5P6FA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 276
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6fA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6fA01
3N3IA 5P7QA 5P34A 2J9JA 1AAQA 3OGQA 3AUPA 2QNQA 4EXHA 5P0FA 5P5DA 5IVRA 2WEAA 4F75A 1BILA 5JG1A 1CPIA 4Y4UA 3O99A 4CPTA 1MESA 5P8KA 5P2TA 5OZ9A 2IGYA 4X2LA 3OK9A 2PWCA 4OBFA 5P1DA 3FIVA 2QK5A 5DQ2A 5P1SA 2HPFA 5P0XA 2AVMA 4I0HA 4KE0A 1LYAB 5HDXA 2R9BA 5P6CA 5P4JA 5P24A 3LPIA 3URIA 1YX9A 3VUCA 2P4JA 3QIHA 5P5BA 3SAAA 3L5FA 1OEWA 5P3AA 2HB4A 1B6JA 1XE5A 5SY3A 3G6ZA 3DK1A 5P4CA 1HXWA 4QJ9A 3EC0A 2F80A 4HA5A 2ZJLA 1UH9A 1B5FB 2B7ZA 1LYWA 5P5JA 2NXLA 3ZPUA 5COOA 1RL8A 4YCTA 5KR1A 4A6BA 2I1AA 4H3GA 5P0AA 1YTJA 4JP9A 5ENKA 5P7BA 1K1UA 4JPEA 3WZ8A 5OZ6A 1D4HA 4N00A 1D4YA 2AVSA 2HS1A 3QRVA 3S7MA 5P0YA 5AH6A 4K4RA 5P7DA 1M0BA 3NU3A 1HWRA 3IGBA 3ZKSA 3NUJA 3BUFA 1F34A 1GKTA 5BRYA 5P73A 4E43A 4HDPA 4M8XA 4APEA 2WHHA 1MTBA 4Q1WA 5P1BA 5P8SA 3ST5A 1MERA 1PSOE 4Y3NA 5OZMA 3OTSA 5KR8A 5P0EA 2PSGA 5P31A 5P68A 2H6TA 5T4SA 3K5DA 3INHA 3T7QA 1FQ5A 2QZLA 5P1CA 5P7FA 2QI0A 1LYAA 4LBTA 3NWQA 5P1AA 5P55A 2F3EA 2I4WA 5OZRA 3OUCA 3PRSA 2QZWA 5DR7A 3R1GB 4J0VA 4ER1E 4GJ9A 5P4SA 5P00A 3BHEA 4EHCA 3B7VA 1FEJC 1EPOE 2AZCA 3PSGA 5P2ZA 1B5FA 3KM4A 5P15A 5AH9A 4FRKA 5P46A 4FRSA 2HS2A 3PVKA 3EL4A 4DQFA 4DVFA 5P1EA 2QMGA 5P37A 3NU9A 2WEBA 2G1RA 6FIVA 3IXOA 5OZ1A 3EKXA 3QAAA 2ZYEA 3OWNA 3FNSA 4ZSRA 5OZFA 2Q15A 5EZZA 2QAKA 5P19A 5P5GA 5KOSA 5P51A 5P3PA 1U8GA 3ZKMA 2V11C 4GJ5A 3Q70A 5P7PA 1C6XA 1SIVA 2WL0A 2R5PA 1HIHA 4LC7A 2NR6A 4QJAA 3EL5A 2JXRA 3AIDA 4D88A 5P26A 3CKRA 3DJKA 4R5NA 5OZVA 4L7JA 3GI4A 4I0EA 2IEOA 3SA5A 2A1EA 3QBFA 2AVOA 2ZJKA 4YDFA 3HAWA 1HIVA 2CEJA 2QI5A 1ZSRA 4QGIA 2BKSA 5P13A 4DV9A 2QNNA 5DGWA 2IL2A 5P2QA 4KE1A 1DPJA 4TRYA 1QRPE 1SGUA 1T7JA 5P6LA 5HDUA 3LPJA 3DV5A 5P4FA 1SP5A 1HRNA 3FV3A 1ER8E 2MIPA 3QROA 4WTUA 5P11A 4Y6MA 3VFBA 3L3AA 3PCWA 4FM7A 3I7EA 2XFJA 5P2KA 2UPJA 1QBUA 2VIEA 4FAEA 5P60A 4U8WA 3TPLA 1OEXA 3TPRA 2CENA 5APRE 1T7IA 3L5CA 1TW7A 2B8LA 2SAMA 4Y54A 5P6DA 1QDMA 2F3FA 2ZHVA 2BB9A 5DR1A 5P7YA 1FQXA 5OZEA 1KJGA 3PBZA 3PI0A 4R8YA 3URLA 4KUPA 1B6KA 4EP3A 5P06A 3UFNA 3H5BA 3SLZA 5P59A 3OOZA 3TOFA 5P6HA 5P02A 5P5IA 5KQXA 5F00A 5OZJA 1EBWA 4RVIA 5P5MA 5P08A 2V12C 1ZPAA 1E5OE 2BBBA 4OBZB 1HPSA 2FMBA 5P3DA 3IVHA 3DOXA 1D4IA 3KFRA 5OYXA 5OZ5A 5P12A 3O9DA 5OZHA 1ODXA 3GGXA 4ACXA 3ZOVA 1A94A 4H3IA 2QMFA 3INFA 1HPOA 5ER2E 4ZIPA 5P74A 3PM4A 4OD9B 3JVYA 5P7WA 1XS7D 4EPJA 3PB5A 3RTNA 2VIZA 3KMYA 2QD7A 3HDKA 2FXDA 5P7EA 2NNKA 4DQEA 2G20A 5P3UA 4B72A 2WEZA 4Y5MA 1TSQA 1W5WA 3R2FA 4DJQA 5P5VA 2ER6E 4NPTA 4J55A 3IXKA 1A30A 2B42A 4R92A 1LZQA 3PJ6A 2IDWA 3PLDA 4FL8A 3TNEA 1W6IA 4J1EA 3O9IA 1IIQA 1W50A 1HVIA 3LITA 5B18A 3OAGB 2I0DA 2FGVA 5P1ZA 2QD6A 4X7IA 3UQPA 5P63A 3OXVA 4Y3ZA 5P48A 4I10A 1HTRB 2I4UA 1NPWA 1VIJA 5EZXA 3R4BA 8HVPA 4Y5KA 3L59A 1N49A 3NWXA 3K4VA 3OQDA 5P2YA 4Y5NA 3KF0A 2R8NA 3U6AA 1HSIA 3EKWA 3CKTA 3LPKA 7HVPA 4Y4XA 5P6OA 3QI1A 3SKFA 1NPVA 1MSNA 3VV6A 3NYGA 4RYCA 1YTIA 3MSJA 1BAIA 1KJFA 5P1OA 2VJ6A 1FLHA 3N4LA 1QS8A 4OBZA 1MRWA 2V00A 3KFPA 4QJ8A 4R93A 3CMSA 5P14A 5P6YA 5BWYA 4Y4DA 4Y45A 5P81A 3DUYA 3UDPA 1META 3OXXA 1MRXA 2VS2A 5P4EA 4APRE 2J9JB 3T11A 1BV7A 5DQ1A 4OBHA 4OD9A 4J5JA 4Y4GA 3O9BA 4RCDA 5I3VA 4J0PA 5P2EA 4XKXA 1EBKC 4EXGA 4LAPA 1ZLFA 5P8AA 5P2UA 1APWE 4JECA 4Y3JA 1B11A 1DAZC 4R91A 1B6PA 3LZVA 5P6SA 3OUDB 5KQYA 2WF3A 3K4VC 2WF2A 1BV9A 4QJ2A 5P8OA 1SDTA 5P79A 4Q5MA 5P6QA 5P0VA 3APPA 4PZWA 3IA9A 5P4OA 2HC0A 4Q1NA 5P4GA 1ZSFA 3QS1A 5P3LA 2VJ7A 3HZCA 4GJAA 3TPJA 2Q5KA 1HPVA 5P0QA 2XYEA 3OAGA 4Y3SA 3UDRA 5BS4A 3SABA 1HVJA 4EJLA 1AIDA 5P7KA 3VV7A 4LXMA 2Q54A 1BDRA 1M43A 4FGXA 3QPJA 4I1CA 4MC1A 2QI3A 5P71A 5P89A 5P1WA 3K5GA 3WB4A 3LIVA 4RZ1A 3UDKA 4F73A 2OHQA 3CIBA 1PPLE 5P5EA 3URJA 2O4NA 1BDLA 4KB9A 5HDVA 2PYMA 4GB2A 3OHHA 5P0WA 3GI5A 5OZUA 7UPJA 3OQFA 3F9QA 5P7GA 1YT9A 5DQ4A 5P5KA 3NDUA 2G94A 4IVTA 5HD0A 4M8YA 4Y53A 2ZJMA 4ZPGA 3ZPTA 5P87A 4J1HA 1IZIA 2Q63A 1A8KA 3OHFA 3PMUA 4Y5EA 4YD7A 3OXWA 1K6PA 1LEEA 5OYVA 1EBZA 4DJWA 1ENTE 3UQWA 4K4QA 5HU0A 2HPEA 3OADB 5P1PA 5P4MA 3NXNA 3MXDA 4WY1A 5P8UA 2FGUA 1OD1A 5P3RA 3OTYA 1GNMA 3OUDA 5P52A 5P1HA 3S45A 2WKZA 3NU4A 2APRA 2OHUA 3GI6A 3I25A 2Q55A 3UDNA 4S1GA 5P6ZA 5P4IA 1FQ7A 2QNPA 2RKGA 2QP8A 3EMYA 4ZPEA 2FDEA 4HZTA 1ZPKA 1YTGA 3LIYA 1RNEA 3PMYA 4B05A 5P6GA 1YTHA 5E5KA 1MUIA 3UDYA 3SQFA 3TPPA 4BEKA 1FIVA 1XE6A 3RSVA 5P5FA 5P6MA 3K5CA 3VV8A 3BVAA 3PEPA 5OZAA 5P5UA 1C70A 2I4DA 4YBIA 3UCBA 5DPZA 3K1WA 4ZPFA 1M4HA 5P17A 3JVWA 4GJ6A 4GZFA 1HTFA 2QZXA 2UXZA 3Q6YA 3EBZA 1HOSA 1MEUA 5OZXA 3UHLA 1IBQA 4J0TA 5OZ0A 5P50A 1HXBA 1EBYA 5P8HA 4EP2A 2ZHRA 5DR0A 2ZJIA 5P1FA 1UH8A 4D8CA 4DFGA 4AUCA 5P4XA 5P42A 5DR4A 3GGAA 5P7ZA 1AJXA 1T7KA 3UTLA 5FIVA 5HE4A 3S43B 2O40A 3BRAA 3CYXA 3SA8A 3FX5A 5DQ5A 4CKUA 3ECGA 3OADA 4B77A 4K4PA 4Y56A 1HEFE 2OHNA 1F7AA 3Q3TA 3GI0A 1HTGA 3BGBA 3S53A 1K2CA 3HAUA 2G21A 4PEPA 3ZMGA 2IKOA 3L38A 5P5HA 2G1NA 5P8NA 5IVSA 4NJTA 2QI4A 2I4XA 3SA6A 5P2AA 1MSMA 1PSNA 2FNSA 3UDQA 2PK6A 5P4AA 5P0PA 1D4KA 1DIFA 3L5DA 1TCWA 2BJUA 4YDGA 1DP5A 2I0AA 1SH9A 5P6FA 3FKTA 5OZCA 4NJUA 2AZ8A 3O9AA 4HVPA 4HLAA 5KAOA 3D1ZA 4Y4AA 2FLEA 5OZNA 5P2SA 5P64A 2RENA 5P8LA 2BPVA 1PSAA 1QBRA 5HCTA 5OZIA 3U7SA 5P5LA 1RPIA 5P3SA 4J17A 1EAGA 1XN3A 3DM6A 4YOAA 5COKA 1MPPA 2VNMA 5P23A 4NKKA 1ZAPA 1FQ4A 4FCOA 4RCFA 5P0TA 2NXMA 1AJVA 1IDBA 1G35A 1B6LA 2PH6A 2G27A 5P57A 1EC2A 3SA9A 4I8ZA 5P8BA 5OZGA 4Y3QA 3S56A 1A9MA 3EKVA 3UDMA 3VF3A 5P0GA 5I3YA 5P1YA 2G69A 4Q1XA 3HD8A 3INDA 4L7HA 2F81A 5P2XA 1LV1A 5P3BA 3S43A 3VLBA 4HDFA 4I0ZA 5P2WA 2QU2A 3I6OA 4GJ7A 1PROA 2V16C 3BC4A 2BPYA 1UPJA 5P29A 3MWSA 4DUSA 5OZ4A 2QHCA 1C6YA 4J1CA 2P83A 2ASIA 5P70A 2ZHTA 1YG9A 2HB2A 2H6SA 1SDUA 4NPUA 2ER9E 5I3XA 4DJOA 4GJBA 5OYRA 3QVIA 3APRE 5P2NA 4YD3A 1GNNA 2ZGAA 2VA5A 5P3HA 5OZLA 5P2IA 2VIJA 5P84A 3MXEA 4TRZA 4ER4E 5P45A 4GJDA 4EJDA 5P6RA 3TLHA 5P25A 3FSMA 4D83A 4DJUA 5P7IA 5P5YA 5P0KA 1K6VA 2NMYA 4GIDA 5P7NA 4Y51A 5P54A 3T7XA 3ZL7A 3LZYA 2ZJHA 2XYFA 5OZDA 5P80A 4RCEA 5KQFA 2AOJA 2CEMA 1FQ8A 1IZHA 3SA7A 3O9EA 1EPPE 3RU1A 2UY0A 5AH8A 4CP7A 3EKQA 2QI6A 5OYQA 1APTE 3LINA 3NDXA 5P3XA 2ZHSA 1HEGE 4RVJA 1D4SA 3EM3A 1SIPA 4AMTA 3O9GA 2OHLA 2FDDA 5P83A 4DQGA 1HBVA 1QBTA 5P7SA 4Y3WA 5P8CA 1XDHA 4J0YA 5P1IA 2OHSA 3K5FA 5DGUA 1W5XA 4TVGA 1MT8A 4BFBA 2PQZA 3VEUA 2P3DA 2HM1A 5P5TA 3I8WA 4GYEA 4Y3YA 4PYVA 2VNNA 5OYWA 5P30A 3T3CA 5P6KA 5P2MA 1K6CA 4ZSMA 4OC6B 3EXOA 4CPXA 3RVIA 3L5BA 4LL3A 1SBGA 4FRIA 3NLSA 5P86A 3CKPA 3OU3A 4YOBA 1HVCA 3O9LB 1DW6C 4DJYA 5P3IA 3UPJA 2FIVA 3EL0A 4AA8A 3PSUA 5P0IA 5P2BA 4Y48A 3DV1A 4Y35A 1IZEA 4OBDA 3PGIA 2B60A 3ZKQA 5P07A 1Z1RA 1ZBGA 1YM2A 4Y36A 3UF3A 1D4JA 3PWMA 2WF1A 5P6PA 2IRZA 2F8GA 3TTPA 1LYBB 4Y3XA 4CPWA 4H3FA 4L6BA 5HTZA 2V13A 6UPJA 1VIKA 3UDJA 1WBKA 3KDDA 2AOEA 5KR0A 3TKWA 2F3KA 1HSGA 4UPJA 5P88A 1HVKA 2OHKA 4Y5BA 5P40A 5P61A 1CMSA 2VA6A 2WF0A 3CIDA 5P78A 2AOGA 2VKMA 5ER1E 3VSWA 2QD8A 1JLDA 5P8MA 2QHZA 4B1DA 5DQCA 3IVIA 2NXDA 4R95A 1ODYA 5P3VA 1FFIC 4Y4TA 3CICA 5P3TA 2R38A 4J54A 4Y47A 5P6IA 3LZSA 3OU1B 1D4LA 1IVPA 1PFZA 5E5JA 4Y3RA 2WEDA 4B00A 3M9FA 1XL2A 4CPUA 3LIQA 5P1QA 4B1CA 2HAHA 4PPHA 4DQHA 3UDHA 3OGPA 5P4PA 1APUE 4OC6A 3WZ6A 5P4TA 1HVLA 3VYFA 4L1AB 1PPKE 1GNOA 5P8PA 5COPA 5P6AA 2P3CA 4YD5A 4DJXA 4Y58A 1FQ6A 3O9LA 4Y5AA 1Z8CA 3LZUA 5OZOA 3OQKA 1TSUA 2O4PA 1EPQE 1TCXA 4BFDA 1BWBA 3OQAA 1T3RA 4DJPA 3U71A 1LYBA 2AOFA 4HE9A 2XFKA 4NJSA 3MSLA 4Y57A 5P72A 5P65A 4YD6A 5C9FA 3KYRA 3S7LA 3VCMA 5P18A 3CYWA 4Z50A 3RSXA 5ISKA 4DJRA 5P53A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3N3I A;  5P7Q A;  5P34 A;  2J9J A;  1AAQ A;  3OGQ A;  3AUP A;  2QNQ A;  4EXH A;  5P0F A;  5P5D A;  5IVR A;  2WEA A;  4F75 A;  1BIL A;  5JG1 A;  1CPI A;  4Y4U A;  3O99 A;  4CPT A;  1MES A;  5P8K A;  5P2T A;  5OZ9 A;  2IGY A;  4X2L A;  3OK9 A;  2PWC A;  4OBF A;  5P1D A;  3FIV A;  2QK5 A;  5DQ2 A;  5P1S A;  2HPF A;  5P0X A;  2AVM A;  4I0H A;  4KE0 A;  1LYA B;  5HDX A;  2R9B A;  5P6C A;  5P4J A;  5P24 A;  3LPI A;  3URI A;  1YX9 A;  3VUC A;  2P4J A;  3QIH A;  5P5B A;  3SAA A;  3L5F A;  1OEW A;  5P3A A;  2HB4 A;  1B6J A;  1XE5 A;  5SY3 A;  3G6Z A;  3DK1 A;  5P4C A;  1HXW A;  4QJ9 A;  3EC0 A;  2F80 A;  4HA5 A;  2ZJL A;  1UH9 A;  1B5F B;  2B7Z A;  1LYW A;  5P5J A;  2NXL A;  3ZPU A;  5COO A;  1RL8 A;  4YCT A;  5KR1 A;  4A6B A;  2I1A A;  4H3G A;  5P0A A;  1YTJ A;  4JP9 A;  5ENK A;  5P7B A;  1K1U A;  4JPE A;  3WZ8 A;  5OZ6 A;  1D4H A;  4N00 A;  1D4Y A;  2AVS A;  2HS1 A;  3QRV A;  3S7M A;  5P0Y A;  5AH6 A;  4K4R A;  5P7D A;  1M0B A;  3NU3 A;  1HWR A;  3IGB A;  3ZKS A;  3NUJ A;  3BUF A;  1F34 A;  1GKT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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