64 A;  2V0Z C;  4OC6 A;  4K8S A;  2AOD A;  3VSW A;  4Y4Z A;  5DR4 A;  5P50 A;  1HEG E;  3OUD B;  3URJ A;  3KF0 A;  5P88 A;  7HVP A;  1EC2 A;  2I4Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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