5P6CA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 273
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6cA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6cA01
5P1UA 5P47A 2AODA 4TRYA 5P0GA 2FNSA 3PGIA 3KA2A 2G22A 2JXRA 2OHNA 1IIQA 1W51A 3OXXA 3CKPA 3INHA 2BPVA 1ZLFA 5OZUA 3TKWA 1YM4A 4GJCA 3SA4A 1M43A 2I4UA 3QVIA 5HD0A 5OZEA 5P4NA 4RCDA 4Y47A 3URJA 3PMYA 5P11A 1XS7D 5P8DA 3DCRA 2VJ6A 3BHEA 5HVPA 5P3XA 3O99A 1N49A 3O9DA 3IA9A 4DJVA 1AJVA 3HVPA 3T11A 1B5FA 3PVKA 4YA8A 4ER2E 4KE1A 5P4DA 1SMRA 4Y58A 4DFGA 3FNSA 2ZJJA 3I8WA 5P65A 1SH9A 5P4XA 3TPPA 3DK1A 2Q11A 4GZFA 2AVVA 5P8OA 1HXBA 5P0AA 2HPEA 3TOHA 5P4YA 2V00A 3L5BA 5KR2A 5P2WA 5P53A 2O4SA 3INEA 3BXRA 3OUDB 3Q5HA 5OZ4A 3RU1A 1BILA 5DR1A 3DM6A 5T4SA 4EWOA 5P31A 3S54A 4FL8A 3BRAA 3SFCA 5P0DA 5P8FA 5BWYA 3SKFA 4L6BA 1C70A 4RRNA 3PCWA 3DV1A 5P54A 5P12A 3UDKA 1HPVA 3BVBA 3S45A 5OZFA 4NPUA 2PMAA 2QI5A 3UFLA 1MSMA 2PK5A 2QZLA 1XL2A 4I12A 5P6XA 4Y4UA 5P51A 4Y4BA 5P27A 2OHMA 2I0DA 4I8WA 3UF3A 4ER1E 4FRSA 3TNEA 3NU3A 5P1DA 1HVCA 3OTSA 3NXEA 3VF7A 7UPJA 2R9BA 2ZJMA 2PC0A 4PZXA 5OZGA 5P1RA 3S85A 2HS2A 4K9HA 3SKGA 2QZWA 5P2AA 3EL9A 5P10A 3C9XA 4HDBA 4OC6A 1B6JA 4Y43A 1LV1A 5IVSA 5AH9A 5HDXA 4HE9A 4F73A 4D85A 4I11A 3JW2A 2A1EA 5P1NA 5P1KA 3VF5A 1HRNA 1BAIA 4HEGA 1K1UA 4J0YA 5OZKA 3IGBA 5P42A 1HTFA 3WB5A 3EMYA 5P5FA 3O9IA 3EXOA 3L58A 3HAWA 4DH6A 3NUOA 2BB9A 4Y4TA 5P3KA 4EJLA 2QZKA 4Y3RA 2B42A 4DQGA 1D4SA 2HPFA 3OOZA 5P1MA 2BQVA 5P55A 2VA6A 4U7VA 5OYZA 2I4WA 1EC1A 5P82A 5P62A 3ZKXA 3PB5A 1ZSRA 4FAEA 5P0WA 5P8SA 3T3CA 4Y3XA 5P46A 1D4YA 2PWRA 3OK9A 1MVPA 2QI1A 4MC9A 2XYEA 3R1GB 1FFFC 2O4LA 5P2IA 3BGBA 5P84A 3VSXA 3KDBA 2WL0A 2RENA 5P8BA 2FGVA 1MT9A 1QBTA 3URLA 3HDKA 1LYAA 4AMTA 5P7ZA 5KQZA 3QI1A 3HBOA 1TZSA 2J9KA 4S1GA 4DJPA 4L7JA 2Q64A 3NDXA 5ISJA 1KJGA 3S43A 4N00A 4HDFA 3ZPTA 4FCOA 5P19A 4OD9A 4NJVA 4J0PA 1D4IA 3TOGA 1UPJA 3PWRA 3VG1A 1LYBA 5DR8A 5P2UA 3SA8A 5P5MA 1F7AA 3UDMA 4DV9A 1VIJA 4DJWA 5P05A 3ZMGA 4PPHA 2OHQA 3OGQA 3EKQA 5P0JA 3CMSA 3NUJA 2PSGA 5P80A 5OZ6A 5P5GA 4I0IA 4H3GA 3SLZA 2PQZA 4Y5EA 4DQEA 3TTPA 5P8IA 3OQFA 5P7LA 5PEPA 4F74A 3CKRA 3UTLA 3EKWA 2WF1A 3G70A 4J5JA 5P5OA 1ODYA 3OQ7A 4DJXA 4Y3QA 4ZSRA 1YX9A 4CPQA 2ZJIA 4FS4A 5P8CA 1IBQA 1KJ7A 6UPJA 3NWXA 5P03A 2QHZA 5P5PA 2G1OA 4Y3HA 1ZJ7A 4QJ2A 5OZ5A 1GVVA 2OHPA 5OZMA 1WBKA 3OHFA 2QU3A 2JJJA 5P85A 3QRVA 3O9LA 2OF0A 5P2EA 2AVQA 1TCWA 4ZPEA 5P7EA 1SGZA 1Z1RA 3RTHA 5P5TA 4Y4AA 2PH6A 2QU2A 1GKTA 2VNMA 5P08A 2R8NA 2R5QA 2ZHRA 1XL5A 5DQ4A 4A4QA 5P3EA 3LZUA 1M4HA 3N3IA 3ZKIA 2G21A 2RSPA 4Y3JA 5P75A 4DQHA 5HE4A 1APUE 4RCFA 5P5NA 4ER4E 3IVHA 5P79A 3OU4B 3O9BA 5P0NA 5P6CA 1HSGA 3U6AA 1QDMA 4DQBA 2G94A 3QRSA 2G24A 4I10A 4DUSA 1AAQA 3INDA 2PYNA 5P0QA 3K5GA 4Y5PA 4JPCA 4B1DA 5CLMA 5P2JA 7HVPA 5P64A 5P3TA 1HPOA 5P3JA 5P4FA 5P6EA 2WF2A 5P73A 4XX4A 4Y5GA 3DJKA 2WEZA 4GJ7A 4FRKA 3OOTA 1YM2A 5P6TA 5P36A 5P63A 5F01A 5P17A 3HD8A 1PPLE 3TKGA 2BJUA 2P3BB 1HIVA 2I4DA 5P8NA 2QI7A 4R92A 1T7KA 2A4FA 3IXKA 3OWNA 3CYWA 2QHYA 2O4KA 4APRE 5P20A 1IVQA 5P44A 1BV7A 5COOA 5C9FA 3OAGB 5P6JA 1GVXA 5P8EA 5P4HA 1SGUA 1FIVA 2V11C 1J71A 4YD6A 2G27A 4YBIA 3LPKA 5P7YA 5P89A 2QD8A 1AM5A 1AXAA 3RTMA 5P3SA 3VYDA 3K5DA 3M9FA 2VIEA 3NU9A 5AHAA 5P29A 1ODWA 2IQGA 4Y9WA 3NYGA 5P2RA 3N4LA 5FIVA 4Y45A 4IVTA 4Y3DA 5APRE 4J55A 3LINA 5P0MA 4GJDA 3R0YA 3H5BA 1KZKA 1D4LA 2SAMA 4DPFA 3UDNA 4ZPFA 1HTRB 1A9MA 5OZYA 2QI3A 5P86A 2AOFA 5OZZA 4YCTA 2R5PA 3PLLA 2IGYA 5SY3A 3WZ8A 5P48A 1PSAA 5OZ1A 4GJAA 4GJ8A 4Y5NA 2F3FA 4Y6MA 4YCKA 2OHUA 4DPIA 1C6YA 5B18A 2BPXA 2F81A 4Y36A 1IDAA 4QLHA 5P06A 4Y56A 1C6ZA 2F3KA 4Y3PA 5OZOA 5P14A 3VCMA 1HIHA 3NXNA 3QP0A 4YBFA 2WEBA 4Y3LA 3PSUA 4X7IA 3D20A 1QS8A 3EL4A 2I4QA 4EXGA 4KUPA 2F3EA 1PPKE 4M8XA 1YTHA 5P0IA 4TVHA 3B80A 4R93A 5TOLA 1B11A 3OQAA 1MSNA 2XFIA 2BKSA 2WECA 2PK6A 3LIYA 1UH7A 5P0KA 2PWCA 5OZ0A 3LZSA 1W5XA 4JPEA 4ZE6A 1LYWB 5P4BA 3BVAA 5AH6A 4RYCA 5P2TA 2AZ9A 5P3AA 1XDHA 3EKTA 1CZIE 3BC4A 5P2ZA 5IVTA 5P4OA 3LIXA 5P6VA 5HTZA 2IL2A 3S2OA 5P7VA 3O9GA 1GNNA 4GIDA 3WSJA 2AZ8A 5P72A 4EHCA 3O9HA 5P4PA 2AQUA 5OZVA 2P83A 3NDWA 3OU1A 2H6TA 5P13A 1SIPA 2V12C 5EZZA 4Y38A 1OEWA 3VV6A 4R8YA 3OUAA 4U7QA 2XFJA 3ZKQA 5P34A 3B7VA 3K4VA 5P16A 1FFIC 5P1HA 5P3FA 5P1YA 3UQPA 2ZHTA 2CEMA 5P35A 4H3IA 4B05A 2ZYEA 2IS0A 1HPSA 1ER8E 2ZHSA 5P8PA 4A6BA 1W5YA 5COPA 5P1CA 1AJXA 4FM8A 3IN4A 4NJTA 2FMBA 5P76A 1FEJC 1EPLE 1GNOA 2ASIA 3KT5A 4D88A 3T6IA 3G6ZA 3QS1A 1LF4A 2R38A 2Q55A 1K6CA 5AH7A 4Y57A 4H3JA 5P6AA 3IAWA 5P57A 1W50A 2AIDA 5OZPA 4LC7A 4J0VA 3VV8A 4Y5BA 4I0HA 5AH8A 1HSIA 2HIZA 2G1YA 5P0YA 5P4KA 3ZPUA 1RPIA 1D4HA 5P83A 3T7QA 4D83A 3QPJA 4R5NA 4DVFA 3PBZA 3S8IA 4YHQA 5P5HA 2JYSA 5P4IA 4Y3GA 4E43A 5P5BA 3NU4A 4APEA 2QMDA 1EPQE 1GNMA 3EL5A 2R3TA 4I0JA 2AZBA 5P0EA 3D91A 2F80A 3UCBA 3L38A 4FGXA 5P25A 2RKFA 4JP9A 2QK5A 1APWE 5P7RA 5OZ2A 3VV7A 1FQ7A 5P6PA 1HVLA 5IS4A 5P71A 4OBZA 1BWBA 4RRSA 5OZSA 5P0OA 3ZLQA 3SM1A 2ANLA 5ENKA 3PRSA 4F75A 1OHRA 5OZ7A 5P3WA 2QI4A 2QMPA 4FIVA 3DV5A 2NXDA 1F34A 4CPRA 5P3BA 2OHRA 2ZJNA 1MPPA 3NLSA 2VNNA 1IDBA 4Y4DA 1T6GA 3VUCA 4A6CA 5P7KA 3MXEA 5E5JA 5P2DA 5OZ9A 1ZTZA 3PLDA 4I8ZA 3I7EA 2G26A 4DJQA 5BS4A 4Y3MA 3ER3E 1VIKA 4D8CA 5P0HA 4EYRA 5P8LA 4F76A 3I25A 4FRJA 2O40A 4Y5KA 5P6SA 4AUCA 3S53A 1ZPAA 5HU1A 5P7NA 4DI2A 5KR0A 5P5VA 1K1TA 3KFNA 3SAAA 3JVYA 3QBHA 2ER0E 1SDTA 5P67A 3VLBA 1EBZA 2BPZA 2J9JB 1UH8A 3OXVA 5OYQA 3OU3A 5P70A 4CPXA 1B6KA 4Y50A 3L3AA 4NKKA 1MT8A 3Q70A 3EM4A 5P4SA 4QGIA 5P4QA 5P8GA 2Q63A 1QBRA 1HEGE 5P2OA 3QIHA 5P3HA 1HOSA 5P4TA 5P2CA 5P38A 2Z4OA 2NXMA 5P7UA 1ZBGA 5OZRA 4WY6A 2QD7A 3KT2A 1Z8CA 5P0LA 9HVPA 3F9QA 5P7BA 4Y3FA 5P1SA 2VS2A 5P6IA 4CP7A 4YE3A 5P7SA 5P0TA 1B6LA 5ENMA 3FV3A 2P4JA 5P0BA 5P4ZA 4BELA 5P41A 2ZHUA 1EC2A 4EP2A 4EXHA 5P5YA 3FIVA 1FB7A 4L1AB 4RCEA 5DR0A 1IZHA 3RSXA 2NMZA 4K8SA 1APVE 4LP9A 3MXDA 2HB2A 3OHHA 3PWMA 5P50A 1B6PA 1LZQA 5P6BA 5P68A 1PFZA 3PSGA 5OZXA 3WZ6A 4Q1YA 5P60A 4YOAA 5HE5A 1HXWA 1IVPA 4ZSQA 1SDUA 3L5DA 3SABA 2ER6E 4XXSA 3WZ7A 4FE6A 1SMEA 5P7JA 3OUDA 5AHBA 1EPRE 5P32A 3TLHA 1GVTA 5P6WA 3FSMA 5P3MA 5OZBA 3SA6A 1NPVA 2HB4A 4MC1A 2AVMA 5P3ZA 1QRPE 1K2CA 4UPJA 5JODA 4K4PA 5DGUA 2WEAA 2JE4A 5P59A 4M8YA 5OYTA 4HA5A 1IZEA 5P22A 3OADB 1G0VA 5KQXA 1NSOA 1IZIA 2QI0A 1B6MA 3NU5A 2NPHA 3RTNA 3ZKNA 4HLAA 5SZ9A 3TOFA 2AOGA 3VFBA 1HTGA 3DOXA 5SY2A 5OZAA 4I0DA 4DJYA 2R3WA 5P09A 4FSLA 2XFKA 3T7PA 2OHLA 3GGAA 2OHSA 5P0CA 1MIQA 2Q5KA 3FX5A 4FLGA 5OZ8A 5P6MA 1LEEA 3GI4A 3MSJA 5P39A 1Z1HA 3EKXA 4GB2A 3OQKA 5P5LA 5UPJA 5P7PA 4HVPA 2Q54A 4I0GA 2R43A 5HCTA 4I0ZA 5OYUA 4Y4XA 5P2QA 4ZLSA 4RVJA 4J17A 3HAUA 5OZDA 2FXEA 5P5IA 1HWRA 3PBDA 5OYVA 3R2FA 3EL0A 4K4RA 4NPTA 1A94A 2V0ZC 2AZCA 5P01A 3GI0A 1B5FB 4LBTA 4OBKA 5KR1A 5P5QA 1FMBA 3L5EA 5JFPA 3LIVA 3S56A 1TSUA 2I1AA 4H1EA 3IXOA 1HVKA 2QCIA 2UXZA 4D89A 1PROA 2FLEA 4Y5AA 5KR8A 4Y35A 3Q4BA 1A8KA 5P5EA 3D1YA 4J1FA 2HM1A 1MRWA 5I3VA 3OY4A 5P5ZA 1LS5A 5OZCA 3OTYA 4QJAA 2IENA 4B78A 4Y5MA 5OYXA 2P3AA 3S7MA 1FF0C 1EC0A 1HTEA 3OXWA 5P4JA 5P5CA 1E80E 5P3OA 5P45A 2QNNA 5OYYA 3KMYA 5IE1A 4I0FA 4Y3NA 2AOEA 1K6PA 5P1IA 5HCOA 2ZHVA 3OXCA 5P1FA 4BFDA 4B72A 4YD3A 3G72A 3EKYA 3T7XA 2PH8A 5P5XA 5P2XA 1W6IA 4PZWA 5KOQA 2NNKA 5P4RA 5P7FA 3WB4A 5P1EA 3CKTA 3Q6YA 4J1EA 3LZVA 2O4PA 3IN3A 2AOIA 3H0BA 5P4VA 4CMSA 1LF2A 4YCYA 3SPKA 1MESA 1C6XA 4Y3YA 5KQYA 1FQ8A 4NJSA 5KOSA 1KJFA 2NNPA 1DW6C 1XN3A 3UDJA 2HAHA 4ZEAA 2WF3A 5P2YA 1SIVA 4Y37A 5HDVA 4DJUA 4GJ6A 3S7LA 3QVCA 5P0SA 5OYRA 4OC6B 4DQCA 1FQXA 1A30A 1K6VA 5P2SA 5P5DA 3ZPSA 2IKUA 3RVIA 1RV7A 3PM4A 4TRWA 5P1JA 4RZ1A 3R0WA 3R4BA 2VIZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1U A;  5P47 A;  2AOD A;  4TRY A;  5P0G A;  2FNS A;  3PGI A;  3KA2 A;  2G22 A;  2JXR A;  2OHN A;  1IIQ A;  1W51 A;  3OXX A;  3CKP A;  3INH A;  2BPV A;  1ZLF A;  5OZU A;  3TKW A;  1YM4 A;  4GJC A;  3SA4 A;  1M43 A;  2I4U A;  3QVI A;  5HD0 A;  5OZE A;  5P4N A;  4RCD A;  4Y47 A;  3URJ A;  3PMY A;  5P11 A;  1XS7 D;  5P8D A;  3DCR A;  2VJ6 A;  3BHE A;  5HVP A;  5P3X A;  3O99 A;  1N49 A;  3O9D A;  3IA9 A;  4DJV A;  1AJV A;  3HVP A;  3T11 A;  1B5F A;  3PVK A;  4YA8 A;  4ER2 E;  4KE1 A;  5P4D A;  1SMR A;  4Y58 A;  4DFG A;  3FNS A;  2ZJJ A;  3I8W A;  5P65 A;  1SH9 A;  5P4X A;  3TPP A;  3DK1 A;  2Q11 A;  4GZF A;  2AVV A;  5P8O A;  1HXB A;  5P0A A;  2HPE A;  3TOH A;  5P4Y A;  2V00 A;  3L5B A;  5KR2 A;  5P2W A;  5P53 A;  2O4S A;  3INE A;  3BXR A;  3OUD B;  3Q5H A;  5OZ4 A;  3RU1 A;  1BIL A;  5DR1 A;  3DM6 A;  5T4S A;  4EWO A;  5P31 A;  3S54 A;  4FL8 A;  3BRA A;  3SFC A;  5P0D A;  5P8F A;  5BWY A;  3SKF A;  4L6B A;  1C70 A;  4RRN A;  3PCW A;  3DV1 A;  5P54 A;  5P12 A;  3UDK A;  1HPV A;  3BVB A;  3S45 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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