5P61A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 262
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p61A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p61A01
1HSHA 4RROA 3VEUA 5P4DA 2WEAA 5P7PA 5P49A 1KJFA 5KQYA 5P3WA 5P8LA 3GW5A 4K4QA 3NDXA 5P4VA 5P51A 4FM6A 4YA8A 5P7XA 2B7FA 2WJOA 2RSPA 4EYRA 4ZLSA 4D8CA 3UDHA 2VIJA 2NR6A 4MC1A 2G27A 1ZBGA 3EL0A 2UPJA 3KFPA 5KR0A 2QCIA 5P7JA 5P1DA 3TOHA 3LIQA 4CPXA 1XL2A 3ZMGA 3INEA 3ZPUA 3G70A 5OZUA 4DJWA 4B00A 1QS8A 3SA5A 5COKA 1FF0C 5P5AA 4HVPA 5P0UA 3GI5A 5P3KA 4J1CA 2QZXA 4Y57A 4LL3A 5P4RA 1ZJ7A 1TW7A 1Z1RA 4YOAA 2QZLA 1APVE 3NSHA 2RKFA 2VJ7A 1MSNA 3NLSA 4HZTA 2MIPA 4MC6A 3QBHA 3K1WA 4ZSMA 1RL8A 3PLLA 1K6VA 3NDTA 5P2JA 4J0VA 5P7KA 4WY6A 2P8HA 3KF0A 3QAAA 5P43A 3UDPA 4KUPA 2AVMA 3HAWA 1D4LA 4OBFA 3AUPA 5P5VA 5P3XA 4Y5PA 2QD8A 4AMTA 5P22A 4H3FA 1BAIA 2ZJLA 4RYGA 5P46A 1XS7D 3BVBA 5P3ZA 5P89A 4DJRA 3LIVA 3TL9A 5P6EA 1B6KA 3KMXA 2ZYEA 2I4UA 3OU4B 5P0FA 2I0AA 5KR8A 3DCKA 5HE4A 5I3VA 4QGIA 4R93A 4H3JA 3EM4A 5P8CA 5OZVA 5OZXA 5P3PA 2A1EA 5P17A 2HB4A 5P47A 5P0JA 5P5LA 3FV3A 4LBTA 2VIZA 5OYVA 4HLAA 5P5QA 5P16A 3RVIA 4QJ7A 2JYSA 5P0CA 1SGUA 5P6MA 2O40A 4GJ9A 5OZ2A 1UH7A 5DR1A 4EXGA 4QJ9A 3NXEA 5P42A 4R95A 1ZSFA 3Q6YA 3SABA 1LZQA 4GYEA 1T7JA 4Q1XA 4EJKA 5P6PA 5P0AA 2NXDA 5P11A 3SM1A 4M8YA 4CP7A 1TZSA 2G1NA 2I0DA 3R0YA 3O9HA 1DIFA 3AIDA 3R1GB 3LPJA 1JLDA 2AOFA 3ECGA 1BDRA 2EWYA 1EAGA 5AH7A 5P3YA 3PWWA 2Q15A 2P3BB 5P56A 3TPLA 3OU1A 4YD6A 2F3KA 3UDNA 5P66A 1HHPA 4Y4ZA 5JODA 1ME6A 5KOQA 1LYAA 5P61A 2AOEA 3LITA 2PWCA 3OTSA 4GJ8A 2WHHA 4XKXA 4F76A 5P1ZA 4M8XA 3SFCA 3U71A 1YTJA 5OZYA 5P2KA 3BUHA 2PSGA 2J9JB 5P4BA 3EMYA 1BVEA 3OQDA 3IN4A 4BFDA 5P6UA 1CPIA 3EKPA 4DH6A 1HRNA 2ZHUA 1G2KA 3KDCA 3T11A 5HCOA 2Q5KA 1OHRA 2AOIA 4OD9B 1FQ5A 1M0BA 2ZE1A 5HVPA 2G24A 4Y5KA 5OZ4A 2HC0A 5P1FA 1AJVA 5P8PA 5P13A 5P5WA 5P8QA 2UY0A 2R38A 2QZWA 5P7IA 1F34A 1RQ9A 3NDUA 4OBJA 3S53A 4HDFA 3L38A 3UFNA 5P59A 5P3HA 1EPRE 5P7MA 5P2LA 5P0XA 5AHCA 4JPCA 4F75A 2R5QA 5P33A 4F74A 3NYGA 2AVQA 1FG6C 1FFIC 5P48A 5P3GA 5P20A 1HPOA 5P7BA 5SY3A 4S1GA 3LPIA 3QP0A 1FEJC 2B8VA 4XX4A 4Y4DA 4JECA 4CPWA 3PI0A 4Y3TA 4DPIA 4LC7A 4GJ7A 2QI4A 5P4AA 5P6TA 2H6TA 5P2YA 5P2VA 4J55A 4IVSA 4MC2A 4FLGA 5P1MA 2AVOA 3OXVA 5DR3A 2RKGA 4TRYA 4RLDA 5C9DA 4FE6A 3MSLA 5P1BA 2QD6A 5P72A 3NU4A 5P2FA 4I11A 1SH9A 4Y39A 1K6TA 3NU5A 3PJ6A 3UFLA 5P6BA 2BKTA 1ZPKA 3S56A 3OUCA 2H6SA 4K4PA 1ZTZA 2HIZA 1HTRB 3OHFA 1FG8C 2G1OA 5OZRA 5C9FA 4Y35A 4Y53A 2QI6A 2O4NA 1LF4A 3LZSA 3GGXA 4IVTA 4H3IA 5P04A 5SY2A 4OC6A 4R5NA 4QLHA 1T7IA 2NNKA 3O9GA 5P7CA 5P6VA 3VF3A 1FLHA 2OHSA 1AXAA 2J9KA 2O4KA 5P8DA 3IGBA 3PBDA 2AIDA 5HDVA 3URIA 3WB4A 1EEDP 4Y3ZA 2NNPA 4CPUA 2PQZA 5P1YA 1FMBA 2O4SA 2A4FA 1XN3A 3L5DA 1GNOA 3TLHA 5P0IA 1XE5A 5P3BA 3Q70A 3EC0A 5P75A 1HOSA 3NU6A 5P0ZA 5KQFA 2IEOA 1GVTA 3LZVA 2I4QA 1ZPAA 1BVGA 4B78A 2NXMA 5P12A 5P3JA 5P0YA 1NSOA 3NXNA 3ZOVA 3BGCA 4APRE 1TSQA 5P4NA 1J71A 2V10C 1EPME 1LYAB 2NXLA 4Z50A 3I25A 2VA7A 5OZJA 1MT7A 5P6XA 5OZ3A 3RSVA 4QJ6A 4N00A 4CPSA 1MEUA 5P3MA 5P8FA 4Y4EA 2OHNA 5P1QA 2QU2A 5P7WA 5OYTA 3Q5HA 4DFGA 4YD4A 1FQ4A 5P83A 3D1ZA 1B6JA 3L5EA 3WZ7A 3OWNA 4FRSA 5P1UA 2HAHA 2WF1A 3SQFA 3S8IA 4OBGA 5P26A 2QAKA 5KAOA 3RTNA 2BPYA 2FGUA 4FCOA 1FQXA 3MSJA 1AIDA 1EPOE 3HDKA 3N3IA 5KR1A 3T3CA 1SBGA 3BXSA 2OHTA 2I4DA 4NPUA 1UPJA 4U8WA 4PYVA 2VNMA 3KT2A 5P0MA 5EZZA 2Q54A 1B11A 5P67A 5P1XA 2IDWA 4HA5A 2QI1A 3QS1A 3FKTA 3SA4A 5P1AA 3UQWA 3UQRA 1SDVA 2BPVA 3DM6A 2QZKA 2CEMA 4OBDA 2WF0A 5P39A 2BJUA 1ODXA 4Q5MA 1BDLA 2G1SA 3LINA 5HE7A 4Y5NA 5P1TA 3K5FA 4Y3RA 5P1WA 4YCTA 3PSGA 3PM4A 2V11C 1HXWA 4FM7A 5P09A 4GIDA 1FQ7A 1HEGE 1B6MA 1EBZA 5AH9A 1HVIA 4ZSPA 5P55A 3APPA 2PH6A 1PPKE 3OOTA 2AZCA 5P4JA 3EKQA 1IZDA 5OYYA 3O9EA 3HW1A 1HPVA 2P3AA 1MRWA 2PWRA 3A2OA 4CMSA 5P6FA 5P0SA 2J9JA 2HPEA 2VKMA 4EJLA 1MT9A 1HWRA 4FRIA 2FS4A 2AODA 2V12C 3OTYA 5P2OA 1C6XA 1Z1HA 1TCXA 4BEKA 4OC6B 5P0TA 5OZEA 4RRNA 4CPQA 2PSVA 5P57A 4OD9A 1W50A 4DJVA 3INDA 5P2NA 1MT8A 2VNNA 4B72A 5PEPA 5P3LA 2VIYA 5P68A 5P24A 5IVRA 4GZFA 2HPFA 3INHA 5OYUA 1HPXA 1WBKA 5COPA 3CKTA 4OBKA 5P2RA 5P6HA 3PB5A 5OZ0A 5OZ7A 1UH9A 5P8BA 1BIMA 3IXOA 1F7AA 4FRJA 2Q63A 1LYWB 3VV8A 5P03A 1AM5A 3TPRA 7HVPA 3LZUA 5P36A 5P63A 5P6QA 5IE1A 5P88A 3RTHA 5P6NA 3SKGA 2AVVA 2QI5A 1HSIA 5HTZA 3KFRA 1YT9A 5P4SA 3ZPTA 2VS2A 5P2BA 1D4KA 4NJSA 5OYZA 5P4UA 4J5JA 3FX5A 3VF7A 1DMPA 5P2CA 5P82A 1IVQA 1QBTA 1K6PA 1EPLE 1IZEA 3KFNA 3EKWA 3R4BA 5P0QA 5P7SA 1HEFE 5AH6A 2G69A 3JVYA 5P37A 3QRVA 4ZEAA 3OQAA 1EBYA 1SMEA 2AOJA 4Y45A 3PVKA 5P5YA 3FNUA 4Y6MA 2WEZA 5BRYA 5P78A 2AOCA 5DGWA 1FQ8A 3GGVA 4WY1A 2I4WA 1APTE 5P54A 1GVVA 5DQ1A 1A8KA 4D89A 4ACUA 3ZKQA 4Y54A 5P23A 5P8GA 2OHQA 3O9AA 3EM6A 5HU1A 3QROA 3ZLQA 5P19A 2FNTA 3HZCA 4Y3DA 2R5PA 2XFJA 5P5IA 3PMYA 4B70A 4DQBA 3OADA 1HSGA 3HD8A 3PSYA 3IXKA 4QJ8A 4RVJA 5DR7A 5I3XA 4GJ6A 4GMIA 2ZJJA 1PROA 3OXCA 1IVPA 5P5DA 4TVGA 4Y9WA 4Y4WA 5P7YA 5BWYA 4CPTA 5P29A 4I0GA 3VYDA 3DJKA 5P7DA 5P1EA 3EKYA 5P8NA 5P5SA 4I0DA 3SM2A 5P3FA 3URLA 1LYBB 1G0VA 1QRPE 3H5BA 3ZPSA 1YM2A 1HVSA 4ZSRA 1SGZA 2ZGAA 3LPKA 1B6PA 5P73A 1RPIA 3TPPA 2ER7E 4UPJA 6APRE 5P71A 4LXMA 5P0GA 5P81A 1LF3A 3N4LA 5DPZA 1M43A 3UQPA 5P3SA 4Y5LA 2OHMA 3CKPA 5P6DA 4R91A 5P4LA 5P8EA 5P2MA 3TPJA 3OQKA 3OQ7A 4B0QA 5P08A 1PSOE 5P1OA 3UDYA 5P84A 3KMYA 1BV7A 3T7PA 1MSMA 3D1XA 3HLOA 5OYWA 4DQEA 2QMGA 3KT5A 5P5JA 5B18A 2V13A 4PPHA 4Y5AA 3TH9A 5OZFA 2FDDA 2R8NA 3ZL7A 2PC0A 3PGIA 5P2TA 1W5YA 2HB3A 4Y4AA 3M9FA 2VA6A 5P1RA 4DJOA 1D4HA 1KJ7A 4CPRA 1M4HA 4DPFA 4I0EA 1ZLFA 5P2QA 3QI1A 5AGZA 3G6ZA 1GNMA 1ER8E 2B7ZA 4QJ2A 4DV9A 5P8IA 5ENKA 5P3TA 1FGCC 5P1SA 3CKRA 3ST5A 5P5XA 3UF3A 4AZYA 2AVSA 2NMZA 5P01A 4Q1WA 2F81A 5P4OA 2OHLA 4RCFA 4RVIA 5P1KA 4J1HA 2JXRA 2FXDA 4EQ0A 4NJVA 3L59A 3O9IA 5SXNA 5P8OA 4RZ1A 3OK9A 5P8SA 4EHCA 5P00A 1AJXA 3C9XA 5P5ZA 1SDTA 5P7NA 4Y4BA 2P4JA 3L58A 1DW6C 5P7VA 5P30A 4DQCA 3QRSA 3QRMA 4FIVA 4HEGA 1QBUA 5P62A 3T6IA 1HPSA 4DJUA 3EKTA 3L5FA 3VLBA 2O4LA 2UXZA 3K5CA 3ER5E 1FQ6A 5DQ4A 3VYEA 2VJ9A 3OGPA 3VLAA 3BXRA 3OXXA 4DQFA 1W51A 4FL8A 3VV7A 5P6IA 1FFFC 1SIPA 5P6YA 1KJGA 1HVLA 2FXEA 1D4JA 1QDMA 2IKOA 4FSEA 2HS1A 5P10A 4Y3HA 3OXWA 5P2SA 2BBBA 5P7GA 3OADB 5P4ZA 4EQJA 4Y3GA 3D1YA 2AZ9A 1HBVA 3PWMA 1HTEA 4GJCA 5P3IA 5P8MA 3SA9A 1RV7A 3Q3TA 5P2ZA 3VV6A 2SAMA 1HVHA 4H1EA 1D4SA 3S2OA 2Z4OA 3T7XA 1K1UA 4FM8A 2Q3KA 4R8YA 5OZLA 5P6CA 2AZBA 3UDKA 3MXDA 3L3AA 4X7IA 3O9DA 5OZ5A 4Y44A 4J0PA 1EC2A 5P41A 3KM4A 5APRE 3I8WA 5HE5A 4I8ZA 2QNNA 2PMAA 4A6CA 5P6KA 1LYWA 5P34A 1HVCA 5OZBA 4U7QA 4Z4XA 5P8TA 4B05A 4ZPGA 4Q1YA 4Y4XA 1D4YA 5P1JA 5JG1A 1GVUA 2FIVA 4I0JA 2CEJA 5P53A 3VFBA 4Y4JA 5P4GA 2BKSA 5OZHA 4LXKA 5P7AA 4K4RA 5P06A 2ZHVA 3GGAA 1QBRA 3EL4A 4NJUA 4Y3MA 5P5OA 2QMPA 3O9BA 3VG1A 4J1FA 5P1IA 2IQGA 7UPJA 3SACA 2R9BA 3APRE 1MVPA 2PYMA 3TTPA 5E5JA 4J0ZA 5P1PA 5P35A 4J54A 4LAPA 5P7HA 5P7UA 3NUJA 2ZJKA 3GGUA 5HD0A 1IBQA 5OYXA 4A6BA 1PSNA 2G20A 2PYNA 1FKNA 5KR2A 5AHAA 5P2IA 5TOLA 2JE4A 5P6JA 1BILA 3PCWA 5FIVA 4Y3JA 5P5RA 2I4VA 1OD1A 2IS0A 4I0ZA 5OZPA 4FAEA 4YBIA 5HDXA 3QPJA 1E81E 3JW2A 4YDGA 1MERA 3HBOA 1OEWA 2IENA 3EM3A 4B1DA 2IGXA 2IKUA 2AOGA 1HIHA 4I1CA 3ER3E 5P87A 4Y5EA 2ASIA 5P4YA 5P8UA 4RRSA 3IVHA 1GVWA 4I10A 5P5FA 2Q64A 1LYBA 1SDUA 5P4MA 2FNSA 5P4QA 1YM4A 4Y3PA 1C70A 4D88A 4ER4E 3I2LA 5P3RA 3U7SA 4Y58A 2F8GA 3UDJA 5P2EA 1PPME 3WB5A 3ZKGA 3IVIA 4FAFA 4BELA 3S43A 5OZQA 3OUAA 4CKUA 4FSLA 8HVPA 3BUFA 5P28A 3L5CA 3VCMA 3PSUA 5OZ8A 3CYXA 4APEA 5P2GA 4PZWA 5P7QA 4EP2A 1HTFA 3DK1A 1HVJA 4I12A 3OAGA 4Y38A 4LXAA 5DQ2A 5P5EA 4YBFA 4KE0A 3LIZA 3R0WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HSH A;  4RRO A;  3VEU A;  5P4D A;  2WEA A;  5P7P A;  5P49 A;  1KJF A;  5KQY A;  5P3W A;  5P8L A;  3GW5 A;  4K4Q A;  3NDX A;  5P4V A;  5P51 A;  4FM6 A;  4YA8 A;  5P7X A;  2B7F A;  2WJO A;  2RSP A;  4EYR A;  4ZLS A;  4D8C A;  3UDH A;  2VIJ A;  2NR6 A;  4MC1 A;  2G27 A;  1ZBG A;  3EL0 A;  2UPJ A;  3KFP A;  5KR0 A;  2QCI A;  5P7J A;  5P1D A;  3TOH A;  3LIQ A;  4CPX A;  1XL2 A;  3ZMG A;  3INE A;  3ZPU A;  3G70 A;  5OZU A;  4DJW A;  4B00 A;  1QS8 A;  3SA5 A;  5COK A;  1FF0 C;  5P5A A;  4HVP A;  5P0U A;  3GI5 A;  5P3K A;  4J1C A;  2QZX A;  4Y57 A;  4LL3 A;  5P4R A;  1ZJ7 A;  1TW7 A;  1Z1R A;  4YOA A;  2QZL A;  1APV E;  3NSH A;  2RKF A;  2VJ7 A;  1MSN A;  3NLS A;  4HZT A;  2MIP A;  4MC6 A;  3QBH A;  3K1W A;  4ZSM A;  1RL8 A;  3PLL A;  1K6V A;  3NDT A;  5P2J A;  4J0V A;  5P7K A;  4WY6 A;  2P8H A;  3KF0 A;  3QAA A;  5P43 A;  3UDP A;  4KUP A;  2AVM A;  3HAW A;  1D4L A;  4OBF A;  3AUP A;  5P5V A;  5P3X A;  4Y5P A;  2QD8 A;  4AMT A;  5P22 A;  4H3F A;  1BAI A;  2ZJL A;  4RYG A;  5P46 A;  1XS7 D;  3BVB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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