5P60A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 261
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p60A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p60A01
3HLOA 4K9HA 1QRPE 4X7IA 5P2YA 1RNEA 1FQXA 3K4VA 2QCIA 5P6MA 5P07A 5P2EA 4FRSA 3SA7A 1CZIE 4JPCA 4Y3SA 1BBSA 5P5EA 2JJIA 5P0AA 5P5IA 3CKPA 1GNNA 2AQUA 4FL8A 2XFIA 1FG6C 3ZPUA 1D4YA 4A6BA 5P1VA 2F80A 2B60A 5P7PA 4J17A 5HE5A 5P3TA 1SBGA 3T7XA 4AA8A 1D4SA 5OZVA 5F01A 5HD0A 5P39A 4YCYA 5P44A 3TOFA 2QI6A 3LITA 2Q63A 5P4NA 5HDVA 1FB7A 3L5EA 5P3OA 5P1UA 3NUOA 2VJ6A 5P15A 3EKQA 5OZYA 4ACXA 2F3EA 4Y44A 3LZVA 1LYAB 3NUJA 5OYYA 4PZWA 2QZXA 5P2RA 5P25A 5ER2E 5P8FA 1ZTZA 3N3IA 5COKA 4XX4A 1ODYA 4AZYA 5P2IA 3PB5A 1B5FA 5P1PA 2ER6E 3O9HA 2IGXA 3NR6A 3VEUA 3U6AA 2I0AA 5P86A 2G26A 3UPJA 5P5OA 5IS4A 1HHPA 5P1ZA 1MTBA 2EWYA 2PYMA 4Y39A 3L5CA 2WHHA 5P27A 3R4BA 4Y3FA 1HPOA 4DQCA 3KN0A 5KAOA 4ZSMA 3WZ6A 2NXMA 3PWWA 5DPZA 3AIDA 3H5BA 1B5FB 5P1HA 4ER4E 5HCTA 3UQXA 2PSGA 5P55A 4KE0A 5P6IA 1B6PA 5AH9A 3D3TA 5P28A 3CICA 4S1GA 3PVKA 4YD7A 3K1WA 2O4LA 3F9QA 5P67A 4K4RA 4CPXA 5P5RA 2AZBA 2ZJHA 5P7DA 2HB4A 3VYFA 3NU4A 3B7VA 4J1HA 5JODA 1A8GA 5KR0A 1XN3A 3D1XA 3URIA 5P1RA 1YTGA 3NYGA 4DJUA 2G69A 4Q1NA 3EL9A 4FIVA 3QBHA 2QMDA 4R95A 2MIPA 3O9LB 1W5VA 2G1RA 1DAZC 5P7OA 2QHZA 1HWRA 4I0ZA 4Y5CA 1LYBA 1ZP8A 3IVIA 4OBJA 4OBKA 2H6TA 4Q1YA 5P0SA 5P0JA 3NWQA 3JW2A 5COOA 1YM4A 4RRNA 4GJ9A 2HS2A 4Y4EA 1HXBA 3QN8A 5P3AA 5P09A 2QMFA 3G72A 3R1GB 2HM1A 3S56A 3GGVA 5P62A 4OC6B 1HSHA 5HU1A 5P0XA 2IDWA 5P2HA 1EBKC 2I4WA 3ER5E 4B77A 1MRWA 4EHCA 5OZDA 5P7ZA 4J0TA 3LZYA 2FGVA 5E5KA 4CKUA 4L1AA 4FS4A 4DQEA 5HDZA 3EL0A 2P3CA 1ZPAA 1ENTE 2R38A 2AOIA 3SFCA 3LZUA 1W6IA 1HPSA 3IGBA 4U7QA 1HVLA 5DR8A 2ZHSA 3OUAA 3ZL7A 1F7AA 4DJYA 5P82A 3VFBA 2OF0A 2HIZA 2NNPA 3SO9A 4X2LA 3IXJA 3S45A 1PSOE 1D4LA 3I6OA 3OXWA 5P54A 3ZMGA 3IXKA 3T3CA 3O9FA 4FSLA 2I4DA 3KDBA 4Y3QA 2NXDA 7HVPA 3FV3A 5P6YA 5P5LA 5P4FA 5P7WA 5OYZA 5P0CA 5P3UA 4J1EA 3BGCA 3BUFA 1T7IA 3S43B 1HEFE 3ST5A 4RYGA 5P5MA 5IVQA 3SA3A 1CMSA 3HVPA 3MSJA 5I70A 1DMPA 1LEEA 1RPIA 5P2BA 2PMAA 5OZWA 5P1CA 4IVSA 3I2LA 4NJTA 1G2KA 2QMPA 4ER2E 1RV7A 3QS1A 2B42A 1PROA 1YTHA 5SZ9A 2AOCA 1FFFC 1KJHA 5P1KA 3TPRA 4FRKA 3A2OA 3K5GA 5P4GA 4DI2A 3KFPA 3LPIA 5P8CA 4MC6A 1SH9A 1FLHA 4BFDA 5HCOA 5P16A 5OZSA 4B0QA 3I7EA 4Y58A 4LHHA 5P7LA 2QD7A 3ZKIA 3INFA 6APRE 5P72A 3PMYA 3QI1A 2ZJMA 5P6JA 2Q5KA 5OYWA 1B11A 5P4IA 4QJ7A 3OU4A 3T7QA 5P8QA 3LPJA 2FDDA 3TH9A 5P5AA 4Y4TA 1QS8A 2V0ZC 5P5CA 3T11A 4DJPA 4FRJA 1E82E 4F73A 1LF4A 5P6PA 5P71A 4DJXA 3TOGA 4B1DA 4FRIA 3PCZA 2OAHA 3O9IA 4Y6MA 4Y9WA 3K4VC 4Y54A 5ER1E 5DR1A 3UDKA 1UH8A 5SY3A 1RL8A 4MC1A 5P0FA 2P4JA 4FAFA 5P38A 5AH6A 3DM6A 2AZ9A 3SM2A 4YD5A 5P3YA 4RRSA 4Y3MA 5P02A 3PSYA 5P10A 4WTUA 3UQUA 2F8GA 2QMGA 1TQFA 4QJ8A 3GGUA 1A8KA 4Y3GA 4EYRA 5P1WA 5P6HA 3K5FA 5P68A 3AUPA 5P3XA 3OQDA 1WBKA 5P37A 2PK5A 1MT7A 3UDQA 1BVEA 3INEA 2R5PA 4GJDA 5P6VA 4B00A 2OHUA 4B78A 2F3FA 4ZLSA 2CENA 4GJ8A 3QBFA 2H6SA 2UPJA 2Q55A 5P7CA 5P3BA 5P3HA 1EEDP 5P6BA 3OAGA 5OZEA 1BV7A 1HIVA 4Y4ZA 2BBBA 5P30A 3OQFA 3FX5A 2IQGA 5COPA 1MPPA 3UDNA 3ECGA 4FCOA 5P5YA 2NXLA 4LAPA 1NPVA 5AH8A 4HZTA 4OBFA 5OZXA 2R9BA 3LNKA 1TSQA 3EBZA 4Y5NA 5AH7A 5P48A 5SXNA 3PEPA 2P3BA 4RROA 5HU0A 2QD6A 5P4MA 2RKGA 2ZDZA 2XFKA 2IEOA 5P0EA 5OZOA 2VA6A 3SLZA 1IDBA 5P5TA 3MXDA 3D20A 3VSWA 2APRA 4Y3JA 4TRZA 1FEJC 4TRYA 5APRE 4OD9B 3OTSA 1A94A 5P80A 4Y43A 4XX3A 5P43A 3OXVA 4Y3PA 1UPJA 3KMYA 5P57A 4CPUA 1K6VA 2P3BB 3OUDB 5P6RA 5P0LA 5P1NA 4FSEA 3URLA 2FLEA 3NDUA 5P26A 1GVXA 3OUBA 2JYSA 3Q6YA 4QGIA 2J9JA 5P1MA 4EJLA 2XYEA 5P4VA 5P79A 2V13A 2WKZA 2QNQA 4ZPEA 1GKTA 1AVFA 4I0DA 1C6YA 1CPIA 1EPRE 4I11A 4EJ8A 2AVVA 1D4KA 1E5OE 3EL4A 2AVSA 4FM7A 4HLAA 2G20A 4I0GA 4DPFA 3VCMA 1KJFA 1T7JA 4K4QA 3NXEA 1PPKE 5P5VA 2BPZA 3EKPA 4YDGA 5P6ZA 2J9JB 3GI0A 4L7HA 3OOTA 3IA9A 4FE6A 4Y38A 3O99A 5P7AA 2V00A 2F3KA 5P5NA 1MIQA 2B8LA 2VIEA 5P60A 4A6CA 2JJJA 2P8HA 1B6JA 3HZCA 3O9BA 1AJXA 3OOZA 5P6DA 5DR7A 4I8ZA 2QP8A 1HTRB 5P4RA 5P75A 4YCTA 4LP9A 4DV9A 1LF2A 2HAHA 1F34A 3JVWA 3NXNA 3EKYA 1E80E 5P84A 5P2NA 4DJVA 5KQFA 1W6HA 5P2MA 2OHLA 2IGYA 1LYAA 1BWBA 3ZPSA 5ENMA 5P0BA 4LXAA 2CEJA 5P03A 5B18A 3R2FA 2WF0A 1HSGA 1LYWB 4JECA 3I25A 4XXSA 4QJ6A 3SACA 5P49A 3NU6A 5DR0A 3OGQA 1NPWA 3NWXA 5P0HA 5P05A 5E5JA 4Y50A 5P0QA 2BPVA 4I0HA 4Y3EA 2QI1A 3OXCA 4DH6A 1DPJA 4Y48A 1DP5A 2AVMA 4RCDA 5UPJA 5P2TA 4NJUA 1HPVA 2RKFA 3EXOA 5EZZA 5P4TA 3SPKA 4D85A 5P8SA 5P77A 4AMTA 5P4QA 5P01A 4Y5MA 1MT9A 4AUCA 5P00A 1K6CA 5P6GA 4N00A 2R5QA 3KMXA 4H3IA 5P2DA 2PH6A 1FG8C 1W50A 1K6TA 4Y45A 5P7TA 4Y5PA 1PFZA 3KA2A 5OZ6A 5P0GA 4Y4WA 5OZAA 5P4ZA 2OHKA 2Z4OA 5OZIA 5P2AA 4CPTA 5P8EA 5P3IA 3K5CA 3CKRA 2RMPA 4GJCA 2I1AA 5P2VA 2FS4A 4Y3HA 5P5KA 4YDFA 3HBOA 5P8HA 4J0YA 3O9LA 4HEGA 5OZ3A 1FQ7A 1HVJA 1Z1HA 5I3VA 5P17A 3IVHA 2AOHA 5P1FA 3VLBA 4Y4UA 4Y5LA 5I3WA 3S53A 5ENKA 5P0OA 4EXGA 3SABA 4F74A 5P8KA 3CIBA 3WZ8A 4NJVA 4HE9A 2BQVA 5P13A 2BKSA 5P3LA 3U71A 3UF3A 1TCXA 2VIZA 3LZSA 2PQZA 4OBZB 5P83A 5P73A 3QAAA 1Z8CA 5OZZA 4OC6A 5P51A 3TPJA 3ZOVA 4NJSA 2FIVA 4NPUA 5CONA 3LIYA 5P1YA 5P8OA 3UDPA 3ZKMA 5P0VA 4Y53A 2PSVA 3OWNA 1KJ4A 3OUCA 5AHCA 1HTEA 1YX9A 5P22A 1D4JA 3GW5A 4EP2A 1ZLFA 3OQKA 5P6NA 1ZJ7A 3U7SA 3UQRA 4EXHA 4J55A 5P3RA 5KR8A 5P14A 1GNMA 3SKGA 3OQ7A 5P7VA 4Z50A 1BDRA 5OYXA 2VNNA 5P2KA 2JXRA 3BGBA 5OYQA 2ER9E 2VJ9A 1APWE 5P81A 4EQ0A 5P5PA 3OTYA 2ZJKA 1AAQA 1AXAA 4PYVA 2ZJIA 1IDAA 3UTLA 5P56A 4M8YA 1BIMA 1FMUA 1EPME 4EWOA 1HEGE 1U8GA 3Q5HA 4ZIPA 5P5XA 5OZ0A 1RQ9A 5P8GA 3QVCA 3UDRA 1M4HA 3QVIA 2QAKA 4Y57A 1T3RA 3S43A 3LIQA 3L5FA 4E43A 3S54A 4L7JA 3QPJA 3D1ZA 3PI5A 5P12A 2FDEA 6UPJA 2ZHRA 5P4EA 4RVIA 3GI6A 2WJOA 2NTRA 1EPPE 1W51A 4DQFA 4FM6A 5P46A 1MUIA 5P4WA 3HVGA 2PSUA 5HE7A 5P8JA 5P2LA 4I12A 3EL1A 5P1QA 5P8RA 3IAWA 1YG9A 3KFRA 5TOLA 4QLHA 5P74A 3SA4A 5P2UA 4MC9A 1SDVA 3ZKXA 5P0DA 4FGXA 3PI0A 1IVPA 4LXKA 5P8MA 2V10C 4RCEA 1TCWA 3WZ7A 3NU3A 5OYSA 3L58A 4QJ9A 1HVCA 1ZSFA 2PH8A 3KFSA 2R8NA 4JPEA 5ISKA 3HD8A 4RCFA 2NNKA 3GI5A 3CIDA 3GI4A 5P6WA 3UDYA 4Y3WA 5P3JA 3MSKA 2AVOA 2FDPA 5P1EA 2QHYA 2QNPA 3NDTA 5P1SA 3TNEA 3PM4A 5P8NA 4DJRA 3L59A 4D88A 1UH9A 2A4FA 5IVTA 1XS7D 5P3CA 2B7ZA 3PWRA 1MSNA 3MSLA 1C70A 3L5BA 4LC7A 5P0MA 5OZ4A 1KJGA 4L6BA 4Y4BA 5P5DA 5OZMA 3KT2A 2HB3A 1K2BA 3VSXA 5HE4A 4MC2A 5P4XA 1HVRA 4PPHA 1OEWA 3PMUA 2NPHA 1W5YA 5EZXA 1ME6A 3D91A 5OYRA 2G22A 1HTGA 5P5HA 4GB2A 3TPLA 3EM4A 3H0BA 5DQ5A 1Q9PA 5P3DA 5P6OA 3RSVA 5P1LA 1QBRA 4YBFA 1GVWA 2VA5A 1APTE 3LIZA 3OY4A 3O9DA 4OBGA 5KR2A 1SIPA 4I0JA 3DV1A 2NMZA 1EC3A 1TW7A 3KYRA 5P5GA 1K6PA 3VV7A 5P7YA 2ZJJA 1SP5A 3FNSA 1FQ4A 3RTMA 1BWAA 5HDUA 1PSAA 1OHRA 4H1EA 5P0YA 5P0PA 5BS4A 4GJBA 4Y3XA 3HDKA 1ZPKA 2QZWA 1HVSA 1HBVA 4BELA 1T6GA 1EPLE 2G21A 5P4LA 5P1GA 3OADB 4RVXA 4Y3ZA 4I1CA 2QI3A 3IN4A 2IS0A 3UCBA 2B8VA 1MT8A 5OZKA 4RYCA 3IXOA 3NU5A 1HRNA 5P3NA 5P2GA 3NU9A 3DJKA 2ZHUA 1SDUA 2WEDA 1G6LA 1ER8E 4CPSA 3DCRA 5OYUA 5OZNA 9HVPA 5P6LA 4J5JA 2Q54A 3BUHA 5OZFA 5HDXA 1MRXA 2PWRA 2Q3KA 1BVGA 2Z54A 4Y3RA 5P6QA 3ZKGA 4OD9A 2BKTA 5P50A 3HAUA 4RZ1A 1EC1A 4I0EA 1XL2A 4AA9A 4F76A 2AOEA 4H3FA 3UFNA 1ZBGA 2A1EA 1SDTA 3PHVA 4B72A 4Y3TA 2O40A 5P2SA 5P40A 3OUDA 3PLDA 5P63A 3DOXA 3FNTA 1WBMA 4ZSRA 5P58A 5P88A 1META 4J1FA 1B6KA 2JE4A 4HDFA 2QK5A 3DCKA 5P4DA 5P06A 5OZ2A 1MTRA 2VJ7A 3M9FA 1MVPA 2IENA 3O9GA 4Y5EA 1HXWA 5P0IA 4PEPA 2V11C 3BXRA 2FNTA 1BXQA 5P1AA 2ZJNA 3S7LA 2QI7A 3INHA 4Z2ZA 2WF2A 1HTFA 5P29A 3I8WA 4R92A 1PSNA 5P2WA 2O4KA 4J54A 5P4YA 5C9FA 2BPYA 1N49A 2G27A 2ANLA 2O4SA 3EKWA 1APVE 1YM2A 3ZPTA 3R0YA 1LZQA 5P1XA 2AZ8A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3HLO A;  4K9H A;  1QRP E;  4X7I A;  5P2Y A;  1RNE A;  1FQX A;  3K4V A;  2QCI A;  5P6M A;  5P07 A;  5P2E A;  4FRS A;  3SA7 A;  1CZI E;  4JPC A;  4Y3S A;  1BBS A;  5P5E A;  2JJI A;  5P0A A;  5P5I A;  3CKP A;  1GNN A;  2AQU A;  4FL8 A;  2XFI A;  1FG6 C;  3ZPU A;  1D4Y A;  4A6B A;  5P1V A;  2F80 A;  2B60 A;  5P7P A;  4J17 A;  5HE5 A;  5P3T A;  1SBG A;  3T7X A;  4AA8 A;  1D4S A;  5OZV A;  5F01 A;  5HD0 A;  5P39 A;  4YCY A;  5P44 A;  3TOF A;  2QI6 A;  3LIT A;  2Q63 A;  5P4N A;  5HDV A;  1FB7 A;  3L5E A;  5P3O A;  5P1U A;  3NUO A;  2VJ6 A;  5P15 A;  3EKQ A;  5OZY A;  4ACX A;  2F3E A;  4Y44 A;  3LZV A;  1LYA B;  3NUJ A;  5OYY A;  4PZW A;  2QZX A;  5P2R A;  5P25 A;  5ER2 E;  5P8F A;  1ZTZ A;  3N3I A;  5COK A;  4XX4 A;  1ODY A;  4AZY A;  5P2I A;  3PB5 A;  1B5F A;  5P1P A;  2ER6 E;  3O9H A;  2IGX A;  3NR6 A;  3VEU A;  3U6A A;  2I0A A;  5P86 A;  2G26 A;  3UPJ A;  5P5O A;  5IS4 A;  1HHP A;  5P1Z A;  1MTB A;  2EWY A;  2PYM A;  4Y39 A;  3L5C A;  2WHH A;  5P27 A;  3R4B A;  4Y3F A;  1HPO A;  4DQC A;  3KN0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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