5P6AA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 271
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6aA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6aA01
4YDGA 2WF2A 1HWRA 4A6BA 2UY0A 4KE1A 4DJXA 5P6GA 4YBFA 4HDBA 2Q15A 5DQ5A 3VYEA 5P7NA 5KQFA 2IRZA 1GVUA 1T6EX 1Z1RA 5OZ0A 3T6IA 3CKPA 1NSOA 2G69A 5OZ4A 3MSJA 3GGUA 3Q5HA 5P70A 3SO9A 2QMGA 4KUPA 1C70A 1T7KA 2BPVA 3CICA 4Y43A 5HU1A 3ER3E 2VJ9A 2NXMA 5P88A 3EBZA 4CPSA 2IENA 3RU1A 2AQUA 5KOQA 3DOXA 2QNNA 4B05A 1D4SA 3OADA 4I0EA 1EPLE 4Y50A 4I0GA 3SAAA 3VG1A 4Y5NA 3URIA 3L59A 2G1OA 3KYRA 5P6VA 2OHRA 5P6WA 3OXVA 1M0BA 3NWXA 3PBZA 3S2OA 1BWBA 1EC1A 4U7VA 2I4QA 2FMBA 1RPIA 5P85A 4ZIPA 1A8GA 5OYYA 4Y3NA 4DI2A 3OUCA 4Y45A 5P3CA 4I0HA 1CPIA 5P6HA 3UCBA 4QLHA 4ZSRA 2H6SA 1SDTA 3O9EA 1HVKA 2IGYA 2AIDA 2OHUA 3CIDA 4HDPA 4Y4BA 4Y3YA 2QI4A 3DM6A 1K2BA 4YOBA 5OZ8A 2AZCA 3QBFA 5P0UA 1GVTA 1IDBA 1FFIC 1GVWA 3VSWA 5P4HA 3SKGA 2I4WA 4RRNA 4OBDA 1HPOA 4Y5KA 2VIYA 1F34A 3AUPA 4PZXA 2Q63A 2ZHVA 3L5BA 4K4QA 5P0WA 4RVIA 3ZMGA 2WL0A 3UF3A 5P37A 3PLDA 5P5KA 5P38A 1HVCA 4PZWA 3WZ6A 4ZSPA 2OF0A 1MT9A 2XYEA 4I0JA 4Y56A 3OTYA 5P47A 3KF0A 4TRZA 4FRSA 1IZDA 5P2XA 5OZVA 2FGVA 3T7QA 1AJXA 3D1XA 3O9GA 5P2LA 4Y3JA 1BWAA 5P87A 2BPXA 4I1CA 1IIQA 2OHLA 5P2ZA 1OD1A 3GGXA 3ZKXA 4OC6B 1SDUA 2IEOA 4OBGA 4D88A 5P01A 1XN2A 4I0FA 5P27A 1LF3A 3OQDA 3SQFA 5AH8A 3NYGA 1W50A 5CLMA 2R8NA 1APUE 4U8WA 5AGZA 1UH7A 5P1FA 3GGVA 2AOCA 2QMDA 5P10A 5I3YA 5P0XA 3SLZA 4FSEA 1D4JA 2BPWA 1E5OE 5P3XA 4Y5MA 5APRE 2PK5A 4J1HA 5P2WA 3LZVA 5P53A 2P3CA 5P7FA 5P71A 3BVAA 1HIHA 4R93A 1K6CA 4AZYA 2PWRA 1QBRA 5P6QA 4OD9A 2B7FA 1D4YA 3SFCA 4D8CA 1PPLE 2SAMA 3EL9A 4Y4WA 1OHRA 3D1YA 5P1MA 4I0DA 5OZEA 2VS2A 3OU1B 5OZFA 3OAGB 1AM5A 5P1DA 5P59A 3GI4A 3O99A 3QRMA 2PH8A 1ZPAA 2V0ZC 2VNMA 1KJHA 5P1RA 2P3BA 5P8EA 2PSGA 3D3TA 5P0PA 4HA5A 4GJ5A 3KMXA 2ZHTA 3DUYA 5P3KA 5OYSA 1IDAA 2BPZA 3VFBA 1T3RA 1T7IA 1IVPA 2HAHA 3FKTA 5BWYA 4Z4XA 3PSUA 4Y38A 5P6LA 3LIQA 5P78A 2QD8A 2FDEA 4ACUA 1FLHA 3HD8A 2ZJNA 4Y5PA 3PJ6A 1B6KA 3ZOVA 4YD4A 4BFBA 4I11A 5P1EA 5P3NA 1TW7A 3Q70A 5P67A 1KJGA 3BHEA 1LYWB 4YHQA 5SXNA 5P26A 5P79A 3HAWA 2CEMA 1EC2A 3RTHA 4J1IA 4XKXA 2P4JA 5SY2A 1M4HA 1KJ7A 4FM6A 3PWMA 1FMBA 1A30A 5P81A 3OQ7A 3UQWA 4FE6A 5DGWA 5P3RA 5P1KA 2ER9E 4L7GA 4MC2A 3ZKGA 4DH6A 3NSHA 2ZJLA 4QJ7A 5P1HA 5P5GA 1BAIA 4Y5CA 5P0HA 5P62A 4OBJA 4Y3EA 1M43A 3KA2A 4MC1A 4J54A 2NNPA 1IZIA 1BVEA 1F7AA 3K1WA 1JLDA 3Q4BA 1Z1HA 5P0TA 1HTGA 1IZHA 2FXEA 3QN8A 2Q5KA 3KDDA 5P7TA 3OHFA 2ER0E 4Y3PA 3O9LA 3PI5A 1UH8A 4JPEA 4J0PA 5P5BA 4B1CA 3ZKNA 3INEA 1FF0C 5P6SA 5P57A 5P2UA 3SM1A 3BC4A 2VIJA 5P0FA 4GB2A 1EBKC 4Y3RA 5P3VA 5EZZA 4H3GA 1OEWA 4LBTA 5P4RA 3TOHA 4J0ZA 3MSKA 1G35A 3WSJA 3S43A 5P3OA 5P65A 4FM8A 5P2RA 3OU4B 3LINA 5P46A 4OBZA 1FQ5A 1MIQA 4Q1NA 4RYGA 1E81E 5P20A 3OUAA 5P4MA 5P6RA 4R91A 1W5VA 1XS7D 1YX9A 5BS4A 3O9CA 2ZYEA 3APRE 1T6GA 2QI3A 5HDXA 5P5YA 1YTGA 1VIKA 5P84A 5P86A 5P2OA 3PI0A 4GJBA 2O4PA 3TL9A 5DQ4A 3Q6YA 4AUCA 3EKWA 2F3FA 5JODA 3DCKA 4HDFA 2WKZA 1SIPA 1QDMA 2WJOA 2ZHRA 2G94A 5P4OA 5P4EA 1ER8E 1K1TA 3FX5A 1C6XA 2R43A 2I4VA 4QJ9A 4X7IA 2BPYA 1YTJA 4J1CA 2G1YA 5P41A 4PHVA 1QRPE 4DVFA 1ZJ7A 4GZFA 4DFGA 5P1NA 4EP3A 2WEZA 1SH9A 5OYVA 5JG1A 2B8VA 4Y4EA 4M8YA 4ER4E 1UH9A 1K1UA 4B00A 5EZXA 4J1EA 2AZ9A 3IXOA 5P17A 5P5FA 3DK1A 3UFNA 5DPZA 2G22A 4K9HA 4Q5MA 2FNTA 5P13A 5P3FA 2XYFA 2QI5A 2ER6E 2BJUA 5OZCA 3OTSA 3U7SA 2HPFA 3CIBA 5P5LA 5P0NA 3SM2A 5OZYA 2AOGA 1EPNE 4Y3QA 2G20A 3EKPA 5P55A 4RGHA 2QHZA 4D83A 5P7BA 3R1GB 1FQ4A 4GJ6A 5I3XA 5P5NA 7UPJA 5P2FA 2RKGA 2BB9A 2IKUA 5P3DA 5HU0A 3PB5A 1EBYA 3L5DA 2IKOA 4QGIA 4X2LA 5P6YA 4DJQA 1KJFA 2V11C 3FNTA 5HDZA 3UQXA 3OADB 4RLDA 1MSMA 3EMYA 3K5DA 1HXBA 5P4IA 2B7ZA 3UQPA 5OZQA 1TCWA 2QHCA 3TPLA 5P8UA 5P28A 1MEUA 4J0VA 4J17A 4TVGA 5P5OA 3A2OA 5P8JA 3L58A 1LYAA 5OZMA 3PLLA 4RCEA 2QAKA 4IVTA 2Z4OA 1NH0A 4Q1WA 2QNQA 3HDKA 4B77A 3UDJA 5AH6A 2PSUA 4NPTA 5P8HA 3U71A 1G0VA 2AVOA 1DAZC 1LF4A 3KFSA 3UFLA 5OZBA 5P7PA 4Y3HA 4KB9A 2WECA 1K2CA 4Y58A 5OYWA 1ZP8A 4HE9A 5HTZA 1Q9PA 3NLSA 5HCTA 4H1EA 3LHGA 4K4PA 3S54A 5DQ1A 1HVLA 3OUDA 5OZGA 5P89A 5P7JA 2QMPA 2FNSA 5P2KA 5P3IA 5AHAA 5P76A 2Q11A 4JECA 4Y3AA 3IN3A 2O40A 4MC6A 1CMSA 3SA4A 3T11A 4QJ2A 2QU2A 5P83A 1HPVA 5OZDA 1SGZA 2ZJJA 4K8SA 4Y5LA 1IVQA 5P7AA 3IVIA 1LYBA 5ISKA 3L38A 2BBBA 3GI6A 3EL4A 3D20A 5P77A 3QRSA 3ZPUA 3PCZA 3UQRA 4S1GA 2UXZA 5P7CA 2ZDZA 5P1OA 5P1QA 5P3JA 4FRJA 3FV3A 4R5NA 5P36A 5P6BA 3JW2A 5P63A 3DJKA 4Y3WA 5P6ZA 1YM4A 3LIZA 3TOFA 3NXNA 4A4QA 1HSIA 4LAPA 5OYZA 2R5PA 3D91A 4YCTA 5P2BA 2JJIA 5OZIA 5P61A 3DV1A 5P3GA 1C6YA 2QMFA 3RTNA 5I3VA 3G72A 5P5RA 3CMSA 3UHLA 5AHCA 5P7XA 4PYVA 3VCMA 3SA5A 4DJWA 5P3HA 4EYRA 3QROA 4H3IA 3B80A 1GNOA 3ZKMA 3BUGA 5P5DA 3UDNA 3K5CA 3NXEA 4B1EA 2P3DA 1HEFE 3O9HA 4WTUA 1HBVA 1PROA 5P43A 2OHQA 4APEA 4EJLA 2F80A 5SZ9A 1GNMA 5KQYA 3VLBA 2QD7A 3TLHA 4Y4GA 1LEEA 3LNKA 1YG9A 3BXSA 5P2DA 3S7MA 4Y51A 1MTBA 1HXWA 4Y4AA 5OZUA 5P2TA 1K6VA 4EXHA 4OD9B 1G2KA 2RSPA 3OUBA 3NU6A 3UDPA 5P14A 5P4KA 1BILA 2OHTA 4B72A 4I8ZA 5HE4A 3SA3A 5P7GA 1SP5A 3O9DA 2VKMA 4E43A 4GIDA 2WF3A 4L6BA 5P5CA 3UDMA 4TRYA 1BIMA 3PHVA 5P6EA 1A94A 5CONA 5P5JA 4CPUA 1GKTA 3EC0A 3FIVA 2H6TA 2P3BB 3TNEA 1LZQA 4HLAA 3SPKA 4BFDA 4N00A 5OZ1A 4YE3A 3VUCA 1WBKA 5P30A 4PPHA 3VF5A 5OYQA 3OGPA 5P8AA 3ER5E 5KQZA 2QU3A 5KAOA 3AIDA 3SA8A 1ZSRA 5P3PA 2G24A 5P5HA 3QI1A 3VV7A 5FIVA 2ZJKA 3BUHA 5OZKA 5P0QA 3OQAA 2HM1A 5P48A 5P2YA 3NWQA 5OZAA 4EHCA 5P0IA 5TOLA 3TPPA 5E5JA 4Y4JA 3GI5A 3G70A 4NKKA 3QVCA 1FKNA 4Y37A 5DR4A 5P35A 3CKTA 2OHPA 3QIHA 5P6MA 5P2IA 5P02A 1W6IA 3OXCA 3OGQA 3UDHA 3HVGA 3OOZA 5P33A 1U8GA 3EXOA 5P0AA 3N4LA 3OK9A 5P31A 2I4UA 4NPUA 5P8FA 4DV9A 3QS1A 4YD7A 3RSVA 1C6ZA 3HBOA 3OU3A 2HS2A 4HVPA 2HB3A 5P29A 2ZHSA 4F75A 4XX3A 5P8IA 2PSVA 3UQUA 5C9BA 1FMUA 1BDQA 4QJ6A 5DR0A 2QP8A 1GVVA 2P83A 1MVPA 3M9FA 1DP5A 1BV9A 3O9FA 4DPIA 4Y4UA 5P5XA 4WY6A 1KJ4A 3I2LA 4GYEA 5P0BA 5P0JA 1BDLA 5P2AA 4DJOA 1ME6A 5P1IA 5OZOA 5OYRA 5OZ7A 3T3CA 4FLGA 2UPJA 4NJSA 3UDKA 5OZPA 2QZXA 1FG8C 1GNNA 3SA9A 1WBMA 2FIVA 1BV7A 2F8GA 5P2NA 2HB4A 3NDXA 3O9LB 5P2CA 3NDTA 3ST5A 1SGUA 3LZSA 4F73A 2AOJA 3INFA 5P05A 1B5FA 3U6AA 2BQVA 4LHHA 4FAFA 1META 4YCYA 1ENTE 5P64A 5P73A 4D85A 1G6LA 1W5XA 5P40A 4Y48A 5KQXA 3S43B 5P11A 2HPEA 2J9KA 3RVIA 4EJ8A 2XFKA 2QI7A 2VIZA 4OBZB 4I12A 5P32A 5P3TA 5P12A 1AAQA 5OZHA 2NXDA 5P5UA 2AOHA 2VA6A 1K6PA 5OZRA 1MT8A 2B60A 1PSNA 5I3WA 5SY3A 3MXEA 3CKRA 4QJAA 1FGCC 2ANLA 4L1AA 5OYXA 2IL2A 4DQBA 5P68A 1FEJC 3NU5A 1YTHA 3VV6A 3K5GA 3JVYA 3S7LA 3URLA 2V00A 1PPME 3EM4A 4UPJA 1ZLFA 4XX4A 1J71A 3VF7A 3SACA 1RL8A 1XE5A 4OBFA 5P2JA 1FMXA 1W5YA 1FQ7A 1EEDP 1LV1A 5DR8A 5P1GA 5P7UA 4A6CA 3LZUA 5P7KA 4DUSA 1B6LA 2AZ8A 5P00A 4J0YA 2J9JA 2PYNA 2QZLA 3INDA 1HIIA 4QJ8A 5P7RA 3S45A 5P09A 5COPA 1PSOE 2VA7A 1LF2A 5P4PA 3EKTA 3URJA 4YOAA 2IQGA 5OZSA 5P34A 4RVJA 2AVSA 1ZTZA 4K4RA 6UPJA 2Q55A 2AVQA 3UPJA 3TOGA 4ER2E 1FG6C 1UPJA 1VIJA 2R3WA 1EPOE 2PMAA 3VLAA 1HSGA 3IXKA 4D89A 3LIVA 5P5ZA 5P8SA 4GJ8A 1TQFA 4Y3FA 1YM2A 3PMUA 1FIVA 2JJJA 4FL8A 3HW1A 3T7XA 4Z50A 4Y4DA 3TH9A 3LZYA 5P58A 4GJDA 5P4BA 4EWOA 5KR1A 3HAUA 4EJKA 2ZHUA 1ZAPA 2AODA 4I0IA 1EPRE 4ZSQA 5AHBA 5P5AA 5P8MA 1B6JA 1EAGA 3CYWA 2QHYA 3NUOA 3VSXA 1HSHA 2WF4A 2PQZA 5P1XA 3C9XA 1B6PA 3L5FA 1MESA 3L5CA 3K4VA 2WF1A 1LYAB 1XDHA 5OZNA 2FDPA 3NU9A 4GMIA 2EWYA 4MC9A 4LL3A 1DPJA 4RYCA 5P8DA 1TSQA 4DPFA 2G1RA 2ASIA 2F3KA 2VNNA 3SA6A 5P0GA 4XXSA 4FM7A 5HCOA 5HE5A 4OBKA 5P8OA 4Y36A 5I70A 4AA8A 4EXGA 5P4XA 3BVBA 3NUJA 4Y5GA 5P6AA 5OYUA 1B6MA 2OHSA 3KM4A 3WZ8A 2CENA 5P1LA 5OZ3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YDG A;  2WF2 A;  1HWR A;  4A6B A;  2UY0 A;  4KE1 A;  4DJX A;  5P6G A;  4YBF A;  4HDB A;  2Q15 A;  5DQ5 A;  3VYE A;  5P7N A;  5KQF A;  2IRZ A;  1GVU A;  1T6E X;  1Z1R A;  5OZ0 A;  3T6I A;  3CKP A;  1NSO A;  2G69 A;  5OZ4 A;  3MSJ A;  3GGU A;  3Q5H A;  5P70 A;  3SO9 A;  2QMG A;  4KUP A;  1C70 A;  1T7K A;  2BPV A;  3CIC A;  4Y43 A;  5HU1 A;  3ER3 E;  2VJ9 A;  2NXM A;  5P88 A;  3EBZ A;  4CPS A;  2IEN A;  3RU1 A;  2AQU A;  5KOQ A;  3DOX A;  2QNN A;  4B05 A;  1D4S A;  3OAD A;  4I0E A;  1EPL E;  4Y50 A;  4I0G A;  3SAA A;  3VG1 A;  4Y5N A;  3URI A;  3L59 A;  2G1O A;  3KYR A;  5P6V A;  2OHR A;  5P6W A;  3OXV A;  1M0B A;  3NWX A;  3PBZ A;  3S2O A;  1BWB A;  1EC1 A;  4U7V A;  2I4Q A;  2FMB A;  1RPI A;  5P85 A;  4ZIP A;  1A8G A;  5OYY A;  4Y3N A;  4DI2 A;  3OUC A;  4Y45 A;  5P3C A;  4I0H A;  1CPI A;  5P6H A;  3UCB A;  4QLH A;  4ZSR A;  2H6S A;  1SDT A;  3O9E A;  1HVK A;  2IGY A;  2AID A;  2OHU A;  3CID A;  4HDP A;  4Y4B A;  4Y3Y A;  2QI4 A;  3DM6 A;  1K2B A;  4YOB A;  5OZ8 A;  2AZC A;  3QBF A;  5P0U A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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