5P67A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 268
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p67A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p67A01
3VV7A 1FGCC 2B7ZA 5P5ZA 5P09A 1T6GA 5P0FA 3ZKMA 4J55A 3SA8A 5P36A 3BVBA 5P1DA 1BVEA 4OD9A 4DJOA 3RU1A 1ZSFA 1MT7A 3DUYA 3LPKA 2NNKA 5P18A 5P4UA 1HPOA 4EQJA 5P1XA 5OYRA 5P64A 4K9HA 4Y53A 5P6AA 4GB2A 5P4TA 5P0NA 2FIVA 5B18A 5P2UA 2WL0A 1QRPE 5P06A 4Y3PA 4YHQA 4J1HA 1MPPA 5P2RA 2FDEA 5P3RA 4Y4UA 4NJTA 4OBDA 4GMIA 2BKTA 5P1AA 1ZTZA 5P6TA 3SA5A 4GJ6A 3HDKA 3UQXA 4J0YA 5P4VA 4U8WA 3DJKA 2AZ8A 3LHGA 3EL9A 4DQGA 5HVPA 1CMSA 5SY3A 4I0EA 3VCMA 3U7SA 4DQBA 2P8HA 2G21A 1GVUA 4FL8A 6UPJA 2ANLA 4QJ8A 3GW5A 1EPNE 3PHVA 4TRZA 3RSXA 1MTBA 4IVTA 4HDFA 5OZPA 5AHAA 3LITA 2WF4A 5ISKA 2V13A 5P50A 4K8SA 2ZYEA 5P1UA 1PPKE 3RTMA 1K6CA 3OU1A 3OUCA 2IL2A 4H1EA 4B70A 1ZPAA 3JW2A 5P3AA 4LXMA 4EQ0A 4QJ9A 1GVXA 3L59A 4ZEAA 5P2CA 1FG6C 1EPOE 1YM2A 1FLHA 2G1SA 1XN2A 1NSOA 5P1RA 2PYNA 1OHRA 1MSNA 1W50A 1D4JA 5J25A 5P1ZA 2ZHVA 3T7QA 5AH7A 5P6SA 3UDMA 3B80A 2HS1A 5P3SA 3I25A 2ZGAA 2FLEA 1BIMA 4MC6A 5P2BA 2VKMA 4DFGA 1E82E 5OZSA 4TVGA 2O4KA 4GZFA 5COOA 1PSAA 3ZKIA 3I2LA 1UH7A 5P12A 3L38A 4XXSA 3O9LB 3LINA 3IXKA 1QS8A 4QGIA 2AVOA 2QCIA 1EBYA 2V10C 2ER9E 5P2WA 5P88A 3LIVA 1Q9PA 2FDDA 2FNSA 4Y56A 5COKA 4YBIA 3PLDA 5OYUA 3SAAA 1ZPKA 3ZOVA 4MC2A 5P05A 1GKTA 2ZE1A 5KOQA 4RVJA 4EXHA 1KJ4A 2AOCA 2AOFA 2IGYA 3GI4A 4YDFA 4LL3A 1XS7D 5P5TA 2J9JB 4COEA 4EP3A 4RVIA 4OBZA 3D1ZA 2I4UA 5JG1A 5P6FA 4DQEA 4Y3SA 4Y3QA 4LXKA 4AUCA 5HDVA 1ZSRA 1G2KA 2FMBA 2Q63A 4DUSA 1K6PA 4KUPA 3QAAA 5P3FA 5P4LA 5P0SA 3GGXA 1C6XA 2ASIA 5P2YA 4J0TA 5P73A 2ZJJA 1UPJA 1IZDA 3INHA 4DJWA 4EWOA 4RLDA 2XFKA 5P4HA 3T7PA 4FM8A 5KQFA 1A8KA 5P1SA 1BAIA 1IDAA 4DJYA 2QMGA 4KE0A 1APTE 5OZHA 2NR6A 5P2DA 2P3AA 2Q54A 5C9DA 3OQKA 5P80A 2F80A 5P03A 3TNEA 4YBFA 5DR7A 1A9MA 1D4IA 4PYVA 2ER0E 4FRJA 2R43A 5P22A 2JJJA 4K4RA 4N00A 3QRMA 5KQXA 4HE9A 5OZ6A 3OWNA 5P2QA 2O4PA 5P3BA 1FQ6A 4Z50A 4Y3HA 5P08A 4TRYA 4HLAA 4I0GA 1QBRA 3OGPA 3PEPA 5P1FA 3PWMA 1NPVA 3BUGA 2WEZA 3ER3E 3EMYA 3PVKA 9HVPA 4LHHA 3PJ6A 3QP0A 5KAOA 4Y4EA 5P2XA 4Y44A 3PSGA 5ENMA 4I0ZA 4Y47A 4Y4AA 4R5NA 3EM6A 2OHTA 2ZJKA 3VLBA 4B1DA 1HVCA 5P3YA 3SABA 5P5WA 4FM7A 5P74A 5P07A 2I4XA 3O9GA 5SZ9A 4Q1NA 2ZHRA 1A94A 4Y4GA 1OEXA 2RKGA 1YT9A 1BDRA 1PSNA 5OZXA 3MSJA 4XX4A 1YM4A 1HXBA 2AZBA 1AIDA 5HU1A 4PPHA 1BV9A 4EXGA 2AOEA 3VFBA 1HVIA 3BRAA 2QZWA 2BJUA 5P6PA 4FSLA 4ZSPA 5I3VA 3I6OA 2BPXA 5IE1A 1AZ5A 5P0JA 3VYDA 5IVQA 1KJGA 3JVWA 3FV3A 1B5FB 5AH8A 4AZYA 3OK9A 4Y4XA 4YCYA 4I1CA 5P8RA 2I4VA 1MVPA 3URLA 1BWAA 3TL9A 2P3DA 5P4MA 3EKYA 5P5YA 1HTFA 3OTSA 1HSGA 3BC4A 2BPYA 5P5CA 1K6TA 5APRE 4I12A 2NXDA 4PEPA 3Q70A 1B6MA 5P0ZA 3D1XA 2P3BA 8HVPA 3RSVA 5KR2A 3KFPA 2P4JA 4Y5PA 5P7NA 3CYXA 5OZ1A 3ZLQA 1T7IA 2BPVA 5I3XA 5P5QA 4OBFA 2XYFA 3O9HA 5P3GA 3KMXA 5P4XA 4RRSA 3QPJA 5BWYA 3ZL7A 3R2FA 5DQCA 5P7EA 4K4PA 1HTEA 4FAEA 3ZKGA 4Y3EA 1ZBGA 4OC6B 2ZJLA 3QBFA 5P6ZA 5DR4A 5P13A 2PK5A 3TOFA 4GJ5A 2HB2A 3RTHA 3APPA 2H6TA 1ODWA 5P1WA 1FMXA 2WF2A 5P10A 7HVPA 1IVPA 3T7XA 4GYEA 1SIPA 5P76A 5P6NA 4YOBA 5P1YA 2AQUA 1HXWA 3NU6A 4DJXA 2OHLA 5OYWA 5KR0A 3BGBA 1BXQA 2PWRA 1Z1HA 5P3OA 1NPAA 1SDTA 3K5CA 4A4QA 4JECA 1FQXA 4Y57A 3PMUA 3SA6A 5P0HA 2PQZA 1T7JA 5P7AA 3KYRA 4YCTA 1W51A 5P83A 5P8HA 4Q1YA 1FMBA 2VJ7A 4YDGA 5P7IA 5P7SA 4ZE6A 1YX9A 1IZHA 4K4QA 4FCOA 3GGAA 4NJUA 5P1VA 1LYWA 5P01A 3S45A 5P6CA 5P0AA 4Y35A 5P4GA 4L7HA 5P37A 2VJ9A 1FB7A 2G1NA 2NXMA 3PSUA 4E43A 1RL8A 5P51A 3UQUA 5OZ4A 4I0HA 4Y38A 4OBJA 5P6RA 4RROA 2G1YA 3U71A 5P7CA 4Y58A 3S54A 4ZSRA 4HEGA 3VG1A 2RENA 3HLOA 5P87A 5P4OA 2A1EA 4X7IA 5OZJA 2B8LA 1BXOA 4H3GA 2QI4A 2NTRA 1LYAA 5P61A 4M8YA 5P7PA 2I4DA 5OZQA 3GGUA 7UPJA 4FIVA 4B77A 2P83A 4LAPA 2QI3A 4Y5AA 3O9EA 2VNNA 1MT8A 2OF0A 4Z4XA 4DQFA 2QD6A 4CKUA 3IA9A 5P0KA 3UHLA 1E80E 3KDCA 3CKRA 1K2BA 2BPWA 5P6UA 5P4JA 5I70A 1NPWA 5HTZA 4F74A 5P5OA 5SY2A 5DQ4A 1E81E 4HDPA 1HPSA 3LZSA 2AODA 3PCZA 4RGHA 4FM6A 2UY0A 1CZIE 1HIVA 5P4EA 3VFAA 3QRVA 5P1TA 4HZTA 5P8LA 1EPPE 5C9BA 1TCWA 4HA5A 4CPXA 3ECGA 5P8BA 3KT2A 4FLGA 3VF7A 1ODXA 2AOJA 3GI0A 2V00A 5HE4A 5P5NA 3I8WA 3NXEA 1AM5A 1SMRA 3EKWA 1EC1A 1SGUA 4Y43A 1RPIA 3HZCA 5P5IA 3EBZA 2QMFA 1CPIA 2WECA 3EKPA 2IS0A 3Q5HA 4FS4A 4YOAA 4B72A 1DPJA 1SDVA 4EJLA 3UCBA 4OBGA 1HTRB 1PPLE 5P7RA 1RV7A 2IENA 2JXRA 4D89A 5OZCA 1HPVA 4J0ZA 1HVHA 4LBTA 3HAWA 3DV1A 3EL4A 3DCRA 2Z4OA 3APRE 3H0BA 4L7JA 4Y54A 4RCEA 2QNPA 3SKFA 1W6IA 4Y5MA 5OZKA 5CLMA 1W5WA 1LZQA 5P24A 4DJQA 2VIEA 4KB9A 4DPFA 5OZ7A 5DGUA 5P2SA 3OUBA 4A6BA 5P0MA 1JLDA 3ZPSA 4Q1WA 4RYCA 1Z8CA 5AH9A 1BILA 2OHQA 3OOTA 5P82A 6FIVA 3KFRA 1C70A 5P33A 3O9IA 5P17A 1PFZA 4Y4JA 4JOOA 2HB4A 5P2KA 1HVKA 4R91A 1SIVA 5P0UA 4D83A 4D85A 2ZJHA 1EPLE 1IZEA 2AIDA 5P3CA 1AAQA 4I0JA 4DPIA 3WB5A 2R5PA 4JPEA 5P8SA 2ZHTA 3TTPA 3HVGA 5P0RA 1XL2A 5UPJA 4I11A 3EKQA 3IXOA 3AIDA 5P66A 3UDJA 3T3CA 4CMSA 1MRXA 1LYBB 1D4KA 3K4VC 3WB4A 4BFDA 3LPJA 4B1CA 2VA5A 3S85A 2RSPA 4WY1A 3AUPA 2JYSA 4ER1E 2PWCA 3ZKSA 4GJ9A 3TH9A 4J1EA 5P5DA 5P8FA 5SXNA 1B6JA 5P6HA 3MSKA 5P2FA 2R8NA 2NMYA 2R3WA 5P3NA 4MC9A 5E5KA 1MRWA 4CPQA 3UQRA 4ER4E 1B6PA 4Y5LA 5DR8A 2F3KA 4LXAA 4L1AB 3UTLA 3R1GB 3O9LA 1MUIA 3OAGB 2OHUA 4L6BA 3ZPUA 1RQ9A 2P3CA 5P0BA 5P3HA 2OHKA 1META 5KOSA 1M43A 1HEFE 3OXWA 3FSMA 1SBGA 4GJAA 2OHSA 3LZUA 5P57A 3ZKQA 2PH6A 5P8VA 5P5SA 5P6LA 5JFUA 5P6DA 3I7EA 2QK5A 4Y6MA 1ER8E 1QDMA 2V11C 4J5JA 5ISJA 3OAGA 1FQ4A 5FIVA 4H3IA 5I3YA 5P1PA 1MESA 5P6VA 5P5RA 3PRSA 5P4ZA 2JJIA 5P7VA 2HPFA 4Y3YA 1VIKA 2J9JA 4B78A 3BXRA 1BBSA 4OBHA 5OYSA 3LPIA 1XL5A 3EXOA 4CP7A 1KZKA 4DH6A 5P8IA 2IDWA 4XX3A 2R9BA 2XYEA 3SPKA 3HW1A 2Z54A 1AJXA 4Q5MA 1APVE 5P7BA 3OU3A 4TVHA 2NPHA 5P53A 4Y37A 5P5AA 4WTUA 1DIFA 2ER6E 4Y4BA 3EKVA 5P1LA 4I8ZA 5P4IA 5OYTA 4QJ7A 1UH9A 1IDBA 5P2HA 2RKFA 1FG8C 2FNTA 5P6EA 4DQHA 2ZJIA 4U7QA 3M9FA 1A8GA 3N3IA 4BFBA 5P68A 5P2IA 1MERA 2AOHA 5P6GA 5P4NA 5P8OA 1XDHA 1D4LA 5P40A 3OHHA 4EJ8A 3O99A 3QROA 5P2GA 5P0OA 4BELA 3NU4A 5P65A 3VYEA 4DJUA 3NDTA 2I1AA 5P85A 2IKUA 3VF3A 4Y4WA 4U7VA 2J9KA 2V16C 4Y3WA 1BDQA 3LNKA 4H3JA 5P00A 3IAWA 1DAZC 3KN0A 2CEMA 3NWXA 4WY6A 1T6EX 4EPJA 1TZSA 2I0AA 1EBZA 3NDWA 5P7OA 4YE3A 2QZKA 4Y5NA 5P8AA 2I4WA 4RRNA 5P02A 3SA3A 2QI5A 3PMYA 5P6OA 5P23A 2WKZA 1K1TA 1EBKC 1TSUA 1BDLA 2B7FA 5HDZA 3PLLA 4L7GA 5KQYA 5P14A 3UQWA 1EEDP 2G27A 3OQ7A 3CKPA 5P75A 3CIBA 3OUDB 5P39A 1LS5A 3R4BA 1EC3A 3GGVA 2QNNA 5P8KA 1GNMA 3NYGA 5P3TA 5P7GA 1N49A 4YD7A 5P46A 5DPZA 3S43B 4DV9A 4PZWA 3MXDA 1B5FA 2BPZA 5OZ9A 1FQ8A 2NMZA 3TPRA 2O4NA 5P3EA 3URIA 3FNTA 3ZKNA 5P2ZA 3CIDA 3KA2A 3A2OA 3H5BA 5P5BA 2VA6A 3OY4A 2F3EA 4I0FA 2PSUA 5DQ5A 2QI7A 5P7YA 4EJDA 2OHPA 5P56A 2HAHA 4QJ6A 5P62A 3PWWA 3L58A 4Y5KA 1F7AA 5DR0A 1B11A 1UH8A 3D1YA 3INFA 3WZ7A 3OU4B 4X2LA 4CPRA 1YTIA 1HBVA 4QJAA 3IVHA 1OEWA 1PPME 3G6ZA 2AVQA 2F81A 3Q3TA 1BWBA 2G94A 2VA7A 3L3AA 4FRSA 5P5LA 4YD4A 1QBUA 1WBMA 2AOIA 3UFLA 4B1EA 3D3TA 1FFIC 5OZ2A 2WJOA 4RZ1A 5P77A 1QBSA 3NXNA 4OC6A 3TKGA 5P35A 4ZSMA 1EBWA 5P89A 3DK1A 5P15A 1K6VA 1TCXA 3DV5A 4NPUA 4J0VA 3B7VA 3LZVA 1QBTA 4Y5CA 3Q6YA 5EZZA 4FSEA 4RYGA 5HU0A 5P29A 1D4SA 2AOGA 3OGQA 3OADB 2ER7E 3G72A 1K1UA 1G35A 2JE4A 2PC0A 3KDDA 3SA4A 2QI1A 3S7MA 1B6LA 3BXSA 3LIZA 3UDPA 3N4LA 4YD6A 5P78A 5KQZA 4RCDA 2FDPA 4D8CA 1Z1RA 1VIJA 3OUAA 2V0ZC 2IRZA 5OZMA 4MC1A 5P0EA 5P43A 4GJCA 3FX5A 1PSOE 2PH8A 1C6ZA 5P20A 3VSWA 5P6XA 3MSLA 1ZAPA 3NDUA 5P79A 3DM6A 2G26A 2WF0A 5P7ZA 4J1FA 3EC0A 3NR6A 5P1GA 2WF1A 3EL5A 5P0IA 5P8PA 3PCWA 1DMPA 4R92A 2V12C 3BUFA 3PBDA 3SM2A 1ZJ7A 4PZXA 5OZFA 2Q55A 3OQFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VV7 A;  1FGC C;  2B7Z A;  5P5Z A;  5P09 A;  1T6G A;  5P0F A;  3ZKM A;  4J55 A;  3SA8 A;  5P36 A;  3BVB A;  5P1D A;  1BVE A;  4OD9 A;  4DJO A;  3RU1 A;  1ZSF A;  1MT7 A;  3DUY A;  3LPK A;  2NNK A;  5P18 A;  5P4U A;  1HPO A;  4EQJ A;  5P1X A;  5OYR A;  5P64 A;  4K9H A;  4Y53 A;  5P6A A;  4GB2 A;  5P4T A;  5P0N A;  2FIV A;  5B18 A;  5P2U A;  2WL0 A;  1QRP E;  5P06 A;  4Y3P A;  4YHQ A;  4J1H A;  1MPP A;  5P2R A;  2FDE A;  5P3R A;  4Y4U A;  4NJT A;  4OBD A;  4GMI A;  2BKT A;  5P1A A;  1ZTZ A;  5P6T A;  3SA5 A;  4GJ6 A;  3HDK A;  3UQX A;  4J0Y A;  5P4V A;  4U8W A;  3DJK A;  2AZ8 A;  3LHG A;  3EL9 A;  4DQG A;  5HVP A;  1CMS A;  5SY3 A;  4I0E A;  3VCM A;  3U7S A;  4DQB A;  2P8H A;  2G21 A;  1GVU A;  4FL8 A;  6UPJ A;  2ANL A;  4QJ8 A;  3GW5 A;  1EPN E;  3PHV A;  4TRZ A;  3RSX A;  1MTB A;  4IVT A;  4HDF A;  5OZP A;  5AHA A;  3LIT A;  2WF4 A;  5ISK A;  2V13 A;  5P50 A;  4K8S A;  2ZYE A;  5P1U A;  1PPK E;  3RTM A;  1K6C A;  3OU1 A;  3OUC A;  2IL2 A;  4H1E A;  4B70 A;  1ZPA A;  3JW2 A;  5P3A A;  4LXM A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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