5P68A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 269
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p68A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p68A01
5P50A 2QMDA 3EKXA 1QRPE 2I0DA 5P8SA 1LF2A 5I3XA 4Y5AA 5P12A 2V11C 4XXSA 3RU1A 2JJJA 4DQEA 2RSPA 3OADA 5P3VA 2IRZA 3ZLQA 4PZWA 3UTLA 2PWRA 3TTPA 1EBKC 5P88A 2WHHA 4FRJA 4K4QA 1OEWA 1HVCA 3O9CA 4I0EA 5P47A 5OYUA 4YOBA 1B5FA 4Y5CA 3EXOA 4Y4DA 3EM4A 5OZ5A 4D85A 1SBGA 5P6LA 4RZ1A 4UPJA 3LINA 1MT9A 5P59A 5P5HA 1EPRE 1QBTA 5P2FA 3VCMA 3SA4A 5OZDA 1CPIA 3VYFA 6APRE 3L5EA 1PROA 3U71A 5OYWA 2XFIA 4ER2E 1W5WA 1ME6A 3EL1A 1ODYA 3ZKIA 5E5KA 1T6EX 5P2ZA 1SMEA 2P8HA 4LAPA 3HDKA 5P5VA 4OBJA 3SA5A 2AOEA 5P7RA 5OYQA 5UPJA 4R8YA 2IENA 4R91A 1ER8E 5P5BA 5P0DA 1TCXA 4Y38A 2HC0A 2Q55A 5P7GA 5B18A 4K4PA 4X2LA 2F3FA 3ZKXA 2PYNA 2HM1A 5KQZA 2AOCA 2RKFA 5P36A 1D4YA 3PSGA 1NPWA 3GI0A 5P0VA 4JECA 1NPVA 2J9JB 3UHLA 1GVXA 3MSLA 2FDDA 4Q1XA 3KYRA 4F76A 5P7TA 3CMSA 1HRNA 5P57A 5C9DA 1XDHA 2ZHUA 4GZFA 4DH6A 3NDUA 5T4SA 1APTE 2ZYEA 1FIVA 1YM2A 5OZBA 3INHA 2R9BA 5OZWA 2B42A 3OU1B 3OGPA 1GVVA 3K5CA 3MXDA 4F73A 3WZ7A 5P38A 1KJ7A 3RSXA 1Q9PA 2FXEA 1EC1A 1RPIA 4CPRA 3CICA 2WEBA 2A4FA 5P8RA 5P6KA 5P19A 3OK9A 5P33A 5P3KA 3CKPA 2QNPA 4FSLA 4MC6A 2QI7A 3FNTA 3ER3E 1HOSA 5DR3A 3OWNA 1E81E 1W6HA 2SAMA 4J1KA 5AGZA 2B8VA 2J9KA 4YD4A 2NNKA 2V16C 5P1KA 3PWWA 1SDTA 5HE5A 1YTJA 5P0CA 1W50A 2NNPA 4GJ5A 5P73A 5P1DA 3OAGA 5P09A 5HVPA 5OZ1A 4H3GA 3OHFA 2IKOA 1MVPA 2H6TA 5P3UA 4H1EA 4QJAA 3UDMA 5SXNA 4OBHA 1JLDA 3S54A 1LEEA 3L38A 4FM8A 4ZSPA 4YCKA 3PHVA 5P1OA 5ISKA 2PC0A 3QVCA 4FL8A 4B77A 3NDTA 3K4VC 3UDJA 4FAFA 2AVVA 1HVKA 3PM4A 2OHLA 3NU6A 5P7QA 1EBYA 1LS5A 5P1MA 4DVFA 1FF0C 5P1VA 4Y48A 4YDFA 5OYRA 3QVIA 3T3CA 4WY6A 4Y5GA 3OXXA 5P5RA 1EBWA 3Q6YA 2IGYA 4PZXA 5P1QA 3PLDA 4B0QA 3UQUA 3H5BA 1MUIA 2ZJJA 3OGQA 4QJ6A 2AVMA 4YCTA 5P0GA 5P70A 2ZJHA 4MC1A 2Q11A 2ER9E 2QU2A 4XKXA 4M8XA 5P8FA 1AIDA 1FG8C 4Z4XA 2FMBA 1MERA 2AZ9A 2FXDA 5P3ZA 3IVHA 5OZKA 1T6GA 2FDEA 1GNOA 4Y5NA 5P0SA 2QHCA 5P48A 1BXOA 5I3YA 4KB9A 5OYYA 2Q3KA 5P8AA 5BRYA 2G26A 2HIZA 3UDYA 3ZPTA 1GNMA 5P3DA 2BB9A 3NXEA 3ZKMA 2QI4A 3QROA 4L7HA 5P2TA 5I3WA 2VA5A 4FM6A 3EBZA 1PSAA 3LIQA 2QD7A 5CLMA 5P52A 4QGIA 1YTGA 3JVYA 5P63A 5P86A 4J54A 5KR2A 5P8DA 3EKWA 2OHMA 5P4JA 4Y3GA 4ZPEA 1E80E 5OYTA 3EM3A 3WSJA 3RTNA 5SY2A 4Y50A 5P4YA 4ZEAA 4FM7A 3MSJA 1FQ4A 4XX4A 1K2BA 3FIVA 2V10C 4L1AA 5C9FA 1GVTA 3B80A 5P6FA 5J25A 1BDQA 1QS8A 1PFZA 1AXAA 5P0UA 5P85A 5P08A 4PYVA 4Q1NA 3MXEA 3PSYA 5P7OA 4Y4JA 5P8MA 2AOHA 4DJWA 5OZRA 1EPME 1K1TA 3OUDA 1LF4A 4KE1A 4YD6A 5P4DA 3O9EA 3UDQA 4HVPA 3ZMGA 2AOFA 5P1UA 1MSMA 1MESA 5P2UA 5P0QA 5P29A 2QAKA 2QHZA 4ZSMA 4YA8A 5JG1A 3KN0A 1D4SA 4Y44A 3CKRA 1K6PA 1RL8A 3OU1A 3KMYA 1IVQA 5OZPA 4Y4UA 3ECGA 4EYRA 3ZPSA 2BKSA 5P5WA 3S43A 3OQDA 3L5BA 5P2MA 4TVGA 3L5DA 4HDFA 3G6ZA 5P1XA 5P8UA 2QMFA 1IIQA 4RCDA 5HD0A 5P0MA 5P17A 1HIVA 3D3TA 3D20A 4QJ9A 5HU1A 3LPIA 3VSWA 4ZE6A 4RYCA 3A2OA 2I4VA 3IN3A 3OY4A 3QAAA 1HVIA 2WKZA 4Y3LA 1WBKA 3OTYA 5IVTA 2QMPA 1RV7A 1T7KA 2BBBA 4U7QA 1DPJA 1K6VA 5P1LA 1PPKE 5AH8A 5P6UA 5P69A 5P49A 5P24A 2AODA 1OEXA 2OF0A 7HVPA 2VIJA 5P06A 1BWAA 3QRVA 4JPEA 4I1CA 1MRXA 4Y3RA 5P2XA 5P0WA 3ZKGA 4Y4BA 3VYDA 5P68A 2APRA 3NWXA 5P2KA 4DV9A 4DQFA 1BILA 1C70A 1HTGA 4DQCA 2O4PA 2QI5A 5P4QA 2XYEA 5HTZA 3VYEA 5OZ2A 5COOA 1SP5A 5P7MA 3O9DA 3O9LB 5HDUA 3UDPA 5P6VA 4CPUA 2JE4A 3QP0A 5P0EA 5P6GA 1UH8A 4J17A 5P0PA 5P2VA 5P3OA 1B11A 1QDMA 5KR1A 2CEMA 4AA8A 5P8IA 1BIMA 5P5JA 1KJ4A 2QI3A 3H0BA 5P4MA 4YD7A 3KF0A 5P3CA 3KDBA 5OZFA 4EPJA 3GGVA 3HVGA 5KR8A 2IQGA 1F34A 2QK5A 4OBZB 2V13A 2R3TA 5P8HA 1EAGA 4Y4ZA 3APPA 2B7FA 2FS4A 4D89A 2BKTA 5P6YA 4HEGA 5HU0A 3R0YA 2I4XA 2I4UA 5P1NA 1SIVA 4L6BA 1EC2A 1DP5A 1EEDP 3QBHA 5P0ZA 4B1DA 4CPSA 3BGBA 1ENTE 4ACXA 5DR8A 5P0XA 2ZJLA 3DOXA 2HB3A 4Y3NA 5DPZA 3EKTA 4RGHA 5OZVA 2O4SA 4A6CA 1LYAA 4R95A 1Z8CA 5P6HA 1M43A 5P5YA 3T7QA 5SY3A 3SM2A 3I6OA 5P58A 3DJKA 1AVFA 1HVLA 3QRMA 2ZDZA 4JP9A 2B7ZA 2QP8A 1EPOE 4N00A 5P6MA 2CENA 1E82E 3GI5A 1HTRB 2RMPA 1FFIC 1MIQA 4NPUA 5P3SA 1WBMA 5P8QA 7UPJA 3PCWA 2P3BA 5OZZA 5P1EA 2AVOA 3DV1A 4R92A 1EPLE 5P6RA 2VA6A 3OXWA 3I8WA 1HWRA 2I4QA 4Y9WA 2G1OA 1LZQA 4B05A 3UDNA 2WEZA 4FAEA 3KT2A 4I0JA 3UQWA 3OUCA 2WF4A 4NJSA 5P1RA 4L7GA 5OZUA 4J0VA 3TPPA 4GYEA 5P7KA 2XYFA 2O4KA 4OBGA 4J0ZA 5OZNA 4EP2A 1UH9A 3Q5HA 4RVJA 1XL2A 4L7JA 1ODXA 4PHVA 1FGCC 3QN8A 2FDPA 2QI0A 3OU3A 2OHTA 5P37A 5P4KA 3ZKQA 5P3JA 3ZKSA 1HBVA 1TZSA 4IVTA 2R5PA 1W6IA 3I2LA 4Y56A 2O40A 9HVPA 1K6CA 4J1HA 5P0TA 2F8GA 2OAHA 5P7VA 5P22A 3URLA 4DJUA 2RKGA 2VNMA 4EJLA 5P6IA 3GI4A 4FCOA 3VFBA 4Z22A 4I0GA 3S85A 3PWMA 1HEFE 3AUPA 5JODA 4GJAA 5P7EA 3K5DA 5P5NA 1A94A 3KFNA 1XE6A 5P4OA 5P8KA 5P4HA 4BFDA 1GVWA 2VJ6A 4ZPFA 1D4KA 5P1TA 4GB2A 3RSVA 3TPRA 1TSUA 5P3TA 1Z1HA 1EC3A 5DGUA 1W5YA 3BC4A 5P89A 2R8NA 4CPTA 2QD8A 2NXLA 2AOGA 4EHCA 5P76A 3EKQA 2FGUA 2PSVA 4I0ZA 5OZJA 4J0PA 3PI0A 4K4RA 4DJOA 4I8WA 2G20A 5P31A 5P8LA 5P34A 1MTRA 3OQAA 3IXKA 1QBUA 2Q64A 4OC6A 3NWQA 4Y5BA 3GI6A 3OUBA 4DQHA 3PMUA 3IXOA 3OU4B 2WF0A 5P30A 4OD9A 4APEA 4BELA 3AIDA 2H6SA 1IVPA 4LXAA 4FRKA 5PEPA 1LYBA 3LZYA 4DUSA 5P2YA 5P1WA 3BHEA 3SFCA 4J0TA 1K6TA 5P4VA 4DJVA 2I0AA 3I25A 3JVWA 5P25A 5P8EA 3PJ6A 3BGCA 5P11A 4GIDA 4Y4WA 5TOLA 5HDVA 5P2AA 2P3DA 4Y41A 3QI1A 5EZXA 3VV8A 2AVQA 3BRAA 5P1HA 5P5OA 1EPNE 2WEAA 3PCZA 3PB5A 5OZLA 1T7IA 1SH9A 4JOOA 3NDXA 5P00A 1EPPE 2ER6E 3D1ZA 2XFJA 3R2FA 3K1WA 3O99A 5P0BA 5P4TA 1OHRA 4J0YA 3D91A 3INEA 4OBDA 5P6CA 3SA8A 3SAAA 3N4LA 1PPLE 5P6DA 4Z2ZA 1AZ5A 5P2JA 2R43A 5P3LA 5HE7A 5P1GA 1HVHA 5P0KA 2AVSA 5P32A 3QBFA 1BDLA 4GJ7A 5P5PA 1B6JA 4COEA 3EKPA 2AOJA 2VA7A 3VSXA 3T7XA 3SM1A 5P7PA 3UCBA 5P5IA 4Y4EA 5P8OA 5P41A 3HZCA 3UFNA 4ER4E 1FQXA 3U6AA 1AM5A 2G27A 2WF2A 5P4LA 3IXJA 3VV7A 5OYSA 5ISJA 4Y4AA 1FEJC 3OOZA 5ENMA 3UQPA 5P2LA 5HDZA 5P45A 4J1EA 1D4JA 3FNSA 1ZPAA 4RCEA 1J71A 3B7VA 3OXCA 4H3JA 3UDRA 1HPVA 3BUFA 5COPA 2PWCA 2CEJA 4DJQA 3RTHA 2QI6A 4Y3XA 3EL0A 2QHYA 4EXHA 3VFAA 1RQ9A 3NLSA 5P18A 5P44A 5E5JA 4Y47A 4PPHA 4HZTA 3TOHA 1W51A 2G22A 3EM6A 3CIDA 5P56A 5P0FA 3BUGA 3IA9A 5P7LA 3UFLA 4Y58A 3K5FA 4Y5EA 1ZLFA 5P3PA 3FV3A 3OTSA 4EQ0A 4GJBA 1DW6C 4GJDA 3IGBA 3HAUA 3PLLA 3PBDA 4YCYA 3OUAA 3INDA 5P65A 4Y3WA 4RROA 3F9QA 1EPQE 2BPYA 3OQ7A 3L3AA 4Y36A 5P0JA 6FIVA 2ZHRA 5AHAA 3APRE 3TOGA 2JXRA 1UPJA 1LYWB 5P5XA 5P28A 2MIPA 2WEDA 2PMAA 1C6ZA 5P16A 2QZWA 5P2IA 5P7JA 3S2OA 5OZGA 4DJXA 2J9JA 3OOTA 5OZYA 2IL2A 3KFRA 1FMBA 2AZCA 4LHHA 5P5GA 4Q1YA 5P3WA 4CP7A 2WF1A 2QZXA 3LIZA 3LNKA 5OZQA 5P0HA 2QNNA 1G0VA 2AZ8A 3CKTA 5KR0A 5P5CA 4PEPA 2BQVA 3OADB 3BVBA 3HW1A 3L59A 5P2HA 2P3AA 5OYVA 5P64A 5KOQA 1HPSA 1G35A 3IAWA 5P7NA 5OZAA 5P7AA 2BPVA 5P8JA 1B5FB 2ZE1A 4TRWA 2WJOA 1BWBA 2P83A 3DUYA 5P3YA 5P1IA 1ZPKA 5P54A 3KMXA 5C9BA 2EWYA 5P6XA 5P3EA 5P2NA 2G94A 4R93A 3DCKA 4U7VA 5OZ0A 3T6IA 3DV5A 3NR6A 1TW7A 2BPZA 4Y51A 4YE3A 1ZJ7A 3PMYA 4B1CA 3KA2A 2PQZA 5P1AA 5P6PA 2HPEA 4Y37A 5P7HA 3NYGA 1HIIA 3GGUA 4M8YA 4YD5A 3S7MA 4D83A 5P4RA 5IVRA 5P0RA 3IN4A 3SA7A 3TKGA 5DR7A 1N49A 5IS4A 5OZTA 4OBKA 2ZHTA 5P7FA 3LZUA 1FKNA 4KE0A 2VIZA 5P2OA 1QBSA 3QPJA 5P5ZA 5P4UA 5DQ5A 5KAOA 2ZJIA 5DR4A 5ER2E 3PEPA 5P5EA 4BEKA 5P8NA 1MPPA 3EL9A 5P03A 1G2KA 4Y3TA 5P46A 4ZPGA 5P4NA 4I0FA 3SQFA 5P42A 3OQFA 5P6OA 5P4PA 5SZ9A 2IS0A 4OBFA 4WTUA 1HTEA 5F00A 5P01A 3NU4A 4F74A 1NSOA 4Y6MA 5COKA 4ER1E 3HD8A 2NXDA 2ZHVA 5P1YA 5P6SA 4NJVA 1SGUA 3KDDA 5P7XA 4EJ8A 1MT7A 3VG1A 5OZEA 4AUCA 1FFFC 5EZZA 1SDVA 2R5QA 3TKWA 4QJ8A 5OZOA 4B70A 5P7ZA 3SA9A 2R3WA 2ER7E 4ACUA 3HVPA 1TQFA 2OHNA 4X7IA 2AOIA 2Z4OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P50 A;  2QMD A;  3EKX A;  1QRP E;  2I0D A;  5P8S A;  1LF2 A;  5I3X A;  4Y5A A;  5P12 A;  2V11 C;  4XXS A;  3RU1 A;  2JJJ A;  4DQE A;  2RSP A;  3OAD A;  5P3V A;  2IRZ A;  3ZLQ A;  4PZW A;  3UTL A;  2PWR A;  3TTP A;  1EBK C;  5P88 A;  2WHH A;  4FRJ A;  4K4Q A;  1OEW A;  1HVC A;  3O9C A;  4I0E A;  5P47 A;  5OYU A;  4YOB A;  1B5F A;  4Y5C A;  3EXO A;  4Y4D A;  3EM4 A;  5OZ5 A;  4D85 A;  1SBG A;  5P6L A;  4RZ1 A;  4UPJ A;  3LIN A;  1MT9 A;  5P59 A;  5P5H A;  1EPR E;  1QBT A;  5P2F A;  3VCM A;  3SA4 A;  5OZD A;  1CPI A;  3VYF A;  6APR E;  3L5E A;  1PRO A;  3U71 A;  5OYW A;  2XFI A;  4ER2 E;  1W5W A;  1ME6 A;  3EL1 A;  1ODY A;  3ZKI A;  5E5K A;  1T6E X;  5P2Z A;  1SME A;  2P8H A;  4LAP A;  3HDK A;  5P5V A;  4OBJ A;  3SA5 A;  2AOE A;  5P7R A;  5OYQ A;  5UPJ A;  4R8Y A;  2IEN A;  4R91 A;  1ER8 E;  5P5B A;  5P0D A;  1TCX A;  4Y38 A;  2HC0 A;  2Q55 A;  5P7G A;  5B18 A;  4K4P A;  4X2L A;  2F3F A;  3ZKX A;  2PYN A;  2HM1 A;  5KQZ A;  2AOC A;  2RKF A;  5P36 A;  1D4Y A;  3PSG A;  1NPW A;  3GI0 A;  5P0V A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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