5P65A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 266
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p65A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p65A01
4RVIA 4TVHA 2ZJNA 3S85A 2UPJA 3L5EA 4H3IA 3TH9A 3KFPA 2PMAA 5P00A 5P7HA 3KF0A 3JVWA 1FQ4A 2ASIA 1K6PA 3PCZA 2QI6A 3DM6A 5P0KA 5ENKA 1LF4A 3T7XA 5P7FA 5OZRA 4Y43A 5DR4A 5P5SA 3LIXA 3LINA 3U6AA 5P8FA 3ST5A 4F73A 2AOCA 1FLHA 2ZE1A 2IEOA 1A30A 1SDVA 1OEXA 1PSNA 2JJIA 3OUDB 3R0YA 5P7NA 4OBGA 3UQXA 3RTNA 3PLDA 5OZCA 1ZLFA 1E82E 1MT8A 4R93A 5P74A 1APWE 3BUFA 2WF3A 1NSOA 3OUBA 3TPLA 2AOJA 2WJOA 4FRIA 4I0IA 3GI4A 5P7EA 4DJWA 5JODA 4B1CA 5P39A 2VIYA 4B05A 4PYVA 3UHLA 1EC3A 4LBTA 3HLOA 4I10A 3NU4A 4DPIA 5P34A 4DJVA 1MSNA 3Q4BA 3S8IA 2IS0A 5P2YA 3TL9A 1DP5A 3DV1A 1GVVA 5BWYA 5P63A 1WKRA 5P1FA 2AQUA 2QHYA 3F9QA 1FEJC 1GKTA 2VKMA 1IIQA 4A6CA 5P5QA 3QVIA 1T7IA 3C9XA 5P1WA 3MSLA 5P36A 3FV3A 5P2JA 2I4UA 3T7PA 4DQGA 2NMYA 5P7GA 3NLSA 2Q55A 4WY1A 5OZXA 3H0BA 4HEGA 3TTPA 1ME6A 3CKRA 2P83A 5P8KA 4R92A 1VIJA 1FB7A 5HE5A 3IVHA 5P4UA 1YT9A 4CPQA 5P2UA 5ER1E 3R1GB 4B72A 1HTEA 3T3CA 1ER8E 4J0PA 5P5XA 4Y3LA 5IVRA 1LEEA 3OAGB 5P8OA 1EPPE 4QJ9A 5P4TA 1D4KA 2HB3A 2BB9A 5P2VA 5HU1A 4Z4XA 1BVEA 2HB4A 2ZJKA 1B6MA 3JVYA 4EJ8A 3OTSA 3NXEA 3EKVA 1W6IA 5OZEA 4DQFA 5P2GA 2XFKA 4B0QA 3OHHA 5P3NA 4OBJA 3OADA 4LHHA 3TLHA 5KAOA 3NXNA 5KQFA 5P0SA 1N49A 5DR1A 1OEWA 3OXWA 5C9FA 3VSWA 5P0UA 5P8EA 3VYDA 5P1EA 5P5VA 3ZLQA 5P60A 5UPJA 4Y57A 1EPME 4QJ7A 4DPFA 1MESA 1W6HA 3GI6A 4BFDA 2G20A 4FL8A 3MSJA 2F3EA 5P1KA 3IGBA 5P59A 3HD8A 5P0TA 5P53A 4J1CA 3EKXA 2FLEA 5DGWA 5P1OA 4JP9A 5P4XA 3PLLA 5J25A 3L5FA 1E5OE 4KE0A 1SDUA 3IAWA 4M8XA 5P4KA 4RLDA 5P8DA 5P19A 1IZEA 4L1AB 4RCFA 3K5CA 3CMSA 2NR6A 2G26A 1SMRA 1IDBA 1A8GA 4ZSPA 3FNUA 5SY2A 3UDYA 4APRE 4DJRA 5HDXA 5P09A 1MEUA 5P1AA 5P37A 1MTRA 2V16C 4MC9A 3I6OA 2O4KA 3TOHA 5C9BA 5OZSA 5OYSA 1GVWA 5P6CA 5P3TA 5JFUA 3NU6A 2FDPA 2ER9E 3VV7A 3TOFA 4ZSQA 1PPLE 3U71A 1ZJ7A 4OD9B 2RKFA 5OZBA 5P2RA 1BV7A 1FQ6A 1RL8A 5P2KA 1AIDA 4L6BA 4EQJA 5P1PA 4Y3WA 5P5MA 4H3GA 3O9IA 5B18A 5P4CA 1B5FA 1QBRA 3OQKA 1HPSA 4Y5PA 2P4JA 5HD0A 1PSAA 3L5BA 1HVRA 3BVBA 5P2NA 1MRWA 4GJCA 1OHRA 5P2CA 3KMYA 1FQ8A 3T11A 3O99A 4Y41A 5P4OA 1MRXA 4DUSA 1Z1HA 3S56A 3PRSA 2IKOA 4BFBA 2PSGA 2VJ7A 3VEUA 5DR3A 4Y4JA 5P5JA 3SA3A 5OZ3A 4Y37A 1XS7D 2I4VA 3KMXA 5BRYA 4OBFA 3EXOA 5P06A 2QI1A 4I8ZA 4EJDA 2HAHA 5IVTA 3PGIA 2FNTA 1HVIA 1XDHA 4GIDA 5OZZA 1M43A 1YG9A 5P30A 5P47A 1WBMA 3KT2A 4Y5NA 2WHHA 5P17A 2WECA 5P1MA 4YD6A 3EL1A 5P5OA 4NJUA 3FX5A 1WBKA 2ZHTA 3Q5HA 2WF2A 2VA5A 3HVPA 4J0TA 3DUYA 3L5DA 1BWAA 5DGUA 1SBGA 1T6EX 9HVPA 4F74A 2IGYA 4Y4ZA 4Q1WA 4L7HA 4Y5KA 3TKGA 4Y3AA 3UDKA 1A8KA 1GVUA 4EXHA 1TCWA 4GB2A 3SABA 1LS5A 5P70A 4FS4A 4YOAA 5P7WA 5KQXA 1APTE 5P57A 3URIA 4R95A 1KZKA 4RGHA 2R5PA 5P2HA 4S1GA 5P3HA 1XE6A 5P1DA 3OXVA 3VFBA 2V10C 1CMSA 3QRMA 3BGCA 1SIPA 3PWRA 2JE4A 5COPA 5P0XA 3UF3A 2QI7A 5P6BA 4Y5AA 4QGIA 4DI2A 4Y4BA 5P10A 2QMDA 3QBFA 3Q6YA 1TW7A 6FIVA 2WEDA 3S7MA 2AVQA 2AVSA 2IKUA 5OYYA 4CPTA 3O9AA 5P3DA 4FCOA 3QN8A 5P77A 4H3FA 5OYVA 2HM1A 1KJFA 3GGVA 1HSIA 5SXNA 3WZ8A 4LP9A 1HXBA 5P04A 1GVTA 5BS4A 1MSMA 4GYEA 5HCOA 3DV5A 5P2OA 5P8QA 1IVPA 3S54A 2OHKA 3Q70A 5I3VA 3EL4A 1W5WA 1YTIA 5P6AA 5P3UA 3VLAA 1HIIA 1HOSA 1BDLA 4MC6A 5P7BA 3RSXA 2PC0A 3OAGA 5OZIA 3WSJA 5P66A 3O9GA 5P2AA 5P3FA 4YHQA 3UTLA 5P7LA 5P5CA 3PBDA 2F3KA 5P51A 2NNKA 1A9MA 3WB5A 3IN3A 5HTZA 4FAEA 4YD3A 2AVOA 4ER1E 1AVFA 2V0ZC 4I12A 5HDVA 3SO9A 5P8RA 1HVKA 2AVVA 2QMFA 2HS1A 4FAFA 4Y3EA 3NSHA 5OZOA 3TNEA 1D4SA 2QZXA 2ZYEA 5P24A 1NPWA 3K1WA 2WF4A 4Y3MA 2BJUA 1D4HA 4IVSA 2Q54A 2O40A 3VV8A 4Y5EA 4Y4DA 4FM8A 4F75A 5P0ZA 4RZ1A 4ZPGA 4TRYA 3VYFA 3EM6A 2R3TA 3T7QA 1LYAB 5P2EA 3ZPSA 5TOLA 3LHGA 2P3BB 3DK1A 5P5RA 5OYRA 5P6EA 5P4DA 5KQYA 4PZXA 1T3RA 5IS4A 1K6CA 5CONA 3QRSA 4EWOA 3UQUA 2G1RA 1AJXA 2F8GA 3SACA 5P82A 1SH9A 2G1SA 3HAWA 1A94A 3SQFA 4RRNA 5HE7A 1G35A 2QI5A 4FRJA 5SZ9A 5P3SA 4QJ2A 5P0AA 3OUCA 5OZ5A 4AZYA 2Q11A 3EL9A 5P88A 2F81A 2ZHVA 4D8CA 4Y3FA 4L1AA 4MC1A 5P3RA 4DQBA 5P72A 5P45A 1XL5A 1KJ4A 5DQ5A 5P1CA 3WZ6A 3LPIA 5ISKA 1BIMA 2P3DA 5AH8A 2Z4OA 5P46A 2ER0E 4FSEA 1FQ5A 4OBDA 1YM2A 4R8YA 4E43A 1YTJA 3BXRA 3FNTA 5P4QA 3I8WA 4OD9A 4Y3SA 4B1DA 4Y4TA 5P03A 2QNNA 2OHLA 1B6KA 3NDUA 5P1SA 1HRNA 3KDBA 3LIYA 3OU3A 4LAPA 5OZ4A 5P5PA 2UXZA 4YBIA 1C6ZA 3CKPA 3B7VA 2F80A 4BEKA 4YCTA 1FF0C 3D91A 5DR0A 5P65A 8HVPA 3G70A 1HIHA 4FIVA 4ZPEA 3MXDA 1QDMA 3OQDA 4LXAA 4I0EA 2G24A 3R0WA 1Z1RA 5DQCA 4CP7A 5P1LA 2AOIA 3SM2A 1IZDA 1EC2A 3IXJA 3URJA 5CLMA 2HPFA 5P0YA 2PH6A 4DJXA 1HVJA 5P2LA 3UDPA 1CZIE 2AOHA 5AHCA 2AZ8A 3OGPA 1J71A 3PBZA 4JPEA 5P7DA 1HSHA 2QAKA 5OYXA 2OHTA 2HC0A 5P40A 2QI4A 2R3WA 5P8MA 4YBFA 4Y3YA 1D4JA 5IVSA 5OYTA 1D4YA 3GGXA 4Y3RA 5P08A 4H3JA 5P7CA 2WL0A 5OZ6A 4B78A 1OD1A 2P3CA 5OZ8A 3OHFA 1IDAA 5P0QA 5JG1A 4EPJA 4WY6A 4Y5LA 4Y45A 2VIZA 1HSGA 3IXKA 5OZAA 5P07A 5P41A 1ZP8A 3ZKQA 5OZMA 5P1YA 1IZHA 1XN3A 1FQXA 2BBBA 2ER6E 1ZTZA 5P50A 1B6LA 5P2MA 1EBYA 2B8LA 5P0LA 1BVGA 2FGVA 5P56A 3NDWA 5P3QA 2I4WA 4L7GA 4DJPA 3OQFA 1BBSA 1EC0A 2RKGA 3RTMA 2PQZA 4R91A 5P8NA 3ZKNA 4DQCA 2FDDA 2RSPA 2B7ZA 1BILA 5OZ0A 3TKWA 4M8YA 5P49A 2OHPA 2NMZA 5P2WA 5P7ZA 5P6RA 4ZPFA 4RCEA 4Y3DA 3BUGA 1META 5P13A 5P7UA 2QD7A 3T6IA 4YE3A 1BXQA 1BWBA 2NXMA 4Q1NA 5P78A 3O9CA 3QVCA 3OWNA 4DV9A 3LNKA 3LZUA 3GGUA 1Q9PA 4LXKA 3SKGA 1VIKA 4K9HA 3PM4A 5P4SA 5P02A 2QHZA 1APUE 3CICA 3PMYA 2AOGA 3K5FA 5P15A 2O4SA 4YDFA 5P28A 3TOGA 1B6JA 1HBVA 4CPWA 3UDNA 1C70A 2PWCA 2OF0A 1MUIA 5OZ1A 5P3XA 4EHCA 3RU1A 1EEDP 4FRSA 1HTFA 5P7RA 2G69A 1EPQE 1GNNA 4HVPA 5COKA 1MIQA 5I3YA 4OC6B 4D88A 4J5JA 3N3IA 2QNPA 1BXOA 4Y39A 1LYAA 1NH0A 5P0MA 1PPME 5P16A 2P3BA 4ACUA 4DJOA 2IRZA 5OZUA 4ER2E 3PMUA 3RTHA 3NU3A 4TRWA 3KM4A 2V13A 5OZ2A 5OZQA 3GGAA 4Y3TA 5P3JA 6APRE 4YOBA 2WF0A 4D85A 3UDQA 3OQ7A 3UQWA 5OYQA 4U7QA 2P3AA 5P6MA 5P5TA 2OHNA 4D83A 2QZLA 5FIVA 4LC7A 4XX4A 2AOFA 2AODA 5P73A 4AMTA 3QI1A 3D20A 1AAQA 5P3MA 2BKTA 5P05A 5DQ4A 4Y53A 3L3AA 5P79A 2XYFA 2PYNA 4YD4A 5F01A 5OZFA 1ODXA 2IL2A 2I4DA 2NTRA 4YCKA 1FQ7A 2J9JB 4ER4E 2AVMA 4YDGA 3QBHA 3INHA 5P7AA 3HVGA 2P8HA 2Q3KA 1BV9A 4DJYA 3EM4A 1IVQA 5P0IA 3CIDA 1FIVA 1DIFA 2Q64A 1HVHA 4K4PA 5AH7A 4Y51A 4AA8A 1BDRA 5P0BA 1FFIC 7UPJA 1B11A 1HPXA 3BRAA 5KOQA 1FG8C 1LYBA 1QBUA 3NR6A 3KDDA 4Z50A 2AIDA 5OZYA 2IDWA 4I0DA 4GJ7A 4OBKA 1D4LA 3SPKA 4COEA 4Y50A 2FXEA 4NKKA 1QRPE 5P2FA 3M9FA 5P01A 4APEA 4DJQA 4ZLSA 4J0VA 4I1CA 5P64A 3S43B 3RVIA 3CYWA 5P2QA 5HE4A 1K1UA 3EM3A 2AZCA 1LV1A 5P8LA 5P0PA 5HDZA 5AHBA 5P68A 3QAAA 2FMBA 1LYWB 3N4LA 1EBZA 4AA9A 3NDTA 3OU4A 1GNOA 1FGCC 1HWRA 1ZSRA 2PSVA 5P5KA 4YCYA 3KN0A 2O4LA 5P0NA 5P8UA 3OQAA 1KJHA 3LITA 3L38A 1NPAA 5P75A 1GNMA 5P1QA 4HA5A 3LPKA 3U7SA 5APRE 3INFA 5I70A 1PFZA 3MXEA 3UDMA 2JYSA 4Q1XA 5P6YA 4B00A 4Y3QA 5P2IA 3QS1A 4A4QA 1K2BA 4NPUA 5P5LA 3BXSA 2OAHA 4RVXA 2Q63A 5P8IA 3SKFA 5P5FA 5P6IA 3VV6A 4RCDA 2MIPA 5P58A 4PHVA 4DJUA 4CPXA 1HXWA 5P3CA 3OXCA 5I3WA 3WZ7A 4LXMA 3KA2A 4QJ8A 5P0VA 5P8JA 4I0HA 5P3YA 3SFCA 4Q1YA 5SY3A 4QJAA 4FGXA 2R8NA 3O9BA 2HB2A 3I7EA 3EKTA 4Y35A 3NWXA 4U7VA 1MT7A 3G72A 3OOZA 3FIVA 4Z22A 3BUHA 4GJDA 4RYCA 1UH8A 1UPJA 5OZJA 2FS4A 2OHRA 5P6TA 5EZZA 5P5ZA 4J1IA 1RPIA 5KQZA 5OYWA 3UQRA 2BQVA 5P14A 5IVQA 4Y6MA 5P4VA 5AGZA 4EYRA 3PJ6A 5P85A 1XL2A 4Q5MA 4RYGA 5P6VA 1EAGA 5P42A 2APRA 2G22A 3APRE 3OU1B 5P8SA 3UCBA 5P6OA 2QI3A 4Y4UA 3VG1A 4DVFA 1QBSA 1GVXA 3L5CA 1B6PA 2QP8A 4ZIPA 4OC6A 3HW1A 2PSUA 5I3XA 5P7VA 5E5KA 1SMEA 5DQ2A 2OHSA 5P3OA 5T4SA 5P8TA 3D1ZA 1M4HA 3WB4A 4Y38A 5P7IA 5P8VA 5P26A 3EKYA 4KUPA 1TSUA 4H1EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RVI A;  4TVH A;  2ZJN A;  3S85 A;  2UPJ A;  3L5E A;  4H3I A;  3TH9 A;  3KFP A;  2PMA A;  5P00 A;  5P7H A;  3KF0 A;  3JVW A;  1FQ4 A;  2ASI A;  1K6P A;  3PCZ A;  2QI6 A;  3DM6 A;  5P0K A;  5ENK A;  1LF4 A;  3T7X A;  5P7F A;  5OZR A;  4Y43 A;  5DR4 A;  5P5S A;  3LIX A;  3LIN A;  3U6A A;  5P8F A;  3ST5 A;  4F73 A;  2AOC A;  1FLH A;  2ZE1 A;  2IEO A;  1A30 A;  1SDV A;  1OEX A;  1PSN A;  2JJI A;  3OUD B;  3R0Y A;  5P7N A;  4OBG A;  3UQX A;  3RTN A;  3PLD A;  5OZC A;  1ZLF A;  1E82 E;  1MT8 A;  4R93 A;  5P74 A;  1APW E;  3BUF A;  2WF3 A;  1NSO A;  3OUB A;  3TPL A;  2AOJ A;  2WJO A;  4FRI A;  4I0I A;  3GI4 A;  5P7E A;  4DJW A;  5JOD A;  4B1C A;  5P39 A;  2VIY A;  4B05 A;  4PYV A;  3UHL A;  1EC3 A;  4LBT A;  3HLO A;  4I10 A;  3NU4 A;  4DPI A;  5P34 A;  4DJV A;  1MSN A;  3Q4B A;  3S8I A;  2IS0 A;  5P2Y A;  3TL9 A;  1DP5 A;  3DV1 A;  1GVV A;  5BWY A;  5P63 A;  1WKR A;  5P1F A;  2AQU A;  2QHY A;  3F9Q A;  1FEJ C;  1GKT A;  2VKM A;  1IIQ A;  4A6C A;  5P5Q A;  3QVI A;  1T7I A;  3C9X A;  5P1W A;  3MSL A; 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 4CPT A;  3O9A A;  5P3D A;  4FCO A;  3QN8 A;  5P77 A;  4H3F A;  5OYV A;  2HM1 A;  1KJF A;  3GGV A;  1HSI A;  5SXN A;  3WZ8 A;  4LP9 A;  1HXB A;  5P04 A;  1GVT A;  5BS4 A;  1MSM A;  4GYE A;  5HCO A;  3DV5 A;  5P2O A;  5P8Q A;  1IVP A;  3S54 A;  2OHK A;  3Q70 A;  5I3V A;  3EL4 A;  1W5W A;  1YTI A;  5P6A A;  5P3U A;  3VLA A;  1HII A;  1HOS A;  1BDL A;  4MC6 A;  5P7B A;  3RSX A;  2PC0 A;  3OAG A;  5OZI A;  3WSJ A;  5P66 A;  3O9G A;  5P2A A;  5P3F A;  4YHQ A;  3UTL A;  5P7L A;  5P5C A;  3PBD A;  2F3K A;  5P51 A;  2NNK A;  1A9M A;  3WB5 A;  3IN3 A;  5HTZ A;  4FAE A;  4YD3 A;  2AVO A;  4ER1 E;  1AVF A;  2V0Z C;  4I12 A;  5HDV A;  3SO9 A;  5P8R A;  1HVK A;  2AVV A;  2QMF A;  2HS1 A;  4FAF A;  4Y3E A;  3NSH A;  5OZO A;  3TNE A;  1D4S A;  2QZX A;  2ZYE A;  5P24 A;  1NPW A;  3K1W A;  2WF4 A;  4Y3M A;  2BJU A;  1D4H A;  4IVS A;  2Q54 A;  2O40 A;  3VV8 A;  4Y5E A;  4Y4D A;  4FM8 A;  4F75 A;  5P0Z A;  4RZ1 A;  4ZPG A;  4TRY A;  3VYF A;  3EM6 A;  2R3T A;  3T7Q A;  1LYA B;  5P2E A;  3ZPS A;  5TOL A;  3LHG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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