5P6GA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 277
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6gA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6gA01
3RSVA 5P4TA 4YDGA 5P42A 4GJ6A 4WTUA 3WB4A 1CZIE 1PROA 1UH8A 5P5FA 4HDBA 3S53A 1NPAA 5COKA 1FFFC 2I0AA 2FDPA 5P7WA 4B05A 4GJ7A 2ANLA 1E5OE 5TOLA 1MT8A 3ER3E 2O4PA 3VV7A 2ER9E 2WECA 4FSLA 1QBTA 2V12C 5KR0A 1IZDA 3GI6A 5DR4A 3SKFA 4Y3MA 4LC7A 4APEA 4FRIA 4CMSA 4GJ9A 5OZKA 1MERA 1GNNA 1OHRA 4I0FA 3VFAA 5P12A 1HVHA 4JPEA 5P11A 4I10A 5P3VA 2HB2A 4R92A 4QJ7A 3RSXA 4B1EA 1Q9PA 5P0QA 5P4YA 5P29A 3SQFA 1G35A 5P14A 1FIVA 1EEDP 3QRMA 2WEDA 5P3MA 4Y3RA 3S8IA 1AZ5A 1OEWA 3NSHA 5P80A 1META 1T7JA 4Y4GA 4RGHA 4YBFA 3TPJA 4L7JA 2FS4A 1HOSA 1B6KA 2Z54A 4NJUA 4DV9A 1ZSFA 1IIQA 2HPEA 5P4IA 4Y5BA 5P17A 4Z50A 3ZPTA 3VF3A 4NJVA 4H3GA 4HLAA 2IKUA 2AIDA 1WKRA 4ER4E 3LITA 5P70A 5P2DA 3NXNA 4Y4XA 4ZSRA 3PBDA 5P43A 2G20A 4M8XA 1AM5A 1EBKC 5OZFA 3DM6A 4LXMA 5P4LA 4Y56A 5P35A 5P41A 3I2LA 3U7SA 2OHLA 5KR1A 2VJ7A 5P4GA 5P8GA 4FRKA 3EKTA 3EMYA 1ENTE 4Y5GA 3TLHA 4I8ZA 5P2TA 2G1RA 5P07A 2AVVA 4FSEA 1F7AA 1B6PA 3PWWA 5P36A 1ZPAA 1LF2A 4FRJA 1GVUA 2H6TA 1FMBA 5P1DA 5P1TA 5P7MA 5P5XA 5P8SA 5P71A 1E81E 5E5KA 2WHHA 3BVAA 2Q5KA 5P7DA 1J71A 5P7KA 3UDQA 1DPJA 2WL0A 5P0JA 5P18A 1HVJA 3ZPSA 2B8VA 5P51A 2XYEA 5P79A 7HVPA 4Y50A 2AQUA 1FB7A 5HE4A 4DH6A 3QAAA 5P0VA 2PQZA 1G0VA 1HRNA 4Y39A 1YTGA 4WY6A 5OZ0A 5P7SA 3R4BA 4MC9A 3WZ8A 3DOXA 4J1CA 5OZ5A 5C9BA 4UPJA 1FQ7A 4RCFA 5P59A 5IE1A 3NXEA 2QU3A 3GGUA 3UPJA 4Y5PA 2OHPA 5P2QA 2P4JA 5P4AA 5OZ6A 3VLAA 5P4QA 4GJDA 3TOHA 5OZTA 1ZAPA 3HVPA 5I70A 1EC1A 4Y5AA 4Y3NA 2BBBA 1EPNE 2P3CA 5EZZA 1EC3A 3WZ7A 5I3XA 2G26A 1MIQA 2RENA 5HDZA 1SDVA 3OOZA 1BWBA 5DQ4A 4I11A 1SBGA 3AIDA 3SA4A 5HCOA 1HXBA 4OBGA 4B0QA 3JVYA 4ER1E 2NMZA 4Y4ZA 5P0HA 5P1CA 3F9QA 1HVKA 2IKOA 1HVLA 5P0YA 3SM2A 3OXWA 5OZOA 4XX4A 4J1HA 5DQCA 4TRZA 1B11A 2J9KA 2IGYA 4DFGA 5P81A 3VF5A 5P7OA 3TPPA 3UFLA 4HDPA 3UQWA 3RTNA 5KQZA 5P16A 3LZYA 4YD3A 1LYAA 3UHLA 1T6GA 2V16C 5P02A 5P1EA 3URIA 3SLZA 4Y3FA 3LNKA 5DQ2A 4FLGA 1PPME 5UPJA 2QMPA 5COPA 4NJTA 3OXCA 5P5YA 3O9LA 5P3SA 3G6ZA 4OBZA 4Y4AA 4Y3LA 5DQ5A 5P1PA 5JODA 2OHSA 4E43A 2QHZA 2VJ6A 5P1WA 5P6IA 4GJ8A 5P7UA 5P4EA 5OZIA 2PK6A 3UDKA 3HAUA 2HC0A 1IDAA 1OEXA 3D1YA 4EPJA 5P2HA 5P50A 5P0XA 3VEUA 2QNQA 4JECA 1EAGA 5P0UA 4QJ2A 2ZE1A 3NYGA 5P0SA 5P7LA 4D85A 3JVWA 1PPLE 2QI0A 1A9MA 5P4DA 5SZ9A 3L3AA 5T4SA 5JG1A 5P0OA 3PWMA 3URJA 5P54A 3TL9A 3IA9A 3O9IA 4N00A 3ECGA 3OY4A 1XDHA 4Y44A 2VIZA 4A6CA 1NPVA 4ZSPA 1XE6A 1TW7A 3OGQA 4DQCA 3O9HA 1KJ4A 1MTBA 5P2JA 5P89A 1FKNA 1W5WA 2CEJA 2H6SA 2OHRA 3I25A 4MC1A 4R93A 3L38A 1VIKA 4K9HA 4YOAA 4Y4UA 5P7BA 3L5FA 5I3VA 1HEGE 5P13A 1HPSA 1A30A 3EL5A 2ZHUA 1QRPE 2AVQA 5P63A 5P5JA 4L7GA 2G1OA 5P6CA 1PPKE 2BPYA 1XN2A 2ER0E 5HVPA 3QVCA 4GIDA 4B1CA 1KJ7A 2AOIA 1KJFA 5P0KA 4NPTA 4EJLA 4EJKA 2NPHA 1FG8C 5P4RA 5P8IA 4FM6A 2ER7E 4J0PA 4OBHA 3SA6A 3T7PA 2QI1A 3OWNA 9HVPA 3PWRA 4J0TA 4J0ZA 5KR8A 4Y5MA 1MPPA 3HZCA 3A2OA 5P7EA 3VSXA 5I3YA 3ZPUA 1QBSA 3OU4B 4YCYA 5OZVA 5FIVA 1DP5A 2OHQA 5P3NA 5P8UA 2CENA 2NMYA 3UCBA 4FM7A 5P69A 4FM8A 1F34A 2G69A 5P4MA 1NH0A 4L1AA 3D3TA 2AVSA 2V00A 3IAWA 3R2FA 2QZWA 5P4VA 3N4LA 4DQGA 4DJPA 3QPJA 4GJBA 2PYNA 4H3FA 4ZPFA 5P30A 4YHQA 1D4LA 2FXDA 5OZEA 4Y5NA 3HD8A 5P4KA 1AAQA 2QU2A 4F74A 2R3WA 2FDDA 2VA7A 8HVPA 3BUFA 5P2FA 3KT2A 1EBWA 4J55A 2QNNA 4I12A 4K8SA 5P01A 1W50A 3S85A 4FS4A 4Y51A 1BILA 2IL2A 3ZKQA 5P8KA 1FMUA 2UPJA 4NJSA 1CMSA 5P2XA 3PRSA 5P57A 1TSUA 1D4SA 3T3CA 1AXAA 5IVTA 1ZBGA 4YDFA 4S1GA 5P31A 3TPRA 1HHPA 3T7XA 1HVCA 2R8NA 4PEPA 5AH6A 1UH7A 1MSMA 3PLDA 2F81A 3OUCA 5P7IA 1FQ6A 4HEGA 4F73A 1NSOA 3EM6A 2Q64A 1K6VA 3QRSA 1W51A 5P64A 1B6MA 5P1MA 2B8LA 2HB3A 2NXMA 3VLBA 3CKRA 4B77A 2HIZA 5HU1A 2VJ9A 3OADA 3SA8A 4OD9B 5P6SA 5P4OA 5OZBA 5P7GA 5P6XA 4Y3WA 1BAIA 4IVTA 3S56A 7UPJA 5P7VA 3DV1A 3VV8A 1GVVA 4Y57A 4Z4XA 5P3UA 1MSNA 3INHA 5OZDA 5P3FA 3S7MA 3OK9A 5AH8A 1B6JA 4CPUA 2V0ZC 5P0LA 5P3PA 2QMDA 1SDTA 5P5RA 1C6YA 2PWRA 2P3BB 5CLMA 2VA6A 4Y5CA 3NR6A 4Z2ZA 4EJ8A 4Y4BA 4Y37A 2ZGAA 5P7ZA 3IXOA 5P6GA 1GKTA 3INEA 2NNPA 1ZJ7A 1BV9A 4YD4A 2NR6A 5OZQA 1MESA 4APRE 1Z1RA 5OZ8A 3INDA 2APRA 3EKYA 2VNNA 4YBIA 1A8GA 5P0GA 5P46A 5OZ9A 2HAHA 5P86A 1HWRA 1RNEA 4J1IA 3BGCA 1K6CA 3L58A 3URLA 2O4LA 4EYRA 3Q6YA 5P28A 2ZJJA 3VUCA 5P78A 4I0IA 5HU0A 2V10C 4Y3XA 1MEUA 2NXLA 1MVPA 4BEKA 3TNEA 3K5DA 4RZ1A 2I4WA 1YTJA 3TPLA 2F3FA 4Y3AA 1U8GA 1FMXA 3FNUA 1EC0A 3LINA 5P5BA 5AGZA 3UQXA 5P5SA 2R5QA 3EM4A 1PSOE 2XFJA 3PJ6A 4DQHA 3FV3A 3HDKA 5P0DA 4KE1A 2VIJA 5P09A 4PHVA 4R8YA 5P20A 3LIXA 2OHNA 2Q55A 4M8YA 2AOEA 3KYRA 3VCMA 5KR2A 1CPIA 5P3YA 3NWQA 3FX5A 3VFBA 2ZJMA 4I0JA 3PM4A 1KZKA 3O9CA 5P6MA 5P6JA 5P83A 5P2SA 3O9DA 4AA8A 2HS1A 4QLHA 3S45A 4U7QA 1UPJA 1HTEA 2IEOA 2Q11A 4FRSA 3K5GA 2G94A 4PZWA 5P3QA 5P3CA 3T7QA 2QNPA 1APTE 3EL1A 5OZ1A 5P2WA 2VIEA 4FIVA 3MXDA 2ZDZA 2B42A 3AUPA 2NTRA 3CICA 5OYZA 3RU1A 5OZPA 1FF0C 2Q15A 3APPA 3JW2A 2O4SA 3R0WA 4DQBA 5KQYA 2P3DA 4B78A 2F80A 3KM4A 4Y3JA 5P2VA 4U7VA 3NU3A 2V13A 1YT9A 3H0BA 5P06A 1ODWA 5P4JA 3HAWA 4I0GA 4EHCA 3EKVA 3PCWA 5P22A 1FGCC 4D8CA 3TH9A 3ZL7A 5KQXA 4DJVA 4GJAA 4RVJA 5P2CA 1LYWB 2ZJIA 4Y3PA 3KFNA 5BS4A 1D4JA 4DQFA 5P37A 3SKGA 5AH7A 4LAPA 5SY2A 4DJQA 1A94A 5P2ZA 3TTPA 1W5XA 3NU5A 4J54A 3IVHA 4U8WA 1HPOA 5DR0A 4DVFA 2SAMA 4JPCA 5DR7A 5P75A 1K2CA 3ZLQA 2PSVA 3OQKA 5P5VA 5P0EA 5ER1E 3OUBA 1SIPA 3LZVA 1HSIA 5P87A 4ZSQA 5KOSA 4XX3A 5P3IA 2VKMA 2QD7A 2G27A 3FNTA 5IVRA 1AJVA 1BXQA 5P7JA 4RVXA 5P2RA 5P76A 5P19A 3SAAA 5OYRA 3OAGB 5P27A 3PGIA 1LF3A 5OZ7A 2AODA 2FDEA 3KDDA 3KMYA 5CONA 3QVIA 5P84A 5P7QA 3MWSA 5DQ1A 1TCXA 2VA5A 1SGZA 5P7RA 3EL9A 5P8RA 3NU6A 4AMTA 2P8HA 3D91A 5P4HA 4FL8A 2O4KA 5P3KA 1EPLE 3VV6A 2F3EA 3L59A 2J9JB 3GGXA 4QJ9A 4RYGA 1XE5A 5P5PA 4I1CA 5P0FA 3VG1A 2EWYA 3IXJA 4XXSA 2FXEA 3MSJA 3ZKGA 1K1UA 5E5JA 5P68A 1LS5A 3PI0A 1HTRB 4YD6A 1DMPA 5P4NA 5B18A 5P1KA 5P0WA 3ZKIA 5F01A 5P73A 5P7CA 3S2OA 1APVE 4Y3EA 5P3TA 2NXDA 4ZPGA 5P3JA 5OYWA 2PSGA 4TVHA 2I0DA 3DCRA 3K1WA 5P8MA 5J25A 4B72A 4X2LA 5OZCA 3NDXA 2WEAA 5P03A 1HIIA 1BWAA 3ZKNA 2ZJNA 2JXRA 4ZSMA 4EQJA 2OHUA 5P10A 1SGUA 5P5GA 4Y4EA 1EBYA 2I4XA 2PYMA 5HDXA 2AOCA 2IQGA 5P0TA 3O9AA 5HE7A 5IVQA 5P4UA 3GI0A 1IZHA 4DPFA 1D4HA 5P2MA 1M4HA 2UY0A 3RTMA 3UDJA 1DAZC 1B5FB 3OGPA 5OYVA 2AVOA 5P0PA 3HLOA 3EKWA 5OZUA 3EL0A 5P24A 5P5QA 5OZLA 5P0MA 3LIVA 4I0EA 4EJDA 3PBZA 3NWXA 4JP9A 1ODYA 5P45A 5P3AA 4CPTA 5P8FA 1YX9A 4B70A 3Q4BA 3RVIA 5SXNA 5JFPA 1YTIA 1BVGA 3PEPA 3PMYA 4ZLSA 5P5HA 5P25A 5KAOA 5P32A 3L5EA 3OXXA 3EM3A 5P8JA 5P49A 5P33A 5P6LA 1ZLFA 5P0NA 3BC4A 3EXOA 3DCKA 1JLDA 1LZQA 2FLEA 3MSKA 4HVPA 2P3AA 5P40A 4Y58A 2G1NA 3UQRA 1NPWA 2JE4A 4Q1NA 3WSJA 4GJCA 5OYQA 3OU4A 5P1AA 3FNSA 5EZXA 4OC6B 3UF3A 3I8WA 4FCOA 1HTGA 1DIFA 2ZHSA 2OAHA 5AHBA 1YTHA 1HTFA 3N3IA 3BVBA 5OZAA 5IS4A 5P7XA 3KF0A 5I3WA 1EPPE 3OUDB 4AZYA 1IDBA 3DJKA 4NKKA 4Y9WA 1SP5A 4CKUA 4COEA 2IDWA 1K6TA 3OQAA 5P3EA 5P3XA 4R5NA 2QMGA 2ZHRA 2RKFA 2BPVA 4Y3TA 3K5FA 5ISJA 4YA8A 5P3HA 1FFIC 2IS0A 4FGXA 3BUHA 3K5CA 2XYFA 5P6WA 3D1XA 2VS2A 5P5KA 3QP0A 1T7KA 3S43B 4JOOA 1XL5A 5P5MA 5KOQA 5C9DA 3SACA 5P1VA 4Y43A 4DJXA 4CPWA 4HA5A 3SFCA 3EC0A 4DJOA 4Y3YA 4Y4JA 5P2BA 5P3BA 4Q1YA 4RVIA 4PYVA 3L5CA 3LHGA 5P3DA 4J0VA 4Y3HA 2JYSA 3BHEA 3KA2A 5P0ZA 3PLLA 2HB4A 5P5EA 3TKGA 3I6OA 3HW1A 3R0YA 5P0IA 1G6LA 2I4UA 5P58A 5P6YA 2R3TA 2G1SA 4TRWA 2VIYA 5P0CA 3ZKXA 4I0HA 4OD9A 3HBOA 3DK1A 6APRE 1HXWA 5P6EA 4ACUA 1BBSA 4EXGA 1MRWA 5P6BA 1BV7A 4BELA 4QJAA 1HSHA 2BPWA 2Q3KA 4RLDA 6UPJA 5P5WA 4I0DA 5OYSA 1FG6C 3T11A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RSV A;  5P4T A;  4YDG A;  5P42 A;  4GJ6 A;  4WTU A;  3WB4 A;  1CZI E;  1PRO A;  1UH8 A;  5P5F A;  4HDB A;  3S53 A;  1NPA A;  5COK A;  1FFF C;  2I0A A;  2FDP A;  5P7W A;  4B05 A;  4GJ7 A;  2ANL A;  1E5O E;  5TOL A;  1MT8 A;  3ER3 E;  2O4P A;  3VV7 A;  2ER9 E;  2WEC A;  4FSL A;  1QBT A;  2V12 C;  5KR0 A;  1IZD A;  3GI6 A;  5DR4 A;  3SKF A;  4Y3M A;  4LC7 A;  4APE A;  4FRI A;  4CMS A;  4GJ9 A;  5OZK A;  1MER A;  1GNN A;  1OHR A;  4I0F A;  3VFA A;  5P12 A;  1HVH A;  4JPE A;  5P11 A;  4I10 A;  5P3V A;  2HB2 A;  4R92 A;  4QJ7 A;  3RSX A;  4B1E A;  1Q9P A;  5P0Q A;  5P4Y A;  5P29 A;  3SQF A;  1G35 A;  5P14 A;  1FIV A;  1EED P;  3QRM A;  2WED A;  5P3M A;  4Y3R A;  3S8I A;  1AZ5 A;  1OEW A;  3NSH A;  5P80 A;  1MET A;  1T7J A;  4Y4G A;  4RGH A;  4YBF A;  3TPJ A;  4L7J A;  2FS4 A;  1HOS A;  1B6K A;  2Z54 A;  4NJU A;  4DV9 A;  1ZSF A;  1IIQ A;  2HPE A;  5P4I A;  4Y5B A;  5P17 A;  4Z50 A;  3ZPT A;  3VF3 A;  4NJV A;  4H3G A;  4HLA A;  2IKU A;  2AID A;  1WKR A;  4ER4 E;  3LIT A;  5P70 A;  5P2D A;  3NXN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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