5P5ZA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 260
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5zA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5zA01
3PMYA 5OZLA 1XE5A 2VA5A 3ZLQA 1T6EX 2NMYA 2PYMA 4I11A 4ZSMA 5P4CA 4PZXA 1W5VA 3EL0A 5P7CA 1MT8A 1IZEA 3QRSA 4X2LA 4L7JA 5P4OA 5P3OA 5P77A 4DPIA 3SQFA 5E5JA 3L5BA 3QBHA 3DCKA 5DQ1A 5P7MA 1META 1ENTE 5P5WA 1SDTA 4FGXA 1BV9A 1LF4A 1PPME 3L5EA 2PYNA 1GNOA 3IVHA 4ACXA 5P03A 3IXKA 3G6ZA 2OHMA 5HDUA 5P12A 3LZVA 4I8WA 5P6CA 5P7ZA 4DJYA 4EYRA 3RSVA 5ISKA 3G70A 4BEKA 2VJ9A 4XKXA 1MT9A 5P4MA 3GGAA 4CPSA 5P15A 4L1AA 1ZPKA 1SBGA 1FB7A 5P4HA 3IAWA 2FMBA 1K6PA 4YOAA 3UHLA 4DV9A 9HVPA 4Y5CA 5P09A 5P2YA 3ZL7A 1APTE 3PSYA 2NXDA 4EWOA 4B0QA 1K6VA 2FNTA 5I3XA 4J0ZA 3G72A 1HTFA 4OC6A 5P4YA 1KJ4A 3KFRA 1EBZA 2QI3A 3SA7A 5AHAA 5KQFA 4B00A 4APEA 4B1CA 5P4UA 3SM1A 3O9LA 3ZPUA 1W5YA 5P65A 4FSEA 3PBDA 3PI0A 1LF3A 1KJGA 4OD9B 1HTEA 4D85A 3EM6A 3O9IA 3UQPA 5P0NA 2QZLA 5P28A 1B6PA 4NKKA 5P5AA 5P3UA 3OU3A 1EEDP 4H3JA 1FG8C 5OZPA 3VV8A 5P3EA 2Q15A 5P0KA 1FGCC 1YTIA 3NWQA 3KFPA 5CLMA 5P4EA 5P8NA 4Y38A 5KR1A 5AHBA 1XN2A 2VS2A 5P6TA 4DQFA 1AAQA 5OZGA 4JOOA 2R3WA 4ZPFA 1HIHA 4EHCA 2F3FA 3JVWA 3NU5A 1FKNA 1IIQA 2V16C 3BGCA 4Y44A 5P4GA 5P1VA 4OBZB 3KT5A 2RENA 2P3CA 4FRJA 1LS5A 4RVJA 3D91A 3UQUA 2ZHSA 1MESA 4DI2A 3QRVA 5P6OA 4DJRA 1K1UA 1FFIC 1TQFA 5P0AA 5OZ7A 4M8XA 5P1SA 5P0TA 5P4KA 1FMBA 5P6JA 1ME6A 5P6RA 1W6IA 4QJAA 4TVHA 1U8GA 4DJVA 2F3EA 3WZ8A 1D4KA 3NU3A 5OZDA 4A4QA 2Q64A 4YBIA 6FIVA 3HZCA 1EC3A 3K4VC 5P7VA 2AVVA 5P33A 1G35A 5P0HA 3VG1A 2PSUA 2QD8A 3PB5A 5OYWA 3N4LA 3AIDA 4D89A 4DH6A 1B5FB 2B8LA 3FX5A 5P8MA 5OZ1A 5P61A 1LZQA 2O4NA 4RZ1A 1HHPA 1ZP8A 5P3QA 5P5XA 5P8QA 5I3WA 2I4QA 1IDBA 2OHKA 3OQFA 5P1KA 2BBBA 5P8LA 3EKVA 6UPJA 4I10A 3PM4A 5OZHA 4OD9A 3K5DA 4Y5MA 3S54A 1OEWA 3S7MA 1B6JA 5P35A 5P8UA 3L5CA 2PWCA 3FNUA 1IDAA 2AVQA 3FSMA 2IL2A 5P16A 2BPWA 2BB9A 5P6LA 1SMRA 4Y6MA 4CPRA 3O99A 5P6DA 4FLGA 4J0PA 1HVHA 1M0BA 2G24A 3CKPA 5KR2A 4GZFA 2NNKA 1A8KA 1PFZA 5P89A 4ER4E 4NJSA 5P5LA 4DJWA 3IXJA 3K5FA 5P4DA 5P4AA 5P0SA 4B05A 5P2JA 5P50A 2R3TA 5P69A 3BUGA 3IN3A 5P5GA 3JW2A 1Q9PA 5P0FA 5P20A 1AJVA 2ANLA 5P4WA 2WEZA 3M9FA 5IS4A 4Y9WA 3SKGA 3EL9A 5OYYA 3VF7A 4OBZA 3LIYA 3VLAA 4Y47A 5P23A 5F01A 5DPZA 4U8WA 3EKPA 5JFPA 3O9FA 2BKTA 5OZXA 2RKGA 2P8HA 3EL4A 4ZE6A 1AM5A 4EP2A 1K1TA 4QJ6A 3DV1A 2HM1A 3GI6A 1EPNE 3LPJA 3U71A 1YM4A 1OEXA 4HZTA 1AXAA 1QBRA 3EL5A 5P79A 1ZSRA 2I4WA 4Y3MA 4Y3JA 5ER1E 1BBSA 5HU1A 2AIDA 2ZJMA 5P7IA 1YX9A 5P4VA 4EQ0A 1WBMA 4Y53A 5P0BA 1B5FA 3K4VA 2R43A 3L3AA 4Q1YA 5P63A 1IZIA 4L7GA 2BKSA 1HVCA 5AH7A 3EKQA 3UDJA 5P4ZA 5DR7A 5P2QA 4AMTA 4Y4AA 1CZIE 1GVUA 1M4HA 5P13A 4Y36A 4OBFA 1APVE 1DPJA 5P22A 5P0GA 5P6FA 3EKTA 3PGIA 4Y50A 5P04A 3UCBA 5P62A 1HEGE 4LXKA 5P1DA 4RROA 2F80A 5P54A 2EWYA 3VSWA 4YD4A 5P1EA 4LC7A 4EXHA 1KJHA 3SA3A 2Z54A 1BAIA 2XFIA 2VJ6A 4WY6A 3DV5A 3TOGA 3QS1A 1RPIA 3LNKA 3O9HA 5UPJA 3NDWA 4B70A 3IN4A 3O9BA 5P2MA 5P8TA 1RQ9A 2RMPA 1QBSA 3TOHA 4FE6A 2IDWA 1FF0C 3QROA 5P1PA 3VF3A 4YBFA 1DIFA 3PI5A 5OZSA 3L5DA 3S53A 1HVSA 3RU1A 1XL2A 2ZJHA 3NUJA 4FL8A 2ZE1A 5P2OA 3SM2A 5P7NA 2WECA 5P06A 5P0PA 4Y3GA 1BVGA 5P3AA 2QK5A 5P8BA 5P5HA 3NSHA 4MC2A 2MIPA 1GVTA 5P6AA 3LIZA 2QI7A 2ZDZA 1HPOA 3N3IA 5P0LA 4Y41A 5P0MA 1Z1RA 3LPKA 1KJFA 5P2IA 4Y3TA 3LIVA 1BWBA 5ISJA 2AOJA 5P0QA 2P4JA 4CPXA 3CKRA 1EBKC 4AUCA 1QS8A 1C6YA 4TRWA 3KMXA 3OUBA 4ZPGA 4I1CA 1YG9A 5HDZA 3WSJA 1HTRB 5OZWA 3NLSA 4Y35A 4HDFA 2QNQA 3SA8A 4F75A 2QMGA 3ZKMA 5COPA 2WJOA 5AH6A 1SMEA 5P6HA 5OZFA 4Y5AA 5P7GA 2IKOA 5HE5A 2IS0A 4TRZA 4YDFA 5P5DA 4Y4GA 1EPPE 5P19A 3QBFA 1IZHA 1LYAB 3OOTA 4GJ8A 5P58A 2G22A 3SPKA 3GGVA 4B1EA 4RCFA 1XDHA 2OHSA 3H0BA 2ZHTA 4LL3A 2H6SA 4K4PA 4LXMA 3SA4A 1B6MA 5P0IA 2P83A 2P3DA 5P8FA 4H3FA 1MVPA 2QI4A 5P6WA 5P7AA 5JG1A 3VLBA 1TCWA 5P49A 5AHCA 5P43A 3U6AA 1EPRE 5OZMA 3UF3A 2QI0A 5P8GA 4U7VA 5P7RA 4R91A 5P31A 4PHVA 3D1YA 5P2VA 5P52A 2F3KA 3F9QA 1WKRA 2NPHA 5P1RA 3FKTA 3NU9A 1ZSFA 2HS1A 5P2NA 4COEA 3KFSA 3GI5A 5P2RA 5P25A 4GJAA 4GJDA 4L6BA 1APUE 4RRNA 4WTUA 1MSMA 3O9CA 1D4SA 5P1ZA 2APRA 3NDUA 1SIPA 1HIIA 4HEGA 5P8IA 1W5XA 1FQ7A 1Z8CA 3O9LB 1D4YA 4Y3SA 5OZUA 3PSGA 5P0YA 5P7UA 2ZJKA 1DAZC 2AZ9A 5P17A 2V11C 4FM8A 2XFJA 4RYCA 2QCIA 2F8GA 4Y54A 3BUFA 5P3VA 6APRE 3OTYA 2PK6A 5P47A 4J5JA 5OZRA 1B6LA 4NJTA 1BIMA 4K4QA 4LAPA 5P3HA 4ZPEA 2ZYEA 5P0VA 4Z50A 2F81A 4KB9A 1IZDA 5P0XA 4DQBA 1SP5A 5J25A 2R5PA 5IVTA 5KQXA 1LYAA 4NJUA 5P5RA 4J1FA 1HSGA 1K6TA 2I4VA 3T11A 5P7XA 5P5MA 1T6GA 2H6TA 4JPCA 3DJKA 5SY3A 2AZBA 3ZOVA 3A2OA 2AOIA 3TL9A 4Y56A 1EBYA 1XL5A 5P8CA 3PLLA 4Y39A 4DFGA 2HPEA 5KQYA 5P24A 1DMPA 4I0FA 4QLHA 4FCOA 2ZHVA 5PEPA 1A94A 2G20A 4Y4EA 4TRYA 4FAFA 2G27A 4AZYA 5P1HA 2BPXA 4B1DA 3OWNA 4IVSA 1SDUA 1QDMA 4TVGA 1RL8A 2Q11A 4F74A 2QMDA 3ZKNA 4CPTA 5P3GA 4YD3A 1ODWA 3OHFA 2AZ8A 1ZPAA 4AA8A 3OQDA 2OHNA 3KN0A 5P4TA 2OF0A 2QZXA 3INEA 1K6CA 2OAHA 3KT2A 4D83A 1CPIA 1A9MA 5ENMA 3B80A 5P27A 1CMSA 4ZSPA 4HDBA 3CMSA 5P0UA 3VUCA 4DJQA 3MSKA 2O40A 1ZAPA 1YM2A 5IVQA 5P6YA 5P55A 5HTZA 2QHZA 2QMPA 4RVIA 5P59A 5OYVA 2JJIA 4CPWA 1J71A 5P5PA 2I4XA 3TPJA 2VNMA 2J9KA 1E82E 5P6ZA 1MERA 2RKFA 1HXBA 5P00A 3UDYA 3OGPA 2NMZA 2WF4A 5P5ZA 1YTGA 5P46A 5P10A 4EP3A 4RVXA 5P6EA 4GJ9A 3RTHA 2PSGA 2FDPA 5P8OA 3GGXA 5P80A 5P2WA 3KDBA 4DQHA 5KOQA 2QD7A 2UY0A 1HPSA 1T7KA 2WHHA 4R8YA 3ZKQA 2OHLA 5P4XA 3OUDA 3EKXA 2FGVA 3AUPA 3R0WA 5P6MA 4I12A 4OBKA 4DPFA 5P2HA 3BVBA 5P1XA 5P6GA 5P3ZA 4L7HA 5OYTA 4JPEA 4DQGA 4Y4BA 5P70A 2G1OA 4ZEAA 3OK9A 4Z2ZA 3O9AA 3VEUA 3JVYA 5P5OA 5P6XA 3PSUA 5EZXA 4J0VA 5P05A 5HDVA 2HIZA 3I8WA 5P6VA 5P1BA 1FQ6A 4MC6A 3EM3A 5AH8A 5P48A 5P08A 2PMAA 4Y3EA 4XX4A 1PPLE 5DR0A 5P1QA 5P2ZA 3LITA 5P3RA 4GJ5A 4Y4XA 1BDQA 1TCXA 2HPFA 4I0EA 5DQ4A 5P5KA 3ZKGA 2Q54A 5P56A 1IBQA 3SACA 3T7QA 1MTRA 5P2EA 3UDRA 1NPVA 3URLA 3WB4A 3UQWA 7UPJA 3CIDA 3MXDA 4S1GA 3L38A 1HVRA 3QRMA 4U7QA 5P4SA 3I2LA 4FRIA 5OZ9A 3QAAA 3L58A 3TTPA 2G1RA 5P2FA 5P2SA 1RNEA 5P5BA 2QU3A 3FV3A 3S56A 4E43A 1G0VA 3MSLA 4HDPA 5P0RA 2OHTA 4H3GA 5P4RA 2QU2A 3KDCA 3UTLA 3HD8A 5OZ4A 2IGYA 5P75A 5P3KA 2CENA 5P7TA 4YCKA 3SAAA 1A30A 5P3JA 1HVIA 4JECA 2ZJJA 3T7PA 1EPME 1G2KA 3QN8A 5P7YA 3UDQA 5P02A 4FSLA 2B60A 1W5WA 4ZLSA 1W51A 4Q1WA 1FIVA 1FQ5A 4YD7A 5P72A 4ER2E 5P85A 3RTMA 1HVKA 2WKZA 5DR1A 5ER2E 1E5OE 1QBTA 2QAKA 5P5QA 1BDLA 3GW5A 4YD6A 5P5SA 3VF5A 3WB5A 2FLEA 3DK1A 3LINA 4J1KA 1DP5A 2WL0A 4Y4DA 4YDGA 2B7FA 3QVCA 3KDDA 5P51A 4Y43A 5P5JA 1FQ8A 5OZQA 1GNMA 5OZOA 5HCTA 5P7BA 2JXRA 2XYFA 5COOA 1ODXA 1D4IA 2SAMA 3NDXA 4FRKA 5P2TA 4J55A 5TOLA 4I0DA 2QNPA 3EMYA 2WF1A 5P1FA 1K2CA 2I4DA 5DR4A 5P7FA 3PMUA 2JE4A 4ZSRA 3NUOA 4PEPA 1PSOE 3QIHA 4Q5MA 5P26A 3B7VA 4NPTA 5DR3A 3KMYA 3RSXA 3D1ZA 5P7EA 1MPPA 3FNSA 3UDKA 4MC1A 4GJ7A 5HD0A 2IKUA 5OZTA 1FQ4A 5P2BA 3IXOA 3KYRA 5OZBA 3VCMA 2AZCA 2O4LA 5P64A 2CEMA 2AOEA 3MWSA 5C9BA 3OGQA 4Y4UA 5HE4A 2AVSA 1F34A 4D8CA 5C9DA 5P0WA 4ACUA 2IENA 5P4JA 2O4SA 1UH8A 2Q5KA 1UPJA 5P2KA 4Y3XA 4Y3PA 4Y5PA 5P0DA 1D4JA 4Y5LA 2ZJIA 1HIVA 1FQXA 2ER0E 3SO9A 5P0JA 3CYWA 3DUYA 1FEJC 4Y4ZA 4Y3HA 5P44A 3DCRA 5P0ZA 4R92A 1MSNA 3TPPA 4Y5EA 3SABA 1ODYA 5P87A 3UDHA 3FNTA 4GJ6A 2PH8A 1HWRA 4XXSA 3VYEA 5IVSA 5P84A 1BXOA 3VFAA 3EBZA 4Y3DA 5P8JA 3K1WA 3TKWA 2PH6A 4LXAA 3GGUA 5DGWA 4Y58A 1MRWA 2OHUA 4EJLA 4Y3QA 3LIXA 1ER8E 2HAHA 4I8ZA 3BVAA 2CEJA 1FMXA 4OBGA 4YE3A 5P7LA 4B78A 3VYDA 4RGHA 3CIBA 5OZIA 3ZKXA 5P3XA 4R5NA 2VIEA 2HB2A 3OXCA 3T7XA 3I6OA 4PZWA 2WEBA 4CP7A 1OHRA 2QI5A 3R0YA 1LYBB 3LZYA 4LBTA 5HCOA 4Z22A 1W50A 2ZHRA 5FIVA 1LYWB 1HTGA 5P7KA 2FNSA 5P66A 4FS4A 5P2CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PMY A;  5OZL A;  1XE5 A;  2VA5 A;  3ZLQ A;  1T6E X;  2NMY A;  2PYM A;  4I11 A;  4ZSM A;  5P4C A;  4PZX A;  1W5V A;  3EL0 A;  5P7C A;  1MT8 A;  1IZE A;  3QRS A;  4X2L A;  4L7J A;  5P4O A;  5P3O A;  5P77 A;  4DPI A;  3SQF A;  5E5J A;  3L5B A;  3QBH A;  3DCK A;  5DQ1 A;  5P7M A;  1MET A;  1ENT E;  5P5W A;  1SDT A;  4FGX A;  1BV9 A;  1LF4 A;  1PPM E;  3L5E A;  2PYN A;  1GNO A;  3IVH A;  4ACX A;  5P03 A;  3IXK A;  3G6Z A;  2OHM A;  5HDU A;  5P12 A;  3LZV A;  4I8W A;  5P6C A;  5P7Z A;  4DJY A;  4EYR A;  3RSV A;  5ISK A;  3G70 A;  4BEK A;  2VJ9 A;  4XKX A;  1MT9 A;  5P4M A;  3GGA A;  4CPS A;  5P15 A;  4L1A A;  1ZPK A;  1SBG A;  1FB7 A;  5P4H A;  3IAW A;  2FMB A;  1K6P A;  4YOA A;  3UHL A;  4DV9 A;  9HVP A;  4Y5C A;  5P09 A;  5P2Y A;  3ZL7 A;  1APT E;  3PSY A;  2NXD A;  4EWO A;  4B0Q A;  1K6V A;  2FNT A;  5I3X A;  4J0Z A;  3G72 A;  1HTF A;  4OC6 A;  5P4Y A;  1KJ4 A;  3KFR A;  1EBZ A;  2QI3 A;  3SA7 A;  5AHA A;  5KQF A;  4B00 A;  4APE A;  4B1C A;  5P4U A;  3SM1 A;  3O9L A;  3ZPU A;  1W5Y A;  5P65 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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